Phương thức thu thập thông tin nguồn gen của Trung tâm tài nguyên thực vật.

- Quản lý dữ liệu và thông tin tài nguyên thực vật Quốc gia, nghiên cứu ứng dụng tinhọc vào quản lý, khai thác dữ liệu và thông tin tài nguyên thực vật, quản lý trang Webvề tài nguyên th

MỤC LỤC TRANG

DANH MỤC BẢNG BIỂU, SƠ ĐỒ, HÌNH VẼ

Sơ đồ 1.1 Cơ cấu bộ máy tổ chức

DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT TIẾNG ANH

CENTER

TRUNG TÂM TÀI NGUYÊN THỰC VẬT

LỜI MỞ ĐẦU

Quá trình học tập trên giảng đường giúp sinh viên tích lũy được lượng lớn kiếnthức Tuy nhiên nếu không áp dụng vào thực tế thì lý thuyết chỉ là lý thuyết suông.Thực tập là quá trình quan trọng, cách đơn giản và nhanh nhất giúp sinh viên rút ngắnkhoảng cách giữa lý thuyết và thực tiễn Điều này rất có ý nghĩa đối với sinh viên sắp

ra trường – lực lượng lao động tương lai nhưng còn thiếu sự trải nghiệm Thông qua

sự tìm hiểu về cơ cấu tổ chức, cách thức hoạt động, phát phiếu khảo sát ý kiến, tìnhhình đơn vị thực tập, sinh viên được làm quen với môi trường thực tế của doanhnghiệp Qua đó, có thể so sánh, đối chiếu giữa lý thuyết và thực tiễn, rút ra kinhnghiệm, bài học cho bản thân Việc thực tập càng được tiến hành sớm, sinh viên càngtích lũy được nhiều kinh nghiệm, chủ động nắm bắt cơ hội, định hướng mục tiêu tươnglai

Khoảng thời gian 4 tuần thực tập tại đơn vị thực tập Trung tâm tài nguyên thựcvật tuy ngắn nhưng bản thân em cũng học hỏi được nhiều kinh nghiệm, kiến thứcchuyên ngành, nhìn nhận được các vấn đề thực tế phục vụ cho quá trình làm khóa luậncũng như công việc sau khi tốt nghiệp

Nội dung Báo cáo thực tập gồm 2 phần chính:

Phần I: Thông tin chung về Trung tâm tài nguyên thực vật

Phần II: Tổng hợp, phân tích, đánh giá tình hình ứng dụng HTTT tại Trung tâmtài nguyên thực vật và đề xuất hướng nghiên cứu

Trong suốt quá trình thực tập, em đã được sự giúp đỡ, hướng dẫn tận tình củacác cán bộ, nhân viên trong trung tâm và đặc biệt là cô giáo hướng dẫn Đỗ Thị ThuHiền Em xin chân thành cảm ơn những giúp đỡ quý báu đó

Dù có nhiều cố gắng nhưng do hạn chế về thời gian, kinh nghiệm, báo cáo vẫnkhông thể tránh khỏi những thiếu sót Em rất mong sự đóng góp ý kiến của thầy cô đểbài báo cáo được hoàn thiện hơn

Em xin chân thành cảm ơn!

Phần 1:

THÔNG TIN CHUNG VỀ TRUNG TÂM TÀI NGUYÊN THỰC VẬT 1.1. Giới thiệu chung về trung tâm tài nguyên thực vật.

Tên đầy đủ của trung tâm: TRUNG TÂM TÀI NGUYÊN THỰC VẬT

Tên viết bằng tiếng anh: PLANT RESOURCES CENTER

1.2. Quá trình thành lập và phát triển của Trung tâm tài nguyên thực vật.

Trung tâm Tài nguyên thực vật (Tên tiếng Anh: Plant Resources Center) thuộcViện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam được thành lập theo Quyết định số220/2005/QĐ-TTg ngày 09/09/2005 của Thủ tướng Chính phủ Tiền thân là Bộ mônquỹ gen cây trồng (trước năm 1996), Trung tâm tài nguyên di truyền thực vật (1996-2005) thuộc Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Việt Nam Trung tâm Tài nguyênthực vật là cơ quan sự nghiệp khoa học độc lập thuộc Viện Khoa học nông nghiệp ViệtNam Trụ sở của Trung tâm đặt tại Xã An Khánh, huyện Hoài Đức, TP Hà Nội

