khảo sát sự lưu hành của vi khuẩn e coli sinh beta lactamase phổ rộng trên gà khỏe tại một số trại gà thuộc huyện mỹ tú tỉnh sóc trăng

TRƢỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ KHOA NÔNG NGHIỆP & SINH HỌC ỨNG DỤNG BỘ MÔN THÚ Y HUỲNH NGỌC HUYỀN KHẢO SÁT SỰ LƢU HÀNH CỦA VI KHUẨN E. coli SINH BETA LACTAMASE PHỔ RỘNG TRÊN GÀ KHỎE TẠI MỘT SỐ TRẠI GÀ THUỘC HUYỆN MỸ TÚ TỈNH SÓC TRĂNG Luận văn tốt nghiệp Ngành: BÁC SĨ THÚ Y Cần Thơ, 2014 TRƢỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ KHOA NÔNG NGHIỆP & SINH HỌC ỨNG DỤNG BỘ MÔN THÚ Y Luận văn tốt nghiệp Ngành BÁC SĨ THÚ Y Tên đề tài KHẢO SÁT SỰ LƢU HÀNH CỦA VI KHUẨN E. coli SINH BETA LACTAMASE PHỔ RỘNG TRÊN GÀ KHỎE TẠI MỘT SỐ TRẠI GÀ THUỘC HUYỆN MỸ TÚ TỈNH SÓC TRĂNG Giảng viên hƣớng dẫn Sinh viên thực HUỲNH NGỌC TRANG HUỲNH NGỌC HUYỀN MSSV: 3103025 Lớp: CN10Y4A1 – K36 Cần Thơ, 2014 i TRƢỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ KHOA NÔNG NGHIỆP & SINH HỌC ỨNG DỤNG BỘ MÔN THÚ Y Đề tài: “Khảo sát lƣu hành vi khuẩn E. coli sinh beta lactamase phổ rộng gà khỏe số trại gà thuộc huyện Mỹ Tú tỉnh Sóc Trăng”, sinh viên Huỳnh Ngọc Huyền thực Bộ môn Thú Y, khoa Nông Nghiệp & Sinh Học Ứng Dụng, trƣờng Đại Học Cần Thơ. Từ tháng 8/2014 đến tháng 12/2014. Cần Thơ, ngày….tháng… năm 2014 Cần Thơ, ngày….tháng… năm 2014 Giảng viên hƣớng dẫn Duyệt Bộ Môn Huỳnh Ngọc Trang Cần Thơ, ngày….tháng… năm 2014 Duyệt Khoa Nông Nghiệp Sinh Học Ứng Dụng ii LỜI CẢM ƠN Tôi xin chân thành cảm ơn trƣờng Đại học Cần Thơ, Khoa Nông Nghiệp Sinh Học Ứng Dụng, Bộ môn Thú y tất thầy cô tận tâm dạy dỗ truyền đạt tri thức khoa học kinh nghiệm quý báu cho suốt trình rèn luyện học tập trƣờng. Đặc biệt, xin gửi lời cảm ơn đến cô Bùi Thị Lê Minh cô Huỳnh Ngọc Trang tạo điều kiện tốt nhất, tận tình giúp đỡ hƣớng dẫn để hoàn thành luận văn. Cảm ơn anh chị cao học nhiệt tình hỗ trợ giúp đỡ học tập nhƣ suốt trình làm bài. Xin cảm ơn gia đình, bạn bè tất ngƣời bên tôi, giúp đỡ lúc khó khăn để hoàn thành tốt. Một lần xin chân thành cảm ơn tất ngƣời. iii TÓM LƢỢC Đề tài thực nhằm khảo sát lưu hành vi khuẩn Escherichia coli ESBL huyện Mỹ Tú loại mẫu gà khỏe. Qua khảo sát 22 gà khỏe gồm 11 gà thịt khỏe 11 gà đẻ loại, gà phân tích mẫu: phân, gan, thịt, phổi. Phân lập Escherichia coli ESBL phương pháp đĩa kết hợp thử nghiệm kháng sinh đồ. Kết quả: Tỉ lệ nhiễm Escherichia coli sinh ESBL gà khỏe cao 68,18%. Trong Escherichia coli sinh ESBL gà thịt 81,82% gà đẻ 36,36%. Tỉ lệ Escherichia coli sinh ESBL quan phân, gan, phổi 59,1%, 9,1% 13,64%, không phát Escherichia coli sinh ESBL thịt. Thử nghiệm kháng sinh đồ 46 chủng Escherichia coli sinh ESBL nhạy cảm với amikacin 100%, fosfomycin 95,65% doxycylin 84,78%. Đề kháng cao với ampicillin 100%, cefuroxime 95,65%, cefaclor, gentamycin, streptomycin, trimethoprim-sulfamethoxazole 