Giải mã và phân tích đặc điểm phân tử vùng gen cag a của vi khuẩn helicobacter pylori gây bệnh viêm dạ dày ở người tại bệnh viện 19 8

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC *** KHOÁ LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: GIẢI MÃ VÀ PHÂN TÍCH ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ VÙNG GEN Cag A CỦA VI KHUẨN HELICOBACTER PYLORI GÂY BỆNH VIÊM DẠ DÀY Ở NGƢỜI TẠI BỆNH VIỆN 19 – HÀ NỘI, 07/2022 HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC *** KHOÁ LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: GIẢI MÃ VÀ PHÂN TÍCH ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ VÙNG GEN Cag A CỦA VI KHUẨN HELICOBACTER PYLORI GÂY BỆNH VIÊM DẠ DÀY Ở NGƢỜI TẠI BỆNH VIỆN 19 – Ngƣời thực : LÊ CƠNG TỐN Khố : 63 Ngành : Công nghệ sinh học Ngƣời hƣớng dẫn :TS Đồn Thị Thanh Hƣơng TS Trần Thị Bình Ngun HÀ NỘI, 07/2022 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan kết cơng trình nghiên cứu riêng thân Các số liệu, kết luận văn trung thực, xác chƣa đƣợc công bố luận văn, luận án hay cơng trình nghiên cứu khoa học trƣớc Tơi xin cam đoan giúp đỡ trình hoàn thành luận văn đƣợc cảm ơn trích dẫn luận văn đƣợc rõ nguồn gốc theo quy định Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm với lời cam đoan trên! Hà Nội, ngày … tháng … năm 2022 Sinh viên Lê Cơng Tốn i LỜI CẢM ƠN Trƣớc tiên, tơi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới TS oàn Thị Thanh Hƣơng – Trƣờng phòng Miễn dịch học (Viện Công nghệ sinh học – Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam) trực tiếp hƣớng dẫn truyền đạt kiến thức để tơi thuận lợi hồn thành tốt Khố luận tốt nghiệp Tiếp đến, tơi xin g i lời cảm ơn chân thành tới TS Tr n Thị ình Ngun – Trƣởng Bộ mơn CNSH ộng vật giúp đỡ hƣớng dẫn nhiệt tình cho tơi suốt thời gian hồn thiện Khố luận tốt nghiệp vừa qua Tôi xin chân thành cảm ơn cán làm việc Phòng Miễn dịch học – Viện Công nghệ sinh học – Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam với Th y/Cô Bộ môn CNSH ộng vật tạo điều kiện thuận lợi để tơi hồn thành Khố luận tốt nghiệp Lời cuối, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới gia đình, bạn bè tất ngƣời thân yêu tin tƣởng, ủng hộ hết lịng động viên lúc tơi gặp khó khăn q trình hồn thành Khố luận tốt nghiệp vừa qua Một l n nữa, xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày … tháng … năm 2022 Sinh viên Lê Cơng Tốn ii MỤC LỤC LỜI CAM OAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC HÌNH vii DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT viii TÓM TẮT xi Phần I MỞ ĐẦU 1.1 Tính cấp thiết đề tài 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 1.3 Ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài 1.3.1 Ý nghĩa khoa học 1.3.2 Ý nghĩa thực tiễn 1.4 Những đóng góp đề tài Phần II TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Tổng quan vi khuẩn H pylori 2.1.1 Giới thiệu vi khuẩn H pylori 2.1.2 ặc điểm hình thái khả gây bệnh viêm dày H pylori 2.1.3 Cơ chế bệnh sinh lây truyền bệnh 11 2.1.4 Các phƣơng pháp chẩn đoán nhiễm H pylori 15 2.2 Thông tin gen Cag A 17 2.2.1 Giới thiệu gen Cag A .17 2.2.2 Motif EPIYA – vị trí q trình phosphoryl hóa tyrosine Cag A 17 2.2.3 ảo gây bệnh PAI chế gây bệnh gen Cag A 18 2.3 Tình hình nghiên cứu gen vi khuẩn H pylori ngồi nƣớc .22 2.3.1 Tình hình nghiên cứu gen vi khuẩn H pylori Thế giới 22 2.3.2 Tình hình nghiên cứu gen vi khuẩn H pylori Việt Nam 24 iii Phần III VẬT LIỆU, PHƢƠNG PHÁP VÀ NỘI DUNG NGHIÊN CỨU .26 3.1 Thời gian địa điểm nghiên cứu 26 3.2 Vật liệu nghiên cứu 26 3.3 Hoá chất thiết bị 26 3.3.1 Hoá chất 26 3.3.2 Dụng cụ thiết bị 27 3.4 Nội dung nghiên cứu 28 3.5 Phƣơng pháp nghiên cứu 28 