CỞ SỞ DỮ LIỆU GEN CỦA EMBL/EB

- NCBI (USA); NCBI (USA);

CỞ SỞ DỮ LIỆU GEN CỦA EMBL/EB

CỞ SỞ DỮ LIỆU GEN CỦA EMBL/EBI

 CSDL trỡnh tự nucleotide của EMBL là một thành viờn cỏc CSDL trỡnh tự nucleotide của EMBL là một thành viờn cỏc nước chõu Âu trong 3 CSDL lớn nhất thế giới. Cú thể truy

nước chõu Âu trong 3 CSDL lớn nhất thế giới. Cú thể truy

cập vào hàng trăm trỡnh tự genom hoàn chỉnh cựng với cỏc

sản phẩm protein dịch mó nhờ mỏy chủ của EBI.

 ASD: ASD: CSDL phõn cắt nảy sinhCSDL phõn cắt nảy sinh ( (Alternative Splicing Alternative Splicing Database) chứa dữ liệu về cỏc exon phõn cắt phỏt sinh cựng

Database) chứa dữ liệu về cỏc exon phõn cắt phỏt sinh cựng

với cỏc thụng tin bổ sung đi kốm. Dự ỏn ASD nhằm hiểu rừ

hơn về cơ chế cắt ghộp nảy sinh ở quy mụ genome.

 ATD: CSDL đa dạng về cỏc bản phiờn mó nảy sinh ATD: CSDL đa dạng về cỏc bản phiờn mó nảy sinh (

(Alternate Transcript Diversity Database ATD) chứa dữ Alternate Transcript Diversity Database ATD) chứa dữ

liệu về cỏc bản phiờn mó trong đú mỗi bản phiờn mó được

mụ tả cho một dạng cắt ghộp nảy sinh và sự polyadenyl

húa nảy sinh (alternative polyadenylation).

 EMBL-Align databaseEMBL-Align database: CSDL so sỏnh nhiều trỡnh tự. : CSDL so sỏnh nhiều trỡnh tự.

 EMBL-BankEMBL-Bank: Ngõn hàng EMBL cũn được gọi là CSDL : Ngõn hàng EMBL cũn được gọi là CSDL trỡnh tự nucleotide EMBL, đúng gúp vào nguồn trỡnh tự

trỡnh tự nucleotide EMBL, đúng gúp vào nguồn trỡnh tự

nucleotide sơ cấp của chõu Âu.

 EMBL CDSEMBL CDS: là một CSDL của trỡnh tự nucleotide của trỡnh : là một CSDL của trỡnh tự nucleotide của trỡnh tự mó húa (CDS coding sequence)

tự mó húa (CDS coding sequence)

 EnsemblEnsembl: Mụ tả tự động của cỏc genome eukaryote. : Mụ tả tự động của cỏc genome eukaryote.

 Genomes ServerGenomes Server: một cỏi nhỡn tổng quan của cỏc genom : một cỏi nhỡn tổng quan của cỏc genom hoàn chỉnh ở EBI. Những trang web này cho phộp truy cập

hoàn chỉnh ở EBI. Những trang web này cho phộp truy cập

với một số lượng lớn cỏc genom hoàn chỉnh.

 Genome ReviewsGenome Reviews: CSDL genom được chỉnh sửa bao gồm : CSDL genom được chỉnh sửa bao gồm

cỏc phiờn bản chớnh xỏc của cỏc mục tra cứu (entry) genom

hoàn chỉnh từ CSDL trỡnh tự nucleotide của

EMBL/GenBank/DDBJ

 IMGT/HLAIMGT/HLA: CSDL di truyền miễn dịch, bao gồm CSDL : CSDL di truyền miễn dịch, bao gồm CSDL IMGT/HLA của phức hệ phự hợp tổ chức (MHC). CSDL

IMGT/HLA của phức hệ phự hợp tổ chức (MHC). CSDL

di truyền miễn dịch IMGT/LIGM bao gồm CSDL

IMGT/LIGM của cỏc Ig và cỏc thụ thể tế bào T.