97,83%, kanamycin 78,26%, ofloxacin 93,48%, norfloxacin 91,3%. Các chủng Escherichia coli ESBL lúc đề kháng từ đến 11 loại kháng sinh 100% (46/46) với 11 kiểu hình đa kháng. Trong kháng lúc loại kháng sinh chiếm 2,17%, kháng loại chiếm 6,52%, kháng loại 17,39%, kháng loại 30,44%, kháng 10 loại 32,61%, kháng 11 loại 10,87%. iv MỤC LỤC TRANG TỰA . .i TRANG DUYỆT …ii LỜI CẢM ƠN iii TÓM LƢỢC iv DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT vii DANH SÁCH BẢNG viii DANH SÁCH HÌNH . ix CHƢƠNG 1. ĐẶT VẤN ĐỀ CHƢƠNG 2. CƠ SỞ LÝ LUẬN 2.1. Vi khuẩn Escherichia coli 2.1.1 Đặc điểm hình thái 2.1.2 Đặc điểm nuôi cấy 2.1.3 Đặc tính sinh hóa 2.1.4 Sức đề kháng tính gây bệnh . 2.2 Kháng sinh nhóm beta- lactam 2.2.1 Phân loại kháng sinh nhóm beta-lactam . 2.2.2 Cơ chế tác động kháng sinh nhóm beta- lactam 2.2.3 Cơ chế đề kháng vi khuẩn với kháng sinh . 2.3 Men beta- lactamase phổ rộng 2.3.1 Đề kháng kháng sinh vi khuẩn E. coli sinh ESBL . 2.3.2 Phƣơng pháp phát vi khuẩn E. coli sinh ESBL 2.4. Những nghiên cứu vi khuẩn E. coli sinh ESBL giới CHƢƠNG 3. PHƢƠNG TIỆN NGHIÊN CỨU . 11 3.1 Phƣơng tiện nghiên cứu 11 3.1.1 Thời gian, địa điểm, đối tƣợng nghiên cứu . 11 3.1.2 Dụng cụ, hóa chất thí nghiệm . 11 3.2 Phƣơng pháp nghiên cứu . 11 3.2.1 Phƣơng pháp lấy mẫu . 11 3.2.2 Phân lập vi khuẩn E. coli sinh ESBL 12 3.2.3 Phƣơng pháp làm kháng sinh đồ . 14 v 3.2.4 Phƣơng pháp xử lý số liệu 15 Chƣơng 4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 16 4.1 Kết phân lập vi khuẩn E. coli sinh ESBL gà huyện Mỹ Tú tỉnh Sóc Trăng. 16 4.2 Kết diện E.coli sinh ESBL quan phủ tạng phân . 17 4.3. Kết khảo sát tính nhạy cảm vi khuẩn E. coli số loại kháng sinh . 19 4.4 Kết đa kháng vi khuẩn E. coli sinh ESBL số loại kháng sinh 21 CHƢƠNG 5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 23 5.1 Kết luận . 23 5.2 Đề nghị 23 TÀI LIỆU THAM KHẢO 24 PHỤ CHƢƠNG 27 vi DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Chữ viết đầy đủ CSLI Clinical and Laboratory Standards Institute E. coli Escherichia coli ESBL Extended spectrum beta lactamase EMB Eosin Methylene Blue IMViC Indole, Methy Red, Voges prokauer, Citrate LT Heat Labile MC MacConkey Agar MHA Mueller – Hinton Agar MR Methyl Red NA Nutrient Agar PBP Penicillin – binding protein ST Heat Stable VP Voges ProsKauer vii DANH SÁCH BẢNG Bảng Tên bảng Trang 3.1 Đặc tính sinh hóa vi khuẩn E. coli 12 3.2 Tiêu chuẩn phân tích kết đƣờng kính vô khuẩn kháng sinh (CLSI, 2014) 15 4.1 Tỉ lệ vi khuẩn E. coli ESBL gà khỏe huyện Mỹ Tú 16 4.2 Tỉ lệ dƣơng tính E. coli ESBL quan gan, thịt, phổi mẫu phân 17 4.3 Tỉ lệ kháng vi khuẩn E. coli ESBL 19 4.4 Tỉ lệ đa kháng kiều kháng vi khuẩn E. coli ESBL với kháng sinh vi khuẩn E. coli ESBL 21 viii DANH SÁCH HÌNH Hình Tên hình Trang Vi khuẩn E. coli