BAI TẬP THỰC HÀNH TIN SINH HOC

 Khi đã có mã số quản lý của một gen trên ngân hàng GenBank: Actin (human): GenBank: BC012854. − Tìm kiếm đoạn trình tự DNA dựa vào mã số Genbank.Từ đó tìm kiếm DNA của ít nhất 39 loài có trình tự tương đồng và 1 loài có trình tự không tương đồng. − Tìm kiếm chuỗi protein trên NCBI thông qua liên kết protein_id. Từ đó tìm kiếm chuỗi protein 40 loài sinh vật. − Vẽ phát thảo cây sinh giới dựa trên thông tin về chuỗi protein của 40 loài sinh vật vừa được tìm thấy ở phần trên. Tìm kiếm một số bài báo liên quan đến mã số Genbank nhóm đang tìm hiểu.

Trường ĐH Công nghiệp thực phẩm

TP.HCM Khoa Công nghệ sinh học và

kỹ thuật môi trường TIN SINH HỌC

Nhóm 7: Actin (human): GenBank: BC012854

GVHD: Nguyễn Thị Liên Thương

1 Tô Thị Xuân

2 Nguyễn Thị Hoài Thắm

3 Trần Văn Năm

4 Lê Thị Diễm Hương

5 Thái Thị Thu Hiền

Danh sách nhóm:

1 Nhập mã số genbank vào trang NCBI,

Tìm kiếm đoạn trình tự DNA.

2 Tìm kiếm chuỗi protein trên NCBI thông

qua liên kết protein_id Từ đó tìm kiếm 39 protein tương đồng và 1 protein không

tương đồng.

3 Vẽ cây sinh loài dựa trên thông tin về

chuỗi protein của 40 loài sinh vật vừa tìm được.

1 TÌM KIẾMTRÌNH TỰ DNA

• Nhập mã Genbank vào ô tìm kiếm như hình dưới ở trang wed: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2 TÌM KIẾM TRÌNH TỰ PROTEIN

• Nhập mã gen vào trang wed NCBI

• Mở mega4 (alignmentshow wed brower, trang wed NCBI sẽ hiện lên, ta chay Blast, dán trình tự protein mã hóa vào để chạy blastp Chèn 40 trình tự vào mega).

• Tương tự ta làm như vậy tìm được 40 trình tự protein

• Sắp xếp thẳng hàng các trình tự:

• Bảng trình bày 40 trình tự protein tìm được:

STT Tên trình tự tìm kiếm được Loài Kí hiệu

1 ACTB protein Homo sapiens AAH12854

2 Actin gamma 1 Synthetic construct AAX29213

3 Actin, cytoplasmic 2 Xenopus (silurana) tropicalis NP_989332

4 Beta-actin Acipenser transmontanus ACI23578

5 Actin, beta Homo sapiens AAH08633

6 Predicted: actin, cytoplasmic 2 Felis catus XP_006941961

7 RecName: FullActin Triakis scyllium Q8JJB8

8 Predicted: actin, cytoplasmic (2) Latimeria chalumnae XP_005992382

9 Predicted: actin (3) Rattus norveqicus XP_006248947

10 Predicted: actin (4) Trichechus manatus latirostris XP_004374150

11 RecName: fullactin (2) Pelophylax lessonae Q5JAK2

12 Actin cytoplasmic (2) Xenopus laevis NP_001165634

13 Actin cytoplasmic (3) Homo sapiens NP_001605

14 Predicted: actin (5) Erinaceus europaeus XP_007534802

15 Actin cytoplasmic (4) Homo sappiens NP_001092

16 Beta-actin partial Synthetic construct ABK88258

17 Actin beta (2) Synthetic construct AAV38735

18 Predicted: actin (6) Physeter catodon XP_007129366

19 Chain A Homo sapiens 3BYH_A

20 Gannm-actin Mus Mus musculus CAA31455

21 Beta actin Homo sapiens BAD96645

22 Beta-actin anas Anas platyrhynchos ABR87937

23 Predicted: actin(7) Balaenooptera acutorostrata sammoni XP_007186830

24 Predicted: actin(8) Chrysemys picta bellii XP_005283038

25 Cytoplasmic actin Pelophylax lessonae AAQ18432

26 Actin cytoplasmic (5) Gallus gallus NP_001007825

27 Cytoskeletal beta Sus scrofa AAS55927

28 Predicted: low Tupaia chinensis XP_006172147

29 Cytoplasmic: actin (2) Lethenteron camtschaticum BAB41207

30 Predicted: actin (9) Otolemur garnettii XP_003795487

31 Predicted: actin (10) Pseudopodoces humilis XP_005523078

32 Predicted: actin (11) Loxodonta africana XP_003416557

33 Predicted: actin (12) Alligator sinensis XP_006020346

34 Actin cytoplasmic (6) Xenopus laevis NP_001082422

35 Predicted: low (2) Python bivittatus XP_007419915

36 Actin, beta Bbos taurus AAI42414

37 Unnamed protein product Mus musculus BAE30426

38 Unnamed protein product Mus musculus BAE32013

39 Actin, cytoplamic Silursns trpicalis NP_998884

• Vẽ cây phát sinh loài theo phương pháp Neighbour Joining

• Kiểm tra độ chính xác của Phương pháp

Neighbour Joining bằng Bootstrap

KẾT QUẢ

Vẽ cây phát sinh loài theo

phương pháp Parsimony

Ta được cây phát sinh loài phương pháp

Parsimony ở bên dưới:

Kiểm tra độ chính xác của Phương pháp

Parsimony bằng Bootstrap

KẾT QUẢ

Thank You

Kingsoft Office

Make Presentation much more fun