Khoá luận tốt nghiệp xác định chỉ thị phân tử đa hình giữa giống cho (KC25) và giống nhận khang dân (KD) QTLgen quy định tính trạng tăng số hạt trên bông

TRƯỜNG ĐẠI HỌC sư PHẠM HÀ NỘI • • • • Khoa Sinh - KTNN Khoa Sinh _______***_________ - KTNN Trần Bích Đào KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP XÁC ĐỊNH CHỈ THỊ PHÂN TỬ ĐA HÌNH GIỮA GIÓNG CHO (KC25) VÀ GIỐNG NHẬN KHANG DÂN (KD) QTL/GEN QUY ĐỊNH TÍNH TRẠNG TĂNG SỐ HẠT TRÊN BÔNG Người thực : Trần Bích Đào Hướng dẫn đề tài : TS. Trần Đăng Khánh Cơ quan chủ trì đề tài: Viện Di truyền Nông nghiệp Thòi gian thực : 08/2014 - 05/2015 Hà Nội, tháng 05/2015 r Khóa luận tôt nghiệp LỜI CẢM ƠN KTNN Trầntrong Bích Đào Tôi xin bày tỏKhoa lòngSinh biết- ơn sâu sắc tới thầy hướng dẫn: TS.Trần Đăng Khánh, nhiều tháng thầy tận tình giúp đỡ bước khóa luận tốt nghiệp. Tôi xin chân thành cảm ơn Ban chủ nhiệm khoa, thày cô tổ di truyền, tập thể thầy cô giáo khoa Sinh - KTNN, phòng quản lí khoa học Ban giám hiệu trường Đại học sư phạm Hà Nội 2. Đã tạo điều kiện cho học tập nghiên cứu hoàn thành khóa luận tốt nghiệp. Tôi xin đồng cảm ơn Bộ môn Kĩ thuật Di truyền,Viện Di truyền Nông nghiệp. Đã tạo điều kiện cho tiến hành thực nghiệm thành công. Cảm ơn tất bạn bè giúp đỡ trình thực khóa luận. Hà Nội, tháng 05 năm 2015 Sinh viên thưc hiên • • Trần Bích Đào LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan khóa luận tốt nghiệp riêng tôi. Các số liệu khóa luận tốt nghiệp khách quan, trung thực chưa có công bố công trình khác. Hà Nội, tháng 05 năm 2015 Sinh viên thưc hiên • Trần Bích Đào • Khoa Sinh - KTNN Trần Bích Đào MỤC LỤC Trang LỜI CẢM ƠN LỜI CAM ĐOAN DANH MỤC NHỮNG TỪ VIẾT TẮT TRONG ĐỀ TÀI MỤC LỤC DANH MỤC BẢNG VÀ HÌNH Bảng nhận gen với thị RM21584; RM21645; RM22786; RM24865; Trang Khoa Sinh-KTNN RM2502 nhận gen vói thị RM6; RM3; RM345 DANH MỤC NHỮNG TỪ VIẾT TẲT TRONG ĐÈ TÀI m RFLP Restriction Fragment Lenght Polymorphilism PCR Polymerase Chain Reaction RAPD Ramdom Amplified Polymophic DNA AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism STS Sequence Tagged Site RGA Resistance Gene Analog SNP Single Nucleotide Polymorphism SSR Simple Sequence Repeats IRRI Viện di truyền lúa Quốc tế ĐHCT Đại học Cần Thơ ĐBSCL Đồng sông Cửu Long QTL Quantitative Trait Loci KD Khang Dân MAS Marker Assisted Selection Trần Bích Đào MỞ ĐẦU 1. Đăt vấn đề Khoa Sinh - KTNN Lúa (Oryza sativaL.) lương thực quan trọng cung cấp cho khoảng 50% dân số giới. Bên cạnh đó, lúa đảm bảo an ninh lương thực cho nhiều quốc gia, đặc biệt nước Châu Á, Việt Nam quốc gia sản xuất lúa gạo lâu đòi. Trong tình hình tiêu thụ lúa gạo giới nay, Việt Nam có tổng sản lượng lúa đứng thứ năm nước xuất gạo thứ hai sau Thái Lan, chiếm khoảng 50% tổng sản lượng gạo thương mại giới [1]. Lúa gạo nguồn thu ngoại tệ lớn nông nghiệp xuất ừồng chủ yếu Việt Nam. Trên thực tế, biến đổi khí hậu mối đe dọa lớn mà nhân loại phải đương đàu kỉ 21. Biến đổi khí hậu dẫn đến thay đổi thất thường yếu tố thời tiết cực đoan (hạn hán, lũ lụt, mưa đá, .) ảnh hưởng lởn đến môi trường sinh thái, đặc biệt sinh thái nông nghiệp. Bên cạnh đó, dân số ngày tăng nhanh, trình đô thị hóa phát triển mạnh mẽ dẫn đến diện tích đất trồng giảm mạnh. Chính vậy, sản lượng lúa gạo Việt Nam giảm cách kịch tính.