bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học

1 MỤC LỤC Danh mục các hình Error! Bookmark not defined. Bài 1: Làm quen với chemdraw, xây dựng công thức hóa học dạng 2D và 3D 5 Bài 2: Thiết kế hệ phản ứng bằng chemdraw 10 Bài 3: Làm việc với cấu trúc………………………… ……… ……… 35 Bài 4: Làm quen với Hyperchem, xây dựng công thức hóa học dạng 2D và 3D 43 Bài 5: Khảo sát tính chất quang phổ của họ màu azo 48 Bài 6 64 TÀI LIỆU THAM KHẢO 30 PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa 2 Bài 1 Làm quen với chemdraw và Xây dựng các công thức hóa học dạng 2D và 3D Phần 1: Làm quen với chemdraw 9.0 pro. - Cài đặt bộ phần mềm chemdraw 9.0 pro vào máy tính. - Khảo sát các thành phần cơ bản của chemdraw 9.0 pro thông qua giao diện của chemdraw. Hình 1: Toolbar chính của hyperchem Sinh viên tham khảo và ghi nhận lại các lệnh, chức năng và các phím tắc của các trình đơn có trên các menu: Menu Tên tiếng Anh Tên tiếng Việt Chức năng chính Phím tắc Ghi chú thêm File Edit View Object Structure Text Curves Color Online Window Help Sinh viên tham khảo và ghi nhận lại các lệnh, chức năng và các phím tắc của các trình đơn có trên Toolbars: Hình 2: Toolbar chính của hyperchem dạng trôi Công cụ Tên tiếng Anh Tên tiếng Việt Chức năng chính Phím tắc Ghi chú thêm PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa 3 Phần 2: Làm quen với cơ sở dữ liệu của chemdraw 9.0 pro. - Khởi động vào window của chem draw Ultra 9.0 - Dùng menu File, chọn Open để mở thư viện có sẳn: Hình 3: Giao diện của menu Open trong chemdraw 9.0 - Chọn một thư viện có sẳn như sau: PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa 4 Hình 4: Giao diện của menu Look in trong chemdraw 9.0 - Dùng chuột chọn lần lược các thư viện vào click vào màn hình soạn thảo để xem kết quả cho bộ thư viện Aromatics. - Sinh viên tiếp tục khảo sát các bộ thư viện khác có sẳn như sau: Hinh 5: Bộ thư viện có sẳn của chemdraw Phần 3: Làm quen với cơ sở dữ liệu của chemdraw 9.0 pro và chuyển chúng sang dạng 3D bằng chem 3D Ultra 9.0. - Dùng chuột chọn lần lược các thư viện vào click vào màn hình soạn thảo để xem kết quả cho bộ thư viện Aromatics và chọn vòng Benzen. PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa 5 Hinh 6: Giao diện khi chọn bọ thư viện aromatics - Vào Programs chọn chemoffice 2005 để mở window của chem 3D ultra pro như sau: Hinh 7: Giao diện khi mở chemdraw 3D Ultra. - Click chọn vòng benzen và paste vào chem 3D, lúc đó màn hình chem 3D như sau: PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa 6 Hinh 8: Giao diện khi mở thư viện benzen trong chemdraw 3D Ultra. - Sử dụng menu View chọn lệnh model display mode để thay đổi dạng biểu diễn khác nhau cho benzen như sau: Hinh 9: Giao diện khi mở thư viện benzen với các kiểu trình bày khác nhau trong chemdraw 3D Ultra. - Sinh viên tiếp tục lập lại các kỹ năng trên đối với một số chất khác nhau trong các bộ thư viện khác để viết bài báo cáo. - Bài báo các được hoàn thành vào cuối buổi thực hành và nộp cho giáo viên. PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa 7 Bài 2 Thiết kế hệ phản ứng bằng chemdraw Trong bài thực hành này, sinh viên vẽ các công thức hóa học từ đơn giản đến phức tạp và từ đó vẽ sơ đồ phản ứng cụ thể. Sinh viên tiến hành trong 2 buổi. Phần 1: Làm quen với các công cụ của chemdraw 9.0 pro để vẽ công thức hóa học 1.1 Tạo một tài liệu của chemdraw. Sinh viên khởi động vào window của chemdraw vào menu File để tạo một tài liệu mới như sau: - Bắt đầu ChemDraw. - Trình đơn File, chọn new…….document Hình 10: Giao diện làm việc của chemdraw - Từ trình đơn file, chọn save as. - Chọn tên file: hoa hoc 1.cdx. trong hộp file name. - Lựa chọn một nơi để lưu giữ hồ sơ hoa hoc 1.cdx - Chọn save PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa 8 Hình 11: Cửa sổ save in của phiên làm việc 1.2 Vẽ công thức hóa học đơn giản. Sinh viên dùng các công cụ trên Toolbar: Hình 12: Thanh công cụ thiết kế di động của chemdraw Vẽ công thức hóa học của vòng benzen với màn hình làm việc của file: hoa hoc 1.cdx. Sau đó save lại ở định dạng sau: - hoa hoc 1.cdx - hoa hoc 1.png. Chuyển công thức mới vẽ xong qua 3D và lưu lại với file name: hoa hoc 3D 1.c3xml, dùng trình đơn View và dùng lệnh model display mode để thay đổi model display và save cho từng kiểu. Sinh viên làm lại các kỹ năng trên với các công thức hóa học sau: - n-butanol 1. - Tert-butyl bromua. - 1,3-butadien. - Cyclo hexanol. PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa 9 - Glycerin. - Đường gluco. - β – caroten (vitamin A). - Aspirin Mỗi chất save vào một thư mục riêng với tên thư mục là tên của chất đó. Phần 2: Thiết kế sơ đồ phản ứng. Sinh viên dùng các kỹ năng ở trên để xây dựng hai thư mục chứa 2 hệ phản ứng như sau: Hệ 1: Vẽ công thức thuốc nhuộm sau: N SO 3 H N NN N NH X ClOH HO 3 S SO 3 H Kết quả vẽ thu được khi chuyển qua 3D, save lại với tên file là: hoa hoc 2.png Thiết kế hệ phản ứng sau trong chemdraw và save thành 2 dạng: - hoa hoc 1.cdx PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa 10 - hoa hoc 1.png. OH NH 2 SO 3 H HO 3 S Cl Cl Cl NHOH HO 3 S SO 3 H Cl Cl N + N SO 3 H NHOH HO 3 S SO 3 H Cl Cl NN SO 3 H Cl Cl Cl SO 3 H NH 2 OH HO 3 S NN SO 3 H + + Bài báo các được hoàn thành vào cuối buổi thực hành thứ 2 và nộp cho giáo viên ngay tại lớp. PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com [...]