Nghiên cứu quan hệ di truyền một số giống lúa đặc sản, chất lượng, trồng phổ biến ở việt nam bằng chỉ thị phân tử ssr

1 VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT  TRẦN THỊ LƢƠNG NGHIÊN CỨU QUAN HỆ DI TRUYỀN MỘT SỐ GIỐNG LÚA ĐẶC SẢN, CHẤT LƢỢNG, TRỒNG PHỔ BIẾN Ở VIỆT NAM BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ SSR LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Hà Nội, Tháng 10-2013 Số hóa Trung tâm Học liệu Tai ngay!!! Ban co the xoa dong chu nay!!! http://www.lrc-tnu.edu.vn/ VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT  TRẦN THỊ LƢƠNG NGHIÊN CỨU QUAN HỆ DI TRUYỀN MỘT SỐ GIỐNG LÚA ĐẶC SẢN, CHẤT LƢỢNG, TRỒNG PHỔ BIẾN Ở VIỆT NAM BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ SSR NGÀNH: SINH HỌC THỰC NGHIỆM MÃ NGÀNH: 60 42 30 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC PGS TS Nguyễn Đức Thành Hà Nội, Tháng 10-2013 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi Các số liệu, kết nêu luận án trung thực chƣa đƣợc công bố Hà Nội, ngày tháng Tác giả Trần Thị Lƣơng Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ năm 2013 LỜI CẢM ƠN Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới PGS TS Nguyễn Đức Thành tận tình hƣớng dẫn, bảo tạo điều kiện giúp đỡ hồn thành cơng trình nghiên cứu Tơi xin bày tỏ lòng biết ơn đặc biệt đến TS Lê Thị Bích Thủy tập thể cán Phịng Di truyền tế bào thực vật giúp đỡ mặt tinh thần, nhƣ tạo điều kiện vật chất, phƣơng tiện kỹ thuật cho suốt q trình thực đề tài Tơi xin chân thành cảm ơn thầy cô ban đào tạo Viện sinh thái Tài nguyên Sinh vật – Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi để tơi hồn thành chƣơng trình đào tạo Cuối tơi xin cảm ơn động viên, khích lệ gia đình, bạn bè đồng nghiệp suốt thời gian làm luận văn Tác giả Trần Thị Lƣơng Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ DANH MỤC TỪ, CỤM TỪ VIẾT TẮT DNA : Deoxyribonucleic acid RNA : Axit ribonucleotide AFLP : Amplyfied Fragment Length Polymorphism Bp : Cặp base (base pair) CTAB : Cetyltrimethyl amoniumbromide dNTP : Deoxynucleosid triphosphat EDTA : Ethylene diamin tetra acetate EtBr : Ethidium bromide Kb : Kilo base NST : Nhiễm sắc thể PCR : Phản ứng chuỗi polymerase (Polymerase chain reaction) QTL : Locut tính trạng số lƣợng (Quantitative Trait Loci) Rnase : Ribonuclease RFLP : Đa hình độ dài đoạn cắt hạn chế (Restriction Fragment Length Polymorphism) RAPD : Random Amplyfied Polymorphic DNA SSR : Các trình tự lặp lại đơn giản (Simple Sequence Repeats) Taq Polymerase: Thermus aquaticus Polymerase TBE : Tris base, Boric acid, EDTA TE : Tris EDTA Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Phân loại gạo dựa vào hàm lƣợng amylose 10 Bảng 1.2 Tƣơng quan nhiệt độ hóa hồ độ tan rã gạo môi trƣờng kiềm 11 Bảng 1.3 Phân loại gạo theo độ bền thể gel 12 Bảng 1.4 Phân loại giống gạo tẻ (nonwaxy) nƣớc Á châu dựa hàm lƣợng amylose, độ trở hồ - BEPT (kiểm định kiềm) độ bền thể gel 13 Bảng 1.5 Biến thiên tính trạng phẩm chất hạt theo mùa vụ Cần Thơ .14 Bảng 2.1 Danh sách 60 giống lúa nghiên cứu 23 Bảng 3.1 Số alen thể hiện, số alen hệ số PIC 33 cặp mồi SSR 33 Bảng 3.2 Các thị SSR cho alen đặc trƣng 12 giống lúa 36 Bảng 3.3 Tỉ lệ khuyết số liệu (M) tỉ lệ dị hợp tử (H) giống lúa nghiên cứu 40 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ DANH MỤC HÌNH ẢNH Hình 3.1 Kết điện di DNA genome 25 mẫu lúa (số 1-25 ảnh tƣơng ứng với giống theo thứ tự 1-25 bảng 2.1) 32 Hình 3.2 Ảnh điện di gel polyacrylamide cặp mồi RM18 với mẫu lúa D30 – DS55 tƣơng ứng với số 1-60 (bảng 2.1) 36 Hình 3.3 Ảnh điện di gel polyacrylamide cặp mồi RM510 với mẫu lúa DS1 - DS25 tƣơng ứng với số 1-25 (bảng 2.1) 37 Hình 3.4 Ảnh điện di gel