odoriferae cũng được ghinhận trong vài trường hợp viêm nhiễm.Những thành viên trong chủng Serratia cóđặc tính sinh sắc tố đỏ, prodigiosin, và cóthể phân biệt với cái giống thuộc họEntero
GIỚI THIỆU CHUNG
Giới thiệu chung về Serratia sp
Serratia là một giống trực khuẩn Gram âm, kỵ khí tùy nghi, thuộc họ Enterobacteriaceae Chủng phổ biến nhất, S marcescens, đồng thời là mầm bệnh duy nhất thường gây ra những trường hợp nhiễm khuẩn bệnh viện Tuy nhiên, một vài chủng hiếm như S plymuthica, S liquefaciens, S rubidaea, và S odoriferae cũng được ghi nhận trong vài trường hợp viêm nhiễm.
Những thành viên trong chủng Serratia có đặc tính sinh sắc tố đỏ, prodigiosin, và có thể phân biệt với cái giống thuộc họ Enterobacteriaceae bởi khả năng sinh ba enzyme duy nhất: DNase, lipase, và gelatinase.
Nhiều chủng Serratia khác nhau chiếm nhiều môi trường sống đa dạng: đất, nước, thực vật, côn trùng và các môi trường khác S marcescens là loài đặc trưng nhất trong chi này S.liquefaciens là loài có đặc điểm tốt thứ hai sau S marcescens S liquefaciens lần đầu tiên được phân loại là Aerobacter liquefaciens trong chi Enterobacter bởi Grimes và Hennerty.
Các loài Serratia đã được phân lập trong nhiều môi trường khác nhau, bao gồm đất, nước, thực vật, động vật và thậm chí cả không khí Một số phương pháp có thể được sử dụng để nghiên cứu dịch tễ học của S marcescens Các chiến lược tăng sinh thông thường liên quan đến việc sử dụng môi trường chứa chất kháng sinh và kháng nấm Môi trường caprylate -thallous dường như rất được ưu tiên cho sự phát triển chọn lọc của chi Serratia , vì nó có thể sử dụng axit caprylic làm nguồn carbon.
Hầu hết các loài Serratia đều không gây bệnh, nhưng những loài gây bệnh thường gây nhiễm trùng ở những người bị suy giảm miễn dịch S marcescens là loài gây bệnh chính, lây nhiễm cho động vật và thực vật, nhưng các loài khác đã được báo cáo lây nhiễm cho các cá nhân bao gồm Serratia plymuthica, Serratia liquefaciens,
Serratia rubidaea, Serratiaodorifera và Serratia fonticola
Nguyên tắc khi thiết kế primer
Nhiệt độ nóng chảy (Tm) tối ưu cho phản ứng gắn primer nên nằm trong khoảng 50 – 65°C để đảm bảo độ bám dính hiệu quả Sự chênh lệch nhiệt độ Tm giữa hai primer không được vượt quá 2 – 5°C nhằm đảm bảo quá trình bám dính đồng đều Công thức tính Tm đơn giản là: Tm = 4°C x (G + C) + 2°C x (A + T), trong đó G, C, A, T là số lượng các nucleotide guanine, cytosine, adenine, thymine tương ứng trong trình tự primer.
Nhiệt độ gắn primer (Ta): được tính dựa vào nhiệt độ nóng chảy của primer.
Mật độ GC: Ảnh hưởng đến Tm, do đó mật độ GC nên nằm trong khoảng 50 –
Kẹp GC: Nên có ít nhất một G hoặc C ở đẩu 3 ’ của primer để giúp cho đầu 3 ’ của primer liên kết mạnh hơn Tuy nhiên nên tránh việc trong 5 base đầu 3 ’ có nhiều hơn 3G hoặc C do có thể gây liên kết quá mạnh khiến primer bắt cặp không đặc hiệu.
Lặp: là hiện tượng lặp lại nhiều lần trong trình tự primer của trình tự đôi (VD:
Số lần lặp tối đa khi ghép cặp primer trong kỹ thuật PCR là 4 lần lặp cho phép đối với cả hai trường hợp cặp bổ sung kép (ATATATAT) hoặc đơn (GGGGGG) do có thể xảy ra bắt cặp không mong muốn ảnh hưởng đến kết quả.
