Nghiên cứu đặc điểm và biểu hiện của nhóm gene mã hóa protein vận chuyển đường ở cây ceratopteris richardii hướng đến xanh hóa khuôn viên công sở

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC - - KHOÁ LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM VÀ BIỂU HIỆN CỦA NHÓM GENE MÃ HÓA PROTEIN VẬN CHUYỂN ĐƯỜNG Ở CÂY CERATOPTERIS RICHARDII HƯỚNG ĐẾN XANH HĨA KHN VIÊN CƠNG SỞ HÀ NỘI - 2022 HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC - - KHOÁ LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM VÀ BIỂU HIỆN CỦA NHÓM GENE MÃ HÓA PROTEIN VẬN CHUYỂN ĐƯỜNG Ở CÂY CERATOPTERIS RICHARDII HƯỚNG ĐẾN XANH HĨA KHN VIÊN CƠNG SỞ Sinh viên thực hiện: Nguyễn Thị Yến Linh Lớp: K63CNSHA Ngành: Công nghệ sinh học MSV: 637039 Giảng viên hướng dẫn: TS Chu Đức Hà ThS Trịnh Thị Thu Thuỷ HÀ NỘI - 2022 LỜI CAM ĐOAN Em xin cam đoan trực tiếp thực nghiên cứu khóa luận Mọi kết thu nguyên bản, không chỉnh sửa chép từ nghiên cứu khác Các số liệu, kết khóa luận chưa cơng bố Em xin hồn tồn chịu trách nhiệm với lời cam đoan trên! Hà Nội, ngày tháng năm 2022 Sinh viên thực Nguyễn Thị Yến Linh i LỜI CẢM ƠN Trong trình thực khóa luận tốt nghiệp em ln nhận quan tâm, hướng dẫn giúp đỡ tận tình thầy, cô giáo khoa Công Nghệ Sinh Học với động viên giúp đỡ bạn bè Nhân dịp em xin bày tỏ lòng biết ơn vô cùng sâu sắc tới Cô ThS Trịnh Thị Thu Thuỷ - Bộ môn SHPT & CNSH ứng dụng - Khoa Công nghệ sinh học - Học viện Nông Nghiệp Việt Nam Thầy TS Chu Đức Hà - Khoa Công nghệ Nông nghiệp, Đại học Công nghệ, Đại học Quốc gia Hà Nội giúp đỡ em thời gian thực khóa luận Bên cạnh đó, em xin chân thành cảm ơn giúp đỡ quý báu, nhiệt tình tập thể cán thuộc Khoa Công nghệ Nông nghiệp, Đại học Công nghệ, Đại học Quốc gia Hà Nội, nơi em tiến hành khóa luận tốt nghiệp mình Cuối cùng, em xin cảm ơn giúp đỡ các thầy cô Khoa Công nghệ sinh học - Học viện Nông Nghiệp Việt Nam Em xin trân trọng cảm ơn! Hà Nội, ngày tháng năm 2022 Sinh viên thực Nguyễn Thị Yến Linh ii MỤC LỤC Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục viết tắt v Danh mục bảng vi Danh mục hình ảnh vii TÓM TẮT Phần I MỞ ĐẦU 1.1 Lý chọn đề tài 1.2 Mục đích đề tài 1.3 Nội dung nghiên cứu đề tài .3 1.4 Ý nghĩa khoa học thực tiễn .3 1.4.1 Ý nghĩa khoa học 1.4.2 Ý nghĩa thực tiễn Phần II TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Giới thiệu chung C richardii 2.1.1 Hệ thống phân loại C richardii 2.1.2 Nguồn gốc, xuất xứ C richardii 2.2 Đặc điểm hình thái C richardii 2.3 Vai trò C richardii 12 2.4 Vai trò sucrose trình vận chuyển sucrose thực vật 12 2.4.1 Sucrose vai trò sucrose thực vật 12 2.4.2 Quá trình vận chuyển sucrose thực vật 13 2.5 Tổng quan SWEET 14 2.6 Lịch sử nghiên cứu họ protein vận chuyển sucrose thực vật .15 2.6.1 Tình hình nghiên cứu giới 15 2.6.2 Tình hình nghiên cứu nước 20 iii PHẦN III VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 23 3.1 Thời gian địa điểm nghiên cứu 23 3.2 Dữ liệu nghiên cứu .23 3.3 Phương pháp nghiên cứu .23 3.3.1 Phương pháp xác định giải họ gen mã hóa protein vận chuyển SWEET C.richardii 23 3.3.2 Phương pháp phân tích cấu trúc gen protein vận chuyển đường sucrose C richardii 25 3.3.3 Phương pháp phân tích đặc tính dự đoán cư trú nội bào protein vận chuyển SWEET C.richardii 27 3.3.4 Xây dựng sơ đồ hình nhóm protein SWEET C richardii 29 Phần IV KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 32 4.1 Kết xác định phân tích