3.5.1 Thu thập x lý mẫu bệnh phẩm 28 3.5.2 Tách chiết DNA tổng số từ mảnh sinh thiết dày 28 3.5.3 Thiết kế cặp mồi đặc hiệu cho phản ứng PCR thu nhận trình tự nucleotide vùng 3‟ gen Cag A H pylori 29 3.5.4 Kỹ thuật PCR 30 3.5.5 Kỹ thuật điện di để kiểm tra sản phẩm PCR .32 3.5.6 Phƣơng pháp giải trình tự .33 3.5.7 Phƣơng pháp thu thập liệu x lý số liệu 34 Phần IV KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 37 4.1 Kết thu mẫu, tách chiết DNA từ mẫu bệnh phẩm bệnh nhân viêm dày thu nhận bệnh viện 19 – 37 4.1.1 Kết tách chiết DNA tổng số 37 4.1.2 Kết xác định vi khuẩn H pylori kỹ thuật PCR khuyếch đại vùng gen 16S rDNA 38 4.1.3 Kết thu nhận sản phẩm PCR vùng gen Cag A mẫu H pylori 39 4.2 Kết phân tích đặc điểm phân t vùng gen Cag A phân lập từ mẫu H pylori 50 4.2.1 Kết xác định type gen 50 4.2.2 Bảng so sánh tƣơng đồng nucletide .51 iv 4.3 Kết phân tích phả hệ nguồn gốc chủng H pylori Việt Nam nghiên cứu .53 Phần V KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ .56 5.1 Kết luận 56 5.2 Kiến nghị 56 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH Ã CƠNG Ố LIÊN QUAN ẾN LUẬN VĂN 57 TÀI LIỆU THAM KHẢO 58 v DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 Các mốc thời gian nghiên cứu vi khuẩn H pylori dày Bảng 2.2 Các yếu tố sinh học với đặc tính sinh bệnh 10 Bảng 2.3 Ƣu/nhƣợc điểm số phƣơng pháp chẩn đoán nhiễm H pylori .15 Bảng 3.1 Thông tin mồi s dụng kỹ thuật PCR 26 Bảng 3.2 Hoá chất dùng chất điện di 26 Bảng 3.3 Dụng cụ s dụng nghiên cứu .27 Bảng 3.4 Thiết bị s dụng nghiên cứu 27 Bảng 3.5 Quy trình tách chiết DNA từ mảnh sinh thiết dày s dụng Bộ Dneasy Blood & Tissue Kits (QIAGEN) 28 Bảng 3.6 Thành ph n phản ứng PCR 31 Bảng 3.7 Chu trình nhiệt phản ứng PCR .31 Bảng 3.8 Quy trình tinh sản phẩm PCR s dụng Bộ GeneJET PCR Purification Kit (Thermo Scientific – Mỹ) 31 Bảng 3.9 Bảng thông tin chủng thu thập đƣợc từ GenBank 34 Bảng 4.1 Thông tin chủng đƣợc s dụng để giải trình tự so sánh với chủng giới 39 Bảng 4.2 Tỉ lệ tƣơng đồng (%) thành ph n nucleotide trình tự vùng 3‟ gen Cag A chủng nghiên cứu Thế giới 52 vi DANH MỤC HÌNH Hình 2.1 Sự lây lan theo thời gian H pylori lục địa Hình 2.2 Thơng tin phân loại khoa học vi khuẩn H pylori lấy Hệ thống thơng tin phân loại tích hợp (ITIS) Hình 2.3 Cấu trúc H pylori Hình 2.4 Thơng tin hệ gen vi khuẩn H pylori strain 26695 Hình 2.5 Hình thái vi khuẩn H pylori Hình 2.6 Sơ đồ nhiễm H pylori chế bệnh sinh 11 Hình 2.7 Giải phẫu phân t vùng chứa EPIYA -A, - -C Cag A 18 Hình 2.8 So sánh vùng chứa EPIYA lồi Cag A phƣơng Tây (Western Cag A) ông Á (East Asian Cag A) 18 Hình 2.9 ại diện cho đảo gây bệnh PAI H pylori 19 Hình 2.10 Cơ chế hoạt động Cag A .20 Hình 2.11 Tƣơng tác chức Cag A SHP – .21 Hình 2.12 Tỷ lệ nhiễm H pylori toàn Thế giới 22 Hình 4.1 Ảnh điện di DNA tổng số thu đƣợc từ mẫu sinh thiết dày nhiễm H pylori Agarose 1% 37 Hình 4.2 Kết điện di sản phẩm PCR thu nhận vùng gen 16S rDNA 05 mẫu bệnh phẩm H pylori với cặp mồi Hp-16S-F Hp-16S-R dùng để chẩn đoán 38 Hình 4.3 Sản phẩm PCR tinh chạy cặp mồi Cag A3F Cag A3R 40 Hình 4.4 Trình tự amino acid (suy diễn, thu gọn) thu đƣợc từ trình tự vùng 3‟ gen Cag A chủng H pylori nghiên cứu 51 Hình 4.5 Mối quan hệ phả hệ chủng H pylori Việt Nam giới dựa trình tự đ u 3‟ gen Cag A 55 vii DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT STT Chữ viết Giải thích thuật ngữ Giải thích thuật ngữ tắt Tiếng Anh Tiếng Việt Adherence – associated Protein bám dính loại A Alp A Alp B bp base pair Cag A Cytotoxin Associated gene Csk Carboxy SRC kinase DNA Deoxyribonucleic acid acid deoxyribonucleic E coli Escherichia coli V khuẩn E coli Glr Glutamate Receptor family H felis Helicobacter felis