Nghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ươngNghiên cứu kiểu gen SARS-CoV-2 và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 điều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương
Trang 1TR NH CÔNG ĐI NỊNH CÔNG ĐIỂN ỂN
NGHIÊN C U KI U GEN SARS-CoV-2 ỨU KIỂU GEN SARS-CoV-2 ỂU GEN SARS-CoV-2
VÀ M I LIÊN QUAN V I M T S ỐI LIÊN QUAN VỚI MỘT SỐ ỚI MỘT SỐ ỘT SỐ ỐI LIÊN QUAN VỚI MỘT SỐ
Đ C ĐI M LÂM SÀNG, C N LÂM SÀNG ẶC ĐIỂM LÂM SÀNG, CẬN LÂM SÀNG ỂU GEN SARS-CoV-2 ẬN LÂM SÀNG
Ở NGƯỜI BỆNH COVID-19 ĐIỀU TRỊ TẠI BỆNH VIỆN BỆNH ƯỜI BỆNH COVID-19 ĐIỀU TRỊ TẠI BỆNH VIỆN BỆNH ỆN QUÂN Y ỀU TRỊ TẠI BỆNH VIỆN BỆNH Ị TẠI BỆNH VIỆN BỆNH ẠI BỆNH VIỆN BỆNH ỆN QUÂN Y ỆN QUÂN Y ỆN QUÂN Y
NHI T Đ I TRUNG ỆN QUÂN Y ỚI MỘT SỐ ƯƠNG NG
Ngành: B nh truy n nhi m và các b nh nhi t đ iệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ễm và các bệnh nhiệt đới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ới
TÓM T T LU N ÁN TI N SĨ Y H CẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC ẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC ẾN SĨ Y HỌC ỌC
HÀ N I - 2024Ộ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ QUỐC PHÒNG
Trang 2Người hướng dẫn khoa học: ướii h ng d n khoa h c:ẫn khoa học: ọc:
1 TS Ph m Ng c Th ch ạm Ngọc Thạch ọc Thạch ạm Ngọc Thạch
2 TS Lê Văn Nam
Ph n bi n 1: PGS.TS Đ Duy Cản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ỗ Duy Cường ười hướng dẫn khoa học:ng
Ph n bi n 2: PGS.TS Hoàng Vũ Hùngản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới
Ph n bi n 3: PGS.TS Nguy n Đăng Tônản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ễm và các bệnh nhiệt đới
Lu n án sẽ đận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc b o v trản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ướic H i đ ng ch m lu n án c pội đồng chấm luận án cấp ồng chấm luận án cấp ấm luận án cấp ận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ấm luận án cấp
trười hướng dẫn khoa học:ng t i H c vi n Quân y vào h i: gi ngày tháng nămại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ọc: ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ồng chấm luận án cấp ời hướng dẫn khoa học:202
Có th tìm hi u lu n án t i:ể tìm hiểu luận án tại: ể tìm hiểu luận án tại: ận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm
1 Th vi n Qu c Giaư ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ố: 9 72 01 09
Trang 3Đ T V N Đ ẶC ĐIỂM LÂM SÀNG, CẬN LÂM SÀNG ẤN ĐỀ ỀU TRỊ TẠI BỆNH VIỆN BỆNH
SARS-CoV-2 là m t ch ng ội đồng chấm luận án cấp ủng Coronavirus phát hi n l n đ u t iệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ần đầu tại ần đầu tại ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm
nguyên nhân gây ra đ i d ch COVID-19 lây lan trên ph m ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ịnh là ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm vi toàn
c u v i trên 774 tri u ngần đầu tại ới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ười hướng dẫn khoa học:i m c và h n 7 tri u trắc và hơn 7 triệu trường hợp tử ơn 7 triệu trường hợp tử ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ười hướng dẫn khoa học:ng h p tợc bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ử
RNA trong quá trình sao chép có th thi u chính xác d n t i vi cể tìm hiểu luận án tại: ếu chính xác dẫn tới việc ẫn khoa học: ới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đớihình thành các bi n th m i S xu t hi n các bi n th d n t iếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ới ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ấm luận án cấp ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ẫn khoa học: ới
kh năng lây truy n cao h n, m c đ lâm sàng thay đ i và l nản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ơn 7 triệu trường hợp tử ức độ lâm sàng thay đổi và lẩn ội đồng chấm luận án cấp ổi và lẩn ẩntránh được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc h mi n d ch Cho đ n nay đã có nhi u bi n thệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ễm và các bệnh nhiệt đới ịnh là ếu chính xác dẫn tới việc ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại:
được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc ghi nh n nh Alpha, Delta, Omicron Bi n th Omicronận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ư ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại:
được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc ghi nh n g n đây nh t, tuy nhiên các dòng ph c a nó v nận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ần đầu tại ấm luận án cấp ụ của nó vẫn ủng ẫn khoa học:đang bi n đ i liên t c và ti m n nguy c có th bùng phát d chếu chính xác dẫn tới việc ổi và lẩn ụ của nó vẫn ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ẩn ơn 7 triệu trường hợp tử ể tìm hiểu luận án tại: ịnh là
b t kỳ th i đi m nào Do v y, vi c theo dõi bi n đ i ki u genấm luận án cấp ời hướng dẫn khoa học: ể tìm hiểu luận án tại: ận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ếu chính xác dẫn tới việc ổi và lẩn ể tìm hiểu luận án tại:
c a SARS-CoV-2 là r t quan tr ng ủng ấm luận án cấp ọc: T i Vi t Nam, các báo cáo vại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới
ki u gen c a SARS-CoV-2ể tìm hiểu luận án tại: ủng còn nh l và ch a có nghiên c u m tỏ lẻ và chưa có nghiên cứu một ẻ và chưa có nghiên cứu một ư ức độ lâm sàng thay đổi và lẩn ội đồng chấm luận án cấpcách h th ng v m i liên quan gi a ki u gen c a SARS-CoV-2ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ố: 9 72 01 09 ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ố: 9 72 01 09 ữa kiểu gen của SARS-CoV-2 ể tìm hiểu luận án tại: ủng
v i đ c đi m lâm sàng, c n lâm sàng ngới ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ể tìm hiểu luận án tại: ận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ở người bệnh COVID-19 ười hướng dẫn khoa học: ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đớii b nh COVID-19
Do v y, chúng tôi ti n hành đ tài hai m c tiêu:ận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ụ của nó vẫn
1 Xác đ nh ki u gen c a SARS-CoV-2 ng ịnh kiểu gen của SARS-CoV-2 ở người bệnh COVID-19 ểu gen của SARS-CoV-2 ở người bệnh COVID-19 ủa SARS-CoV-2 ở người bệnh COVID-19 ở người bệnh COVID-19 ười bệnh COVID-19 ệnh COVID-19 i b nh COVID-19
đi u tr t i B nh vi n B nh nhi t đ i Trung ều trị tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương (01/2021 - ịnh kiểu gen của SARS-CoV-2 ở người bệnh COVID-19 ại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương (01/2021 - ệnh COVID-19 ệnh COVID-19 ệnh COVID-19 ệnh COVID-19 ới Trung ương (01/2021 - ương (01/2021 - ng (01/2021 5/2022).
-2 Phân tích m i liên quan gi a ki u gen c a SARS-CoV-2 v i ối liên quan giữa kiểu gen của SARS-CoV-2 với ữa kiểu gen của SARS-CoV-2 với ểu gen của SARS-CoV-2 ở người bệnh COVID-19 ủa SARS-CoV-2 ở người bệnh COVID-19 ới Trung ương (01/2021
-m t s đ c đi -m lâ-m sàng, c n lâ-m sàng ng ột số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ối liên quan giữa kiểu gen của SARS-CoV-2 với ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ểu gen của SARS-CoV-2 ở người bệnh COVID-19 ận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ở người bệnh COVID-19 ười bệnh COVID-19 ệnh COVID-19 i b nh COVID-19.
ĐÓNG GÓP M I C A LU N ÁN ỚI MỘT SỐ ỦA LUẬN ÁN ẬN LÂM SÀNG
1 Xác đ nh định là ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc đ c đi m ki u gen, các lo i đ t bi n cũngặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ể tìm hiểu luận án tại: ể tìm hiểu luận án tại: ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc
nh s liên quan di truy n gi a các bi n th Alpha, Delta vàư ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ữa kiểu gen của SARS-CoV-2 ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại:Omicron c a SARS-CoV-2 l u hành t i Vi t Nam, làm c s choủng ư ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ơn 7 triệu trường hợp tử ở người bệnh COVID-19
Trang 4nh ng nghiên c u ti p theo khi liên t c xu t hi n các đ t bi n vàữa kiểu gen của SARS-CoV-2 ức độ lâm sàng thay đổi và lẩn ếu chính xác dẫn tới việc ụ của nó vẫn ấm luận án cấp ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc
bi n th m i.ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ới
2 Tìm được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc m i liên quan gi a ki u gen c a SARS-CoV-2 v iố: 9 72 01 09 ữa kiểu gen của SARS-CoV-2 ể tìm hiểu luận án tại: ủng ới
m t s đ c đi m lâm sàng, c n lâm sàng ng i b nh COVID-19,ội đồng chấm luận án cấp ố: 9 72 01 09 ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ể tìm hiểu luận án tại: ận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ở người bệnh COVID-19 ười hướng dẫn khoa học: ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đớigiúp các bác sỹ chuyên ngành có c s đ tiên l ng và đi u tr b nhơn 7 triệu trường hợp tử ở người bệnh COVID-19 ể tìm hiểu luận án tại: ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ịnh là ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đớiCOVID-19 t t h n.ố: 9 72 01 09 ơn 7 triệu trường hợp tử
C U TRÚC LU N ÁN ẤN ĐỀ ẬN LÂM SÀNG
Lu n án g m 133 trang (không k tài li u tham kh o và phận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ồng chấm luận án cấp ể tìm hiểu luận án tại: ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ụ của nó vẫn
l c), v i 04 chụ của nó vẫn ới ươn 7 triệu trường hợp tửng, 31 b ng, 17 bi u đ , 01 s đ , 15 tài li uản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ể tìm hiểu luận án tại: ồng chấm luận án cấp ơn 7 triệu trường hợp tử ồng chấm luận án cấp ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đớitham kh o ti ng Vi t và 144 tài li u ti ng Anh Đ t v n đ 02ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ếu chính xác dẫn tới việc ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ếu chính xác dẫn tới việc ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ấm luận án cấp ền nhiễm và các bệnh nhiệt đớitrang, t ng quan 30 trang, đ i tổi và lẩn ố: 9 72 01 09 ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpng và phươn 7 triệu trường hợp tửng pháp 26 trang,
k t qu nghiên c u 37 trang, bàn lu n 35 trang, k t lu n 02 trang,ếu chính xác dẫn tới việc ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ức độ lâm sàng thay đổi và lẩn ận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp
ki n ngh 01 trang.ếu chính xác dẫn tới việc ịnh là
CH ƯƠNG NG 1 - T NG QUAN TÀI LI U ỔNG QUAN TÀI LIỆU ỆN QUÂN Y 1.1 D ch t h c b nh COVID-19 ịch tễ học bệnh COVID-19 ễ học bệnh COVID-19 ọc Thạch ệnh COVID-19
1.2 Nh ng hi u bi t c b n v SARS-CoV-2 ững hiểu biết cơ bản về SARS-CoV-2 ểu biết cơ bản về SARS-CoV-2 ết cơ bản về SARS-CoV-2 ơ bản về SARS-CoV-2 ản về SARS-CoV-2 ề SARS-CoV-2