polyacrylamide cặp mồi RM20 với mẫu lúa DS1 - DS25 tƣơng ứng với số 1-25 (bảng 2.1) 37 Hình 3.5 Ảnh điện di gel polyacrylamide cặp mồi RM17 với mẫu lúa DS1 – DS60 tƣơng ứng với số 1-60 (bảng 2.1) 37 Hình 3.6 Ảnh điện di gel polyacrylamide cặp mồi RM223 với mẫu lúa DS1 - DS25 tƣơng ứng với số 1-25 (bảng 2.1) 38 Hình 3.7 Ảnh điện di gel polyacrylamide cặp mồi RM19 với mẫu lúa DS30 – DS55 tƣơng ứng với số 1-25 (bảng 2.1) 38 Hình 3.8 Ảnh điện di gel polyacrylamide cặp mồi RM72 với mẫu lúa DS1 – DS60 tƣơng ứng với số 1-60 (bảng 2.1) 39 Hình 3.9 Sơ đồ quan hệ di truyền 60 giống lúa dựa số liệu phân tích DNA với 33 thị phân tử SSR 44 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ MỤC LỤC MỞ ĐẦU CHƢƠNG I :TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Đại cƣơng lúa 1.2 Lúa đặc sản 1.2.1 Khái niệm chung 1.2.2 Ý nghĩa khoa học giá trị kinh tế 1.2.3 Tình hình nghiên cứu lúa đặc sản nƣớc giới 1.3 Lúa chất lƣợng 1.3.1 Khái niệm chung nhu cầu thị yếu sử dụng lúa gạo quốc gia 1.3.2 Một số tính trạng chất lƣợng lúa 1.4 Tình hình nghiên cứu lúa chất lƣợng Việt Nam giới 15 1.5 Đa dạng di truyền lúa Việt Nam 19 1.5.1 Khái niệm, vị trí tầm quan trọng đa dạng di truyền 19 1.5.2 Các phƣơng pháp nghiên cứu đa dạng di truyền 20 1.6 Chỉ thị phân tử SSR 20 1.6.1 Khái niệm 20 1.6.2 Ứng dụng thị phân tử SSR nghiên cứu đa dạng di truyền 21 CHƢƠNG II: VẬT LIỆU - NỘI DUNG - PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU…23 2.1 Vật liệu 23 2.2 Phƣơng pháp nghiên cứu 26 2.2.1 Phƣơng pháp tách chiết DNA genome 26 2.2.2 Phƣơng pháp chạy PCR với mồi SSR 28 2.2.3 Phƣơng pháp điện di gel agarose 28 2.2.4 Phƣơng pháp điện di sản phẩm PCR gel polyacrylamide 29 2.2.5 Phƣơng pháp phân tích số liệu 31 CHƢƠNG III: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 32 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 3.1 Kết tách DNA genome 32 3.2 Đa dạng di truyền giống lúa thị phân tử SSR 33 3.2.1 Số alen, hệ số PIC, tổng số băng thể cặp mồi 33 3.2.2 Các alen alen đặc trƣng 35 3.2.3 Tỉ lệ khuyết số liệu (M) tỉ lệ dị hợp tử (H) giống lúa nghiên cứu 39 3.2.4 Quan hệ di truyền giống lúa nghiên cứu 42 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 45 TÀI LIỆU THAM KHẢO 47 CÁC CƠNG TRÌNH CƠNG BỐ……………………………………………55 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ MỞ ĐẦU Đặt vấn đề Lúa đặc sản loại lúa cho sản phẩm chất lƣợng cao mang tính đặc thù vùng Lúa đặc sản bao gồm giống lúa thơm, lúa nếp số lúa japonica đƣợc trồng vùng sinh thái khác nƣớc ta Trong giống lúa thơm có Hƣơng cốm, Hƣơng chiêm, lúa Nàng nhen thơm Các giống lúa nếp đặc sản có nếp Hoa vàng 1,2, nếp Cẩm đen, nếp Lá xanh v v Các giống lúa với số giống đặc sản cải tiến góp phần vào phát triển lúa gạo nƣớc ta Việc nghiên cứu đa dạng nguồn gen tập đồn lúa đặc sản khơng có ý nghĩa việc bảo tồn giống lúa đặc sản địa mà cịn có ý nghĩa cơng tác chọn tạo giống lúa chất lƣợng cao Bên cạnh giống lúa đặc sản, giống lúa chất lƣợng giống đóng vai trị quan trọng nhất, tác động ảnh hƣởng đến giá thị trƣờng ngƣời tiêu dùng Nhu cầu giống lúa chất lƣợng cao năm gần thay đổi sở thích ngƣời tiêu dùng yêu cầu thị trƣờng mạnh mẽ Phát triển giống lúa chất lƣợng cao hƣớng tiến trình cải biến giống trồng Sự tăng trƣởng phát triển nguồn tài nguyên nông nghiệp chủ yếu phụ thuộc vào đa dạng di truyền giống trồng khác Các giống có cấu trúc di truyền khác biệt nguồn nguyên liệu tốt để tạo giống lúa cải tiến tƣơng lai Nhƣ vậy, xác định kiểu gen mối quan hệ các kiểu gen vô quan trọng Sự phát triển kỹ thuật công nghệ sinh học cung cấp công cụ hữu hiệu hỗ trợ đánh giá biến đổi di truyền hai cấp độ kiểu gen kiểu hình Chỉ thị phân tử công cụ mạnh mẽ việc đánh giá biến