Đang tải... (xem toàn văn)
Microsoft Word Master Thesis of Nguyen Giang Son Final docx BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT NGUYỄN GIANG SƠN MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA[.]
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT NGUYỄN GIANG SƠN MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ QUẦN THỂ CHIM YẾN SÀO (GIỐNG AERODRAMUS) Ở VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SỸ SINH HỌC Hà Nội - 2010 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên Tai ngay!!! Ban co the xoa dong chu nay!!! http://www.lrc-tnu.edu.vn BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT NGUYỄN GIANG SƠN MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ QUẦN THỂ CHIM YẾN SÀO (GIỐNG AERODRAMUS) Ở VIỆT NAM Chuyên ngành: Động vật học Mã số: 60 42 10 LUẬN VĂN THẠC SỸ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS ĐẶNG TẤT THẾ Hà Nội - 2010 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn i Lời cam đoan Đề tài nghiên cứu “Mối quan hệ di truyền số quần thể chim yến sào (giống Aerodramus) Việt Nam” tơi thực hiện, chưa cơng bố cơng trình khác Hà Nội, ngày 19 tháng 12 năm 2010 Người thực Nguyễn Giang Sơn Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn ii Lời cảm ơn Đề tài nghiên cứu tơi thực Phịng Hệ thống học phân tử Di truyền bảo tồn, Viện Sinh thái Tài nguyên sinh vật Qua đây, xin gửi lời cảm ơn chân thành tới ban lãnh đạo Viện tạo điều kiện để công việc chuyên môn đề tài tiến hành thuận lợi Khi thực đề tài, nhận động viên giúp đỡ nhiệt tình thầy cơ, bạn bè đồng nghiệp Sự ủng hộ mặt tinh thần dẫn, góp ý, chia sẻ kinh nghiệm, tài liệu vô quý báu khiến tơi thực cảm kích, biết ơn Đặc biệt, tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới NCVC TS Đặng Tất Thế, người thầy tận tình hướng dẫn tơi q trình hồn thiện luận văn Tơi vô biết ơn ThS Phạm Đỗ Loan, người quan tâm giúp đỡ công tác học tập Cuối cùng, tơi cảm ơn gia đình, người thân bên tôi, hậu phương, động lực để tơi vượt qua khó khăn Hà Nội, ngày 19 tháng 12 năm 2010 Học viên Nguyễn Giang Sơn Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn iii MỤC LỤC Danh mục ký hiệu, chữ viết tắt v Danh mục bảng vi Danh mục hình vii MỞ ĐẦU PHẦN I: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Các nghiên cứu chim yến 1.1.1 Khái quát phân loại học 1.1.2 Các vấn đề phân loại chim yến sào a Tình hình nghiên cứu nước b Tình hình nghiên cứu nước 11 1.2 Cách tiếp cận thiết kế nghiên cứu 14 1.2.1 Ứng dụng kỹ thuật phân tử DNA nghiên cứu hệ thống học 14 1.2.2 Sử dụng hệ gen ty thể nghiên cứu hệ thống học 16 PHẦN II: NGUYÊN LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 19 2.1 Nguyên liệu 19 2.1.1 Mẫu vật nghiên cứu 19 2.2.2 Các trình tự gen sử dụng nghiên cứu 20 2.2.3 Một số hóa chất, vật tư sử dụng nghiên cứu 21 2.2.4 Một số thiết bị sử dụng nghiên cứu 21 2.2 Nội dung phương pháp nghiên cứu 23 2.2.1 Thiết kế nghiên cứu 23 2.2.2 Lựa chọn locus, thiết kế mồi điều kiện thí nghiệm 24 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn iv 2.2.3 Phân tích kết 27 PHẦN III: KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 29 3.1 Nhân vùng gen đích PCR 29 3.2 Giải trình tự đoạn gen đích từ mẫu nghiên cứu 30 3.3 Mô hình phân tích 48 3.4 Mối quan hệ di truyền quần thể 49 3.4.1 Đánh giá đa dạng di truyền 49 a Sự đa dạng di truyền quần thể chim yến đảo 52 b Sự đa dạng di truyền quần thể chim yến nhà 53 3.4.2 Sự phân hóa quần thể 53 3.4.3 Tổng hợp quan hệ phát sinh chủng loại 57 3.4.4 Vị trí phân loại nhóm chim yến đảo chim yến nhà 62 3.4.5 Mối quan hệ di truyền phân loài chim yến tổ trắng 63 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 71 TÀI LIỆU THAM KHẢO 73 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn v Danh mục ký hiệu, chữ viết tắt BLAST: Basic Local Alignment Search Tool BI: Bayesian Inference bp: base pair ctgk: tác giả khác DNA: Deoxyribo Nucleotide Acid EDTA: Ethylene Diamine Tetraacetic Acid ME: Minimum Evolution ML: Maximum Likelihood MP: Maximum Parsimony mtDNA: mitochondrion DNA NJ: Neighbor Joining OD260(280): Optical Density at 260nm (280nm) PCR : Polymerase Chain Reaction RAPD: Random Amplified Polymorphic DNA RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn vi Danh mục bảng Bảng 2.1 Danh sách mẫu vật nghiên cứu 20 Bảng 2.2 Các trình tự gen tham khảo 20 Bảng 2.3 Thành phần PCR 25 Bảng 2.4 Chu trình PCR 25 Bảng 2.5 Thành phần phản ứng giải trình tự 26 Bảng 2.6 Chu trình phản ứng giải trình tự 26 Bảng 3.1 So sánh trình tự nucleotide 30 Bảng 3.2 Thành phần nucleotide mẫu chim yến đảo 42 Bảng 3.3 Thành phần nucleotide mẫu chim yến nhà 43 Bảng 3.4 So sánh trình tự amino axit 44 Bảng 3.5 Những khác biệt trình tự nucleotide chim yến đảo chim yến nhà 60 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn vii Danh mục hình Hình 1.1 Bản đồ phân bố lồi giống Aerodramus Hình 1.2 Cấu trúc gen ty thể động vật có xương sống 17 Hình 2.1 Địa điểm thu mẫu 19 Hình 2.2 Sơ đồ nghiên cứu 23 Hình 3.1 Ảnh điện di sản phẩm PCR 29 Hình 3.2 Ma trận khoảng cách di truyền trình tự nghiên cứu 51 Hình 3.3 Cây phát sinh chủng loại ME 54 Hình 3.4 Cây phát sinh chủng loại MP 55 Hình 3.5 Cây phát sinh chủng loại ML 58 Hình 3.6 Ma trận khoảng cách di truyền trình tự phân lồi chim yến tổ trắng 65 Hình 3.7 Cây phát sinh phân loài chim yến tổ trắng A fuciphagus 67 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn MỞ ĐẦU Hiện nay, chim yến đối tượng quan tâm đặc biệt nguồn lợi yến sào Các đảo, hang yến, nhà yến địa điểm hấp dẫn du lịch Bên cạnh đó, chim yến cịn thiên địch nhiều lồi trùng gây hại rầy nâu, mối… Nuôi yến vừa trực tiếp mang lại giá trị kinh tế vừa giúp bảo vệ mùa màng, giữ cân sinh thái Chim yến cho tổ có giá trị bao gồm số lồi phân loài, phân bố nhiều vùng lãnh thổ rộng giới, Đơng Nam Á khu vực cư trú quần thể chim yến sào với số lượng lớn Chim yến sào cư trú Việt Nam có lịch sử lâu đời, chúng làm tổ tập đoàn hang động tự nhiên đảo ven biển Tổ chim yến định giá cao thị trường Nhu cầu tiêu thụ lớn đặt áp lực lên quần thể tự nhiên Một số quần thể bị khai thác mức dẫn đến suy giảm số lượng Thời gian gần đây, xuất nhiều đàn chim yến sào vào làm tổ cơng trình xây dựng, đất liền Đây hội phát triển kinh tế địa phương Tuy nhiên, vấn đề bảo tồn lưu giữ nguồn gen quý loài trở nên cấp thiết thông tin phân loại nguồn gốc quần thể chưa rõ ràng Trong phương pháp phân loại truyền thống dựa đặc điểm hình thái thường khó khăn phân biệt lồi đồng hình tiếp cận thơng tin phân loại lồi phân tích di truyền lại hiệu việc tìm hiểu đặc điểm phân biệt quần thể Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn 65 AfuH05 AfuH07 AfuB4 AfuB5 AfvesB1 AfvesB2 AfvesB6 0.000 0.006 0.000 0.000 0.040 0.034 0.038 0.000 0.006 0.000 0.000 0.040 0.034 0.038 0.000 0.006 0.000 0.000 0.040 0.034 0.038 0.000 0.006 0.000 0.000 0.040 0.034 0.038 0.000 0.006 0.000 0.000 0.040 0.034 0.038 0.006 0.004 0.006 0.006 0.034 0.028 0.032 0.002 0.008 0.002 0.002 0.042 0.036 0.040 0.004 0.002 0.004 0.004 0.036 0.030 0.034 AfuH05 AfuH07 AfuB4 AfuB5 AfveB1 AfveB2 AfuH05 AfuH07 AfuB4 AfuB5 AfvesB1 AfvesB2 AfvesB6 0.006 0.000 0.000 0.040 0.034 0.038 0.006 0.006 0.038 0.032 0.036 0.000 0.040 0.040 0.034 0.034 0.006 0.038 0.038 0.002 0.004 Hình 3.6 Ma trận khoảng cách di truyền trình tự phân lồi chim yến tổ trắng Ma trận khoảng cách di truyền cho thấy khoảng cách di truyền nội phân loài nhỏ: khơng q 0,8% phân lồi A f germani A f amechanus, không 0,6% phân lồi A f vestitus Các trình tự phân loài A f amechanus nghiên cứu chúng tơi có khoảng cách di truyền nhỏ với trình tự A.fu.H01, A.fu.H02, A.fu.H05, A.fu.H07 với mức khác biệt mức biến dị phân loài Trong khác biệt di truyền phân lồi rõ ràng Khoảng cách di truyền A f germani A f amechanus vào khoảng 1,5-2.5% Khoảng cách di truyền A f germani A f vestitus vào khoảng 2,73,6% Khoảng cách di truyền A f amechanus A f vestitus vào khoảng 3,2-4,2% Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn 66 Đối chiếu tồn tơng Collocalia cho thấy khoảng cách di truyền loài khác giống Aerodramus vào khoảng 2,0-7,0%, khoảng cách di truyền giống Aerodramus với giống Collocalia giống Hydrochous vào khoảng 8,0-14,0% Như vậy, phân lồi A f vestitus có khác biệt nhiều so với phân loài A f germani A f amechanus, mức khác biệt ranh giới loài khác Tuy nhiên để có kết luận phân chia lồi cần bổ sung nhiều thông tin sinh học khác để khẳng định chắn liệu khác biệt di truyền đưa tới cách ly sinh sản hay chưa? Sơ đồ quan hệ phát sinh quần thể xây dựng từ kết phân tích thống theo phương pháp ME MP mơ hình K81uf với phân bố đồng thể hình 3.7 Cây phát sinh chủng loại xây dựng với thuật toán hoán vị nhánh Close Neighbor Interchange (CNI), lặp lại 10 lần thêm taxon ngẫu nhiên, phân tích bootstrap với 1000 lần lấy lại mẫu Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn 67 bien doi A.fu.B5 NBD3 A.fu.B4 NBD4 61/- A.fu.H05 NDN1 NBD6 60/70 NDN2 A.fu.H01 77/67/64 NBD2 NBD1 98/99 A.fu.H02 A.fu.H07 56/60 NKH 87/93 A.f.ger DBD3 DBD4 96/97 DBD2 63/75 DQN1 DKH1 A.f.ves.B2 A.f.ves.B6 100/99 A.f.ves.B1 94/91 Hình 3.7 Cây phát sinh phân lồi chim yến tổ trắng A fuciphagus (Số gốc theo thứ tự giá trị bootstrap theo phương pháp ME, MP) Đối chiếu trình tự nucleotide phân lồi ghi nhận 30 vị trí có biến đổi, 26 vị