Ảnh hưởng của macrolide lên quá trình cuộn protein từ ribosome viện khoa học và công nghệ tính toán

SỞ KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ TP HỒ CHÍ MINH VIỆN KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ TÍNH TỐN BÁO CÁO TỔNG KẾT ẢNH HƯỞNG CỦA MACROLIDE LÊN QUÁ TRÌNH CUỘN PROTEIN TỪ RIBOSOME Đơn vị thực hiện: PTN khoa học sống Chủ nhiệm nhiệm vụ: GS TSKH Mai Xuân Lý TP HỒ CHÍ MINH, THÁNG 7/2018 SỞ KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ TP HỒ CHÍ MINH VIỆN KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ TÍNH TỐN BÁO CÁO TỔNG KẾT ẢNH HƯỞNG CỦA MACROLIDE LÊN QUÁ TRÌNH CUỘN PROTEIN TỪ RIBOSOME Viện trưởng: Nguyễn Kỳ Phùng Đơn vị thực hiện: PTN khoa học sống Chủ nhiệm nhiệm vụ: GS TSKH Mai Xuân Lý Mai Xuân Lý TP HỒ CHÍ MINH, THÁNG 7/2018 Ảnh hưởng macrolide lên trình cuộn protein từ ribosome MỤC LỤC Trang MỞ ĐẦU ĐƠN VỊ THỰC HIỆN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU I Báo cáo khoa học II Tài liệu khoa học xuất 21 III Chương trình giáo dục đào tạo 21 IV Hội nghị, hội thảo 21 V File liệu 24 TÀI LIỆU THAM KHẢO 25 CÁC PHỤ LỤC 27 Phụ lục 1: Bài báo “Erythromycin leads to differential protein expression through differences in electrostatic and dispersion interactions with nascent proteins” Phụ lục 2: Bài báo “Probing the Binding Affinity by Jarzynski’s Nonequilibrium Binding Free Energy and Rupture Time” Phụ lục 3: Bài báo “Dual binding in cohesin-dockerin complexes: the energy landscape and the role of short, terminal segments of the dockerin module” Phụ lục 4: Bài báo “Kinetics and mechanical stability of the fibril state control fibril formation time of polypeptide chains: A computational study” Phụ lục 5: Bài báo “Impact of Mutations at C-Terminus on Structures and Dynamics of Ab40 and Ab42: A Molecular Simulation Study” Phụ lục 6: Bài báo “Erythromycin, Cethromycin and Solithromycin Display Similar Binding Affinities to the E coli’s Ribosome: A Simulation Study” Viện Khoa học Cơng nghệ Tính tốn TP Hồ Chí Minh Page Ảnh hưởng macrolide lên trình cuộn protein từ ribosome MỞ ĐẦU Macrolide hoạt chất tự nhiên thuộc lớp polyketide số chất có khả kháng khuẩn nấm dùng làm dược phẩm kháng sinh Các kháng sinh ức chế trình tổng hợp protein vi khuẩn cách bám vào đường hầm thoát (NPET) vị trí cách khoảng ngắn từ trung tâm phản ứng tạo liên kết peptide ribosome Người ta cho macrolide dừng tổng hợp protein tế bào cách chặn dịch mã giai đoạn sớm Các nghiên cứu thực nghiệm macrolide chừa lại khơng gian đủ rộng cho q trình tổng hợp chuỗi protein mới, chúng làm hẹp đáng kể NPET Hoạt tính macrolide phụ thuộc vào chuỗi polypeptide tổng hợp theo đầu N số polypeptide bị dừng vượt qua macrolide bám vào NPET Các nghiên cứu in vivo khám phá rằng, nhiều polypeptide tiếp tục tổng hợp dịch mã đường hầm thoát mức nồng độ cao kháng sinh Mặc dù q trình tổng hợp protein đóng vai trị then chốt sinh vật sống, chế phân tử đằng sau ảnh hưởng macrolide lên trình chuyển dịch protein ribosome phần lớn chưa biết đến, nghĩa chưa rõ macrolide cho phép vài chuỗi polypeptide qua đường hầm thoát số cịn lại khơng thể Do đó, số mục tiêu chúng tơi giải vấn đề mô động lực học phân tử (MD) Chúng tập