cho 3, CO2 và Trang 43 BÀI 2: 332.7: khí Bacillus Staphylococcus Streptomyces Pseudomonas ClostridiumBacterioides, Butyrivibrio, Fusobacterium, Slelnomonas Peptococcus, Campylobacter
Trang 22016
tailieuhoctap@hutech.edu.vn
-*2.2016.BIO116*
Trang 3I VI
NG 1
1.1 VI SINH VÀ VI SINH 1
1
1
1.2 LÕI TRONG VI SINH 4
4
1 13
13
15
TÓM 16
CÂU H I ÔN T P 16
HIÊN 17
2.1 SINH THÁI VI SINH 17
2 17
18
2.2 CÁC VÒNG HOÀN DINH HAY HÓA 19
20
20
2.3 CHU TRÌNH CARBON 20
20
cho VSV 22
34
34
2.3.5 .38
38
2.4 CHU TRÌNH 39
2.4.1 Quá trình amôn hóa (ammonification) 39
2.4.2 Quá trình nitrate hóa (nitrification) 39
41
DNRA) 42
43
44
eduction) 45
46
2.5 CHU TRÌNH PHOSPHOR 47
47
Trang 448
49
49
49
2.6 CHU TRÌNH SINH HÓA CHU TRÌNH 50
51
52
53
54
1.2 CHU TRÌNH 55
55
56
57
2.7 2.8 CHU TRÌNH NGÂN 58
59
2 59
59
TÓM 60
CÂU ÔN 62
64
3.1 CÁC PHÁP NGHIÊN VI SINH MÔI 64
64
65
65
69
3.2 VI SINH TRONG MÔI NHIÊN TRÊN TRÁI 70
71
74
3.3 VI SINH TRONG LÝ Ô 76
76
77
79
TÓM 80
CÂU ÔN 81
82
4.1 VI SINH TRONG 82
82
86
86
86
86
Trang 54.2 VI SINH TRONG 87
87
87
88
88
4.2.5 Không khí 88
89
89
89
89
90
90
90
4.3 C GÂY DO VI SINH 90
90
91
4.4 VI SINH GÂY QUA 96
96
97
4.5 VI SINH VÀ SINH AN TOÀN 102
102
103
TÓM 105
CÂU ÔN 106
BÀI 5: CÁC Y SINH 107
5.1 THÂN 108
108
5.1 108
111
h 115
118
5.2 VÀO MÔI XÚC 120
120
121
5.3 VÀO VI SINH VÀO 121
5.4 VÀO QUÁ TRÌNH VÀ 121
122
-5 o C 127
127
129
133
Trang 6134
(modified atmosphere packaging) 139 140
140
TÓM 141
CÂU ÔN 142
BÀI 6: VI SI 144
6.1 KHÁI PHÂN LÊN MEN 144
144
144
146
lên men 147
6.2 VI SINH LÊN MEN 148
148
148
150
150
6.3 LÊN MEN LACTIC 151
151
151
161
168
173
6.4 CÁC LÊN MEN 176
176
6.4.2 Bánh mì 178
6.4.3 Bia 179
182
6.5 CÁC PHÂN ENZYME VI SINH 185
185
187
TÓM 189
CÂU ÔN 190
BÀI 7: 191
7.1 TÁC VI SINH VÀ CON 191
193
194
7.2 QUÁ TRÌNH VI SINH VÀO VÀ GÂY 195
195
196
7.3 TRÚ VÀ QUÁ TRÌNH 209
Trang 7209
211
7.4 PHÁP XÁC TÁC NHÂN TRÙNG POSTULATES) 212 TÓM 214
CÂU ÔN 215
RÙNG 216
8.1 NGUYÊN CÁC KHÁNG VSV 216
216
217
8.2 KHÁNG SINH 217
217
218
8.3 KHÁNG VSV 218
8.4 KHÁNG VSV 220
220
233
8.4.3 Kháng sinh kháng kí sinh trùng (antiparasitic agents) 235
236
8.5 KHÁNG KHÁNG SINH 238
238
239
8.6 PHÁP XÁC KHÁNG SINH TRONG 240
-Bauer 241
8.7 TÌM KHÁNG SINH 243
TÓM 245
CÂU ÔN 246
TÀI THAM 247
Trang 9-
-
Trang 15BÀI 1: G 5
Synechococcus, Pleurocapsa, Oscillatoria, Anabaena, Nostoc, Stigonema
Rickettsia, Caulobacter, Rhizobium,
Brucella, Nitrobacter, Methylobacterium,
Beijerinckia, Hyphomicrobium
-proteobacteria Neisseria, Burkholderia,
Alcaligenes, Comamonas, Nitrosomonas,
Methylophilus, Thiobacillus
-proteobacteria Chromatium, Leucothrix,
Legionella, Pseudomonas, Azotobacter, Vibrio, Escherichia, Klebsiella, Proteus, Salmonella, Shigella, Yersinia, Haemophilus