1.3. Cơ cấu tổ chức của Trung tâm tài nguyên thực vật.

PHÒNG TÀI CHÍNH KẾ TOÁN PHÒNG TÀI CHÍNH KẾ TOÁN

ĐƠN VỊ NGHIÊN CỨU

BM QUẢN LÝ NGÂN HÀNG GEN

BM QUẢN LÝ NGÂN HÀNG GEN

BM NHÂN GIỐNG &

ĐÁNH GIÁ NGUỒN GEN

BM NHÂN GIỐNG &

ĐÁNH GIÁ NGUỒN GEN

BM DỮ LIỆU &

THÔNG TIN TNTV

BM DỮ LIỆU &

THÔNG TIN TNTV

BM ĐA DANG SINH HỌC NÔNG NGHIỆP

BM ĐA DANG SINH HỌC NÔNG NGHIỆP

BM BẢO TỒN INSITU & KHAI THÁC NGUỒN GEN

BM BẢO TỒN INSITU & KHAI THÁC NGUỒN GEN

Sơ đồ 1.1 Cơ cấu bộ máy tổ chức

(Nguồn: phòng tổ chức, hành chính )

Ban lãnh đạo của trung tâm có chức năng lãnh đạo, quản lý, điều hànhchung.Trực tiếp phụ trách các công tác: Cải cách hành chính; Kế hoạch; Bảo vệ chínhtrị nội bộ; và các công tác khác do Bộ nông nghiệp giao

Trung tâm hiện có 03 Phòng quản lý và 05 đơn vị nghiên cứu, chức năng nhiệm

vụ cụ thể của các đơn vị như sau:

Phòng Tổ chức, Hành chính: Phòng có chức năng tham mưu cho Giám đốc

Trung tâm quản lý công tác tổ chức cán bộ, hành chính, quản trị và xây dựng cơ bản

Phòng Khoa học và Hợp tác quốc tế: Tham mưu giúp Giám đốc Trung tâm

định hướng nghiên cứu Khoa học công nghệ, quản lý và thực hiện các chương trình,

đề tài, dự án nghiên cứu trong nước và hợp tác quốc tế do Giám đốc giao

Phòng Tài chính Kế toán : Phòng có chức năng tham mưu giúp Giám đốc

Trung tâm quản lý công tác tài chính kế toán và tài sản của Trung tâm theo quy định

Bộ môn Quản lý Ngân hàng gen: Lưu giữ exsitu quỹ gen tại Ngân hàng gen

cây trồng Quốc gia, quản lý Ngân hàng gen hạt giống, quản lý Ngân hàng gen đồngruộng các loài cây sinh sản vô tính và cây lưu niên có hạt recalcitrant

Bộ môn Nhân giống và đánh giá nguồn gen: Nhân giống, trẻ hoá và đánh giá

nguồn gen tại các điểm sinh thái thích hợp, làm giàu quỹ gen, tham gia khai thác sửdụng tài nguyên thực vật

Bộ môn Dữ liệu và Thông tin TNTV

- Quản lý dữ liệu và thông tin tài nguyên thực vật Quốc gia, nghiên cứu ứng dụng tinhọc vào quản lý, khai thác dữ liệu và thông tin tài nguyên thực vật, quản lý trang Web

về tài nguyên thực vật

- Ứng dụng CNTT phục vụ công tác bảo tồn tài nguyên di truyền thực vật

- Quản lý và sử dụng dữ liệu của các nguồn gen đang được bảo tồn tại các cơ quanmàng lưới của Hệ thống bảo tồn tài nguyên di truyền thực vật,

Bộ môn Đa dạng sinh học nông nghiệp

- Nghiên cứu đa dạng sinh học nông nghiệp

- Đánh giá một số chỉ tiêu chất lượng nông sản nguồn gen

- Quản lý Ngân hàng gen in-vitro

Bộ môn Bảo tồn insitu và khai thác nguồn gen: nghiên cứu và quản lý các

điểm bảo tồn insitu tài nguyên thực vật, khai thác sử dụng tài nguyên thực vật

1.4. Chức năng, nhiệm vụ chính của Trung tâm tài nguyên thực vật.

• Chức năng

Trung tâm là đơn vị sự nghiệp khoa học trực thuộc Viện Khoa học Nông nghiệpViệt Nam Trung tâm là đầu mối hệ thống bảo tồn tài nguyên di truyền thực vật quốc gia.Trung tâm được sử dụng con dấu và mở tài khoản riêng theo quy định của pháp luật