... trial version www.pdffactory.com 28 p Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Với A là độ hấp thu λ : bước sóng (nm) Bài báo các được hồn thành vào cuối buổi thực hành thứ 2 và nộp cho giáo viên ngay tại lớp Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải - Khoa CN Hóa PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com 29 Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học TÀI LIỆU THAM KHẢO 1 Frank Jensen... Khoa CN Hóa PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com 24 Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Bài 5 KHẢO SÁT TÍNH CHẤT QUANG PHỔ CỦA HỌ MÀU AZO Trong bài thực hành này, sinh viên thiết kế cơng thức hóa học của họ màu azo, tối ưu hóa cấu trúc và tính tốn phổ hấp thu UV-Vis cho họ màu này trên phần mềm Hyperchem 7.5 pro Cơng việc được tiến hành trong 2 buổi thực hành Phần.. .Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Bài 3 Working With Structures (Làm việc với cấu trúc) Trong bài thực hành này, sinh viên vẽ các cơng thức hóa học từ đơn giản đến phức tạp và từ đó tính tốn với những cấu trúc này Cụ thể như sau: - Kiểm tra một cấu trúc để xác định hóa trị và những lỗi về cấu trúc đã vẽ - Xem thơng tin phân tích về cấu trúc đã vẽ - Trình bày những tính chất hóa học (cho)... hãy tích (4) chọn Show Hydrogens trong Display menu Sinh viên thực hành các kỹ năng trên để xây dựng phân tử (dạng3D) như sau: X N SO3H OH HN N N N Cl N HO3S Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com SO3H 23 Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Bài báo các được hồn thành vào cuối buổi thực hành và nộp cho giáo viên ngay tại... tiếp tục lập lại các kỹ năng trên đối với một số chất khác nhau trong các bộ thư viện khác để viết bài báo cáo - Bài báo các được hồn thành vào cuối buổi thực hành và nộp cho giáo viên Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com 18 Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Phần 4: Thiết kế các phân tử trên hyperChem chuyển chúng sang... trên 3.1 Cách sử dụng Display Settings: Display settings chứa các lựa chọn để biểu diễn hệ phân tử trên trang làm việc Để mở Display menu ta thực hiện như sau: Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com 16 Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Hình 18: Nhãn Sử dụng nhãn (Labels) Nhấp trái chuột vào Labels trong Display Hộp... soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com from 2-pyrrole from N-amide from 2-pyrrole from 2-pyrrole 13 Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Phần 3: Thiết kế phân tử, phân tích các tính chất lý hóa và phổ NMR cho các hợp chất sau: N N NH2 R R H CH3 NH2 OH OCH3 Cl Bài báo các được hồn thành vào cuối buổi thực hành thứ 2 và nộp cho giáo viên... Window Các thơng tin về cấu trúc sẽ xuất hiện Hình 13: Cửa sổ hiển thị các thơng tin phân tích của chất - Từ menu View, chọn Show chemiscal propertiesWindow Màn hình xuất hiện hnư sau: Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com 11 Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Hình 14: Cửa sổ thơng tin về tính chất hóa học của chất Để... tại lớp Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com 14 Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Bài 4 Làm quen với Hyperchem và Xây dựng các cơng thức hóa học dạng 2D và 3D Phần 1: Làm quen với Hyperchem 7.5 pro - Cài đặt bộ phần mềm hyperChem 7.5 pro vào máy tính - Khảo sát các thành phần cơ bản của Hyperchem 7.5 pro thơng qua giao... Tối ưu hóa cấu trúc theo phương pháp PM3 Năng lượng tổng Năng lượng liên kết , Nhiệt tạo thành và các thông số về cấu trúc Tính toán điểm đơn theo PM3, ZINDO/S Quang phổ dao động điện tử So sánh với kết quả thực nghiệm (nếu có) Kết luận Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com 26 Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Phần . www.pdffactory.com Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa 12 Hình 14: Cửa sổ thông tin về tính chất hóa học của chất Để chép các thông tin này. buổi thực hành và nộp cho giáo viên. PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Giáo viên biên soạn: Trần Hữu Hải – Khoa CN Hóa. kế hệ phản ứng sau trong chemdraw và save thành 2 dạng: - hoa hoc 1.cdx PDF created with pdfFactory Pro trial version www.pdffactory.com Bài thực hành ứng dụng tin học trong hóa học Giáo viên