Phân tích biểu hiện của nhóm gene mã hóa nhân tố phiên mã tcp ở cây hương nhu tía (ocimum tenuiflorum)

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC - - KHỐ LUẬN TỐT NGHIỆP PHÂN TÍCH BIỂU HIỆN CỦA NHÓM GENE MÃ HÓA NHÂN TỐ PHIÊN MÃ TCP Ở CÂY HƯƠNG NHU TÍA (Ocimum tenuiflorum) Hà Nội-2022 HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC - - KHOÁ LUẬN TỐT NGHIỆP PHÂN TÍCH BIỂU HIỆN CỦA NHĨM GENE MÃ HĨA NHÂN TỐ PHIÊN MÃ TCP Ở CÂY HƯƠNG NHU TÍA (Ocimum tenuiflorum) Người thực : PHẠM THỊ KIỀU DY Khoá : K63 Mã sinh viên : 637118 Ngành : CÔNG NGHỆ SINH HỌC Người hướng dẫn : TS NGUYỄN THANH HẢO TS CHU ĐỨC HÀ Hà Nội-2022 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan trực tiếp thực nghiên cứu đề tài khoá luận “Xác định phân tích biểu gene mã hố nhân tố phiên mã TCP hương nhu tía (Ocimum tenuiflorum)” Các số liệu, kết nêu báo cáo trung thực chưa sử dụng công bố khố luận, luận án cơng trình nghiên cứu khoa học trước Tơi xin hồn tồn chịu trách nghiệm với lời cam đoan trên! Hà Nội, ngày tháng năm 2022 Sinh viên thực Phạm Thị Kiều Dy i LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, xin gửi lời cảm ơn chân thành đến TS Nguyễn Thanh Hảo – Bộ môn Sinh học – Khoa Công nghệ Sinh học – Học viên Nông nghiệp Việt Nam T.S Chu Đức Hà - Khoa Công nghệ Nông nghiệp - Đại học Công nghệ, Đại học Quốc gia Hà Nội Trong q trình thực khóa luận tốt nghiệp, cố gắng thân nhận quan tâm giúp đỡ, hướng dẫn nhiệt tình, tâm huyết hai thầy Bên cạnh đó, tơi xin chân cảm ơn giúp đỡ quý báu, nhiệt tình tập thể cán thuộc Khoa Công nghệ Nông nghiệp, Đại học Công nghệ, Đại học Quốc gia Hà Nội, nơi tiến hành khóa luận tốt nghiệp Cuối cùng, xin cảm ơn giúp đỡ thầy cô Khoa Công nghệ sinh học - Học viện Nông Nghiệp Việt Nam Hà Nội, ngày tháng năm 2022 Sinh viên thực Phạm Thị Kiều Dy ii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC BẢNG v DANH MỤC HÌNH vi DANH MỤC KÝ HIỆU, CHỮ CÁI VIẾT TẮT vii TÓM TẮT viii MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục đích nghiên cứu 1.3 Nội dung nghiên cứu 1.4 Ý nghĩa khoa học ý nghĩa thực tiễn 1.4.1 Ý nghĩa khoa học 1.4.2 Ý nghĩa thực tiễn CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giới thiệu hương nhu tía 1.1.1 Phân loại thực vật hương nhu tía 1.1.2 Nguồn gốc, xuất sứ hương nhu tía 1.1.3 Đặc điểm hình thái hương nhu tía 1.1.4 Đặc điểm di truyền hương nhu tía 1.1.5 Vai trị hương nhu tía 1.2 Giới thiệu TF TCP 11 1.2.1 Đặc điểm tính chất TCP 11 1.2.2 Vai trò TCP 11 1.3.1 Tình hình nghiên cứu giới 13 1.3.2 Tình hình nghiên cứu nước 14 iii Chương Đối tượng phương pháp nghiên cứu 17 2.1 Đối tượng nghiên cứu 17 2.2 Địa điểm, thời gian phương pháp nghiêm cứu 17 2.2.1 Địa điểm nghiên cứu 17 2.2.2 Thời gian nghiên cứu 17 2.3 Phương pháp nghiên cứu 17 2.3.1 Phương pháp xác định họ gene mã hoá TCP hương nhu tía 17 2.3.2 Phương pháp phân tích đặc tính lý hố nhóm TCP hương nhu tía 18 2.3.3 Phương pháp dự đốn vị trí phân bố nhóm TCP hương nhu tía 19 2.3.4 Phương pháp phân nhóm TCP hương nhu tía 21 Chương 3: Kết nghiên cứu 23 3.1 Kết xác định họ gene mã hố TCP hương nhu tía 23 3.2 Kết phân tích đặc tính lý hố nhóm TCP hương nhu tía 25 3.3 Kết xác định vị trí phân bố nhóm TCP hương nhu tía 34 3.4 Kết phân nhóm nhóm TCP hương nhu tía 35 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 