dị di truyền, giải thích mối quan hệ di Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 41 DS24 DS25 DS26 DS27 DS28 DS29 DS30 Dƣơng Tám thơm ấp bẹ Tám xuân đài Tám cao Bắc thơm số Jasmin 85 Hƣơng thơm số Hƣơng cốm 0,00 0,00 3,03 9,37 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 Trung bình DS54 DS55 DS56 DS57 DS58 DS59 DS60 LT3 ĐB6 Nam Định BM9855 Bao thai Mộc tuyền DT122 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,91 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 0,87 Số liệu bảng 3.3 cho thấy tỉ lệ khuyết số liệu (M) cao 9, 09% (tƣơng ứng với khuyết số liệu 3/33 cặp mồi) gồm ba giống Hƣơng chiêm, FL478, nếp rồng Hà Bắc, tỉ lệ khuyết số liệu 6,06 (2/33 cặp mồi) thuộc giống nếp BM9603, nếp hoa vàng tiếp hai giống Khẩu lao, tám xuân đài có tỉ lệ khuyết số liệu 3,03 (1/33 cặp mồi), 53 giống cịn lại có tỉ lệ khuyết số liệu 0,00 Tỉ lệ khuyết số liệu 60 giống lúa nghiên cứu trung bình 0,91; Tỉ lệ khuyết số liệu trung bình thấp nghiên cứu Vũ Thị Bích Huyền (2013) đánh giá đa dạng di truyền số giống lúa kỹ thuật SSR phục vụ xây dựng cặp lai cho tạo chọn giống chịu hạn với tỉ lệ khuyết số liệu trung bình 1,69 Trong 60 giống lúa nghiên cứu khơng có giống có tỉ lệ khuyết số liệu lớn 10 % Nhƣ vậy, 60 giống có ý nghĩa phân tích thống kê Tỉ lệ dị hợp tử (H) cao giống lƣỡng quảng 164 12,12 %, tiếp đến giống tám xuân đài với 9,37 % Tỉ lệ dị hợp tử 6,45 % xuất giống nếp hoa vàng 2, giống Hƣơng chiêm 3,33%, FL478 3,22 nếp cẩm đen, nếp bồ hóng Hải Dƣơng, nếp cẩm đen, Basmati 370, OM4101, KDĐB cho tỉ lệ dị hợp tử 3,03% Năm mƣơi giống cịn lại có tỉ lệ dị hợp tử 0,00% (đồng hợp 22 locus nghiên cứu) Tỉ lệ dị hợp tử trung bình tập đoàn 0,87 Kết phù hợp với kết nghiên cứu tác giả Khuất Hữu Trung cộng (2010) nghiên cứu đa dạng di truyền tập Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 42 đoàn lúa Tám đặc sản Việt Nam cho tỉ lệ dị hợp tử trung bình 0,86; tác giả Tabkhkar cộng (2012) nghiên cứu đa dạng di truyền số tính trạng liên quan đến nấu ăn chất lƣợng ăn uống với tỉ lệ dị hợp tử trung bình 0,72 Kết nghiên cứu tỉ lệ dị hợp tử trung bình 0,87 cao báo cáo Ghneim cộng (2008) 0,524 sử dụng 48 locus SSR 11 giống lúa Venezuela tỉ lệ dị hợp tử trung bình 0,5 đƣợc ghi nhận báo cáo Bounphanousay cộng (2008) Ngoài ra, Kibria cộng (2009) thu đƣợc tỉ lệ dị hợp tử trung bình 0,119 phân tích kiểu gen lúa thơm Tỉ lệ dị hợp tử phản ánh mức đa hình giống, để xác định giống nghiên cứu 3.2.4 Quan hệ di truyền giống lúa nghiên cứu Quan hệ di truyền giống lúa nghiên cứu đƣợc phân tích phần mềm NTSYS 2.1, từ xác định đƣợc hệ số tƣơng đồng di truyền sơ đồ hình mối quan hệ di truyền giống lúa (Hình 3.9) Hệ số tƣơng đồng di truyền giống lúa dao động từ 0,056 đến 0,77, hai giống có hệ số tƣơng đồng di truyền thấp (0,056) Jamin 85 (DS28) có nguồn gốc từ Philippin LC93 – (DS50) giống Việt Nam chọn tạo từ giống lúa cạn CT7739-2-M-3-3-2 Hai giống có hệ số tƣơng đồng di truyền cao (0,77) Q5ĐB (DS42) với KDĐB (DS43), hai giống giống đột biến từ Q5, Khang Dân 18 có nguồn gốc xuất xứ từ Trung Quốc Ở mức độ tƣơng đồng di truyền 21% tập đoàn giống nghiên cứu chia làm năm nhóm Nhóm có giống LC93-1 (DS50), chứng tỏ giống có quan hệ di truyền khác xa so với giống cịn lại Nhóm bao gồm 13 giống với hệ số tƣơng đồng di truyền dao động từ 0,19 đến 0,61; hai giống có hệ số tƣơng đồng di truyền thấp (0,19) Nếp hoa vàng (DS16) Khẩu tan hay (DS21), hai giống có hệ số tƣơng Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 43 đồng di truyền cao (0,61) Nếp 415 (DS9) Nếp BM9603 (DS10) Các giống thuộc nhóm giống lúa đặc sản Việt Nam Nhóm bao gồm giống Tám thơm ấp bẹ (DS24), Tám xuân đài (DS25), Tám cao (DS26) với