1.3 Đ t bi n và các bi n th c a SARS-CoV-2 ột biến và các biến thể của SARS-CoV-2 ết cơ bản về SARS-CoV-2 ết cơ bản về SARS-CoV-2 ểu biết cơ bản về SARS-CoV-2 ủa SARS-CoV-2
1.3.2 Đ t bi n SARS-CoV-2 ột biến ở SARS-CoV-2 ến ở SARS-CoV-2 ở SARS-CoV-2
SARS-CoV-2 gi ng các virus khác luôn có s thay đ i trongố: 9 72 01 09 ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ổi và lẩnquá trình sao chép, nhân lên nhi u l n và s thay đ i này có thền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ần đầu tại ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ổi và lẩn ể tìm hiểu luận án tại:
t o ra m t bi n th m i T n su t đ t bi n tích lũy c a SARS-ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ới ần đầu tại ấm luận án cấp ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ủng
chép T n su t các dòng đ t bi n ần đầu tại ấm luận án cấp ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ướic tính t 1-2% sau 15 chu kỳừ 1-2% sau 15 chu kỳsao chép Có nhi u nghiên c u t p trung vào các đ t bi n quanền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ức độ lâm sàng thay đổi và lẩn ận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc
tr ng các vùng khác nhau trong h gen c a SARS-CoV-2 Đ cọc: ở người bệnh COVID-19 ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ủng ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19
bi t là đ t bi n trên protein S RBD nh hệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ở người bệnh COVID-19 ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ưở người bệnh COVID-19.ng t i s g n k tới ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ắc và hơn 7 triệu trường hợp tử ếu chính xác dẫn tới việc
v i th th ho c kháng th Đ t bi n D614G cho th y kh năngới ụ của nó vẫn ể tìm hiểu luận án tại: ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ể tìm hiểu luận án tại: ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ấm luận án cấp ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường
Trang 5lây truy n cao h n, đ t bi n N501Y tăng cền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ơn 7 triệu trường hợp tử ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ười hướng dẫn khoa học:ng s ti p xúc v iự xuất hiện các biến thể dẫn tới ếu chính xác dẫn tới việc ớiACE2, đ t bi n E484K làm tăng kh năng lây nhi m ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ễm và các bệnh nhiệt đới
1.3.3 Các bi n th c a SARS-CoV-2 ến ở SARS-CoV-2 ể của SARS-CoV-2 ủa SARS-CoV-2
Vào cu i năm 2020, s xu t hi n c a các bi n th có nguyố: 9 72 01 09 ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ấm luận án cấp ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ủng ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại:
c gia tăng đ i v i s c kh e c ng đ ng toàn c u, WHO đã đ tơn 7 triệu trường hợp tử ố: 9 72 01 09 ới ức độ lâm sàng thay đổi và lẩn ỏ lẻ và chưa có nghiên cứu một ội đồng chấm luận án cấp ồng chấm luận án cấp ần đầu tại ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19.tên các bi n th theo các nhóm bao g m bi n th đáng quan tâmếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại:(variant of interest - VOI) và bi n th đáng lo ng i (variant ofếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng nămconcern - VOC) S xu t hi n các bi n th v i ba gi thuy t: giự xuất hiện các biến thể dẫn tới ấm luận án cấp ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ới ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ếu chính xác dẫn tới việc ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cườngthuy t v s l u hành không đếu chính xác dẫn tới việc ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ư ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc phát hi n qu n th ngệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ở người bệnh COVID-19 ần đầu tại ể tìm hiểu luận án tại: ười hướng dẫn khoa học:i,
gi thuy t v s l u hành đ ng v t và gi thuy t nhi m SARS-ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ếu chính xác dẫn tới việc ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ư ở người bệnh COVID-19 ội đồng chấm luận án cấp ận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ếu chính xác dẫn tới việc ễm và các bệnh nhiệt đớiCoV-2 m n tính ngại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ở người bệnh COVID-19 ười hướng dẫn khoa học:i
Bi n th đáng lo ng i đã đếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc ch ng minh có th liên quanức độ lâm sàng thay đổi và lẩn ể tìm hiểu luận án tại:
t i nh ng thay đ i: Tăng kh năng lây truy n ho c thay đ i b tới ữa kiểu gen của SARS-CoV-2 ổi và lẩn ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ổi và lẩn ấm luận án cấp
l i trong d ch t h c, ho c tăng đ c l c; thay đ i bi u hi n lâmợc bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ịnh là ễm và các bệnh nhiệt đới ọc: ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ội đồng chấm luận án cấp ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ổi và lẩn ể tìm hiểu luận án tại: ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đớisàng; gi m hi u qu c a các bi n pháp xã h i và y t công c ngản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ủng ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ội đồng chấm luận án cấp
đi u tr hi n có M t s bi n th đáng lo ng i đã đền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ịnh là ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ội đồng chấm luận án cấp ố: 9 72 01 09 ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc báo cáo