Vi khuẩn H felis Helicobacter heilmannii Vi khẩn H heilmannii 10 H heilmannii 11 Hop 12 Hop Z 13 proteins type A Adherence – associated proteins type B Protein bám dính loại B Cặp base nito Gen mã hoá cho prrotein Cag A Gen mã hố protein điều hồ kinase họ Src Gen mã hoá họ protein glutamate Họ protein gồm Hps 70 Hps Hps 70 and Hps 90 90 H pylori outer membrane Protein màng H protein pylori Hps A Heat shock proteins A Protein sốc nhiệt loại A 14 Hps B Heat shock proteins B Protein sốc nhiệt loại B 15 Hps 60 Heat shock proteins 60 Protein sốc nhiệt 60 16 IS Insertion sequece elements Trình tự chèn IL – Interleukin Một chemokine đƣợc sản xuất 17 18 đại thực bào kb Kilo base pair 1000bp viii Bảng 4.2 Tỉ lệ tƣơng đồng (%) thành phần nucleotide trình tự vùng 3’ gen Cag A chủng nghiên cứu Thế giới STT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 95,71 95,41 93,78 93,67 94,56 95,38 94,77 95,92 92,96 93,85 95,51 99,79 93,88 95,18 94,77 95,20 94,36 94,39 93,23 92,92 94,56 94,59 94,05 95,31 94,77 92,72 94,05 94,82 94,39 95,59 95,51 96,21 95,38 95,79 93,70 94,68 10 93,37 94,56 93,88 94,67 93,74 94,77 91,97 93,87 95,19 11 93,06 94,67 95,20 99,28 93,33 94,87 92,07 94,68 95,60 95,37 12 93,37 95,28 93,37 93,54 94,46 95,28 91,97 91,51 94,27 94,03 93,31 13 95,51 94,36 95,31 93,03 93,44 94,56 95,93 94,79 94,48 93,11 93,00 93,13 14 93,06 93,54 94,69 94,56 92,92 93,74 93,19 93,46 93,97 94,14 94,75 93,13 93,99 15 85,41 85,95 85,31 85,03 86,15 85,95 84,86 84,76 86,09 85,19 85,19 85,23 84,40 84,36 16 94,69 93,85 95,20 93,44 92,92 93,85 95,22 94,48 93,76 93,31 93,42 93,33 95,72 94,89 82,69 17 94,39 93,74 95,51 94,15 92,62 93,95 95,33 95,19 94,07 93,31 94,34 92,72 95,82 95,71 82,29 97,14 18 93,78 93,33 96,22 94,05 92,21 93,33 94,51 94,79 93,66 93,62 94,03 93,23 95,11 95,81 82,29 96,32 96,63 19 80,71 80,21 80,71 80,10 80,72 80,21 81,40 81,29 80,98 79,22 80,04 79,69 81,45 80,27 74,73 81,51 81,49 81,39 20 80,71 80,62 80,92 80,10 80,92 80,62 81,40 80,98 80,78 79,84 80,04 79,90 81,04 80,57 74,83 81,41 81,80 81,49 93,40 Ghi chú: Số thứ tự Bảng lần lư t Hp5, Hp13, Hp102a, Hp9, Hp201, CHN20-VN-LC314750, HC038-VN-LC314764, HC093-VN-LC314762, HN021-VNLC314758, 10 HC029-VN-LC314766, 11 HC061-VN-LC314763, 12 VietnamHP-No2-VN2005-FJ798952, 13 KPG15-ID-2017-LC339398, 14 SBY106-ID-LC339467, 15 JAY01-ID2017-LC339384, 16 F92-JP-2002-AB090084, 17 GZ1-CN-2014-KR154731, 18 C94-TH2010-GU173873, 19 HpKE21-KE-2018-AP023320, 20 HpKE21-KE-2018-AP023321 Kết so sánh bảng 4.2 cho thấy, chủng H pylori nghiên cứu có tỉ lệ đồng trình tự nucleotide cao đạt 95,92% (Hp102a – Hp9) thấp đạt 92,96% (Hp102a – Hp201) Còn so sánh với chủng H pylori nghiên cứu với chủng Việt Nam Ngân hàng gen tỉ lệ dao động từ 92,72% (Hp13 – CHN20-VN-LC314750) đến 99,79% (Hp201 – HC093-VN-LC314762) Tiếp đến, so sánh chủng nghiên cứu với chủng Thế giới ta thấy: Giá trị tỉ lệ tƣơng đồng cao thuộc cặp Hp102a – C94-TH-2010-GU173873 (96,22%) giá trị thấp thuộc cặp Hp9 – HpKE21-KE-2018-AP023320, Hp9 – HpKE21KE-2018-AP023321 (80,10%) So sánh type gen cho thấy: Các chủng nhóm ơng Á (trừ nhóm Việt Nam) có tỉ lệ đồng nucleotide từ 85,03% đến 96,22% Giữa hai type gen ông Á phƣơng Tây so sánh cho thấy tỷ lệ tƣơng đồng nucleotide mức thấp (từ 80,10% đến 80,92%) Nhƣ vậy, từ kết phân tích so sánh thành ph n nucleotide vùng 3‟ gen Cag A chủng nghiên cứu, nhận định: Các chủng H pylori type 52 gen có tỉ lệ tƣơng đồng nucleotide 90% Tuy nhiên, trình tự nucleotit gen Cag A chủng nghiên cứu có khác biệt lớn với trình tự tƣơng ứng với chủng Kenya thuộc châu Phi thuộc type Cag A phƣơng Tây (HpKE21-KE-2018-AP023320; HpKE21-KE-2018-AP023321) 4.3 Kết phân tích phả hệ nguồn gốc