hệ số tƣơng đồng di truyền dao động từ 0,44 đến 0,61 Cả ba giống tám giống lúa chất lƣợng Việt Nam Nhóm gồm giống lúa nếp đặc sản Nếp bị hóng Hải Dƣơng (DS1), Nếp IRi352 (DS7), Khẩu lao (DS3), Nếp Hải Phòng (DS6), Nếp bò (DS13), Nếp nõn tre (DS15), giống Nếp bị (DS13) có hệ số tƣơng đồng di truyền thấp (0,23) so với giống lại nằm nhánh riêng rẽ Hệ số tƣơng đồng di truyền nhóm dao động từ 0,23 đến 0,39, với hệ số tƣơng đồng di truyền nhƣ chứng tỏ giống lúa đặc sản nhóm có quan hệ di truyền xa nhau, sử dụng làm nguồn nguyên liệu tạo chọn giống trồng Nhóm bao gồm 38 giống lại, với mức tƣơng đồng di truyền khoảng 23% nhóm chia thành hai nhóm phụ Nhóm phụ 5.1 gồm giống với hệ số tƣơng đồng di truyền dao động từ 0,24 đến 0,57; hai giống có hệ số tƣơng đồng di truyền thấp (0,24) Khẩu pe (DS22) Tám đứng Hải Dƣơng (DS23) Hai giống có hệ số tƣơng đồng di truyền cao (0,57) Hƣơng thơm số Hƣơng cốm Nhóm phụ 5.2 gồm 30 giống lại, với hệ số tƣơng đồng di truyền dao động từ 0,27 đến 0,77 Trong đó, giống Basmati 370 (DS34) có nguồn gốc từ Ấn Độ nằm riêng nhánh, điều chứng tỏ giống có quan hệ di truyền xa so với 37 giống cịn lại Đa số giống nhóm giống lúa chất lƣợng có nguồn gốc khác Nhìn chung, sơ đồ quan hệ di truyền 60 giống lúa chia nhiều nhánh nhỏ khác nhau, đa số giống nghiên cứu có mức tƣơng đồng di truyền thấp, có số giống có quan hệ di truyền gần nhƣng dừng lại mức tƣơng đồng di truyền cao khoảng 77 % Kết cho thấy đa số giống lúa đặc sản có xu hƣớng xếp thành nhóm, giống lúa chất lƣợng xếp thành nhóm riêng rẽ với mức độ tƣơng đồng di truyền xa Điều cho thấy nguồn vật liệu phong Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 44 phú cho việc nghiên cứu phát triển giống lúa đặc sản chất lƣợng Việt Nam 5.2 5.1 Hình 3.9 Sơ đồ quan hệ di truyền 60 giống lúa dựa số liệu phân tích DNA với 33 thị phân tử SSR Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 45 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ Kết luận Trong số 40 thị SSR sử dụng nghiên cứu đa dạng di truyền 60 giống lúa đặc sản chất lƣợng đƣợc trồng phổ biến Việt Nam có 33 thị cho băng DNA đa hình 33 locus, thu đƣợc 180 alen khác nhau, số alen dao động từ đến 10 alen/locus, số alen trung bình đạt 5,45 alen/locus Hệ số PIC 33 cặp mồi nằm khoảng 0,06 đến 0,83 Hệ số PIC trung bình 0,6 Trong số 33 locus đa hình xuất tổng cộng 61 alen Chỉ thị RM287 cho số lƣợng alen cao với alen Trong số locus đa hình nghiên cứu có 11 locus cho 14 alen đặc trƣng giúp nhận dạng 12 giống lúa nghiên cứu Tỉ lệ khuyết số liệu trung bình 60 giống 0,91; khơng có giống có tỉ lệ khuyết số liệu lớn 10 %, tỉ lệ dị hợp tử (H) cao (12,12) giống lúa lƣỡng quảng 164 (DS47) Năm mƣơi giống cịn lại có tỉ lệ dị hợp tử % (đồng hợp 22 locus nghiên cứu) Hệ số tƣơng đồng di truyền 60 giống lúa nghiên cứu dao động từ 0,056 đến 0,77, hai giống có hệ số tƣơng đồng di truyền thấp Jamin 85 (DS28) LC93 –1 Hai giống có hệ số tƣơng đồng di truyền cao Q5ĐB (DS42) KDĐB (DS43) Các giống lúa đặc sản chất lƣợng có xu hƣớng xếp thành nhóm riêng rẽ Các số liệu thu đƣợc nghiên cứu cung cấp thông tin quan trọng cho việc nghiên cứu chọn tạo giống lúa đặc sản chất lƣợng phƣơng pháp truyền thống phƣơng pháp phân tử Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 46 Kiến nghị Tiếp tục nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền 60 giống lúa nhiều thị SSR nhằm xác định giống lúa có nguồn gen phong phú để phục vụ cho cơng tác bảo tồn khai thác nguồn gen sau Thiết lập thị tham chiếu giúp nhận dạng nhanh, xác giống lúa nghiên cứu Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 47 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt Phan Thị Bảy, Nguyễn Công Hƣơng, Lê