bài giảng tin học ứng dụng trong hóa học chương 3 chem office đại học công nghiệp thành phố hồ chí minh

TRƢỜNG ĐẠI HỌC CƠNG NGHIỆP TP.HCM KHOA CƠNG NGHỆ HỐ HỌC TIN HỌC ỨNG DỤNG TRONG HÓA HỌC CHƢƠNG 3: CHEM OFFICE NỘI DUNG CHEMBIODRAW 2D CHEMBIO 3D BÀI TẬP THỰC HÀNH 1.CHEMBIODRAW 2D NỘI DUNG 1.1 KHỞI ĐỘNG CHEMBIODRAW 2D 1.2 GIAO DIỆN - THANH CÔNG CỤ 1.3 HƢỚNG DẪN CHEMBIODRAW 2D SỬ DỤNG 1.CHEMBIODRAW 2D 1.1 KHỞI ĐỘNG CHEMBIODRAW 2D B1 Nhấp chuột nút Start B2 Chọn All Programs Chembio office 2008  Chembiodraw B3 Nhấp chuột vào biểu tượng 1.CHEMBIODRAW 2D 1.2 GIAO DIỆN – THANH CƠNG CỤ Thanh thơng dụng Thanh Menu Thanh kiểu chữ Thanh cơng cụ vẽ Thanh cơng cụ vẽ sinh học 1.CHEMBIODRAW 2D 1.2 THANH CÔNG CỤ  Thanh Menu  Thanh kiểu chữ : (text style toolbar)  Thanh thông dụng (general toolbar)  Thanh đối tượng (object toolbar)  Thanh công cụ vẽ sinh học (biodraw tool) 1.CHEMBIODRAW 2D 1.2 THANH CƠNG CỤ Thanh cơng cụ vẽ (main palette) tool 1.CHEMBIODRAW 2D 1.2 THANH CƠNG CỤ Để bật/tắt công cụ: Vào View chọn công cụ tương ứng cần muốn mở 1.CHEMBIODRAW 2D 1.2 THANH CƠNG CỤ Bảng  thơng tin tọa độ (info window) Bảng hệ thống tuần hoàn ngun tố hố học (periodic table) Bảng tính chất hố – lý chất (chemical properties):  Bảng phân tích chi tiết (analysis)  Bảng đồ ký tự (character map) 1.CHEMBIODRAW 2D 1.2 THANH CÔNG CỤ Info Window Chemical Properties Window Analysis Window 2.3 HƢỚNG DẪN SỬ DỤNG CHEM 3D Di chuyển điểm lên liên kết C-C để thông tin chiều dài liên kết  Để biểu diễn thơng tin góc hóa trị cấu trúc phân tử, ta chọn vài nguyên tử:   Click C(1) , sau nhấn Shift + click C(2) H(4) Di chuyển điểm đến nguyên tử cần chọn liên kết góc cần chọn xuất  55 2.3 HƢỚNG DẪN SỬ DỤNG CHEM 3D  Để biểu diễn góc nhị diện phân tử:  Nhấn phím Shift chọn nguyên tử liên tiếp Di chuyển điểm trỏ đến điểm vùng trọn, góc nhị diện tạo thành nguyên tử đó:  56 2.3 HƢỚNG DẪN SỬ DỤNG CHEM 3D Để thay đổi cấu trúc phân tử etan (C2H6) thành etylen (C2H4), thực nhƣ sau:   Click vào công cụ Double bond  Rê chuột từ C(1) đến C(2) Điểm trỏ vào liên kết, chiều dài liên kết giảm bậc liên kết tăng:  57 2.3 HƢỚNG DẪN SỬ DỤNG CHEM 3D Từ mơ hình phân tử ta xây dựng thành mơ hình phân tử cyclohexan C6H12 :   Click vào công cụ Select Click vào liên kết đôi, click chuột phải, trỏ đến Set bond order, chọn Single Bậc liên kết chuyển thành liên kết đơn  Ta dễ dàng dấu nguyên tử hydro để dễ tạo cấu trúc phân tử: chọn View > Model Display > Show Hydrogen atoms > Hide   Click vào công cụ Single Bond 58 2.3 HƢỚNG DẪN SỬ DỤNG CHEM 3D Kéo thêm liên kết từ cacbon mô hình phân tử, liên kết C-C khác xuất   Tiếp tục thêm liên kết vào đủ cacbon Kéo cacbon đến cacbon khác, cấu trúc đóng vịng  59 2.3 HƢỚNG DẪN SỬ DỤNG CHEM 3D Để thêm số tên nguyên tử dễ phân biệt dễ dàng việc xây dựng cấu trúc phân tử ta thực sau:  View > Model Display > Show Serial Numbers click vào biểu tượng Serial Number công cụ Model Display  View > Model Display > Show