Đối với chọn tạo giống lúa, mục đính cuối mà nhà chọn giống tạo giống lúa phẩm chất tốt, chất lượng cao suất lớn. Trong nhiều thập kỉ qua, ứng dụng phương pháp chọn giống truyền thống như: lai tạo, đột biến chọn tạo giống lúa cho suất cao nước ta đạt nhiều kết khả quan. Tuy nhiên, ứng dụng phương pháp truyền thống chọn tạo giống lúa gặp phải số trở ngại dẫn đến kết chọn lọc không mong muốn như: lai tạo gây đột biến để chọn giống mang tính thụ động, may rủi, chọn dòng phải triển khai thí nghiệm đồng mộng nên phụ thuộc nhiều vào yếu tố môi trường ý muốn chủ quan người chọn tạo.v.v. Trong đó, nhờ phát triển công nghệ sinh học mà chọn tạo giống trồng nói chung lúa nói Trần Bích Đào riêng hình thành hướng chọn tạo gọi MAS (Marker Assỉsted Selection). Tiềm việc sử dụng thị phân tử rút ngắn thời Trần Bích Đào Khoacủa Sinh - KTNN gian chọn tạo giống, đánh giá đa dạng di truyền, nâng cao hiệu chọn lọc tính trạng khó, loại ảnh hưởng nhân tố môi trường trình chọn lọc.(Thomson ctv, 2009: Septiningsih ctv; Singh ctv, 2009). Nhằm góp phần vào công tác chọn tạo giống lúa cao sản, xin chọn tiến hành đề tài: "Xác định thị phân tử đa hình giống cho (KC25) giống nhận Khang dân (KD) QTL/ gen quy định tính trạng tăng số hạt bông" vói mục đích xác định thị phân tử đa hình giống cho nhận QLT/ gen quy định tính ữạng tăng số hạt bông, nhằm phục yụ cho bước nghiên cứu chọn tạo giống lúa cho sản lượng cao nước ta. 2. Mục đích nghiên cứu + Tách chiết ADN hai giống lúa Khang dân (KC25) + Xác định thị đa hình hai giống cho Khang dân giống nhận (KC25). 3. Ý nghĩa khoa học thực tiễn 3.1. Ỷ nghĩa khoa học Đề tài đánh giá tiêu hình thái sinh trưởng phát triển, tiêu suất yếu tố cấu thành suất giống lúa thu thập dùng làm dòng nhận gen cho gen. Khoa Sinh-KTNN - Xác định thị phân tử đa hình yị trí QTL/gen quy định tính ttạng tăng số hạt dòng/giống cho gen dòng/giống nhận gen. 3.2. Ý nghĩa thực tiễn Sau nghiên cứu xác định thị cho đa hình giống cho QTL/gen quy định tính trạng tăng số hạt (KC25) dòng nhận gen (KD) sử dụng để đánh giá xác định kiểu gen hệ lai, tìm cá thể mang QTL/gen quy định tính trạng tăng số hạt triển vọng. CHƯƠNG I TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1. Giới thiệu sơ lược nguồn gốc lúa 1.1.1. Nguồn gốc Lúa thuộc chi Oryza loại trồng có lịch sử ưồng trọt lâu đời nhất, gắn liền với phát triển lịch sử loài người, vùng châu Á. Nguồn gốc lúa nhiều nhà khoa học quan tâm nghiên cứu [1]. Vavilov (1926), nghiên cứu tiếng ông phân bố đa dạng di truyền trồng, cho lúa trồng xem phát triển từ Ấn Độ. Roschevicz (1931) phân loài Oryzữửíầrử\ nhóm: Sativa, Granulata, Coarctata Rhynchoryza, đồng thời khẳng định nguồn gốc Oryza sativaỉầ trường hợp nhóm Sativa, có lẽ Oryza sativa.spontanea, Ấn Độ, Đông Dương Trung Quốc [1]. Có ý kiến cho rằng, lúa xuất phát từ Đông Nam Á, từ lan dần lên phía Bắc. Gutchtchin, Ghose, Erughin nhiều tác giả khác cho Đông Dương nôi lúa trồng. De Candolle, Rojevich lại quan niệm Ấn Độmới nơi xuất phát lúa ữồng. Dựa vào lịch sửphát triển lúa hoang nước cho lúa trồng có xuất xứ Trung Quốc. Một sốnhà nghiên cứu Việt Nam lại cho nguồn gốc lúa Miền Nam nước ta Campuchia [1]. Trần Bích Đào Khoa Sinh-KTNN Sampath Rao (1951) cho diện nhiều loại lúa hoang Ấn Độvà Đông Nam Á chứng tỏ Ấn Độ, Miến Điện hay Đông Dương nơi xuất xứcủa lúa trồng. Sato (Nhật Bản) cho lúa có nguồn gốc Ấn Độ, Việt Nam Miến Điện. Tuy có nhiều ý