Đang tải... (xem toàn văn)
Chó (Canis familiaris) là động vật thuần hóa lâu đời nhất và được cho là đã tiến hóa từ sói (Canis lupus) [34]. Trên toàn thế giới có hơn 400 giống, được nuôi sử dụng với nhiều mục đích khác nhau. Trong đó, chỉ có 3 giống chó có xoáy lưng là giống chó Phú Quốc của Việt Nam, chó xoáy Thái Lan và chó xoáy Nam Phi (Rhodesian Ridgebacks). Với những đặc tính như thông minh, nhanh nhẹn, hình dáng đẹp… chó Phú Quốc hiện đang trở thành một giống chó quý của nước ta. Tuy nhiên, nguồn gốc chó Phú Quốc hiện nay vẫn còn nhiều tranh luận. Ngoài chó Phú Quốc Việt Nam, trên thế giới còn có hai giống chó khác cũng có dải lông xoáy trên lưng là chó xoáy Thái Lan và chó xoáy Rhodesian Nam Phi. Hai giống chó này đã được Liên đoàn Các hiệp hội Nuôi chó giống Quốc tế (Federation Cynologique Internationale - FCI) công nhận. Chó Phú Quốc vì chưa được đăng ký tại FCI nên nhiều nguời cho rằng nó có nguồn gốc từ chó xoáy Thái Lan
MỤC LỤC MỞ ĐẦU Chương TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan chó Phú Quốc .5 1.1.1 Phân loại giống chó Phú Quốc Việt Nam 1.1.2 Đặc điểm giống chó Phú Quốc Việt Nam 1.1.3 Nguồn gốc chó Phú Quốc Việt Nam 1.1.4 Các nghiên cứu chó Phú Quốc Việt Nam 1.2 Các nghiên cứu ứng dụng trình tự gene để truy tìm nguồn gốc chó 1.2.1 Genome ty thể việc sử dụng trình tự genome ty thể truy tìm nguồn gốc chó 1.2.2 NST Y việc sử dụng trình tự NST Y truy tìm nguồn gốc chó 12 1.2.3 Các nghiên cứu ứng dụng trình tự gen để truy tìm nguồn gốc chó Phú Quốc Việt Nam 15 Chương VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 17 2.1 Vật liệu – hóa chất 17 2.1.1 Vật liệu nghiên cứu 17 2.1.2 Hóa chất 17 2.1.3 Hóa chất tách chiết DNA 17 2.2 Phương pháp nghiên cứu, kỹ thuật sử dụng 20 2.2.1 Phương pháp thu mẫu – tách DNA tổng số 20 2.2.2 Phương pháp điện di agarose 23 2.2.3 Phương pháp PCR khuếch đại trình tự vùng D-loop .23 2.2.4 Phương pháp khuếch đại vùng NST Y kỹ thuật PCR 25 2.2.5 Phương pháp giải trình tự 27 2.2.6 Phương pháp hiệu chỉnh trình tự 28 2.2.7 So sánh với sở liệu GenBank 29 2.2.8 Phương pháp xây dựng liệu DNA 29 2.2.9 Phương pháp xây dựng đa dạng di truyền dựa phát sinh loài .29 Chương KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 30 3.1 Kết tách chiết thu nhận DNA tổng số 30 3.2 Ðịnh loại haplotype mẫu chó Phú Quốc trình tự vùng kiểm soát 31 3.2.1 Thiết lập phản ứng PCR khuếch đại vùng kiểm soát 31 3.2.2 Kết giải phân tích trình tự DNA vùng D-loop .32 3.2.3 Lắp ráp trình tự 32 3.2.4 So sánh trình tự truy vấn mẫu nghiên cứu với sở liệu GenBank 33 3.2.5 Định loại haplotype cho chó Phú Quốc 34 3.3 Xây dựng quy trình PCR khuếch đại vùng hệ gen NST Y mẫu chó PQ31 PQ32 36 3.3.1 Xây dựng quy trình khuếch đại vùng DNA NST Y kỹ thuật PCR 36 3.3.2 Kết giải trình tự mảnh genome NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 49 3.3.3 Lắp ráp trình tự 49 3.3.4 So sánh trình tự truy vấn mảnh DNA NST Y nghiên cứu với sở liệu GenBank 50 3.3.5 Tổng kết kết giải trình tự 51 3.3.6 Phân tích tính đa hình trình tự NST Y cá thể chó PQ31 PQ32 52 3.3.7 Suy luận haplotype cá thể PQ31 PQ32 từ SNP nhận diện 54 3.3.8 Bàn luận nguồn gốc chó Phú Quốc 54 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 57 TÀI LIỆU THAM KHẢO 58 PHỤ LỤC MỞ ĐẦU Lý chọn đề tài Chó (Canis familiaris) động vật hóa lâu đời cho tiến hóa từ sói (Canis lupus) [34] Trên tồn giới có 400 giống, ni sử dụng với nhiều mục đích khác Trong đó, có giống chó có xốy lưng giống chó Phú Quốc Việt Nam, chó xốy Thái Lan chó xốy Nam Phi (Rhodesian Ridgebacks) Với đặc tính thơng minh, nhanh nhẹn, hình dáng đẹp… chó Phú Quốc trở thành giống chó quý nước ta Tuy nhiên, nguồn gốc chó Phú Quốc nhiều tranh luận Ngồi chó Phú Quốc Việt Nam, giới có hai giống chó khác có dải lơng xốy lưng chó xốy Thái Lan chó xốy Rhodesian Nam Phi Hai giống chó Liên đồn Các hiệp hội Ni chó giống Quốc tế (Federation Cynologique Internationale - FCI) công nhận Chó Phú Quốc chưa đăng ký FCI nên nhiều nguời cho có nguồn gốc từ chó xốy Thái Lan [36] Hiện nay, Việt Nam có số nghiên cứu chó Phú Quốc Tuy nhiên, nghiên cứu dừng lại việc khảo sát ghi nhận lại đặc điểm hình thái bên ngồi, chưa có nghiên cứu sâu mặt di truyền, nghiên cứu mức độ phân tử kết luận nguồn gốc chó Phú Quốc mang tính khoa học Do đó, việc xác định nguồn gốc bảo vệ nguồn gen chó Phú Quốc mối quan tâm hàng đầu nhà khoa học Hơn nữa, việc xác định kiểu di truyền tạo lập sở liệu DNA giống, lồi, đăng kí ngân hàng gen giới tài nguyên di truyền động vật đặc hữu Việt Nam nói chung giống chó Phú Quốc nói riêng vấn đề quan trọng, mang tính khoa học thực tiễn cao