Atom Symbols click vào biểu tượng Atom Symbol công cụ Model Display  60 2.3 HƢỚNG DẪN SỬ DỤNG CHEM 3D Nếu muốn thay đổi số nguyên tử, ta thực theo bƣớc sau:   Chọn công cụ Text Building Click vào nguyên tử đầu tiên, hộp text box xuất nguyên tử vừa chọn  Gõ số nguyên tử mà bạn muốn vào (5 cho ví dụ này)  Nhấn enter, nguyên tử chọn lúc đầu đổi thành (5)  61 2.3 HƢỚNG DẪN SỬ DỤNG CHEM 3D Chọn View > Model Display > Show Hydrogen atoms > Show All dùng công cụ Trackball Tool để xem cấu trúc phân tử vừa vẽ  Để thể xác cho cấu trúc phân tử vừa vẽ được, ta thực theo bước sau đây:  Chọn Edit>Select All Tất nguyên tử cấu trúc phân tử chọn   Chọn Structure>Clean Up 62 2.3 HƢỚNG DẪN SỬ DỤNG CHEM 3D b Vẽ mơ hình cấu trúc phân tử với công cụ Text Building Vẽ cấu trúc phân tử hợp chất: 4-methyl-2pentanol  Chọn File > New click chọn New công cụ Standard   Click vào công cụ Text Building Click vào chỗ trống cửa sổ làm việc Hộp text box xuất nơi ta click   Gõ “CH3CH(CH3)CH2CH(OH)CH3”  Nhấn phím Enter 63 2.3 HƢỚNG DẪN SỬ DỤNG CHEM 3D Có thể vẽ cấu trúc dễ dàng cách gõ Pentane ChemDraw hộp Name=Struct text box:  Click chuột phải vào chổ trống bảng ChemDraw chọn Structure > Convert Name to Structure bảng menu  Trong hộp thoại Insert Structure , gõ Pentane 64 click OK  2.3 HƢỚNG DẪN SỬ DỤNG CHEM 3D Trong cửa sổ làm việc Chem & Bio 3D, click vào công cụ Single Bond  Vẽ hai liên kết, liên kết cacbon thứ liên kết cacbon thứ chuỗi pentane  Dùng công cụ Text, chọn cacbon mở rộng từ C(2) thay đổi thành O   Chọn Edit > Select All  Chọn Structure > Clean Up 65 2.3 HƢỚNG DẪN SỬ DỤNG CHEM 3D c Xem mơ hình Orbital phân tử  Tạo phân tử ethene:  Chọn File > New Vẽ liên kết đôi bảng ChemDraw Phân tử ethene xuất  Trƣớc ta xem bề mặt orbital phân tử, ta phải tính tốn trƣớc:  Chọn Calculations Calculate Surfaces  > Extended Hückel 66 > 2.3 HƢỚNG DẪN SỬ DỤNG CHEM 3D Để xem dạng Highest Occupied Molecular Orbital (HOMO):  Chọn Surfaces > Choose Surface > Molecular Orbital  Chọn Surfaces > Select Molecular Orbital để xem tuỳ chọn HOMO/LUMO  Chọn HOMO (N=6) Hình dạng orbital liên kết л xuất (ta quay phân tử để xem hình dạng orbital)  67 2.3 HƢỚNG DẪN SỬ DỤNG CHEM 3D Để xem dạng LUMO, chọn Surfaces > Molecular Orbital chọn LUMO (N=7) Hình dạng orbital phản liên kết л xuất  68 BÀI TẬP THỰC HÀNH SV THỰC HÀNH VỚI CÁC BÀI TẬP TRONG GIÁO TRÌNH ... THANH CÔNG CỤ 2 .3 HƢỚNG CHEMBIO 3D DẪN SỬ DỤNG CHEMBIO 3D 2.1 KHỞI ĐỘNG CHEMBIO 3D B1 Nhấp chuột nút Start B2 Chọn All Programs Chembio office 2008  Chembio 3D B3 Nhấp chuột vào biểu tượng CHEMBIO... Ring 2 CHEMBIO 3D 2 .3 HƢỚNG DẪN SỬ DỤNG a Làm việc với bảng ChemDraw: CHEMBIO 3D 2 .3 HƢỚNG DẪN SỬ DỤNG Click vào nơi trống bảng ChemDraw, cấu trúc phân tử ChemDraw chuyển thành dạng 3D cửa sổ...NỘI DUNG CHEMBIODRAW 2D CHEMBIO 3D BÀI TẬP THỰC HÀNH 1.CHEMBIODRAW 2D NỘI DUNG 1.1 KHỞI ĐỘNG CHEMBIODRAW 2D 1.2 GIAO DIỆN - THANH CÔNG CỤ 1 .3 HƢỚNG DẪN CHEMBIODRAW 2D SỬ DỤNG 1.CHEMBIODRAW