Xác định và khai thác dữ liệu biểu hiện của các gene mã hóa protein mẫn cảm với tác động của đa yếu tố bất lợi phi sinh học ở giống sắn (manihot esculenta) mô hình ku50

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC ~~~~~***~~~~~ KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: XÁC ĐỊNH VÀ KHAI THÁC DỮ LIỆU BIỂU HIỆN CỦA CÁC GENE MÃ HÓA PROTEIN MẪN CẢM VỚI TÁC ĐỘNG CỦA ĐA YẾU TỐ BẤT LỢI PHI SINH HỌC Ở GIỐNG SẮN (Manihot esculenta) MƠ HÌNH KU50 Sinh viên thực : Nguyễn Chí Thanh Khóa : 62 Ngành : Cơng nghệ Sinh học Giảng viên hướng dẫn : TS Phạm Thị Dung TS Chu Đức Hà Hà Nội, 2021   LỜI CAM ĐOAN Tơi cam đoan cơng trình nghiên cứu thân Các số liệu, kết nêu khóa luận trung thực chưa cơng bố cơng trình nghiên cứu khác Tôi xin chịu trách nhiệm lời cam đoan trước Học viện Hội đồng Hà Nội, ngày tháng năm 2021 Sinh viên Nguyễn Chí Thanh   i   LỜI CẢM ƠN Lời xin chân thành cảm ơn thầy cô giáo tồn thể cán Bộ mơn Sinh học phân tử - Khoa Công nghệ Sinh học - Học viện Nông Nghiệp Việt Nam Bộ môn Sinh học phân tử - Viện Di truyền Nông nghiệp tạo điều kiện cho tơi thực hồn thành tốt khóa luận Tơi xin tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến TS Phạm Thị Dung TS Chu Đức Hà tận tình hướng dẫn tơi suốt q trình thực đề tài, giúp tơi hồn thành tốt khóa luận Tôi xin trân trọng cảm ơn đến tất anh, chị, bạn làm việc phịng thí nghiệm Bộ môn Sinh học phân tử - Viện Di truyền Nông nghiệp bên tôi, hỗ trợ giúp đỡ tơi hồn thành thật tốt đề tài nghiên cứu Và cuối xin gửi lời cảm ơn chân thành đến gia đình, bạn bè Chính gia đình, bạn bè nguồn động viên tinh thần lớn giúp tơi hồn thành thật tốt khóa luận Hà Nội, ngày tháng Sinh viên Nguyễn Chí Thanh   ii năm 2021   MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC VIẾT TẮT v DANH MỤC HÌNH vii TÓM TẮT viii PHẦN I: MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục đích yêu cầu đề tài 1.2.1 Mục đích đề tài 1.2.2 Yêu cầu đề tài 1.3 Ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài 1.3.1 Ý nghĩa khoa học đề tài 1.3.2 Ý nghĩa thực tiễn đề tài PHẦN II: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Giới thiệu sắn 2.1.1 Nguồn gốc lịch sử sắn 2.1.2 Đặc điểm hình thái sắn 2.1.3 Đặc điểm di truyền sắn 2.1.4 Vai trò sắn 2.2 Tình hình sản xuất tiêu thụ sắn giới Việt Nam 10 2.2.1 Tình hình sản xuất tiêu thụ sắn giới 10 2.2.2 Tình hình sản xuất tiêu thụ sắn Việt Nam 12 2.3 Một vài nét Met MRP thực vật 14 2.3.1 Một vài nét Met 15 2.3.2 MRP thực vật 16 2.4 Lịch sử nghiên cứu vấn đề 17 2.4.1 Lịch sử nghiên cứu giới 17 2.4.2 Lịch sử nghiên cứu nước 19   iii   PHẦN III: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 20 3.1 Nội dung, thời gian địa điểm nghiên cứu 20 3.1.1 Nội dung thời gian nghiên cứu 20 3.1.2 Địa điểm nghiên cứu 20 3.2 Dữ liệu nghiên cứu 20 3.3 Phương pháp nghiên cứu 20 3.3.1 Phương pháp tìm kiếm định danh gene mã hóa MRP giống sắn KU50 20 3.3.2 Phương pháp phân loại chức MRP giống sắn KU50 21 3.3.3 Phương pháp xác định đặc tính lý hóa MRP giống sắn KU50 22 3.3.4 Phương pháp dự đốn vị trí cư trú nội bào MRP giống sắn KU50 22 3.3.5 Phương pháp khai thác liệu biểu gene mã hóa MRP giống sắn KU50 điều kiện thường 23 PHẦN IV: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 25 4.1 Kết tìm kiếm định danh gene mã hóa MRP giống sắn KU50 25 4.2 Kết phân loại chức MRP giống sắn KU50 26 4.3 Kết xác định đặc tính lý hóa MRP giống sắn KU50 29 4.4 Kết dự đốn vị trí cư trú nội bào MRP giống sắn KU50 32 4.5 Kết khai thác liệu biểu gene mã hóa MRP giống sắn KU50 điều kiện thường 33 PHẦN V: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 40 5.1 Kết luận 40 