40 Kết luận 40 Kiến nghị 40 CÁC CƠNG TRÌNH KHOA HỌC ĐÃ CƠNG BỐ CĨ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN VĂN 41 TÀI LIỆU THAM KHẢO 42 PHỤ LỤC 46 iv DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1: Họ gene mã hố TCP hương nhu tía 23 Bảng 3.2: Đặc tính TCP hương nhu tía 26 v DANH MỤC HÌNH Hình 1.1: Một số loài thuộc chi Ocimum Hình 1.2: Hình ảnh hương nhu tía Hình 1.3: Hình ảnh mặt sau hương nhu tía Hình 1.4: Hình ảnh hoa hương nhu tía Hình 1.5: Bộ nhiễm sắc thể loài húng quế (Ocimum L.) Hình 1.6: Các nghiên cứu ảnh hưởng TF TCP đến loại qua năm 16 Hình 2.1: Phương pháp xác định họ gene mã hố TCP hương nhu tía 18 Hình 2.2: Phương pháp phân tích đặc tính lý hố nhóm TCP hương nhu tía 19 Hình 2.3: Phương pháp dự đốn vị trí phân bố nhóm TCP hương nhu tía 20 Hình 2.4: Phương pháp phân nhóm nhóm TCP sở liệu MEGA 11 21 Hình 3.1: Số lượng gene kích thước hệ gene họ 25 Hình 3.2: Kích thước trọng lượng phân tử TCP hương nhu tía 27 Hình 3.3: Điểm đẳng điện TCP hương nhu tía 29 Hình 3.4: Độ bất ổn định TCP hương nhu tía 30 Hình 3.5: Chỉ số béo TCP hương nhu tía 32 Hình 3.6: Độ ưa nước TCP hương nhu tía 33 Hình 3.7: Vị trí phân bố protein TCP hương nhu tía 34 Hình 3.8: Phân nhóm TF TCP O tenuiflorum 36 Hình 3.9: Phân nhóm TF TCP O tenuiflorum, C arietinum P ginseng 38 vi DANH MỤC KÝ HIỆU, CHỮ CÁI VIẾT TẮT Chữ viết tắt Thuật ngữ Tiếng Anh Thuật ngữ Tiếng Việt Aa Amino acid Hợp chất hữu sinh học AI Aliphatic index Chỉ số béo CDS Coding DNA sequence Trình tự ADN mã hoá DNA Deoxyribonucleic acid Axit deoxyribonucleic GRAVY Grand average of hydropathicity Độ ưa nước trung bình ID Identification Mã định danh II Instability index Độ bất ổn định L Length Chiều dài (aa) MEGA Molecular Evolutionary Phân tích di truyền mW Molecular weight Trọng lượng phân tử (kDa) pI Theoretical pI Điểm đẳng điện TF Transcription factor Nhân tố phiên mã vii TÓM TẮT Nhân tố phiên mã TCP nhóm protein điều hịa đặc trưng tham gia vào trình sinh học quan trọng trồng liên quan đến sinh trưởng, phát triển thích ứng với mơi trường Tuy nhiên, chưa có thơng tin nhóm TCP hương nhu tía (Ocimum tenuiflorum), dược liệu Việt Nam Trong nghiên cứu này, nhóm TCP phân tích hương nhu tía cơng cụ tin sinh học Kết cho thấy, tổng số 16 thành viên họ TCP xác định hệ tham chiếu hương nhu tía Phân tích đặc tính cho thấy tính chất họ TCP hương nhu tía đa dạng kích thước, trọng lượng phân tử điểm đẳng điện, độ bất ổn định số béo Tất thành viên họ TCP hương nhu tía có tính ưa nước, chúng phân bố chủ yếu nhân tế bào chất Xây dựng sơ đồ hình rằng, thành viên, bao gồm OtTCP01, 04, 07, 12 15 liên quan đến đáp ứng hạn Tóm lại, kết nghiên cứu cung cấp dẫn chứng quan trọng việc đề xuất ứng viên cho phân tích chức gene viii Hình 3.6: Độ ưa nước TCP hương nhu tía Hình 3.6 cho thấy rằng, tất 16/16 thành viên TCP hương nhu tía có giá trị GRAVY < Điều chứng tỏ rằng, phân tử OtTCP hương nhu có tính ưa nước Tương tự ghi nhận trước sâm Hàn Quốc (Chu Đức Hà cs., 2019), giá trị GRAVY đa số PgTCP nhỏ (ngoại trừ Pg_S4175), chứng tỏ phân tử PgTCP có tính ưa nước, tương tự ghi nhận gần trồng khác sắn (Shi et al., 2016), đậu gà (Nguyễn Quốc Trung cs., 2022) Trong đó, khác với nghiên cứu trên, năm 2021 Li Zhang cộng nghiên cứu Lan Hoàng Thảo xác định