dƣới kính hiển vi (X=10µm) Vi khuẩn E. coli môi trƣờng MC 12 Sinh hóa xác định E. coli 12 Quy trình phân lập vi khuẩn E. coli ESBL 13 ix Thử nghiệm Citrate: Quan sát môi trƣờng simmon citrate agar, phản ứng dƣơng tính môi trƣờng có xuất sinh khối chuyển sang màu xanh da trời. Phản ứng âm tính môi trƣờng sinh khối chuyển màu. Sau khẳng định vi khuẩn E. coli ta dùng que cấy lấy khuẩn lạc cho vào 9ml ống nƣớc muối sinh lý vô trùng trộn đều. Độ đục huyễn dịch vi khuẩn đƣợc so sánh với độ đục chuẩn Mac Farland 0,5 huyễn dịch vi khuẩn độ đục với độ đục chuẩn Mac Farland 0,5, điều chỉnh độ đục cách cho thêm nƣớc muối sinh lý cho thêm vi khuẩn, dùng tăm thấm huyễn dịch cấy lên mặt thạch MHA , sau đặt vào tủ ấm 15 phút trƣớc đặt kháng sinh. Ta dùng kẹp đầu nhọn vô trùng đặt đĩa kháng sinh ceftazidime 30 µg, ceftazidime 30 µg + acid clavulanic 10 µg, cefotaxime 30 µg, cefotaxime 30 µg +acid clavulanic 10 µg lên mặt thạch sau ủ 370C 18 – 20 giờ. Sau ủ ấm lấy đĩa thạch khỏi tủ ấm. Đo đƣờng kính vô khuẩn đƣờng kính vòng vô khuẩn đĩa kháng sinh có acid clavulanic trừ đĩa kháng sinh acid clavilanic lớn 5mm khẳng định E. coli ESBL ghi nhận kết quả. 3.2.3 Phƣơng pháp làm kháng sinh đồ Kỹ thuật làm kháng sinh đồ: tính nhạy cảm vi khuẩn kháng sinh đƣợc kiểm tra phƣơng pháp đĩa giấy khuếch tán Kirby-Bauer (1966) sau ủ 16-18 vi khuẩn mọc thành khóm mịn tiếp hợp vòng vô khuẩn vòng tròn đồng nhất. Đơn vị thƣớc đo vòng vô khuẩn mm. Kết luận mức độ kháng vi khuẩn theo CLSI (2014) ba mức: nhạy – trung gian – kháng. Mỗi chủng vi khuẩn thử nghiệm trƣớc ngày cần đƣợc cấy vào môi trƣờng thạch NA. Ủ đĩa thạch NA qua đêm 370C. Dùng que cấy vô trùng lấy khuẩn lạc hòa tan vào ml nƣớc muối sinh lý vô trùng trộn máy trộn vortex. Độ đục huyền dịch vi khuẩn đƣợc so sánh với độ đục chuẩn Mac Farland 0,5 dƣới giấy trắng có kẻ vạch đen. Dùng tăm vô trùng cấy huyễn dịch vi khuẩn lên mặt thạch MHA. Để khô mặt đĩa thạch cách đặt chúng vào tủ ấm 15 phút trƣớc đặt kháng sinh. Có thể sử dụng kẹp đầu nhọn vô trùng để đặt khoanh giấy kháng sinh lên đĩa thạch dùng dụng cụ để đặt khoanh giấy kháng sinh nhẹ nhàng lên đĩa thạch, ủ ấm 370C vòng 18-20 giờ. So sánh kích thƣớc vòng vô khuẩn chủng thử nghiệm với vòng ức chế chuẩn, sau ghi lại kết loại kháng sinh đƣợc thử nghiệm nhƣ là: nhạy cảm , trung bình kháng . 14 Bảng 3.2 tiêu chuẩn phân tích kết đƣờng kính vô khuẩn kháng sinh (CLSI, 2014) Đƣờng kính(mm) Đĩa kháng sinh Hàm lƣợng Nhạy Trung gian Kháng (µg) ≥ ≤ Ampicillin (Am) 10 17 14 - 16 13 Cefuroxime (Cfx) 30 18 15 - 17 14 Cefaclor (Cf) 30 18 15 - 17 14 Gentamycin (Gm) 10 15 13 - 14 12 Amikacin (Ak) 30 17 15 - 16 14 Kanamycin (Km) 30 18 14 - 17 13 Tetracyline (Tc) 30 15 12 - 14 11 Doxycyline (Dc) 30 14 11 - 13 10 Norfloxacin (Nor) 10 17 13 - 16 12 Ofloxacin (Of) 16 13 - 15 12 Trimethoprimsulfamethoxazole (SXT) 1,25/23,75 16 11 - 15 10 Streptomycin (Str) 10 15 12 - 14 11 Fosfomycin (Fo) 200 16 13 - 15 12 3.2.4 Phƣơng pháp xử lý số liệu Số liệu đƣợc xử lý kết phần mềm Exel 2010 phân tích thống kê phƣơng pháp Chi – quare test Minitab 16. 