Thông tin tài liệu
SỞ NƠNG NGHIỆP VÀ PTNT CỘNG HỊA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Độc lập – Tự – Hạnh phúc TRUNG TÂM CÔNG NGHỆ SINH HỌC BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ “Xác định kiểu gen khả lan truyền gen kháng với số thuốc kháng sinh dùng điều trị Escherichia coli Staphylococcus aureus phân lập số bệnh viện Tp Hồ Chí Minh” (Mã số YD 01/18-19) Cơ quan chủ trì nhiệm vụ: Trung tâm Cơng nghệ sinh học Tp.HCM Chủ nhiệm nhiệm vụ: TS Nguyễn Thị Lệ Thủy Thành phố Hồ Chí Minh- 2020 SỞ NƠNG NGHIỆP VÀ PTNT CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Độc lập – Tự – Hạnh phúc TRUNG TÂM CÔNG NGHỆ SINH HỌC BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ “Xác định kiểu gen khả lan truyền gen kháng với số thuốc kháng sinh dùng điều trị Escherichia coli Staphylococcus aureus phân lập số bệnh viện Tp Hồ Chí Minh” (Mã số YD 01/18-19) (Đã chỉnh sửa theo kết luận Hội đồng nghiệm thu ngày 25/6/2020) Chủ nhiệm nhiệm vụ Nguyễn Thị Lệ Thủy Cơ quan chủ trì nhiệm vụ (ký tên đóng dấu) Thành phố Hồ Chí Minh- 2020 CỘNG HỊA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM SỞ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH TRUNG TÂM CƠNG NGHỆ SINH HỌC Độc lập - Tự - Hạnh phúc Thành phố Hồ Chí Minh, ngày tháng năm 2020 BÁO CÁO THỐNG KÊ KẾT QUẢ THỰC HIỆN NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KH&CN I THÔNG TIN CHUNG Tên nhiệm vụ: Xác định kiểu gen khả lan truyền gen kháng với số thuốc kháng sinh dùng điều trị Escherichia coli Staphylococcus aureus phân lập số bệnh viện Tp Hồ Chí Minh Thuộc: Chương trình/lĩnh vực (tên chương trình/lĩnh vực): Chủ nhiệm nhiệm vụ: Họ tên: Nguyễn Thị Lệ Thủy Ngày, tháng, năm sinh: 24/11/1983 Nam/ Nữ: Nữ Học hàm, học vị: Tiến sĩ Chức danh khoa học: Nghiên cứu viên Chức vụ: Điện thoại: Tổ chức: Nhà riêng: Mobile: 0983397430 Fax: E-mail: lenacns2005@gmail.com Tên tổ chức công tác: Phịng CNSH Y Dược – Trung tâm Cơng nghệ sinh học Tp.HCM Địa tổ chức: 2374 Quốc lộ 1A, phường Trung Mỹ Tây, quận 12, Tp.HCM Địa nhà riêng: Tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Tên tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Phịng CNSH Y Dược – Trung tâm Công nghệ sinh học Tp.HCM Điện thoại: (028)37 153 792 Fax: (028) 38 916 997 E-mail: ttcnsh.snn@tphcm.gov.vn Website: http://www.hcmbiotech.com.vn Địa chỉ: 2374 Quốc lộ 1A, phường Trung Mỹ Tây, quận 12, Tp.HCM Họ tên thủ trưởng tổ chức: PGS TS Dương Hoa Xô Số tài khoản: 3713.0.1007645 Kho bạc: Nhà nước Tp.HCM Tên quan chủ quản đề tài: Phòng CNSH Y Dược – Trung tâm Cơng nghệ sinh học Tp.HCM II TÌNH HÌNH THỰC HIỆN Thời gian thực nhiệm vụ: - Theo Hợp đồng ký kết: từ tháng 01 năm 2018 đến tháng 12 năm 2019 - Thực tế thực hiện: từ tháng 04 năm 2018 đến tháng năm 2020 - Được gia hạn (nếu có): khơng Kinh phí sử dụng kinh phí: a) Tổng số kinh phí thực hiện: 600.000.000 đ, đó: + Kính phí hỗ trợ từ ngân sách khoa học: 600.000.000 đ + Kinh phí từ nguồn khác: đ b) Tình hình