kiến chưa thống nhất, vào tài liệu lịch sử, di tích khảo cổ, đặc điểm sinh thái học lúa trồng diện rộng rãi loài lúa hoang dại khu yực, nhiều người đồng ý nguồn gốc lúa ởvùng đầm lầy Đông Nam Á, từ lan dần nơi. Thêm vào đó, kiện thực tế lúa nghề trồng lúa có từ lâu vùng này, lịch sử đời sống dân tộc Đông Nam Á lại gắn liền với lúa gạo minh chứng nguồn gốc lúa trồng. Chang (1976), nhà di truyền học lúa Viện Nghiên Cứu lúa Quốc Tế(IRRI), tổng kết nhiều tài liệu khác cho việc hóa lúa trồng tiến hành cách độc lập lúc nhiều nơi, dọc theo vành đai trải dài từ đồng sông Ganges chân phía đông dãy núi Hy-Mã-Lạp-Sơn (Himalayas - Ấn Độ), ngang qua Bắc Miến Điện, Bắc Thái Lan, Lào Việt Nam, đến Tây Nam Nam Trung Quốc [1]. Ở nước ta theo nhiều tài liệu khảo cổ học ừống đồng Đông Sơn, cho thấy lúa xuất từ 4000-3000 năm trước công nguyên. Cây lúa coi ừồng “bản địa”, loại ừồng từ noi khác đưa vào (Bùi Huy Đáp, 1985). Lúa trồng có nguồn gốc từ lúa dại. Một số tác Đinh Dĩnh, Bùi Huy Đáp, Đinh Văn Lư . cho rằng: Oryza Fatua loài lúa dại gần coi tổ tiên lúa trồng nay[l]. 1.1.2. Tổ tiên lúa trồng Trần Bích Đào Khoa Sinh-KTNN Theo Chang (1965) [1], loài lúa ữồng có chung thủy tổ, trình tiến hóa chọn lọc tự nhiên lâu đời, phân hóa thành nhóm thích nghi với điều kiện vùng địa lý xa rời Nam - Đông Nam Châu Á Châu Phi nhiệt đới. Oryza satỉva L. tiêu biểu nhóm lúa trồng Châu Á có tổ tiên trực tiếp Oryza nỉvara, loài lúa hoang niên. Oryza glaberrìma Steud. tiến hoá từ loài lúa hoang niên khác, thường gọi Oryza brevỉlỉgulata Chev. et Poehr. Oryza barthii A. Chev. Hai loài cỏ niên o. spontanea o. stapfii lai tạp với loài lúa hoang tổ tiên loài lúa trồng tương ứng. Hiện nay, nhiềungười tỏ đồng ý với quan điểm giả thuyết này. Oka (1964) [1], cho sơ đồ tương tự, cho loài trung gian o. perennis thay o. ruýỉpogon o. longistaminata. Lúa hoang đa niên Lúa hoang hang niên Lúa trổng hang niên Hình 1.1. Lịch sử tiến hóa loài lúa trồng (Chang, 1975). (AA, AbAb, AgAg): Ký hiệu loại nhiễm sắc thể. Trần Bích Đào 1.2. Giói thiệu QTL - Trong di truyền học, QTL (viết tắt định lượng đặc điểm locut“locut tính trạng số lượng”) vị trí mà biến thể alen có liên quan đến thay đổi tính trạng số lượng, tức nhân vật đo lường mà thay đổi liên tục. Sự diện QTL để lập đồ gen sau, nơi mà tổng số biến thể cho nhân vật định chia thành thành phần liên quan đến khu vực nhiều nhiễm sắc thể. Dựa vào công thức sau: P=ụ + G + e = ụ + a+d + i + e QT: Tính trạng số lượng (tính trạng thể phân bố chuẩn, liên tục quần thể lớn chưa qua chọn lọc nào). P: Đánh giá kiểu hình (sự đo lường hiệu cá thể) G: Anh hưởng kiểu gen (ảnh hưởng yếu tố di truyền, kiểm soát kiểu hình, đo lường thông qua độ lệch vói giá trị trung bình quần thể), a: Ảnh hưởng tính cộng (một phần ảnh hưởng môi trường), d: Độ lệch tính ưội (ảnh hưởng kiểu gen tham gia [a], ảnh hưởng tương tác hai alen locut). i: Epistasis (ảnh hưởng tương tác 2, hay nhiều locut). e: Sai lệch liên kết [Linkage disequilibrum] (các locut kết hợp ngẫu nhiên để tạo tăng, giảm kiểu gen đó, liên kết chặt yếu tố khác, so với trường hợp không liên kết. Mức độ sai lệch liên kết xác định mức độ liên kết, chọn lọc,v.v .) [5]. - Xác định QTL ảnh hưởng đến t ính trạng số lượng đưa thể dựa lý thuyết mối liên kết tái tổ hợp phát triển năm đầu kỷ XX. Tính sẵn có đồ gen dày đặc thực vật động