vị trí phân bố nhóm gen mã hóa protein SWEET C richardii 32 4.2 Kết phân tích cấu trúc phân nhóm theo chức protein SWEET C richardii 36 4.2.1 Kết phân tích cấu trúc họ gen mã hóa protein SWEET C richardii 36 4.2.2 Kết xây dựng phân loại họ protein CericSWEET 44 4.3 Dự đoán vị trí cư trú nội bào tính tốn tính chất lý hóa protein vận SWEET C richardii 47 4.3.1 Kết dự đoán vị trí cư trú nội bào SWEET 48 4.3.2 Kết tính tốn tính chất lý hóa SWEET 49 Phần V KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 56 5.1 Kết luận 56 5.2 Kiến nghị 56 DANH MỤC CƠNG TRÌNH LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN VĂN 57 TÀI LIỆU THAM KHẢO 58 iv DANH MỤC VIẾT TẮT STT Chữ viết tắt Giải thích Tiếng Anh Basic local alignment Giải thích Tiếng Việt Cơng cụ tìm kiếm trình tự BLAST BlastP Protein-protein BLAST CDS Coding DNA Sequence Trình tự mã hóa ADN gDNA Genomic DNA DNA hệ gene GRAVY GSDS search tool Grand average of hydropathicity Độ ưa nước trung bình Gene Structure Display Cơng cụ mơ hình hóa cấu trúc gen Server (Trật tự exon/intron) II Instability index Độ bất ổn định kDa Kilodalton Đơn vị trọng lượng phân tử mW Molecular weight Trọng lượng phân tử 10 L Length Chiều dài (aa) 11 MEGA Molecular Evolutionary Phân tích di truyền tiến hóa phân Genetics Analysis tử 12 NCBI National Center for Trung tâm công nghệ sinh học Biotechnology Infomation quốc gia 13 NJ Neighbor-Joining 14 NST Chromosome Nhiễm sắc thể 15 pI Theoretical pI Điểm đẳng điện 16 RNA Ribonucleic acid Axit ribonucleic 17 SWEET 18 CRE Sugars will eventually be exported transporter cis- regulatory element v Chất vận chuyển đường sau yếu tố điều hòa cis- DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1 Những tham số ClustalW 30 Bảng 3.2 Những phân tích ưu tiên 31 Bảng 4.1 Thông tin họ gen SWEET C richardii 33 Bảng 4.2 Tóm tắt họ gen SWEET số loài thực vật 36 Bảng 4.3 Hàm lượng GC (%) CDS, gDNA họ gen SWEET C.richardii 40 Bảng 4.4 Phân tích vị trí cư trú nội bào nhóm SWEET C.richardii .49 Bảng 4.5 Đặc tính CericSWEET C richardii 50 vi DANH MỤC HÌNH ẢNH Hình 2.1 Hình ảnh Ceratopteris richadii Hình 2.3 Vịng đời C richardii Hình 2.4 Hình ảnh hình thái C richardii (Hasebe et al., 1998) Hình 2.5 Hình ảnh các giai đoạn di truyền Ceratopteris richardi 10 Hình 2.6 Hình ảnh phát triển dị nguyên Ceratopteris richardii 11 Hình 2.7 Sơ đồ tình hình nghiên cứu họ gen SWEET các năm gần 15 Hình 3.1 Phương pháp xác định họ gen mã hóa protein SWEET 24 Hình 3.2 Phương pháp giải gen mã hóa protein SWEET 24 Hình 3.3 Phương pháp xác định đặc điểm cấu trúc gen mã hóa protein SWEET 26 Hình 3.4 Phương pháp xếp các đoạn exon/ intron họ gen SWEET 27 Hình 3.5 Phương pháp phân tích đặc tính hóa sinh gen mã hóa protein SWEET 28 Hình 3.6 Phương pháp dự đoán vị trí phân bố nội bào gen SWEET C richardii 29 Hình 4.1 Vị trí phân bố NST họ gen SWEET C richardii 34 Hình 4.2 Biểu đồ kích thước trọng lượng phân tử CDS họ gen SWEET C richardii 37 Hình 4.3 Biểu đồ kích thước trọng lượng gDNA họ gen SWEET C richardii 38 Hình 4.4 Cấu trúc họ gen CericSWEET C richardii 42 Hình 4.5 Cấu trúc gen nhóm SWEET C richardii 45 vii Hình 4.6 Phân nhóm theo chức nhóm protein SWEET Ceratopteris richardii với các protein SWEET biết chức Cicer arietinum 47 Hình 4.7 Biểu đồ kích thước trọng lượng phân tử họ gen SWEET C richardii 51 Hình 4.8 Biểu đồ điểm đẳng điện họ gen SWEET C richardii 53 Hình 4.9 Biểu