chủng H pylori Việt Nam nghiên cứu Trình tự nucleotide vùng 3‟ gen Cag A chủng H pylori nghiên cứu đƣợc s dụng để phân tích phả hệ nguồn gốc 28 chủng H pylori Việt Nam giới Ngân hàng Gen ph n mềm MEGA X lựa chọn phƣơng pháp kết nối liền kề (Neighbour – joining method) (Kumar & cs., 2016) Các chủng H pylori tham chiếu đƣợc s dụng bao gồm 28 chủng thuộc nhóm ơng Á (Việt Nam - VN, Trung Quốc – CN, Indonesia – ID, Thái Lan – TH, Nhật – JP), chủng thuộc nhóm phƣơng Tây gồm Comlombia – CO, Mexico – MX, Peru – PE, Paraguay – PY (Châu Mỹ), Úc (châu Úc), Kenya – KE (châu Phi) Kết đƣợc trình bày Hình 4.5 Phân tích phả hệ cho thấy chủng H pylori giới đƣợc chia thành nhóm riêng biệt: Nhóm ơng Á nhóm phƣơng Tây Trong đó: - Nhóm Đơng Á chia thành bốn phân nhóm: Phân nhóm thứ (các chủng thuộc miền Bắc miền Nam Việt Nam), phân nhóm thứ hai (các chủng thuộc Việt Nam, Nhật Bản, Trung Quốc, Thái Lan, Indonesia), phân nhóm thứ ba (các chủng thuộc Việt Nam, Indonesia), phân nhóm thứ tƣ (các chủng Indonesia) tách riêng nhánh xa so với phân nhóm 1, iều suy luận chủng Indonesia có biến đổi mạnh mẽ d n tách thành type tƣơng lai - Nhóm phương Tây gồm chủng Comlombia, Mexico, Peru (châu Mỹ), Úc (châu Úc), Kenya (châu Phi) Từ phả hệ xác định đƣợc chủng H pylori nghiên cứu thuộc phân nhóm thứ type ơng Á có mối quan hệ g n gũi với chủng Việt Nam đƣợc công bố trƣớc Từ kết phân loại trên, ta thấy rõ đƣợc phân vùng địa lý, điều kiện khí hậu, lối sống sinh hoạt ảnh hƣởng đến trình sinh trƣởng tiết độc tố dẫn đến thay đổi cấu trúc gen lồi vi khuẩn, từ dẫn đến thích nghi với điều kiện sống khu vực khác Nhƣ vậy, qua kết phân tích phả hệ 53 nguồn gốc cho thấy chủng H pylori Việt Nam đa dạng đặc tính phân t , đứng tách biệt thành ba nhóm khác có nhiều biến đổi so với chủng đƣợc phân lập giai đoạn từ năm 2016 trở trƣớc Kết phân tích đa dạng di truyền chủng H pylori nƣớc ông Nam Á, đặc biệt Indonesia Nhật Bản iều cho thấy c n có giám sát thƣờng xuyên dịch tễ học phân t chủng vi khuẩn H pylori để phục vụ tốt việc phòng bệnh điều trị bệnh đạt hiệu cao Tại Việt Nam, tỷ lệ nhiễm H pylori dân số khoảng 80%, tỷ lệ nhiễm H pylori trẻ em cao, từ 78,7% – 85,7% Nghiên cứu khoa Tiêu hóa – Bệnh viện Nhi đồng thành phố Hồ Chí Minh, năm 2015, tỷ lệ nhiễm H pylori xác định qua nội soi làm mô bệnh học 67,1% cho trẻ từ 15 tuổi trở xuống Khoảng 20 năm qua giới có nhiều cơng bố cảnh báo nhiễm H pylori gia đình, đặc biệt cha mẹ ông bà nguyên nhân chủ yếu lây truyền bệnh cho trẻ Tỷ lệ nhiễm H pylori biến chứng thủng loét dày – tá tràng Việt Nam giới vào khoảng 80 – 100% Trong bệnh ung thƣ dày, tỷ lệ nhiễm H pylori khoảng 80% trƣờng hợp Các nghiên cứu sinh học phân t góp ph n quan trọng việc xác định độc lực gây bệnh vi khuẩn định hƣớng điều trị (Lê Quốc Hƣng & Hà Thị Minh Thi, 2013) Cho đến liệu gen Cag A vi khuẩn H pylori Việt Nam hạn chế C n tiếp tục có thêm nghiên cứu bổ sung để làm sáng rõ đặc điểm phân t vi khuẩn H pylori Việt Nam, đặc biệt giải mã phân tích tồn gen Cag A gen Vac A, so sánh trình tự hai gen chủng H pylori gây viêm loét dày với chủng H pylori gây bệnh mức độ nghiêm trọng bao gồm loạn sản ung thƣ dày 54 Hình 4.5 Mối quan hệ phả hệ chủng H pylori Việt Nam giới dựa trình tự đầu 3’ gen Cag A Ghi chú: Biểu tư ng () để ch chủng Việt Nam nghiên cứu 55 Phần V KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 5.1 Kết luận - Bằng phƣơng pháp PCR xác định xác có mặt vi khuẩn H pylori có mảnh sinh thiết dày bệnh nhân thuộc Bệnh viện 19 – thu nhận đƣợc vùng 3‟ gen Cag A - Kết phân tích trình tự amino acid xác định chủng H pylori nghiên cứu thuộc nhóm ơng Á có chứa motif EPIYA – A – B – D đ u 3‟ gen Cag A - Các chủng H pylori type