Cấu trúc phụ trong primer: Các cấu trúc thứ cấp là sự kết hợp khác nhau của các primer được hình thành giữa chúng (tự và dị vật) thông qua một cấu trúc giống như vòng lặp được tạo ra bởi cùng một primer một Kẹp tóc: được hình thành do sự tương tác nội phân giữa các nucleotide của cùng một primer; Self-dimer: những dimer này được hình thành bởi các tương tác giữa hai primer giống nhau; Cross-dimer: được tạo ra bởi các tương tác giữa các primer phía trước và đảo ngược
Tầm quan trọng của việc thiết kế primer cho phản ứng PCR
Trong phản ứng PCR, mồi (hay còn gọi là primer) là những đoạn oligonucleotide sợi đơn có khối lượng phân tử thấp, được thiết kế để định vị và nhân bản một đoạn cụ thể của DNA Mồi được thiết kế để có độ dài và chuỗi nucleotide đặc trưng, sao cho nó có khả năng ghép nối với vùng cần nhân bản của DNA Trong quá trình PCR, mồi sẽ được sử dụng để định vị và định hướng phản ứng sao cho DNA polymerase có thể sao chép đoạn DNA cần nhân bản Vì vậy, sự chọn lựa và thiết kế mồi rất quan trọng để đảm bảo hiệu suất và độ chính xác của phản ứng PCR Mồi được tổng hợp bằng phương pháp tổng hợp oligonucleotide hóa học và có thể được đặt hàng từ các nhà cung cấp hóa chất hoặc các công ty công nghệ sinh học.
THIẾT KẾ PRIMER CHUYÊN BIỆT CHO CHI SERRATIA SP
Quy trình thực hiện
Bước 2: Chọn vào Serratia như hình bên dưới để xem các loài trong chi Serratia sp Sau đó chọn vào Browse Taxonomy.
Bước 3: Lấy trình tự Nucleotide 16S rRNA của tất cả các loài thuộc chi Serratia sp., một số loài chưa công bố trình tự bộ gen thì không cần lấy.
Bước 4: Trở về trang chủ NCBI, ở ô All databases, chọn lại thành Nucleotide, search tên từng loài và tiến hành lấy trình tự Nucletide 16S rRNA của từng loài và lưu trong file Text document.
Bước 5: Tiến hành lấy trình tự, lựa chọn những đoạn gen có kích thước từ
Kết quả: trình tự Nucleotide 16S rRNA của tất cả các loài trong chi Serratia sp.
>NR_042356.1 Serratia ureilytica strain NiVa 51 16S ribosomal RNA, partial sequence
GCTGGCGGCAGGCTTACACATGCAAGTCGAGCGGTAGCACAGGGGAGCTTGCTCCCTGGGTGACGAGCGGCGGAC GGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGATGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGT CGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGG TAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCC AGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTG AAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGTGGTGAGCTTAATACGCTCATCAATTGACGT TACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAA TTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTCAAGTCGGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCA TTCGAAACTGGCAGGCTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGATGAAATGCGTAGAGATCTG GAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAG GATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTGGCTTCCGGA GCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCA CAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTAG CAGAGATGCTTTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGT TGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGGTTAGGCCGGGAACCCAAAGGAGACTG CCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCT ACAATGGCGTATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAGAGCAAGCGGACCTCATAAAGTACGTCGTAGTCCGGATTGG AGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGAATGCTACGGTGAATACGTTCCCG GGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGC GACTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTA
>LT600388.1 Serratia symbiotica partial 16S rRNA gene, isolate 14FR GGCTGGCCTGACACATGCAAGTCGAGCGGTAACACAAGAGAAGTTCGCTTTCCGGGTGACAAGCGGCGGACGGGT GAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGTGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCACATAAAGTCGTA AGACCAAAGTGGGGGACCTTTAAGGCCTCATGCCATCAGATGTGCGCAGATGGGATTAGCCAGTAGGTGGGGTAA TGGCTCACCTAAGCAACGATCCCTAGCTGGTCCGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGA CTCCTACGGGAGGCAGCAGTGTGGAATATTGCACAATGTGCGAAAGCCTG
ATGCAGCTATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAAGAAATTAGTGTGTAAATAACACATCGAACTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCTCGCTTAACGAGGGAACTGCATTTGAAACTAGCAAGCTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATATCAGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCATGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACTATGTCGATTTAGAGGTTGTACCCGTGAGGTGTGGCTTCCGAAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAATTTTTCAGAGATGAAAAAGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTCTTTGTTGCCAGCGATAAAGTCGGGAACTCAAAGAAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTATACAAAGAGAAGCAACCTCGCGAGAGCAAGCGGACCTCACAAAGTACGTCGTAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGAA
>KM093865.1 Serratia surfactantfaciens strain YD25 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
GATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGCACAAGAGAGCTTGCTCTCTGGGTGACGA GCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACC GCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAG TAGGTGGGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAG ACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCC GCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGTGGTGAACTTAATACGTTCATC AATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGT TAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTG GGAACTGCATTTGAAACTGGCAAGCTAGAGTCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGT AGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGG AGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTG GCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGG GGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAG AGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTT GTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGGTTCGGCCGGGAACTCAA AGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTAC ACACGTGCTACAATGGCGTATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAGAGCAAGCGGACCTCATAAAGTACGTCGTAGT CCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGAATGCTACGGTGAAT ACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTT CGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACC
>HM585373.1 Serratia rubidaea strain E9 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
GAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGCAGCGGGAGGAAGCTTGCTTCCTCGCCGGCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCCGATGGAGGGGGATAACCACTGGAAACGGTGGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACACCATCGGATGAACCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGGTGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGTGGTGAGCTTAATACGTTCATCAATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGAGCTTAACTTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAGGCTAGAGTCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGACTGACGCTCATGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCGCAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTA
CCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGG CTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCG GTTCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGC CCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTATACAAAGAGAAGCGAACCTGCGAGGGCAAGCGGACCT CATAAAGTACGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGAT CAGAATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGA AGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA CCGT
>NR_179774.1 Serratia rhizosphaerae strain KUDC3025 16S ribosomal RNA, partial sequence
GCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGCAGCGGAAAGTAGCTTGCTACTTTGCC GGCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCCGATGGAGGGGGATAACCACTGGAAACGGTGGCTA ATACCGCATAACGTCTTCGGACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACACCATCGGATGTGCCCAGATGGGATTA GCTAGTAGGTGGGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAA CTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCC ATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGGTAGTGTCTTAATACGG CATTACATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCA AGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGAGCTTA ACTTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAGACTAGAGTCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAA TGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCG TGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGATTTGGAGGCTGTGCCCTTGAG GCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATT GACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACA TCCAGAGAACTTAGCAGAGATGCTTTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTC GTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGGTTCGGCCGGGAA CTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGG GCTACACACGTGCTACAATGGCGTATACAAAGAGAAGCGAACCTGCGAAGGCAAGCGGACCTCATAAAGTACGTC GTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGAATGCTACGG TGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTA ACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAA
>PP330213.1 Serratia quinivorans strain MRC3771 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
ACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGCACAGGAGAGCTTGCTCTCCGGGTGACGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATGACGTCGCAAGACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACGCCATCGGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGAGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGGTAGTGTGTTAATAGCACATTGCATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCG
GAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGAGCTTAACTTGGGAACT GCATTTGAAACTGGCAAGCTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGAT CTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAA CAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTGGCTTCC GGAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCC GCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAATT CGCTAGAGATAGCTTAGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAA TGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCACGTAATGGTGGGAACTCAAAGGAG ACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACG TGCTACAATGGCATATACAAAGAGAAGCGAACTCGCGAGAGCAAGCGGACCTCATAAAGTATGTCGTAGTCCGGA TTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGAATGCTACGGTGAATACGTT CCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGA GGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAG
>EF451956.1 Serratia proteamaculans strain 18A1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
GTCAGAACGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGCACAGGAGAGCTTGCTCTCTGGGTG ACGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAA TACCGCATACGTCTACGGACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCATGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGC TAGTAGGTGGGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACT GAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCAT GCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGCTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGGTTCAGTGTTTATAGCACT GTGCATTGACGTTACTCGCAGAAGAAACACCGTCTAAATCCGTGCCAGCATCCGCGTAAATACTGAGGGTGCAAG CGATTAATCGGAATTACTGGGCGGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGCGCTTT AACGTGGGAATCTGCATTTGAAACTGGCAAGCTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGA AATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAG CGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGCTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTGCCCTTG AGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACCGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGA ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTG ACATCCACAGAATTCGCTAGAGATAGCTTAGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAG CTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCACGTAATGGTG GGAACTCAAAGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAG TAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTATACAAAGAGAAGCGAACTCGCGAGAGCAAGCGGACCTCATAAAGTA CGTCGTAGTCCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGAATGCT ACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAG CTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGG
>AJ233433.1 Serratia plymuthica 16S rRNA gene (strain DSM 4540)GCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGCACAGGAGAGCTTGCTCTCTGGGTGACGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCTACGGACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTA
GCTAGTAGGTGGGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAA CTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCC ATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGGCAGTGTGTTAATAGCA CATTGCATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCA AGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGCGCTTA ACGTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAAGCTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAA TGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCG TGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCTTGAG GCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATT GACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACA TCCAGAGAATTCGCTAGAGATAGCTTAGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTC GTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGATTCGGTCGGGAA CTCAAAGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGG GCTACACACGTGCTACAATGGCGTATACAAAGAGAAGCGAACTCGCGAGAGCAAGCGGACCTCATAAAGTACGTC GTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGAATGCTACGG TGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTA ACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCCTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACC TG
>NR_157762.1 Serratia oryzae strain J11-6 16S ribosomal RNA, partial sequence
CGCCCTTAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGCAGCGGAAAGTAGCTTGCTACTTTGCCGGCGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTGGCTAATACCGCATAGCGTCGCAAGACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACGCCATCGGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGCATCACACTTAATACGTGTGGTGATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGCGCTTAACGTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAAGCTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCATATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCACGGAACTTGCCAGAGATGGCTTGGTGCCTTCGGGAACCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCACTTCGGGTGGGAACTCAAAGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTATACAAAGAGAAGCAAACTCGCGAGAGCCAGCGGACCTCATAAAGTACGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGAATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAAAGGGCGATCCC
>AB681875.1 Serratia odorifera gene for 16S rRNA, partial sequence, strain:
NBRC 102598 ATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGCACAGGAGAGCTTGCTCTCNGGGTGACGAG CGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCCGATGGAGGGGGATAACCACTGGAAACGGTGGCTAATACCG CATAACGTCTACGGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCGGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGT AGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGA CACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCG CGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGCCAATAGCTTAATACGNTGTTGG ATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTT AATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGCGCTTAACGTGG GAACTGCATTTGAAACTGGCAAGCTAGAGTCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTA GAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGA GCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTGG CTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGG GGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGA GAACTTTCCAGAGATGGAAGGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGGTTCGGCCGGGAACTCAAA GGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACA CACGTGCTACAATGGCGTATACAAAGAGAAGCGAACTTGCGAGAGTAAGCGGACCTCATAAAGTACGTCGTAGTC CGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGAATGCTACGGTGAATA CGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTC GGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAG
>PP211972.1 Serratia nevei strain W234 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
ATGCAGTCGAGCGGTAGCACAGGGGAGCTTGCTCCCCTGGGTGACGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGTGGTGAACTTAATACGTTCATCAATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAAGCTAGAGTCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTAGCAGAGATGCTTTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGGTTCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGA
>EU914257.1 Serratia nematodiphila strain DZ0503SBSH1-2 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
TAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGCACAGGGGA GCTTGCTCCCCGGGTGACGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTAC TGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCAGATGT GCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGA CCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGC AAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGTG GTGAGCTTAATACGCTCATCAATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGT AATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTG AAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAAGCTAGAGTCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCA GGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGACTGACGC TCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGA GGTTGTGCCCTTGAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTA AAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCT TACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCAT GGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAG CGGTTCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATG GCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAGAGCAAGCGGAC CTCATAAAGTACGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAG ATCAGAATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAA GAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGT
>MF716556.1 Serratia myotis strain Noth_9 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
ATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGCACAGGAGAGCTTGCTCTCTGGGTGACGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCTTCGGACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGGTAGTGTGTTAATAGCACATTGCATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCTCCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGCGCTTAACGTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAAGCTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCYTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTGCC
CTTGAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAA TGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTC TTGACATCCACAGAATTCGGCAGAGATGCCTTAGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGT CAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCACGTAATG GTGGGAACTCAAAGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTAC GAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTATACAAAGAGAAGCGAACTCGCGAGAGCCAGCGGACCTCATAAA GTACGTCGTAGTCCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGAAT GCTACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGG TAGCTTAACCTTCGGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTG
>PP002157.1 Serratia montpellierensis strain PsyLou2A 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
TAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGCAC AGGAGAGCTTGCTCTCTGGGTGACGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGAT AACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATC AGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGA GGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAAT GGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGG AAGGTGGTGAACTTAATACGTTCATCAATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGC CGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCA GATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAAGCTAGAGTCTCGTAGAGGGGGGTAGA ATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGAC TGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGA TTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCA AGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAA GAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTG CTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGT TGCCAGCGGTTCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC ATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCATATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAGAGCAA GCGGACCTCATAAAGTATGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAA TCGTAGATCAGAATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTT GCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAA CAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTA
>NR_164974.1 Serratia microhaemolytica strain ZS-11 16S ribosomal RNA, partial sequence
GAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAATCGAGCGGTAGCACAGGGGAGCTTGCTCCCTGGGTGACGAGCGGCGGACGGGTGAGTAAAGTCTGGGGATCTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCATGCCATTGGATGAACCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGAGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAA
GCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGGTGT TTGTTTAATAGACGAGCACATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAA TACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTGAAGTCAGATGTGAA ATCCCCGCGCTTAACGTGGGAACGGCATTTGAAACTGGCAAGCTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGG TGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGAGACTGACGCTC AGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGG TTGTTCCCTTGAGGAGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAA ACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTA CCTACTCTTGACATCCACAGAAGGCTTTAGAGATAGAGCTGTGCCTTTGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGG CTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAACG ATTTGGTCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGC CCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAAAGAGAAGCGAGCCTGCGAGGGGAAGCGGATCT CATAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGAT CAGAATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGA AGTAGGTAGCTTAACCGAGAGGGGGGCGCTTACCACTTTGTGGTCCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA CC
>OP168075.1 Serratia marcescens strain MG02 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
CTCTCAGATTAAAACGCTGGGGGGCAGCGCTTAAACACACACATGTAGAGCGATAGCACAGGAGAGCTTGCTTNC TTCGGTGACGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCATGGGAATCTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACG GTAGCTAATACCGCATAACGTCTCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCGCTATCAGATGAGCCCAGAT GGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCAC ACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGA TGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCACTTTCATCGGGGAGGAAGGTGGTGATATT AATACCTTCATCAATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCCCCGGCTAAATCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGA GGGTGCAAGCGTTAATTGGAATTACTGGGGGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTTTTAAGTCAGATGTGAAATCCCC GGGCTCAACCTGGGAAATGCATTTGAAACTGGCAAGGTAGAGTTTTGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGC GGTGAAATGCGTAGAGATTCGGAGGAATCCCCATGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGAATGACGGTCAGGTGC GAAAGCGTGGGGAGCAAACCGGATTAGATACCCTGGTAGTTCCCCCGNCTGTAAACGATTCGATTGGGAGGTTGG TGCCCTTGGAGGTCGTGGCTTCACGGAGCTAAACGCGTTAAATTCGACCGCCCGGGAGAGTACGGCCGCAAGGTT AAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAACCGGGGGAGCAGGTGGTTTAATTCAATGCACCGCGAAAAACC TTACCTACTCTTGACATCCCGAAAATTTTCCAAAAATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAAACAGGTGCTGCA TGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAATTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCA GCGGTTCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCAT GGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCCTATACAAAGAGAAGCCACCTCGCGAGAGCAAGCGGA CCCCATAAAGTCTGTCCTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTA GATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGATTGCAAA AGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGAGTGAAATCATAACAAGG TAACCGTTTGG
>NR_122057.1 Serratia liquefaciens strain ATCC 27592 16S ribosomal RNA, partial sequence
TTAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGCA CAGGAGAGCTTGCTCTCTGGGTGACGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGA TAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCTACGGACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCATGCCAT CAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAG AGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAA TGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAG GAAGGGTTCAGTGTTAATAGCACTGTGCATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAG CCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTC AGATGTGAAATCCCCGCGCTTAACGTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAAGCTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAG AATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGA CTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCG ACTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGC AAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGA AGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAATTCGCTAGAGATAGCTTAGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGT GCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTG TTGCCAGCACATAATGGTGGGAACTCAAAGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAG TCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTATACAAAGAGAAGCGAACTCGCGAGAGC AAGCGGACCTCATAAAGTACGTCGTAGTCCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGTCGGAATCGCTAGT AATCGTAGATCAGAATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGG TTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGT AACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTA
>NR_180863.1 Serratia inhibens strain S40 16S ribosomal RNA, partial sequence
TTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGCACAGGAGAGCTTGCTCTCCGGGTGACGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCTACGGACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGGCAGTGTGTTAATAGCACATTGCATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGCGCTTAACGTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAAGCTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAATTCGCTAGAGATAGCTTAGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGC
ATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTATACAAAGAGAAGCGAACTCGCGAGAGCAAGCG GACCTCATAAAGTACGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCG TAGATCAGAATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCA AAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAA GGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTT
>FM209486.1 Serratia grimesii partial 16S rRNA gene, strain RM17 CGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAKCTAATACCGCATAAYG TCTACGGACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCRTGCCATCAKATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGG GTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAKCTGGTCTGAGAGGATGACCASCCACATCTGGAGMCTGACACACGG TCCACACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAGTGGGCGCAAGCCTGATGCACCCATGCCGCGTGT GTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTTGTCAACGSGAGGAAGGAGAGAGGTTACAAGTGTTAATAGCAC TGTGCATTGACGKTACTCGCAGAAGAGAGCACCGGCTAAYTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATRCGRAGGGTVAA GCDTAMTCGATACTGGGCGTAAAGCGCACGCASGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGCGCTTAACGTG GGAACTGCATTTGAAACTGGCAAGCTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGT AGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGG AGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTG GCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGG GGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCAG AGAATTCGCTAGAGATAGCTTAGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTT GTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCACGTAATGGTGGGAACTCA AAGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTA CACACGTGCTACAATGGCGTATACAAAGAGAAGCGAACTCGCGAGAGCAAGCGGACCTCATAAAGTACGTCGTAG TCCGGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGAATGCTACGGTGA ATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACC TCGGGAGGGCGCTACGMACTTKGATCTGACTGGGTTCTACCTACAGAGGAGGGTACCGAAGGGAGTGTTCTTCCT CTCTATTCGCTAGTGCCCATGTGCTAATGACTACCAGAGGTTAGTCTCCCCTCTGAGTCTGTGATAGCATGCGAC
>AB681874.1 Serratia fonticola gene for 16S rRNA, partial sequence, strain:
NBRC 102597ATTGAACNCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGCACAAGGAGCTTGCTCCTGGGTGACGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCCGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCTTCGGACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACACCATCGGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGAGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGGTTCNGTGTTAATAGCACNGTTCATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGAGCTTAACTTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAAGCTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTGGCT
TCCGGAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGG CCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCACAGA ACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTG AAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCNCGTAATGGNGGGAACTCAAAG GAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACAC ACGTGCTACAATGGCATATACAAAGAGAAGCGAACTCGCGAGAGCAAGCGGACCTCATAAAGTATGTCGTAGTCC GGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGAATGCTACGGTGAATAC GTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCG GGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAG
>AJ233428.1 Serratia ficaria 16S rRNA gene (strain DSM 4569) AGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGCACAGGAGAGCTTGCTCTCTGGGTGACG AGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATAC CGCATAACGTCTACGGACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTA GTAGGTGGGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGA GACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGC CGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGGCGATGTCTTAATACGGCATC GCATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGCGCTTAACGT GGGAACTGCATTTGAAACTGGCAAGCTAGAGTCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCG TAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGG GAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGT GGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACG GGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCA GAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGT TGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGATTCGGTCGGGAACTCA AAGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTA CACACGTGCTACAATGGCGTATACAAAGAGAAGCGAACTCGCGAGAGCAAGCGGACCTCATAAAGTACGTCGTAG TCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGAATGCTACGGTGAA TACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCT TCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAAC
>AJ233427.1 Serratia entomophila 16S rRNA gene (strain DSM 12358)CCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGCACGGGGGAGCTTGCTCCCTGGGTGACGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCTTCGGACCAAAGTGGGGGACCTTCGGGCCTCACGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGGTAATGTCTTAATACGGCATTCGATTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGCG
CTTAACGTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAAGCTAGAGTCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGT GAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGACTGACGCTCAGGTGCGAA AGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCT TGAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATG AATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTT GACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCA GCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGATTCGGTCG GGAACTCAAAGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAG TAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTATACAAAGAGAAGCGAGCTCGCGAGAGTAAGCGGACCTCATAAAGTA CGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGAATGCT ACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAG CTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGG AACCTGCGGCTGGATC
Bước 6: Sau khi tìm xong tất cả các trình tự, truy cập vào phần mềm MEGA11.