đồ độ bất ổn định số béo họ gen SWEET C richardii 54 Hình 4.0 Biểu đồ độ ưa nước trung bình họ gen SWEET C richardii 55 viii Bảng 4.4 Phân tích vị trí cư trú nội bào nhóm SWEET C.richardii STT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 Tên gene Vị tr í dự đốn Xác xuất (% ) Độ tin cậy CericSWEET01 Màng plasma 98.41% 0.98 CericSWEET02 Màng plasma 99.87% 0.95 CericSWEET03 Màng plasma 95.07% 0.9 CericSWEET04 Không gian ngoại bào 53.79% 0.81 CericSWEET05 Màng plasma 99.02% 0.99 CericSWEET06 Màng plasma 86.75% 0.06 CericSWEET07 Màng plasma 99.76% 0.82 CericSWEET08 Màng plasma 51.25% 0.04 CericSWEET09 Màng plasma 64.84% 0.11 CericSWEET10 Peroxisome 33.81% CericSWEET11 Lục lạp 64.54% 0.09 CericSWEET12 Màng plasma 94.05% 0.72 CericSWEET13 Màng plasma 99.30% 0.18 CericSWEET14 Màng plasma 57.36% 0.82 CericSWEET15 Màng plasma 96.80% 0.79 CericSWEET16 Màng plasma 94.37% 0.44 CericSWEET17 Màng plasma 85.21% 0.12 CericSWEET18 Màng plasma 100% 0.96 CericSWEET19 Màng plasma 99.81% 0.97 CericSWEET20 Màng plasma 95.32% 0.92 4.3.2 Kết tính tốn tính chất lý hóa SWEET Trong nghiên cứu này, kích thước (length, L - đơn vị aa), trọng lượng phân tử (molecular weight, mW - đơn vị kDa) số đặc tính lí hố protein, bao gồm điểm đẳng điện (isoelectric point, pI), số béo (aliphatic index, AI), độ bất ổn định (instability index, II) độ ưa nước trung bình (grand average of hydropathicity, GRAVY) tìm hiểu dựa trình tự amino acid protein CericSWEET tương ứng C richardii Kết phân tích đặc tính CericSWEET thể chi tiết Bảng 4.5 49 Bảng 4.5 Đặc tính CericSWEET C richardii STT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 Tên gen CericSWEET01 CericSWEET02 CericSWEET03 CericSWEET04 CericSWEET05 CericSWEET06 CericSWEET07 CericSWEET08 CericSWEET09 CericSWEET10 CericSWEET11 CericSWEET12 CericSWEET13 CericSWEET14 CericSWEET15 CericSWEET16 CericSWEET17 CericSWEET18 CericSWEET19 CericSWEET20 L 329 428 277 233 267 259 259 255 218 255 202 255 300 273 242 274 267 273 253 258 mW 35.99 47.15 31.18 25.41 30.44 28.93 28.54 28.31 24.39 28.37 22.31 28.17 32.46 30.02 26.61 31.12 29.75 30.22 28.37 28.82 pI 9.44 9.72 7.67 9.68 9.53 9.42 9.05 9.39 9.98 9.59 9.69 9.01 6.98 9.02 9.52 8.68 9.33 8.57 9.55 9.2 II 49.29 41.83 41.38 34.74 45.95 22.78 43.99 38.36 33.94 36 41.62 38.33 33.56 31.63 42.35 32.72 31.06 36.93 38.58 31.51 AI GRAVY 114.1 0.46 114.07 0.38 115.85 0.63 128.88 0.86 112.73 0.57 119.92 0.7 121.2 0.58 109.37 0.49 119.86 0.71 105.92 0.47 103.37 0.34 122.71 0.69 125.03 0.61 117.84 0.71 123.64 0.81 105.95 0.39 104.04 0.49 117.77 0.6 116.28 0.75 110.62 0.58 L: Kích thước, kW: Trọng lượng phân tử, pI: Điểm đẳng điện, II: Độ bất ổn định, AI: Chỉ số béo, GRAVY: Độ ưa nước Các đặc tính lý hóa tiếp tục khai thác nhằm cung cấp liệu tính chất nhóm protein vận chuyển đường sucrose C richardii Kích thước, trọng lượng phân tử, điểm đẳng điện, độ bất ổn định, số béo độ ưa nước trung bình nhóm CericSWEET trình bày Bảng 4.4 Kết cho thấy, kích thước phân tử dao động từ 202 (CericSWEET11) đến 428 (CerisSWEET02) amino acid, đó, hầu hết protein (14 tổng số 20) có kích thước tương đối đồng (240 - 280 amino acid) Cụ thể hơn, 50 CericSWEET01, 02 13 có kích thước lớn 329, 428, 300 amino acid, ngược lại CericSWET04, 09 11 có kích thước nhỏ 233, 214, 202 amino acid Tương tự, giá trị trọng lượng phân tử CericSWEET dao động khoảng từ 22,31 kDa (CericSWEET11) đến 29,75 kDa (CaSWEET17), có gen có trọng lượng phân tử 30,00000 kDa, cụ thể gen CericSWEET01- 35,99 kDa; CericSWEET0247,15 kDa; CericSWEET03- 31,18 kDa; CericSWEET05- 30,43 kDa; CericSWEET13- 32,46 kDa; CericSWEET14- 30,01 kDa; CericSWEET1631,12 kDa; CericSWEET18- 30,21 kDa mW 500 60 375 45 250 30 125 15 CericSWEET01 CericSWEET02 CericSWEET03 CericSWEET04 CericSWEET05 CericSWEET06 CericSWEET07 CericSWEET08 CericSWEET09 CericSWEET10 CericSWEET11 CericSWEET12 CericSWEET13 CericSWEET14 CericSWEET15 CericSWEET16 CericSWEET17 CericSWEET18 CericSWEET19 CericSWEET20 Trọng lượng phân tử (mW) Kích thước (L) L Gen ID Hình 4.7 Biểu đồ kích thước trọng lượng phân tử họ gen SWEET C richardii Trong nghiên cứu trước đây, tính chất protein SWEET số loài thực vật mô tả Cụ thể, năm 2015 Patil cộng nghiên cứu nhóm protein SWEET đậu tương rằng, kích thước 155 (GmSWEET3) đến 316 (GmSWEET2) amino acid, với 37 tổng số 52 thành viên có kích thước ổn định khoảng 240 - 280 gốc amino acid (Patil et al., 51 2015) Năm 2016, kết nghiên cứu họ protein BnSWEET B.napus Jian cộng cơng bố, cụ thể, họ protein BnSWEET có kích thước đạt từ 135 (BnSWEET8-4) đến 303 amino acid (BnSWEET4-4), với trọng lượng phân tử từ 15,14 (BnSWEET8-4) đến 33,45 kDa (BnSWEET4-4) (Wei et al., 2019) Theo Feng cộng sự, họ SlSWEET S lycopersicum có kích thước từ 233 đến 308 amino acid (Feng et al., 2017) Ngoài ra, kích thước họ protein MeSWEET họ CaSWEET Chu Đức Hà cộng xác định nằm khoảng từ 234 amino acid (MeSWEET7) đến 302 amino acid (MeSWEET17) (Chu Đức Hà cộng sự, 2017; Chu Đức Hà cộng sự, 2018), 230 amino acid (CaSWEET20) đến 296 amino acid (CaSWEET13) (Chu Đức Hà cộng sự, 2019), với trọng lượng phân tử đạt từ 25,85 kDa (MeSWEET27) đến 33,2 kDa (MeSWEET17) (Chu Đức Hà cộng sự, 2017; Chu Đức Hà cộng sự, 2018); 25,67 kDa (CaSWEET02) đến 33,47 kDa (CaSWEET13) (Chu Đức Hà cộng sự, 2019), tương đối đồng tỷ lệ thuận với Ở cà chua, nhóm protein SWEET có kích thước dao động 233 - 308 amino acid (Chardon et al., 2013; Shammai et al., 2018) Tiếp theo óc chó (Juglans regia), 25 protein JrSWEET dự đoán nằm khoảng từ 154 amino acid (JrSWEET16A) đến 301 amino acid (JrSWEET4B), với trọng lượng phân tử từ 16,63 kDa (JrSWEET16A) đến 33,24 kDa (JrSWEET3A) (Jiang et al., 2020) Trong đó, các thành viên nhóm protein SWEET lồi G arboreum có kích thước tương đối ổn định, từ 138 - 300 amino acid, tương ứng 14,84 - 33,53 kDa Tương tự, nhóm protein SWEET lồi G raimondii có kích thước khoảng 230 - 311 amino acid Ở hai loài G hirsutum G barbadense, kích thước nhóm protein SWEET đạt từ 116 - 374 amino acid 88 331 amino acid (Zhao et al., 2018) Năm 2022, Huang cộng xác định nhóm gen protein SWEET Hemerocallis fulva Hemerocallis fulva có kích thước 232 amino acid đến 299 amino acid Gen HfSWEET7 có trọng lượng phân tử nhỏ 25,764 kDa cao 32,976 kDa (HfSWEET16) (Huang et al., 2022) Một đặc điểm khác CericSWEET quan tâm nghiên cứu giá trị 52 điểm đẳng điện (pI) Điểm đẳng điện protein giá trị pH mà đó, tổng số điện tích dương điện tích âm phân tử khơng, phân tử không di chuyển điện trường Đa số thành viên (19 tổng số 20) nhóm CericSWEET có tính base (điểm đẳng điện > 7,0), ngoại trừ CericSWEET13 có tính trung tính với giá trị điểm đẳng điện đạt 6,98 (Bảng 4.4; Hình 4.8) CericSWEET20 CericSWEET19 CericSWEET18 CericSWEET17 CericSWEET16 CericSWEET15 CericSWEET14 CericSWEET13 CericSWEET12 CericSWEET11 CericSWEET10 