gen có tỉ lệ tƣơng đồng nucleotide 90% Ngƣợc lại, hai type gen có tỉ lệ đồng nucleotide thấp từ 80,10% đến 80,92% - Cây phả hệ cho thấy chủng H pylori nghiên cứu thuộc ba phân nhóm khác type ơng Á có mối quan hệ g n gũi với chủng Việt Nam đƣợc cơng bố trƣớc 5.2 Kiến nghị Qua q trình nghiên cứu hồn thiện Khố luận tốt nghiệp, tơi xin đƣa số đề nghị nhƣ sau: - Việc mở rộng nghiên cứu với số lƣợng mẫu lớn c n thiết để xác định mối liên quan đặc điểm phân t chủng với yếu tố nguy gây viêm dày Việt Nam - C n bổ sung thêm liệu để so sánh, đối chiếu trình tự gen Cag A chủng H pylori gây viêm loét dày với chủng H pylori gây bệnh mức độ nghiêm trọng - Nên tiến hành giải trình tự toàn hệ gen Cag A chủng H pylori nghiên cứu 56 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN VĂN ỗ Thị Roan, oàn Thị Thanh Hƣơng, Nguyễn Thị Thu Hiền, Nguyễn Thị Kh, Lê Cơng Tốn, Nguyễn Thị Dung, Hồng Thanh Tuyền, Phạm Thu Thuỷ (2021), Giải mã phân tích đặc điểm phân t vùng 3„ gen Cag A vi khuẩn Helicobacter pylori bệnh nhân mắc bệnh dày bệnh viên 19 – 8, Hội nghị Công nghệ sinh học toàn quốc 2021, tr: 456 – 462 57 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu Tiếng Việt ùi Chí Nam, Vũ Văn Khiên, Phan Quốc Hồn, Dƣơng Xuân Nhƣơng, Trƣờng Giang, Nguyễn Thị Loan (2020) Nghiên cứu đặc điểm kiểu gen caga, vaca vi khuẩn, helicobacter pylori đặc điểm tổn thương mô bệnh học viêm dày mạn tính người dân tộc thiểu số việt nam Tạp chí Y học Chu Hoàng Mậu (2005) Cơ sở phương pháp sinh học phân t NX ại Học Sƣ Phạm, 162tr inh Trƣờng Sơn (2020) Những nguyên lý kỹ thuật di truyền Nhà xuất Học Viện Nông Nghiệp Việt Nam Hà Nội Lƣu Quang Hƣng, Hoàng Thị Mai Thi (2013) Nghiên cứu xác định kiểu gene CagA VacA Helicobacter Pylori bệnh nhân ung thư dày Tạp chí Y Dƣợc học, Trƣờng ại học Y Dƣợc Huế, 14, tr: 118-125 N V àng (2004) ây nhiễm Helicobacter Pylori hộ gia đình nhiều hệ miền Bắc Việt Nam Tạp chí Y học dự phòng 2, 5(69), tr: 54-59 N V àng (2004) Nghiên cứu số đặc điểm dịch tễ học nhiễm Helicobacter pylori trẻ em khoa Nhi Bệnh viện Bạch Mai Tạp chí nghiên cứu Y học, tr: 74-80 N V àng, N T A Xuân (2007) Một số đặc điểm dịch tể học nhiễm Helicobacter pylori xã miền Trung (Quỳnh Đôi, Quỳnh ưu, Nghệ An) Tạp chí y học Việt Nam, 322, tr: 621-629 Phạm Quang C (2008) Helicobacter pylori Vi khuẩn gây bệnh dày-tá tràng Nhà xuất Y Học Hà Nội Phan Thị Thanh ình (2019) Đặc điểm dịch tễ học số yếu tố liên quan đến nhiễm Helicobacter Pylori trẻ em thành viên gia đình hai nhóm dân tộc Tày Mường Luận án tiến sĩ y học Viện vệ sinh dịch tả Trung Ƣơng 10 Tr n Thiện Trung, Lê Châu Hoàng Quốc Chƣơng, Tr n Anh Minh, Lý Kim Hƣơng, Hồ Huỳnh Thùy Dƣơng, Nguyễn Tuấn Anh (2010) Kết nghiên cứu týp gen caga vaca helicobacter pylori ung thư dày Trƣờng ại học Khoa học Tự nhiên- ại học Quốc gia TP Hồ Chí Minh, tr: 1-13 11 Tr n Việt Hùng, Tr n Ngọc Ánh, Nguyễn Quang Duật, Dƣơng Quang Huy, Hoàng Thị Thu Hà, ỗ Thị ích Ngọc, Tr n Tuấn Việt, Tr n Văn Phú (2020) Tìm hiểu mối liên quan kiểu gen icea, caga, vacacủa helicobacter pylori mô bệnh học bệnh nhân ung thư dày Tạp chí y học Việt Nam tập 498, 1(2), tr: 83-86 58 12 Nguyễn Khánh Trạch, Phùng ắc Cam, Vƣơng Tuyết Mai (2001) Kết nghiên cứu tỷ lệ nhiễm Helicobacter Pylori 528 người khỏe mạnh, in Hội nghị khoa học Tiêu hóa tồn quốc lần thứ năm 2001 tr: 11-14 Tài liệu Tiếng Anh A Lee (1996) Prevention of Helicobacter Pylori infection Scand J Gastroenterol, pp: 1115 Akopyants N S., Clift on S W., Kersulyte D., Crabtree J E., Youree B E., Reece C A (1998) Analysis of the cag pathogenicity island of Helicobacter pylori Molecular Microbiology, 28, pp: 37-53 Alaboudy A A (2000) Conventional narrow-band imaging has