giá trị kỵ nước nằm khoảng từ -13,867 (DcaTCP2e) đến 12,969 (DcaTCP1) Trong có 19/25 DcaTCP > , điều thấy pproetin DcaTCP kỵ nước, ngoại trừ DcaTCP2a (-1,370), DcaTCP2b (-0,761), DcaTCP2e (-13,867), DcaTCP5 (-0,807), DcaTCP6 (-1,591) DcaTCP-13 (3,960) (Li Zhang et al., 2021) Các kết nghiên cứu cung cấp liệu cách tồn diện đặc tính hóa sinh họ protein OtTCP hương nhu tía 33 3.3 Kết xác định vị trí phân bố nhóm TCP hương nhu tía Vị trí phân bố nội bào OtTCP khai thác sở liệu Yloc, sở đó, sàng lọc vùng tín hiệu đặc trưng cho loại bào quan Kết thu đoạn tín hiệu đặc trưng bao gồm hệ thống bao gói (signal peptide, SP), lục lạp (chloroplast transit peptide, cTP) ty thể (mitochondrial transit peptide, mTP) Ngoài ra, sở liệu Yloc đưa lý có dự đốn đó, đặc tính sinh học chuỗi protein dẫn đến dự đốn tăng thêm độ tin cậy Hình 3.7: Vị trí phân bố protein TCP hương nhu tía Kết hình 3.7 cho thấy, vị trí cư trú nội bào 16 thành viên TCP hương nhu tía nằm vị trí khác tế bào Trong đó, có 11 phân tử TCP nằm nhân tế bào (nucleus) chiếm tỷ lệ tương ứng với 68,75%, đồng nghĩa phân tử TCP lại phân bố tế bào chất (cytoplasm) tương ứng tỷ lệ 31,25% 34 Nhằm tăng thêm mức độ tin cậy cho nghiên cứu, năm 2019, Chu Đức Hà cộng nghiên cứu trình tự acid amino họ 61 thành viên PgTCP phân tích cơng cụ TargetP nhằm dự đốn vị trí phân bố nội bào protein Kết có 10 PgTCP phân bố lục lạp, PgTCP cư trú ty thể PgTCP nằm hệ thống tiết (secretory pathway) tế bào, với phân tử dự đoán với độ tin cậy cao Trong đó, lục lạp ty thể bào quan chứng minh chịu tác động bất lợi thông qua chế dư thừa gốc hoạt động chứa oxi nguyên tử, vậy, thành viên TCP định vị bào quan liên quan đến đáp ứng bất lợi Bên cạnh đó, năm 2022, Nguyễn Quốc Trung cộng nghiên cứu trình tự amino acid 41 thành viên mã hố DEG Nghiên cứu dự đốn vị trí cư trú nội bào đậu gà phân tích công cụ Yloc rằng, protein mã hoá DEG phân bố đa dạng bào quan tế bào Cụ thể, 41 protein có protein (Ca_00495 Ca_15711) dự đốn cư trú mạng lưới nội chất, protein (Ca_01016 Ca_10731) protein (Ca_13069 Ca_18859) xác định nằm lần bào quan lục lạp ty thể Trong đó, chri có protein phân bố bào quan, thể Golgi (Ca_23896), peroxisome (Ca_16555) khơng bào (Ca_07290) Các protein cịn lại dự đoán nằm rải rác màng sinh chất (6 protein), nhân (10 protein) tế bào chất (16 protein) 3.4 Kết phân nhóm nhóm TCP hương nhu tía Để đánh giá mối quan hệ phát sinh loài protein TCP hương nhu tía protein TCP biết khác, phân loại xây dựng dựa thuật toán NJ công cụ MEGA 11 (Tamura K et al., 2021) Quan sát hình 3.8 thấy rằng, protein TCP O tenuiflorum phân thành nhóm gồm nhóm A – B – C Nhóm A có thành viên bao gồm OtTCP03, OtTCP05, OtTCP06, OtTCP09, OtTCP12, OtTCP15, OtTCP16; nhóm B có thành viên bao gồm OtTCP01, OtTCP02, OtTCP07, OtTCP11 35 nhóm C có thành viên bao gồm OtTCP04, OtTCP08, OtTCP10, OtTCP 13, OtTCP14 Các protein TCP O tenuiflorum xếp nhánh với giá trị bootstrap 100 quan hệ gần gũi có tương đồng cao cấu trúc (kích thước số lượng exon) gene mã hóa Dựa sở phân tích phân loại, thành viên họ OtTCP chia thành lớp tươmg đồng: Class I (PCF) Class II (CIN CYC/TB1), lớp phân biệt thành lớp (Chu Đức Hà cs., 2019) Cụ thể, lớp I (PCF) chứa gene thuộc nhóm C lớp II chứa 11 gene Các thành viên lớp chìa thành lớp CIN ( thành viên thuộc nhóm