Chọn Align, chọn Edit/Build Alignment Xuất hiện hộp thoại Alignment Editor, chọnCreate a new alignment (ở Select an Option), chọn building DNA.
Bước 7: Đưa trình tự vừa tìm được vào Chọn Edit, chọn vào Insert sequence from file, đưa file đã lưu dưới dạng Text document vào Xóa hàng thừa cuối cùng.
Bước 8: Chọn vào Alignment, chọn Align by ClustaIW, bấm OK Xuất hiện hộp thoại, chọn lại ô từ IUB thành ClustaIW (1.6).Chọn OK
Bước 9: Tiến hành quan sát lựa chọn các Nu có nhiều dấu * nhất, chiều dài khoảng hơn 200 Nu, truy cập Primer NCBI để kiểm tra primer.
Kết quả: lựa chọn đoạn gen từ 590 - 1031
TGCCCTTGAGG CGTGGCTTC-CGGAGCTAA-CGCGTTAAGT-CGACCGCCTGGG- GAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGG AGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCC
Bước 10: Truy cập Primer3 Input (https://primer3.ut.ee/), dán trình tự gen vừa tìm được vào Bấm Pick primer.
Bước 11: Kết quả tìm được cặp primer, phải chuyển sang các bước kiểm tra khác để bảo đảm tính đặc hiệu của cặp primer vừa tìm được
Kết quả
Primer F: GGTAGAATTCCAGGTGTAGCG với Tm = 58.18; %GC = 52.38Primer R: TGAGTTTTAACCTTGCGGCC với Tm = 59.04; %GC = 50.00.
Kiểm tra
Tiến hành các bước kiểm tra trên In silico PCR Amplification, Primer BLAST, để kiểm tra sự bắt cặp khuếch đại với các loài trong chi cũng như sự bắt cặp chéo với các loài khác
Bước 1: Truy cập In silico PCR Amplification (http://insilico.ehu.es/PCR/).
Chọn chi cần tìm, bấm Next step.
Bước 2: Dán trình tự cặp primer vừa tìm được theo đúng thứ tự Primer F và
Primer R Ở ô Migroorganism chọn “APPY TO ALL Serratia” Sau đó bấm Amplifi.
Bước 3: Sau 15s sẽ cho ra kết quả các loài trong chi Serratia sp bắt cặp được với cặp primer và đoạn kích thước được khuếch đại (bands phải trên 200bp).
Bước 4: Tiến hành kiểm tra trên primer BLAST để kiểm tra sự bắt cặp chéo với các loài khác Copy đoạn primer và dán vào theo trình tự Primer F và Primer R Ở ôDatabase chọn “nr” và ô Organism chọn “Serratia” Sau cùng bấm Get primer.
Bước 5: Tiến hành kiểm tra xem có bắt cặp với các loài trong chi Serrati asp. không.
Bước 6: Tiến hành kiểm tra sự bắt cặp chéo với các loài khác Ở mục Organism chọn Bacterium.
Kết quả cho thấy có sư xuất hiện các loài khác khi tiến hành kiểm tra chéo.
Kết luận
Đối với cặp primer vừa tìm được: Tm, %GC đều thỏa các nguyên tắc khi thiết kế primer, không có sự xuất hiện kẹp tóc, dimer Nhưng cần kiểm tra thêm để khẳng định tính đặc hiệu cho chi.
Sau khi kiểm tra trên In silico PCR Amplification, nhận thấy cặp primer bắt cặp được với 11 loài và đều cho Bands lớn hơn 200bp (bands = 244bp), thỏa điều kiện đặt ra.
Tiếp đến sau khi kiểm tra trên Primer BLAST để khẳng định rằng không có loài nào khác bắt cặp được với primer, nhận thấy có sự xuất hiện của các loài khác ngoài chi Serratia sp.