cấp sử dụng kinh phí từ nguồn ngân sách khoa học: Số TT Theo kế hoạch Thời gian Kinh phí (Tháng, năm) (đ) 2018 300.000.000 2019 300.000.000 Thực tế đạt Thời gian Kinh phí (Tháng, năm) (đ) 2018 289.203.700 2019 298.347.040 Ghi (Số đề nghị toán) 289.203.700 298.347.040 c) Kết sử dụng kinh phí theo khoản chi: Đối với đề tài: Đơn vị tính: đồng Số TT Nội dung khoản chi Trả công lao động (khoa học, phổ thông) Nguyên, vật liệu, lượng Thiết bị, máy móc Xây dựng, sửa chữa nhỏ Chi khác Tổng cộng Theo kế hoạch Tổng NSKH 185.852.800 Thực tế đạt Tổng NSKH 185.852.800 Nguồn khác 185.852.800 185.852.800 Nguồn khác 323.561.100 323.561.100 319.702.460 319.702.460 0 0 0 0 0 0 90.586.100 600.000.000 90.586.100 600.000.000 0 81.995.480 587.550.740 81.995.480 587.550.740 0 - Lý thay đổi (nếu có): Đối với dự án: Đơn vị tính: đồng Số TT Nội dung khoản chi Theo kế hoạch Tổng NSKH Thực tế đạt Nguồn khác Tổng NSKH Nguồn khác Thiết bị, máy móc mua Nhà xưởng xây dựng mới, cải tạo Kinh phí hỗ trợ cơng nghệ Chi phí lao động Nguyên vật liệu, lượng Thuê thiết bị, nhà xưởng Khác Tổng cộng - Lý thay đổi (nếu có): Các văn hành q trình thực đề tài/dự án: (Liệt kê định, văn quan quản lý từ công đoạn xét duyệt, phê duyệt kinh phí, hợp đồng, điều chỉnh (thời gian, nội dung, kinh phí thực có); văn tổ chức chủ trì nhiệm vụ (đơn, kiến nghị điều chỉnh có) Số TT Số, thời gian ban hành văn Số 01/QĐ-CNSH, ngày 09/01/2018 Số 12/QĐ-CNSH, ngày 05/3/2018 Số 49/HĐGVCNSH, ngày 28/3/2018 Số 149/QĐ-CNSH, ngày 10/6/2020 Tên văn Ghi Quyết định thành lập Hội đồng Khoa học xét duyệt đề cương chi tiết đề tài sở cấp Trung tâm năm 2018 Quyết định phê duyệt đề tài nghiên cứu khoa học cấp sở năm 2018 Hợp đồng giao việc Thực đề tài cấp sở năm 2018 Quyết định thành lập Hội đồng Khoa học nghiệm thu nhiệm vụ khoa học công nghệ cấp Trung tâm Tổ chức phối hợp thực nhiệm vụ: Số TT Tên tổ chức đăng ký theo Thuyết minh - Khoa Vi sinh – Bệnh viện Đại học Y Dược Tp.HCM - Khoa vi sinh – Bệnh viện Chợ Rẫy - Khoa xét nghiệm – Bệnh viện nhiệt đới Tp.HCM - Khoa xét nghiệm – Bệnh viện Quân y 7A Tên tổ chức tham gia thực - Khoa Vi sinh – Bệnh viện Đại học Y Dược Tp.HCM - Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn – Bệnh viện Hùng Vương - Khoa xét nghiệm – Bệnh viện Quân y 7A Nội dung tham gia chủ yếu Thu nhận mẫu vi khuẩn Sản phẩm chủ yếu đạt Ghi chú* Thu nhận 93 chủng E coli 104 chủng Staphylococci Trung tâm phân tích genome vi khuẩn Đại học Birmingham, UK - Trung tâm tiến hóa Milner, đại học Bath, Bath, UK - Bộ mơn Di truyền, Khoa sinh học, đại học KHTN Tp.HCM Giải trình tự Giải trình tự gen vi khuẩn gen vi khuẩn - Lý thay đổi (nếu có): Cá nhân tham gia thực nhiệm vụ: (Người tham gia thực đề tài thuộc tổ chức chủ trì quan phối hợp, khơng q 10 người kể chủ nhiệm) Số TT Tên cá nhân đăng ký theo Thuyết minh Nguyễn Thị Lệ Thủy Tên cá nhân tham gia thực Nguyễn Thị Lệ Thủy Phạm Thị Kim Trâm Nguyễn Quốc Huy Lê Ngụy Hoàng Linh Phạm Bùi Hoàng Anh - Phạm Thị Kim