A) CYC/BT1 ( thành viên thuộc nhóm B) Điều hồn tồn tương đồng với nghiên cứu trước tác giả ghi nhận phân nhóm tương tự họ TCP loài thực vật khác, đậu gà (Tran et al., 2018) sâm Hàn Quốc (Chu Đức Hà cs.,2019) Hình 3.8: Phân nhóm TF TCP O tenuiflorum 36 Năm 2018, Tran cộng nghiên cứu mối quan hệ phát sinh gene thành viên CaTCP, nhiều liên kết miền TCP lõi tất CaTCP thực (Tran et al., 2018) Cả phân tích phát sinh gene liên kết miền TCP cho thấy protein TCP đậu gà phân loại thành hai lớp: lớp I (PCF) chứa gene lớp II chứa 14 gene Các gene lớp II chia thành hai lớp con, CIN lớp chứa 10 gene (CaTCP01, CaTCP02, CaTCP04, CaTCP05, CaTCP 12, CaTCP13, CaTCP14, CaTCP17, CaTCP19, CaTCP22) CYC/TB1 lớp chứa gene (CaTCP11, CaTCP15, CaTCP20, CaTCP23) Ngồi ra, Chu Đức Hà cơng dựa sở phân tích phân loại xác định rằng, thành viên họ PgTCP chia thành hai lớp tương đồng: Class I (PCF) Class II (CIN CYC/TB1), lớp phân biệt thành lớp (Chu Đức Hà cs., 2019) Cụ thể, 37 PgTCP định cho lớp II, 24 PgTCP lại phân vào lớp I Các thành viên lớp I tiếp tục chia thành CIN lớp (27 PgTCP) CYC/TB1(6 PgTCP) (Ha et al., 2019) Các protein thuộc nhánh phân loại thường có chức giống Quan sát phát sinh chủng loại protein TCP sâm Hàn Quốc ta thấy có nhánh phân loại có số BS (bootstrap) cao (100) Giá trị bootstrap tỉ lệ thuận với gần gũi phân tử PgTCP thuộc nhánh phân loại Kết hợp với giá trị đặc tính protein ghi nhận bên trên, ta thấy cặp phân tử PgS4452/PgS0833, PgS8837/PgS8476 có số tương đồng (Chu Đức Hà cs., 2019) Các nghiên cứu trước báo cáo vai trò gene mã hóa TF TCP liên quan đến đáp ứng stress loài trồng Để đánh giá mối quan hệ phát sinh loài protein TCP hương nhu tía, đậu gà sâm Hàn Quốc, thành viên OtTCP tiến hành phân tích 17 CaTCP đậu gà (Tran et al., 2018) PgTCP sâm Hàn Quốc biết chức (Chu Đức Hà cs., 2019) thuật toán Neighbor-Joining (giá trị boostrap = 1000) MEGA 11 37 (Tamura K et al., 2021) Dựa giá trị bootstrap nhánh cấu trúc liên kết cây, protein TCP hương nhu tía, đậu gà sâm Hàn Quốc chia thành nhóm A – B – C Các protein TCP cho thấy phân bố xen kẽ hầu hết nhóm, phù hợp với tìm thấy phân tích trước TCP dưa hấu (Shi et al., 2016), sắn (36) (Lei et al., 2017), đậu gà (Tran et al., 2018), sâm Hàn Quốc (Chu Đức Hà cs., 2019), họ TCP mở rộng trước phân kỳ dòng họ Kết xác định tổng số thành viên họ TF TCP O tenuiflorum, bao gồm OtTCP01, 04, 07, 12 15 nằm nhánh (giá trị cut-off = 50%) với TCP đậu gà sâm Hàn Quốc liên quan đến đáp ứng stress hạn (Tran et al., 2018; Chu Đức Hà cs., 2019) (Hình 3.9) Hình 3.9: Phân nhóm TF TCP O tenuiflorum, C arietinum P ginseng 38 Phân tích Expasy Protparam (Gasteiger et al., 2005) YLoc (Briesemeister et al., 2010) cho thấy thành viên họ TF TCP O tenuiflorum chia sẻ đặc tính vị trí cư trú tương đồng TF biết chức đậu gà sâm Hàn Quốc (Tran et al., 2018; Chu Đức Hà cs., 2019) Kết đặt giả thuyết chức tương tự OtTCP01, 04, 07, 12 15 với TF TCP đậu gà sâm Hàn Quốc liên quan đến đáp ứng stress hạn (Tran et al., 2018; Chu Đức Hà cs., 2019) 39 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ Kết luận Nghiên cứu xác định tổng cộng 16 thành viên thuộc họ gene mã hoá TF TCP hương nhu tía Phân tích đặc tính cho thấy TF TCP O tenuiflorum tương đối đa dạng, tương tự ghi nhận loài trồng nghiên cứu gần Nghiên