good correlation with histopathological severity of Helicobacter pylori gastritis Dig Dis Sci, 56(4), pp: 1127-1130 Albenque M (1990) Epidemiological study of Helicobacter pylori transmission from mother to child in Africa Rev Esp Enerm Dig, pp: 78-48 Alm R A., Bina J., Andrews B M., Doig P., Hancock R E W., Trust T J (2000) Comparative Genomics of Helicobacter pylori: Analysis of the Outer Membrane Protein Families Infect Immun, 68, 4155 Armelle Ménard, Antoine Danchin, Sandrine Dupouy, Francis Mégraud, Philippe Lehours (2008) A Variable Gene in a Conserved Region of the Helicobacter pylori Genome: Isotopic Gene Replacement or Rapid Evolution? Dna Research, 15, 163 Azevedo N F., Huntington J., Goodman K J (2009) The Epidemiology of Helicobacter pylori and Public Health Implications Helicobacter, 15(1), pp: 1-7 Azucena Arévalo, act Alba Alicia Trespalacios, MSc, William Otero, MD (2009) The importance of CagA protein in Helicobacter Pylori infection The importance of CagA protein in Helicobacter Pylori infection, 24(4), pp: 384-391 Bardhan P K (1997) Epidemiological features of Helicobacter pylori infection in developing countries Clin Infect Dis, 25(5), pp: 973-978 10 Bauwens E., Joosten M., Taganna J., Rossi M., Debraekeleer A., Tay A., Peters F., Backert S., Fox J., Ducatelle R (2018) In silico proteomic and phylogenetic analysis of the outer membrane protein repertoire of gastric Helicobacter species Sci Rep, 8, 15453 11 Begue R., Gonzales J., Correa-Gracian H., Tang (1998) Dietary risk factors associated with the transmission of Helicobacter pylori in Lima, Peru Am J Trop Med Hyg, 59(4), pp: 637-640 12 Binh T (2017) Advanced non-cardia gastric cancer and Helicobacter pylori infection in Vietnam.Gut Pathogens, vol, 9, pp: 29-32 59 13 Blaser M J (2007) Early-life family structure and microbially induced cancer risk PLOS Medicine, 4(1), pp: e7 14 Boonyanugomol W., Chomvarin C., Baik S C., Song J Y., Hahnvajanawong C., Kim K M., (2011) Role of cagA-positive Helicobacter pylori on cell proliferation, apoptosis, and inflammation in biliary cells Dig Dis Sci, pp: 1682-1692 15 Boonyanugomol W., Chomvarin C., Hahnvajanawong C., Sripa B., Kaparakis-Liaskos M., Ferrero R L (2013) Helicobacter pylori cag pathogenicity island (cagPAI) involved in bacterial internalization and IL-8 induced responses via NOD1- and MyD88-dependent mechanisms in human biliary epithelial cells PLoS One, pp: 77358 16 Censini Covacci A., Bugnoli S., Petracca M., Burroni R., Macchia D (1993) Molecular characterization of the 128-kDa-immunodominant antigen of Helicobacter pylori associated with cytotoxicity and duodenal ulcer Proc Natl Acad Sci USA, 90, pp: 5791-5795 17 Charitos J., Ioannis A., Donato D‟Agostino., Skender Topi., and Lucrezia (2021) 40 Years of Helicobacter pylori: A Revolution in ottalico Biomedical Thought Gastroenterology Insights 12, no.2, pp: 111-135 18 Chariya Chomvarin, Wises Namwat, KunyalukCha icumpar, Pisaln Mairiang, Apichat Sangchan, Banchob Sripa, Siripen Tor-Udom, Ratha-Khon Vilaichone (2008) Prevalence of Helicobacter pylori vacA, cagA, cagE, iceA and babA2 genotypes in Thai dyspeptic patients Int J Infect Dis, 12(1), tr: 30-6 19 Cheng-Yen Kao, Bor-Shyang Sheu, Jiunn-Jong Wu (2016) Helicobacter pylori infection: An overview of bacterial virulence factors and pathogenesis 1245, pp: 1416 20 Cover T L., Dooley C P., and Blaser M J (1990) Characterization and human serologic response to proteins in Helicobacter pylori broth culture supernatants with vacuolizing cytotoxin activity Infect Immun, 58, pp: 603-610 21 Crabtree J E., Taylor J D., Wyatt J I., Heatley R V., Shallcross T M., Tompkins