Đánh giá mối liên quan đa hình gen mã hóa ghsr và igf2 đối với khả năng sinh trưởng ở gà liên minh

HỌ VI N N NG NGHI P VI T N M KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC - - KHOÁ LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI ĐÁNH GIÁ MỐI LIÊN QUAN ĐA HÌNH GEN MÃ HỐ GHSR VÀ IGF2 ĐỐI VỚI KHẢ NĂNG SINH TRƢỞNG Ở GÀ LIÊN MINH Hà Nội, 9/2022 HỌ VI N N NG NGHI P VI T NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC - - KHOÁ LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI ĐÁNH GIÁ MỐI LIÊN QUAN ĐA HÌNH GEN MÃ HỐ GHSR VÀ IGF2 ĐỐI VỚI KHẢ NĂNG SINH TRƢỞNG Ở GÀ LIÊN MINH Ngƣời thực : TRỊNH THỊ HƢƠNG Khóa : 63 Ngành : Công nghệ sinh học Ngƣời hƣớng dẫn : TS Trần Thị Bình Nguyên Hà Nội, 9/2022 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan số liệu kết khố luận hồn tồn số liệu trung thực trực tiếp thực hiện, theo dõi ghi chép ngày trình thực tập Các kết trình bày khố luận đƣợc xử lý cách xác Tơi xin cam đoan giúp đỡ cho việc hoàn thành khoá luận đƣợc cảm ơn Mọi trích dẫn khố luận đƣợc ghi rõ ràng nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng năm 2022 Sinh viên Trịnh Thị Hƣơng i LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, xin gửi lời cảm ơn chân thành sâu sắc tới TS Trần Thị Bình Nguyên, giảng viên môn Công nghệ Sinh học Động vật tận tình bảo, dẫn dắt tơi suốt q trình học tập nghiên cứu phịng thí nghiệm mơn sinh học động vật khoa Cơng nghệ Sinh học, giúp tơi có kiến thức khơng chun ngành mà cịn có thêm cho nhiều kiến thức bổ ích, tinh thần học tập hiệu quả, nghiêm túc Đây chắn kiến thức q báu, hành trang để tơi vững bƣớc sau Tôi xin chân thành cảm ơn cán Trung tâm Ứng dụng Tiến Khoa học Cơng nghệ Hải Phịng tạo điều kiện hết mức để đƣợc thực hành nghiên cứu Trung tâm Tiếp theo xin cảm ơn Thầy, Cô môn Công nghệ Sinh học Động vật Thầy, Cô khoa Công nghệ Sinh học - Học viện nông nghiệp Việt Nam tạo điều kiện giúp đỡ cho trình học tập nghiên cứu Trƣờng Cuối cùng, tơi xin tỏ lịng biết ơn chân thành tới gia đình, bạn bè ngƣời thân u ln tin tƣởng, ủng hộ, động viên tạo điều kiện tốt vật chất nhƣ tinh thần để tơi hồn thành tốt khóa luận tốt nghiệp Hà Nội, ngày tháng năm 2022 Sinh viên Trịnh Thị Hƣơng ii MỤC LỤC LỜI M ĐO N i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC HÌNH vi DANH MỤC BẢNG vii DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT viii TÓM TẮT ix PHẦN I: MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 1.3 Yêu cầu .2 PHẦN II TỔNG QUAN TÀI LI U .3 2.1 Sơ lƣợc nguồn gốc vị trí phân loại gà nhà 2.2 Thông tin đối tƣợng