trí biến đổi mang thơng tin phát sinh nhóm vị trí biến đổi độc đáo Kết phân tích phát sinh chủng loại cho thấy phân hóa phân lồi rõ ràng Phân lồi A f germani A f amechanus có tổ tiên chung gần so với nguồn gốc phát sinh phân loài A f vestitus Nếu giả thiết tiến hóa trình tự tuyến tính, áp dụng đồng hồ phân tử với phân hóa trình tự gen cytochrome b 2% tương đương với thời gian phân rẽ Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn 68 triệu năm cho kết thời gian phân rẽ A f germani A f amechanus với A f vestitus vào khoảng 1,5-1,8 triệu năm ứng với phân hóa di truyền trung bình khoảng 3-3,6% Sự phân hóa phân lồi A f germani không nhiều nên tập trung tìm hiểu đa dạng phân lồi A f amechanus Trong phân lồi A f amechanus, trình tự NKH mang nhiều đặc điểm nguyên thủy tách biệt với trình tự khác từ sớm, gốc phân hóa lặp lại tới 98% 99% ứng với kiểm tra bootstrapping theo phương pháp ME ML Tiếp theo nhánh phân hóa nhỏ gồm trình tự tiêu biểu cho kiểu gen phổ biến quần thể Thái Lan: A.fu.H02 A.fu.H07, A.fu.H07 có bước tiến hóa xa với biến dị độc đáo so với trình tự khác dị hốn vị trí nucleotide số 296 (các vị trí nucleotide từ vị trí tương đối trình tự dài 523bp) Ba trình tự NKH, A.fu.H02 A.fu.H07 có chung đồng hốn vị trí nucleotide số 116 414, biến đổi đặc trưng so với trình tự khác Ở nhánh phát sinh cịn lại, trình tự NBD phân rẽ sớm từ gốc chung có giá trị bootstrap 60% 70% tương ứng với phương pháp ME MP Các trình tự NBD3, NBD4, NBD6, NDN1, NDN2 nằm nhánh phát sinh với A.fu.B4, A.fu.B5 A.fu.H05 Trong nhánh bao gồm nhánh tiến hóa xa gồm trình tự NBD2 A.fu.H01, trình tự mang đồng hốn vị trí nucleotide thứ 104, gốc phát sinh trình tự củng cố giá trị bootstrap 67% 64% tương ứng với phương pháp ME MP Những phân tích biến dị di truyền quan sát thấy quần thể yến Việt Nam phổ biến quần thể chim yến Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn 69 Thái Lan Trình tự NKH mang nhiều khác biệt di truyền so với trình tự yến nhà khác Việt Nam nghiên cứu khác biệt với trình tự A.fu.H02 đồng hốn Các trình tự gen NBD3, NBD4, NBD6, NDN1, NDN2 đại diện phổ biến cho quần thể chim yến nhà Việt Nam tương đồng với trình tự kiểu gen phổ biến chim yến Thái Lan (kí hiệu A.fu.H05) có quần thể chim yến Borneo, Malaysia (kí hiệu A.fu.B4 A.fu.B5) Vùng phân bố phân loài A f amechanus ban đầu Borneo, Malaysia Indonexia Thông tin chim yến nhà xuất Thái Lan không lâu trước chim yến nhà Việt Nam Khoảng cách địa lý Việt Nam Thái Lan gần Các trình tự chim yến nhà Việt Nam tương đồng với biến dị trình tự phổ biến Thái Lan Borneo, phản ánh quan hệ di truyền gần gũi chim yến nhà Việt Nam với chim yến nhà Thái Lan Borneo Gắn kết kết phân tích chúng tơi đưa giả thuyết: Nguồn gốc hình thành quần thể chim yến cư trú cơng trình xây dựng đất liền Việt Nam đàn chim yến di cư từ Borneo qua Thái Lan đến Việt Nam Một thơng tin có ý nghĩa là: Khả định cư chim yến A f amechanus tỉnh Nam Trung Bộ Nam Bộ minh chứng khẳng định điều kiện tự nhiên khí hậu khơng gian sống khu vực nước ta phù hợp với nhu cầu quần thể chim yến nhà Trong nghiên cứu phân hóa