Các nghiên cứu mtDNA chó, cụ thể vùng điều khiển (D-loop) xác định nhóm haplotype A, B, C, D, E, F [33], có đến 71,3 % chó mang haplotype A; 95,9 % mang haplotype A, B C, nhóm phân bố tồn giới (trừ nhóm C khơng có Châu Mỹ) Ngược lại, ba nhóm haplotype D, E F nhóm hiếm, chiếm chưa đến 5% cá thể chó giới phân bố hạn hẹp khu vực Đông Á Hơn nữa, nghiên cứu mtDNA cho thấy đa dạng di truyền cao tìm thấy số chó khu vực Đông Á, liệu mtDNA nguồn gốc chó từ hóa sói khu vực Nam Á Sơng Dương Tử (ASY) [33], [27], [18] Từ năm 2012, Phòng Genomics & Bioinformatics, Trường Đại học Nguyễn Tất Thành tiến hành đề tài “Nghiên cứu giải trình tự hệ gen ty thể chó Phú Quốc để đánh giá độ đa dạng di truyền chó Phú Quốc giống Tp Hồ Chí Minh” cho nhiều kết bật Theo đó, chó Phú Quốc mang kiểu gene đơn bội dạng E thuộc dạng giới (chỉ chiếm 1-2%) phân bố hạn hẹp khu vực Đông Á ShiBa Nhật Bản, Indo Hàn Quốc, Shar-Pei Trung Quốc PungSang Triều Tiên Mặc dù, sử dụng mtDNA cho kết xác thực hạn chế nghiên cứu dòng mẹ Còn nghiên cứu nguồn gốc theo dòng cha khơng có Một nghiên cứu gần Ding cộng (2012), dựa kiểu di truyền dòng cha phân tích vùng DNA NST Y có kích thước 14.437 bp 151 chó lấy mẫu tồn giới tìm thấy 28 haplotype phân phối năm nhóm gen đơn bội, có hai nhóm chủ yếu giới hạn khu vực Đông Á Đồng thời định loại haplotype ghi nhận cá thể chó Phú Quốc nằm nhóm H1a dẫn xuất nhóm HG1, cá thể chó Thái Ridgeback mang haplotype H6a H8a dẫn xuất từ nhóm HG6 Hai nhóm HG1 HG6 cho xuất phát từ sói đực khác Điều gợi ý chó Phú Quốc chó Thái Ridgeback khơng tổ tiên [10], [14] Qua đó, nhóm nghiên cứu bắt đầu khảo sát liệu di truyền theo dòng cha chó Phú Quốc để bổ sung kết nghiên cứu mtDNA theo dòng mẹ Từ đó, xác định nguồn gốc giống chó Phú Quốc, lý chúng tơi định chọn đề tài “Bước đầu khảo sát nguồn gốc chó Phú Quốc dựa vùng nhiễm sắc thề Y” Mục tiêu nghiên cứu - Bước đầu xây dựng quy trình khuếch đại trình tự vùng DNA NST Y - Xác định haplotype chó Phú Quốc dựa trình tự vùng DNA NST Y - Phân tích bước đầu truy tìm nguồn gốc chó lưng xốy Phú Quốc Đối tượng nghiên cứu - Mẫu máu chó Phú Quốc thu nhận khu vực thành phố Hồ Chí Minh Nhiệm vụ nghiên cứu Nội dung 01: Thiết lập tối ưu hóa quy trình khuếch đại vùng NST Y chó Phú Quốc thuộc haplotype E phương pháp PCR - Tối ưu hóa primer: Sử dụng primers Ding cộng (2012) công bố - Tối ưu hóa nhiệt độ bắt cặp: Nhiệt độ bắt cặp cần tối ưu hóa cho phù hợp với primers đặc hiệu để thu phản ứng PCR cho tỷ lệ khuếch đại thành công cao - Tối ưu thời gian kéo dài: Thời gian kéo dài hiệu chỉnh theo hướng tăng giảm thời gian so với công thức lý tưởng để thu sản phẩm PCR tốt - Nồng độ DNA khn tối ưu hóa cách thay đổi nồng độ khuếch đại thành công, số lượng lẫn chất lượng sản phẩm PCR thu - Số lượng chu kỳ thông thường phản ứng PCR 25-30, tùy theo điều kiện cụ thể mà số chu kỳ hiệu chỉnh để hiệu khuếch đại cao Nội dung 02: Giải trình tự vùng NST Y hiệu chỉnh trình tự - Sản phẩm PCR thu nhận để giải trình tự cặp mồi dùng để khuếch đại cặp mồi bên - Thơng tin trình tự thu thập hiệu chỉnh mắt với hỗ trợ phần mềm SeaView FinchTV - Xác lập tính thơng tin DNA trình tự thuật toán BLAST FASTA ngân hàng liệu Genbank, (tránh trường hợp tạp nhiễm đọc trình tự nhầm) - Kiểm tra chấp nhận kết cuối Nội dung 03: Xác định haplotype chó Phú Quốc - Xác định tính đa hình dựa nucleotides đơn lẻ (SNP) vùng DNA NST Y chó Phú Quốc giải trình tự - Định loại haplotype chó Phú Quốc dựa SNP thu - Phân tích truy tìm nguồn gốc chó Phú Quốc quan hệ với chó lưng xoáy Thái Lan Phạm vi nghiên cứu - Các cá thể chó Phú Quốc mang kiểu gene đơn bội thuộc dòng E - Phân tích vùng DNA nhiễm sắc thể Y dài 14.437 bp hệ gene chó Phú Quốc Ý nghĩa khoa học luận văn Đề quy trình khuếch đại trình tự vùng DNA NST Y cá thể chó Phú Quốc Bổ sung liệu, từ góp thêm chứng nguồn gốc chó Phú Quốc Chương TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan chó Phú Quốc 1.1.1 Phân loại giống chó Phú Quốc Việt Nam Trong hệ thống phân loại sinh giới, chó Phú Quốc có vị trí phân loại sau: Giới: Động vật – Animalia Phân giới: Động vật đa bào – Metazoa Ngành: Động vật có dây sống – Chordata Phân ngành: Động vật có xương sống – Vertebrata Lớp: Thú – Mammalia Bộ: Ăn thịt – Carnivora Họ: Chó – Canidae Phân họ: Chó – Caninae Giống: Chó - Canis Linnaeus, 1758 Lồi: Chó – Canis lupus Linnaeus, 1758 Phân lồi: Chó nhà - Canis lupus familiaris Linnaeus, 1758 Hình 1 Chó Vện – hai chó Phú Quốc Việt Nam tham dự thi Chó đẹp giới Paris vào tháng 7/2011 [4] 1.1.2 Đặc điểm giống chó Phú Quốc Việt Nam Chó Phú Quốc ba dòng chó có xốy lơng lưng giới Hai loại chó lơng