bi n đ c tr ng và có s thay đ i v kh năng lây nhi m cũngếu chính xác dẫn tới việc ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ư ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ổi và lẩn ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ễm và các bệnh nhiệt đới
nh bi u hi n lâm sàng và m c đ n ng c a b nh ư ể tìm hiểu luận án tại: ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ức độ lâm sàng thay đổi và lẩn ội đồng chấm luận án cấp ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ủng ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới
CH ƯƠNG NG 2- Đ I T ỐI LIÊN QUAN VỚI MỘT SỐ ƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU NG VÀ PH ƯƠNG NG PHÁP NGHIÊN C U ỨU KIỂU GEN SARS-CoV-2 2.1 Đ i t ối tượng nghiên cứu ượng nghiên cứu ng nghiên c u ứu
2.1.1 Tiêu chu n l a ch n ng ẩn lựa chọn người bệnh ựa chọn người bệnh ọn người bệnh ười bệnh ệnh i b nh
- Người hướng dẫn khoa học: ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đớii b nh được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc ch n đoán COVID-19 kh ng đ nh b ngẩn ẳng định bằng ịnh là ằng
(gen E)
- Đ c đi u tr t i B nh vi n B nh nhi t đ i Trung ng.ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ịnh là ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ới ươn 7 triệu trường hợp tử
- Đ c xét nghi m gi i trình t toàn b h gen c a SARS-CoV-2.ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ội đồng chấm luận án cấp ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ủng
Trang 62.1.2 Tiêu chu n lo i tr ẩn lựa chọn người bệnh ại trừ ừ
- Người hướng dẫn khoa học:i b nh COVID-19 không đệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc ch n đoán xác đ nhẩn ịnh là
b ng xét nghi m Realtime RT-PCR ho c giá tr Ct > 30 ho cằng ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ịnh là ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19.không được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc gi i trình t h gen.ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới
- Nh ng ngữa kiểu gen của SARS-CoV-2 ười hướng dẫn khoa học: ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đớii b nh được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc gi i trình t h gen nh ng khôngản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ư
đ d li u lâm sàng, c n lâm sàng đ phân tích.ủng ữa kiểu gen của SARS-CoV-2 ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ể tìm hiểu luận án tại:
2.2 Đ a đi m và th i gian nghiên c u ịch tễ học bệnh COVID-19 ểu biết cơ bản về SARS-CoV-2 ời gian nghiên cứu ứu
2.2.1 Đ a đi m nghiên c u ịa điểm nghiên cứu ể của SARS-CoV-2 ứu
- T i B nh vi n B nh Nhi t đ i Trung ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ới ươn 7 triệu trường hợp tửng (BVBNĐT ).Ư
- Gi i trình t h gen SARS-CoV-2 t i OCURU - Hà N i.ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ội đồng chấm luận án cấp
2.2.2 Th i gian nghiên c u ời gian nghiên cứu ứu
T tháng 01/2021 đ n tháng 5/2022.ừ 1-2% sau 15 chu kỳ ếu chính xác dẫn tới việc
2.3 Ph ươ bản về SARS-CoV-2 ng pháp nghiên c u ứu
2.3.1 Thi t k nghiên c u ến ở SARS-CoV-2 ến ở SARS-CoV-2 ứu
Nghiên c u mô t , ti n c u có phân tích so sánh.ức độ lâm sàng thay đổi và lẩn ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ếu chính xác dẫn tới việc ức độ lâm sàng thay đổi và lẩn
2.3.5 Xét nghi m gi i trình t h gen c a SARS-CoV-2 ệnh ải trình tự hệ gen của SARS-CoV-2 ựa chọn người bệnh ệnh ủa SARS-CoV-2
Gi i trình t h gen SARS-CoV-2 b ng phản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ằng ươn 7 triệu trường hợp tửng pháp gi iản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cườngtrình t gen th h m i s dung máy MiSeq c a hãng Illumina.ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ếu chính xác dẫn tới việc ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ới ử ủng Các bướic c th theo hụ của nó vẫn ể tìm hiểu luận án tại: ướing d n c a nhà s n xu t (theoẫn khoa học: ủng ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ấm luận án cấp
using-long-pooled-amp-befyjbpw)
https://www.protocols.io/view/sars-cov-2-genome-sequencing Bướic 1: RNA c a SARS-CoV-2 đủng ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ử ụ của nó vẫnc s d ng làm khuôn để tìm hiểu luận án tại:
t o ra cDNA.ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm
- Bướic 2: Nhân b n DNA t khuôn cDNA, v i 14 c p m i đ cản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ừ 1-2% sau 15 chu kỳ ới ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ồng chấm luận án cấp ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19
hi u (kho ng 2,5kb m i đo n) d c theo toàn b genome c aệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ỗ Duy Cường ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ọc: ội đồng chấm luận án cấp ủng
Trang 7virus, s n ph m PCR đản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ẩn ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc th c hi n song song và không cóự xuất hiện các biến thể dẫn tới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới
ph n ng h h p Cách ti p c n chung đản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ức độ lâm sàng thay đổi và lẩn ỗ Duy Cường ợc bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc gi i thích theo bi uản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ể tìm hiểu luận án tại:
đ sau:ồng chấm luận án cấp
Hình 2.1 S đ hóa các đo n gi i trình t c a SARS-CoV-2ơn 7 triệu trường hợp tử ồng chấm luận án cấp ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ủng
* Ngu n: John-Sebastian Eden (2021) ồn: John-Sebastian Eden (2021)
B ng 2.1 ản về SARS-CoV-2 Các c p m i s d ng trong gi i trình tặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ồng chấm luận án cấp ử ụ của nó vẫn ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ự xuất hiện các biến thể dẫn tới
* Ngu n: John-Sebastian Eden (2021) ồn: John-Sebastian Eden (2021)
Trang 8- Bướic 3: Tách chi t và làm s ch s n ph m PCRếu chính xác dẫn tới việc ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ẩn
Các s n ph m PCR thu đản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ẩn ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc ti n hành đo n ng đếu chính xác dẫn tới việc ồng chấm luận án cấp ội đồng chấm luận án cấp
và chu n hóa n ng đ S n ph m tách chi t c a các ph n ngẩn ồng chấm luận án cấp ội đồng chấm luận án cấp ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ẩn ếu chính xác dẫn tới việc ủng ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ức độ lâm sàng thay đổi và lẩnkhu ch đ i đ n l cho t ng m u đếu chính xác dẫn tới việc ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ơn 7 triệu trường hợp tử ẻ và chưa có nghiên cứu một ừ 1-2% sau 15 chu kỳ ẫn khoa học: ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc đ a vào m t gi ng đ nư ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ơn 7 triệu trường hợp tử
c a đĩa s ch ho c gi i PCR M c đích là cân b ng lủng ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ụ của nó vẫn ằng ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpng DNA từ 1-2% sau 15 chu kỳ
m i khu ch đ i đ cung c p đ ng đ u bao ph toàn b h gen.ỗ Duy Cường ếu chính xác dẫn tới việc ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ể tìm hiểu luận án tại: ấm luận án cấp ồng chấm luận án cấp ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ủng ội đồng chấm luận án cấp ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới
S n ph m c t DNA đản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ẩn ắc và hơn 7 triệu trường hợp tử ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc ti n hành g n Index1 và Index2 theoếu chính xác dẫn tới việc ắc và hơn 7 triệu trường hợp tửquy trình c a nhà s n xu t Illumina Sau bủng ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ấm luận án cấp ưới ắc và hơn 7 triệu trường hợp tửc g n Index, các s nản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường
ph m d th a sẽ đẩn ư ừ 1-2% sau 15 chu kỳ ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc tinh s ch thêm m t l n n a r i ti n hànhại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ội đồng chấm luận án cấp ần đầu tại ữa kiểu gen của SARS-CoV-2 ồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việcchu n hóa m u và đ nh lẩn ẫn khoa học: ịnh là ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpng th vi n.ư ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới
- Bướic 4: Ti n trình gi i trình tếu chính xác dẫn tới việc ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ự xuất hiện các biến thể dẫn tới
Sau khi hoàn thành bướic chu n b th vi n, m u sẽ đẩn ịnh là ư ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ẫn khoa học: ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc
đ a vào máy Miseq đ ti n hành đ c trình t Phân tích trình tư ể tìm hiểu luận án tại: ếu chính xác dẫn tới việc ọc: ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ự xuất hiện các biến thể dẫn tớigen b ng ph n m m CLC genomic worbench 20.0.3 Trình t c aằng ần đầu tại ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ủng
b gen virus đội đồng chấm luận án cấp ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ắc và hơn 7 triệu trường hợp tửc l p ráp t các đo n đ c b ng ph n m mừ 1-2% sau 15 chu kỳ ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ọc: ằng ần đầu tại ền nhiễm và các bệnh nhiệt đớiATGC s d ng reference sequence (trình t tham chi u) làử ụ của nó vẫn ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ếu chính xác dẫn tới việc
ch ng SARS-CoV-2 gây b nh 2019 t i Vũ Hán (Trung Qu c)ủng ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ố: 9 72 01 09
Trang 9gen được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc tính toán b ng SAM tools (software asset managementằngtools - công c qu n lý ph n m m).ụ của nó vẫn ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ần đầu tại ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới
Xác đ nh bi n th và đ t bi n nucleotide: Trình t nucleotideịnh là ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ự xuất hiện các biến thể dẫn tớithu được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ừ 1-2% sau 15 chu kỳ ẫn khoa học:c t m u được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc đ a vào ngân hàng d li u gen v SARS-ư ữa kiểu gen của SARS-CoV-2 ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ền nhiễm và các bệnh nhiệt đớiCoV-2 (http://www.gisaid.org/collaborations/enabled-by-hcov-19-data-from-gisaid/) đ xác đ nh bi n th Phân tích s bi nể tìm hiểu luận án tại: ịnh là ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ếu chính xác dẫn tới việc