quần thể chim yến sào Việt Nam mối quan hệ với đơn vị phân loại khác cịn chưa hồn tồn sáng tỏ thiếu thơng tin từ phân lồi khác Vì vậy, cần bổ sung liệu quần thể, phân lồi khác để hồn thiện thơng tin tổng thể nguồn gốc phân bố quần thể Ngoài ra, nghiên cứu thêm hệ gen Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn 70 nhân cần thiết để đánh giá tạp giao đơn vị phân loại khác Sự đa dạng di truyền tình trạng cận huyết quần thể bộc lộ phân bố alen, locus đa hình, tỉ lệ dị hợp tử Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn 71 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ KẾT LUẬN - Đã giải trình tự phần gen cytochrome b thuộc hệ gen ty thể có chiều dài 606 bp từ 27 mẫu chim yến sào cư trú đảo (yến đảo) chim yến cư trú đất liền (yến nhà), đại diện cho số quần thể chim yến tỉnh Quảng Nam, Bình Định, Khánh Hịa Bình Dương - Đã xây dựng phát sinh chủng loại quần thể chim yến sào nghiên cứu số quần thể chim yến sào khu vực cho thấy chim yến sào Việt Nam chia thành nhóm chim yến đảo nhóm chim yến nhà Chim yến đảo Việt Nam thuộc phân loài Aerodramus fuciphagus germani (Oustalet, 1876), chim yến nhà Việt Nam thuộc phân loài Aerodramus fuciphagus amechanus (Oberholser, 1912) ghi nhận vùng phân bố chúng tỉnh Bình Định, Khánh Hịa, Bình Dương - Khoảng cách di truyền phân loài A f germani A f amechanus vào khoảng 0-0,8%, khoảng cách di truyền phân loài vào khoảng 1,7-2,4% Giữa phân loài A f germani A f amechanus có khác biệt nucleotide đặc trưng - Các quần thể chim yến đảo có quan hệ di truyền gần gũi, ghi nhận quần thể chim yến đảo Bình Định (DBD2, DBD3, DBD4) có khác biệt di truyền tương đối lớn Các quần thể chim yến nhà có đa dạng di truyền cao Các quần thể chim yến nhà Việt Nam hình thành di cư từ vùng Nam Á tới, từ đảo Borneo qua Thái Lan vào Việt Nam Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn 72 KIẾN NGHỊ - Tránh phát triển hỗn độn đàn yến nhà yến đảo, bảo tồn quần thể chim yến địa chủng - Khảo sát quần thể chim yến sào định cư Việt Nam quần thể chim yến sào khác giới Xác định trạng phân bố, di lưu quần thể Đánh giá tình trạng tạp giao đơn vị phân loại có vùng phân bố chồng lấn, khả bảo tồn phát triển quần thể địa Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn 73 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Đặng Tất Thế, Lê Xuân Cảnh, Nguyễn Hồng Vân (2007), Đa dạng di truyền chim yến sống đảo đất liền thuộc tỉnh Bình Định Khánh Hịa Báo cáo Khoa học Sinh thái Tài nguyên sinh vật – Hội nghị Khoa học toàn quốc lần thứ II (Phần Tài nguyên sinh vật; Đa dạng sinh học bảo tồn): 568-573 Nguyễn Cử, Lê Trọng Trải, Karen Phillipps (2000), Chim Việt Nam Nhà xuất Lao Động – Xã Hội Nguyễn Khoa Diệu Thu (2007), Kỹ thuật nuôi chim yến nhà Nhà xuất Khoa học tự nhiên Công nghệ quốc gia Nguyễn Quang Phách (1991), Về giống Collocalia (Apodidae) Việt Nam Tạp chí Sinh học, 10: 33-36 Trung tâm Khoa học tự nhiên Công nghệ quốc gia (1992), Sách Đỏ Việt Nam Nhà xuất Khoa học tự nhiên công nghệ Võ Q (1975), Chim Việt Nam, hình thái phân loại Nhà xuất Khoa học kĩ thuật, 1: 524-534 Walt Bachman (2007), “Lịch sử tự nhiên Việt Nam” Sterling E J., Hurley M M., Lê Đ M Yale University Press: 399-403 Tài liệu tiếng Anh Aowphol A., Voris H K., Feldheim K A., Harnyuttanakorn P., Thirakhupt K (2008), Genetic Homogeneity Among Colonies of the White-Nest Swiftlet (Aerodramus fuciphagus) in Thailand Zoological Science, 25: 372-380 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn 74 Avise J C (1994), Molecular Markers, Natural History and Evolution Chapman and Hall, New York 10 Chantler P et Driessens G (2000), Swifts: A Guide to the Swifts and Treeswifts of the World, 2nd Pica press, East Sussex 11 Clayton D H et Johnson K P (2000), Testing species limits of nonecholocating Philippine swiftlets (Collocalia spp.) using molecular genetic data Sylvatrop Tech J of Philipp Ecosystems and Nat Res, 10 (1&2): 7077 12 Clements J F (2009), The Clements Checklist of Birds of the World 6th Cornell University Press (v6.4 on http://www.birds.cornell.edu, http://ebird.org) 13 Collins C T (2000), Foraging of Glossy and Pygmy Swiftlets in Palawan, Philippine Islands Forktail, 16: 53-55 14 Dickinson E C (2003), The Howard and Moore Complete Checklist of the Birds of the World 3rd Christopher Helm, UK 15 Fullard J H., Barclay R M R., Thomas D W (1993), Echolocation in Free-Flying Atiu Swiftlets (Aerodramus sawtelli) Biotropica, 25(3): 334339 16 Gill F et Wright M (2006), Birds of the World: Recommended English Names Princeton University press, New Jersey (IOC World Bird Name v2.4: http://worldbirdnames.org) 17 Green J R (1885), The edible Bird’s-nest, or Nest of the Java Swift (Collocalia Nidifica) J Physiol, 6(1-2): 40-5 18 Hall T A (1999), BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Window 95/98/NT Nucl Acids Symp Ser, 41: 95-98 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn 75 19 Hobbs J J (2004), Problems in the harvest of edible birds’ nests in Sarawak and Sabah, Malaysian Borneo Biodiversity and Conservation, 13: 2209-2226 20 Huelsenbeck J P et Ronquist F (2001), MrBayes: Bayesian inference of phylogeny Bioinformatics, 17: 754-755 21 Johnson K P et Clayton D H (1999), Swiftlets on islands: genetics and phylogeny of the Seychelles and Mascarene swiftlets Phelsuma, 7: 9-13 22 Jordan D (2004), Globalisation and bird’s nest soup International Development Planning Review Liverpool University Press, 26(1) 23 Kang N., Hails C J., Sigurdsson J B (1991), Nest construction and egglaying in edible-nest swiftlets Aerodramus spp and the implications for harvesting Ibis, 133: 170–177 24 Langham N (1980), Breeding Biology of the edible-nest swiftlet Aerodramus fuciphagus Ibis 122: 447–461 25 Lanyon S M (1987), Jackknifing and Bootstrapping: Important “New” Statistical Techniques for Ornithologists Auk, 104 26 Lee P L M., Clayton D H., Griffiths R., Page R D M (1996), Does behavior reflect phylogeny in swiftlets (Aves: Apodidae)? A test using cytochrome b mitochondrial DNA sequences Proc Natl Acad Sci USA, 93: 7091-7096 27 MacKinnon J et Phillipps K (1993), A Field Guide to the Birds of Borneo, Sumatra, Java