Trâm Nguyễn Quốc Huy Lê Ngụy Hoàng Linh Phạm Bùi Hoàng Anh Thượng Thị Thu Thủy Sản phẩm chủ yếu đạt Chủ nhiệm đề - Báo thuyết tài, thực minh đề tài, nội dung - Báo tiến độ, nghiên cứu - Báo cáo đề tài nghiệm thu - Bài báo khoa học - Đào tạo - Thu thập mẫu - Thu mẫu vi vi khuẩn gây khuẩn Nội dung tham gia nhiễm trùng bệnh viện - Phân tích kháng sinh đồ chế kháng thuốc - Đánh giá lan truyền gen kháng thuốc Ghi chú* - Phân tích kháng sinh đồ chế kháng thuốc - Đánh giá lan truyền gen kháng thuốc - Lý thay đổi ( có): Tình hình hợp tác quốc tế: Số TT Theo kế hoạch (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn, số lượng người tham gia ) Thực tế đạt (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn, số lượng người tham gia ) Ghi chú* - Lý thay đổi (nếu có): Tình hình tổ chức hội thảo, hội nghị: Theo kế hoạch Số (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa TT điểm ) Thực tế đạt (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm ) Ghi chú* - Lý thay đổi (nếu có): Tóm tắt nội dung, cơng việc chủ yếu: (Nêu mục 15 thuyết minh, không bao gồm: Hội thảo khoa học, điều tra khảo sát nước nước ngồi) Các nội dung, cơng việc chủ yếu (Các mốc đánh giá chủ yếu) Thu thập mẫu vi khuẩn Thời gian (Bắt đầu, kết thúc - tháng … năm) Theo kế Thực tế hoạch đạt 01/2018 - 01/2018 10/2018 10/2018 Phân tích kháng sinh đồ MIC 01/2018 12/2018 01/2018 12/2018 Xác định kiểu gen gây tính kháng 3/2018 02/1019 3/2018 02/1019 Xác định đột biến gây tính kháng 7/2018 6/2019 7/2018 6/2019 Đánh giá lan truyền gen kháng thuốc 6/2019 11/2019 6/2019 11/2019 Số TT Người, quan thực Nguyễn Thị Lệ Thủy Phạm Thị Kim Trâm, Nguyễn Quốc Huy, Lê Ngụy Hoàng Linh, Phạm Bùi Hoàng Anh Nguyễn Thị Lệ Thủy Phạm Thị Kim Trâm, Nguyễn Quốc Huy, Lê Ngụy Hoàng Linh, Phạm Bùi Hoàng Anh Nguyễn Thị Lệ Thủy Phạm Thị Kim Trâm, Nguyễn Quốc Huy, Lê Ngụy Hoàng Linh, Phạm Bùi Hoàng Anh Nguyễn Thị Lệ Thủy Phạm Thị Kim Trâm, Nguyễn Quốc Huy, Lê Ngụy Hoàng Linh, Phạm Bùi Hoàng Anh Nguyễn Thị Lệ Thủy Phạm Thị Kim Trâm, Nguyễn Quốc Huy, Lê Ngụy Hoàng Linh, Phạm Bùi Hồng Anh - Lý thay đổi (nếu có): III SẢN PHẨM KH&CN CỦA NHIỆM VỤ Sản phẩm KH&CN tạo ra: a) Sản phẩm Dạng I: Số TT Tên sản phẩm tiêu chất lượng chủ yếu Đơn vị đo Số lượng Theo kế hoạch Thực tế đạt - Lý thay đổi (nếu có): b) Sản phẩm Dạng II: Số TT Yêu cầu khoa học cần đạt Theo kế hoạch Thực tế đạt Tên sản phẩm Ghi - Lý thay đổi (nếu có): c) Sản phẩm Dạng III: Số TT Tên sản phẩm The emergence of plasmid-borne cfr mediated linezolid resistant-staphylococci in Vietnam Đặc điểm kiểu gen hai chủng Staphylococcus aureus Staphylococcus haemolyticus kháng trung gian với vancomycin phân lập Bệnh viện Quân y 7A Yêu cầu khoa học cần đạt Theo Thực tế kế hoạch đạt Đạt tiêu chuẩn qui Hoàn thành định tạp chí khoa học quốc tế, chấp nhận đăng - Số lượng, nơi cơng bố (Tạp chí, nhà xuất bản) 01 Journal of Global Antimicrobial Resistance 2020; S22137165(20)30102-8 Báo cáo tồn văn Hội nghị Cơng nghệ sinh