15 Chƣơng 4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 4.1 Kết phân lập vi khuẩn E. coli sinh ESBL gà huyện Mỹ Tú tỉnh Sóc Trăng. Kết khảo sát 22 gà gồm 11 gà thịt 11 gà đẻ loại mẫu gan, thịt, phổi phân phƣơng pháp đĩa kết hợp. Kết diện E. coli sinh ESBL đƣợc thể bảng 4.1. Bảng 4.1 Tỉ lệ vi khuẩn E. coli sinh ESBL gà huyện Mỹ Tú Loại gà Số mẫu khảo sát Dƣơng tính Tỉ lệ % Gà thịt 11 81,82a Gà đẻ 11 54,54a Tổng 22 15 68,18 Các giá trị chử số mũ a,b cột khác khác biệt có ý nghĩa thống kê (p [...]... Mỹ Tú là một trong những huyện thuộc tỉnh Sóc Trăng tập trung nhiều cơ sở chăn nuôi gà công nghiệp qui mô lớn Tuy nhiên chƣa có những nghiên cứu về tỉ lệ E coli sinh ESBL trên những trang trại gà của huyện, do đó Khảo sát sự lƣu hành của vi khuẩn E coli sinh beta- lactamase phổ rộng trên gà kh e tại một số trại gà thuộc huyện Mỹ Tú tỉnh Sóc Trăng đƣợc thực hiện Mục tiêu đề tài: - Xác định tỉ lệ E. coli. .. hoạt hoá emzyme guaylate cyclate làm tăng GMP (guanosine monophosphate) vòng dẫn đến kích thích bài tiết nƣớc muối gây tiêu chảy Tính gây bệnh của E coli đƣợc chia thành 2 loại: Trong đƣờng ruột và ngoài đƣờng ruột Trong đƣờng ruột gồm có ETEC (Enterotoxigenic E coli) , EIEC (Enteroinvasive E coli) , EPEC (Enteropathogenic E coli) , EHEC (Enterohemorrhagic E coli) , EAEC (Enteroaggregative E coli) , DAEC (Diffusely... at German Broiler Chicken Fattening Farms Applied and Environmental Microbiology August 2013 Volume 79 Number 16 p 4815–4820 24 Iise Overdevest, 2011 Extended-Spectrum β -Lactamase Genes of Escherichia coli in Chicken Meat and Humans, the Netherlands Kluytmans Emerging Infectious Diseases Vol 17, No 7: 1216-1222 25 Kola and Kohler, 2012 High prevalence of extended-spectrum-β-lactamaseproducing Enterobacteriaceae... kháng sinh cũ mà vẫn mang lại hiệu quả nhƣng cần lƣu ý nhịp cấp thuốc và nồng độ ức chế tối thiểu của kháng sinh với vi khuẩn E coli ESBL 22 CHƢƠNG 5 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 5.1 Kết luận Qua khảo sát sự lƣu hành của vi khuẩn E coli sinh men beta lactamase trên gà kh e tại một số trại gà thuộc huyện Mỹ Tú tỉnh Sóc Trăng, đƣợc ghi nhận qua những kết quả sau: Tỉ lệ hiện diện E coli ESBL trên gà kh e khá cao... E. coli ESBL dƣơng tính trên đàn gà kh e nuôi công nghiệp tại huyện Mỹ Tú tỉnh Sóc Trăng Thử tính nhạy cảm vi khuẩn E coli sinh ESBL với một số loại kháng sinh 1 CHƢƠNG 2 CƠ SỞ LÝ LUẬN 2.1 Vi khuẩn Escherichia coli Vi khuẩn Escherichia coli (E coli) lần đầu tiên phân lập từ phân trẻ em bị tiêu chảy năm 1885 và đặt theo tên của bác sĩ nhi khoa Đức Vi khuẩn E coli thuộc chi Escherichia họ Anterobacteriaceae,... quả phân lập vi khuẩn E coli sinh ESBL trên gà ở huyện Mỹ Tú tỉnh Sóc Trăng Kết quả khảo sát 22 gà gồm 11 gà thịt và 11 gà đẻ trên 4 loại mẫu là gan, thịt, phổi và phân bằng phƣơng pháp đĩa kết hợp Kết quả sự hiện diện của E coli sinh ESBL đƣợc thể hiện ở bảng 4.1 Bảng 4.1 Tỉ lệ vi khuẩn E coli sinh ESBL trên gà ở huyện Mỹ Tú Loại gà Số mẫu khảo sát Dƣơng tính Tỉ lệ % Gà thịt 11 9 81,82a Gà đẻ 11 6 54,54a... Cindy Dierikx, 2013 Presence of ESBL/AmpC-producing Escherichia coli in the Broiler Production Pyramid: A Descriptive Study PLOS ONE November 2013, vol 8, issue 11, e7 9005 19 Duru Carissa, Nwanegbo Edward, Adikwu Michael, Ejikeugwu Chika and Esimone Charles, 2013 Extended-Spectrum Beta- Lactamase- Producing Escherichia coli Strains of Poultry Origin in Owerri, Nigeria World Journal of Medical Sciences 8... Felix Reich et al., 2010 Extended-Spectrum β -Lactamase- and AmpCProducing Enterobacteria in Healthy Broiler Chickens, Germany Emerging infectious diseases vol 19, No.8, pp1253-1259 21 Garcia Grealls C, Botteldoorn N, Dierick K, 2013 Microbial surveillance of ESBL E coli in Poultry meat, a possible vehicle for transfer of Antimicrobial resistance to Humans Scientfic Institute of Public Health, Brussels,... Belgium 22 Gundogan N and Avci E, 2013 Prevalence and antibiotic resistance of extended-spectrum beta- lactamase (ESBL) producing Escherichia coli and Klebsiella species isolated from foods of animal origin in Turkey African Journal of Microbiology Vol 7(31), pp 4059-4064, 2 August, 2013 23 Henriette Laube, 2013 Longitudinal Monitoring of Extended-Spectrum-BetaLactamase/AmpC-Producing Escherichia coli. .. 25- 49 16 Annemieke Smet et al., 2008 Diversity of Extended-Spectrum βLactamases and Class C β-Lactamases among Cloacal Escherichia coli 24 Isolates in Belgian Broiler Farms Antimicrobialagents and Chemotherapy, Vol 52, No 4, p 1238–1243 17 Cindy Dierikx, Extended-spectrum-b -lactamase- and AmpC-b-lactamaseproducing Escherichia coli in Dutch broilers and broiler farmers J Antimicrob Chemother 2013 ; 68:60–67 . trên những trang trại gà của huyện, do đó Khảo sát sự lƣu hành của vi khuẩn E. coli sinh beta- lactamase phổ rộng trên gà kh e tại một số trại gà thuộc huyện Mỹ Tú tỉnh Sóc Trăng đƣợc thực. Đề tài: Khảo sát sự lƣu hành của vi khuẩn E. coli sinh beta lactamase phổ rộng trên gà kh e một số trại gà thuộc huyện Mỹ Tú tỉnh Sóc Trăng , do sinh vi n Huỳnh Ngọc Huyền thực hiện tại Bộ môn. SÁT SỰ LƢU HÀNH CỦA VI KHUẨN E. coli SINH BETA LACTAMASE PHỔ RỘNG TRÊN GÀ KH E TẠI MỘT SỐ TRẠI GÀ THUỘC HUYỆN MỸ TÚ TỈNH SÓC TRĂNG ii TRƢỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ KHOA NÔNG NGHIỆP & SINH