CericSWEET09 CericSWEET08 CericSWEET07 CericSWEET06 CericSWEET05 CericSWEET04 CericSWEET03 CericSWEET02 CericSWEET01 9,2 9,55 8,57 9,33 8,68 9,52 9,02 6,98 9,01 9,69 9,59 9,98 9,39 9,05 9,42 9,53 9,68 7,67 9,72 9,44 Điểm đẳng điện (pI) 12 pI Hình 4.8 Biểu đồ điểm đẳng điện họ gen SWEET C richardii Một đặc tính khác protein CericSWEET xác định nghiên 53 cứu số bất ổn định (II) Theo kết bảng 4.4, có phân tử protein với số bất ổn định > 40, số bất ổn định < 40 gồm 13 phân tử CericSWEET Ngoài ra, số béo họ gen SWEET tương đối đồng đều, chênh lệch không lớn, dao động từ 103,37 (CericSWEET11) - 119,92 (CericSWEET08) II 60 112 48 84 36 56 24 28 12 0 Độ bất ổn định (II) AI CericSWEET01 CericSWEET02 CericSWEET03 CericSWEET04 CericSWEET05 CericSWEET06 CericSWEET07 CericSWEET08 CericSWEET09 CericSWEET10 CericSWEET11 CericSWEET12 CericSWEET13 CericSWEET14 CericSWEET15 CericSWEET16 CericSWEET17 CericSWEET18 CericSWEET19 CericSWEET20 Chỉ số béo (AI) 140 Gen ID Hình 4.9 Biểu đồ độ bất ổn định số béo họ gen SWEET C richardii Cuối cùng, giá trị độ ưa nước (GRAVY) họ CericSWEET C richardii nghiên cứu đề cập tới Những protein có giá trị GRAVY < phân tử ưa nước ngược lại, phân tử protein kỵ nước có giá trị GRAVY > Theo bảng 4.4, tất thành viên nhóm protein vận chuyển đường sucrose C richardii thể tính kỵ nước, với 54 độ ưa nước trung bình đạt giá trị dương Cụ thể, giá trị GRAVY CericSWEET dao động từ 0,34 (CericSWEET11) đến 0,81 (CericSWEET15), > 0, chứng tỏ phân tử CericSWEET có tính kỵ nước, tương tự ghi nhận gần cải thảo các trồng khác Các kết nghiên cứu cung cấp liệu cách tồn diện đặc tính hóa sinh họ protein CericSWEET Ceratopteris richardii 1,2 0,9 0,6 0,3 CericSWEET01 CericSWEET02 CericSWEET03 CericSWEET04 CericSWEET05 CericSWEET06 CericSWEET07 CericSWEET08 CericSWEET09 CericSWEET10 CericSWEET11 CericSWEET12 CericSWEET13 CericSWEET14 CericSWEET15 CericSWEET16 CericSWEET17 CericSWEET18 CericSWEET19 CericSWEET20 Độ ưu nước trung bình (GRAVY) GRAVY Gen ID Hình 4.0 Biểu đồ độ ưa nước trung bình họ gen SWEET C richardii 55 Phần V KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 5.1 Kết luận Nghiên cứu xác định 20 protein SWEET C richardii Trong đó, gen nằm NST số 11, gen nằm NST số gen nằm NST số 23, gen lại phân bố rải rác hệ gen Kích thước CDS gDNA gene CericSWEET đồng Đã xác định gen chứa exon, 14 gen có exon, gen chứa exon, gen chứa exon gen chứa exon Ngoài ra, dựa theo sơ đồ hình nhóm protein CericSWEET chia làm phân nhóm chính, tương tự loài thực vật khác Dựa mức độ tương đồng với protein CaSWEET C arietinum, nghiên cứu đề xuất chức CericSWEET07 12 liên quan đến chế đáp ứng hạn C richardii Vùng promoter gen CericSWEET có CRE đáp ứng hạn Dự đoán vị trí cho thấy 17 protein SWEET C richardii cư trú màng sinh chất, CericSWEET04, 10 11 nằm không gian ngoại bào, peroxisome lục lạp Phân tích tính chất lý hóa cho thấy kích thước protein SWEET C richardii đạt 202 - 428 gốc amino acid, 19 protein SWEET có tính base Tất protein SWEET C richardii có tính kỵ nước, protein có tính ổn định 13 protein bất ổn định ống nghiệm, cuối số béo dao động từ 103,37 - 119,92 Những kết nghiên cứu cung cấp hiểu biết đặc điểm gen CericSWEET, đặt tảng vững để nghiên cứu sâu vai trò chức chúng trình phát triển phản ứng với căng thẳng C richardii 5.2 Kiến nghị Tiếp tục mở rộng nghiên cứu họ gen vận chuyển protein SWEET các đối tượng thực vật khác Kiểm tra