học toàn quốc 2020 (đã nộp) - Lý thay đổi (nếu có): d) Kết đào tạo: Số TT Cấp đào tạo, Chuyên ngành đào tạo Cử nhân Thạc sỹ Số lượng Theo kế hoạch Thực tế đạt 01 01 01 01 Ghi (Thời gian kết thúc) 7/2019 9/2020 Tiến sỹ 0 - Lý thay đổi (nếu có): đ) Tình hình đăng ký bảo hộ quyền sở hữu công nghiệp: Số TT Tên sản phẩm đăng ký Kết Theo kế hoạch Thực tế đạt Ghi (Thời gian kết thúc) - Lý thay đổi (nếu có): e) Thống kê danh mục sản phẩm KHCN ứng dụng vào thực tế Số TT Tên kết ứng dụng Thời gian Địa điểm (Ghi rõ tên, địa nơi ứng dụng) Kết sơ Đánh giá hiệu nhiệm vụ mang lại: a) Hiệu khoa học công nghệ: Các qui trình PCR, multiplex PCR, kỹ thuật phân tích trình tự gen vi khuẩn để xác định gen chế kháng thuốc sử dụng trong nghiên cứu áp dụng việc nghiên cứu đánh giá diện gen kháng thuốc phổ biến triển khai khu Xét nghiệm Trung tâm Công nghệ sinh học Tp HCM tương lai cho đề tài nghiên cứu kháng kháng sinh khác b) Hiệu kinh tế xã hội: Kết nghiên cứu cung cấp thông tin cập nhật lưu hành gen kháng thuốc chế gây kháng thuốc vi khuẩn gây NKBV chủ yếu Việt Nam Đây thông tin quan trọng cho việc đưa liệu pháp điều trị hiệu lâm sàng đề xuất biện pháp ngăn chặn phát triển lan truyền tính kháng thuốc, góp phần cung cấp thơng tin việc nghiên cứu phát triển thuốc hiệu Tình hình thực chế độ báo cáo, kiểm tra nhiệm vụ: Số TT I II Nội dung Báo cáo tiến độ Lần Nghiệm thu sở Chủ nhiệm đề tài (Họ tên, chữ ký) Thời gian thực Ghi (Tóm tắt kết quả, kết luận chính, người chủ trì…) 6/2019 6/2020 Thủ trưởng tổ chức chủ trì (Họ tên, chữ ký đóng dấu) Nguyễn Thị Lệ Thủy MỤC LỤC DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT DANH MỤC CÁC BẢNG 10 DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ, ĐỒ THỊ 11 TÓM TẮT 12 Chương - MỞ ĐẦU 14 I.1 Đặt vấn đề 14 I.2 Tổng quan tài liệu 14 I.3 Tính cấp thiết việc thực nhiệm vụ 27 I.4 Mục tiêu nhiệm vụ 28 I.5 Ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài 28 Chương - VẬT LIỆU - PHƯƠNG PHÁP 29 II.1 Vật liệu 29 II.2 Phương pháp 29 Chương - KẾT QUẢ - THẢO LUẬN 39 III.1 Kết phân tích E coli 39 III.2 Kết phân tích S aureus CNS 46 Chương - KẾT LUẬN – KIẾN NGHỊ 63 IV.1 Kết luận 63 IV.2 Kiến nghị 63 TÀI LIỆU THAM KHẢO 65 PHỤ LỤC 70 PHỤ LỤC SẢN PHẨM KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ CỦA ĐỀ TÀI SẢN PHẨM DẠNG II - Nguyên lý ứng dụng; Phương pháp; Tiêu chuẩn; Quy phạm; Phần mềm máy tính; Bản vẽ thiết kế; Quy trình cơng nghệ; Sơ đồ, đồ; Số liệu, Cơ sở liệu; Báo cáo phân tích; Tài liệu dự báo (phương pháp, quy trình, mơ hình, ); Đề án, qui hoạch; Luận chứng kinh tế-kỹ thuật, Báo cáo nghiên cứu khả thi sản phẩm khác TT Tên sản phẩm Yêu cầu khoa học cần đạt Số lượng Ghi Thông tin tính kháng kháng sinh E coli S aureus, 02 loại vi khuẩn gây nhiễm trùng bệnh viện phổ biến Tp.HCM Thông tin tính kháng diện gen kháng với loại kháng sinh hành kháng sinh sử dụng hiệu điều trị E coli S aureus 01 Báo cáo chi tiết kèm theo 91 I Thơng tin tính kháng diện gen kháng với loại