Em xin gửi cảm ơn toàn thể các anh ch nhân viên, kỹ thuật viên tại phòng thí ịnghiệm Virus đường ruột - Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương đã giúp đỡ nhiệt tình, tạo điều kiện về mọi mặt tr
TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ Đặc điểm dịch tễ học phân tử virus coxsackie A6 A16 gây bệnh tay chân miệng Miền Bắc Việt Nam NGUYỄN THẾ ANH Ngành: Công nghệ sinh học Giảng viên hướng dẫn: TS Trần Thị Nguyễn Hòa PGS.TS Trần Liên Hà Viện: Công nghệ sinh học Công nghệ thực phẩm Tai ngay!!! Ban co the xoa dong chu nay!!! 17061132132091000000 HÀ NỘI, 2020 TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LUẬN VĂN THẠC SĨ Đặc điểm dịch tễ học phân tử virus coxsackie A6 A16 gây bệnh tay chân miệng Miền Bắc Việt Nam NGUYỄN THẾ ANH Ngành: Công nghệ sinh học Giảng viên hướng dẫn: TS Trần Thị Nguyễn Hòa PGS.TS Trần Liên Hà HÀ NỘI, 2020 Chữ ký GVHD Chữ ký GVHD CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc BẢN XÁC NHẬN CHỈNH SỬA LUẬN VĂN THẠC SỸ Họ tên tác giả luận văn: Nguyễn Thế Anh Đề tài luận văn: Đặc điểm dịch tễ học phân tử virus coxsackie A6 A16 gây bệnh tay chân miệng miền Bắc Việt Nam Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số SV: CA180122 Tác giả, Người hướng dẫn khoa học Hội đồng chấm luận văn xác nhận tác giả sửa chữa, bổ sung luận văn theo biên họp Hội đồng ngày 30 tháng năm 2020 với nội dung sau: Chỉnh sửa lỗi đánh máy, định dạng văn Chỉnh sửa thuật ngữ dùng thống luận văn Chỉnh sửa tài liệu tham khảo theo định dạng chung Chỉnh sửa kết luận gọn gàng, phù hợp với mục tiêu Giáo viên hướng dẫn Ngày tháng năm 2020 Tác giả luận văn CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG GS.TS Nguyễn Văn Cách LỜI CẢM ƠN Với lòng người học trò, em xin bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS Trần Liên Hà, TS Trần Thị Nguyễn Hịa hướng dẫn tận tình, giúp đỡ chia sẻ khó khăn em suốt trình học tập nghiên cứu để thực đề tài Sự hướng dẫn tận tình kiến thức q báu đóng vai trị vơ quan trọng trình học tập, nghiên cứu khoa học để em hoàn thành luận văn Em xin gửi cảm ơn toàn thể anh chị nhân viên, kỹ thuật viên phịng thí nghiệm Virus đường ruột - Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương giúp đỡ nhiệt tình, tạo điều kiện mặt trình thực luận văn Em xin cảm ơn tập thể thầy cô, chị đồng nghiệp giúp đỡ, tạo điều kiện, động viên em trình học tập thực luận văn Em xin cảm ơn Ban Giám Hiệu, Viện Đào tạo Sau đại học, Viện Công nghệ sinh học Công nghệ thực phẩm, phòng ban chức Trường đại học Bách Khoa Hà Nội giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi cho em hoàn thành luận văn Cuối cùng, em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến người thân gia đình bạn bè ln ủng hộ em suốt q trình làm đề tài Hà Nội, ngày tháng Tác giả Nguyễn Thế Anh năm 2020 MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Đại cương bệnh tay chân miệng 1.1.1 Định nghĩa ca bệnh TCM 1.1.2 Tác nhân gây bệnh tay chân miệng 1.2 Vi rút đường ruột gây bệnh tay chân miệng 1.2.1 Phân loại 1.2.2 Hình thái cấu trúc vật liệu di truyền 1.2.3 Sự nhân lên virus tế bào vật chủ 1.2.4 Đặc điểm lý hóa 1.2.5 Các giai đoạn lâm sàng 1.3 Các đặc điểm dịch tễ 10 1.3.3 Tình hình bệnh tay chân miệng Việt Nam 12 1.3.4 Sự lưu hành kiểu VRĐR gây bệnh TCM giới Việt Nam 12 1.4 Các kỹ thuật chẩn đoán CV-A6 CV-A16 gây bệnh tay chân miệng 14 1.4.2 Nuôi cấy vi rút 15 1.4.3 Phương pháp sinh học phân tử 15 1.5 Điều trị phòng bệnh 17 1.5.1 Điều trị 17 1.5.2 Phòng bệnh 17 1.6 Tình hình nghiên cứu dịch tễ học phân tử CV-A6 CV-A16 gây bệnh tay chân miệng giới Việt Nam 18 1.6.1 Tình hình nghiên cứu giới 18 1.6.2 Tình hình nghiên cứu Việt Nam 20 CHƯƠNG ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 22 2.1 Đối tượng nghiên cứu 22 2.2 Thời gian địa điểm nghiên cứu 22 2.3 Vật liệu 22 2.4 Phương pháp nghiên cứu .24 2.4.1 Thiết kế nghiên cứu: 24 2.4.2 Quy trình nghiên cứu 24 2.4.3 