cứu xác định tổng số 16 thành viên họ TF TCP hương nhu tía Trong đó, thành viên họ TF TCP hương nhu tía có kích thước từ 127 - 331 aa, trọng lượng phân tử từ 14,78 – 37,39 kDa, điểm đẳng điện từ 5,02 - 11,48, độ bất ổn định từ 36,87 - 67,91, số béo từ 52,38 - 74,23 độ ưa nước từ -0,36 đến -1,002 Nghiên cứu xác định 11 thành viên họ TF TCP tập trung nhân tế bào, thành viên cư trú tế bào chất Phân tích tiến hoá 16 OtTCP chia thành nhóm kết cịn cho thấy OtTCP01, 04, 07, 12 15 có chức tương tự TF TCP đậu gà sâm Hàn Quốc liên quan đến đáp ứng hạn Kiến nghị Tiếp tục mở rộng nghiên cứu họ gene mã hoá TCP đối tượng thực vật khác Kiểm tra mức độ đáp ứng gene mã hoá nhân tố phiên mã TCP với điều kiện bất lợi thực nghiệm nhằm đề xuất gene thành viên cho cơng tác chọn tạo giống 40 CÁC CƠNG TRÌNH KHOA HỌC ĐÃ CƠNG BỐ CĨ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN VĂN [1] Nguyễn Thị Duyên, Phạm Thị Kiều Dy, Chu Đức Hà, La Việt Hồng, Nguyễn Thanh Hảo, Hà Thị Quyến, Trần Thị Thanh Huyền (2022) Xây dựng phân tích biểu gene mã hóa nhân tố phiên mã TCP hương nhu tía (Ocimum tenuiflorum) Kỷ yếu Hội nghị Nghiên cứu Giảng dạy Sinh học Toàn quốc năm 2022 (Chấp nhận đăng) 41 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng việt [1] Chu Đức Hà, La Việt Hồng, Trần Thị Thu Hiền, Phạm Phương Thu, Trần Danh Sửu, Phạm Thị Lý Thu (2018) Nghiên cứu xác định phân tích cấu trúc họ gene mã hóa yếu tố phiên mã TCP cam (Citrus sinensis), Tạp chí Khoa học Cơng nghệ Nơng nghiệp Việt Nam [2] Chu Đức Hà, Nguyễn Thị Duyên, La Việt Hồng, Phạm Phương Thu, Trần Thị Phương Liên, Lê Hùng Lĩnh, Phạm Xuân Hội Lê Tiến Dũng (2019) Phân tích đặc tính nhân tố phiên mã TCP liên quan đến đáp ứng bất lợi sâm Hàn Quốc (Panax ginseng), Tuyển tập báo cáo toàn văn hội nghị Cơng nghệ Sinh học tồn quốc năm 2019 - Đại học Quốc gia TP Hồ Chí Minh, 6-10 [3] Chu Đức Hà, Nguyễn Thu Hường, Bùi Thị Thu Hương, La Việt Hồng, Lê Thị Ngọc Quỳnh, Phạm Phương Thu Nguyễn Văn Lộc (2020) Phân tích cấu trúc khai thác liệu biểu họ gene mã hóa nhân tố phiên mã TCP bưởi (Citrus grandis), Tạp chí Khoa học Nơng nghiệp Việt Nam, 18(4): 289-296 [4] Nguyễn Quốc Trung, Tống Văn Hải, Trịnh Thị Lam Hồng, La Việt Hồng, Phan Thị Thu Hièn, Trần Văn Tiến, Chu Đức Hà (2022) Phân tích nhóm gene đáp ứng với stress hạn mặn đậu gà (Cicer arietimum) phân tích liệu giải mã hệ phiên mã Tạp chí Khoa học Công nghệ TNU, 227(05): 163 – 170 Tài liệu tiếng anh [5] Aggarwal P, Das Gupta M, Joseph AP, Chatterjee N, Srinivasan N and Nath U (2010) Identification of specific DNA binding residues in the TCP family of transcription factors in Arabidopsis, Plant Cell, 22: 1174–1189 [6] Anonymous (2021) Britannica, The Editors of Encyclopaedia “Lamiaceae” Encyclopedia Britannica., [online], retrieved 24 July 2022 from https://www.britannica.com/plant/Lamiaceae Accessed 18 February 2022 [7] Bast F, Rani P and Meena D (2014) Chloroplast DNA phylogeography of holy basil (Ocimum tenuiflorum) in Indian subcontinent, ScientificWorldJournal, pp 482 – 847 [8] Birendra Kumar (2012) Prediction of Germination Potential in Seeds of Indian Basil (Ocimum basilicum L.), Journal of Crop Improvement, 26: 532-539 [9] Birendra Kumar, Ekta Gupta, Richa Yadav, S.C Singh and R.K Lal (2014) Temperature Effects on Seed