5.2 Kiến nghị 40 DANH MỤC CƠNG TRÌNH ĐÃ CƠNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN KHÓA LUẬN 41 TÀI LIỆU THAM KHẢO 42 PHỤ LỤC 45   iv   DANH MỤC VIẾT TẮT   STT Chữ viết tắt Giải thích Tiếng Anh Giải thích Tiếng Việt BlastP Protein-protein BLAST - CbL Cystathionine β-lyase - CgS Cystathionine -synthase - Cm Centimetre Centimet cTP Chloroplast transfer peptide Peptide chuyển lục lạp DNA Deoxyribonucleic acid Axit deôxyribônucleic EST Expressed sequence tags Thẻ hiển thị trình tự FEC Friable embryogenic callus Mơ sẹo phơi hóa 10 FPKM Fragments per kilobase million 11 GEO Gene expression omnibus Các mảnh triệu kilo bazơ Thư viện liệu biểu gen 12 M Metre Mét 13 Mb Megabyte Megabit 14 Met Methionine Methionin 15 mRNA Messenger RNA ARN thông tin 16 MRP Methionine rich protein Protein giàu Methionin 17 MS Methionine synthase - 18 mTP Mitochondrial transfer peptide Peptide chuyển ty thể 19 NCBI National Center for Biotechnology Information Trung tâm Thông tin Công nghệ Sinh học Quốc gia v     20 NST Chromosome Nhiễm sắc thể 21 OES Somatic organized embryogenic structure Tổ chức phát sinh phôi cấu tạo soma 22 OPH O -phosphomoserine - 23 pI Isoelectric point Điểm đẳng điện 24 RAM Root apical meristem Mơ phân sinh chóp rễ 25 RNA Ribonucleic acid Axit ribônucleic 26 ROS Reactive oxygen species Các gốc chứa oxy nguyên tử hoạt động 28 SAM S -adenosylmethionine - 29 SAM Shoot apical meristem Mô phân sinh đỉnh chồi 30 SMM S-methylmethionine - 31 SP Signal peptide Peptide tín hiệu 32 TCN - Trước Cơng ngun 33 TS Threonine synthase - vi   DANH MỤC HÌNH Hình 2.1: Hình thái sắn Hình 2.2: Genome sắn Hình 2.3: Diện tích sản lượng sắn giới giai đoạn 2012-2019 11 Hình 2.4: Sản lượng sắn theo vùng giai đoạn 2012-2019 12 Hình 2.5: Diện tích sản lượng sắn Việt Nam giai đoạn 2012-2019 13 Hình 2.6: Sản lượng sắn 10 quốc gia giai đoạn 2012-2019 14 Hình 2.7: Cơng thức cấu tạo Met 15 Hình 2.8: Quá trình sinh tổng hợp Met 16 Hình 3.1: Sơ đồ bước sàng lọc MRP proteome giống sắn KU50 21 Hình 3.2: Sơ đồ phương pháp định danh MRP giống sắn KU50 21 Hình 3.3: Sơ đồ phân loại chức MRP giống sắn KU50 22 Hình 3.4: Sơ đồ bước tiến hành xác tích đặc tính lý hóa MRP giống sắn KU50 22 Hình 3.5: Sơ đồ minh họa thí nghiệm dự đốn vị trí cư trú nội bào MRP giống sắn KU50 23 Hình 3.6: Sơ đồ minh họa khai thác liệu biểu gene mã hóa MRP giống sắn KU50 điều kiện thường 24 Hình 4.1: Vị trí phân bố số lượng gene mã hóa MRP sắn NST 26 Hình 2: Phân loại chức Arabidopsis thaliana, đậu tương (Glycine max) sắn (Manihot esculenta) 28 Hình 3: Kích thước trọng lượng phân tử 52 MRP sắn 29 Hình 4.4: Giá trị pI 52 MRP sắn 30 Hình 4.5: Chỉ số bất ổn 52 MRP sắn 31 Hình 4.6: Giá trị độ ưa nước 52 MRP sắn 31 Hình 4.7: Vị trí cư trú nội bào 52 MRP sắn 33 Hình 4.8: Mức độ biểu 52 MRP sắn 38   vii   TÓM TẮT Sắn (Manihot esculenta) trồng quan trọng Việt Nam giới, sử dụng với nhiều mục đích khác làm thực phẩm cho người, thức ăn cho chăn nuôi đặc biệt sản xuất nhiên liệu sinh học Tuy nhiên, với tình hình biến đổi khí hậu phức tạp nay, sắn chịu ảnh hưởng nghiêm trọng đến khả sinh trưởng phát triển suất, chất lượng Trong nghiên cứu này, liệu proteome sắn sử dụng để tìm kiếm định danh protein giàu Methionin (MRP) xác định 155 MRP thỏa mãn điều kiện có kích thước ≥ 95 amino acid số lượng Met ≥ 6% Thông tin giải 155 MRP sắn bao gồm mã RNA, mã protein, mã gene, mã locus xác định thông qua BlastP Phân loại chức cho thấy có 103 gene mã hóa MRP biết chức gồm tám nhóm chính; cịn lại 52 gene mã hóa MRP chưa biết chức trọng tâm nghiên cứu phân tích 52 MRP chưa biết chức có kích thước trọng lượng phân