Các số nghiên cứu 26 2.4.4 Các bước thực xác định týp vi rút giải trình tự gen vùng VP1 26 2.4.5 Phân tích đặc điểm di truyền vùng gen VP1 CV-A6, CV-A16 giai đoạn 2017-2018 27 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 32 3.1 Đặc điểm dịch tễ bệnh tay chân miệng miền Bắc Việt Nam, giai đoạn 2017-2018 32 3.1.1 Đặc điểm dịch tễ bệnh từ mẫu ca TCM 32 3.1.2 Sự phân bố kiểu VRĐR gây bệnh TCM miền Bắc Việt Nam theo thời gian 32 3.1.3 Sự phân bố kiểu VRĐR theo tỉnh 36 3.1.4 Phân bố bệnh nhân TCM theo nhóm tuổi 39 3.1.5 Phân bố bệnh nhân theo phân độ lâm sàng 41 3.2 Đặc điểm phân tử vùng gen VP1 số chủng CV-A6, CV-A16 lưu hành miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2017-2018 42 3.2.1 Kết giải trình tự gen CV-A6 CV-A16 42 3.2.2 Đặc điểm di truyền CV-A6 lưu hành miền Bắc Việt Nam năm 2017-2018 43 3.2.3 Đặc điểm di truyền CV-A16 lưu hành miền Bắc Việt Nam năm 2017-2018 47 3.3 Sự biến đổi acid amin vùng VP1 CV-A6 CV-A16 lưu hành miền Bắc, giai đoạn 2017-2018 51 3.3.1 Sự biến đổi acid amin CV-A6 52 3.3.2 Đột biến acid amin chủng CV-A16 55 CHƯƠNG KẾT LUẬN 57 4.1 Kết luận 57 4.1.1 Đặc điểm dịch tễ học phân tử CV-A6 CV-A16 gây bệnh tay chân miệng miền Bắc Việt Nam, giai đoạn 2017-2018 57 4.1.2 Đặc điểm di truyền vùng gen VP1 CV-A6 CV-A16 lưu hành miền Bắc Việt Nam, giai đoạn 2017-2018 57 4.2 Hướng phát triển luận văn tương lai 57 TÀI LIỆU THAM KHẢO 59 PHỤ LỤC 1: 70 PHỤ LỤC 72 PHỤ LỤC 78 CÁC CHỮ VIẾT TẮT aa ADN ARN Acid amin Acid Deoxyribose Nucleic CV-A Acid Ribonucleic Coxsackievirus A CV-B E Coxsackievirus B Echovirus EV IC Enterovirus Intenal control KSBT Nt Kiểm sốt bệnh tật Nucleotide PTN PV Phịng thí nghiệm Poliovirus QĐ RT PCR Quyết định Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction rRT-PCR Realtime Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction SHPT TCM Sinh học phân tử Tay chân miệng TTYT UTR Trung tâm Y tế Vùng không dịch mã VP VRĐR Viral protein Virus đường ruột VSDTTƯ Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương DANH MỤC HÌNH VẼ Hình 1.1 Hình ảnh trẻ mắc tay chân miệng Coxsackie A16 Hình 1.2 Cấu trúc chung vi rút đường ruột [8] Hình 1.3 Mơ hình gen vi rút đường ruột [1] Hình Sơ đồ nghiên cứu 25 Hình 3.1 Tỷ lệ týp VRĐR gây bệnh TCM miền Bắc Việt Nam, 33 Hình 3.2 Phân bố ca bệnh mắc TCM theo tháng miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2017-2018 35 Hình 3.3 Tỷ lệ phân bố ca bệnh tay chân miệng theo tỉnh thành phố, năm 20172018 38 Hình 3.4 Phân bố bệnh nhân theo nhóm tuổi 39 Hình Phân bố bệnh nhân TCM theo độ lâm sàng miền Bắc Việt Nam, 2017-2018 41 Hình 3.6 Hình ảnh sản phẩm điện di CV-A6 42 Hình Cây di truyền phả hệ maximum likelihood (ML) xây dưng 1902 trình tự VP1 CV-A6 nghiên cứu (56 trình tự) trình tự thu thập từ GenBank Giá trị bootstrap 70% ẩn Nhóm ngoại (outgroup) trình tự VP1 CV-A10 (Kowalik) loại bỏ để dễ quan sát phân nhánh genogroup/subgenogroup 44 Hình 3.8 Cây di truyền phả hệ xây dựng trình tự VP1 (915 nucleotide) chủng CV-A6 lưu hành miền Bắc Việt Nam năm 2017-2018 số chủng đại diện trích từ di truyền phả hệ hình 3.7 46 Hình 3.9 Cây di truyền phả hệ maximum likelihood (ML) xây dưng 2377 trình tự VP1 CV-A16 nghiên cứu (21 trình tự) trình tự thu thập từ GenBank Giá trị bootstrap 70% ẩn Nhóm ngoại (outgroup) trình tự VP1 CV-A10 (Kowalik) loại bỏ để dễ quan sát phân nhánh genogroup/subgenogroup 48 Hình 10 Cây di truyền phả hệ xây dựng trình tự VP1 (891 nucleotide) chủng CV-A16 lưu hành miền Bắc Việt Nam năm 2017-2018 số chủng đại diện trích từ di truyền phả hệ hình 3.9 50 Hình 3.11 Đột biến acid amin chủng CV-A6 Các đột biến aa đánh dấu khung màu vàng 54 Hình 3.12 Đột biến acid amin chủng CV-A16 Các đột biến amino acid đánh dấu khung màu vàng 55 DANH MỤC BẢNG Bảng Bảng thu thập loại mẫu TCM năm 2017-2018 22 Bảng 3.1 Sự phân bố kiểu VRĐR năm 2017-2018 33 Bảng 3.2 Sự phân bố số ca nghiên cứu/ca dương tính VRĐR theo tỉnh 36