trung vào tương tác phân tử macrolide Erythromycin (ERY) peptide ErmCL H-NS tương ứng peptide bị dừng vượt qua ERY Tương tác ribosome peptide quan tâm Những năm gần đây, số vi khuẩn kháng kháng sinh macrolide ngày tăng hình thành mối đe dọa nghiêm trọng tới sống người Các macrolide với đặc tính dược lí tốt phát triển Ketolide, nhóm macrolide 14-đơn vị chứng minh có hoạt tính chống kháng thuốc vi khuẩn cao Ketolide FDA chấp thuận Telithromycin chất gây độc nặng với gan bị vi khuẩn kháng thuốc dùng rộng rãi đột biến ribosome Các ketolide Cethromycin and Solithromycin, phát triển để thay Telithromycin chứng minh khả kháng sinh tốt Tuy nhiên, chế bám hợp chất vào NPET ribosome chưa hiểu mức nguyên tử Trong đề tài nghiên cứu chế bám Cethromycin Solithromycin khả ức chế tổng hợp protein mô MD Để so sánh, lực liên kết Erythromycin nghiên cứu Hiểu biết chất liên kết chúng có giá trị thiết kế thuốc Viện Khoa học Công nghệ Tính tốn TP Hồ Chí Minh Page Ảnh hưởng macrolide lên trình cuộn protein từ ribosome Lời cảm ơn Nhiệm vụ tài trợ Sở Khoa học Cơng nghệ Tp Hồ Chí Minh Viện Khoa học Cơng nghệ Tính tốn TP HCM thông qua hợp số 179/2016/HĐSKHCN ngày 09/12/2016 Viện Khoa học Cơng nghệ Tính tốn TP Hồ Chí Minh Page Ảnh hưởng macrolide lên trình cuộn protein từ ribosome ĐƠN VỊ THỰC HIỆN Phịng thí nghiệm: Khoa học sống Chủ nhiệm nhiệm vụ: Mai Xuân Lý Thành viên nhiệm vụ: Nguyễn Hoàng Linh Phạm Đăng Lân Phan Minh Trường Trần Thị Minh Thư Nguyễn Hữu Quý Ngân Cơ quan phối hợp: Viện Khoa học Cơng nghệ Tính tốn TP Hồ Chí Minh Page Ảnh hưởng macrolide lên trình cuộn protein từ ribosome KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU I BÁO CÁO KHOA HỌC A Erythromycin tạo biểu protein khác dựa khác biệt thông qua tương tác tĩnh điện khuếch tán với protein sinh (Scientific Reports 8, Article number: 6460 (2018) Tác dụng kháng khuẩn Erythromycin, loại thuốc bám vào vị trí bên exit tunnel ribosome vi khuẩn, nhiều vi sinh vật gram dương ức chế hiệu sản xuất protein Giống macrolide khác, tác động Erythromycin đặc biệt, số peptide vượt qua ngăn chặn macrolide exit tunnel tổng hợp hoàn chỉnh phần Ở cấp độ phân tử, người ta chưa hiểu nguyên nhân số protein tổng hợp số khác lại không Ở đây, dùng mô động lực học phân tử có định hướng để mơ tả cách thức Erythromycin ức chế tổng hợp chuỗi peptide ErmCL (MGIFSIFVI) ức chế chuỗi H-NS (MSEALKILNNIR) Bằng cách kéo peptide qua exit tunnel ribosome E coli trường hợp có khơng có Erythromycin, chúng tơi nhận Eritromixin tương tác trực tiếp với hai chuỗi peptide, nhiên lực cần thiết để kéo ErmCL qua Erythromycin lớn so với H-NS Lực cực đại xuất residue từ số đến số tính từ đầu N peptide chúng bắt đầu qua Erythromycin Phân tích loại lượng tương tác Eritromixin peptide thời điểm này, thấy tương tác khuếch tán tĩnh điện mạnh residue gần đầu C ErmCL so với H-NS tạo tương tác mạnh với vị trí cụ thể protein sinh Phương pháp nghiên cứu Cấu trúc Erythromycin (ERY) bám vào ribosome vi khuẩn E coli lấy từ ngân hang liệu protein (PDB) với mã 4V7U Do hệ có kích thước lớn, residue base ribosome nằm cách xa bán kính 40 Å từ tâm khối ERY lược bỏ bớt (Hình 1) Các peptide đặt hộp nước TIP3P Trường lực AMBER99SB-ILDN