tử tỉ lệ thuận với nhau, giá trị điểm đẳng điện (pI) trải dài từ acid đến base, số bất ổn đa phần mang tính khơng ổn định ống nghiệm, giá trị độ ưa nước đa phần ưa nước Vị trí cư trú nội bào 52 MRP chưa biết chức nằm vị trí khác nằm vị trí khác, nằm lục lạp, nằm ty thể nằm hệ thống bao gói Các gene mã hóa MRP chưa rõ chức có mức độ biểu đa dạng mẫu mơ, quan/bộ phận sắn; đặc biệt gene Manes.10G129200 có mức độ biểu mạnh năm quan, bao gồm cuống lá, thân, củ, SAM RAM Kết nghiên cứu cung cấp dẫn liệu khoa học cho việc tìm hiểu MRP liên quan đến tính chống chịu bất lợi sắn   viii   PHẦN I: MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề Thực vật sống môi trường khắc nghiệt chịu tác động nhiều yếu tố vật lý hóa học có tính chất bất lợi với chúng, bao gồm nhiệt độ, thiếu thừa nước, nhiễm mặn, nhiễm kim loại nặng Những yếu tố bất lợi phi sinh học kể mối đe dọa cấp thiết nông nghiệp hệ sinh thái, gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến trình sinh trưởng phát triển thực vật, dẫn đến việc suất trồng toàn giới bị giảm đáng kể (He et al., 2018) Thống kê cho thấy, vào năm 2018, sản lượng trồng bị thiệt hại nghiêm trọng lên đến gần 50% bị ảnh hưởng hạn hán nhiễm mặn (Devasirvatham and Tan, 2018) Trong đất, trình tích lũy kim loại nặng gây hại cho kết cấu đất đồng thời làm giảm phát triển thực vật cách trực tiếp (hoặc gián tiếp) thông qua chế tác động tới hoạt động phân tử khác hoạt động sinh lý (Tiwari and Lata., 2018) Ở thực vật, căng thẳng nhiệt độ chia thành ba loại (như nhiệt độ cao, lạnh đóng băng) tùy thuộc vào tác nhân gây căng thẳng Bất lợi nhiệt độ làm giảm khả quang hợp, kìm hãm trình nảy mầm, khiến bị tổn thương dẫn đến chết (Kai and Iba., 2014) Nhiều báo cáo tác động bất lợi phi sinh học đa yếu tố thực vật tích tụ mức gốc chứa oxy nguyên tử hoạt động (reactive oxygen species, ROS) tế bào (Sewelam et al., 2016) Sự dư thừa gây thay đổi cấu trúc đại phân tử (chẳng hạn protein) (Jacques et al., 2015) Trên cấu trúc phân tử protein có chứa gốc Methionine (Met), vị trí dễ bị oxy hóa, từ làm thay đổi cấu trúc, dẫn đến protein bị thay đổi chức năng, khiến tế bào bị chết (Chu et al., 2016, Jacques et al., 2015) Do đó, vấn đề đặt có protein chứa nhiều Met đáp ứng với tác động đa yếu tố bất lợi phi     DANH MỤC CƠNG TRÌNH ĐÃ CƠNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN KHÓA LUẬN Chu Đức Hà, Nguyễn Hà My, Nguyễn Chí Thanh, Phạm Thị Dung, Nguyễn Quốc Trung, Phạm Phương Thu, Lê Thị Ngọc Quỳnh, Hà Thị Quyến, Lê Thị Hiên, La Việt Hồng PHÂN LOẠI VÀ PHÂN TÍCH DỮ LIỆU CỦA NHĨM PROTEIN GIÀU METHIONINE THƠNG QUA SÀNG LỌC HỆ PROTEIN CỦA CÂY SẮN (Manihot esculenta) Tạp chí Khoa học Cơng nghệ Nơng nghiệp Việt Nam, số (chấp nhận đăng) 41     TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt [1] Chu Đức Hà, Lê Thị Ngọc Quỳnh, Nguyễn Trọng Hiển, Lê Huy Hàm, Lê Tiến Dũng (2015a) Thiết lập tiêu hình thái đặc trưng cho phân loại giống sắn (Manihot esculenta Crantz) Việt Nam dựa mô tả hình thái giống sắn KM 94 Tạp chí Sinh học 37(1) Tr 31-38 [2] Chu Đức Hà, Lê Thị Ngọc Quỳnh, Phạm Thị Lý Thu, Nguyễn Quang Huy, Lê Tiến Dũng (2015) Phân tích gen mã hóa protein giàu methionin Arabidopsis thaliana điều kiện bất lợi Tạp chí Sinh học 37(4) tr 487-495 [3] Cao Phi Bằng, Nguyễn Văn Đính, Trần Thị Thanh Huyền, Lê Thị Mận Vũ Xuân Dương (2020) Phân tích đặc điểm in silico gen mã hóa protein SWEET cacao (Theobroma cacao) Báo cáo khoa học nghiên cứu giảng dạy sinh học Việt Nam – hội nghị khoa học quốc gia lần thứ [4] Đinh Thế Lộc, Võ Nguyên Quyền, Bùi Thế Hùng, Nguyễn Thế Hùng (1997) Giáo trình lương thực, NXB Nơng nghiệp [5] Đỗ Hải Lan, Lê Trần Bình, Lê Văn Sơn, Chu Hoàng Hà (2017) Nghiên cứu hệ thống tái sinh (Manihot esculenta Crantz) thông qua phôi soma từ chưa trưởng thành Tạp chí Khoa học Nơng nghiệp Việt Nam Tập 15(1) tr 1-6 [6] Hoàng Kim Phạm Văn Biên (1996) Giáo trình Sắn, NXB Nơng nghiệp [7] Nguyễn Đình Tráng Phạm Quang Hà (2018) Tác động việc trồng sắn cho sản xuất nhiên liệu sinh học đến đa dạng sinh học cảnh quan: Tổng quan Việt Nam Tạp chí Khoa học Nơng nghiệp Việt Nam Số 5(90) [8] Trần Ngọc Ngoạn (2007) Giáo trình sắn, NXB nơng nghiệp Hà Nội [9] Trịnh Xuân Ngọ Đinh Thế Lộc (2004) Cây có củ kỹ thuật thâm canh, Cây sắn (Khoai mỳ) (Manihot Esculenta Crantz), NXB Lao động xã hội Tài liệu tiếng Anh [1] Altenbach SB, Pearson KW, Leung FW, Sun SS (1987) Cloning and sequence analysis of a cDNA encoding a Brazil nut protein exceptionally rich in methionine Plant Mol Biol Vol 8(3) pp 239-250 [2] Awoleye F Duren M.V Dolezel J Novak F.J (1994) Nuclear DNA content and in vitro induced somatic polyploidization cassava (Manihot esculenta Crantz) breeding Euphytica Vol 76 pp 195 - 202 [3] Balagopalan C (2002) Chapter 15 Cassava Utilization in Food, Feed and Industry, Cassava: Biology, Production and Utilization In: CAB International 2002 pp 301-318 [4] Bredeson J.V Lyons J.B Prochnik S.E Wu G.A Ha C.M Edsinger-Gonzales E Grimwood J Schmutz J Rabbi I.Y Egesi C Nauluvula P Lebot V Ndunguru J Mkamilo G Bart R.S T.L Setter, Gleadow R.M Kulakow P Ferguson M.E Rounsley S Rokhsar D.S (2016) Sequencing wild and cultivated cassava and related species reveals extensive interspecific hybridization and genetic diversity Nat Biotechnol Vol 34 pp 562 - 570 [5] Basu, R., Dutta, S., Pal, A., Sengupta, M., & Chattopadhyay, S (2021) Calmodulin7: recent insights into emerging roles in plant development and stress Plant Molecular Biology [6] Brosnan, J T & Brosnan, M E (2006) The sulfur-containing amino acids: an overview The Journal of nutrition Vol 136(6 Suppl) 1636S–1640S 42     [7] Chakraborty S, Chakaborty N, Data A (2000) Increased nutritive value of transgenic potato by expressing a nonallergenic seed albumin gene from Amaranthus hypochondriacus Proc Natl Acad Sci U S A Vol 97(7) pp 3724-3729 [8] Christer Jansson, Anna Westerbergh, Jiaming Zhang, Xinwen Hud, Chuanxin Sun (2009) Cassava, a potential biofuel crop in (the) People’s Republic of China Applied Energy Vol 86 S95 - S99 [9] Chu HD, Le QN, Nguyen HQ, Le DT (2016) Genome-wide analysis of genes encoding Methionine-rich proteins in Arabidopsis and soybean suggesting their roles in the adaptation of plants to abiotic stress International Journal of Genomics 5427062 [10] Devasirvatham V, Tan DKY (2018) Impact of high temperature and drought stresses on chickpea production Vol 145 [11] De Abreu-Neto, J B Turchetto-Zolet, A C de Oliveira, L F V Bodanese Zanettini, M H & Margis-Pinheiro, M (2013) Heavy metal-associated isoprenylated plant protein (HIPP): characterization of a family of proteins exclusive to plants FEBS Journal Vol 280(7) pp 1604–1616 [12] Drazic, A & Winter, J (2014) The physiological role of reversible methionine oxidation Biochimica et biophysica acta Vol 1844(8) pp 1367–1382 [13] Ephraim Nuwamanya, Linley Chiwona-Karltun, Robert S Kawuki and Yona Bagumacorresponding (2012) Bio-Ethanol Production from Non-Food Parts of Cassava (Manihot esculenta Crantz), Ambio Vol 41(3) pp 262-270 [14] Fang B Lin X Li K Tian Y (1992) Cassava breeding, agronomy research and technology transfer in Asia CIAT pp 217 - 224 [15] Gasteiger, E Gattiker, A Hoogland, C Ivanyi, I Appel, R D & Bairoch, A (2003) ExPASy: The proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis Nucleic acids research Vol 31(13) pp 3784–3788 [16] Grance MR (1977) Cassava processing, FAO, Viale delle Terme di Caracalla [17] Goodstein, D M Shu, S Howson, R Neupane, R Hayes, R D Fazo, J Mitros, T Dirks, W Hellsten, U Putnam, N & Rokhsar, D S (2012) Phytozome: a comparative platform for green plant geneomics Nucleic acids research 40(Database issue) D1178–D1186 [18] He, M He, C.