xốy lưng lại chó lơng xốy Rhodesia (còn có tên Ari Nam Phi) chó lơng xốy Thái Ở Việt Nam, chó Phú Quốc giống chó ngun thủy, ni từ lâu đảo Phú Quốc, thuộc vùng biển tỉnh Kiên Giang - Việt Nam để hỗ trợ người săn canh gác Chó Phú Quốc vốn quý với nhiều đặc tính bậc mà giống chó khác khơng có như: thơng minh, nhanh nhẹn, có khả săn giữ nhà tốt… [36] Chó Phú Quốc có tầm vóc trung bình, dễ ni, thích hợp cho vùng nơng thơn, sơng nước Các đặc điểm chó Phú Quốc khác biệt với giống chó khác: Đầu chó nhỏ phù hợp với sọ dài, tai nhỏ đứng, mõm đen, mắt nâu Thân hình thon nhỏ ngực nở, bụng thon, đặc biệt chó đực Bốn chân chó khỏe, bắp thịt rõ, duỗi thẳng đứng bàn chân có màng phát triển Đi với lơng ngắn vót, thường xun tư cong vi cong t ẵ n ẳ vũng trũn Về màu lơng, chó Phú Quốc có nhiều màu sắc khác như: đen, nâu, vàng, vện, xám màu khác Nhưng màu phổ biến đen vàng chiếm đến 60% Kiểu lông thẳng chiếm 98% Một đặc điểm khác đặc trưng cho chó Phú Quốc người lưu ý xoáy lưng Xoáy lưng đa dạng đối xứng theo đường giữa, dạng thường thấy hình kim, mũi tên, yên ngựa, đàn, (Hình 1.2) Thống kê cho thấy tỉ lệ chó xốy lưng chiếm 40% tổng số quần thể Hình Các dạng xốy lưng chó Phú Quốc [48] Đặc điểm sinh dục sinh sản chó Phú Quốc: kết điều tra cho thấy tháng lên giống chó tập trung vào tháng 12 thay tháng giống chó địa phương thơng thường khác Khả sinh chó thuộc loại trung bình (4 con/lứa), khả nuôi sống đến cai sữa chiếm đến 96% Một đặc tính quan trọng chó Phú Quốc đẻ hang chiếm 52% tổng số chó khảo sát Các bệnh thường gặp chó Phú Quốc bệnh đường ruột ký sinh trùng Ngoài bệnh dại tìm thấy phổ biến chó Phú Quốc [1] 1.1.3 Nguồn gốc chó Phú Quốc Việt Nam Chó Phú Quốc lồi chó riêng đảo Phú Quốc, có vị trí địa lý biệt lập với đất liền nên giống chó khơng bị lai tạp với giống chó khác Chó Phú Quốc lồi bán hoang dã có tập tính săn bắt độc lập theo bầy đàn [1] Hiện nay, giống chó Phú Quốc chưa xác định nguồn gốc Theo Đào Văn Tiến, 1977 cho chó Phú Quốc (Canis dingo) có nguồn gốc chó Dingo châu Úc, có lẽ tuyệt chủng [1] Tuy nhiên, nghiên cứu gần Oskarsson năm 2012 [26] cho thấy chó hoang Dingo Úc chó Polynesia có nguồn gốc từ chó châu Á du nhập vào, nên chó hoang Dingo khơng thể tổ tiên chó Phú Quốc Hai nhà khoa học người Mỹ Merle Wood Merle Hidinger cho khứ có chó xốy Thái Lan chó xốy Rhodesian Nam Phi có dải lơng xốy lưng, chó Phú Quốc phải có nguồn gốc từ có xốy Thái Lan Họ nói 400 năm trước, ngư dân Thái Lan mang chó xốy Thái Lan đến đảo Phú Quốc trở thành tổ tiên chó Phú Quốc ngày [26] Giáo sư Dư Thanh Khiêm, Viện trưởng Viện giáo dục Woluwe SaintPierre Brussel (Bỉ), chuyên gia tìm hiểu chó xốy Phú Quốc 30 năm khơng đồng ý với giả thuyết Ông cho biết tất hành trình người Thái Lan mơ tả lại sách „Abrégé de l‘histoire Générale des Voyages Jean-Francoise de la Harpe, thành viên hội học giả Pháp, xác nhận việc ngư dân Thái có đến đảo Phú Quốc khơng thấy ghi chép sách Ngoài ra, so sánh đặc điểm hình thái cho thấy có khác biệt chó xốy Thái Lan chó Phú Quốc Chó xốy Thái Lan có khối lượng trung bình khoảng 23 kg, cao 55 cm, chó Phú Quốc có khối lượng lớn 18 kg cao 48 cm Nếu suy luận theo giả thuyết nguồn gốc chó Phú Quốc từ chó xốy Thái Lan ngư dân Thái Lan mang đến để lại đảo Phú Quốc, với điều kiện tự nhiên đảo Phú Quốc, đảo có khí hậu nhiệt đới gió mùa nên có nguồn tài nguyên rừng nhiệt đới với nhiều giống loài đa dạng nguồn thức ăn cho chó xốy Thái Lan lưu lại Phú Quốc dồi chó xốy Thái Lan khơng có biến đổi hình dáng nhỏ gọn để phù hợp với việc săn mồi đảo Phú Quốc hình dáng chó Phú Quốc Vì vậy, giả thuyết khơng phù hợp Rất có thể, với nghiên cứu sâu nữa, cho biết chó Phú Quốc có phát triển song song với chó xốy Thái Lan, muốn biết xác phải phân tích DNA xác định mối quan hệ giống chó [31], [32] 1.1.4 Các nghiên cứu chó Phú Quốc Việt Nam Ở Việt Nam, chó Phú Quốc nhiều người quan tâm Năm 2000, tác giả Nguyễn Hữu Chiếm, Nguyễn Văn Biện cán Khoa Nông nghiệp, Trường Đại học Cần Thơ Sở Khoa học Công nghệ tỉnh Kiên Giang thực đề tài “Điều tra, nghiên cứu bảo tồn gen động vật: chó Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang” Đề tài thực từ tháng 10 năm 2000 đến tháng 12 năm 2003 Tổng số 617 chó với đủ lứa tuổi khảo sát lấy số liệu Nội dung nghiên cứu tập trung yếu tố: ngoại hình, số đo, phương thức chăn ni, quản lý, huấn luyện, bệnh thất Ngồi ra, đề tài phân tích điện di protein nhóm chó dựa màu sắc chúng để xác định đặc điểm đa dạng di truyền quần thể chó Phú Quốc so sánh với số giống chó khác vùng Kết nghiên cứu cho thấy chó Phú Quốc vốn quý với nhiều đặc tính bật mà giống chó khác khơng có như: thơng