D S., and Rathbone B J (1991) Mucosal IgA-recognition of Helicobacter 120kDa-protein, peptic ulceration, and gastric pathology Lancet 338, pp: 332-335 22 Czinn S (2005) Helicobacter pylori infection: detection, investigation, and management J Pediatr(s3), pp: 21-26 23 Czinn S (2005) Helicobacter pylori infection: detection, investigation, and management J Pediatr(s3), pp: s21-26 24 Debowski A W., Walton S M., Chua E G., Tay A C Y., Liao T., Lamichhane B., Himbeck R., Stubbs K A., Marshall B J., Fulurija A (2017) Helicobacter pylori gene 60 silencing in vivo demonstrates urease is essential for chronic infection PLoS Pathog,13, pp: e1006464 25 Dubois A (1995) Spiral bacteria in the human stomach: the gastric Helicobacter pp: 110 26 Dunn B E., Cohen H., and Blaser M J (1997) Clinical Microbioly Reviews Helicobacter pylori clin Microbiol, 10(4), pp: 692-720 27 Duynhoven Y Van, R de Jonge, (2001) Transmission of Helicobacter pylori: a role for food Bull World Health Organ, 79(5), pp: 455-460 28 Eaton K A., Suerbaum S., Josenhans C., Krakowka S (1996) Colonization of gnotobiotic piglets by Helicobacter pylori deficient in two flagellin genes Infect Immun, pp: 2445-2448 29 Elham A Kalaf, Zahra M Al-Khafaji, Nahi Y Yassen, Fadel A AL-Abbudi, and Saad N Sadwen (2013) Study of the Cytoxin-Associated Gene A (CagA Gene) in Helicobacter pylori Using Gastric Biopsies of Iraqi Patients Saudi J Gastroenterol, 19(2), tr: 69-74 30 Every A (2013) Key host-pathogen interactions for designing novel interventions against Helicobacter pylori Trends Microbiol, 21(5), pp: 253-259 31 Fagoonee S., Pellicano R (2019) Helicobacter pylori: Molecular basis for colonization and survival in gastric environment and resistance to antibiotics A short review Infect Dis, 51, pp: 399-408 32 Goodman K J., Correa P (1995) The transmission of Helicobacter pylori A critical review of the evidence Int J Epidemiol, 24(5), pp: 875-87 33 Graham D., Yamaok Y., Malaty H (2007) Thoughts about populations with unexpected low prevalences of Helicobacter pylori infection Trans R Soc Trop Med Hyg, 101, pp: 849851 34 Ha H T T (2005) Seroprevalence of Helicobacter pylori infection in urban and rural Vietnam Clin Diagn Lab Immunol, 12(1), pp: 81-85 35 Hatakeyama M (2004) Oncogenic mechanisms of Helicobacter pylori CagA protein Nature Rev Cancer, 4, pp: 688-94 36 Higashi H., Tsutsumi R., Muto S (2000) SHP-2 tyrosine phosphatase as an intracellular target of Helicobacter pylori CagA protein pp: 428-33 37 Higashi H., Yokoyama K., Fujii Y (2005) EPIYA motif is a membrane targeting signal of Helicobacter pylori virulence factor CagA in mammalian cells J Biol Chem, 280, 23, pp: 130-7 38 Hulten K (1996) Helicobacter pylori in the drinking water of Peru Gastroenterology, 110(4), pp: 1031-1035 61 39 Ilver D., Arnqvist A., Ogren J., Frick I M., Kersulyte D., Incecik E T (1998) Helicobacter pylori adhesin binding fucosylated histo-blood group antigens revealed by retagging Science, pp: 373-377 40 Jôrg Harcker, James , Kaper (2000) Pathogenicity Islands and the Evolution of Microbes Annual Review of Microbiology, 54, pp: 641-679 41 Kikuchi K., Murata-Kamiya N., Kondo S., Hatekeyama M (2012) Helicobacter pylori stimulates epithelial cell migration via CagA-mediated perturbation of host cell signaling Microbes Infectec, pp: 470-476 42 Kim J S., Chang J H., Chung S I., Yum J S (1999) Molecular cloning and characterization of the Helicobacter pylori fliD gene, an essential factor in flagellar structure and motility J Bacteriol, pp: 6969-6976 43 Kusters J., Van Vliet A H., Kuipers E J (2006) Pathogenesis of Helicobacter pylori infection Clin Microbiol