-Q & Ding, N.-Z 2018 Abiotic stresses: General defenses of land plants and chances for engineering multistress tolerance Frontiers in Plant Science [19] Hall, T.A (1999) BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis Program for Windows 95/98/NT Nucleic Acids Symposium Series Vol 41 pp 95-98 [20] Holger Hesse, Oliver Kreft, Stefanie Maimann, Michaela Zeh, Rainer Hoefgen, August (2004) Current understanding of the regulation of methionine biosynthesis in plants, Journal of Experimental Botany, Vol 55 (404) pp 1799–1808 [21] Huang, H Ullah, F Zhou, D X Yi, M & Zhao, Y (2019) Mechanisms of ROS Regulation of Plant Development and Stress Responses Frontiers in plant science Vol 10 pp 800 [22] Izquierdo L, Godwin ID (2005) Molecular characterization of a novel methionine-rich δ-kafirin seed storage protein gene in sorghum (Sorghum bicolor L.) Cereal Chem Vol 82 pp 706-710 [23] Jacques, S Ghesquière, B De Bock, P J Demol, H Wahni, K Willems, P Messens, J Van Breusegem, F & Gevaert, K (2015) Protein Methionine Sulfoxide Dynamics in Arabidopsis thaliana under Oxidative Stress Molecular & cellular proteomics : MCP Vol 14(5) pp 1217–1229 43     [24] Jose Juan Almagro Armenteros, Marco Salvatore, Ole Winther, Olof Emanuelsson, Gunnar von Heijne, Arne Elofsson, and Henrik Nielsen (2019) Detecting sequence signals in targeting peptides using deep learning Life Science Alliance Vol 2(5) [25] Kai, H & Iba, K (2014) Temperature Stress in Plants eLS [26] Kim, G Weiss, S J Levine, R L (2014) Methionine oxidation and reduction in proteins Biochimica et biophysica acta Vol 1840(2) pp 901-905 [27] Kirihara, J A Hunsperger, J P Mahoney, W C & Messing, J W (1988) Differential expression of a gene for a methionine-rich storage protein in maize Molecular & general genetics: MGG Vol 211(3) pp 477–484 [28] Kortt AA, Caldwell JB, Lilley GG, Higgins TJ (1991) Amino acid and cDNA sequences of a methionine-rich 2S protein from sunflower seed (Helianthus annuus L.) EuPA J Biochem Vol 195 pp 329-334 [29] Loudet O, Hasegawa PM (2017) Abiotic stress, stress combinations and crop improvement potential Plant J Vol 90 pp 837-838 [30] Lokdarshi, A Conner, W C McClintock, C Li, T & Roberts, D M (2016) Arabidopsis CML38, a Calcium Sensor That Localizes to Ribonucleoprotein Complexes under Hypoxia Stress Plant physiology Vol 170(2) pp 1046–1059 [31] Masumura T, Shibata D, Hibino T, Kato T, Kawabe K, Takeba G, Tanaka K, Fujii S (1989) cDNA cloning of an mRNA encoding a sulfur-rich 10 kDa prolamin polypeptide in rice seeds Plant Mol Biol Vol 12 pp 123-130 [32] Rogers, D (1963) Studies of Manihot esculenta Crantz and Related Species Bulletin of the Torrey Botanical Club Vol 90(1) pp 43-54 [33] Rogers, David J (1965) Some Botanical and Ethnological Considerations of Manihot Esculenta Economic Botany Vol 19(4) pp 369–377 [34] Sewelam N, Kazan K, Schenk PM (2016) Global plant stress signaling: Reactive oxygen species at the cross-road Front Plant Sci 7:187 [35] Shan, Z., Luo, X., Wu, M., Wei, L., Fan, Z., & Zhu, Y (2020) Genome-wide identification and expression of GRAS gene family members in cassava BMC plant biology, 