Nhóm 7 chiều thứ 7

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TPHCM KHOA KHOA HỌC SINH HỌCỨNG DỤNG KỸ THUẬT REALTIME PCR TRONG PHÁT HIỆN VÀ ĐỊNH LƯỢNG ASFVNhóm thực hiện: Nguyễn Hồ Minh Thư... Mục tiêu: phát hiện và định lượ

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TPHCM

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

ỨNG DỤNG KỸ THUẬT REALTIME PCR TRONG PHÁT HIỆN VÀ ĐỊNH LƯỢNG ASFV

Nhóm thực hiện: Nguyễn Hồ Minh Thư

Đặng Thị Hằng Nguyễn Anh Thư

TP Thủ Đức, tháng 10 năm 2023

Báo cáo tiểu luận

Môn học: Thiết bị và KT

CNSH

Giảng viên: TS Huỳnh Văn

Biết

Trương Quang

Toản

Nội

dung

1 Đặt vấn đề

2 Tổng quan

3 Vật liệu và phương pháp

Mục tiêu: phát hiện và định lượng ASFV bằng qPCR.

Hiện trạng chăn nuôi

lợn

• Có vai trò quan trọng và

nhiều lợi ích.

• Dịch bệnh với tỉ lệ chết cao,

lây lan nhanh và gây nhiều thiệt hại.

Dịch tả lợn Châu Phi

1 Đặt vấn

đề

3

Sơ đồ thành phần và cấu trúc của ASFV.

2 Tổng

quan

• Sức đề kháng cao

• Thuộc họ Flaviviridiae.

• Tồn tại ở khoảng 37 o C

• Nguyên nhân bùng

phát dịch: do vấn đề vệ sinh không đảm bảo.

African Swine Fever

Virus

4

Một số triệu chứng lâm sàng của ASFV

a) Lợn hôn mê có biểu hiện tím tái ở tai, bụng; b) Các chấm

xuất huyết ở thận; c) Xuất huyết hạch bạch huyết ở gan.

5

3 Vật liệu và phương pháp

Mẫu máu toàn phần, huyết thanh dịch mũi-họng, cDNA dương tính ASFV.

Thiết kế primer bắt đặc hiệu vào trình tự

mã hóa cho protein nhận diện đặc thù của

ASFV.

6

Chuẩn bị mẫu

Tách chiết DNA

Realtime PCR

Đọc kết quả

Phương

pháp

7

Mẫu máu

Huyết thanh

Ly tâm

Tách chiết

DNA

Chuẩn bị

mẫu

8

Sự kết hợp giữa kỹ thuật PCR truyền

thống và kỹ thuật phát hiện tín hiệu huỳnh

quang.

Kỹ thuật realtime PCR

So với PCR truyền thống :

• Chất phát huỳnh quang

• Máy đọc tín hiệu

• Không cần điện di

• Định lượng

9

• DNA mẫu

• Primer F, R

• Chất huỳnh quang

• dNTP

• DNA polymerase

• Nước free ion

• Mg2+

qPCR sử dụng đoạn dò

(probe)

qPCR sử dụng chất phát huỳnh quang bám vào sợi đôi DNA

Kết quả của realtime PCR

(A) Biểu đồ khuếch đại tín hiệu huỳnh quang (B) Biểu đồ đỉnh chảy Melting

Curve.

4 Kết quả dự

kiến

12

Tài liệu tham

khảo

1 Nguyễn Thị Thu Phượng (2022) Bệnh Dịch tả heo Châu Phi (African Swine Fever) Tiểu luận Công nghệ sinh học, Trường đại học Nông Lâm TP Hồ Chí Minh

2 Andrés., Germán., Tsai., Billy (2017) African Swine Fever Virus Gets Undressed: New Insights on the Entry Pathway JournalofVirology, 91(4), e01906-16- doi:10.1128/JVI.01906-16

3 Kubista, M., Andrade, J M., Bengtsson, M., Forootan, A., Jonák, J., Lind, K., Sindelka, R., Sjöback, R., Sjögreen, B., Strömbom, L., Ståhlberg, A., and Zoric, N (2006) The real-time polymerase chain reaction Molecular aspects of medicine, 27 (2-3), 95-125 https://doi.org/10.1016/j.mam.2005.12.007

4.Neilan J.G., Zsak L., Lu Z., Burrage T.G., Kutish G.F., and Rock D.L (2004) Neutralizing antibodies to African swine fever virus proteins p30, p54, and p72 are not sufficient for antibody-mediated protection Virology 319:337-42 DOI: 10.1016/j.virol.2003.11.011

5.Njau, E P., Machuka, E M., Cleaveland, S., Shirima, G M., Kusiluka, L J., Okoth, E A., and Pelle, R (2021) African Swine Fever Virus (ASFV): Biology, Genomics and Genotypes Circulating in Sub-Saharan Africa Viruses, 13(11), 2285 https://doi.org/10.3390/v13112285

6.Qi C., Zhang Y., Wang Z., Li J., Hu Y., Li L., Ge S., Wang Q., Wang Y., Wu X., and Wang Z (2023) Development and application of a TaqMan-based real-time PCR method for the detection of the ASFV MGF505-7R gene Front Vet Sci 10:1093733 doi: 10.3389/fvets.2023.1093733

7.Ramírez-Medina E., Vuono E.A., Velazquez-Salinas L., Silva E., Rai A., Pruitt S., Berggren K.A., Zhu J., Borca M.V., and Gladue D.P (2020) The MGF360-16R ORF of African Swine Fever Virus Strain Georgia Encodes for a Nonessential Gene That Interacts with Host Proteins SERTAD3 and SDCBP Viruses 12 DOI: 10.3390/v12010060

8.Wong, W., Farr, R., Joglekar, M., Januszewski, A., and Hardikar, A (2015) Probe-based Real-time PCR Approaches for Quantitative Measurement of microRNAs Journal of visualized experiments: JoVE, (98), 52586 https://doi.org/10.3791/52586

Thank you