phần mềm GROMACS 5.1.2 [1] dùng để thực mô Để theo dõi ngăn chặn ribosome, sử dụng phương pháp động lực học phân tử có định hướng (SMD) [2], chi tiết mô tả báo [3] chúng tơi Để mơ tình thực tế trình amino acid thêm vào chuỗi sinh, tạo cấu trúc ban đầu peptide sinh khác chương trình Differential Evolution Khởi đầu q trình mơ phỏng, có tham số tương tác khơng tạo liên kết hóa học residue chuỗi sinh bật lên Sau chuỗi sinh kéo đoạn Å, tương tác không tạo liên kết hóa học residue bật lên Cấu trúc bao gồm residue thêm vào chuỗi cực tiểu lượng thuật toán steepest descent cân NVT 20 ps, cân NPT tiếp 100 ps Quá trình lặp lại tương tác residue cuối đầu C bật lên Sau đó, chúng tơi tiếp tục q trình mơ SMD 10 quỹ đạo khác cho hệ ErmCL H-NS Viện Khoa học Cơng nghệ Tính tốn TP Hồ Chí Minh Page Ảnh hưởng macrolide lên trình cuộn protein từ ribosome Hình Minh họa cấu trúc khởi điểm mô Ribosome (phác họa chi tiết), ERY (màu đỏ), chuỗi sinh (màu lục lam) Mũi tên màu đen hướng kéo lực đặt vào residue đầu N chuỗi sinh mô SMD Hướng mũi tên trùng với trục exit tunnel Kí hiệu “Exit” hướng chuỗi thoát khỏi tunnel ErmCL bị ribosome giữ lại cịn H-NS khơng Ở chúng tơi trình bày kết thu từ mơ SMD amino acid thêm từ từ vào chuỗi peptide sinh Quan sát Hình 2, lực kéo cực đại (Fmax) cần thiết để kéo ErmCL lớn H-NS, tương đồng với thực nghiệm [4,5], ErmCL bị giữ lại ribosome H-NS không Kết luận củng cố kết công không cân 1441 957 kcal/mol cho ErmCL H-NS [3] Viện Khoa học Cơng nghệ Tính tốn TP Hồ Chí Minh Page Ảnh hưởng macrolide lên trình cuộn protein từ ribosome Hình Lực kéo biến đổi theo thời gian từ mơ SMD tham số khơng tạo liên kết hóa học bật lên từ từ residue chuỗi sinh ErmCL (A) H-NS (B) vào exit tunnel có ERY bám bên Các đường màu đen biểu thị lực trung bình quỹ đạo, đường màu xám phổ lực cho quỹ đạo riêng Đầu C ErmCL định việc bị giữ lại Để xác định residue chuỗi sinh đóng vai trị quan trọng cho việc bị giữ lại, chúng tơi tính lực tương tác cho residue thời điểm Fmax (Hình 3) Đối với ErmCL, residue số đóng góp phần lớn vào việc làm chuỗi bị chặn lại nhiên tương tác mạnh với ERY bù trừ cho tương tác với ribosome Residue chịu lực tác động lớn nhất, cho thấy đầu C cần nhiều lượng để qua tunnel đầu N Hơn nữa, residue gần với ERY Fmax (Bảng 1) giới hạn sai số, residue số 3, gần với ERY chứng tỏ residue từ đến nằm gần ERY ErmCL cố vượt qua Phát trùng khớp với thực nghiệm [4,6] đầu C ErmCL giữ vai trò then chốt cho việc bị giữ lại residue 4-6 nằm gần ERY Viện Khoa học Công nghệ Tính tốn TP Hồ Chí Minh Page Ảnh hưởng macrolide lên trình cuộn protein từ ribosome Hình Lực trung bình nguyên tử residue chuỗi sinh điểm Fmax cho (A) ErmCL (B) H-NS tương tác khơng tạo liên kết hóa học bật lên cho residue Các kí hiệu ‘+/−’ lực hút đẩy Thanh sai số biểu thị 95% độ tin cậy quanh giá trị trung bình Bảng 1: Khoảng cách trung bình (đơn vị Å) tâm khối residue chuỗi sinh ERY Fmax tham số khơng tạo liên kết hóa học bật lên từ từ cho amino acid thêm vào Thanh sai số biểu thị 95% độ tin cậy Residue ErmCL H-NS 16.8 ± 4.2 19.1 ± 4.6 12.0 ± 3.2 16.4 ± 3.8 11.4 ± 2.8 15.5 ± 2.4 9.7 ± 2.1 15.0 ± 2.1 11.0 ± 2.8 14.4 ± 2.1 11.5 ± 2.7 17.7 ± 2.4 13.8 ± 3.5 18.5 ± 3.3 