20(1), 46 [36] Shigaki T (2016) Cassava: The Nature and Uses Encyclopedia of Food and Health pp 687-693 [37] Thimm O, Blasing O, Gibon Y, Nagel A, Meyer S, Kruger P, Selbig J, Muller LA, Rhee SY, Stitt M (2004) MAPMAN: a user-driven tool to display genomics data sets onto diagrams of metabolic pathways and other biological processes The Plant journal: for cell and molecular biology Vol 37(6) pp 914–939 [38] Tiwari, S & Lata, C (2018) Heavy Metal Stress, Signaling, and Tolerance Due to Plant-Associated Microbes: An Overview Frontiers in Plant Science [39] Wei, Y., Shi, H., Xia, Z., Tie, W., Ding, Z., Yan, Y., Wang, W., Hu, W., & Li, K (2016) Genome-Wide Identification and Expression Analysis of the WRKY Gene Family in Cassava Frontiers in plant science, 7, 25 [40] Wilson M.C Mutka A.M Hummel A.W Berry J Chauhan R.D Vijayaraghavan A Taylor N.J Voytas D.F Chitwood D.H Bart R.S (2017) Gene expression atlas for the food security crop cassava New Phytol Vol 213 pp 1632 - 1641 Tài liệu trực tuyến [1] FAO: http://www.fao.org/home/en/ 44     PHỤ LỤC Bảng mã định danh STT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 Mã protein XP_021624116.1 XP_021614761.1 XP_021602447.1 XP_021621784.1 XP_021606731.1 XP_021614519.1 XP_021599944.1 XP_021612261.1 XP_021611472.1 XP_021593922.1 XP_021594484.1 XP_021602480.1 XP_021603172.1 XP_021631151.1 XP_021619548.1 XP_021623570.1 XP_021624117.1 XP_021627913.1 XP_021618707.1 XP_021622503.1 XP_021608611.1 XP_021608182.1 XP_021609699.1 XP_021612584.1 XP_021631572.1 XP_021598893.1 XP_021619436.1 XP_021626354.1 XP_021617718.1 XP_021626068.1 XP_021614844.1 XP_021599828.1 XP_021606438.1 XP_021606799.1 XP_021620403.1 XP_021619977.1 XP_021615608.1 Mã locus LOC110623464 LOC110616635 LOC110607609 LOC110621789 LOC110610955 LOC110616468 LOC110605619 LOC110614879 LOC110614276 LOC110601183 LOC110601600 LOC110607632 LOC110608266 LOC110628667 LOC110620218 LOC110623042 LOC110623465 LOC110626375 LOC110619512 LOC110622328 LOC110612208 LOC110611922 LOC110613077 LOC110615167 LOC110629038 LOC110604914 LOC110620142 LOC110625120 LOC110618783 LOC110624900 LOC110616692 LOC110605522 LOC110610704 LOC110611010 LOC110620818 LOC110620513 LOC110617248 MANES MANES_09G034800 MANES_06G005300 MANES_S037600 MANES_08G010100 MANES_01G199100 MANES_06G118200 MANES_17G104400 MANES_05G020000 MANES_01G243300 MANES_15G080700 MANES_15G081100 MANES_S039500 MANES_S101700 MANES_12G079300 MANES_08G067400 MANES_09G000800 MANES_09G073600 MANES_01G002400 MANES_07G082600 MANES_01G203500 MANES_03G171800 MANES_03G001700 MANES_04G042900 MANES_05G082300 MANES_01G115100 MANES_17G075400 MANES_08G009800 MANES_10G135200 MANES_07G011700 MANES_01G173900 MANES_06G117600 MANES_17G105800 MANES_01G214700 MANES_03G077700 MANES_01G112600 MANES_06G030600 Mã định danh gene cassava4.1_019959m.g cassava4.1_027265m.g cassava4.1_016582m.g cassava4.1_020887m.g cassava4.1_019380m.g cassava4.1_029375m.g cassava4.1_033144m.g cassava4.1_017016m.g cassava4.1_024709m.g cassava4.1_019346m.g cassava4.1_022399m.g cassava4.1_019598m.g cassava4.1_019598m.g cassava4.1_030044m.g cassava4.1_018413m.g cassava4.1_018395m.g cassava4.1_018409m.g cassava4.1_018417m.g cassava4.1_029517m.g cassava4.1_018359m.g cassava4.1_023492m.g cassava4.1_018286m.g cassava4.1_024201m.g cassava4.1_027082m.g cassava4.1_024035m.g cassava4.1_019793m.g cassava4.1_014816m.g cassava4.1_014542m.g cassava4.1_020099m.g cassava4.1_019692m.g cassava4.1_033972m.g cassava4.1_019956m.g cassava4.1_022585m.g cassava4.1_020043m.g cassava4.1_012744m.g 45   STT 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 Mã protein