vật làm sống lại quan tâm đến lý thuyết kể từ thập niên cuối kỉ [13]. Sau có đủ thành phần, hàm lượng chất cần thiết, tiến hành đặt chương trình chạy Chu trình nhiệt máy PCR sau: Khoacho Sinhmáy. - KTNN Bảng 2.3.2. Chương trình chạy phản ứng PCR Bước Nhiệt độ (°C) Thòi gian Sô chu kỳ 94 phút 94 30 giây 35 55* 30 giây 72 45 giây 72 phút 10 (*): Nhiệt độ găn môi - có thê thay đôi tùy theo cặp môi thí nghiệm 2.3.3. Phương pháp điện di gel agarose 0,8% Các bước tiến hành - Cân 0.8g agarose, đong 100ml TBE 0,5X (5,4g Tris base; 2,76g axít boric; 2ml 0,5M EDTA, pH = 8,0) cho vào bình tam giác - Đun lò vi sóng tạo thành dung dịch đồng nhất. - Để nguội đến khoảng 50 - 60°c, thêm 5|xl ethidium bromide (10 mg/ml) lắc đều. - Chuẩn bị khay lược. Đổ dung dịch agarose vào khay cho bọt khí. Chờ khoảng 45 - 60 phút gel đông. - Rút lược, đặt gel vào bể điện di. Đổ 0,5X TBE ngập mặt gel khoảng 2mm. - Tra sản phẩm PCR ữộn với Xylen cyanol vào giếng, tỷ lệ 5fil Xylen cyanol /15|il mẫu. Thời gian điện sử dụng để điện di dài hay ngắn phụ thuộc vào kích thước cặp mồi thí nghiệm cần kiểm tra. Các mẫu chạy vói ladder 25 bp. - Soi gel máy soi cực tím. Trần Bích Đào 2.3.4. bị kính Phương pháp điện gel polyacrylamide biến tính + Chuẩn Khoa Sinh - KTNN - Lau kỹ bề mặt hai kính lần nước cất, sau lau lại lần ethanol 95%, để khô sau lần lau. - Lau kính dài với giấy lụa tẩm Rain-X . Để phút cho khô dung dịch. Chú ý: Tránh làm dính dung dịch lên kính ngắn. - Lau kính ngắn với dung dịch dính (Binding solution) tạo thành cách thêm 2|J,1 Bind Silane vào lml chứa 95% ethanol 5% glacial acetic acid. - Để cho kính khô, lau tiếp ethanol 95% lần. - Lắp ghép kính lại với nhau, sử dụng nẹp Sigma 0,4mm. Chuẩn bị gel polyacrylamide - Chuẩn bị dung dịch 4,5% acrylamide từ dung dịch gốc 40% acrylamide (19:1 = acrylamide 380g; bisacrylamide 20g pha lít nước) - Đổ 60ml dung dịch 4,5% acrylamide (25,2 Urea: 6ml TBE 10X: 6,75ml acrylamide/bis-acrylamide 40% (19:1) vào cốc đong 100ml. Thêm 300|il 10% APS (ammonium persulfate) 60fil TEMED (N,N,N’,N’- Tetraethyl ethylendiamine), trộn đều. - Bơm dung dịch gel vào hai kính cho bọt khí. - Cài lược vào hai kính (răng lược hướng phía ngoài). Dùng kẹp cố định lược. Để gel polyme hóa ưong 1-2 giờ. Trần Bích Đào + Điện di - Tháo lược loạiSinh-KTNN bỏ hết mảnh gel thừa bám mặt kính. Khoa - Lắp ráp điện di. Cho lít đệm TBE IX vào buồng đệm dưới. - Dùng xylanh đuổi hết bọt khí bề mặt phía khuôn gel. - Chạy tiền điện di (prerun) với cường độ dòng điện 50 - 60A, công suất 92 - 100W. - Biến tính sản phẩm PCR 95°c phút, đặt vào đá phủ đá lên phút. Sản phẩm PCR lúc trộn vói 4|J,1 Sequencing Stop solution (lOmM NaOH: 95% formamid: 0,05% bromphenol; 0,05% xylene cyanol). - Tra vào giếng 5|il sản phẩm PCR làm biến tính, mẫu chạy với ladder 50 bp. Thời gian tra mẫu không kéo dài dài để gel không bị nguội nhiều. - Tiến hành điện di với công suất 60W 50°c, thời gian chạy ngắn hay dài tùy kích thước mồi sử dụng. + Phương pháp nhuộm bạc Chuẩn bị dung dịch - Dung dịch cố định/dừng phản ứng (Fix/Stop solution): gồm có ỊQOml glacial acetic acid 900ml nước cat. - Dung dịch nhuộm (Staining solution) tạo thành cách hòa tan lg bạc nitrat (AgN03) vào lít nước cất, sau bổ sung thêm l,5ml formaldehyd (H2CO) 37%. Trần Bích Đào - Dung dịch (Developing solution): Hòa tan 30g natri cacbonat (Na2C03) lít Khoa nước Sinh-KTNN cất làm lạnh -20°c. Chú ý: (Trước sử dụng thêm l,5ml formaldehyd (H 2CO) 37% 200|il natri thiosulíat 10% (Na2S20.5H20). Tiến hành nhuộm Sau chạy điện đi, tháo gỡ kính bám gel tiến hành bước sau: - Cố định gel: Đặt kính vào khay cho mặt bám gel hướng lên ừên, đổ dung dịch cố định/dừng phản ứng để khoảng 30 phút. Sau lấy gel khỏi dung dịch. Chú ý. Giữ lại dung dịch để dùng cho bước sau. - Rửa gel nước cất lần lần phút. Cho gel vào dung dịch nhuộm, lắc nhẹ 30 phút. Thêm íormaldehyd sodium thiolsufat vào dung dịch hiện. Lấy gel khỏi dung dịch nhuộm, rửa lại nước cất - giây. - Đưa gel vào dung dịch lắc nhẹ đến băng xuất hiện. Cho gel vào dung dịch cố định/dừng phản ứng 3-6 phút. Rửa lại gel nước cất. Để gel khô tự nhiên sau ghi nhận kết quả. 2.4. - Địa điểm thòi gian tiến hành nghiên cứu Địa điểm: Viện di truyền Nông Nghiệp, Bộ môn Kỹ thuật Di truyền. Thời gian: 8/2014- 4/2015. Trần Bích Đào Khoa Sinh - KTNN Trần Bích Đào CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Kết 3.1.1. Tách chỉấ tỉnh ADN Tách chiết ADN bước quan trọng nghiên cứu sinh học phân tử. Nếu có ADN đủ độ tinh điều kiện tốt cho bước nghiên cứu tiếp theo. Trong nghiên cứu này, chứng chọn phương pháp tách chiết ADN CTAB. Lá non tuần sau cấy giống nghiên cứu thu để tách chiết ADN. Nồng độ độ tinh ADN kiểm tra điện di gel agarose 0,8% với ADN chuẩn. Nhuộm gel dung dịch ethidum bromide ghi nhận kết máy soi cực tím. Kết tách chiết ADN minh hoạ hình 3.1. Hình 3.1.Một sấ hỉnh ảnh kiểm tra ADN tổng số tách chiết theo phương pháp CTAB gel agarose 0,8%. Giếng sổ 1- Lambda AĐN nồng độ chuẩn (200ng/{d), giếng sổ - Khang dân,, giếng sổ — KC25. Khóa luận tốt nghiệp Khoa Sinh-KTNN Kết tách chiết ADN cho thấy phương pháp tách chiết ADN CTAB cho hiệu cao, 100% số mẫu ADN đủ độ tinh sạch. Các mẫu ADN không bị đứt gãy, việc loại bỏ ARN RNase tiến hành tốt thể băng điện di gọn, rõ. Những mẫu ADN đủ điều kiện để sử dụng cho thí nghiệm sinh học phân tử tiếp theo. 3.1.2. Khảo sát tính đa hình ADN QTL/gen quy đinh tính trạng tăng số hạt bông. Đa hình hai giống lúa phát chiều dài khác đoạn lặp lại khuyếch đại phản ứng PCR sử dụng cặp mồi SSR. Việc nhận dạng đa hình ADN giống cho gen nhận gen với thị SSR 12 NST nhằm phục vụ chọn lọc di truyền giống nhận gen chọn lọc cá thể lai. Dòng (KC25) có mang QTL quy định tính trạng tăng số hạt Yd7. Nhằm mục đích tìm kiếm thị sử dụng xác định di truyền cá thể lai, tiến hành phản ứng PCR với ADN giống lúa: Khang dân; 2.KC25 sử dụng thị 60/156. Một vài kết chạy đa hình thể qua hình 3.2, hình 3.3, hình 3.4. Trần Bích Đào IQA i i RM10916 Hình 3.2. Một số hình ảnh khảo sát đa hình với ADN giông cho nhận gen vói thị RM2108; RM10916; RM24865 Ladder; 3.KC25; 4. Khang dân. Quan sát Hình 3.2 ta thấy thị RM1208, RM10916, đường chạy số 3(mẫu ADN giống KC25) xuất băng ADN cao băng đường chạy số (mẫu ADN giống Khang dân).Chỉ thị RM24865 đường chạy số xuất băng ADN thấp băng ADN đường chạy số 4. Sự chênh lệch vị trí băng ADN đường chạy với thể đa hình giống Khang dân với giống KC25. , fl L. L,'~ l / - 4 L12345678L • ị-i RM19199 RM19236 RM21471 RM22825 ■ * 'ti Hình 3.3. Một số hình ảnh khảo sát đa hình với ADN giống cho nhận gen vói thị RM19199; RM19238; RM22825 Ladder; 3.KC25; 4. Khang dân. Kết Hình 3.3 cho thấy thị RM19199, RM22825 có vị trí mẫu