kháng sinh hành kháng sinh sử dụng hiệu điều trị E coli I.1 Đặc điểm kháng thuốc mẫu E coli thu nhận Trong thời gian từ tháng 1/2028 đến tháng 4/2019, đề tài nghiên cứu thu nhận 93 chủng E coli kháng carbapenem từ 03 bệnh viện Tp.HCM bao gồm Bệnh viện Đại học Y Dược Tp.HCM, Bệnh viện Hùng Vương Bệnh viện Quân y 7A Sau tái định danh, 78/93 (83.9 %) chủng E.coli xác định sau tái định danh (Bảng 1) Phân tích kháng sinh đồ chủng E.coli cho thấy: - 77/78 chủng kháng với imipenem xác định phương pháp đặt đĩa giấy kháng sinh MIC - Trong 77 chủng kháng imipenem, 100% chủng kháng toàn với beta-lactam thử nghiệm (bao gồm ampicillin, cefazolin cefotaxime); 97.4 % chủng kháng ciprofloxacin; 76.3 % chủng kháng gentamycin; 15.8 % chủng kháng colistin Tỷ lệ đa kháng thuốc cao, đặc biệt với thuốc kháng sinh sử dụng kết hợp sử dụng với carbapenem để tăng hiệu điều trị nhóm vi khuẩn gram âm đề kháng carbapenem colistin (polymyxin), gentamycin (nhóm aminoglycoside) cho thấy hạn chế tăng khả thất bại điều trị nhóm vi khuẩn này, bao gồm E coli kháng carbapenem 92 Hình Tỷ lệ kháng thuốc chủng E.coli kháng carbapenem I.2 Xác định diện enzyme carbapenemase kiểu gen kháng mẫu E coli thu nhận Khả sinh enzyme carbapenemase chủng E coli kháng imipenem sàng lọc sơ phương pháp Modified Hodge test Có 64/77 chủng E.coli kháng imipenem cho kết dương tính với Hodge test Kết xác định nhóm gen carbapenemase phương pháp multiplex PCR cho thấy 73/77 chủng E.coli kháng imipenem mang gen carbapenemase (chiếm 94.7%) (Bảng 1) Trong đó, tỷ lệ nhóm gen NDM chiếm ưu (87.7%) Các nhóm gen khác chiếm tỷ lệ thấp hơn: OXA-48 like (20.5 %), OXA-23 like (1.4 %) (Hình 2) Có 7/73 chủng (9.6 %) mang nhóm gen carbapenemase (Bảng 1) Kết cho thấy chế kháng carbapenem enzyme carbapenemase chế kháng chủ yếu vi khuẩn E coli kháng thuốc thu nhận từ bệnh viện Tỷ lệ có xu hướng gia tăng Theo báo cáo bệnh viện Trung ương Quân đội 108 thực đánh giá tỷ lệ vi khuẩn gram âm (bao gồm E coli, K pneumoniae A baumannii) mang gen mã hóa carbapenemase bệnh viện giai đoạn 2014 – 2015 cho thấy 48,11% chủng dương tính với gen kháng carbapenem, nhóm gen NDM chiếm ứu (với tỷ lệ 62.2%), nhóm 93 gen OXA-23 like (26.8%), OXA-58 like (9.5%) nhóm gen khác KPC, OXA-48 like (Trần Diệu Linh cs., 2018) Hình Tỷ lệ gen carbapenemase chủng E.coli kháng imipenem Sự lưu hành phổ biến nhóm gen NDM ghi nhận nghiên cứu số nghiên cứu trước Việt Nam cho thấy báo động nhóm gen NDM gây tính kháng lan truyền tính kháng nhóm vi khuẩn gram âm đề kháng với carbapenem (Tran H.H et al., 2015; Tran DN et al., 2016; Tada et al., 2017) Một số nghiên cứu khu vực cảnh báo lưu hành phổ biến nhóm gen (Kazi M el al., 2015; Zainol Abidin NZ et al., 2015) Đáng lưu ý, NDM thuộc nhóm B phân nhóm enzyme carbapenemase, có đặc điểm bị ức chế chất bắt giữ cation 2+ EDTA không bị ức chế chất ức chế beta-lactamase (beta-lactamase inhibitor) Gần đây, kết hợp kháng sinh cephalosporin hệ phổ rộng ceftazidime với chất