• Nhiệm vụ

- Xây dựng chương trình, dự án, kế hoạch nghiên cứu khoa học và chuyển giao công

nghệ về bảo tồn tài nguyên thực vật dài hạn

- Quản lý ngân hàng gen thực vật quốc gia bao gồm các nhiệm vụ: điều tra, thu thập,

nhập nội quỹ gen, duy trì các Ngân hàng gen hạt…

- Điều phối hoạt động màng lưới tài nguyên di truyền thực vật thống nhất trong cả nước,

- Nghiên cứu đa dạng sinh học nhằm xây dựng giải pháp tổng thể bảo tồn và xúc tiến

khai thác, sử dụng đa dạng sinh vật nông nghiệp

- Chuyển giao tiến bộ kỹ thuật về nguồn gen có khả năng mở rộng sản xuất,

- Hợp tác quốc tế trong lĩnh vực tài nguyên di truyền thực vật,

- Đào tạo, bồi dưỡng kiến thức về tài nguyên di truyền thực vật cho cán bộ khoa học và

cán bộ địa phương,

- Tư vấn các vấn đề liên quan đến tài nguyên di truyền thực vật

1.5. Tình hình hoạt động của Trung tâm tài nguyên thực vật.

Việc phát triển KHCN của Trung tâm TNTV là để bảo tồn hiệu quả quỹ giencây trồng phục vụ các mục tiêu phát triển bền vững của đất nước Để đạt được mụctiêu Trung tâm cần phát triển đồng bộ và hài hòa tất cả bốn nhóm hoạt động của côngtác bảo tồn quỹ gien cây trồng bao gồm:

• Điều tra, kiểm kê, thu thập và nhập nội nguồn gen

- Điều tra và kiểm kê quỹ gien cây trồng nhằm đánh giá thực trạng phân bố TNDTTV,xác định các ưu tiên cần thu thập và bảo tồn, cũng như các giải pháp và cách tiếp cận

để bảo tồn nguồn gen sao cho có hiệu quả nhất

- Việc thu thập cần được tiến hành kịp thời, trước khi nguy cơ mất mát xảy ra, chú trọng

những nguồn gen bản địa, các cây truyền thống

- Nhập nội nguồn gen cần được tiến hành một cách có định hướng

• Lưu giữ nguồn gen theo phương thức ngoại vi và nội vi:

Để quỹ gen cây trồng được bảo tồn, phát triển và sử dụng hiệu quả cần kết hợpmột cách hợp lý hai hình thức bảo tồn exsitu và insitu đối với từng đối tượng cây

• Mô tả, đánh giá, tư liệu hoá và thông tin về nguồn gen

Có ba loại thông tin chính: thông tin về lí lịch, xuất xứ; thông tin về các tínhtrạng, và thông tin về giá trị sử dụng và những kiến thức bản địa liên quan

• Thúc đẩy khai thác và sử dụng bền vững nguồn gen.

Để công việc bảo tồn có ý nghĩa cần thúc đẩy sử dụng bền vững nguồn genbằng cách:

- Cung cấp nguồn gen và thông tin liên quan cho tất cả các đối tượng sử dụng vì mục

đích nghiên cứu, chọn tạo giống, sản xuất nông sản, y dược

- Nghiên cứu tiềm năng sử dụng nguồn gen (genetic enhancement)

- Kết hợp với các viện vùng của Viện Khoa Học Nông Nghiệp Việt Nam nghiên cứu mở

rộng sản xuất

- Kết hợp với các địa phương và các viện Vùng của Viện Khoa Học Nông Nghiệp Việt

Nam nghiên cứu mở rộng sản xuất

1.6. Mục tiêu hoạt động của Trung tâm tài nguyên thực vật.

• Mục tiêu tổng quát:

Bảo tồn và sử dụng bền vững nguồn TNDTTV phục vụ các mục tiêu phát triểnkinh tế, xã hội bền vững của đất nước và bảo vệ môi trường, sinh thái

• Mục tiêu cụ thể đến 2015:

- Hoàn thành việc điều tra, kiểm kê và thu thập tổng thể QGCT trong phạm vi cả nước

để kịp thời đưa vào bảo tồn exsitu những nguồn gen giá trị có nguy cơ bị xói mòntrong sản xuất và trong tự nhiên Nhập nội có định hướng nguồn gen cây trồng có tiềmnăng phát triển và sử dụng tại Việt Nam, nghiên cứu làm tăng tiềm năng nguồn gen để

không ngừng làm giàu tài nguyên di truyền thực vật

- Xây dựng và quản lý hiệu quả Ngân hàng cây trồng quốc gia ngang tầm các nướctrong khu vực, đưa số lượng nguồn gen lưu giữ tại đây lên 40.000 - 50.000 vào 2015,lên 100.000 - 120.000 vào năm 2020