nghiên cứu: gà Liên Minh .3 2.2 Đặc điểm ngoại hình gà Liên Minh 2.3 sở khả sinh trƣởng 2.3.1 Khái niệm sinh trƣởng 2.3.2 Sinh trƣởng gà 2.3 Các yếu tố ảnh hƣởng đến sinh trƣởng .6 2.4 Các tiêu đánh giá sinh trƣởng: 2.4.1 Kích thƣớc thể: 2.4.2 Khối lƣợng thể: 2.4.3 Tốc độ sinh trƣởng: .10 2.5 sở khoa học mối tƣơng quan đa hình gen GHSR, IGF2 khả sinh trƣởng gà .11 iii 2.5.1 Thông tin hệ gen gà 11 2.5.2 Thông tin gen (GHSR – MspI ) .14 2.5.3 Thông tin gen (IGF2 - MspI) 15 2.6 Tình hình nghiên cứu đa hình gen liên quan đến khả sinh trƣởng gà 15 PHẦN III: VẬT LI U VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN ỨU .18 3.1 Thời gian địa điểm nghiên cứu 18 3.1.1 Thời gian .18 3.1.2 Địa điểm 18 3.2 Vật liệu nghiên cứu .18 3.3 Hóa chất thiết bị: 18 3.3.1 Hóa chất: .18 3.3.2 Dụng cụ thiết bị 19 3.4 Nội dung nghiên cứu 19 3.5 Phƣơng pháp nghiên cứu 20 3.5.1 Tách chiết ADN: 20 3.5.2 Phƣơng pháp điện di gel agarose 20 3.5.3 Phƣơng pháp nhân gen phản ứng chuỗi polymerase (PCR) 22 3.5.4 Phƣơng pháp xác định đa hình gen ứng viên ( PCR-RFLP ) 24 3.5.5 Phƣơng pháp theo dõi tiêu 25 3.5.6 Phƣơng pháp xử lí kết 26 PHẦN IV: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 28 4.1 Đánh giá số tiêu liên quan đến khả sinh trƣởng gà Liên Minh 28 4.1.1 Đánh giá tiêu sức sinh trƣởng 28 4.1.2 Đánh giá kích thƣớc khối lƣợng gà Liên Minh 32 4.2 Kết tách chiết ADN tổng số gà Liên Minh: 32 Hình 4.2 Kết tách chiết ADN tổng số gà Liên Minh 33 iv 4.3 Kết phân tích đa hình gen IGF2 kỹ thuật PCR – RFLP 33 4.3.1 Kết khuếch đại gen IGF2 phản ứng PCR 33 4.3.2 Kết phân tích đa hình gen IGF2 enzyme MspI 34 4.4 Kết phân tích đa hình gen GHSR/G656A kỹ thuật PCR – RFLP 34 4.4.1 Kết khuếch đại đoạn gen GHSR/G6565A phản ứng PCR 34 4.4.2 Kết phân tích đa hình đoạn gen GHSR/ G656A enzyme MspI .35 4.4.3 Kết phân tích tần số alen/kiểu gen 36 4.5 Mối tƣơng quan đa hình nucleotide với khối lƣợng thể theo tuần gà Liên Minh 37 4.6 Phân tích mối liên quan đa hình gen GHSR/G656A kích thƣớc chiều đo thể gà Liên Minh .39 PHẦN V: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 41 5.1 Kết luận 41 5.2 Đề nghị 41 PHẦN VI: TÀI LI U THAM KHẢO 42 v DANH MỤC HÌNH Hình 2.1 Hình ảnh gà Liên Minh Cát Bà Hình 2.2 Bản đồ QTL NST gà, NST giới tính ♂ (ZZ), ♀ (WZ) )(24/8/2021) .11 Hình 2.3 Bản đồ QTL: ác vùng gen NST liên quan đến tính trạng khối lƣợng thể gà (24/8/2021) 12 Hình 2.4 Bản đồ QTL: ác vùng gen NST liên quan đến tính trạng khối lƣợng thể gà ngày tuổi (24/8/2021) 13 Hình 3.1 Chu kì phản ứng PCR 23 Hình 3.2 Mơ tả phản ứng RFLP 24 Hình 3.3 