ức chế enzyme beta-lactamase avibactam FDA chấp thuận cho lưu hành (với tên thương mại Avycaz) từ năm 2015 khuyến cáo cho thấy tác dụng điều trị hiệu vi khuẩn gram âm đa kháng đề kháng carbapenem nhóm A, C D Tuy nhiên, với lưu hành phổ 94 biến NDM Việt Nam nước khác khu vực cho thấy nhiều hạn chế thất bại điều trị nhóm vi khuẩn I.3 Xác định gen mcr đột biến gen gây tính kháng colistin Tỷ lệ kháng colistin mẫu E coli kháng imipenem thu nhận 12/77 chủng (chiếm 15.6 %) Multiplex PCR kiểm tra diện gen mcr gây tính kháng, chúng tơi phát 02 chủng mang gen kháng mcr-1 (chủng E69 E71) (Bảng 1) Các chủng E coli kháng colistin khác không phát thấy gen kháng mcr, chủng mang đột biến gây tính kháng Kết phân tích giải trình tự mẫu E coli kháng colistin ghi nhận biến đổi gen làm thay đổi trình tự amino acid PmrA, PmrB, PhoB PhoQ có vai trị tổng hợp gắn phosphoethanolamine (pEtN) vào lipid A, thay ion hoá trị màng tế bào vi khuẩn làm hạn chế khả gắn colistin lên màng gây tính kháng thuốc (Bảng 2) Khơng ghi nhận thấy biến đổi trình tự MrgB liên quan tới kiểm soát hoạt động hệ thống điều hoà hai thành phần PhoP/PhoQ chứng minh có vai trị gián tiếp hình thành tính kháng colistin thơng qua kích hoạt pmrD, pmrA pmrB Tuy nhiên, nghiên cứu chưa tìm thấy tương quan biến đổi trình tự gen tính kháng (giá trị MIC) chủng kháng thuốc Điều cho thấy đột biến gen ghi nhận khơng liên quan trực tiếp tới tính kháng colistin Vai trò đột biến việc xác định đột biến gen đường tổng hợp khác liên quan tới biến đổi LPS, tổng hợp capsule, kênh porin hay hệ thống bơm đẩy thuốc màng tế bào cần đánh giá chi tiết 95 Bảng Kết tái định danh, kháng sinh đồ kiểu gen kháng carbapenem, colistin chủng E.coli thu nhận nghiên cứu 96 (Am – ampicillin, CZ – cefazolin, Ct- Cefotaxime, Gen – gentamycin, Ci – Ciprofloxacin, Imi – Imipenem, Col – colistin) Bảng Kết xác định đột biến gen chủng E coli kháng colistin 97 Chủng MIC ID (mg/L) mcr-1 MrgB PhoP PhoQ PmrA PmrB Ser29Gly, 11 128 - - Ile44Leu - Leu161Pro His2Arg Ser29Gly, 12 128 - - - - Leu161Pro His2Arg Ser29Gly, 47 48 128 128 - - - - - Thr281Asn - Leu161Pro His2Arg Ser29Gly, His2Arg, Leu161Pro Glu101Arg Asp150Ser, Ser29Gly, His2Arg, Asp151Ile Leu161Pro Asp283Gly Ser29Gly, His2Arg, Leu161Pro Glu101Arg Asp149X, 49 50 128 >128 - - - - - - - Ser29Gly, 51 128 - - - - Leu161Pro His2Arg Ser29Gly, 52 69 71 79 >128 4 - + + - - - - - 89 >128 + có mang gen - khơng mang gen/khơng có đột biến Ile44Leu Ile44Leu - - Leu161Pro His2Arg Tyr268X, Ser29Gly, His2Arg, Asn346Lys Leu161Pro Asp283Gly Ser29Gly, His2Arg, Leu161Pro Asp283Gly Ser29Gly, His2Arg, Leu161Pro Glu101Arg Ser29Gly, His2Arg, Leu161Pro Asp283Gly - Ile44Leu Ile44Leu 98 - - II Thơng tin tính kháng diện gen kháng với loại kháng sinh hành kháng sinh sử dụng hiệu điều trị nhóm vi khuẩn Staphylococci Trong thời gian từ tháng 1/2028 đến tháng 4/2019, đề tài nghiên cứu thu nhận 104 chủng S aureus CNS kháng methicillin Sau tái định danh kiểm tra kháng sinh