14.0 ± 3.3 19.4 ± 4.4 16.5 ± 3.4 21.0 ± 4.7 10 N/A 22.7 ± 5.0 11 N/A 25.6 ± 5.5 12 N/A 29.0 ± 5.1 Đối với H-NS, đầu N có tương tác mạnh với ERY so với đầu C (Hình 3) Tuy nhiên, H-NS có nhiều thời gian để điều chỉnh với có mặt ERY cách thiết lập mô SMD nên lực kéo cực đại trở nên yếu Tại Fmax, khoảng cách tâm khối ERY residue nhỏ (Bảng 1) nhiên khác với trường hợp ErmCL, tương tác yếu đầu C H-NS ERY (Hình 3B, lưu ý hình thang lực tương tác nhỏ lần so với Hình 3A) cho phép H-NS dễ dàng qua ERY Tầm quan trọng đầu C khả Viện Khoa học Cơng nghệ Tính tốn TP Hồ Chí Minh Page Figure S2: Numbering of atoms of Erythromycin S3 Figure S3: Numbering of atoms of Cethromycin S4 Figure S4: Numbering of atoms of Solithromycin S5 Figure S5: RMSF of atoms of (A) Erythromycin – 119 atoms, (B) Cethromycin – 114 atoms in 4V7U structure and (C) Solithromycin – 127 atoms in 4WWW structure S6 Figure S6: RMSF of 11 residues in the binding site of macrolides ERY (black), CET (red) and SOL (green) S7 Figure S7: Macrolides (cyan) and the residues that have the probability of being in contact with the macrolide equal or larger than 0.3 S8 Table S1: Name, charge and mass of Erythromycin atoms that belong to different blocks Atom numbers are shown in Fig S2 Block Cladinose Nr Type Atom Charge Mass 11 13 28 29 30 31 32 33 34 35 63 64 65 66 67 95 96 97 101 102 103 107 111 112 113 os os oh c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 h2 hc hc h1 h1 h1 h1 h1 hc hc hc ho hc hc hc O O3 O4 C13 C14 C15 C16 C17 C18 C19 C20 H11 H12 H13 H14 H15 H43 H44 H45 H49 H50 H51 H55 H59 H60 H61 -0.4266 -0.4396 -0.598801 0.3299 -0.1254 0.1248 0.1181 0.1521 -0.1281 0.1047 -0.0931 0.0957 0.0777 0.0757 0.0637 0.0527 0.0317 0.0597 0.0307 0.0547 0.0537 0.0567 0.41 0.0577 0.0437 0.0527 16 16 16 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 Total Charge 0.234799 10 12 14 16 18 20 21 c o c3 os c3 os c3 c3 c3 c3 c3 c c3 oh C O C1 O1 C2 O2 C3 C4 C5 C6 C7 C8 C9 O7 S9 0.630101 -0.516001 -0.1357 -0.4469 0.1531 -0.4596 -0.0837 0.1561 0.1538 -0.0934 -0.1667 0.578101 -0.1867 -0.608801 12.01 16 12.01 16 12.01 16 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 16 Lactone ring 22 23 24 25 26 27 44 45 46 47 48 49 50 51 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 74 75 76 77 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 98 99 100 104 c3 o c3 oh c3 oh c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 hc h1 hc h1 hc hc hc hc h1 h1 hc hc ho ho hc hc hc hc hc hc ho hc hc hc hc hc hc hc hc hc hc C10 O8 C11 O9 C12 O10 C29 C30 C31 C32 C33 C34 C35 C36 H1 H2 H3 H4 H5 H6 H7 H8 H9 H10 H22 H23 H24 H25 H27 H28 H29 H30 H31 H32 H33 H34 H35 H36 H37 H38 H39 H46 H47 H48 H52 S10 0.1231 -0.547101 0.1588 -0.613801 0.1111 -0.592801 -0.0981 -0.0951 -0.1321 -0.0891 -0.0911 -0.0861 -0.0904 -0.0941 0.0857 0.0937 0.0907 0.0867 0.0637 0.0527 0.0757 0.0707 0.0537 0.1037 0.0517 0.0767 0.439 0.431 0.0527 0.0407 0.0427 0.0357 0.0707 0.0587 0.43 0.0607 0.0297 0.0337 0.0557 0.0517 0.0357 0.0417 0.0427 0.0297 0.0577 12.01 16 12.01 16 12.01 16 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 105 106 114 115 116 hc hc hc hc hc H53 H54 H62 H63 H64 Total Charge Desosamine 