mức độ đáp ứng gen SWEET với các điều kiện bất lợi thực nghiệm nhằm đề xuất gen thành viên 56 DANH MỤC CƠNG TRÌNH LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN VĂN Chu Đức Hà, Hà Thị Quyến, Phạm Châu Thùy, Trần Đăng Khoa, La Việt Hồng, Nguyễn Thị Yến Linh, Trần Văn Tiến, Trịnh Thị Thu Thủy (2022), “Xác định, phân tích cấu trúc phân nhóm protein vận chuyển sucrose Ceratopteris richardii”, Tạp chí khoa học cơng nghệ Đại Học Thái Ngun, T 227, S 10 57 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Chu Duc Ha, Le Xuan Dac, Tran Thi Thanh Huyen, Pham Thi Ly Thu (2017) "Evolutionary analysis and expression profiling of the sweet sugar transporter gene family in cassava (Manihot esculenta Crantz)" Journal of Science - HNUE, 62(10): 91-99 Chu Đức Hà, Phạm Thị Quỳnh, Phạm Thị Lý Thu, Nguyễn Văn Cương, Lê Tiến Dũng (2018), “Xác định họ gen mã hóa protein vận chuyển SWEET sắn”, HNUE Journal of Science, Volume 63, Issue 3, pp 140-149 Chu Đức Hà, Phùng Thị Vượng, Chu Thị Hồng, Phạm Thị Lý Thu, Phạm Phương Thu, Trần Thị Phương Liên, La Việt Hồng, (2019) “ Định danh phân tích cấu trúc họ gen mã hóa protein vận chuyển đường sucrose đậu gà (Cicerarietinum) ” Tạp chí khoa học Cơng nghê Đại Học Thái Nguyên Cao Phi Bằng, Nguyễn Văn Đính, Trần Thị Thanh Huyền, Lê Thị Mận, Vũ Xuân Dương, 2020 “PHÂN TÍCH ĐẶC ĐIỂM IN SILICO CÁC GENE MÃ HÓA PROTEIN SWEET Ở CÂY CA CAO (Theobroma cacao L.)” Lê Thị Mận, Nguyễn Phương Quý, Nguyễn Thị Huệ, Nguyễn Thị Nguyệt Nga1, Cao Phi Bằng, (2021) “Nghiên cứu đặc điểm gene mã hóa SWEET đu đủ (Carica papaya L.)” Tạp chí khóa học công nghệ Trường Đại Học Hùng Vương, tập 26 số (2022), 22- 27 Tài liệu tiếng Anh Aram, F., García, E.H., Solgi, E., Mansournia, S (2019) “Urban green space cooling effect in cities” Artimo P., et al (2012) ExPASy: SIB bioinformatics resource portal Nucleic Acids Research, 40 (Web Server issue): W597-603 Aslam M., Mahmood I A., Peoples M B., Schwenke G.D., et al (2003) Contribution of chickpea nitrogen fixation to increased wheat production and soil 58 organic fertility in rain-fed cropping Biol Fertil Soils, 38(1): 59-64 Baker R F., Leach K A., Braun D M (2012) SWEET as sugar: new sucrose effluxers in plants Mol Plant, 5(4): 766-8 10 Bartz M., Gola E.M (2018) Meristem development and activity in gametophytes of the model fern, Ceratopteris richardii 11 Chardon F., Bedu M., Calenge F., Klemens P A., et al (2013) “Leaf fructose content is controlled by the vacuolar transporter SWEET17 in Arabidopsis”, Curr Biol, 23(8): 697-702 12 Chong J., Piron M.C., Meyer S., Merdinoglu D., Bertsch C., Mestre P (2014) “The SWEET family of sugar transporters in grapevine: VvSWEET4 is involved in the interaction with Botrytis cinerea” J Exp Bot, 65(22):6589-601 13 Dhir B (2018) “Role of Ferns in Environmental Cleanup”, Current Advances in Fern Research pp 517–531 14 Du Y., Li W., Geng J., Li S., Zhang W., Liu X., Hu M., Zhang Z., Fan Y., Yuan X., Du J., Zhao, Q (2022) Genome-wide identification of the SWEET gene family in Phaseolus vulgaris L and their patterns of expression under abiotic stress Journal of Plant Interactions Volume 17, Pages 390-403 15 El-Gebali S., Mistry J., Bateman A., Eddy S R., et al., (2019) The Pfam protein families database in 2019 Nucleic Acids Res, 47(D1): D427-D432 16 Esfahani M N., et al (2014) Mechanisms of physiological adjustment of N2 fixation in Cicer