Thị Muội, Nguyễn Đức Thành (2008) Đặc điểm microsatellite gen tổng hợp tinh bột số giống lúa Việt Nam Tạp chí Cơng nghệ sinh học 6(3): 311 - 320 Phan Thị Bảy, Quách Thị Liên, Đào Thị Hạnh, Phạm Việt Hùng, Lê Thị Muội, Nguyễn Đức Thành (2003) Sử dụng thị phân tử STS đánh giá tính kháng bệnh đạo ơn chất lƣợng gạo số dòng lúa lai số dịng từ ni cấy bao phấn F1, Hội nghị cơng nghệ sinh học tồn quốc: 740 - 744 Bùi Chí Bửu, Nguyễn Thị Lang (2003) Xác định gen fgh điều khiển tính trạng mùi thơm phƣơng pháp Fine Mapping với microsatellites Hội nghị sinh học tồn quốc: 740 - 744 Bùi Chí Bửu, Nguyễn Thị Lang (1999) Ứng dụng ADN marker đánh giá quỹ gen lúa Hội nghị Công nghệ sinh học tồn quốc: 1216 - 1225 Bùi Chí Bửu, Nguyễn Thị Lang (2004) Nghiên cứu di truyền gen kháng mặn quần thể trồng dồn lúa Tạp chí Nông nghiệp phát triển nông thôn 6: 824 - 826 Nguyễn Minh Công, Đỗ Hữu Ất, Bùi Huy Thủy (1999) Nghiên cứu chọn tạo giống lúa tám thơm đột biến Tạp chí Nơng nghiệp Phát triển Nơng thôn 1(1): 43 - 46 Nguyễn Minh Công, Lã Tuấn Nghĩa (2006) Nghiên cứu khác giống lúa tài nguyên đột biến tép hành đột biến với giống gốc chúng mức phân tử Tạp chí Nơng nghiệp Phát triển Nơng thơn 1(1): 43 - 46 Lê Việt Dũng, Yoshio Sano (1999) Đa dạng di truyền gen Waxy lúa (Oryza sativar L.), Báo cáo khoa học - Hội nghị cơng nghệ sinh học tồn quốc: 1274-1279 Bùi Huy Đáp (1999) a, Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ p 48 10 Lê Xuân Đắc (2008) Nghiên cứu ứng dụng biện pháp công nghệ sinh học nhằm khắc phục nhƣợc điểm sinh lý cao cảm quang giống lúa tám Luận án tiến sĩ, Viện công nghệ sinh học 11 n, n Văn Hoan (1999) c 12 Vũ Thị Bích Huyền, Lê Thị Bích Thủy, Nguyễn Anh Dũng, Hoàng Bá Tiến, Nguyễn Đức Thành (2013) Đánh giá đa dạng di truyền số giống lúa kỹ thuật SSR phục vụ cho chọn cặp lai tạo giống chịu hạn Tạp chí sinh học 35(1): 80 91 13 m (1998) p Hà Nội 14 Đinh Văn Lữ (1998) Giáo trình lúa Nxb Nơng nghiệp Hà Nội 15 Trƣơng Trọng Ngôn, Nguyễn Tri Yến Chi (2013) Đánh giá đa dạng di truyền 16 giống ớt (Capsicum annuum spp.) nhập nội dựa vào hình thái thị phân tử SSR Hội nghị khoa học Cơng nghệ sinh học tồn quốc 2: 157 -162 16 Nguyễn Đức Toản, Hoàng Quang Minh (2006) Hiệu tác động phống xạ gama công tác chọn tạo giống lúa cao sản chất lƣợng Báo cáo hội nghị khoa học cơng nghệ hạt nhân tồn quốc lần thứ VI, NXB Khoa học Kỹ thuật Hà Nội: 300 - 305 17 Lê Xuân Thám , Hồ Quang Cua, Nguyễn Thị Thu Huyền, Nguyễn Ngọc Ngân, Nguyễn Thị Ngọc Tú, Lê Trần Bình, Lê Xuân Đắc (2003) Các dịng đột biến phóng xạ giống lúa Tám Thơm (Oryza Sativa L SUBSP Japonica) Hội nghị CNSH toàn quốc: 962 - 966 18 Nguyễn Đức Thành, Phan Thị Bảy, Lê Hồng Điệp (1999) Phát triển ứng dụng thị phân tử nghiên cứu đa dạng phân tử lúa Hội nghị công nghệ sinh học tồn quốc: 1205 - 1215 19 Lê Thị Bích Thủy, Nguyễn Thị Kim Liên, Nguyễn Đức Thành (2005) Nghiên cứu đa dạng di truyền số giống lúa nhằm chọn cặp lai cho việc định vị locut số tính trạng chất lƣợng Hội nghị khoa học tồn quốc cơng nghệ sinh học: 132 - 135 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 49 20 Đỗ Khắc Thịnh, Phạm Đức Tuấn, Trƣơng Thị Hoài Nam, Nguyễn Thị Cúc, Nguyễn Đức Nhƣ, Nguyễn Hƣơng (2003) Kết chọn lọc phát triển dòng giống lúa nàng thơm chợ Đào Tạp chí Nơng nghiệp phát triển nơng thôn 8: 1002 - 1003 21 Khuất Hữu Trung, Nguyễn Thị Phƣơng Đoài (2010) Nghiên cứu đa dạng di truyền nhận dạng số giống tập đoàn lúa Tám đặc sản Việt Nam thị phân tử SSR (microsatellite) Tạp chí Nơng nghiệp phát triển nông thôn 149: - 22 Trần Danh Sửu, Lƣu Ngọc Trình (2001) Sử dụng thị ADN để nghiên cứu quan hệ di truyền, tiến hóa lúa địa phƣơng vùng tây Bắc Tây nam nƣớc ta Thông tin CNSH