-proteobacteria Desulfovibrio,
Bdellovibrio, Myxococcus, Polyangium
-proteobacteria Campylobacter,
Helicobacter
Peptostreptococcus, Eubacterium,
Desulfotomaculum, Heliobacterium, Veillonella
Ureaplasma, Spiroplasma, Acholeplasma
Trang 16Bacilli Bacillus, Caryophanon,
Paenibacillus, Thermoactinomyces, Lactobacillus,
Streptococcus, Enterococcus, Listeria, Leuconostoc,
Staphylococcus
Micrococcus, Arthrobacter, Corynebacterium, Mycobacterium, Nocardia, Actinoplanes, Propionibacterium,
Streptomyces, Thermomonospora, Frankia, Actinomadura, Bifidobacterium
Flavobacterium, Sphingobacterium, Flexibacter, Cytophaga
Trang 17Agaricus Boletes Dacrymyces Lycoperdon Polyporus
Melampsora Uromyces
Tilletia Ustilago
Entrophospora Glomus
Encephalitozoon Enterocytozoon Nosema
Trang 19Paracemium Stentor Plasmodium Tomoplasma
Phytophthora, Pythium
Trang 20a) b) Diatom
Hình 1.3
Trang 21Sao chép: dsRNA ssRNA dsRNA
Sao chép: gapped dsDNA dsDNA +RNA -DNA gapped dsDNA
dsDNA mRNA
Trang 22Hình 1.4:
Trang 24Hình 1.6:
1.2.3.2 Phân lo i vi sinh v i ch t
1.5:
2 S khí, H2O
Lên men
Trang 25UV 325-400 nm Tia ion hóa
Tryptophan
Trang 26ác
CÂU H I ÔN T P
Câu 1: ì t ng nghiên c u c a vi sinh v t h c là gì?
Câu 2: Cho bi t m c tiêu c a môn h c vi sinh ng d ng là gì?
Câu 3: Xác nh ph m vi nghiên c u c a môn vi sinh ng d ng HUTECH
Trang 282.1.2 S ng c ng s ng vi sinh v t
- sinh loài
Trang 302.2.1 ng cung c p cho h sinh thái
2.2.2 nh n a hóa (biogeochemical cycles)
Trang 33Nucleic acid Base purine, pyrimidine,
và phosphate
Phosphodiester N-glycoside
2.3.2.2 Th y phân carbohydrate
Trang 36Hình 2.6:
(Rubin, E Nature 454, 841 845, 2008)
actose, glucose, mannose, xylose) -coumaryl alcohol (H), coniferyl alcohol (G) và sinapyl alcohol (S)
Trang 37thành xylose Ngoài ra,
(Hình 2.7)
Trang 39BÀI 2: 29
Hình 2.8:
Trichoderma spp., Aspergillus spp., Penicillium chrysogenum, Fusarium oxysporus, Fusarium solani, Thermoascus aurantiacus
Trang 40các enzyme endochitinase, exochitinase A, B, chitodextrinase và N-acetyl
Trang 41
-BÀI 2: 31
Hình 2.9:
Critical Reviews in Biotechnology, 2010; 30(3): 231 241)
Serratia marcescens, Bacillus spp., Pseudomonas
Trichoderma harzianum, Aspergillus nidulans,
Trang 42-2.3.2.3 Th y phân protein
Research Volume 2011, doi:10.4061/2011/805187 Chandrakant S Karigar
and Shwetha S Rao)
cho
3, CO2 và
2
Trang 43BÀI 2: 33
2.7:
khí
Bacillus Staphylococcus Streptomyces Pseudomonas
Clostridium Bacterioides, Butyrivibrio, Fusobacterium, Slelnomonas Peptococcus, Campylobacter Streptococcus Aspergillus, Penicillium
Pseudomonas
Anaerovibrio lipotyca Syntrophomonas wolfei Clostridium
Micrococcus
Aspergillus, Penicillium Rhizopus, Mucor
Candida, Geotrichum
Câu 1: ng nghiên c u c a vi sinh v t h c là gì?