XP_021622184.1 XP_021609256.1 XP_021604769.1 XP_021604770.1 XP_021621820.1 XP_021622548.1 XP_021610224.1 XP_021633210.1 XP_021606520.1 XP_021620153.1 XP_021620290.1 XP_021593081.1 XP_021594025.1 XP_021594048.1 XP_021609500.1 XP_021612902.1 XP_021601944.1 XP_021605746.1 XP_021628925.1 XP_021619562.1 XP_021611330.1 XP_021620372.1 XP_021623473.1 XP_021619893.1 XP_021593603.1 XP_021618144.1 XP_021610978.1 XP_021628629.1 XP_021609425.1 XP_021593623.1 XP_021599999.1 XP_021616387.1 XP_021624092.1 XP_021609174.1 XP_021629214.1 XP_021631647.1 XP_021601890.1 Mã locus LOC110622105 LOC110612776 LOC110609485 LOC110609487 LOC110621817 LOC110622374 LOC110613422 LOC110630169 LOC110610759 LOC110620651 LOC110620752 LOC110600531 LOC110601261 LOC110601261 LOC110612944 LOC110615369 LOC110607164 LOC110610171 LOC110627019 LOC110620226 LOC110614149 LOC110620801 LOC110622989 LOC110620453 LOC110600956 LOC110619179 LOC110613890 LOC110626822 LOC110612892 LOC110600972 LOC110605662 LOC110617723 LOC110623449 LOC110612710 LOC110627272 LOC110629089 LOC110607128 MANES MANES_09G068400 MANES_04G101600 MANES_02G125400 MANES_02G125500 MANES_01G167200 MANES_09G099200 MANES_04G070200 MANES_13G098600 MANES_01G223300 MANES_08G113000 MANES_08G012700 MANES_14G146800 MANES_01G135500 MANES_01G135500 MANES_04G018600 MANES_18G082400 MANES_02G168500 MANES_11G083800 MANES_08G136900 MANES_01G241400 MANES_01G041400 MANES_09G164500 MANES_08G122800 MANES_15G159200 MANES_07G055700 MANES_04G157400 MANES_11G058200 MANES_04G111700 MANES_15G136700 MANES_17G085700 MANES_06G060100 MANES_09G170300 MANES_04G158100 MANES_12G103400 MANES_13G123700 MANES_18G038400 Mã định danh gene cassava4.1_017353m.g cassava4.1_017918m.g cassava4.1_018216m.g cassava4.1_024742m.g cassava4.1_021023m.g cassava4.1_028192m.g cassava4.1_006669m.g cassava4.1_034238m.g cassava4.1_018353m.g cassava4.1_018031m.g cassava4.1_026002m.g cassava4.1_027282m.g cassava4.1_033457m.g cassava4.1_033457m.g cassava4.1_014387m.g cassava4.1_022750m.g cassava4.1_026045m.g cassava4.1_024608m.g cassava4.1_015837m.g cassava4.1_018476m.g cassava4.1_025771m.g cassava4.1_005911m.g cassava4.1_007383m.g cassava4.1_015573m.g cassava4.1_033933m.g cassava4.1_018646m.g cassava4.1_006224m.g cassava4.1_006233m.g cassava4.1_019775m.g cassava4.1_019762m.g cassava4.1_031841m.g cassava4.1_019758m.g cassava4.1_007539m.g cassava4.1_025378m.g cassava4.1_025513m.g cassava4.1_031672m.g   62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 XP_021592525.1 XP_021605063.1 XP_021611509.1 XP_021616790.1 XP_021605114.1 XP_021634673.1 XP_021619172.1 XP_021616220.1 XP_021622155.1 XP_021597193.1 XP_021620241.1 XP_021595334.1 XP_021616608.1 XP_021628897.1 XP_021594445.1 XP_021596604.1 XP_021596646.1 XP_021598101.1 XP_021598174.1 XP_021598737.1 XP_021600391.1 XP_021600646.1 XP_021600714.1 XP_021602766.1 XP_021602841.1 XP_021603163.1 XP_021606075.1 XP_021606781.1 XP_021611830.1 XP_021611978.1 XP_021612051.1 XP_021612991.1 XP_021613307.1 XP_021613308.1 XP_021615289.1 XP_021616531.1 XP_021616543.1 XP_021616891.1 XP_021617656.1 XP_021617720.1 XP_021617778.1 LOC110600103 LOC110609636 LOC110614310 LOC110618071 LOC110609668 LOC110631199 LOC110619958 LOC110617615 LOC110622084 LOC110603675 LOC110620722 LOC110602187 LOC110617915 LOC110626990 LOC110601575 LOC110603208 LOC110603253 LOC110604258 LOC110604311 LOC110604755 LOC110605995 LOC110606196 LOC110606271 LOC110607911 LOC110607968 LOC110608256 LOC110610457 LOC110610998 LOC110614574 LOC110614675 LOC110614722 LOC110615459 LOC110615631 LOC110615631 LOC110617019 LOC110617831 LOC110617846 LOC110618134 LOC110618729 LOC110618784 