đ i trình t nucleotide c a m u SARS-CoV-2 gây b nh t i Vi tổi và lẩn ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ủng ẫn khoa học: ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới
trình t c a mu i hai vùng gen là E, M, N, ORF1a, ORF1b, ORF3a,ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ủng ời hướng dẫn khoa học:ORF6, ORF7a, ORF7b, ORF8, ORF9b và S Vi c phân tích s bi nệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ếu chính xác dẫn tới việc
đ i di truy n c a các ch ng ổi và lẩn ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ủng ủng SARS-CoV-2 đ c th c hi n b ngược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ằng
ph n m m tr c tuy n Nextstrain.org.ần đầu tại ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ếu chính xác dẫn tới việc
Trang 10CH ƯƠNG NG 3 - K T QU NGHIÊN C U ẾT QUẢ NGHIÊN CỨU Ả NGHIÊN CỨU ỨU KIỂU GEN SARS-CoV-2
3.1 Đ c đi m chung c a đ i t ặc điểm chung của đối tượng nghiên cứu ểu biết cơ bản về SARS-CoV-2 ủa SARS-CoV-2 ối tượng nghiên cứu ượng nghiên cứu ng nghiên c u ứu
3.2 Đ c đi m ki u gen c a SARS-CoV-2 NB nghiên c u ặc điểm chung của đối tượng nghiên cứu ểu biết cơ bản về SARS-CoV-2 ểu biết cơ bản về SARS-CoV-2 ủa SARS-CoV-2 ở NB nghiên cứu ứu
3.2.2 Phân b bi n th c a các m u SARS-CoV-2 ố biến thể của các mẫu SARS-CoV-2 ến ở SARS-CoV-2 ể của SARS-CoV-2 ủa SARS-CoV-2 ẫu SARS-CoV-2
Bi u đ 3.3 ểu biết cơ bản về SARS-CoV-2 ồ 3.3 Đ c đi m bi n th c a các m u SARS-CoV-2 nghiên c uặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ể tìm hiểu luận án tại: ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ủng ẫn khoa học: ức độ lâm sàng thay đổi và lẩn
Phân tích trình t nucleotide c a 700 m u SARS-CoV-2 th yự xuất hiện các biến thể dẫn tới ủng ẫn khoa học: ấm luận án cấpchúng được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc phân thành ba bi n th là Alpha, Delta và Omicron.ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại:Trong đó có 50 m u thu c bi n th Alpha, nhánh 20I và dòngẫn khoa học: ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại:B.1.1.7 Có 350 m u thu c bi n th Delta, trong đó nhánh 21I cóẫn khoa học: ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại:
m t dòng duy nh t là AY.57 chi m đa s (320 m u), nhánh 21Jội đồng chấm luận án cấp ấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ố: 9 72 01 09 ẫn khoa học:
có 7 dòng Bi n th Omicron g m 300 m u, đếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ồng chấm luận án cấp ẫn khoa học: ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc chia thành hai
(Bi u đ 3.3).ể tìm hiểu luận án tại: ồng chấm luận án cấp
3.2.3 Đ c đi m đ t bi n c a các bi n th Alpha, Delta và ặc điểm đột biến của các biến thể Alpha, Delta và ể của SARS-CoV-2 ột biến ở SARS-CoV-2 ến ở SARS-CoV-2 ủa SARS-CoV-2 ến ở SARS-CoV-2 ể của SARS-CoV-2 Omicron
Dòng B.1.1.7 thu c bi n th Alpha cho th y có đ t bi n xu tội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ấm luận án cấp ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ấm luận án cấp
hi n 9 gen và 3 gen không mang đ t bi n Trong s các gen cóệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ở người bệnh COVID-19 ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ố: 9 72 01 09
Trang 11đ t bi n, gen S mang nhi u đ t bi n nh t v i 11 đ t bi n, ti pội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ấm luận án cấp ới ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ếu chính xác dẫn tới việc
đ n là gen N và ORF1a (m i gen 6 đ t bi n) Các gen E, M, ORF3aếu chính xác dẫn tới việc ỗ Duy Cường ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc
m i gen ch mang có 1 đ t bi n và các gen còn l i dao đ ng t 2 -ỗ Duy Cường ỉ mang có 1 đột biến và các gen còn lại dao động từ 2 - ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ội đồng chấm luận án cấp ừ 1-2% sau 15 chu kỳ
4 đ t bi n Nhìn chung h u h t các đ t bi n đ u có t l xu tội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ần đầu tại ếu chính xác dẫn tới việc ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ỷ lệ xuất ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ấm luận án cấp
hi n r t cao.ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ấm luận án cấp
Đ t bi n xu t hi n toàn b các gen và các dòng thu c bi nội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ấm luận án cấp ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ở người bệnh COVID-19 ội đồng chấm luận án cấp ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc
th Delta, trong đó s đ t bi n xu t hi n nhi u nh t trên genể tìm hiểu luận án tại: ố: 9 72 01 09 ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ấm luận án cấp ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ấm luận án cấpORF1a v i 26 đ t bi n, ti p đ n là gen S (15 đ t bi n), gen N vàới ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ếu chính xác dẫn tới việc ếu chính xác dẫn tới việc ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việcORF1b m i gen 9 đ t bi n Nhìn chung, t l đ t bi n m iỗ Duy Cường ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ỷ lệ xuất ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ở người bệnh COVID-19 ỗ Duy Cườngdòng và các gen là khá cao, có m t s gen có t l đ t bi n r tở người bệnh COVID-19 ội đồng chấm luận án cấp ố: 9 72 01 09 ỷ lệ xuất ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ấm luận án cấp
th p nh E, M, ORF6, và ORF7b Tuy nhiên, cũng t n t i m t sấm luận án cấp ư ồng chấm luận án cấp ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ội đồng chấm luận án cấp ố: 9 72 01 09