Câu 2: Cho bi t m c tiêu c a môn h c vi sinh ng d ng là gì?
Câu 3: nh ph m vi nghiên c u c a môn vi sinh ng d ng HUTECH
Trang 48này cò Syntrophobacter và Syntrophomonas
2.3.5 S n ph m cu i cùng c a chu trình carbon và quan h
Trang 50Nitrosospira briensis, Nitrosolobus multiformis
bày trên hình 2.16
Hình 2.167:
NO2
-Hình 2.17:
Trang 51BÀI 2: 41
Nitrobacter winogradskyi, Nitrococcus mobilis
2.4.3 Quá trình ph n nitrate (denitrification)
reductase (Nos)
(hình 2.18)
Trang 52a)
b)
Hình 2.188:
faecalis, Thiosphaera panthotropha
2.4.4 Quá trình kh nitrate d hóa amôn hóa (dissimilatory
nitrate reduction ammonification- DNRA)
Geobacter metallireducens, Desulfovibrio spp và Clostridium spp
Trang 53Hình 2.19:
enz
Trang 57Ca10(PO4)6(OH,F,Cl,Br)2
2+, Al3+, Fe3+) trong môi trkhó tan (Hình 2.24)
Trang 58a)
(Ca10(PO4)6(OH)2 (pH = 8-9)AlPO4.2H2O (pH = 4-6)
Fe3(PO4)2.8H2O (pH <3) b)
Trang 592-BÀI 2: 49
Bacillus, Pseudomonas, Enterobacter, Azotobacter, Rhizobium, Penicillium, Aspergillus
2.5.3 Vi sinh v t hòa tan phosphate h
-2.5.4 Vi sinh v t d tr phosphor
enzyme phosphokinase có Mg2+
Acinetobacter, Pseudomonas và Nocardia
Trang 61BÀI 2: 51
Hình 2.26: Chu trình
SH DSM = dimethyl sulfide CH3-S-CH3
DMSO = dimethylsulfoxide
SH (sulhydryl) thành SO2
-2O32- (thiosulfate) thành SO2
-2
Trang 642S
2 (pyrite)
2
Desulfovibrio sulfodismutans
Trang 672) Trong quá trình khai
ferrooxidans và L ferrooxidans oxy hóa Fe2+ thành Fe3+
3+
Trang 682.7.1 Methyl hóa th y phân
Hình 2.34:
Trang 69Hình 2.34:
Trang 71BÀI 2: 61
2 SO 4 2
0 và Hg 2+
2+ 2+ 0 là
Trang 79BÀI 3:
69
Hình 3.3:
a) b) loãng trong
Trang 803.1.4.2 n di gel gradient bi n di trên gel v i
d i n các ch t bi n tính (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis - DGGE)
Trang 82Hình 3.4:
3.2.1.2 c ng t sông su i
Trang 83BÀI 3:
73
Hình 3.5:
Trang 93-
Pseudomonas, Xanthomonas Acetobacter, Gluconobacter Acinetobacter, Morexella Alteromonas, Flavobacterium, Alcaligenes, Brucella, Psychrobacter
tùy nghi, hình
que
Enterobacteriaceae Citrobacter, Escherichia, Enterobacter,
Edwardsiella, Erwinia, Hafnia, Klebsiella, Morganella, Proteus, Salmonella, Shigella, Serratia, Yersinia
Vibrionaceae Vibrio, Aeromonas, Plesiomonas
Trang 946
(lipolytic bacteria) triglyceride
Micrococcus, Staphylococcus, Pseudomonas, Alteromonas, Flavobacterium
8
(thermophilic) >= 50oC
Bacillus, Clostridium, Pediococcus, Streptococcus, Lactobacillus
Trang 95BÀI 4: 85
Carnobacterium, Brochothrix, Listeria, Yersinia, Aeromonas
10
(thermoduric)
Micrococcus, Enterococcus, Lactobacillus, Pediococcus, bào Bacillus, Clostridium
11
(halotolerant)
Bacillus, Micrococcus, Staphylococclus, Pediococcus, Vibrio, Corynebacterium
12
(aciduric bacteria)
Lactobacillus, Pediococclls, Lactococcus, Enterococcus, Streptococcus
13
cao (osmophilic
bacteria)
Staphylococcus, Leuconostoc, Lactobacillus
15
producer)
bào
Xanthomonas, Leuconostoc, Alcaligenes, Enterobacler, Lactococcus, Lactobacillus
19
(enteric bacteria)
chuyên chi này
Salmonella, Shigella Campylobacter, Yersinia, Escherichia, Vibrio
Trang 96Geotrichum Trichothecium Byssochlamys Monilia
Wallemia Xeromyces
Trichosporon Debaryomyces
Rhodotorula Zygosaccharomyces Hanseniaspora Saccharomyces
4.1.4 Các nguyên sinh trong th c ph m
Trang 98Micrococcus, Erwinia, Bacillus, Clostridium, Enterobacter
Salmonella, Escherichia coli, Campylobacter, Shigella, Cyclospora, Giardia
rau và trái cây
4.2.3 Gia súc, gia c m, bò s a
i sinh bình
10
Salmonella serovars Dòng Escherichia coli Campylobacter jejuni, Yersinia enterocolitica, và Listeria
Trang 1004.2.10 Nguyên li u th c ph m
G
4.2.11 Thi t b d ng c ch bi n
Micrococcus, Pseudomonas, Lactobacillus, Leuconostoc, Clostridium, Bacillus spp., và
Trang 103Strep agalactiae, Strep dysgalactiae, Strep uberis,
Pseudomonas aeruginosa, Corynebacterium pyogenes
Trang 104sinh H2S (Pseudomonas, Acinetobacter); vi
(Clostridium, Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes,
4.3.2.4 VSV trong th y h i s n
-6,5)
Vibrio cholerae, V parahaemolyticus, V vulnificus, Clostridium botulinum Type E,
Shewanella putrefaciens and
sinh ra (Hình 4.4)
Trang 105Corynebacterium sepedonicum Khoai tây
Rastolnia solanacearum Khoai tây
Pectobacterium carotovorum Khoai tây
Streptomyces scabies Khoai tây
Trang 106Hình 4.5:
4.4.1
-
G Staphylococcus, Bacillus cereus, B anthracis, Clostridium botulinum,
C perfringens, Listeria monocytogenes, Mycobacterium paratuberculosis
Trang 109BÀI 4: 99
4.4.2.3 c t n m l n
4.7:
Orellanin Cortinarius orellanus
Muscarine Inocybe patouillardii
Trang 111BÀI 4: 101
ipomenol
Fusarium solani
4.4.2.5 Virus truy n qua th c ph m
Hepatitis A và E (viêm gan siêu vi A và E)
Trang 114Escherichia coli và coliform
E coli là V
E coli làm
Citrobacter, Enterobacter, Escherichia và Klebsiella
E coli
(Indol test, Methyl red test, Voges-Proskauer test và Citrate test)
Trang 115BÀI 4: 105
Trang 1224,0
-6,0 (hình 5.3)
Hình 5.3
Trang 129BÀI 5: 119
Hình 5.7:
Hình 5.8:
Trang 130theophylline, theobromine trong trà, cà phê, cacao
Trang 1324 Bao bì chân không,
MAP không oxy
5
quá trình lên men: acid lactic, acid acetic, bacteriocin
Trang 1342-t1)/(logN1-logN2), N1 và N2
1 và t2
(n-n) = 1, (n+3)D, N là 10(n-n-3) = 10-3,
Trang 135oC)
7-12 4-8
25-45 17-47 17-57
-
Trang 136Clostridium botulinum; D121,1 C.botulinum là 0,3 thì Fo = 4,2 phút
Theo Aiba et al., 1965; Aiba & Toda, 1967, ta có:
a
F
m (Journal of Food Engineering 4 (1985) 89-116, Optimisation of Thermal Processing - A Review S.D Holdsworth)
Trang 146p-hydroxybenzoate
natri
Parabens
(para-enzyme VSV
Sorbic acid là acid béo không no -
2,4-Clostridium
và Lactobacillus
C botulinum
5.4.6.2 Nitrite (natri hay kali)
Escherichia, Flavobacterium, Micrococcus, Pseudomonas Salmonella và Lactobacillus
Clostridium botulinum
2
Trang 151BÀI 5: 141
Trang 1546.1.1 Khái ni m th c ph m lên men truy n th ng
6.1.2 Phân lo i th c ph m lên men truy n th ng
Trang 1557
trái cây (nho)
Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae
Trang 156enzyme malt hay
Actinomucor protease, lipase
Asp niger, Asp awamori Saccharomyces cerevisiae
lên men
6.1.3 Tính ch t th c ph m lên men
-
-
Trang 1586.2 V I SINH V T KH NG LÊN MEN TH C PH M
Trang 159(theo Hansen E B Commercial bacterial starter cultures for fermented foods of the
future International Journal of Food Microbiology 78 (2002) 119 131)
Trang 1616.3 S N PH M LÊN MEN LACTIC
6.3.1 m chung c a lên men lactic b o qu n ch bi n
6.3.2 Vi khu n lên men lactic (LAB)
6.3.2.1 m chung c a vi khu n lên men lactic
Trang 162Lên men lactic
Lactic acid isomer
Trang 163BÀI 6: 153
-
delbrueckii subsp bulgaricus; B) L brevis; C) Pediococcus pentosaceus; D)
L casei; E) Lactococcus lactis; F) Brevibacterium linens; G) L helveticus; H)
Streptococcus thermophiles, I) Bifidobacterium longum
6.3.2.2 T i ch t c a vi khu n lên men lactic d ng
ành
CO2, acetaldehyde, ethanol (Hình 6.3)
Trang 164Hình 6.2:
Trang 165BÀI 6: M 155
Hình 6.3
Lactobacillus
Lactobacillus
Trang 1666.3.2.3 S n ph m ph lên men lactic
Trang 167BÀI 6: 157
Hình 6.4:
6.3.2.4 T ng h p polysaccharide ngo i bào vi khu n lactic
Hình 6.5:
Trang 1686.3.2.5 i ch t protein
Hình 6.6:
dec
Trang 171probiotic
probiotic
Streptococcus thermophilus Lactobacillus delbrueckii subsp bulgaricus
Lactobacillus casei 431 Lactobacillus casei 431 (Probi) Lactobacillus casei Shirota
(Yakult)
Lactobacillus acidophilus acidophilus)
Lactobacillus lactis subsp lactis Lactobacillus lactis subsp
cremoris Leuconostoc lactis Leuconostoc mesenteroides
subsp
dextranicum
Kem chua
lên men lactic
Lactobacillus lactis subsp lactis Lactobacillus lactis subsp
cremoris Leuconostoc lactis Leuconostoc mesenteroides subsp dextranicum
Lactobacillus kefiranofaciens Saccharomyces kefiri
Phó mát
(Lactococcus lactis subsp lactis & Lactococcus lactis subsp cremoris)
Trang 172(Lactobacillus helveticus & Streptococcus thermophiles)
Leuconostoc
sp
Brevibacterium linens, Proponibacterium freudenreichii, Penicillium camembertii và P roquefortii
Trang 174Hình 6.8:
(Hình 6.9)
Trang 176Hình 6.10:
Brevibacterium linens , Proponibacterium freudenreichii lên men propionic, Penicillium camembertii và P roquefortii
Trang 177-
-
Propionibacterium Brevibacterium linens Penicillium camemberti Penicillium roqueforti
subsp
- Do Brevibacterium linens
- Lên men propionic
Hình 6.11:
Trang 179BÀI 6: 169
6.9:
Lên men chính (lên men lactic)
Nham (Thái Lan) Lactobacillus spp
-
Xúc xích mùa hè (summer sausage)
Staphylococcus xylosus
Penicillium spp
35-37o
-24o
6.3.4.2 C ác vi sinh v t kh ng th c s d ng
Trang 1806.10:
tmin, oC tmax, oC Lên men
lactic
Enzyme nitrate
Trang 183BÀI 6: 173
Hình 6.15:
6.3.5 Rau qu lên men
6.3.5.1 Các d ng rau qu lên men
Trang 184Hình 6.16: Quy trình
Trang 185Leuconostoc mesenteroides
Leuconostoc mesenteroides Leuconostoc fallax Leuconostoc kimchii
Leuconostoc gelidum Leuconostoc inbae Leuconostoc
citreum Lactobacillus
plantarum
Lactobacillus plantarum
Lactobacillus plantarum
Lactobacillus plantarum Lactobacillus brevis Lactobacillus brevis Lactobacillus brevis Lactobacillus brevis
Lactococcus lactis Weissella kimchii Pediococcus
pentosaceus
Pediococcus pentosaceus