ADN đường chạy số cao đường chạy số 4. Ở thị RM19238 mẫu ADN đường chạy số lên mờ, đường chạy số 3. Chỉ thị RM21471 tất giếng không xuất băng vạch mồi không hoạt động làm phản ứng sai. RM345 Hình 3.4. Một số hình ảnh khảo sát đa hình với ADN giống cho nhận gen với thị RM6; RM3; RM345 Ladder; 3. KC25; 4. Khang dân. Chỉ thị RM6, RM3, RM345 mẫu ADN đường chạy số có vị trí thấp đường chạy số 2,4,5 yậy thị RM6, RM3, RM345 cho đa hình giống Khang dân KC25. Khoa Sinh-KTNN Trần Bích Đào Hình 3.5. Kết khảo sát đa hình với ADN giống cho nhận gen với thị RM22897; RM11504; RM19840; RM20019; RM21539; RM 22870 Ladder; 3.KC25; 4. Khang dân. Hình 3.6. Kết khảo sát đa hình với ADN giống cho nhận gen với thị RM11757; RM13155; RM18161; RM19545; RM20848 Ladder; 3.KC25; 4. Khang dân. RM21584 RM21645 RM2278S- RM24865 RM25022 Hình 3.7. Kết khảo sát đa hình vối ADN giống cho nhận gen với thị RM21584; RM21645; RM22786; RM24865; RM25022 Ladder; 3.KC25; 4. Khang dân. ầụí RM11745' RM11799 RM11874 T RM201S3. Khoa Sinh - KTNN a • RM20192 — _; * U-. » J ầ *3 33• ì Hình 3.8. Kết khảo sát đa hình với ADN giống cho nhận gen với thị RM11745; RM11799; RM11874; RM20163; RM20193 Ladder; 3.KC25; 4. Khang dân. Hình 3.9. Kết khảo sát đa hình vói ADN giống cho nhận gen với thị RM19199; RM19238; RM21417; RM22825; RM23654; RM2518Ĩ; RM25271; RM23060 Ladder; 3.KC25; 4. Khang dân. Trần Bích Đào RM16589 RM16820 RM17391. .RM17411 RM19Ũ34 Ị 3 Hình 3.10. Kết khảo sát đa hình vói ADN giống cho nhận Ị gen với thị RM16589; RM16820; RM17391; RM17411; RM19034 * Ladder; 3.KC25; 4. Khang dân. Hình 3.11. Kết khảo sát đa hình Yổi ADN giống cho nhận gen với thị RM6; RM3; RM345 Ladder; 3.KC25; 4. Khang dân. Sau phân tích kết chạy điện di kiểm tra xác định 62/156 thị cho đa hình Khang dân với (KC25). Kết tổng hợp thể Bảng 3.1. Bảng 3.1. Các chí thị SSR cho đa hình giống Khang dân KC25 Ch.r Tên thị phân tử cho đa hình RM10115, RM10136, RM10694, RM10741, RM22825, RM331, RM447. RM296, RM11874, RM1208. Số 10 RM24865, RM25181, RM25271, RM3628. 11 RM7283, RM19840, RM341. 3 12 RM1194, RM247, RM7102. Tổn 3.2. Thảo luận Như đề cập trên, ứng dụng thị phân tử coi bước đột phá nghiên cứu chọn tạo giống. Nhờ có ứng dụng này, chuyển QTL/gen quan tâm vào giống lúa trồng đại trà mà giữ nguyên tính trạng giống gốc. Cùng vói nghiên cứu nhân phân tích chức QTL/gen, giúp hiểu biết sâu chế phân tử di truyền dựa tính trạng suất. Các QTL/gen mở triển yọng tạo thuận lọi giúp nhà nghiên cứu chọn tạo giống lúa có suất tiềm năng. Quy tụ gen quan tâm chiến lược hiệu cải tiến di truyền học lúa. Chẳng hạn kết hợp Gnl (Gnla +Gnlb) sdl vào giống lúa Koshihikari đồng thòi cải tiến hai tính trạng tăng số hạt trên 25% giảm chiều cao thân xuống 18% so với giống đối chứng. Dòng NIL (GW8/gs3) với việc quy tụ GW8 gs3 cho hạt dài dày dòng NIL hoang dại. Mặc dù có nhiều tiến nghiên cứu tính trạng tăng suất lúa, nhiều thách thức cần phải chứng minh chế phân tử quy định tính hình thành tính trạng suất. Hầu hết tất tính trạng suất bao gồm số khóm, số hạt bông, khối lượng hạt biểu nhiều biến dị liên tục quần thể di truyền Khoa Sinh-KTNN giống thương mại, tính trạng nhiều gen hay QTL quy định. Cơ sở liệu Gramene, lưu trữ xác định hàng ngàn QTL/gen liên quan đến tính trạng suất từ nghiên cứu lập đồ chi tiết đa số QTL có hiệu ứng di truyền nhỏ, gây nhiều