đ t bi n tội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ươn 7 triệu trường hợp tửng đ ng gi a các dòng, ch y u là các gen N,ồng chấm luận án cấp ữa kiểu gen của SARS-CoV-2 ủng ếu chính xác dẫn tới việc ở người bệnh COVID-19.ORF1b, ORF3a, ORF7, ORF9 và nhi u nh t là gen S v i 9/15 đ tền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ấm luận án cấp ới ội đồng chấm luận án cấp
bi n tếu chính xác dẫn tới việc ươn 7 triệu trường hợp tửng đ ng.ồng chấm luận án cấp
Các dòng thu c bi n th Omicron có t l và lo i đ t bi nội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ỷ lệ xuất ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việckhác bi t so v i hai bi n th Alpha và Delta Trong đó, gen S choệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ới ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại:
th y có nhi u đ t bi n nh t v i 37 đ t bi n Các gen còn l i cóấm luận án cấp ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ấm luận án cấp ới ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm
s lố: 9 72 01 09 ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpng dao đ ng t 2 - 10 đ t bi n Riêng đ t bi n genội đồng chấm luận án cấp ừ 1-2% sau 15 chu kỳ ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ở người bệnh COVID-19.ORF1a c a các dòng thu c bi n th Omicron có khác bi t r t l nủng ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ấm luận án cấp ới
so v i gen ORF1a c a hai bi n th Alpha và Delta, Omicronới ủng ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại:ORF1a ch có 10 đ t bi n và c 10 đ t bi n này đ u là đ t bi nỉ mang có 1 đột biến và các gen còn lại dao động từ 2 - ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc
tươn 7 triệu trường hợp tửng đ ng c a c 7 dòng Đi u đ c bi t là t l đ t bi n cácồng chấm luận án cấp ủng ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ỷ lệ xuất ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ở người bệnh COVID-19.dòng thu c bi n th Omicron là 100%, ngo i tr các gen ORF7a,ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ừ 1-2% sau 15 chu kỳORF7b, và ORF8
Khi đ i chi u h gen c a 700 m u SARS-CoV-2 trong nghiênố: 9 72 01 09 ếu chính xác dẫn tới việc ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ủng ẫn khoa học:
c u v i các bi n th Alpha, Delta và Omicron các nức độ lâm sàng thay đổi và lẩn ới ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ở người bệnh COVID-19 ướic kháctrên th gi i (Trung Qu c, Hoa Kỳ, Ghana, Australia và vếu chính xác dẫn tới việc ới ố: 9 72 01 09 ươn 7 triệu trường hợp tửng
qu c Anh) chúng tôi nh n th y có s khác bi t đáng k Ba đ tố: 9 72 01 09 ận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp ấm luận án cấp ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ể tìm hiểu luận án tại: ội đồng chấm luận án cấp
Trang 12bi n chúng tôi phát hi n gen E trong nghiên c u nàyếu chính xác dẫn tới việc ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ở người bệnh COVID-19 ức độ lâm sàng thay đổi và lẩn
th Omicron ch a để tìm hiểu luận án tại: ư ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc phát hi n b t kỳ qu c gia nào trongệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ở người bệnh COVID-19 ấm luận án cấp ố: 9 72 01 09
được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpc báo cáo t i Vi t Nam thì đ u phát hi n th y các đ t bi nại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ấm luận án cấp ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việcnày (B ng 3.5.)ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường
B ng 3.5 ản về SARS-CoV-2 Đ i chi u đ t bi n trong nghiên c u v i m t s qu c giaố: 9 72 01 09 ếu chính xác dẫn tới việc ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ức độ lâm sàng thay đổi và lẩn ới ội đồng chấm luận án cấp ố: 9 72 01 09 ố: 9 72 01 09
khác
S lố: 9 72 01 09 ược bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpng đ t bi n gi a các bi n th có s chênh l ch kháội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ữa kiểu gen của SARS-CoV-2 ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới
không có đ t bi n tội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ươn 7 triệu trường hợp tửng đ ng gi a ba bi n th Trong khi dóồng chấm luận án cấp ữa kiểu gen của SARS-CoV-2 ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại:trên gen M cũng th y C26577(Q19E) là đ t bi n tấm luận án cấp ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ươn 7 triệu trường hợp tửng đ ngồng chấm luận án cấp
gi a dòng B.1.617.2 (Delta) v i các dòng thu c bi n thữa kiểu gen của SARS-CoV-2 ới ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại:Omicron Ngoài ra các đ t bi n khác đ u là đ t bi n đ c tr ngội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ư
c a ba bi n th Trên gen N có đ t bi n G28881A(R203K) xu tủng ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ấm luận án cấp
Trang 13hi n toàn b các dòng c a c ba bi n th , trong khi đ t bi nệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ở người bệnh COVID-19 ội đồng chấm luận án cấp ủng ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việcG28883C(G204R) ch xu t hi n dòng B.1.1.7 (Alpha) và toànỉ mang có 1 đột biến và các gen còn lại dao động từ 2 - ấm luận án cấp ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ở người bệnh COVID-19.