0.0387 0.0607 0.0527 0.0477 0.0647 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 0.046997 15 17 19 36 37 38 39 40 41 42 43 52 68 69 70 71 72 73 78 92 93 94 108 109 110 117 118 119 n4 os oh os c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 hn h2 h1 hx hc hc h1 ho hc hc hc hx hx hx hx hx hx N O5 O11 O6 C21 C22 C23 C24 C25 C26 C27 C28 H H16 H17 H18 H19 H20 H21 H26 H40 H41 H42 H56 H57 H58 H65 H66 H67 Total charge S11 -0.669402 -0.4196 -0.637801 -0.4226 0.3009 0.0991 0.1155 -0.1344 0.1361 -0.0941 0.0831 0.0811 0.4528 0.1077 0.0797 0.1317 0.0737 0.0727 0.0957 0.462 0.0727 0.0547 0.0517 0.0987 0.1037 0.1027 0.1297 0.0957 0.0947 0.718197 14.01 16 16 16 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 Table S2: Name, charge and mass of Cethromycin atoms that belong to different blocks Nr refers to atom number shown in Fig S3 Block Nr Type Atom Charge Mass Keto 19 20 21 22 28 n c os o hn N C15 O3 O4 H -0.555901 0.808601 -0.3929 -0.593501 0.3295 14.01 12.01 16 16 1.008 Total Charge Quinolylallyl -0.404201 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 c3 c2 ce ca ca nb ca ca ca ca ca ca ca h1 h1 ha h4 ha ha C20 C21 C22 C23 C24 N1 C25 C26 C27 C28 C29 C30 C31 H29 H30 H31 H32 H33 H34 H35 H36 H37 H38 10 11 c3 c3 c3 c3 c c3 c3 o o c3 c3 C C1 C2 C3 C4 C5 C6 O O1 C7 C8 Total Charge 0.1536 -0.1742 -0.0912 -0.1751 0.4232 -0.656001 0.3936 -0.1473 -0.1643 -0.075 -0.112 -0.126 -0.123 0.0497 0.0357 0.126 0.148 0.0251 0.151 0.138 0.134 0.135 0.136 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 14.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 0.204799 S12 -0.1154 0.1678 -0.1417 -0.0951 0.561101 -0.1557 -0.0971 -0.531101 -0.530101 0.1691 0.0607 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 16 16 12.01 12.01 Lactone ring 12 13 14 15 16 17 18 23 24 25 26 27 29 51 52 53 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 110 c3 c3 c3 c c3 os c c3 c3 o c3 c3 os oh ho n3 c3 hc hc hc hc hc hc hc hc hc hc h1 h1 h1 hc hc hc hc hc hc hc hc hc hc hc hc hc hc hc C9 C10 C11 C12 C13 O2 C14 C16 C17 O5 C18 C19 O6 O9 H1 N2 C41 H2 H3 H4 H5 H6 H7 H8 H9 H10 H11 H12 H13 H14 H15 H16 H17 H18 H19 H20 H21 H22 H23 H24 H25 H26 H27 H28 H54 S13 0.1448 0.1381 -0.1797 0.586101 -0.2277 -0.4819 0.663101 -0.0861 -0.0911 -0.478 -0.0961 -0.0911 -0.4256 -0.571801 0.409 -0.735601 -0.0981 0.0667 0.0727 0.0767 0.0497 0.0787 0.0487 0.0877 0.0427 0.0617 0.0387 0.0707 0.0747 0.0677 0.1067 0.1197 0.0527 0.0567 0.0567 0.0477 0.0367 0.0567 0.0497 0.0777 0.0487 0.0477 0.0557 0.0437 0.0887 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 16 12.01 12.01 12.01 16 12.01 12.01 16 16 1.008 14.01 12.01 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 111 112 113 114 hc hc hc hc H55 H56 H57 H58 0.0547 0.0527 0.0407 0.0317 43 44 45 46 47 48 49 50 54 55 56 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 os c3 c3 c3 c3 c3 os c3 c3 c3 c3 h2 h1 h1 hc hc h1 hc hc hc h1 h1 h1 h1 h1 h1 O7 C32 C33 C34 C35 C36 O8 C37 C38 C39 C40 H39 H40 H41 H42 H43 H44 H45 H46 H47 H48 H49 H50 H51 H52 H53 -0.4156 0.3169 0.0941 0.1575 -0.1464 0.1531 -0.4576 -0.0941 0.1511 0.1581 -0.1074 0.0717 0.0957 0.0527 0.0627 0.0627 0.0417 0.0487 0.0477 0.0537 0.0497 