minh, nhanh nhẹn, có khả săn giữ nhà tốt [1] Năm 2009, Hoàng Tuấn Thành cộng thuộc Viện Chăn Nuôi nghiên cứu khả sinh trưởng sinh sản chó Phú Quốc ni Thành phố Hồ Chí Minh Nghiên cứu sử dụng 40 chó Phú Quốc ni giữ, bảo tồn Thành phố Hồ Chí Minh Đặc điểm ngoại hình chó Phú Quốc chủ yếu phân theo nhóm màu lơng: lơng ngắn, mượt bao gồm màu đen – vàng – vện – xám – nhóm màu khác với đặc điểm xốy lưng chủ yếu xốy ngược hình kiếm Kết theo dõi Trình tự mảnh B LOCUS 657 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 DEFINITION Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ31) chromosome Y, fragment B ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE Canis lupus familiaris (dog) ORGANISM Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis REFERENCE (bases to 657) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 657) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 657 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 174 a 174 c 123 g 186 t ORIGIN tctggaagca gctcaaaagc ctctcgttca gcctccgtga tgccctgggg gtgttcaacc 61 cacatatact gtaaagatta ggagcagggt tgtgaacacc ccacctcagc caacactgag 121 ccctgctgtt ggcttaacct tgtaagggta gctgtagaga aatcggaaga aaaaaatata 181 aacacataca gtttctgtct ttccacttca aaatgtatga gtcagagatg aggcacagaa 241 tgactactca atttttatct gtctcccttc cacacatctg ttattttttt ttttttcaca 301 catctgtttt gaatccctaa tttgtactgc ccaccaccca ccttctccaa aagagctttt 361 cgtaaacgtc gctcctcttg caccataatg aacatctcct tgtgcacagc cacagccaaa 421 tttaggtcca acttctctgg aaatgcagcc atcttgcaga tgagctcttc atgggaaaaa 481 acacagtagc gccggagccg gcggtagtgt tcaatgcact ggcgtccagc aggtagctgt 541 aagtagttca agactgtgta tggccatctg cagcccacag tttttagctt gtccaaaatg 601 accatattct gtccacattc tttatccctt tctatctata agcctaccac actccag Trình tự mảnh R LOCUS 916 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 DEFINITION Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ31) chromosome Y, fragment R ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE Canis lupus familiaris (dog) ORGANISM Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis REFERENCE (bases to 916) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 916) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 916 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 312 a 167 c 150 g 287 t ORIGIN gaggatatga tgagaaataa gagatgcttt ctctttagtt aagaaaatat atgtgattac 61 tgcaagaata tatactaaat ttgatttcta acaaagaata tgtgcttctt taaagaacct 121 tgaaatgaat tactcagact tacatgaaat ttgcacatct agctgtggta aggatccact 181 gttcattcag tatagagcca gcacagaaat gggagaaaga gagttgcaca gaaaccatcc 241 agggaaattc acccacttct gcttcccaac agtttggaca gtggggagca aggccaggtc 301 gtaatccaca ctctgtagaa ggaatccatg tttccaatag gttgaagtta gtattactac 361 ctcctttact tgatcatttt gatttcctat ttttagattt tacaaaagtg cttgtttatt 421 ttcaacttta ggaaaatgct tggggaaaaa aaggaaaatg cttggaacta tataatttta 481 accctataga gttggctatg ggaacagaaa ttgtctgcat acactctgaa aatactatat 541 tcattactca aataggaaaa ataagcagtt tctaagtact acacatattt ttataacatg 601 ctctgaaaga aactatattt ataaaacaaa ctgtttctag caaaaattaa tcttctctca 661 ataagtacac accttaatat cttgttattt ttgttccccc ttccctgatc taaatgtttt 721 gaatattatc ctgcccaagt atgagtaaaa gacttctgac ttaatcaaaa actcttgttt 781 taggctctaa caaagacctt gctcccaagg ataactcaaa tagatgacta cactgaactc 841 acctgtggtt tcatgagaaa taacagctgt cttgaagagc cagaaatcct ggatagtctc 901 tttccagatc acaccc 10 Trình tự mảnh K LOCUS 10 825 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 DEFINITION Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ31) chromosome Y, fragment K ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE Canis lupus familiaris (dog) ORGANISM Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis REFERENCE (bases to 825) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 825) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 825 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 305 a 136 c 124 g 260 t ORIGIN agatgtgcta tgtgccaaaa tatttgtttt tgatattcac ttattaattt gaatactctc 61 tcatactaac aagattttcc caaggagaca caatattcca gtatttagtg aattattttc 121 taatagaata atatcaatta aaaataatcc tttaaaatgt aaaatctgtt aatgggttat 181 taaaatacct gtaagtggac caacattcca agcaatattg ttgcaccagc caacagcctg 241 aacccaatgc acagtgcctg catttatcca gaccaaatct ccaggtcttt gaataaatct 301 atatacgggg acatttgctt cataaagatc ttcaaggttg ggccaccaag aactcatcag 361 gaaattcaaa ttatttctgg ggggaagggg ggtaaagggg gggaaggagt aaataacata 421 atgaattaag ttttttaaaa tgtcccataa aagatgagac aatttccaaa tgttaaaaga 481 tactttcatt atgcatttca ttaaaacgta atagtactgt aatactgtac tataacaaga 541 actgcatctt tcaaaagtgt aaatattaag gggtaattct gaaaacaaca ttaatagcaa 601 ctgattatgt agactaattc aaagatctac tctgtatgtt tattattttc agagttatgt 661 tccaaactac acttaaaaat agactaattt tttaattttc cttaaaaaaa cataatggtt 721 tacactcctc cttcccgtag aacctcttaa tgtcaaggaa tctctaaaaa ggaaattgag 781 aatagagatt taagaaccca cttaacttct taaccagaag cacta 11 Trình tự mảnh N LOCUS 11 934 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 DEFINITION Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ31) chromosome Y, fragment N ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE Canis lupus familiaris (dog) ORGANISM Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis REFERENCE (bases to 934) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 934) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 934 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 279 a 147 c 159 g 349 t ORIGIN gctgttgaac tttccgggga tttggtgttg ctgtctgact cactttgtcg gtattgatag 61 ccatgagcta agaatagcat taaggattaa tgtaccaaca attaatatac cttattttta 121 aattttaggc tccttcattg tcatcatcct cttgatatta tgccatgaat attaagtggc 181 accttttctg gtcttcagga aaggtcctgt agctgttcat aaaactgctg actaaaagct 241 atgtactatg caaccttcca agaatagagt gtcaactaac tggacatagg agaaagctgc 301 ctctactcca ggactcttca caaagttgat ccagctgtaa ctaataatag taataatcac 361 atgttttatg gtatctgaca gaatgtggca gtgtcacaga ctactgactt gaagatgatc 421 tttttctatg ttcctgtatt tctgaacagc taaattactt ttcttctata ttttaccttt 481 tcataatttt tctgaggaaa aaatactatt ttagctggcc atttgcttgg taataagata 541 gttaacaaat tcaaaccttt aatcatctgg gtttttttta atgtgaaaaa ttaaatgaga 601 aagttttttg gggttatgtt tggtttgatt tggtttctta ccattttata tttttctctg 661 tttgaggcca cagtgattac agttctggtt ccaaaataaa actttaagta aaaacttata 721 ccctaatagc caagacacaa agataatgga ttgcacatag agtaaggaat aaacttcaga 781 tttgtgattt ttgtttctaa tcctgataca gatttacact atttatgaat acatatttat 841 tgcttgaaga tatttgtgaa tggaatgttg ttattttatc tggggtttac ctgccattaa 901 atattaagga gttctgtaat tttaaacact actc Phụ lục C: Trình tự vùng DNA NST Y cá thể PQ32 Trình tự mảnh 03 LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL 544 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment 03 Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 544) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 544) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Direct Submission Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 544 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 185 a 101 c 92 g 166 t ORIGIN aacaaacaaa tgatcctcag tcacaaaatt ataaatgcag tttggggtga gaataagcag 61 gaggggagtt aatccaaact acagcaatta agtcttcaaa ccaacttgtg aataagattg 121 ttgattgttt ctttcttctt gtgactttga agctcccttg aattttcagg agaatcacca 181 gctggtaaaa tgtactgcaa ggtcttgaag ctataaaata cagtctggct aagttacatg 241 tggtttccat attaacttaa gggtggcttt gtcgcacagc agattcagtt gccccaccag 301 tcaaccccct gggagttgta atttcctcca tatccatcac tactgtagaa gcctccataa 361 ccacctatca aaaaatgttt gaaaacagaa attagtttag ccatttgcct cttctttctc 421 tgataaaaac ctaattaaaa aaattcatag tactggattt tgtattcttt ggaaataaaa 481 tttctccgat gaattatggt ttaagaaaaa agtaaaaagc actaaaatac aaaaggtatt 541 acct Trình tự mảnh 12 LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL COMMENT FEATURES source 671 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment 12 Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 671) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 671) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Direct Submission Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## Location/Qualifiers 671 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 209 a 96 c 132 g 234 t ORIGIN ggacaaatga tgagccagca cattattgta gcatttgtga ggtaactgtt ctcgccaaca 61 gttttttgtt gtgggatctc tagtttggcg atgccttcta aattacaaat ttaccagtac 121 ttttatataa tgcatttttg attggttatt acagcaatta gttttaattt ccatttgatg 181 gtgtaatatt taatttaatt cagaagtatt gtctacagaa gcattcatgt agtaccttct 241 tactagatga taattatctc agatactgaa ctagaaaaat ttaaaataag tatagagata 301 ccagataact ggatctgttt cagtataaat tcaggcatat cattcataat atcattcatt 361 aatacagttg ttggttttct cctctcgcca aggcttgcaa gaagtacaga aataaagagg 421 tagtatctcc tttggaggag cttccttcca ctaggagaag acagaatgta atggattctg 481 tccatgtaat ggttatggat gcacatgaac tatgacattt gaagcaatga ggaaaataat 541 ctaatactgg cttagagttt ataggctgtt tctagagttg agtcataaag tctgtaagag 601 gagatggttt gtagcttgca atgatcttga attaaagtta tggaatttca tcttaactct 661 gaggtcgctg a Trình tự mảnh 16 LOCUS DEFINITION 494 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment 16 ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis REFERENCE (bases to 494) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 494) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES source Location/Qualifiers 494 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 150 a 70 c 77 g 197 t ORIGIN cgatgacaaa aggtaagtcc tccggttatg tatccatgaa gagcgtttag aatctcaaga 61 ttggaaattg ttttgtactt ttgcaaccct actcattctt tttgttgttt atgttgtcct 121 aaagtcttag ttatatatat aacattctga tacagcattc tgaaatgatt tttgctagtt 181 tttgcaatta gattttagtt actgaggaat ctcaaaaggt taaatttaca aaatagagaa 241 gttactttat ttctaaaatt ctgtttttag gattcaattt tcagtgatct taatttattt 301 tcaaactttt ttctctggaa gagctaacac tctacttcta accttagaag agtctattag 361 agatttaaat gtatttattc gaacatagta ttttcaaaga cctagtaagt tttcttcagt 421 atttgcaaca aggtgacact tttgatgtat tactttattt caggtggaaa ttgcagctac 481 atgagcttac taaa Trình tự mảnh 20 LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL COMMENT FEATURES source 881 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment 20 Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 881) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 881) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Direct Submission Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## Location/Qualifiers 881 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" 233 a 164 c 110 g 374 t BASE COUNT ORIGIN gagtggtaca taatcaagta tctgccagtt gactaataca gtgtataacc gaggtataac 61 tttgctagtt tgtcagtatt cattctactc tccttttaca cattttctct tccattagtt 121 atatttcatc ctagtagtat ttaatgtttt tcagcttctt taaaaatatt ctctgtagtt 181 tgtcctacaa agactatgtt taaagattaa tctgtcagtc acttaacatt cagccttgat 241 tcttcagtat cacttaaata atagtaacat ctgttgacct gttaagaacc aagaaaactg 301 cctaaaatta tttacctttt tatttaattg actattggta tttgtttcaa catctttatt 361 gagtggctgt tctcaaaagt cttaattgtc tagaatcatt tttattttct ttagatatat 421 tgattttact cagtgcagtg aaacacaatt taattaactg tttaccagtt ttcttgcttg 481 accagagaca gattttgatt tgtctcattt tttcctctcc ttctttccct cccttccttc 541 cttttcttcc tttcttttct tctattcctt cccttccctt ttcctttctc tttccctttg 601 cccgacatac tgcatttaca tttctaattt ttctgtccat tgttttacga taaaatagat 661 gtattttatg agcactttgc taatttcagt gtacaataat tgcttagcac agcaagaaca 721 tccttgtata ttaagtacaa tatttctgtg aaattgagaa aataatttac actactactt 781 aaagttcatt tttcttgctt tcacacaatg gatatccact ggtctttttt taaatgaaat 841 gttgaagtat ggtgatatgt agatcagttg aaatgctgtt g Trình tự mảnh 29 LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL COMMENT FEATURES source 876 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment 29 Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 876) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 876) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Direct Submission Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## Location/Qualifiers 876 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 282 a 133 c 123 g 338 t ORIGIN gatgtcatac tttataattt cttctatagt caaagtgtaa ccaaaaaaag aaaacacagt 61 gtagttttat ttatttttta tttttttcac aatgtagttt taaaatgtac agttcattga 121 tttttagtat attcccagat atgtgctact atcaccacag tcaattttcc agccatttta 181 gcacttcaaa aagaaatcta atatcaggtt tttaatgtag tggttttatt ctgtttatac 241 taaaccataa aatccaatcc tacattaaat aataaactat ctttttcctt tcttgcattt 301 acttataaat gtccttatta gacactacat aagggatgcc tgggtggcac agtggttagg 361 ctcagggtgc ttttggctca gggtgtgatc ttgggatcat caggcttcct gtgaggattt 421 tgcttctccc tctgcctctc tctctctctc tctctctctc tctctctgtg tctctcataa 481 ataaataaat aaatactttt taaaaagacc ctaaataaaa cctggataaa gtaaatgctt 541 gagtaaatat atgaaatata ctgtaatatt tttattatat aacatttgaa atttgaacac 601 taatatgttg aattttaaaa agatattcct aatttgagtt tgaaataaaa tagaaaataa 661 atgtctgtta agtacttttg aactaccttg actattttat tttagtataa gttatggata 721 tccaggtgga aaataatcat gcttaaagat tgtaaatcta ttcatgtaac tagtagttaa 781 atattctgta ttagctgtat cttaaccttg cttagacagg agtcacttag attattttat 841 taggattatg agtcaatcat taaatagtgt cactga Trình tự mảnh 30 LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL COMMENT FEATURES source 851 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment 30 Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 851) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 851) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Direct Submission Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## Location/Qualifiers 851 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" 316 a 166 c 152 g 217 t BASE COUNT ORIGIN ttccttctac ccctcgccaa tgttatttca cctctgaaat aatacctgaa actctgcaaa 61 tttttatttg catatgtaaa aatgattata aactcagcag tgctgccagg taggaaaata 