LOC110618828 MANES_14G134800 MANES_02G198400 MANES_05G117100 MANES_06G075800 MANES_02G159200 MANES_01G180000 MANES_08G000700 MANES_06G086100 MANES_09G030700 MANES_16G088200 MANES_08G024100 MANES_15G044800 MANES_06G092000 MANES_11G157100 Manes.08G013900 Manes.S070600 Manes.18G141100 MANES_02G073500 MANES_17G076700 MANES_18G048000 Manes.18G074300 Manes.18G074300 MANES_S071500 Manes.08G056800 MANES_05G182700 MANES_05G105400 MANES_05G006500 Manes.06G040000 Manes.05G057700 MANES_06G134400 Manes.03G069500 Manes.18G074300 MANES_06G016400 MANES_07G015600 MANES_07G110100 cassava4.1_019108m.g cassava4.1_019110m.g cassava4.1_025234m.g cassava4.1_034063m.g cassava4.1_029242m.g cassava4.1_017993m.g cassava4.1_014087m.g cassava4.1_019714m.g cassava4.1_033259m.g cassava4.1_032557m.g cassava4.1_030240m.g cassava4.1_019355m.g cassava4.1_023528m.g cassava4.1_018534m.g cassava4.1_017077m.g cassava4.1_018146m.g cassava4.1_019768m.g cassava4.1_001158m.g cassava4.1_018032m.g cassava4.1_018777m.g cassava4.1_033602m.g cassava4.1_005358m.g cassava4.1_029452m.g cassava4.1_020903m.g cassava4.1_018479m.g cassava4.1_025962m.g 46   89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 XP_021629390.1 XP_021593102.1 XP_021614535.1 XP_021611917.1 XP_021607588.1 XP_021622036.1 XP_021617605.1 XP_021618384.1 XP_021612829.1 XP_021604321.1 XP_021611593.1 XP_021594665.1 XP_021595927.1 XP_021593032.1 XP_021619328.1 XP_021619883.1 XP_021621577.1 XP_021621684.1 XP_021623708.1 XP_021623938.1 XP_021624211.1 XP_021624445.1 XP_021624467.1 XP_021625214.1 XP_021625536.1 XP_021626513.1 XP_021628067.1 XP_021628075.1 XP_021628969.1 XP_021629128.1 XP_021629368.1 XP_021630242.1 XP_021630288.1 XP_021632296.1 XP_021633427.1 XP_021634047.1 XP_021606159.1 XP_021609326.1 XP_021632157.1 XP_021622135.1 LOC110627406 LOC110600545 LOC110616474 LOC110614633 LOC110611512 LOC110622010 LOC110618699 LOC110619327 LOC110615314 LOC110609204 LOC110614382 LOC110601715 LOC110602665 LOC110600471 LOC110620063 LOC110620447 LOC110621620 LOC110621706 LOC110623118 LOC110623331 LOC110623535 LOC110623733 LOC110623755 LOC110624406 LOC110624631 LOC110625222 LOC110626461 LOC110626468 LOC110627023 LOC110627172 LOC110627387 LOC110628082 LOC110628099 LOC110629573 LOC110630306 LOC110630779 LOC110610519 LOC110612821 LOC110629480 LOC110622072 MANES_12G044000 MANES_14G083200 MANES_01G269700 MANES_05G049900 MANES_03G070800 MANES_09G095200 MANES_07G143900 MANES_07G142900 MANES_01G255200 MANES_02G021200 MANES_05G032700 MANES_15G190500 MANES_15G069100 MANES_14G100500 Manes.02G019700 MANES_01G143500 Manes.10G107400 MANES_08G036800 MANES_09G156200 MANES_09G070200 MANES_10G129200 MANES_10G086500 MANES_10G116100 MANES_11G044800 MANES_01G175800 MANES_11G124400 MANES_12G009300 MANES_12G109800 MANES_01G114700 MANES_13G107300 MANES_13G009900 MANES_14G135200 MANES_03G038100 MANES_04G143300 MANES_13G154000 MANES_09G065800 cassava4.1_028436m.g cassava4.1_034399m.g cassava4.1_007418m.g cassava4.1_027046m.g cassava4.1_030539m.g cassava4.1_030622m.g cassava4.1_002394m.g cassava4.1_002394m.g cassava4.1_017210m.g cassava4.1_017202m.g cassava4.1_017219m.g cassava4.1_033475m.g cassava4.1_023559m.g cassava4.1_021163m.g cassava4.1_016959m.g cassava4.1_031501m.g cassava4.1_025884m.g cassava4.1_021517m.g cassava4.1_018489m.g cassava4.1_026651m.g cassava4.1_008922m.g cassava4.1_019082m.g cassava4.1_032039m.g cassava4.1_031521m.g cassava4.1_029288m.g cassava4.1_018498m.g cassava4.1_031757m.g cassava4.1_015664m.g cassava4.1_015626m.g cassava4.1_017438m.g cassava4.1_019421m.g   45     46     47     48     49     50     51     52     53