b các dòng thu c bi n th Omicron Trên gen ORF1b,ội đồng chấm luận án cấp ội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại:C14408T(P314L) là đ t bi n tội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ươn 7 triệu trường hợp tửng đ ng cho toàn b cácồng chấm luận án cấp ội đồng chấm luận án cấp dòng
c a c ba bi n th ủng ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại:
Bi u đ 3.6 ểu biết cơ bản về SARS-CoV-2 ồ 3.3 Cây ph h di truy n các ch ng SARS-CoV-2ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ủng Phân tích m i quan h di truy n c a các ch ng SARS-CoV-2ố: 9 72 01 09 ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ủng ủng thu c các bi n th Alpha, Delta và Omicron b ng cây ph h diội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ằng ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đớitruy n cho th y chúng đ u b t ngu n t ch ng SARS-CoV-2ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ấm luận án cấp ền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ắc và hơn 7 triệu trường hợp tử ồng chấm luận án cấp ừ 1-2% sau 15 chu kỳ ủng nguyên th y gây b nh l n đ u tiên t i Vũ Hán, Trung Qu củng ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ần đầu tại ần đầu tại ại Học viện Quân y vào hồi: giờ ngày tháng năm ố: 9 72 01 09(GenBank: MN908947) Tuy nhiên trên cây phát sinh loài cho
th y các ch ng SARS-CoV-2 ấm luận án cấp ủng thu c bi n th Delta n m riêng m tội đồng chấm luận án cấp ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ằng ội đồng chấm luận án cấp
Trang 14nhánh, trong khi đó hai bi n th Alpha và Omicron n m chung m tếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ằng ội đồng chấm luận án cấpnhánh trên cây ph h (Bi u đ 3.6).ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ể tìm hiểu luận án tại: ồng chấm luận án cấp
Khi so sánh m i liên quan gi a đ c đi m lâm sàng, c n lâmố: 9 72 01 09 ữa kiểu gen của SARS-CoV-2 ặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng ở người bệnh COVID-19 ể tìm hiểu luận án tại: ận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấpsàng gi a các bi n th chúng tôi chia thành 3 nhóm: nhóm nhi mữa kiểu gen của SARS-CoV-2 ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ễm và các bệnh nhiệt đới
bi n th Alpha (sau đây g i là nhóm 1), nhóm nhi m bi n th Deltaếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại: ọc: ễm và các bệnh nhiệt đới ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại:(sau đây g i là nhóm 2) và nhóm nhi m bi n th Omicron (sau đâyọc: ễm và các bệnh nhiệt đới ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại:
3.3 M i liên quan gi a ki u gen SARS-CoV-2 v i m t s đ c ối tượng nghiên cứu ững hiểu biết cơ bản về SARS-CoV-2 ểu biết cơ bản về SARS-CoV-2 ới một số đặc ột biến và các biến thể của SARS-CoV-2 ối tượng nghiên cứu ặc điểm chung của đối tượng nghiên cứu
đi m lâm sàng, c n lâm sàng ng ểu biết cơ bản về SARS-CoV-2 ận lâm sàng ở người bệnh nghiên cứu ở NB nghiên cứu ười gian nghiên cứu ệnh COVID-19 i b nh nghiên c u ứu
3.3.1 M i liên quan gi a bi n th v i đ c đi m chung c a ng ố biến thể của các mẫu SARS-CoV-2 ữa biến thể với đặc điểm chung của người ến ở SARS-CoV-2 ể của SARS-CoV-2 ới đặc điểm chung của người ặc điểm đột biến của các biến thể Alpha, Delta và ể của SARS-CoV-2 ủa SARS-CoV-2 ười bệnh i
B ng 3 ản về SARS-CoV-2 13 So sánh đ tu i gi a các bi n thội đồng chấm luận án cấp ổi và lẩn ữa kiểu gen của SARS-CoV-2 ếu chính xác dẫn tới việc ể tìm hiểu luận án tại:
Đ c đi m ặc điểm chung của đối tượng nghiên cứu ểu biết cơ bản về SARS-CoV-2 Bi n th ết cơ bản về SARS-CoV-2 ểu biết cơ bản về SARS-CoV-2 (n, %)
Trang 15Nhóm 1 có có đ tu i trung bình th p nh t, tuy nhiên sội đồng chấm luận án cấp ổi và lẩn ấm luận án cấp ấm luận án cấp ự xuất hiện các biến thể dẫn tớikhác bi t ch a có ý nghĩa th ng kê v i p > 0,05 Phân b ngệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ư ố: 9 72 01 09 ới ố: 9 72 01 09 ười hướng dẫn khoa học:i
b nh theo nhóm tu i có s khác bi t có ý nghĩa th ng kê v i p <ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ổi và lẩn ự xuất hiện các biến thể dẫn tới ệnh truyền nhiễm và các bệnh nhiệt đới ố: 9 72 01 09 ới0,05 (B ng 3.13).ản biện 1: PGS.TS Đỗ Duy Cường
3.3.2 M i liên quan ố biến thể của các mẫu SARS-CoV-2 gi a bi n th ữa biến thể với đặc điểm chung của người ến ở SARS-CoV-2 ể của SARS-CoV-2 v i tri u ch ng lâm sàng ới đặc điểm chung của người ệnh ứu c a ủa SARS-CoV-2