arietinum L (chickpea) during early stages of water deficit: single or multi-factor controls Plant J, 79(6): 964-80 17 Gao Y., Wang Z Y., Kumar V., Xu X F., et al (2018) Genome-wide identification of the SWEET gene family in wheat Gene, 642(284-292) 18 Gao Y., Yao Y., Zhu Y., Ren G (2015) Isoflavone content and composition in chickpea (Cicer arietinum L.) sprouts germinated under different conditions J Agric Food Chem, 63(10): 2701-7 19 Gautam T., Saripalli G., Gahlaut V., Kumar A., Sharma P.K., Balyan H.S., 59 Gupta P.K., (2019) “Further studies on sugar transporter (SWEET) genes in wheat (Triticum aestivum L.)” Mol Biol Rep;46(2):2327-2353 20 Goodstein D.M., Shu S., Howson R., Neupane Hayes R.D., Fazo J., Mitros T., Dirks W., Hellsten U., Putnam N., Rokhsar D (2012) “Phytozome: a comparative platform for green plant genomics” 21 Hasebe M., Wen C.K., Kato M (1998) “Characterization of MADS homeotic genes in the fern Ceratopteris richardii”, Proc Natl Acad Sci USA 22 Hickok L.G., Warne T.R., Slocum M.K (1987) Ceratopteris richardii: Applications for experimental plant biology 23 Hu B., Jin J., Guo A.Y., Zhang H., Luo J., Gao G (2015) GSDS 2.0: an upgraded gene Feature visualization server Bioinformatics, 31(8):1296-1297 24 Hu B., Wu H., Huang W., Song J., Zhou Y., Lin Y., (2019) “SWEET Gene Family in Medicago truncatula: Genome-Wide Identification, Expression and Substrate Specificity Analysis” Plants (Basel) 8(9): 338 25 Hu L.-p., Zhang F., Song S.H., Tang X.W., et al (2017) Genome-wide identification, characterization, and expression analysis of the SWEET gene family in cucumber Journal of Integrative Agriculture, 16(7): 1486-1501 26 Huang D.M., Chen Y., Liu X., Ni D.A., Bai L., Qin Q.P (2022) Genomewide identification and expression analysis of the SWEET gene family in daylily (Hemerocallis fulva) and functional analysis of HfSWEET17 in response to cold stress 27 Jameson P.E., Dhandapani P., Novak O., Song J (2016) Cytokinins and Expression of SWEET, SUT, CWINV and AAP Genes Increase as Pea Seeds Germinate 28 Jeena G.S., Sunil K., Shukla R.K (2019) Structure, evolution and diverse physiological roles of SWEET sugar transporters in plants 29 Ji J., Yang, L., Fang Z., Zhang Y., Zhuang M., Lv H., Wang Y., (2022) “Plant SWEET family of sugar transporters: Structure, evolution and biological 60 functions” 30 Jian H., Lu K., Yang B., Wang T., et al (2016) Genome-Wide Analysis and Expression Profiling of the SUC and SWEET Gene Families of Sucrose Transporters in Oilseed Rape (Brassica napus L.) Front Plant Sci, 7(1464) 31 Jiang S., Balan B., Assis R.d.A.B., Sagawa C.H.D., Wan X., Han S., Wang L., Zhang L., Zaini P.A., Walawage S.L., Jacobson A., Lee S.H., Moreira L.M., Leslie C.A., Dandekar A.M (2020) “Genome-Wide Profiling and Phylogenetic Analysis of the SWEET Sugar Transporter Gene Family in Walnut and Their Lack of Responsiveness to Xanthomonas arboricola pv juglandis Infection” International Journal of Molecular Sciences 21(4):1251 32 Kinosian S.P., Wolf P.G (2021) The Natural History of Model Organisms: The biology of C richardii as a tool to understand plant evolution Magazine, Plant Biology 33 Leroux O., Eeckhout S., Viane R., Popper Z (2013) “Ceratopteris richardii (C-fern): A model for investigating adaptive modification of vascular plant cell walls” Front Plant Sci, vol 4, p 367 34 Li J., Qin M., Qiao X., Cheng