khó khăn xác định thông qua phân tích đột biến. CHƯƠNG IV KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 4.1. Kết luân Đã xác định 62/156 thị cho đa hình giống Khang Dân KC25 nằm trải 12 NST. 4.2. Kiến nghị Trần Bích Đào Khoa Sinh - KTNN 1/ Sử dụng 62 thị đa hình giống Khang dân (KC25) cho thí nghiệm nhằm sàng lọc di truyền cá thể lai. 2/ phát triển quần thể BC1F1, BC2F2 ., cá thể mang gen đánh giá di truyền giống công nhận gen nhất. Trần Bích Đào TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu nước: 1. Nguyễn Ngọc Đệ (2008). Giáo trình lúa, Trường Đại Học càn Thơ. 2. Nguyễn Duy Bảy, Bùi Chí Cửu, Bùi Bá Bổng (2001), “Genetic markers in genome research and plant breeding”, Chọn giống nhờ Marker Phân tích QTL, Viện lúa Đồng Bằng sông Cửu Long, tr.44-58 3. Lã Hoàng Anh, 2013, Nghiên cứu chọn tạo giống lúa Khang dân chịu ngập phương pháp thi phân tử (Marker Assiste BackCrosing), Luận văn thạc sĩ nông nghiệp Hà Nội. 4. Lê Đình Lương, Phan Cự Nhân (1997), Cơ sở di truyền học, NXB Giáo Dục 5. Phạm Chí Thành (1986), Phương Pháp thí nghiệm đồng ruộng. Nhà xuất nông nghiệp Hà Nội. 6. Võ Thị Hương Lan (2006). Giáo trình Sinh học Phân tử tế bào, NXB Giáo dục. Tài liệu nước ngoài: 7.Septingsih EM, Pamplona AM, Sanchez DL, Maghirang - Rodriguez R Neeraja CN, Vergara GV, Heuer s, Ismail AM, Mackill DJ (2009), Development of submergence — tolerant rice cultivars: The subl gene and beyond, Ann.Bot. 8. Thomson MJ, Tai TH, McClung AM, Lai XH, Hinga ME, Lobos KB, Xu Y, Martinez CP and McCouch SR (2003) Mapping quantitative trait loci for yield components and morphological traits in an advanced backcross population between Oryza rufipogon and the Oryza sativa cultivar Jefferson. Theor Appl. Genet. 9. Zhuang JY, Lin HX, Lu J, Qian HR, Hittalmani s, Huang N and Zheng KL (1997) Analysis of QTL X environment interaction for yield components and plant height in rice. Theor Appl Genet. [...]... QTL quy định tính trạng tỷ lệ đậu hạt liên kết chỉ thị phân tử RM224 [ll].Ba QTL quy định tính trạng số hạt trên bông liên kết chỉ thị phân tử RM20 - C104, RZ537 - RZ900 và RM254 - C950 [8] Một QTL quy định tính trạng tỷ lệ đậu hạt liên kết chỉ thị phân tử RM286 Theo Xiao và cs (1996) xác định một QTL quy định tính trạng tỷ lệ đậu hạt trên nhiễm sắc thể số 11 Bốn QTL quy định tính trạng số bông trên khóm... Một QTL quy định tính trạng tổng số hạt trên bông được xác định tại vị trí chỉ thị phân tử RM422 - RM215 [8], [11] Bốn QTL quy định tính trạng hạt chắc ừên bông được xác định bởi tác giả Thomson và cs (2003) tại vị trí RM215 Một QTL quy định tính trạng số bông trên khóm tại vị trí RG667 - RM404 [11] Ba QTL quy định tính trạng năng suất liên kết chỉ thị phân tử C1232 - RI 164 và RM219 - RZ698, và một... quy định tính trạng tổng số hạt trên cây liên kết chỉ thị phân tà RG574 (Xiao và cs 1996) và RG341 hay RG869 [11] Ba QTL quy định tính trạng số hạt ữên bông được xác định liên kết chỉ thị phân tử RM20A - C732B [11], RG869 , CD0459 - RG235 [8] Một QTL quy định tính trạng tổng số hạt trên cây được xác định tại vị trí gần tâm động của nhiễm sắc thể số 12 [11] Hai QTL quy định tính trạng số bông trên khóm... QTL quy định tính trạng tỷ lệ đậu hạt liên kết chỉ thị phân tử RM25, RZ28 [11] Một QTL quy định tính trạng số bông trên khóm liên kết chỉ thị phân tử RM210 [11] Hai