- Từng bước tiến hành đánh giá, tư liệu hóa nguồn gen một cách đầy đủ để giới thiệu sử

dụng trong nghiên cứu, chọn tạo giống và phát triển sản xuất

- Hoàn thiện, quản lý tốt Hệ thống thông tin quốc gia về TNDTTV, đảm bảo dễ dàng

tiếp cận đối với mọi đối tượng sử dụng

- Phát triển và duy trì thành công các điểm bảo tồn on-farm nhằm bảo tồn hiệu quả thôngqua khai thác, sử dụng quả các nguồn gen cây trồng bản địa quí và đặc sản

- Củng cố và điều phối hiệu quả hệ thống TNDTTV quốc gia; từng bước xã hội hoá

Bảng 1.1 Tổ chức nhân sự tại từng phòng/bộ môn.

5 Bộ môn Nhân giống và đánh giá nguồn

8 Bộ môn Bảo tồn insitu và khai thác

1.7.2. Cơ sở hạ tầng và vật chất

• Cơ sở vật chất trang thiết bị

- Số máy tính trong trung tâm: 120

- Tất cả các máy tính đều có kết nối và truy cập được Internet và được đưa vào hoạt

động từ năm 1999

- Cơ sở dữ liệu:MS SQL Server

- Mạng: LAN, Internet

- Ngôn ngữ lập trình website của trung tâm: PHP

- Website trung tâm được quản lý đặt tại trung tâm thông tin Bộ nông nghiệp

• Từ phiếu điều tra gửi phòng dữ liệu và thông tin TNTV có các phần mềm đã đang sử dụng tại trung tâm:

Bảng 1.2 Các phần mềm đang được sử dụng tại trung tâm

(Nguồn: phiếu điều tra phòng dữ liệu và thông tin TNTV)

4 NTSYSPC 2.1 DNA Sequence

Analysis phân tích sự đadạng di truyền Không

thông tin

Có

• Hệ điều hành windown 7: hiên nay được cái đặt trên tất cả các máy tính các nhân ở

Trung tâm có tác dụng thực hiện chính:

- Quản lý tài nguyên máy tính: CPU, bộ nhớ chính, màn hình, bàn phím và các thiết bị

• Microsoft office 2010: sử dụng chính lập các bảng mẫu cho từng mục đích nghiên

cứu, ngoài ra còn để thực hiện các nhiệm vụ cá nhân như viết ghi nhớ, soạn thảo văn

bản, tạo các trang trình diện….Gồm Microsoft word, Microsoft excel,…

• Phần mềm diệt virus Kaspersky 2012: Trung tâm dùng để bảo vệ an toàn máy sử

dụng, các nguồn tin dữ liệu và ngoài ra còn mục đích mong muốn được hỗ trợ trực tiếp

từ các chuyên gia hàng đầu về virus máy tính trong quá trình sử dụng

• Phần mềm kế toán Misa SME 7.9: được cài đặt tại các máy tính phòng kế toán để hỗ

trợ các nhân viên phòng này chính xác hơn trong nghiệp vụ, giảm thiểu các thủ côngtrong kế toán, tăng hiệu quả tính toán và đảm bảo lưu trữ hoạt động của trung tâm

chính xác nguồn ra vào

• Phần mềm NTSYSPC 2.1: tại trung tâm phần mềm được dùng để phân tích sự đa

dạng đặc điểm di truyền dựa vào kỹ thuật PCR mẫu DNA, dùng để đánh giá độ tươngđồng về 'DNA band profiles' của các chủng nghiên cứu ( Ví dụ như vi sinh vật ) Đây

là một công cụ nghiên cứu hỗ trợ cho việc phân tích các số liệu về 'typing method' của

một loài nào đó

• Phần mềm GB 1.5 là phần mềm được trung tâm đặt hàng để hỗ trợ lưu trữ biểu mẫu

quản lý thông tin

Phần 2:

TỔNG HỢP, PHÂN TÍCH, ĐÁNH GIÁ TÌNH HÌNH ỨNG DỤNG HTTT TẠI

TRUNG TÂM TÀI NGUYÊN THỰC VẬT.