Y., Li X., Zhang H., Wu J (2017), “A New Insight into the Evolution and Functional Divergence of SWEET Transporters in Chinese White Pear (Pyrus bretschneideri)”, Plant and Cell Physiology 58(4):839850 35 Li Y., Feng S., Ma S., Sui X., Zhang Z (2017) “Spatiotemporal Expression and Substrate Specificity Analysis of the Cucumber SWEET Gene Family”, Front Plant Sci 2017; 8: 1855 36 Marchant D.B., Sessa E.B., Wolf P.G, Heo K., Barbazuk W., Soltis P., Soltis D., (2019) “The C-Fern (Ceratopteris richardii) genome: insights into plant genome evolution with the first partial homosporous fern genome assembly” 37 Mizuno H., Kasuga S., Kawahigashi H (2016) “The sorghum SWEET gene family: stem sucrose accumulation as revealed through transcriptome profiling” 61 Biotechnol Biofuels, 9(127) 38 Nakazato T., Jung M.K., Housworth E.A., Rieseberg L.H., Gastony G.J (2007) A Genomewide Study of Reproductive Barriers Between Allopatric Populations of a Homosporous Fern, Ceratopteris richardii Genetics, Volume 177, Issue 2, Pages 1141–1150 39 Patil G., Valliyodan B., Deshmukh R., Prince S., Nicander B., Zhao M., Sonah H., Song L., Lin L., Chaudhary J., Liu Y., Joshi T., Xu D., Nguyen H.T (2015) Soybean (Glycine max) SWEET gene family: insights through comparative genomics, transcriptome profiling and whole genome re-sequence analysis 40 Patil S.P., Niphadkar P.V., Bapat M.M (2001) Chickpea: a major food allergen in the Indian subcontinent and its clinical and immunochemical correlation Ann Allergy Asthma Immunol, 87(2): 140-5 41 PPG I (2016) A community-derived classification for extant lycophytes and ferns Journal of Systematics and Evolution 54:563–603 42 Roy S., Sen A., Das B., Das N., Maiti M.K., Bhattacharya S (2022) “Genome-wide in silico analysis indicates the involvement of OsSWEET transporters in abiotic and heavy metal (loid) stress responses in rice”, Biologia volume 77, pages1737–1755 43 S Briesemeister, R Jörg, and O Kohlbacher, “YLoc - An interpretable web server for predicting subcellular localization,” Nucleic Acids Res, vol 38, pp W497-W502, 2010 44 Shammai A., et al (2018) “Natural genetic variation for expression of a SWEET transporter among wild species of Solanum lycopersicum (tomato) determines the hexose composition of ripening tomato fruit” 45 Stephanie J Conway, Verónica S.Di Stilio (2020) An ontogenetic framework for functional studies in the model fern Ceratopteris richardii 46 Sui J.L., Xiao X.H., Qi J.Y., Fang Y.J., Tang C.R (2017) “The SWEET gene family in Hevea brasiliensis – its evolution and expression compared with four 62 other plant species” Volume7, Issue12, Pages 1943-1959 47 Tan G.Z.H., Das B., howmik S.S., Hoang T.M.L., Karbaschi M.R (2017) Finger on the Pulse: Pumping Iron into Chickpea Front Plant Sci, 8(1755) 48 Wei Y., Xiao D., Zhang C., Hou X (2019) “The Expanded SWEET Gene Family Following Whole Genome Triplication in Brassica rapa”, Genes (Basel) 10(9): 722 49 Yao T., Xi, R., Zhou Y., Hu J., Gao Y., Zhou C (2021) “Genome-Wide Identification of SWEET Gene Family and Its Response to Abiotic Stresses in Valencia Sweet Orange” Plant Molecular Biology Reporter volume 39, pages546–556 50 Zhao L., Yao, J., Chen W., Li, Y., Lu Y., Gao Y., Wang J., Yuan L., Liu Z., Yongshan Zhang Y (2018) “A genome-wide analysis of SWEET gene family in cotton and their expressions under different stresses” 63