Bộ xƣơng gia cầm 26 Hình 4.1 Sơ đồ sinh trƣởng tƣơng đối gà Liên Minh từ 01 ngày tuổi đến 20 tuần tuổi 31 Hình 4.2 Kết tách chiết ADN tổng số gà Liên Minh 33 Hình 4.3 Kết điện di sản phẩm PCR gen mã hóa IGF2 33 Hình 4.4 Kết điện di sản phẩm cắt gen IGF2 MspI 34 Hình 4.5 Kết điện di sản phẩm PCR gen mã hóa GHSR .35 Hình 4.6 Kết điện di sản phẩm cắt gen GHSR MspI 36 vi DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 Sơ lƣợc phân loại gà nhà Bảng 2.2 Đặc điểm ngoại hình gà Liên Minh tuần tuổi thứ 20 Bảng 2.3 Nghiên cứu đa hình gen liên quan tới tính trạng sinh trƣởng gà 15 Bảng 3.1 Các hố chất sử dụng 18 Bảng 3.2 Các dung dịch đệm cần pha nghiên cứu 19 Bảng 3.3 Dụng cụ thiết bị sử dụng nghiên cứu 19 Bảng 3.4 Trình tự mồi sử dụng phản ứng PCR 23 Bảng 3.5 Thành phần phản ứng PCR 23 Bảng 3.6 Chu trình nhiệt phản ứng PCR .24 Bảng 3.7 Thông tin enzyme cắt giới hạn sử dụng 25 Bảng 3.8 Thành phần phản ứng cắt .25 Bảng 4.1 Khối lƣợng trung bình hàng tuần gà Liên Minh 28 Bảng 4.2 Sinh trƣởng tuyệt đối sinh trƣởng tƣơng đối gà Liên Minh qua tuần tuổi 30 Bảng 4.3 Kích thƣớc số đo thể gà Liên Minh tuần tuổi 20 .32 Bảng 4.4: Tần số phân bố alen/ kiểu gen đa hình gen GHSR 36 Bảng 4.5.Kết phân tích mối tƣơng quan đa hình nucleotide GHSR với khối lƣợng thể theo tuần gà trống Liên Minh .37 Bảng 4.6 Kết phân tích mối tƣơng quan đa hình nucleotide GHSR với khối lƣợng thể theo tuần gà mái Liên Minh 38 Bảng 4.7 Kết tích mối liên quan đa hình gen GHSR kích thƣớc chiều đo thể gà trống Liên Minh 39 Bảng 4.8 Kết tích mối liên quan đa hình gen GHSR kích thƣớc chiều đo thể gà mái Liên Minh 40 vii DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT Từ viết tắt Nghĩa tiếng anh Nghĩa tiếng việt Bp Base pair Cặp bazơ ADN Deoxyribonucleic acid EDTA F GHSR Kb Ethylene Diamine Tetraacetic Acid Forward Growth Hormone Secretagogue receptor xit đêơxyribơnuclêic Axít Etylen Diamin Tetra Acetic Xuôi Thụ thể tiết Hormone tăng trƣởng Kilo base LM Liên Minh IGF2 Insulin Like Growth Factor Yếu tố tăng trƣởng giống insulin PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi polymerase R Reverse Ngƣợc RE Rectriction Enzyme Enzym giới hạn SDS Sodium Dodecyl Sulfate Natri lauryl sulfat SNP single-nucleotide polymorphism Đa hình đơn nucleotide TAE Tris – Acetic acid – EDTA TE Tris – Ethylen Diamin Tetra Acetic Cs QTL NXB Cộng Quantitative Trait Loci Vị trí tính trạng số lƣợng Nhà xuất viii đoạn tuần tuổi đạt 9,12g/con/ngày, tăng dần đến giai đoạn - tuổi đạt 52,71g/con/ngày gà Liên Minh có sinh trƣởng tƣơng đối thấp 4.1.2 Đánh giá