PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ ADN

Giảng viên hướng dẫn: TS. Võ Văn Toàn Giảng viên hướng dẫn: TS. Võ Văn Toàn Học viên thực hiện: Phùng Tấn Thi Học viên thực hiện: Phùng Tấn Thi Lớp: Sinh học thực nghiệm khóa 12 Lớp: Sinh học thực nghiệm khóa 12 Qui Nhơn, tháng 3 năm 2011 Qui Nhơn, tháng 3 năm 2011 TIN SINH HỌC TIN SINH HỌC PHƯƠNG PHÁP XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ AND PHƯƠNG PHÁP XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ AND VÀ ỨNG DỤNG TRONG THỰC TẾ VÀ ỨNG DỤNG TRONG THỰC TẾ What is bioinformatics? Tin sinh h c l gì?ọ à 􀂁 Bio: Sinh h c phân t (Molecular ọ ử Biology) 􀂁 Informatics: Khoa h c tính toánọ 􀂁 Bioinformatics: Gi i quy t các b i toánả ế à sinh h c b ng vi c s d ng các ph ngọ ằ ệ ử ụ ươ pháp c a khoa h c tính toán.ủ ọ Synonyms: Computational biology,Computational molecular biology, Biocomputing NỘI DUNG NỘI DUNG  NGUYÊN LÝ CỦA CÁC PHƯƠNG PHÁP NGUYÊN LÝ CỦA CÁC PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN PHƯƠNG PHÁP SANGER PHƯƠNG PHÁP SANGER PHƯƠNG PHÁP MAXAM-GILBERT PHƯƠNG PHÁP MAXAM-GILBERT  PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN TỰ ĐỘNG TỰ ĐỘNG HÓA HỌC/ PHẢN ỨNG CHUỖI (DÂY CHUYỀN) HÓA HỌC/ PHẢN ỨNG CHUỖI (DÂY CHUYỀN) POLYMERASE POLYMERASE THIẾT BỊ THIẾT BỊ CÁC PHẦN MỀM/ CÁC CSDL GEN QUỐC TẾ CÁC PHẦN MỀM/ CÁC CSDL GEN QUỐC TẾ  CÁC ỨNG DỤNG CÁC ỨNG DỤNG DNA/RNA DNA/RNA CẤU TRÚC PHÂN TỬ CỦA ĐƯỜNG RIBOSE VÀ DEOXYRIBOSE CẤU TRÚC PHÂN TỬ CỦA ĐƯỜNG RIBOSE VÀ DEOXYRIBOSE Tr¹ng th¸i tù nhiªn Tr¹ng th¸i biÕn tÝnh sîi ®¬n Tr¹ng th¸i l¹i tÝnh ĐỊNH NGHĨA GIẢI TRÌNH TỰ GEN ĐỊNH NGHĨA GIẢI TRÌNH TỰ GEN • Là phương pháp thực nghiệm để xác định trình tự nucleotide của một đoạn ADN • Xác định chính xác trật tự sắp xếp của các cặp trong một đoạn ADN www.accessexcellence.org/AE/AEPC/NIH/gene27.html • Phân tích trình tự của các đơn vị mang thông tin di truyền. www.mwgbiotech.com/html/glossary/glossary_overview.shtm l LỊCH SỬ PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN LỊCH SỬ PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN  1870 Mischer: 1870 Mischer: PHÁT MINH DNA PHÁT MINH DNA  1940 Avery: 1940 Avery: DNA LÀ “CHẤT LIỆU DI TRUYỀN” DNA LÀ “CHẤT LIỆU DI TRUYỀN”  1953 Watson & Crick: 1953 Watson & Crick: CẤU TRÚC XOẮN KÉP CỦA DNA CẤU TRÚC XOẮN KÉP CỦA DNA  1965 Holley: 1965 Holley: TRÌNH TỰ CỦA t RNA NẤM MEN TRÌNH TỰ CỦA t RNA NẤM MEN  1977 Wu: 1977 Wu: TRÌNH TỰ CỦA ĐẦU DÍNH DNA TRỰC KHUẨN TRÌNH TỰ CỦA ĐẦU DÍNH DNA TRỰC KHUẨN λ λ  1977 Sanger: 1977 Sanger: PHƯƠNG PHÁP DỪNG CHUỖI BẰNG PHƯƠNG PHÁP DỪNG CHUỖI BẰNG DIDEOXY DIDEOXY Maxam & Gilbert: Maxam & Gilbert: PHƯƠNG PHÁP PHÂN GiẢI HÓA HỌC PHƯƠNG PHÁP PHÂN GiẢI HÓA HỌC  1980 Messing: 1980 Messing: CHỌN LỌC DÒNG TRỰC KHUẨN M13 CHỌN LỌC DÒNG TRỰC KHUẨN M13  1986 Hood 1986 Hood et al et al : : TỰ ĐỘNG HÓA MỘT PHẦN TỰ ĐỘNG HÓA MỘT PHẦN  1990 1990 PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ BẰNG CHU TRÌNH NHIỆT PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ BẰNG CHU TRÌNH NHIỆT (PCR); CÁC ENZYME ĐƯỢC HOÀN THIỆN ĐỂ ĐỌC TRÌNH (PCR); CÁC ENZYME ĐƯỢC HOÀN THIỆN ĐỂ ĐỌC TRÌNH TỰ; CÁC HỆ THỐNG DÒ HUỲNH QUANG ĐƯỢC HOÀN TỰ; CÁC HỆ THỐNG DÒ HUỲNH QUANG ĐƯỢC HOÀN THIỆN (ĐỌC QUA ỐNG MAO DẪN) THIỆN (ĐỌC QUA ỐNG MAO DẪN)  2002 2002 TỰ ĐỘNG HÓA PHÒNG THÍ NGHIỆM TỰ ĐỘNG HÓA PHÒNG THÍ NGHIỆM 1 15 150 1.500 25.000 50.000 200.000 HIỆU SUẤT BP/NGƯỜI/NĂM 53.000.000 PHÂN BỐ SỐ LƯỢNG GENOM Đà ĐƯỢC GIẢI PHÂN BỐ SỐ LƯỢNG GENOM Đà ĐƯỢC GIẢI TRÌNH TỰ HOÀN TOÀN Ở CÁC SINH VẬT TRÌNH TỰ HOÀN TOÀN Ở CÁC SINH VẬT Archea (16) Archea (16) Eukarya (20) Eukarya (20) Bacteria (139) Bacteria (139) Viruses (1500) Viruses (1500) NGUYÊN LÝ CỦA CÁC PHƯƠNG PHÁP NGUYÊN LÝ CỦA CÁC PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN PHƯƠNG PHÁP SANGER PHƯƠNG PHÁP SANGER Frederick (Fred) Sanger [...]... cựng mt mu in di kt qu c c nh h thng vi tớnh Kt hp phng phỏp PCR v s dng cỏc Dideoxynucleotide Ch s dng khi vựng cn xỏc nh trỡnh t ó c bit trc, v trong phỏt hin t bin im Sequencing Data Máy giải trình tự DNA tự động (Automated DNA Sequencers) ABI: ABI 377, 310, 3100, 3100 Avant, 3700, 3730 Amersham: MegaBace 500, 100 Beckman-Coulter: CE2000, 8000 Li-Cor: Shimatzu: DSQ1000, 2000 Tại Việt... CE2000: 2/Viện Pasteur TPHCM; TT Welcome Trust) Viện Chăn nuôi, VQY108, HVQY ABI sequencers ABI 371 ABI 373 ABI 377 ABI Automated Sequencers (contd.) ABI 310 ABI 3100 ABI 3700 ABI 3100Avant Lý giải trình tự DNA Khung đọc mở 1 Khung đọc mở 2 123123123 654654654 Các Cơ sở dữ liệu gen Quốc tế - EMBL/EBI (EU); - NCBI (USA); C S D LIU GEN CA EMBL/EBI CSDL trỡnh t nucleotide ca EMBL l mt thnh viờn cỏc nc... deoxynucleotide, nhúm 3 OH c thay th bng H2 Khi cỏc Dideoxynucleotide bt cp b sung vi nucleotide tng ng trờn mch gc thỡ phn ng tng hp ngng li do khụng to c liờn kt phosphodister DNA Sequencing sau khi tạo dòng phân tử Cloned fragment Primer Primer Binding sites Plasmid (or phage) with cloned DNA fragment Dideoxy-Nucleotides (P)-(P)-(P)- O Base (P)-(P)-(P)- Base O H OH H H dNTP ddNTP If a ddNTP is added to a . PHÁP PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN PHƯƠNG PHÁP SANGER PHƯƠNG PHÁP SANGER PHƯƠNG PHÁP MAXAM-GILBERT PHƯƠNG PHÁP MAXAM-GILBERT  PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN PHƯƠNG PHÁP PHÂN. www.accessexcellence.org/AE/AEPC/NIH/gene27.html • Phân tích trình tự của các đơn vị mang thông tin di truyền. www.mwgbiotech.com/html/glossary/glossary_overview.shtm l LỊCH SỬ PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN LỊCH SỬ PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN  1870. ĐỘNG HÓA MỘT PHẦN TỰ ĐỘNG HÓA MỘT PHẦN  1990 1990 PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ BẰNG CHU TRÌNH NHIỆT PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ BẰNG CHU TRÌNH NHIỆT (PCR); CÁC ENZYME ĐƯỢC HOÀN THIỆN ĐỂ ĐỌC TRÌNH (PCR); CÁC