BAI TẬP THỰC HÀNH TIN SINH HOC

 Khi đã có mã số quản lý của một gen trên ngân hàng GenBank: Actin (human): GenBank: BC012854. − Tìm kiếm đoạn trình tự DNA dựa vào mã số Genbank.Từ đó tìm kiếm DNA của ít nhất 39 loài có trình tự tương đồng và 1 loài có trình tự không tương đồng. − Tìm kiếm chuỗi protein trên NCBI thông qua liên kết protein_id. Từ đó tìm kiếm chuỗi protein 40 loài sinh vật. − Vẽ phát thảo cây sinh giới dựa trên thông tin về chuỗi protein của 40 loài sinh vật vừa được tìm thấy ở phần trên. Tìm kiếm một số bài báo liên quan đến mã số Genbank nhóm đang tìm hiểu.

Trường ĐH Công nghiệp thực phẩm TP.HCM Khoa Công nghệ sinh học và kỹ thuật môi trường TIN SINH HỌC Nhóm 7: Actin (human): GenBank: BC012854. GVHD: Nguyễn Thị Liên Thương 1. Tô Thị Xuân 2. Nguyễn Thị Hoài Thắm 3. Trần Văn Năm 4. Lê Thị Diễm Hương 5. Thái Thị Thu Hiền Danh sách nhóm: Nộidung 1. Nhập mã số genbank vào trang NCBI, Tìm kiếm đoạn trình tự DNA. 2. Tìm kiếm chuỗi protein trên NCBI thông qua liên kết protein_id. Từ đó tìm kiếm 39 protein tương đồng và 1 protein không tương đồng. 3. Vẽ cây sinh loài dựa trên thông tin về chuỗi protein của 40 loài sinh vật vừa tìm được. 1. TÌM KIẾMTRÌNH TỰ DNA • Nhập mã Genbank vào ô tìm kiếm như hình dưới ở trang wed: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ [...]... Actin gamma 1 Homo sapiens Synthetic construct AAH12854 AAX29213 3 Actin, cytoplasmic 2 Xenopus (silurana) tropicalis NP_989332 4 Beta-actin Acipenser transmontanus ACI23578 5 6 Actin, beta Predicted: actin, cytoplasmic 2 Homo sapiens Felis catus AAH08633 XP_006941961 7 8 RecName: FullActin Predicted: actin, cytoplasmic (2) Triakis scyllium Latimeria chalumnae Q8JJB8 XP_005992382 9 Predicted: actin... 10 Predicted: actin (4) Trichechus manatus latirostris XP_004374150 11 RecName: fullactin (2) Pelophylax lessonae Q5JAK2 12 Actin cytoplasmic (2) Xenopus laevis NP_001165634 13 14 Actin cytoplasmic (3) Predicted: actin (5) Homo sapiens Erinaceus europaeus NP_001605 XP_007534802 15 16 Actin cytoplasmic (4) Beta-actin partial Homo sappiens Synthetic construct NP_001092 ABK88258 17 Actin beta (2) Synthetic... Predicted: actin (6) Physeter catodon XP_007129366 19 20 21 22 Chain A Gannm-actin Mus Beta actin Beta-actin anas Homo sapiens Mus musculus Homo sapiens Anas platyrhynchos 3BYH_A CAA31455 BAD96645 ABR87937 23 Predicted: actin(7) Balaenooptera acutorostrata sammoni XP_007186830 24 Predicted: actin(8) Chrysemys picta bellii XP_005283038 25 Cytoplasmic actin Pelophylax lessonae AAQ18432 26 Actin cytoplasmic... actin (2) Lethenteron camtschaticum BAB41207 30 Predicted: actin (9) Otolemur garnettii XP_003795487 31 Predicted: actin (10) Pseudopodoces humilis XP_005523078 32 Predicted: actin (11) Loxodonta africana XP_003416557 33 Predicted: actin (12) Alligator sinensis XP_006020346 34 Actin cytoplasmic (6) Xenopus laevis NP_001082422 35 Predicted: low (2) Python bivittatus XP_007419915 36 37 38 39 40 Actin,... NP_001082422 35 Predicted: low (2) Python bivittatus XP_007419915 36 37 38 39 40 Actin, beta Unnamed protein product Unnamed protein product Actin, cytoplamic Bbos taurus Mus musculus Mus musculus Silursns trpicalis AAI42414 BAE30426 BAE32013 NP_998884 1 2 • Vẽ cây phát sinh loài theo phương pháp Neighbour Joining • Kiểm tra độ chính xác của Phương pháp Neighbour Joining bằng Bootstrap . Trường ĐH Công nghiệp thực phẩm TP.HCM Khoa Công nghệ sinh học và kỹ thuật môi trường TIN SINH HỌC Nhóm 7: Actin (human): GenBank: BC012854. GVHD: Nguyễn Thị Liên Thương 1. Tô. kiếm 39 protein tương đồng và 1 protein không tương đồng. 3. Vẽ cây sinh loài dựa trên thông tin về chuỗi protein của 40 loài sinh vật vừa tìm được. 1. TÌM KIẾMTRÌNH TỰ DNA • Nhập mã Genbank