Germination Potential of Holy Basil (Ocimum tenuiflorum), Journal of Seed Technology, 36(1): 75-79 [10] Carović-Stanko, Klaudija & Liber, Zlatko & Besendorfer, Višnja & Javornik, Branka & Bohanec, Borut & Kolak, Ivan & Šatović and Zlatko (2010) Genetic relations among basil taxa (Ocimum L.) based on molecular markers, nuclear DNA content, and chromosome number, Plant Systematics and Evolution, 285: 13-22 [11] Cohen MM (2014) Tulsi - Ocimum sanctum: A herb for all reasons, J Ayurveda Integr Med, 5(4): 251-259 [12] Darlington CD and Wylie AP (1955) Chromosome atlas of floweringplants, George Allen and Unwin, London 42 [13] Daviere JM, Wild M, Regnault T, Baumberger N, Eisler H, Geneschik P, et al (2014) Class I TCP-DELLA interactions in inflorescence shoot apex determine plant height, Curr Biol, 24:1923–1928 [14] de Lucas M, Daviere JM, Rodriguez-Falcon M, Pontin M, Iglesias-Pedraz JM, Lorrain S, et al (2008) A molecular framework for light and gibberellin control of cell elongation, Nature, 451: 480–484 [15] Feng, Z J., S C Xu, N Liu, Q Z Hu and Y M Gong (2018) Soybean TCP transcription factors: Evolution, classification, protein interaction and stress and hormone responsiveness, Plant Physiol Biochem, 127: 129-142 [16] Gasteiger E., Hoogland C., Gattiker A., Duvaud S., Wilkins M.R., Appel R.D and Bairoch A (2005) Protein Identification and Analysis Tools on the ExPASy Server (In) John M Walker (ed): The Proteomics Protocols Handbook, Humana Press, pp 571-607 [17] Guan P, Wang R, Nacry P, Breton G, Kay SA, Pruneda-Paz JL, et al (2014) Nitrate foraging by Arabidopsis roots is mediated by the transcription factor TCP20 through the systemic signaling pathway, Proc Natl Acad Sci USA, 111: 15267–15272 [18] Howarth DG and Donoghue MJ (2006) Phylogenetic analysis of the “ECE” (CYC/TB1) clade reveals duplications predating the core eudicots, Proc Natl Acad Sci USA, 103: 9101–9106 [19] Ikai, A.J (1980) Thermostability and aliphatic index of globular proteins, J Biochem, 88: 1895-1898 [20] Khosla MK (1993) Study on inter-relationship, phylogeney andevolutionary tendencies in geneus Ocimum, J Plant Anat Morphol, 6: 93–106 [21] Khosla MK (1995) Study of inter-relationship, phylogeney and evolutionary tendencies in geneus Ocimum, Ind J Genet, 55: 71–83 [22] Khosla MK and Sobti SN (1985) Karyomorphological studies in geneus Ocimum II Sanctum group, Cytologia, 50: 253–263 [23] Koichiro Tamura, Glen Stecher and Sudhir Kumar (2021) MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 11, Molecular Biology and Evolution, 38: 3022–3027 [24] Lei N, Yu X, Li S, Zeng C, Zou L, Liao W and Peng M (2017) Phylogeney and expression pattern analysis of TCP transcription factors in cassava seedlings exposed to cold and/or drought stress, Sci Rep 7(1): 10016 [25] Leng, X., Wei, H., Xu, X., et al (2019) Genome-wide identification and transcript analysis of TCP transcription factors in grapevine, BMC Geneomics, 20: 786 [26] Lucero LE, Uberti-Manassero NG, Arce AL, Colombatti F, Alemano SG and Gonzalez DH (2015) TCP15 modulates cytokinin and auxin responses during gynoecium development in Arabidopsis, Plant J, 84: 267–282 [27] Ma X, Ma J, Fan D, Li C, Jiang Y and Luo K (2016) Genome-wide Identification of TCP Family Transcription Factors