and Bali Oxford University press 28 Nguyen Q P (1992), The breeding biology of the edible-nest swiftlet Collocalia fuciphaga germane Oustalet, 1878 in Vietnam Loiseau et RFO, (2)62:149-161 29 Nguyen Q P (1994), Breeding and moult in the edible-nest swiftlet Collocalia fuciphagus germani in Vietnam Alauda, 62: 107-115 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn 76 30 Nguyen Q P., Voisin J F (1997), Influence of cave structure, microclimate and nest harvesting on the breeding of the White-nest Swiftlet Collocalia fuciphaga germani in Vietnam Wiley InterScience 31 Nguyen Q P., Vo Q Y., Voisin J F (2002), The White-Nest Swiftlet and the Black-Nest Swiftlet Ed Boubee, Paris 32 Nylander J A A (2008), MrModeltest v2.3 Uppsala University, Sweden 33 Page R D M., Lee P L M., Becher S A., Griffilths R., Clayton D H (2010), A Different Tempo of Mitochondrial DNA Evolution in Birds and their Parasitic Lice Manuscript 34 Pichorim M et Monteiro-Filho ELA (2008), Brood size and its importance for nestling growth in the Biscutate Swift (Streptoprocne biscutata, Aves: Apodidae) Braz J Biol, 68(4): 851-857 35 Posada D et Crandall K A (1998), Modeltest: testing the model of DNA substitution Bioinformatics, 14(9): 817-818 36 Posada D et Crandall K A (2001), Selecting the Best-Fit Model of Nucleotide Substitution Syst Biol, 50(4): 580-601 37 Posada D et Buckley T R (2004), Model Selection and Model Averaging in Phylogenetics: Advantages of Akaike Information Criterion and Bayesian Approaches Over Likelihood Ratio Tests Syst Biol, 53(5): 793-808 38 Posada D (2008), jModelTest: Phylogenetic Model Averaging Molecular Biology and Evolution 39 Price J J., Johnson K P., Clayton D H (2004), The evolution of echolocation in swiftlets J Avian Biol, 35: 135-143 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn 77 40 Price J J., Johnson K P., Bush S E., Clayton D H (2005), Phylogenetic relationships of the Papuan Swiftlet Aerodramus papuensis and implication for evolution of avian echolocation Ibis, 147: 790-796 41 Ronquist F et Huelsenbeck J P (2003), MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models Bioinformatics, 19: 15721574 42 Sankaran R (1995), Impact assessment of nest collection on the Ediblenest Swiftlet in the Nicobar islands Saslim Ali Centre for Ornithology & Natural History, India 43 Sankaran R (1998), The impact of nest collection on the Edible-nest Swiftlet Collocalia fuciphaga in the Andaman & Nicobar Islands Saslim Ali Centre for Ornithology & Natural History, India 44 Sankaran R (2001), The status and conservation of the Edible-nest Swiftlet (Collocalia fuciphaga) in the Andaman and Nicobar Islands Biological Conservation, 97: 283-294 45 Sheshnarayan M S (2009), PhD dissertation: Breeding Ecology of the Edible-nest Swiftlet Aerodramus fuciphagus and the Glossy Swiftlet Collocalia esculenta in the Andaman Islands, India Bharathiar University, Coimbatore 46 Sibley C et Monroe B L (1996), Sibley and Monroe Checklist 2nd, part Yale University Press 47 Swofford D L (2003), PAUP* Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods) Version Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts 48 Tamura K., Dudley J., Nei M., Kumar S (2007), MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn 78 49 Thomassen H A., Wiersema A T., Baker M A G., Knijff P., Hetebrij E., Povel G D E (2003), A new phylogeny of swiftlets (Aves: Apodidae) based on cytochrome-b DNA Mol Phylogenet Evol, 29(1): 86-93 50 Thomassen H A (2005), PhD dissertation: Swift as sound Design and evolution of the echolocation system in Swiftlets (Apodidae: Collocaliini) Leiden University 51 Thomassen H A., Tex R J., Bakker M A G., Povel G D E (2005), Phylogenetic relationships amongst swifts and swiftlets: a multi locus approach Mol Phylogenet Evol, 37(1): 264-77 52 Thomassen H A et Povel G D E (2006), Comparative and phylogenetic analysis of the echo clicks and social vocalizations of swiftlets (Aves: Apodidae) Biological Journal of the Linnean Society, 88(4): 631-643 53 Thomassen H A., Gea S., Maas S., Bout R G., Dirckx J J J., Decraemer W F., Povel G D E (2007), Do Swiftlets have an ear for echolocation? The functional morphology of Swiftlets’ middle ears Hearing Research, 225(1-2): 25-37 54 Thompson et al (1997), The ClustalX windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools Nucleic Acids Research, 24: 4876-4882 55 Tompkins D M (1999), Impact of nest-harvesting on the reproductive success of black-nest swiftlets Aerodramus maximus Wildl Biol, 5:33-36 56 Viruhpintu S., Thirakhupt K., Pradatsundarasar A., Poonswad P (2002), Breeding Biology of the White-Nest Swiftlet Aerodramus fuciphagus (Thunberg, 1812) in Man-Made and Natural Habitats PhD Dissertation, Biological Sciences Program, Faculty of Science, Chulalongkorn University, Thailand 57 Viruhpintu S., Thirakhupt K., Pradatsundarasar A., Poonswad P (2002), Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn 79 Nest-site Characteristics of the Edible-nest Swiftlet Aerodramus fuciphagus (Thunberg, 1812) at Si-Ha Islands, Phattalung Province, Thailand The Natural History Journal of Chulalongkorn University, 2(2): 31-35 Trang tin điện tử 58 Birdlife International (2009), Species factsheet: Collocalia fuciphaga Downloaded from http://www.birdlife.org on 31/03/2010 59 Catalogue of Life on the Web: Bisby et al (2010), Species 2000 & ITIS Catalogue of Life, 2nd October 2010 Digital resource at http://www.catalogueoflife.org/col Species 2000: Reading, UK 60 Genbank: http://www.ncbi.nlm.nih.gov 61 Intergrade Taxonomic Information System report, retrieved from http://www.itis.gov on 31/03/2010 62 Sinh vật rừng Việt Nam: http://vncreatures.net 63 Sở Khoa học Cơng nghệ tỉnh Bình Định (2007), Ni yến nhà Bình Định Tạp chí Khoa học Cơng nghệ, http://www.dostbinhdinh.org.vn 64 The World Bird Database, retrieved from http://avibase.bsc-eoc.org on 10/11/2010 65 Võ Quang Yến (2007), Huyền điểu, yến sào http://vietsciences.org 66 Yến sào Hoàng yến: http://www.ekavietnam.com 67 Yến sào Khánh Hịa: http://www.yensaokhanhhoa.com.vn Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn