Thiết kế đoạn mồi để định danh cây gừng

SVTH: Nguyễn Thị Thân GVHD: Đoàn Thị Hoài Nam Bùi Xuân Đông MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN Em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến: Ban giám hiệu trường Đại Học Bách khoa Đà Nẵng. Ban chủ nhiệm khoa Hóa, bộ môn Công nghệ sinh học đã tạo điều kiện để em tiếp xúc với thực tế thông qua thực tập Tốt nghiệp. Bộ môn di truyền và chọn giống – Viện lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long đã tiếp nhận và tạo mọi điều kiện thuận lợi trong suốt khoảng thời gian em thực tập tại đây. Các thầy cô và các anh chị trong bộ môn đã tận tình giúp đỡ, hướng dẫn và chỉ bảo em trong suốt khoảng thời gian em thực tập. Đặc biệt em xin chân thành cảm ơn đến cô Nguyễn Thị Lang, anh Trần Minh Tài không những đã tạo điều kiện tốt nhất, tận tình hướng dẫn và giúp đỡ em trong suốt thời gian thực tập mà còn truyền đạt cho em những kinh nghiệm quý báo trong cuộc sống. Em xin bày tỏ lòng biết ơn đến thầy Bùi Xuân Đông, cô Đoàn Thị Hoài Nam cùng toàn thể các bạn 10SH và gia đình của em đã quan tâm và ủng hộ giúp em hoàn thành tốt đợt thực tập này. Một lần nữa em xin chân thành cảm ơn tất cả! Báo cáo thực tập tốt nghiệp Trang 1 SVTH: Nguyễn Thị Thân GVHD: Đoàn Thị Hoài Nam Bùi Xuân Đông MỞ ĐẦU Ngày nay, cùng với tiến bộ của khoa học và công nghệ, việc tìm hiểu mối quan hệ gần gũi của các taxon đang ngày càng phổ biến. Các đặc điểm là các nucleotide đã cung cấp một lượng thông tin khổng lồ, các chương trình máy tính sẽ là công cụ quan trọng không thể thiếu để phân tích dữ liệu đó Trong những năm gần đây sinh học hiện đại và các kỷ thuật nghiên cứu sinh học không ngừng phát triển, là cơ sở cho các ứng dụng trong nông nghiệp, y học và bảo vệ sức khỏe cho con người. Sinh hộc phân tử và kỷ thuật gen là những chuyên ngành sâu cần thiết cho các nhà sinh học. Công nghệ sinh học hiện đại mà nền tảng là sinh học phân tử và kỷ thuật gen ngày càng có nhiều ứng dụng trong thực tiễn sản xuất phục vụ đời sống con người. Các thành tựu về giải mã bộ gen người, bộ gen cây lúa, bộ gen chuột, nhân bản động vật đã mở ra một thời kỳ mới giúp con người hiểu biết, có thể chữa khỏi một số bệnh nan y, nâng cao sức khỏe và đời sống con người. Tuy nhiên, việc triển khai các ứng dụng sinh học phân tử thường gặp các trở ngại khi số lượng vật chất di truyền (DNA, RNA) cần thiết trong mẫu thấp. Để có đủ số lượng mẫu, người ta có thể dùng phương pháp tạo dòng (cloning) hoặc phổ biến hơn là phản ứng PCR. Để thực hiện được phương pháp này, các nhà sinh học cần phải biết thông tin về trình tự cần nhân bản và từ đó phải xác định được trình tự các đoạn mồi cần thiết để có thể khuếch đại đặc hiệu trình tự mong muốn. Trong bộ Gừng (Zingiberales) ở Việt Nam, họ Gừng (Zingiberaceae) là họ có số lượng loài nhiều nhất. Đây là một họ có nhiều đại diện có giá trị làm thuốc chữa bệnh, nhiều loài được sử dụng làm gia vị, làm cảnh Vì vậy, việc nghiên cứu phân loại họ Gừng ở nước ta một cách có hệ thống là điều vô cùng cần thiết. Báo cáo thực tập tốt nghiệp Trang 2 SVTH: Nguyễn Thị Thân GVHD: Đoàn Thị Hoài Nam Bùi Xuân Đông CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN VỀ TÀI LIỆU 1.1 Khái quát về Viện Lúa ĐBSCL Viện nghiên cứu lúa Đồng bằng sông Cửu Long (Cuu Long Delta Rice Research Institute hay CLRRI) là một viện nghiên cứu và đào tạo có địa chỉ xã Tân Thạnh, huyện Thới Lai, thành phố Cần Thơ, Việt Nam với tổng diện tích 366 ha. Tiền thân của viện này là Trung tâm Kỹ thuật Nông nghiệp đồng bằng song Cửu Long được thành lập theo quyết định số 41 NN-TC/QĐ ngày 8 tháng 1 năm 1977. Trung tâm này đã được Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng đổi tên như hiện nay vào năm 1985. Với những đóng góp đáng kể trong nghiên cứu và sản xuất nông nghiệp, từ năm 2002 trở đi Viện được Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn cho phép mở rộng chức năng hoạt động thành Viện nghiên cứu nông nghiệp vùng. Hình 1.1: Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long 1.2 Bộ môn di truyền a. Chức năng: Bộ môn Di truyền - chọn giống là đơn vị nghiên cứu trực thuộc Viện Lúa ĐBSCL có chức năng bảo tồn tài nguyên di truyền cây lúa và một số cây trồng khác trong vùng trồng lúa, nghiên cứu di truyền và chọn tạo giống lúa, giống cây trồng cạn, rau màu theo hướng phát triển bền vững, đáp ứng mục tiêu phát triển của quốc gia trong từng thời kỳ.(1) Báo cáo thực tập tốt nghiệp Trang 3 SVTH: Nguyễn Thị Thân GVHD: Đoàn Thị Hoài Nam Bùi Xuân Đông b. Nhiệm vụ: - Thu thập, bảo quản, đánh giá, tư liệu hóa và sử dụng hợp lý qũy gen cây lúa và một số cây trồng khác trong vùng trồng lúa, để thực hiện mục tiêu đa dạng sinh học, sử dụng vật liệu bố mẹ có định hướng đáp ứng yêu cầu cải tiến giống cây trồng. - Nghiên cứu genome học và genome học chức năng cây trồng mục tiêu; phát triển những lĩnh vực mới như proteomics, transcriptomics; ứng dụng tin sinh học, đáp ứng nhu cầu nghiên cứu cơ bản về di truyền phân tử, công nghệ di truyền, kết hợp với các phương pháp truyền thống làm cơ sở chọn tạo giống lúa, các giống cây trồng cạn và rau màu. - Nghiên cứu khai thác vật liệu di truyền từ nguồn hoang dại và loài bản địa, làm đa dạng nguồn gen, kết hợp với đột biến gen, biến dị somatic hoặc gametic, xây dựng chiến lược chọn lọc trên cơ sở di truyền số lượng, nhằm tạo chọn giống năng suất cao, ổn định, chống chịu stress sinh học và phi sinh học, gia tăng hàm lượng dinh dưỡng nông sản. - Thực hiện các phương pháp chuyển gen, du nhập gen mục tiêu từ ngân hàng gen vào giống cây trồng, kết hợp với hồi giao cải tiến, ứng dụng dấu chuẩn phân tử trong chọn giống (MAS), đánh giá hiệu qủa chọn lọc tính trạng mục tiêu, phân tích QTL, phân tích chuỗi trình tự gen mục tiêu, thiết kế những cặp mồi liên kết chặt chẽ với gen mục tiêu, hoàn thiện không ngừng qui trình chọn giống truyền thống và phân tử. - Ứng dụng công nghệ sinh học trong chọn giống: Chức năng genome , Công nghệ gen, Kỹ thuật di truyền , Kiểm tra về GMO các cây có liên quan. - Tạo điều kiện thuận lợi cho nghiên cứu sinh, thực tập sinh sau Tiến sĩ (post-doct), sinh viên đến thực tập về di truyền-giống; đào tạo tiến sĩ chuyên ngành di truyền - giống. - Thực hiện các hoạt động so sánh năng suất, phân tích tương tác GxE, trồng thử, chuyển giao giống mới ở các địa phương trong vùng mục tiêu. - Thực hiện công tác khảo nghiệm giống lúa ở các vùng sinh thái khác nhau. - Thực hiện các đề tài, dự án hợp tác quốc tế về các lĩnh vực có liên quan.(1) Báo cáo thực tập tốt nghiệp Trang 4 SVTH: Nguyễn Thị Thân GVHD: Đoàn Thị Hoài Nam Bùi Xuân Đông 1.3 Thiết kế đoạn mồi 1.3.1 Khái niệm Mồi (primer) là một đoạn Nucleotide ngắn (oligonucleotide), có khả năng bắt cặp với sợi DNA khuôn mạch đơn, tạo ra vùng khởi động cho quá trình tổng hợp sợi DNA mới nhằm khuếch đại số lượng lớn DNA. Ứng dụng: phản ứng PCR, lai phân tử Mồi là một trong những yếu tố quan trọng nhất quyết định sự thành công của PCR. Việc thiết kế mồi đặc hiệu và sử dụng mồi thích hợp mang tính quyết định đối với sản phẩm PCR thu được. 1.3.2 Nguyên tắc thiết kế mồi và những yêu cầu của mồi 1.3.2.1 Nguyên tắc thiết kế primer Việc chọn lọc primer nào đó là một thử thách cực kỳ quan trọng khi chúng ta muốn ứng dụng PCR có hiệu quả và độ trung thực cao. Nhằm đạt được thành công trong việc khuếch đại của PCR, chúng ta phải thiết kế chính xác “oligonucleotide primer”. Mỗi được thiết kế đúng giúp chúng ta tránh tạo ra những sản phẩm PCR không chuyên tính, giống như hiện tượng phân biệt giữa cDNA và DNA của bộ gen trong RNA-PCR. Các nguyên tắc trong thiết kế primer được Bùi Chí Bửu và Nguyễn Thị Lang (2004) nghiên cứu như sau: - Primer nên có chiều dài chuỗi trình tự khoảng 17-28 base. - Hàm lượng G+C khoảng 50-60%. - Nhiệt độ Tm khoảng 55-80 0 C. - Ở đầu 3’ primer có một G hoặc C, hoặc CG hoặc GC nếu nhiều hơn sẽ thúc đẩy hiện tượng “priming” nhầm ở các trình tự giàu G hoặc C nên được tránh. Giá trị Tm trong khoảng 56-62 0 C tạo ra quá trình “annealing” đạt kết quả tốt. Nhưng trong phản ứng PCR nhiệt độ Tm của mồi có thể biến thiên trong vòng 2-3 0 C. Báo cáo thực tập tốt nghiệp Trang 5 SVTH: Nguyễn Thị Thân GVHD: Đoàn Thị Hoài Nam Bùi Xuân Đông 1.3.2.2 Các thông số cơ bản để thiết kế mồi Mục đích của thiết kế mồi là có được sự cân bằng giữa hai kết quả: sự chuyên tính và sự hiệu quả của PCR. Sự chuyên tính được xem xét dựa trên cơ sở xuất hiện bao nhiêu lần “priming” nhầm trên tổng số lần “priming” (sự lai giữa primer và dây nền tại vị trí mục tiêu của nó). Tính hiệu quả của một mồi là làm thế nào tiếp cận với lý thuyết về kết quả sản phẩm, trong mỗi chu kỳ PCR, một cặp mồi có thể khuếch đại ra một sản phẩm. Một chuỗi mã DNA nào đó đã được cung cấp, người ta có thể phân tích mồi trên phần mềm máy tính, để có một cân bằng giữa hai mục tiêu. Chiều dài mồi (primer length): Cả tính đặc hiệu và thời gian bắt cặp ít nhất một phần phụ thuộc vào chiều dài mồi, yếu tố này quyết định sự thành công của PCR. Mồi có chiều dài càng lớn thì khả năng bắt cặp của mồi càng ít hiệu quả. Để tối ưu hóa phản ứng PCR, người ta sử dụng mồi có chiều dài tối thiểu sao cho đảm bảo T m khoảng 54 0 C hoặc hơn chút ít, như vậy tính đặc hiệu của sản phẩm PCR và hiệu suất phản ứng sẽ cao. Những nucleotide ngắn (15 base hoặc ngắn hơn) chỉ được sử dụng rất hạn chế trong các phản ứng PCR.(2) Tùy thuộc vào kích thước genemo sinh vật, chúng ta sẽ có một độ dài tối thiểu, sai biệt hơn kém nhau vài nucleotide. Chiều dài tối thiểu cho hầu hết các ứng dụng PC là 18 nucleotide.(3) Phần trăm GC (GC Content Percentage): Hàm lượng GC chiếm khoảng 50 – 70% thì cho kết quả tốt. Nucleotide G và C phải được phân bố đều khắp trình tự mồi. Cần tránh có nhiều hơn 3 nucleotide G hoặc C ở đầu 3’ của mồi để ngăn khả năng bắt cặp không đặc hiệu. Nhiệt độ nóng chảy của mồi (Primer Melting Temperature): Nhiệt độ nóng chảy (T m ) là nhiệt độ tại đó có 50% phân tử DNA sợi đôi bị tháo xoắn thành sợi đơn. Nhiệt độ nóng chảy tăng theo độ dài của mồi. Chiều dài tối ưu của mồi vào khoảng 18-24 nucleotide với nhiệt độ nóng chảy vào khoảng 55 0 C đến 80 0 C. Có một số công Báo cáo thực tập tốt nghiệp Trang 6 SVTH: Nguyễn Thị Thân GVHD: Đoàn Thị Hoài Nam Bùi Xuân Đông thức để tính nhiệt độ nóng chảy của mồi dựa vào số lượng các nucleotide thành phần (A,G,C và T). Nucleotide cuối của Mồi (trình tự đầu 3’): Vị trí đầu 3’ trên primer là cần thiết để khống chế mồi sai vị trí, do đó cần phải xác định cẩn thận. Khi ta xác định được một nucleotide acid, hai base đầu tiên rong codon của nó hoặc ba base trong trường hợp nó được mã hóa bằng codon đơn (methionine và tryptophan) thì hai hoặc ba base đầu này được dùng như đầu 3’. Những cặp base hoàn chỉnh giữa những đầu 3’của primer và khuôn mẫu cho phép chúng ta có được kết quả mong muốn, và giảm thiểu tối đa hiện tượng bắt cặp sai (mismatch) trong khoảng 5-6 nucleotide tại đầu 3’ của primer. Nhiệm vụ của đầu 3’ trong primer là kiểm soát hiện tượng gắn primer nhầm và ngăn cản hiện tượng tương đồng trong cùng một cặp primer. Nếu không xác định cẩn thận nucleotide ở đầu 3’ thì hiện tượng primer-dimers sẽ xảy ra, và với tính chất bổ sung cho nhau thì sản phẩm PCR lúc bấy giờ sẽ là một sự khuếch đại của chính primer chứ không phải của DNA khuôn mẫu. Các trình tự mồi bổ sung Nên thiết kế mồi không có vùng tương đồng bên trong mồi vượt quá 3 cặp base. Nếu mồi có một vùng tự tương đồng như thế, nó sẽ quay lại bắt cặp bổ trợ, tạo ra cấu trúc sợi kép (còn gọi là cấu trúc bậc 3 hay cấu trúc kẹp tóc), ảnh hưởng đến ciệc bắt cặp khuôn. 1.3.3 Các phần mềm và chương trình dùng trong thiết kế mồi 1.3.3.1 Chương trình ClustalW Chương trình clustal là dãy các phiên bản phần mềm phân tích kết quả thí nghiệm về cấu trúc chuỗi DNA hay protein, bằng phương pháp so sánh đồng thời giữa tất cả các chuỗi mà người yêu cầu đã lựa chọn cung cấp cho chương trình (về khối lượng, vị trí các đoạn đứt hay đoạn chèn đặc hiệu…) để tìm kiếm phát hiện ra những đặc điểm đồng nhất, đặc điểm gần gũi hay phân ly giữa chúng. Qua đó, chương trình sẽ xây dựng cây tiến hóa và cung cấp thông tin liên quan để dự đoán đặc tính của chuỗi phân Báo cáo thực tập tốt nghiệp Trang 7 SVTH: Nguyễn Thị Thân GVHD: Đoàn Thị Hoài Nam Bùi Xuân Đông tích. Clustal có nhiều phiên bản trong đó có phiên bản ClustalW, được viết bằng ngôn ngữ TUBRO C, có thể chạy trên nhiều môi trường khác nhau: UNIX, MAC, PC. 1.3.3.2 Các phần mềm thiết kế và lựa chọn đoạn mồi Chương trình thiết kế và lựa chọn đoạn mồi (primer design softwares) là chương trình tìm kiếm và xác định đoạn nucleotide tương đồng với cấu trúc chuỗi DNA đem phân tích, phục vụ cho nhân gen PCR hay sử dụng cho nhiều kỷ thuật lai ứng dụng khác. Để giải quyết nhiệm vụ trên, nhiều phần mềm đã được xây dựng và cung cấp cho người dùng như DNA Club, OLIGO primer analysis sofware, Molecular Biology Insights, FastPCR hay Primer 3 1.3.3.2.1 Chương trình FastPCR FastPCR là một trong những công cụ mạnh để thiết kế mồi. Hình 1.2: Giao diện của chương trình FastPCR Các bước thực hiện: - Chép lại chuỗi trình tự (định dạng FASTA, EMLP) và dán vào cửa sổ input. - Lựa chọn các thông số cho mồi (bao nhiêu %GC, ) với nhiều phương án. - Chọn Run (F5) để chạy chương trình, xuất hiện file output với các định dạng như ASCII text, XML và excel. Báo cáo thực tập tốt nghiệp Trang 8 SVTH: Nguyễn Thị Thân GVHD: Đoàn Thị Hoài Nam Bùi Xuân Đông Trên bảng kết quả (result) dạng notepad gồm tên các mồi, trình tự các mồi, Tm, %GC, Q. Có rất nhiều mồi để lựa chọn cho phản ứng PCR. 1.3.3.2.2 Chương trình thiết kế Primer-3 Primer-3 là một trong số các chương trình ứng dụng để thiết kế đoạn mồi của Rozen và Skeletsky. Chương trình Primer-3 được cung cấp cho người sử dụng xử lý trực tuyến qua địa chỉ truy cập. Chương trình Primer-3 thiết kế mồi dựa trên cơ sở dử liệu phân tích của các đoạn mồi tương ứng đã biết trong các ngân hàng dữ liệu. Các bước thực hiện: - Nhập dữ liệu: thông thường chuỗi trình tự được viết theo định dạng FASTA. - Đặt chế độ xử lý. - Nhấn nút: “Pick primer”. Hình 1.3: Giao diện trực tuyến chương trình primer-3(4) Báo cáo thực tập tốt nghiệp Trang 9 SVTH: Nguyễn Thị Thân GVHD: Đoàn Thị Hoài Nam Bùi Xuân Đông 1.3.3.2.3 Chương trình thiết kế Primer-BLAST Hình 1.4: Giao diện trực tuyến chương trình primer-BLAST(5) Primer-BLAST đã được phát triển tại NCBI để giúp người dùng thiết kế các mồi cho phản ứng PCR. Nó dùng Primer-3 để thiết kế mồi và sau đó gửi chúng vào BLAST tìm kiếm đối với người sử dụng lựa chọn cơ sở dữ liệu. Các bước thực hiện: Nhập dữ liệu: thông thường chuỗi trình tự được viết theo định dạng FASTA. Đặt chế độ xử lý. Nhấn nút: “Get primer” Báo cáo thực tập tốt nghiệp Trang 10 [...]... mềm ứng dụng tin sinh học hơn Để làm tốt đề tài này, thì cần các yêu cầu: cần phải nắm kỷ kiến thức về môn sinh học phân tử; cần nắm rõ cũng như cách sử dụng các chương trình, phần mềm để thiết kế mồi; phải có kinh nghệm thiết kế mồi nhiều cũng như nắm được các yêu cầu của thiết kế mồi Mặc dù em đã cố gắng để thu thập các tài liệu cần thiết cũng như cọ xát với thực tế nhiều để hoàn thành tốt bài báo cáo... nhiên, kết quả thiết kế của các phần mềm chỉ cho chúng ta những trình tự và những thông tin lý thuyết sau khi có kết quả chúng ta phải thực hiện thí nghiệm thực tiển để có thể chọn các thông số chính xác cho phản ứng PCR Báo cáo thực tập tốt nghiệp Trang 20 SVTH: Nguyễn Thị Thân GVHD: Đoàn Thị Hoài Nam Bùi Xuân Đông CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN Khi thiết kế mồi cho đoạn gen đặc trưng của cây gừng thì kết quả thu... CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ Sau khi kiểm tra độ tương đồng của mồi trên các chuỗi của các loài khác nhau thì ta chọn ra được 4 cặp mồi: 1 Mồi xuôi: TATCACGGCTTTGGATGGAACTCG Mồi ngược: GGCAAGATGACCAAGACTCCCT 2 Mồi xuôi: TCTTGCCAAGCTGGTTCTGT Mồi ngược: CCTATCTCTGGCACTGTCGC 3 Mồi xuôi: GTGACATTGAAAGGGCCACA Mồi ngược: ACCTATCTCTGGCACTGTCG 4 Mồi xuôi: CACGGCTTTGGATGGAACTC Mồi ngược: ATCCCAACTCACTCCTCCTG Tuy nhiên, kết... tìm được bằng các chương trình thiết kế mồi Chương trình Primer-3 Kết quả nhận được là 1 cặp mồi chính: Mồi xuôi: AGCAGTGACATTGAAAGGGC, chiều dài: 20 base, Tm = 58,750C, %GC = 50% Mồi ngược: AGGATGGTTTGCTGGACTCA, chiều dài: 20 base, T m = 58,93, %GC = 50% PRODUCT SIZE: 164 Và 4 cặp mồi bổ sung: STT 1 2 Tên mồi Mồi xuôi Mồi ngược Mồi xuôi Mồi ngược Trình tự chuỗi GTGACATTGAAAGGGCCACA ACCTATCTCTGGCACTGTCG... can khương Còn dùng tiêu khương ( gừng khô thái lát dày, sao sém vàng, đang nóng, vẩy vào ít nước, đậy kín Để nguội); bào khương (gừng khô đã bào chế); thán khương (gừng khô thái lát dày, sao cháy đen tồn tính) Có thể cất tinh dầu từ gừng với hiệu suất 1 -2,7% hoặc điều chế nhựa dầu gừng từ bột gừng khô với các dung môi hữu cơ, hiệu suất 4,2 – 6,5% Thành phần hóa học: Gừng chứa 2-3% tinh dầu với thành... tích Gingerols là thành phần chủ yếu của gừng tươi và được tìm thấy giảm nhẹ trong gừng khô , trong khi nồng độ của shogaols, đó là những sản phẩm gingerol mất nước lớn, phong phú trong gừng khô hơn trong gừng tươi.(9) Ít nhất 31 hợp chất gingerol có liên quan đã được xác định từ các chất chiết xuất từ dầu thô methanol của thân rễ gừng tươi.(10) Gừng đã được phân đoạn thành ít nhất 14 hợp chất hoạt tính... riêng lẻ trong một mẫu gừng phụ thuộc vào nước xuất xứ , phạm vi xử lý thương mại , và cho dù là gừng tươi , sấy khô hoặc chế biến (12) Báo cáo thực tập tốt nghiệp Trang 13 SVTH: Nguyễn Thị Thân GVHD: Đoàn Thị Hoài Nam Bùi Xuân Đông CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP TIẾN HÀNH 2.1 Vật liệu Thiết kế đoạn mồi cần phải có những thành phần cơ bản sau: - Trình tự Nucleotide - Chiều dài đoạn mồi - Nhiệt độ nóng... về mặt lý thuyết là được 4 cặp mồi, nhưng để chọn ra được 1 cặp mồi tốt nhất cho phản ứng PCR thì cần phải thực hiện thí nghiệm thực tiễn Tuy nhiên, do thời gian thực tập quá ngắn nên em không có điều kiện để thực hiện thí nghiệm thực tiễn Sau quá trình thực tập, em có thể biết thêm được nhiều kiến thức về “Tin sinh hoc” nói chung cũng như về Thiết kế mồi nói riêng Để tiếp xúc và làm quen với nhiều... ClustalW2 để tìm ra chuỗi DNA đặc trưng nhất Báo cáo thực tập tốt nghiệp Trang 14 SVTH: Nguyễn Thị Thân GVHD: Đoàn Thị Hoài Nam Bùi Xuân Đông Sau khi nhập dữ liệu vào chương trình ClustalW2, kết quả thể hiện bằng Phylogenetic Tree qua hình bên dưới Dựa vào kết quả trên, chuỗi DNA đặc trưng nhất là chỗi mang mã số EF491823 Bước 3: Thiết kế Primer cho chuỗi DNA vừa tìm được bằng các chương trình thiết kế mồi. .. %GC 50 55 55 55 SVTH: Nguyễn Thị Thân GVHD: Đoàn Thị Hoài Nam Bùi Xuân Đông 3 Mồi xuôi CACGGCTTTGGATGGAACTC Mồi ngược ATCCCAACTCACTCCTCCTG 4 Mồi xuôi CCCCAGTCTTTGCCACAAC Mồi ngược GGATTTGGGGTAGTGAGGCT Chương trình FastPCR 20 20 19 20 59,20 58,42 58,96 59,08 Kết quả sau khi chạy chương trình FastPCR ta được 10 cặp mồi: ST T Tên mồi Trình tự chuỗi 1 Xuôi CGGATACACCATTCCACTGTG G GGCAAGATGACCAAGACTCCC T CGGATACACCATTCCACTGTG