from Populus euphratica and Their Involvement in Leaf Shape Regulation, Sci Rep 43 [28] Malav, P., Pandey, A., Bhatt, K.C., et al (2015) Morphological variability in holy basil (Ocimum tenuiflorum L.) from India Genet Resour Crop, 62: 1245–1256 [29] Mehra PN and Gill LS (1972) Cytology of west Himalayan Labiatae, tribe Ocimoideae, Cytologia, 37: 53–57 [30] Mohan L, Amberkar MV and Kumari M (2011) Ocimum sanctum linn (TULSI)-an overview, Int J Pharm Sci Rev Res, 7: 51 [31] Morton JK (1962) Cytotaxonomic studies on the west AfricanLabiatae, J Linn Soc Bot, 58: 231–283 [32] Mukherjee M and Datta AK (2006) Secondary associations in Ocimumspp, Cytologia 71(2): 149–152 [33] Nie, Ym., Han, Fx., Ma, Jj., et al (2022) Genome-wide TCP transcription factors analysis provides insight into their new functions in seasonal and diurnal growth rhythm in Pinus tabuliformis, BMC Plant Biol, 22: 167 [34] Parapunova V, Busscher M, Busscher-Lange J, Lammers M, Karlova R, Bovy AG, Angenent GC and de Maagd RA (2014) Identification, cloning and characterization of thes tomato TCP transcription factor family, BMC Plant Biol, 6: 14 - 157 [35] Pattanayak P, Behera P, Das D and Panda SK (2010) Ocimum sanctum Linn A reservoir plant for therapeutic applications: An overview, Pharmacogn Rev, 4(7): 95105 [36] PlantTFDB 4.0: toward a central hub for transcription factors and regulatory interactions in plants, Nucleic Acids Research, 45(D1): D1040-D1045 [37] Rueda-Romero P, Barrero-Sicilia C, Gomez-Cadenas A, Carbonero P and OnateSanchez L (2012) Arabidopsis thaliana DOF6 negatively affects germination in nonafter-ripened seeds and interacts with TCP14, J Exp Bot, 63: 1937–1949 [38] Schmid M., Davison T S., Henz S R., Pape U J., Demar M., Vingron M., Schölkopf B., Weigel D., Lohmann J U (2005) A gene expression map of Arabidopsis thaliana development, Nat Genet., 37(5): 501-506 [39] Sebastian Briesemeister, Jörg Rahnenführer and Oliver Kohlbacher (2010) Going from where to why - interpretable prediction of protein subcellular localization, Bioinformatics, 26(9): 1232-1238 [40] Sebastian Briesemeister, Jörg Rahnenführer and Oliver Kohlbacher (2010) YLoc - an interpretable web server for predicting subcellular localization, Nucleic Acids Research, 38: W497-W502 [41] Shi, P., Guy, K.M., Wu, W., et al (2016) Genome-wide identification and expression analysis of the ClTCP transcription factors in Citrullus lanatus BMC Plant Biol, 16 (85) [42] Simon JE, Quinn J, and Murray RG (1990) Basil: a source of essentialoils In: Janick J, Simon JE (eds) Advances in new crops, Timber, Portland, pp 484–989 [43] Singh N, Hoette Y and Miller R (2010) Tulsi: The Mother Medicine of Nature, 2nd ed Lucknow: International Institute of Herbal Medicine, pp 28–47 44 [44] Sobti SN and Pushpangadan P (1979) Cytotaxonomical studies in thegeneus Ocimum In: Bir SS (ed) Taxonomy, cytogenetics andcytotaxonomy of plants Kalyani, New Delhi, pp 373–377 [45] Steiner E, Efroni I, Gopalraj M, Saathoff K, Tseng TS, Kieffer M, et al (2012) The Arabidopsis O-linked N-acetylglucosamine transferase SPINDLY interacts with class I TCPs to facilitate cytokinin responses in leaves and flowers, Plant Cell, 24: 96–108 [46] Tamura K, Stecher G, and Kumar S (2021) MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 11 [47] Tran, C D., H D Chu, K H Nguyen, Y Watanabe, H V La, K D Tran and L.