đồ, 98/104 chủng xác định kháng beta-lactam (penicillin cefoxitin) (Bảng 3) Kết PCR khẳng định chủng kháng (ngoại trừ chủng, S waneri #97) mang gen mecA mã hóa cho protein gắn penicillin PBP2a gây tính kháng methicillin beta-lactam khác Không phát thấy gen mecC mẫu staphylococci kháng thuốc thu nhận Phân tích kháng sinh đồ chủng cho thấy: 82.7% chủng kháng Clindamycin 81.6% chủng kháng Erythromycin; 6.15% chủng kháng sulfamethoxazole /Trimethroprim (SXT); 2% chủng kháng trung gian với vancomycin; 2% chủng kháng Linezolid (Hình 3) Hình Tỷ lệ kháng thuốc chủng S aureus CNS kháng methicillin thu nhận Bảng Kết kháng sinh đồ kiểu gen kháng chủng staphylococci thu nhận 99 100 (Pen – penicillin, CFX – cefoxitin, cL - Clindamycin, Erm – erythromycin, SXT – trimethoprim-sulfamethoxazole, VCM – Vancomycin, LZD – linezolid) Trong 98 mẫu vi khuẩn thuộc nhóm staphylococci kháng methicillin, chúng tơi ghi nhận có 02 chủng (2%) kháng trung gian với vancomycin (MIC = 12 mg/L MIC = mg/L) Hai chủng VISA mang đột biến gen liên quan tới tính kháng vancomycin, tính kháng với peptide kháng khuẩn chuyển hóa thành tế bào vi khuẩn; cụ thể vraSR, graSR, lytSR, walKR Trong nghiên cứu này, phát lần Việt Nam 02 chủng tụ cầu khuẩn (S haemolyticus S cohii) (2%) kháng linezolid mang gen kháng cfrA nằm plasmid tiếp hợp có cấu trúc tương tự với plasmid pLRSA417 báo cáo lần Trung Quốc Ngoài ra, hai chủng CNS kháng linezolid mang số 101 đột biến 23S rRNA 50S protein ribosome, bao gồm L3, L4, L17, L22, L24 L30 có liên quan tới tính kháng thuốc 102 SẢN PHẨM DẠNG III - Bài báo; Sách chuyên khảo; sản phẩm khác TT Tên sản phẩm Yêu cầu khoa Nơi cơng bố (Tạp chí, nhà học cần đạt xuất bản) 01 báo khoa học quốc tế “The emergence of plasmid-borne cfr mediated linezolid resistantstaphylococci in Vietnam” Đạt tiêu chuẩn qui định tạp chí khoa học quốc tế, chấp nhận đăng Qui trình multiplex PCR để xác định gene kháng thuốc S aureus; xác định kiểu gen kháng carbapenem nhóm vi khuẩn gram âm Tối ưu số lượng gen/nhóm gen kháng thuốc xác định phản ứng multiplex PCR, đạt độ đặc hiệu độ nhạy cao 01 báo khoa học nước “Đặc điểm kiểu gen hai chủng Staphylococcus aureus Staphylococcus haemolyticus kháng trung gian với vancomycin phân Đạt tiêu chuẩn qui định tạp chí khoa học nước, chấp nhận đăng 103 Ghi Journal of Global Antimicrobial Resistance 2020; S22137165(20)301028 (Tạp chí thuộc danh mục SCI, nhóm Q2) Khơng thực đề xuất Hội đồng khoa học, thay 01 báo nước Báo cáo tồn văn Hội nghị Cơng nghệ sinh học toàn quốc 2020 (đã nộp) Sản phẩm thay cho Qui trình multiplex PCR để xác định gene kháng thuốc S aureus; xác định kiểu gen kháng carbapenem lập Bệnh viện Quân y 7A” nhóm vi khuẩn gram âm 104 KẾT QUẢ ĐÀO TẠO TT Cấp đào tạo Cử nhân Số lượng 01 Chuyên ngành đào tạo Sinh học, công nghệ sinh học Ghi Giấy đăng ký thực tập tốt nghiệm kèm theo Thạc sĩ 01 Sinh học, công nghệ sinh học Giấy đăng ký thực tập kèm theo 105
Ngày đăng: 05/10/2023, 20:25
Xem thêm:
