Tài Liệu Thực Hành Dịch Tễ Học Thú Y

Ch ѭѫng trìnhy Ngày 1 y Giӟi thiӋu y Quҧn lý sӕ liӋu bҵng EpiData y Giӟi thiӋu phҫn mӅm thӕng kê STATA y Ngày 2 y Các nghiên cӭu dӏch tӉ y Các ÿҥi lѭӧng sӱ dөng trong nghiên cӭu dӏch tӉ

Ch ѭѫng trình

y Ngày 1

y Giӟi thiӋu

y Quҧn lý sӕ liӋu bҵng EpiData

y Giӟi thiӋu phҫn mӅm thӕng kê STATA

y Ngày 2

y Các nghiên cӭu dӏch tӉ

y Các ÿҥi lѭӧng sӱ dөng trong nghiên cӭu dӏch tӉ

y Dùng STATA ÿӇ tính các ÿҥi lѭӧng dung trong nghiên cӭu dӏch tӉ

y Phân tích ÿa biӃn bҵng Logistic

EŐăLJ ϭ

1RPLQDO (\HFRORU )UHHWH[W 2SHQHQGHG

TXHVWLRQ1DPHV 6WULQJFDWHJRULFDO

• EpiData là sҧn phҫn hoàn toàn miӉn phí, ngѭӡi

sӱ dөng có thӇ tҧi chѭѫng trình cài ÿһt tӯ trang

Web http://www.epidata.dk

• EpiData có thӇ chҥy trên các máy tính cài ÿһt hӋ

ÿiӅu hành Microsoft Windows ŚŽһĐDĂĐŝŶƚŽƐŚ͘

• Epidata có thӇ xuҩt sӕ liӋu sang nhiӅu dҥng

<ŝӇƵĚӳ ůŝӋƵ

• Chuӛi ÿӏnh dҥng là <IDNUM>

• Mӝt trѭӡng sӕ liӋu ÿѭӧc khai báo kiӇu ID

number thì giá trӏ sӕ liӋu cӫa trѭӡng sӁ ÿѭӧc tӵ

ÿӝng nhұp khi nhұp sӕ liӋu Ngѭӡi sӱ dөng

• Chuӛi ÿӏnh dҥng là sӱ dөng ký tӵ “_” hoһc <E >

– Chuӛi ÿӏnh dҥng là <A>, hoһc <A >

thì sӕ liӋu nhұp vào trѭӡng này ÿѭӧc hiӇu là

dҥng kí tӵ viӃt hoa

• Ĉây là kiӇu dӳ liӋu logic.

• Tr ѭӡng ÿѭӧc khai báo kiӇu này chӍ chҩp

sӁ ÿѭӧc tӵ ÿӝng ÿiӅn vào giá trӏ ŶŐăLJŚŝӋŶƚҥŝ

;ŶŐăLJĐӫĂŵĄLJƚşŶŚͿŬŚŝŶŚұƉůŝӋƵ͘

• KiӇu Soundex là kiӇu dӳ liӋu mã hóa Sӕ liӋu

mã hóa (chuyӇn sang mӝt giá trӏ khác) theo quy

luұt mã hóa cӫa Epidata trѭӟc khi lѭu vào cѫ sӣ

*LӟL WKLӋX SKҫQ PӅP

• Ph ҫn mӅm xӱ lý thӕng kê cӫa StataCorp

• Ý ngh ƭa là "statistics" and "data“

M ӝt sӕ vҩn ÿӅ

• Thao tác c ӫa Stata có thӇ ÿѭӧc thӵc hiӋn

thông qua 2 ki Ӈu

– graphical user interface (GUI)

dŚĂŽ ƚĄĐ

• M ӣ file lab0.txt bҵng Excel, lѭu lҥi thành lab1.xls và lab1.csv

• Import vào Stata

• Thêm bi Ӄn “barn” vӟi giá trӏ “1” cho id tӯ 1-50 (ngoҥi tӯ id=2)

• Xem n ӝi dung file lab_merge.dta

• N ӕi lab2 và lab_merge.dta

– summarize weight, detail

– bysort sex: summarize weight

– GUI: Data > Describe data > Summary statistics

• tabstat weight, by(sex) columns(variables)

• GUI: Statistics > Summaries, tables, and

tests > Tables > Tables of summary

statistics (tabstat) > ch ͥn weight cho

“variable” và “group statistics” b ͉ng sex.