QTL quy định tính trạng năng suất được xác định tại vị trí gần tâm động [11] và một tại vị trí liên kết chỉ thị phân tử RZ66 - RG598 [9] Nhiễm sắc thể số 9: Một QTL quy định tính trạng khối lượng nghìn hạt liên kết chỉ thị phân tử RM257 -... [10] và một tại R2549-C962 Ba QTL quy định tính trạng số hạt trên bông được xác định tại yị trí ưên vai ngắn của nhiễm sắc thể số 6, liên kết với chỉ thị phân tử R2869 [11], và RG138 - RM253 [10] và G122 R2549 Tác giả Brondani và cs (2002) đã xác định QTL quy định tính ữạng tỷ lệ đậu hạt được xác định liên kết chỉ thị phân tử OG32 Trong khi đó, Thomson và cs (2003) xác định QTL quy định tính trạng. .. C624 trên vai dài [10] Bốn QTL quy định tính trạng tỷ lệ đậu hạt được xác định liên kết chỉ thị phân tử RZ390 - RM153 [8] RZ296 [11] và G366 - C624 tại yị trí chỉ thị phân tử RG435 trên vai dài [11] Ba QTLs quy định số bông trên khóm liên kết chỉ thị phân tử RG360-RG9, và C734B nằm trên vai dài tại yị trí CD01083 [11] Nhiễm sắc thể số 6: Ba QTL quy định tính trạng khối lượng nghìn hạt được xác định. .. số 10: Bốn QTL quy định tính trạng khối lượng nghìn hạt liên kết chỉ thị phân tử C153A - RM222 trên vai ngắn nhiễm sắc thể 10, RG257 RM311 [8], [11], RG241 - RZ500 và RM561 - C371 Hai QTL quy định tính trạng tổng số hạt trên cây liên kết chỉ thị phân tử RM239-RZ561 [11], C405 C371 trên vai dài [11] Một QTL quy định tính trạng tỷ lệ đậu hạt liên kết chỉ thị phân tử RM147 [8], [11].Hai QTL quy định tính. .. hai được xác định ữên nhiễm sắc thể số 3 tại vị trí chỉ thị phân tử RM16-RM168 [10] QTL thứ ba được xác định trên vai ngắn [8] Hai QTL liên kết tổng số hạt trên bông trên vai dài của nhiễm sắc thể 3 [8] Theo Xing và cs(2001) gần chỉ thị phân tử RM282, một QTL cho số hạt chắc ừên bông cũng được xác định Một QTL tỷ lệ đậu hạt được xác định [8] và Xing và cs (2001) xác định QTL cho tỷ lệ đậu hạt khác... liên kết chỉ thị RZ296 [9], [11], và RM26 - C147 Hai QTL quy định tính trạng khối lượng nghìn hạt liên kết chỉ thị phân tử RG360 - R3166 trên vai ngắn theo Yu và cs(1997) và tại RG13 - RG470 [8] Hai QTL quy định tính trạng số hạt trên cây tại vị trí chỉ thị phân tử RZ556 - RG360 [11] và gần RG13 [10] Hai QTL liên kết tính trạng số hạt chắc ữên bông tại vị trí RG360 RG182 trên vai ngắn [9] và tại vị... tính trạng số hạt chắc trên bông liên kết chỉ thị phân tử RZ892 - RZ561 [11] C677 RG134 Hai QTL quy định tính trạng độ dài hạt hạt liên kết chỉ thị phân tử RG257 - RG241[8], [10] vàRM228 Nhiễm sắc thể số 11: Ba QTL quy định tính trạng khối lượng nghìn hạt liên kết chỉ thị phân tử RM20B - RM167 trên vai ngắn nhiễm sắc thể số 11, G44 - Trần Bích Đào Khoa Sinh - KTNN G257, và RG103 - RZ536 [10] Một QTL quy . nhận Khang dân (KD) QTL/ gen quy định tính trạng tăng số hạt trên bông& quot; vói mục đích xác định các chỉ thị phân tử đa hình giữa giống cho và nhận QLT/ gen quy định tính ữạng tăng số hạt trên. KTNN _______***_________ KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP XÁC ĐỊNH CHỈ THỊ PHÂN TỬ ĐA HÌNH GIỮA GIÓNG CHO (KC25) VÀ GIỐNG NHẬN KHANG DÂN (KD) QTL/GEN QUY ĐỊNH TÍNH TRẠNG TĂNG SỐ HẠT TRÊN BÔNG Người thực hiện :. QTL/gen quy định tính ttạng tăng số hạt trên bông giữa dòng /giống cho gen và dòng /giống nhận gen. 3.2. Ý nghĩa thực tiễn Sau khi nghiên cứu sẽ xác định được các chỉ thị cho đa hình giữa giống cho