ứng dụng 1: 25 - 29 23 Trần Danh Sửu, Lƣu Ngọc Trình, Bùi Bá Bổng (2006) Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa Tám thị microsallite Tạp chí Nơng nghiệp phát triển nông thôn (6): 15 - 18 24 Trần Danh Sửu (2008) Đánh giá đa dạng di truyền tài nguyên lúa Tám đặc sản miền Bắc Việt Nam Luận án Tiến sỹ, Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam 25 Nghiêm Nhƣ Vân, Lê Trần Bình, Lê Thị Muội (2003) Dòng lúa thơm chất lƣợng VH1 tạo chọn đƣợc chọn giống đơn bội - nuôi cấy bao phấn Hội nghị cơng nghệ sinh học tồn quốc: 837 - 839 Tiếng Anh 26 Ahn SN, Bollich CN, Tanksley SD (1992) RFLP tagging of a gene for aroma in rice Theor 87: 27 - 32 27 Ayres SW, Bollich CN, Tanksley SD (1992) RFLP tagging of a gence for aroma in rice Theor Appl Genet 87: 27 - 32 28 Ashfaq M, Khan AS (2012) Genetic diversity in basmati rice (Oryza sativa L.) germplasm as revealed by microsatellite (SSR) markers Genetika 48(1): 62 -7 29 Bao S, Corke H, Sun M (2002) Microsatellites in starch-synthesizing genes in relation to starch physicochemical properties in waxy rice (Oryza sativa L.), Theor Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 50 Appl Genet 105(7): 898 - 905 30 Bao S, Corke H, Sun M (2006) Microsatellites singe nucleotide polymorphisms and sequence tagged in starch – synthesizing genes in relation to starch physicochemical properties in nonwaxy rice (Oryza sativa L.) Theor Appl Genet 113: 1185 - 1196 31 Bounphanousay C, Jaisil P, McNally KL, Sanitchon J, SackvillemHamilton NR (2008) Variation of microsatellite markers in a collection of Lao’s black glutinous rice (Oryza sativa L.) Asian J Plant Sci 7(2): 140 - 148 32 Berman CJ, Delgado JT, McClung AM, Fjellstrom RG (2001) An improved method for using a microsatellite in the rice waxy gene to determine amylose class Cereal Chem 78: 257 - 260 33 Berner DK, Hoff BJ (1986) Inheritance of scent in American long grain rice Crop Science 26: 876 - 878 34 Borba TCO, Brondani R P, Rangel PH, Brondani C (2009) Microsatellite marker-mediated analysis of the EMBRAPA rice core collection genetic diversity Genetica 137(3): 293 - 304 35 Brown SM, and Kresovich S (1996) Molecular characterization for plant genetic resources conservation In Genome mapping in plant: 85 - 93 36 He P, Li SG, Quian Q, Ma YQ, Li JZ, Wang WM, Chen Y, Zhu LH ( 1999) Genetic anamysis of rice grain quality Theor Appl Gennet 98: 502 – 508 37 Ghneim T, Posso D, Perez I, Torrealba G, Pieters AJ, Martinez CP, Tohme JM (2008) Assessment of genetic diversity in Venezuelan rice cultivars using simple sequence repeats markers Electron J Biotechn 11(5): - 14 38 Gupta PK, Balyan HS, Sharma PC, Ramesh B (1996) Microsatellites in plants: A new class of molecular markers Curr sci 70(1): 45 - 53 39 Graland SH, Lewin L, Abedinia M, Henry R & Blakeney A (1999) The use of microsatellite polymorphism for the identification of Australian breeding lines of rice (Oryza sativa L.) Euphytica 108: 53 - 63 40 Hossain MM, Islam MM, Hossain H, Ali MS, Teixeira da Silva JA, Komamine A, Prodhan SH (2012) Genetic diversity analysis of aromatic landraces of rice Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 51 (Oryza sativa L.) by microsatellite markers Genes, Genomes and Genomics 6(1): 42 - 47 41 Hwang YS, Karrer EE, Thomas BR, Chen L, Rodriguez RL (1998) Three cis elements required for rice α-amylase Amy3D expression during sugar starvation Plant Mol Biol 36: 331 - 341 42 Kibria K, Nur F, Begum SN, Islam MM, Paul SK, Rahman KS, Azam SMM (2009) Molecular marker based genetic diversity analysis in aromatic rice genotypes using SSR and RAPD markers Int J Sustain Crop Prod 4(1): 23 - 34 43 Jain