kích thƣớc khối lƣợng gà Liên Minh Các tiêu kích thƣớc thể đo đƣợc đàn gà Liên Minh thời điểm 20 tuần tuổi đƣợc thể Bảng 4.3 Bảng 4.3 Kích thƣớc số đo thể gà Liên Minh tuần tuổi 20 Chỉ tiêu Gà trống Gà mái Mean±SD Mean±SD Dài thân (cm) 22,00 ± 1,68 20,22 ± 1,27 Dài lƣờn (cm) 15,89 ± 1,58 14,30 ± 1,14 Dài bàn chân (cm) 8,54 ± 0,73 7,68 ± 1,94 Dài đùi (cm) 23,86 ± 1,17 21,28 ± 1,94 Dài cẳng chân (cm) 12,41 ± 1,17 11,22 ± 0,68 Sâu ngực (cm) 16,19 ± 1,13 14,72 ± 0,89 Dài cánh (cm) 8,15 ± 0,78 7,06 ± 0,52 Ghi chú: Mean: Giá trị trung bình; SD: Độ lệch chuẩn Kết bảng 4.3 cho thấy trƣởng thành tiêu dài thân gà trống, gà mái Liên Minh lần lƣợt 22,00cm 20,22cm Chiều đo dài đùi gà trống 23,86cm gà mái 21,28cm, số đo dài đùi gà trống cao số đo dài đùi gà mái Tƣơng tự, chiều dài lƣờn, dài bàn chân, dài cẳng chân gà trống cao gà mái, gà trống có tầm vóc lớn gà mái So với giống gà Đông Tảo gà Hồ (Trần Thị Kim Anh, 2004), số dài thân, dài lƣờn, vòng ngực gà Liên Minh nhỏ hơn, nhƣng lớn gà Ri (Nguyễn Huy Đạt & cs., 2006) Theo Nguyễn Hoàng Thịnh & cs (2020) gà Bang Trới có kích thƣớc chiều đo dài thân 19,44cm, dài lƣờn 12,96cm So với giống gà Bang Trới, gà Liên Minh có kích thƣớc chiều đo lớn 4.2 Kết tách chiết ADN tổng số gà Liên Minh: Dựa vào kết điện di hình 4.2 nhận ADN tổng số đƣợc tách chiết từ mẫu máu cá thể gà Liên Minh phẩn hiển thị băng vạch sáng nét gel agarose 1% sau điện di Đa số băng điện di gọn, sáng, rõ nét cho thấy ADN bị đứt gãy đƣợc dùng cho thí nghiệm sau 32 Hình 4.2 Kết tách chiết ADN tổng số gà Liên Minh Ghi chú: M: ADN ladder 100kb (BioLine), 1→ 8: ADN tổng số cá thể 4.3 Kết phân tích đa hình gen IGF2 kỹ thuật PCR – RFLP 4.3.1 Kết khuếch đại gen IGF2 phản ứng PCR Kết hình 4.3.cho thấy, sản phẩm PCR có vạch băng DN gọn, rõ nét có kích thƣớc phân tử 151bp Nhƣ vậy, gen mã hóa IGF2 đƣợc nhân lên thành công Ghi chú: M: ADN ladder 100bp (BioLine); 1->10: sản phẩm PCR Hình 4.3 Kết điện di sản phẩm PCR gen mã hóa IGF2 33 4.3.2 Kết phân tích đa hình gen IGF2 enzyme MspI Sản phẩm P R sau đƣợc ủ với enzyme MspI Kết kiểm tra gel 2% cho thấy vạch băng lên đều, sáng rõ nét, nét băng vạch xuất có kích thƣớc phân tử 151bp, khơng có điểm cắt enzyme MspI gen IGF2 gà Liên Minh, 100% gà Liên Minh mang kiểu gen CC (151bp) Ghi chú: M: ADN ladder 100 bp (BioLine); 1->10: sản phẩm cắt Hình 4.4 Kết điện di sản phẩm cắt gen IGF2 MspI Tuy nhiên theo Tang cs (2010) gen IGF2 có đa hình exon giống gà Gà Beijing You, cụ thể gen IGF2 có liên quan đáng kể với trọng lƣợng thể 17 tuần trọng lƣợng thân thịt Beijing You (P