• histogram weight, percent by(barn)

• GUI: Graphics > Histogram > ch ͥn

“weight” là bi ͗n chính(Main tab), “percent”

cho tr ͽc y (Main tab), và “barn” nh́ là

bi ͗n phân lͥai (By tab)

EŐăLJ Ϯ

ӎ,dӈ ,Ӑ

ѫ ҧŶ dŚӵĐ ŚăŶŚ

• ӏĐŚƚӉ ŚӑĐůăŵƀŶŚӑĐŶŐŚŝġŶĐӭƵǀӅ ŵӕŝ

ůŝġŶƋƵĂŶŐŝӳĂƚĄĐŶŚąŶŐąLJďӋŶŚ͕LJӃƵƚӕ

ƚƌƵLJӅŶůąLJ͕ŵƀŝƚƌѭӡŶŐǀăǀұƚĐŚӫ

ӹ lӋ bӋnh (prevalence)

– T ΍ l͟ b͟nh, t΍ l͟ nhi͝m.

– Là s ͩ con thú có cùng tính ch̽t ÿang kh̻o sát

(b ͟nh, nhi͝m b͟nh, mang trùng, có rͩi lo̹n

th ͛ t̹i mͱt th͵i ÿi͛m nh̽t ÿͣnh chia cho tͭng

cӫa bӋnh trong nhóm là x/(n-x).

•Tӹ sӕ chênh (OR) là tӹ sӕ giӳa chӍ sӕ

* Ĉánh giá

OR = 1 Æ không có mӕi liên quan

OR > 1 Æ có mӕi liên quan; yӃu tӕ nguy cѫ có thӇ làm

HUS: Hemolytic-uremic syndrome

Ĉӝ ý nghƭa cӫa mô hình

1 Wald tests

- T Ӎ sӕ giӳa coefficient (log odds scale) và

standard error.

- Có phân ph ӕi chuҭn z

- Tests coefficient (log odds scale) b ҵng

Ch ӑn lӵa mô hình tӕi ѭu

• estat ic ÿӇ xem AIC cӫa mô hình; AIC

càng nh ӓ càng tӕt

• Mô hình càng ÿѫn giҧn càng tӕt

ůŝŶĐŽŵ

S ӱ dөng biӃn liên tөc trong mô

hình

• Ĉánh giá xu hѭӟng bҵng lintrend hay

lowess hay lintrend Y X, groups (#)

EŐăLJ ϯ

• Do Ross Ihaka và Robert Gentleman

-Trѭӡng ÿҥi hӑc Auckland, New Zealand phát

hoҥ 1996

• R là mӝt phҫn mӅm sӱ dөng cho phân tích

thӕng kê và vӁ biӇu ÿӗ

• R là ngôn ngӳ máy tính ÿa năng, có thӇ sӱ

dөng cho nhiӅu mөc tiêu khác nhau, tӯ tính

toán ÿѫn giҧn, toán hӑc giҧi trí (recreational

mathematics), tính toán ma trұn (matrix), ÿӃn

các phân tích thӕng kê phӭc tҥp

T ҧi R xuӕng và cài ÿһt vào máy tính

y Tҧi chѭѫng trình: Tài liӋu cҫn tҧi vӅ, tùy theo phiên

b ҧn R và sӕ phiên bҧn (R-2.9.1-win32.exe)

y Tҧi package

y http://cran.R-project.org

y Ĉӏa chӍ ÿӇ tҧi các package vүn là:

http://cran.r-project.org, r ӗi bҩm vào phҫn “Packages” xuҩt hiӋn

bên trái c ӫa mөc lөc trang web

y Các package này có thӇ cài ÿһt trӵc tuyӃn bҵng cách

ch ӑn Install packages trong phҫn packages cӫa R

Cách ÿһt tên ÿӕi tѭӧng trong R

ls() # li Ӌt kê các ÿӕi tѭӧng trong file

> MyData<-read.csv(file.choose(), head=T) # ch ӑn file data_ex trong day3

> glm1 <- glm(MyData$mastitis ~ MyData$milking + MyData$dipping +

MyData$drying ,family=binomial)

Summary(glm1)

Ph ѭѫng pháp “Kernel smothing” ÿӇ tҥo bҧn

T ҥo bҧn ÿӗ ƌŝƐŬŵĂƉфͲ ŬĞƌŶƌĂƚ;ƉƚƐϭ͕ƉƚƐϯ͕ĂƐ͘ŵĂƚƌŝdž;ĂŬ͘ƉŽůLJͿ͕

Xác ÿӏnh vùng trung tâm dӏch bҵng

http://www.satscan.org/

Chu ҭn bӏ data trên R

ҥo bҧn ÿӗ có trung tâm dӏch bҵng R

sau khi ÿã có kӃt quҧ tӯ SaTScan