S, Jain R K, McCouch SR (2004) Genetic analysis of Indian aromatic and quality rice (Oryza sativa L.) germplasm using panels of fluorescently-labeled microsatellite markers Theor Appl Genet 109(5): 965 - 977 44 Jin L, Lu Y, Xiao P, Sun M, Corke H, Bao J (2010) Genetic diversity and population structure of a diverse set of rice germplasm for association mapping Theor Appl Genet 121(3): 475 - 487 45 Juliano, B.O (1979) The chemical basis of rice grain quality Proceedings of the workshop on Chemical aspects of rice grain quality, IRRI: 69 - 90 46 Lanceras JC, Huang ZL, Naivikul O, Vanavichit A, Ruanjaichon V, Tragoonrung S (2000) Mapping of genes for cooking and eating qualities in Thai jasmine rice (KDML 105) DNA Res 7(2): 93 - 101 47 Lang NT and Bui BC (2002) Identification and fine mapping of SSR marker linked to fgr gene of rice OMonRice 10: 16 - 22 48 Lapita CV, Darshan S, Toshinori A, Redona DE (2007) Assessment of genetic diversity of Philippine rice cultivars carrying good quanlity traits using SSR markers Breed Sci 57: 263 - 270 49 Li Z (1999) DNA marker and QTL mapping in rice In Genetic improvement of rice for water - limited environments IRRI: 157 - 172 50 Ma H, Yin Y, Guo ZF, Cheng LJ, Zhang L, Zhong M, Shao GJ (2011) Establishment of DNA fingerprinting of Liaojing series of japonica rice MEJSR 8(2): 384 - 392 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 52 51 McCouch SR, Chen X, Panaud O, Temnykh S, Xu Y, Cho YG, Huang N, Ishii T, Blair M (1997) Microsatellite maker development, mapping and applications in rice genetics and breeding Plant Mol Biol 35: 89 - 99 52 Peng ST, Zhuang JY, Yan QC, Zheng KL (2003) SSR markers selection and purity detection of major hybrid rice combinations and their parents in China Chin J Rice Sci 17(1): - 53 Powel W, Morgante M, Andre C, Hanafey M, Vogel J, Tingey S, Rafalski A (1996) Comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR markers for germplasm analysis Mol Breed 2(3): 225 - 238 54 Tabkhkar N, Rabiei B and Sabouri A (2012) Genetic diversity of rice cultivars by microsatellite markers tightly linked to cooking and eating quality AJCS 6(6): 980 - 985 55 Tan YF, Li SB, Yu SB, Xing YZ, Xu CG, Zhang Q (1999) The three important trait for cooking and cating quanlity of rice grains are controlled by a single locus in an elite rice hybrid, Shayou 63 Theor Appl Genet 99: 642 - 648 56 Taramino G, Tingey S (1996) Simple sequence repeats for germplasm analysis and mapping in maize Genome 39: 277 - 287 57 Teixeira da Silva JA (2005) Molecular markers for phylogeny, breeding and ecology in agriculture In: Thangadurai D, Pullaiah T, Tripathy L (Eds) Genetic Resources and Biotechnology (Vol III), Regency Publications, New Delhi, India: 221 - 256 58 Thanh N D, Zheng H G, Dong NV, Trinh LN, Ali ML, and Nguyen HT (1999) Genetic variation in root morphology and microsatellite loci in upland rice (Oryza sativa L.) from Viet Nam Euphytica 105: 43 - 51 59 Thomson MJ, Septiningsih EM, Suwardjo F, Santoso TJ, Silitonga TS, McCouch SR (2007) Genetic diversity analysis of traditional and improved Indonesian rice (Oryza sativa L.) germplasm using microsatellite markers Theor Appl Genet 114(3): 559 - 68 60 Upadhyay P, Singh VK, Neeraja CN (2011) Identification of genotype specific alleles and molecular diversity assessment of popular rice (Oryza sativa L.) varieties of India Int J Plant Breed Genet 5(2): 130 - 140 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 53 61 Rahman Mamunur M, Rasaul GM , Hossain AM, Iftekharuddaula MK, Hasegawa H (2012) Molecular Characterization and Genetic Diversity Analysis of Rice (Oryza sativa L.) Using SSR Markers