121 aaatgttaac aagaggtagc attcataaaa cacggaatta aagaagttac acaaggttag 181 gccacttaaa tctagtgaca ctgaagtcca gtgccaagag cctttatcat ccatctcttt 241 tcacaatgag ggaaaaactg ggctcagaaa ggcaaatttt acctatgttc tcctgcaatc 301 acaggtacag aattacttgc ccagatagtg gaatcgtaaa aactgacact gctattaata 361 ttatctcaca taatggataa ccaaataatc aatgaaatgg tcattccatg tcatgttttc 421 tccattaccc tgaaatttta gtcctttcca ttttcagaaa gctaaggaac aaaagaataa 481 aggacaatgt aaaggtataa ggacttacag gtaaaaaagt cagtaagaat ctaattttta 541 aaaaaagatt ttatttattt attcatgaga gacagagaga gagaggcaga gacataggca 601 gagggagaag gaggttccgt gcagggagcc cgacatggaa ctcgatcatg ggtctccagg 661 atcacacacc ctgagccgaa agcggcacta aaccgctgag ccacccgggc caccccaaga 721 atctaatttt aaaagcaaca aacataaata gaaaataaag atacttagga aaagcatctt 781 aaggaaaaaa taacgttcaa gacttaacaa actatgcctt acctctctct agatcttaat 841 taatctgaag a Trình tự mảnh 31 LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS 600 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment 31 SOURCE Canis lupus familiaris (dog) ORGANISM Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis REFERENCE (bases to 600) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx JOURNAL Unpublished REFERENCE (bases to 600) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES source Location/Qualifiers 600 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 182 a 100 c 85 g 233 t ORIGIN agtggtatac acattccagt cagagtgtca gcaactaaaa gcataattaa gatagaggtt 61 tgaaactcaa aagatctgaa agaagctgga ataaaagaca gtgctgactc ccaatgccta 121 ttttgtcaaa tggattaact attaatggga ttcttatcta gtccacttct tatatcttta 181 aactgtagac acatttatga tttttttaag tagttcataa gattcttaaa tatatatttg 241 tcatatctcc acataaagat aatactatat aatatttcat ttggagggac cacagttgct 301 tccaaattat ggcagttatg aatgaggcta tgtaattcct ttggcctttc ataaatgccc 361 ttctttatca gtttgagata atttccctgt attcctaatt cttttatcgt ttttatcatg 421 aaacgatact gaattctatg aaatggtttt gaattttgtc agaagatgtt gaattcttac 481 attttttttt ttcctgcatc aatagaactg accatatatt ccgttttagt tcattccttt 541 accctagtct cttggaacct tcattttacc ctatatatct ttgaactttt gtattctaaa Trình tự mảnh B LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE 656 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment B Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 656) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 656) AUTHORS Tran,H.-D and Ha,C.Thi TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam COMMENT ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES source Location/Qualifiers 656 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 178 a 174 c 121 g 183 t ORIGIN gatgccctgg gggtgttcaa cccacatata ctgtaaagat taggagcagg gttgtgaaca 61 ccccacctca gccaacactg agccctgctg ttggcttaac cttgtaaggg tagctgtaga 121 gaaatcggaa gaaaaaaata taaacacata cagtttctgt ctttccactt caaaatgtat 181 gagtcagaga tgaggcacag aatgactact caatttttat ctgtctccct tccacacatc 241 tgttattttt ttttttttca cacatctgtt ttgaatccct aatttgtact gcccaccacc 301 caccttctcc aaaagagctt ttcgtaaacg tcgctcctct tgcaccataa tgaacatctc 361 cttgtgcaca gccacagcca aatttaggtc caacttctct ggaaatgcag ccatcttgca 421 gatgagctct tcatgggaaa aaacacagta gcgccggagc cggcggtagt gttcaatgca 481 ctggcgtcca gcaggtagct gtaagtagtt caagactgtg tatggccatc tgcagcccac 541 agtttttagc ttctccaaaa tgaccatatt ctgtccacat tctttatccc tttctatcta 601 taagcctacc acactccaga ctcacccagt cagcagtgca aaagttgaca gcctca Trình tự mảnh R LOCUS DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL COMMENT FEATURES source 923 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment R Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 923) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 923) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Direct Submission Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## Location/Qualifiers 923 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" 314 a 167 c 153 g 289 t BASE COUNT ORIGIN tgaggatatg atgagaaata agagatgctt tctctttagt taagaaaata tatgtgatta 61 ctgcaagaat atatactaaa tttgatttct aacaaagaat atgtgcttct ttaaagaacc 121 ttgaaatgaa ttactcagac ttacatgaaa tttgcacatc tagctgtggt aaggatccac 181 tgttcattca gtatagagcc agcacagaaa tgggagaaag agagttgcac agaaaccatc 241 cagggaaatt cacccacttc tgcttcccaa cagtttggac agtggggagc aaggccaggt 301 cgtaatccac actctgtaga aggaatccat gtttccaata ggttgaagtt agtattacta 361 cctcctttac ttgatcattt tgatttccta tttttagatt ttacaaaagt gcttgtttat 421 tttcaacttt aggaaaatgc ttggggaaaa aaaggaaaat gcttggaact atataatttt 481 aaccctatag agttggctat gggaacagaa attgtctgca tacactctga aaatactata 541 ttcattactc aaataggaaa aataagcagt