2.1. Phân tích thực trạng về thông tin của Trung tâm tài nguyên thực vật.

Hiện nay thông tin chính trong quá trình hoạt động của trung tâm là thông tin vềnguồn gen Đây là dữ liệu chính trong tất cả các quá trình hoạt động nghiên cứu của tạitrung tâm

Dữ liệu nguồn gen thu thập ngày càng nhiều theo các dự án của trung tâm thựchiện, chính sách đầu tư vào công nghệ thông tin đảm bảo dữ liệu an toàn quốc giađang được trung tâm đưa vào thực hiện tại tất cả các phòng ban Từ phỏng vấn trựctiếp tại phòng kế toán cho thấy chi phí đầu tư của Trung tâm TNTV cho CNTT chiếm

tỷ trọng lớn trong tổng chi phí hoạt động dự toán năm 2015:

Biểu đồ 2.1 Tỷ trọng chi hoạt động của Trung tâm TNTV dự toán 2015.

(Nguồn: phòng kế toán)

2.1.1. Hệ thống thông tin của Trung tâm tài nguyên thực vật.

Trung tâm không sử dụng phần mềm quản lý dữ liệu nguồn gen, chưa có hệthống quản lý dữ liệu tập trung Thực trạng thu thập, xử lý, lưu trữ dữa liệu về nguồngen của trung tâm là phần quan trọng đang làm rất đơn giản chưa áp dụng công nghệthông tin nhiều vào hoạt động

Dữ liệu về nguồn gen thu thập từ việc cử kỹ sư và cộng tác đi trực tiếp đến cácđịa phương thu thập điều tra lấy mẫu, các thông tin mẫu điều tra thu thập về đượcchuyển đến bộ môn dữ liệu và thông tin TNTV nhập vào phần mềm xử lý số liệu thuthập và các số liệu đã được xử lý được xuất ra dưới dạng excel Các dữ liệu đã được

xử lý được bộ môn này lưu trữ thủ công một phần trên giấy văn bản tại tủ lưu trữ vàmột phần tại các máy tính cá nhân tại trung tâm mà chưa được quản lý chặt chẽ

Dựa vào câu trả lời và số phiếu chọn trên tổng 5 phiếu điều tra, có biểu đồ sau:

Thu thập thông tin Xử lý, kiểmsoát Đưa thông tin lên hệ thống Lưu trữ thông tin

Biểu đồ2.2 Đánh giá khả năng quản trị thông tin dữ liệu nguồn gen

Qua những phân tích ở trên, có thể thấy hệ thống hiện tại của trung tâm mới đápứng được hiệu quả của hoạt động xử lý thông tin qua phần mềm chuyên dụng xử lýthông tin tài nguyên

2.1.2. Phương thức thu thập thông tin nguồn gen của Trung tâm tài nguyên thực vật.

Điều tra từ bộ môn dữ liệu và thông tin TNTV cho thấy thông tin nguồn genđược thu thập từ nhiều nguồn như nguồn nội bộ từ các vụ, cục, viện của Bộ nôngnghiệp, tại các địa bàn xã, huyện, tỉnh thành Các phương pháp điều tra, thu thập thôngtin được trung tâm chủ yếu sử dụng là:

Biểu đồ 2.3 Phương pháp thu thập thông tin của Trung tâm TNTV.

(Nguồn: phiếu điều tra bộ môn dữ liệu và thông tin TNTV )

Nghiên cứu tài liệu: các tài liệu là những dữ liệu được lưu trữ trong các viện

liên quan, các tài liệu có thể là sổ sách, giấy tờ, văn bản,… các tài liệu cũng có thể lưutrữ ở dạng tệp trên máy tính

Phỏng vấn, lập phiếu điều tra: tạo phiếu khảo sát điều tra từ trực tiếp các địa

phương nghiên cứu để lấy thông tin lưu trữ tài nguyên Từ các dữ liệu thu thập vềđược tổng hợp, xử lý chọn lọc và lưu trữ

2.1.3. Phương thức xử lý thông tin nguồn gen của Trung tâm tài nguyên thực vật.

Dữ liệu sau khi thu thập được phân loại, chọn lọc Các số liệu bên trong được

xử lý nhờ phần mềm ứng dụng Microsoft Excel Các thông tin thu thập từ bên ngoài:

số liệu tài nguyên, nguồn gen tại các địa phương, vẫn được tập hợp thủ công và xử lýtại phần mềm xử lý thông tin nguồn gen Từ đây thông tin sau xử lý được đưa vào lưutrữ để sử dụng cho nghiên cứu và phát triển

Hình 2.1 Quy trình xử lý thông tin