ụ ụ ạ Định nghĩa bệnh tay chân miệng 1.1.1Theo định nghĩa của Tổ chức y tế thế giới, bệnh TCM là bệnh truyền nhiễm do virus gây ra, với các biểu hiện đặc trƣng là sốt trên 37.5oC, đau họ
TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ Đặc điểm dịch tễ học phân tử virus EV-A71 phân nhóm B5 gây bệnh tay chân miệng Miền Bắc Việt Nam ĐÀO THỊ HẢI ANH Ngành: Công nghệ sinh học Giảng viên hướng dẫn: PGS.TS Trần Liên Hà TS Trần Thị Nguyễn Hịa Viện: Cơng nghệ sinh học Công nghệ thực phẩm HÀ NỘI, 2020 Tai ngay!!! Ban co the xoa dong chu nay!!! 17061132132071000000 TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ Đặc điểm dịch tễ học phân tử virus EV-A71 phân nhóm B5 gây bệnh tay chân miệng Miền Bắc Việt Nam ĐÀO THỊ HẢI ANH Ngành: Công nghệ sinh học Giảng viên hướng dẫn: PGS.TS Trần Liên Hà TS Trần Thị Nguyễn Hòa HÀ NỘI, 2020 Chữ ký GVHD Chữ ký GVHD CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc BẢN XÁC NHẬN CHỈNH SỬA LUẬN VĂN THẠC SỸ Họ tên tác giả luận văn: Đào Thị Hải Anh Đề tài luận văn: Đặc điểm dịch tễ học phân tử virus EV-A71 phân nhóm B5 gây bệnh tay chân miệng miền Bắc Việt Nam Chuyên ngành:Công nghệ sinh học Mã số SV: CA180117 Tác giả, Người hướng dẫn khoa học Hội đồng chấm luận văn xác nhận tác giả sửa chữa, bổ sung luận văn theo biên họp Hội đồng ngày 30 tháng năm 2020 với nội dung sau: Chỉnh sửa lỗi đánh máy, định dạng văn Chỉnh sửa thuật ngữ dùng thống luận văn Chỉnh sửa tài liệu tham khảo theo định dạng chung Chỉnh sửa kết luận gọn gàng, phù hợp với mục tiêu Giáo viên hướng dẫn Ngày tháng năm 2020 Tác giả luận văn CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG PGS.TS Nguyễn Thị Xuân Sâm LỜI CẢM ƠN Với lòng người học trị, em xin bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS Trần Liên Hà, TS Trần Thị Nguyễn Hịa hướng dẫn tận tình, giúp đỡ chia sẻ khó khăn em suốt trình học tập nghiên cứu để thực đề tài Sự hướng dẫn tận tình kiến thức q báu đóng vai trị vơ quan trọng q trình học tập, nghiên cứu khoa học để em hoàn thành luận văn Em xin gửi cám ơn toàn thể anh chị nhân viên phịng thí nghiệm Virus đường ruột - Viện Vệ sinh dịch tễ Trung Ương giúp đỡ nhiệt tình, tạo điều kiện mặt trình thực luận văn Em xin cảm ơn tập thể thầy cô, chị đồng nghiệp giúp đỡ, tạo điều kiện, động viên em trình học tập thực luận văn Em xin cảm ơn Ban Giám Hiệu, phòng Đào tạo Sau đại học, phòng ban chức Trường đại học Bách Khoa Hà Nội giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi cho em hoàn thành luận văn Cuối cùng, em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến người thân gia đình bạn bè ln ủng hộ em suốt q trình làm đề tài Hà Nội, ngày tháng Tác giả Đào Thị Hải Anh năm 2020 MC LC ĐẶT VẤN ĐỀ CHƢƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Đại cƣơng bệnh tay chân miệng 1.1.1 Định nghĩa bệnh tay chân miệng 1.1.2 Tác nhân gây bệnh tay chân miệng 1.2 Virus đƣờng ruột type 71 gây bệnh tay chân miệng 1.2.1 Đặc điểm hình thái cấu trúc vật liệu di truyền 1.2.2 Đặc điểm lý hóa 1.2.3 Quá trình nhân lên tế bào vật chủ 1.2.4 Đặc điểm sinh bệnh học 1.2.5 Phân loại virus EV-A71 10 1.2.6 Các kỹ thuật phát EV-A71 phịng thí nghiệm 12 1.2.7 Đặc điểm dịch tễ gánh nặng bệnh tật TCM EV-A71 16 1.2.8 Phòng bệnh điều trị 19 1.3 Tình hình nghiên cứu dịch tễ học phân tử phân bố kiểu gen, phân nhóm gen virus EV-A71 gây bệnh TCM 20 1.3.1 Tình hình nghiên cứu giới 20 1.3.2 Tình hình nghiên cứu Việt Nam 24 1.3.3 Một số nghiên cứu di truyền vùng gen VP1 EV-A71 26 CHƢƠNG PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 28 2.1 Đối tƣợng nghiên cứu 28 2.2 Thời gian địa điểm nghiên cứu 28 2.3 Vật liệu trang thiết bị 28 2.4 Phƣơng pháp nghiên cứu 29 2.4.1 Thiết kế nghiên cứu 29 2.4.2 Quy trình nghiên cứu 29 2.4.3 Các số nghiên cứu 31 2.4.4 Các bƣớc thực giải trình tự tồn vùng gen VP1 32 CHƢƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 37 3.1 Đặc điểm dịch tễ bệnh TCM miền Bắc Việt Nam, năm 2012-2017 37 i 3.1.1 Một số đặc điểm dịch tễ ca mắc bệnh TCM miền Bắc Việt Nam, năm 2012-2017 37 3.1.2 Một số đặc điểm dịch tễ học phân tử VRĐR gây bệnh TCM miền Bắc Việt Nam, năm 2012-2017 43 3.2 Sự phân bố phân nhóm gen EV-A71, năm 2012-2017 50 3.2.1 Sự phân bố phân nhóm gen EV-A71 theo thời gian 50 3.2.2 Sự phân bố phân nhóm gen EV-A71 theo địa dƣ 51 3.2.3 Sự phân bố phân nhóm gen EV-A71 theo phân độ lâm sàng .54 3.3 Đặc điểm di truyền vùng gen VP1 số chủng EV-A71_B5 lƣu hành miền Bắc Việt Nam, năm 2012-2017 55 3.3.1 Kết giải trình tự gen VP1 chủng EV-A71_B5 lƣu hành miền Bắc Việt Nam, năm 2012-2017 55 3.3.2 Đặc điểm di truyền EV-A71_B5 lƣu hành miền Bắc Việt Nam, năm 2012 - 2017 57 3.3.3 Đặc điểm di truyền vùng gen VP1 virus EV-A71_B5 lƣu hành Việt Nam giới 61 3.4 Sự biến đổi axit amin vùng VP1 68 3.4.1 Sự biến đổi aa vùng VP1 chủng EV-A71_B5 lƣu hành Việt Nam 68 3.4.2 Sự biến đổi axit amin chủng EV-A71_B5 lƣu hành Việt Nam chủng lƣu hành giới 72 KẾT LUẬN 76 TÀI LIỆU THAM KHẢO 78 PHỤ LỤC 93 ii CÁC CH VIT TT aa Axit amin ADN Axit Deoxyribose Nucleic ARN Axit Ribonucleic CV-A Coxsackievirus A CV-B Coxsackievirus B E Echovirus EV Enterovirus IFA Indirect Fluorescent Assa NGS Next Generation Sequencing Nt Nucleotide PTN Phịng thí nghiệm PV Poliovirus QĐ Quyết định RT PCR Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction rRT-PCR Realtime Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction SHPT Sinh học phân tử TCM Tay chân miệng TTYT Trung tâm Y tế UTR Vùng không dịch mã VP Viral protein VRĐR Virus đƣờng ruột VSDTTƢ Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ƣơng iii DANH MC HÌNH V Hình 1.1 Hình ảnh bệnh tay chân miệng Hình 1.2 Cấu trúc EV-A71 Hình 1.3 Quá trình nhân lên virus EV-A71 Hình 1.4 Cây phát sinh lồi EV-A71 dựa phân tích di truyền vùng VP1 11 Hình 2.1 Sơ đồ nghiên cứu 31 Hình 3.1 Phân bố ca mắc TCM miền Bắc Việt Nam theo tháng, 2012-2017 38 Hình 3.2 Tỷ lệ týp VRĐR gây bệnh tay chân miệng miền Bắc Việt Nam, 2012-2017 44 Hình 3.3 Tỷ lệ týp VRĐR theo năm, 2012-2017 44 Hình 3.4 Sự phân bố EV-A71 kiểu VRĐR khác theo thời gian 46 Hình 3.5 Sự phân bố EV-A71 VRĐR khác theo địa dƣ 47 Hình 3.6 Sự phân bố EV-A71 VRĐR khác theo độ tuổi 48 Hình 3.7 Sự phân bố ca bệnh theo độ lâm sàng dựa tác nhân gây bệnh 49 Hình 3.8 Tỷ lệ phân bố phân nhóm gen EV-A71 theo năm, 2012-2017 51 Hình 3.9 Sự phân bố phân nhóm gen EV-A71 theo địa dƣ, 2012-2017 53 Hình 3.10 Sự phân bố phân nhóm gen EV-A71 theo phân độ lâm sàng 55 Hình 3.11 Kết điện di sản phẩm RT-PCR gel agarose 1.5% 56 Hình 3.12 Cây di truyền phả hệ vùng gen VP1 chủng EV-A71 lƣu hành miền Bắc Việt Nam, năm 2012-2017 58 Hình 3.13 Cây di truyền phả hệ chủng EV-A71_B5 lƣu hành 61 Hình 3.14 Cây phụ (subtree) phân nhánh phân nhánh chủng EVA71_B5 lƣu hành Việt Nam giới 64 Hình 3.15 Cây phụ (subtree) phân nhánh chủng EV-A71_B5 lƣu hành Việt nam giới 65 Hình 3.17 Cây phụ (subtree) phân nhánh chủng EV-A71_B5 lƣu hành Việt Nam giới 66 Hình 3.16 Cây phụ (subtree) phân nhánh chủng EV-A71_B5 lƣu hành Việt Nam giới 66 iv DANH MC BNG Bảng 1.1 Sự thay đổi phân nhóm gen EV-A71 quốc gia, 1997 - 2018 23 Bảng 1.2 Các phân nhóm gen EV-A71 lƣu hành Việt Nam, 2003-2016 25 Bảng 3.1 Sự phân bố ca nhiễm TCM theo tỉnh 39 Bảng 3.2 Phân bố ca bệnh theo giới tính 42 Bảng 3.3 Phân bố số ca mắc bệnh tay chân miệng miền Bắc Việt Nam, 43 Bảng 3.4 Sự phân bố mẫu EV-A71_B5 miền Bắc Việt Nam 57 Bảng 3.5 Giá trị trung bình khoảng tƣơng đồng nucleotide chủng EVA71_B5 miền Bắc Việt Nam, 2012-2017 59 Bảng 3.6 Kết phân tích đột biến axit amin chủng Việt Nam, 2012-2017 69 Bảng 3.7 Kết phân tích đột biến axit amin chủng Việt Nam giới 74 Bảng 3.8 Độ tƣơng đồng axit amin chủng Việt Nam giới 75 v