J Crop Dev 26 (2): 244 - 257 62 Ravi M, Geethanjali S, Sameeyafarheen F, Maheswaran M (2003) Molecular Marker based Genetic Diversity Analysis in Rice (Oryza sativa L.) using RAPD and SSR markers Euphytica 133: 243 - 252 63 Redona ED, Hipolito LD, Ocampo TD, and Sebastian LS (1998) Clasification of cytoplasmic male - sterile rice lines based on RAPDs, SSRs and AFLPs Agr Biotechnol: 87 - 89 64 Saal B, Wricke , (1999) Devolopment of simple sequence repeat makers in rye (Secale cereale L.) Genome 42(5): 964 - 972 65 Saghai-Maroof MA, Soliman KM, Jorgensen RA, Allard RW (1984) Ribosomal DNA spacer-length polymorphisms in barley: Medelian inherittance, chromosomal location and population dymnamics Proc Natl Acad Sci USA 81:8014 - 8018 66 Sajib M A, Hossain MM, Mosnaz JMTA, Hossain H, Islam Monirul Md, Ali Shamsher Md, Prodhan HS (2012) SSR marker-based molecular characterization and genetic diversity analysis of aromatic landreces of rice (Oryza sativa L.) J Biosci Biotech 1(2): 107 - 116 67 Sanchez de la Hoz MP, Davila JA, Loarce Y, Ferrer E (1996) Simple sequence repeat primers used in polymerase chain reaction amplifications to study genetic diversity in barley Genome 39: 112 - 117 68 Shaptadvipa B, Sarma N R (2009) Study on Apparent Amylose Content in Context of Polymorphism Information Content along with Indices of Genetic Relationship Derived through SSR Markers in Birain, Bora and Chokuwa groups of traditional glutinous ricw (Oryza sativa L.) of Assam Asian J Biochem 4: 45 -54 69 Song ZP, Xu X, Wang B, Chen JK, Lu BR (2003) Genetic diversityin the northernmost Oryza rufipogon populations estimated by SSR markers Theor Appl Genet 107: 1492 - 1499 70 Shu QY, Wu DX, Xia YW, Gao MW, Ayres NM, Larkin PD, Park WD (1999) Microsatellite polymorphisms on the waxy gene locus and their relationship to Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 54 amylose content in indica and japonica rice, Oryza sativa L Acta Genet Sinica 26: 350 - 358 71 Virk PS, Newbury JH, Bryan GJ, Jackson MT, Ford - Lloyd BV (2000) Are mapped or anonymous markers more useful for assessing genetic diversity Theor Appl Genet 100: 607 - 613 72 Xiao XY, Wang YP, Zhang JY, Li SG, Rong TZ (2006) SSR marker-based genetic diversity fingerprinting of hybrid rice in Sichuan China Chin J Rice Sci 20(1): - 73 Yoshihashi T, Nguyen Thi Thu Huong, Kabaki N (2005) Quality evaluation of Khao Dawk Mali 105, an aromatic rice variety of Northeast Thailand JIRCAS Working Report 30, 151 - 160 74 Zhang SB, Zhu Z, Zhao L, Zhang YD, Chen T, Lin J, Wang CL (2007) Identification of SSR markers closely linked to eui gene in rice Yi Chuan (Hereditas-Beijing) 29(3): 365 - 370 75 Zhou HF, Xie ZW, Ge S (2003) Microsatellite analysis of genetic diversity and population genetic structure of a wild rice (Oryza rufipogon Griff) in China Theor Appl Genet 107(2): 332 - 339 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 55 CÁC CƠNG TRÌNH CƠNG BỐ CÓ LIÊN QUAN Nguyễn Thị Kim Liên, Phan Thị Bảy, Đặng Thị Minh Lụa, Trần Thị Lƣơng, Nguyễn Đức Thành (2011) Sự đa hình hình thái hạt đa hình phân tử quần thể F3 cặp lai lúa CR203 Bắc thơm số Tạp chí Cơng nghệ Sinh học 9(1): 1-6 Trần Thị Lƣơng, Nguyễn Đức Thành, Nguyễn Anh Dũng, Hoàng Bá Tiến, Lê Thị Bích Thủy (2013) Phân tích đa hình phân tử quần thể F2 cặp lai giống lúa NICO IR58100 thị phân tử SSR Hội nghị Khoa học Cơng nghệ Sinh học tồn quốc 2: 912 - 916 Trần Thị Lƣơng, Lƣu Minh Cúc, Nguyễn Đức Thành (2013) Phân tích đa dạng di truyền số giống lúa đặc sản, chất lƣợng, trồng phổ biến Việt Nam thị phân tử SSR Tạp chí Sinh học 35(3): 348 - 356 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/