 IPDIPD: CSDL đa hỡnh miễn dịch (Immuno Polymorphism : CSDL đa hỡnh miễn dịch (Immuno Polymorphism Database IPD), bao gồm cỏc gen đa hỡnh của hệ thống

Database IPD), bao gồm cỏc gen đa hỡnh của hệ thống

miễn dịch, chẳng hạn như KIR, HPA và MHC khụng phải

của người.

 LGICdbLGICdb: CSDL cỏc chất gắn cỏc kờnh Ion (Ligand Gated : CSDL cỏc chất gắn cỏc kờnh Ion (Ligand Gated

Ion Channel Database)

 MutationsMutations: Dự ỏn CSDL sự đa hỡnh trỡnh tự (Sequence : Dự ỏn CSDL sự đa hỡnh trỡnh tự (Sequence

variation database project)

 ParasitesParasites: CSDL genome ký sinh (Parasite Genome : CSDL genome ký sinh (Parasite Genome databases).

CễNG CỤ PHÂN TÍCH TRèNH TỰ AND CỦA EMBL/EBI

 Sử dụng rất nhiều phương phỏp tin sinh học để xỏc định Sử dụng rất nhiều phương phỏp tin sinh học để xỏc định chức năng sinh học, cấu trỳc của cỏc gen và protein mà

chức năng sinh học, cấu trỳc của cỏc gen và protein mà

chỳng mó húa.

 Cỏc cụng cụ như Cỏc cụng cụ như TranseqTranseq cú thể giỳp xỏc định cỏc vựng mó cú thể giỳp xỏc định cỏc vựng mó

húa protein của một trỡnh tự DNA.

húa protein của một trỡnh tự DNA. ClustalWClustalW được sử dụng được sử dụng

để so sỏnh trỡnh tự DNA hoặc protein để làm sỏng tỏ mối

quan hệ cũng như nguồn gốc tiến húa của chỳng.

Cỏc cụng c phõn tớch do EBI cung c p:ụ ấ

Cụng cụ Ứng dụng, mụ tả

Align Cụng cụ so sỏnh cặp trỡnh tự theo 2 kiểu toàn bộ và cục bộ.

ClustalW Cụ cụ so sỏnh nhiều trỡnh tự.

CpG Plot/CpGreport Cụng cụ tỡm và vẽ CpG Island

Dna Block Aligner Form So sỏnh hai trỡnh tự DNA dưới dạng khối mạch thẳng (colinear block), rất thớch hợp cho cỏc promoter.

GeneMark Dịch vụ dự đoỏn gen

Genetic Code Viewer Cụng cụ tổng kết cỏc sự khỏc nhau về mó di truyền

GeneWise So sỏnh một trỡnh tự protein hoặc một hồ sơ protein HMM với trỡnh tự DNA.

Muscle Cụng cụ so sỏnh nhiều trỡnh tự với độ chớnh xỏc và tốc độ cao hơn so với Clustal W hoặc T-Coffee phụ thuộc vào tựy chọn khỏc nhau.

Mutation Checker Đỏnh giỏ độ trớnh xỏc của trỡnh tự, phỏt hiện đột biến.

Pepstats/Pepwindow/Pepinfo Chương trỡnh phõn tớch trỡnh tự protein

PromoterWise So sỏnh hai trỡnh tự DNA cho phộp đảo ngược và đổi vị trớ, rất lý tưởng cho cỏc promoter.

Reverse Translator Kiểm tra trỡnh tự đảo ngược, bổ sung

SAPS Phõn tớch thống kờ trỡnh tự protein

T-Coffee Chương trỡnh so sỏnh trỡnh tự cho phộp người sử dụng kết hợp cỏc kết quả thu được với một số phương phỏp so sỏnh khỏc nhau.

CÁC ỨNG DỤNG CỦA VIỆC PHÂN TÍCH