0.0057 0.0627 0.0517 0.0417 0.0077 0.5662 Total Charge Desosamine 1.008 1.008 1.008 1.008 -0.3668 Total charge S14 16 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 16 12.01 12.01 12.01 12.01 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 Table S3: Name, charge and mass of Solithromycin atoms that belong to different blocks Nr refers to atom number shown in Fig S4 Block Keto Nr Type Atom Charge Mass 24 25 26 27 n c o os N C18 O4 O5 -0.4758 0.808601 -0.597501 -0.4059 14.01 12.01 16 16 Total Charge Aminophenyl -0.6706 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 c3 c3 c3 c3 na cc cd nd nc ca ca ca ca ca ca nh hn hn h1 h1 hc hc hc hc h1 h1 h4 ha ha C20 C21 C22 C23 N1 C24 C25 N2 N3 C26 C27 C28 C29 C30 C31 N4 H H1 H29 H30 H31 H32 H33 H34 H35 H36 H37 H38 H39 H40 H41 c3 c3 c3 c3 C C1 C2 C3 Total Charge Lactone ring 0.1 -0.1244 -0.1034 0.0493 0.0434 -0.2206 0.3188 -0.343 -0.1618 -0.0715 -0.138 -0.098 -0.183 0.1326 -0.184 -0.814201 0.3868 0.3838 0.0627 0.0517 0.0907 0.0567 0.0777 0.0537 0.0767 0.0537 0.189 0.152 0.133 0.132 0.125 12.01 12.01 12.01 12.01 14.01 12.01 12.01 14.01 14.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 14.01 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 0.227399 S15 0.1631 0.1298 0.0907 -0.1687 12.01 12.01 12.01 12.01 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 28 47 48 49 50 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 c o c3 c3 c3 c3 c3 c o c3 c o os c3 f c3 c3 c3 c3 c3 c3 c3 os c3 h1 h1 hc hc hc hc h1 hc hc hc hc hc hc hc hc hc hc hc hc hc hc hc hc hc hc C4 O C5 C6 C7 C8 C9 C10 O1 C11 C12 O2 O3 C13 F C14 C15 C16 C17 C19 C32 C33 O6 C34 H3 H4 H5 H6 H7 H8 H9 H10 H11 H12 H13 H14 H15 H16 H17 H18 H19 H20 H21 H22 H23 H24 H25 H26 H27 S16 0.591101 -0.562101 -0.1627 -0.1024 0.1588 0.1661 -0.1767 0.585101 -0.507101 0.0523 0.642101 -0.535001 -0.4149 -0.1071 -0.2093 -0.0921 -0.1221 -0.0891 -0.0991 -0.1161 -0.0994 -0.0981 -0.4026 0.1177 0.0877 0.0967 0.0717 0.1127 0.0757 0.0527 0.0797 0.0907 0.0627 0.0547 0.0807 0.0727 0.0537 0.0457 0.0677 0.0367 0.0517 0.0397 0.0527 0.0307 0.0607 0.0577 0.0357 0.0807 0.0387 12.01 16 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 16 12.01 12.01 16 16 12.01 19 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 16 12.01 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 89 103 104 105 106 107 108 109 110 hc hc hc hc hc hc h1 h1 h1 H28 H42 H43 H44 H45 H46 H47 H48 H49 0.0727 0.0517 0.0717 0.0337 0.0397 0.0627 0.0567 0.0107 0.0257 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 os c3 c3 c3 c3 c3 os c3 oh ho n3 c3 c3 h2 h1 h1 hc hc h1 hc hc hc h1 h1 h1 h1 h1 h1 O7 C35 C36 C37 C38 C39 O8 C40 O9 H2 N5 C41 C42 H50 H51 H52 H53 H54 H55 H56 H57 H58 H59 H60 H61 H62 H63 H64 -0.3876 0.3319 0.1301 0.1465 -0.1384 0.1501 -0.4326 -0.0901 -0.599801 0.42 -0.745601 0.1531 0.1591 0.0757 0.0637 0.0677 0.0627 0.0517 0.0397 0.0507 0.0387 0.0447 0.0477 0.0447 0.0097 0.0457 0.0477 0.0077 -0.2048 Total Charge Desosamine 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 0.6480 Total charge S17 16 12.01 12.01 12.01 12.01 12.01 16 12.01 16 1.008 14.01 12.01 12.01 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008 1.008