-S P Tran (2018) Genome-wide identification of the TCP transcription factor family in chickpea (Cicer arietinum L.) and their transcriptional responses to dehydration and exogeneous abscisic acid treatments, J Plant Growth Regul, 37(4): 1286-1299 [48] Upadhyay, Atul & Chacko, Anita & Gopinath, Gandhimathi & Ghosh, Pritha & Harini, K & Joseph, Agnel & Joshi, Adwait & Karpe, Snehal & Kaushik, Swati & Kuravadi, Nagesh & Lingu, Chandana & Jarjapu, Mahita & Malarini, Ramya & Malhotra, Sony & Manoharan, Malini & Mathew, OK & Mutt, Eshita & Naika, Mahantesha & Sathyanarayanan, Nitish & Sowdhamini and Ramanathan (2015) Genome sequencing of herb Tulsi (Ocimum tenuiflorum) unravels key genes behind its strong medicinal properties, BMC Plant Biology [49] Urano K, Maruyama K, Koyama T, Gonzalez N, Inzé D, Yamaguchi-Shinozaki K and Shinozaki K (2022) CIN-like TCP13 is essential for plant growth regulation under dehydration stress, Plant Mol Biol, 108(3): 257-275 [50] Ved DK and Goraya GS (2008) Demand and supply of Medicinal Plants in India, National Medicinal Plants Board [51] Yao, Xuan & Ma, Hong & Wang, J & Zhang and Dabing (2007) Genome‐Wide Comparative Analysis and Expression Pattern of TCP Gene Families in Arabidopsis thaliana and Oryza sativa, Journal of Integrative Plant Biology, 49: 885 – 897 [52] Zhang L, Li C, Yang D, Wang Y, Yang Y, and Sun X (2021) Genome-Wide Analysis of the TCP Transcription Factor Genes in Dendrobium catenatum Lindl, Int J Mol Sci, 22 (19): 10269 Tài liệu internet [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8] BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov Expasy Protparam: https://web.expasy.org/protparam/ PlantTFDB: http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/ YLoc: https://abi-services.informatik.uni-tuebingene.de/yloc/webloc.cgi Arabidopsis eFP Brower: https://bar.utoronto.ca/efp/cgi-bin/efpWeb.cgi https://en.m.wikipedia.org/wiki/File:Ocimum_tenuiflorum_flower.jpg https://nurserylive.com/products/krishna-tulsi-plant-holy-basil-ocimum-tenuiflorumblack-plant https://www.freepik.com/premium-photo/holy-basil-ocimum-tenuiflorum-greenleaves-isolated-top-view-flat 45 PHỤ LỤC BẢNG S1 Thông tin mặc định TT Bắt cặp hai Hình phạt khoảng trống trình tự Hình phạt khoảng trống Thơng số mặc định 10 0,1 kéo dài Bắt cặp nhiều Hình phạt khoảng trống trình tự Hình phạt khoảng trống 10 0,2 kéo dài Ma trận trọng lượng protein Nhóm hình phạt dư lượng - cụ thể ON Nhóm hình phạt có tính ưa nước ON Khoảng cách chia khoảng trống Tách khoảng trống cuối OFF Sử dụng ma trận phủ định OFF Sự cản trở cắt phân tán (%) 30 Gonnet 46 BẢNG S2 Thơng tin mặc định TT Phân tích Thơng số mặc định Sự tái tạo phát sinh loài Tất taxa chọn Phạm vi Phương pháp thống kê Neighbor-Joining Sự kiểm tra phát sinh chủng loại Kiểm tra phát sinh Phương pháp Bootstrap Số lượng Bootstrap 1000 Mơ hình thay Loại thay Amino acid Mơ hình/Phương pháp Khoảng cách so sánh đơi Những mơ hình tỷ lệ Tỷ lệ vùng Những tỷ lệ đồng Tham số Gamma Khơng áp dụng Mơ hình dịng Tương tự (đồng dạng) Tập hợp liệu để sử dụng Sự nghiên cứu khoảng trống/ liệu Sự bỏ hịan tồn bị thiếu Phạm vi vùng cắt (%) Không áp dụng 47