ttctaagtac tacacatatt tttataacat 601 gctctgaaag aaactatatt tataaaacaa actgtttcta gcaaaaatta atcttctctc 661 aataagtaca caccttaata tcttgttatt tttgttcccc cttccctgat ctaaatgttt 721 tgaatattat cctgcccaag tatgagtaaa agacttctga cttaatcaaa aactcttgtt 781 ttaggctcta acaaagacct tgctcccaag gataactcaa atagatgact acactgaact 841 cacctgtggt ttcatgagaa ataacagctg tcttgaagag ccagaaatcc tggatagtct 901 ctttccagat cacacccagg tga 10 Trình tự mảnh K LOCUS 10 DEFINITION ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL COMMENT FEATURES source 824 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment K Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 824) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 824) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Direct Submission Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## Location/Qualifiers 824 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" BASE COUNT 304 a 136 c 124 g 260 t ORIGIN agatgtgcta tgtgccaaaa tatttgtttt tgatattcac ttattaattt gaatactctc 61 tcatactaac aagattttcc caaggagaca caatattcca gtatttagtg aattattttc 121 taatagaata atatcaatta aaaataatcc tttaaaatgt aaaatctgtt aatgggttat 181 taaaatacct gtaagtggac caacattcca agcaatattg ttgcaccagc caacagcctg 241 aacccaatgc acagtgcctg catttatcca gaccaaatct ccaggtcttt gaataaatct 301 atatacgggg acatttgctt cataaagatc ttcaaggttg ggccaccaag aactcatcag 361 gaaattcaaa ttatttctgg ggggaagggg ggtaaagggg gggaaggagt aaataacata 421 atgaattaag ttttttaaaa tgtcccataa aagatgagac aatttccaaa tgttaaaaga 481 tactttcatt atgcatttca ttaaaacgta atagtactgt aatactgtac tataacaaga 541 actgcatctt tcaaaagtgt aaatattaag gggtaattct gaaaacaaca ttaatagcaa 601 ctgattatgt agactaattc aaagatctac tctgtatgtt tattattttc agagttatgt 661 tccaaactac acttaaaaat agactaattt tttaattttc cttaaaaaaa cataatggtt 721 tacactcctc cttcccgtag aacctcttaa tgtcaaggaa tctctaaaaa ggaaattgag 781 aatagagatt taagaaccca cttaacttct taaccagaag cact 11 Trình tự mảnh N LOCUS 11 DEFINITION N ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE ORGANISM REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL REFERENCE AUTHORS TITLE JOURNAL COMMENT FEATURES source 935 bp DNA linear MAM 08-APR-2015 Canis lupus familiaris (Phu Quoc dog, PQ32) chromosome Y, fragment Canis lupus familiaris (dog) Canis lupus familiaris Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Carnivora; Caniformia; Canidae; Canis (bases to 935) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Canis lupus familiaris chromosome Y, fragment xxx Unpublished (bases to 935) Tran,H.-D and Ha,C.Thi Direct Submission Submitted (08-APR-2015) Nguyen Tat Thanh University, 298 Nguyen Tat Thanh, Dist 4, Ho Chi Minh city 70000, Vietnam ##Assembly-Data-START## Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## Location/Qualifiers 935 /organism="Canis lupus familiaris" /mol_type="genomic DNA" 279 a 148 c 159 g 349 t BASE COUNT ORIGIN ggctgttgaa ctttccgggg atttggtgtt gctgtctgac tcactttgtc ggtattgata 61 gccatgagct aagaatagca ttaaggatta atgtaccaac aattaatata ccttattttt 121 aaattttagg ctccttcatt gtcatcatcc tcttgatatt atgccatgaa tattaagtgg 181 caccttttct ggtcttcagg aaaggtcctg tagctgttca taaaactgct gactaaaagc 241 tatgtactat gcaaccttcc aagaatagag tgtcaactaa ctggacatag gagaaagctg 301 cctctactcc aggactcttc acaaagttga tccagctgta actaataata gtaataatca 361 catgttttat ggtatctgac agaatgtggc agtgtcacag actactgact tgaagatgat 421 ctttttctat gttcctgtat ttctgaacag ctaaattact tttcttctat attttacctt 481 ttcataattt ttctgaggaa aaaatactat tttagctggc catttgcttg gtaataagat 541 agttaacaaa ttcaaacctt taatcatctg ggtttttttt aatgtgaaaa attaaatgag 601 aaagtttttt gcggttatgt ttggtttgat ttggtttctt accattttat atttttctct 661 gtttgaggcc acagtgatta cagttctggt tccaaaataa aactttaagt aaaaacttat 721 accctaatag ccaagacaca aagataatgg attgcacata gagtaaggaa taaacttcag 781 atttgtgatt tttgtttcta atcctgatac agatttacac tatttatgaa tacatattta 841 ttgcttgaag atatttgtga atggaatgtt gttattttat ctggggttta cctgccatta 901 aatattaagg agttctgtaa ttttaaacac tactc ... chó T y Tạng Nhật Bản [23] 1.2.2 NST Y việc sử dụng trình tự NST Y truy tìm nguồn gốc chó Nhiễm sắc thể Y (NST Y) Nhiễm sắc thể Y không tái tổ hợp di truyền nguyên vẹn từ cha sang trai mà khơng... protein khác Y- chromosome chủ y u khơng tái tổ hợp ngoại trừ hai đầu nhiễm sắc thể, nơi x y tái tổ hợp với nhiễm sắc thể X Tuy nhiên, nghiên cứu tái tổ hợp không đối ứng x y bên nhiễm sắc thể Y [14]... Nguyễn Thị Như Mai với đề tài “ Định loại haplotype truy tìm nguồn gốc chó Phú Quốc trình tự vùng CR gen ty thể nghiên cứu 16 cá thể chó Phú Quốc cho nhiều phát thú vị Kết phân tích SNP cho