Rev, 19(3), pp: 449-490 44 Kumar S, Stecher G, Tamura K (2016) MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 Mol Biol Evol 30, pp: 2725-2729 45 Lam S.K., Talley N.J (1998) Helicobacter pylori consensus: Report of the 1997 Asia Pasific consesus conference on management of Helicobacter pylori infection Gastroenterol Hepatol, 13, pp: 1-12 46 Leen-Jan Van Doorn, Céu Figueiredo, Ricardo Sanna, Anton Plaisiter Peter Schneeberger, Wink de Boer (1998) Clinical Relevance of the cagA, vacA, and iceA Status of Helicobacter pylori Gastroenterology, 115, pp: 58-56 47 Leung W (1999) Isolation of Helicobacter pylori from vomitus in children and its implication in gastro-oral transmission Am J Gastroenterol, 94(10), pp: 2882-2884 48 Mahdavi J., Sondén , Hurtig M., Olfat F O., Forsberg L., Roche N (2002) Helicobacter pylori SabA adhesin in persistent infection and chronic inflammation Science, pp: 573-578 49 Marshall B J., (1985) Attempt to fulfil Koch's postulates for pyloric Campylobacter Med J Aust, 1985, 142(8), pp: 436-9 50 Masanori Hatakeyama (2004) Oncogenic Mechanisms of the helicobacter pylori cagA protein Reviews, pp: 688-694 51 Masanori Hatakeyama and Hideaki Higashi (2005) Helicobacter pylori CagA: a new paradigm for bacterial carcinogenesis Japanese Cancer Association, pp: 384-391 52 Mégraud Helicobacter F pylori (2005) Comparison ifnfection in of children non-invasive and tests adolescents: multicenter European study The Journal of pediatrics, 146(2), pp: 198-203 62 to results detect of a 53 Meurer L N., and Bower D J (2002) Management of Helicobacter pylori infection Am Fam Physician, 65(7), pp: 1327-1336 54 Meyer-Rosberg K., Scott D R., Rex D., Melchers K., Sachs G (1996) The effect of environmental pH on the proton motive force of Helicobacter pylori Gastroenterology, 111, pp: 886-900 55 Michael D Burkitt, Carrie A Duckworth, Jonathan M Williams and Mark Pritchard D (2017) Helicobacter pylori-induced gastric pathology: insights from in vivo and ex vivo models pp: 89-104 56 Michael Höcker, Peter Hohenberger (2003) Helicobacter pylori virulence factors-one part of a big picture 362, pp: 231-333 57 Micu G (2009) Helicobacter pylori: pathological mechanism involved in gastric colonization Rom J Intern Med, 47(4), pp: 341-346 58 Mimuro H., Suzuki T., Tanaka J., Asahi M., Haas R., Sasakawa C (2002) Grb2 Is a Key Mediator of Helicobacter pylori CagA Protein Activities Mol Cell, 10, pp: 745-755 59 Mobley H L., Island M D., Hausinger R P (1995) Molecular biology of microbial ureases Microbiol Rev, pp: 451-480 60 Mobley Harry L T., Mendz George L., Hazell Stuart L (2001) Helicobacter pylori Physiology and Genetics Chapter 31, The cag Pathogenecy Island, 608 61 Mohaboob A., Aleem A Khan, Santosh K Tiwari, Niyaz Ahmed, Venkateswar Rao L., Habibullah C M (2005) Association between cag-pathogenicity island in Helicobacter pylori isolates from peptic ulcer, gastric carcinoma, and non-ulcer dyspepsia subjects with histological changes Gastroenterol, 11, pp: 6815-6822 62 Moodley Y., Linz B (2009) Helicobacter pylori Sequences Reflect Past Human Migrations Genome Dyn 6, pp: 62-74 63 Mounia El Khadir, Samia Alaoui Boukhris, Souad Oirdi Zahir, Dafr-Allah Benajah, Sidi Adil Ibrahimi, Laila Chbani, Mohamed El Abkari, Bahia Bennani (2021) CagE, cagA and cagA 3' region polymorphism of Helicobacter pylori and their association with the intragastric diseases in Moroccan population Diagn Microbiol Infect Dis, 100(3), 115372 64 Odenbreit S., Till M., Hofreuter D., Faller G., Haas R (1999) Genetic and functional characterization of the alpAB gene locus essential for the adhesion of Helicobacter pylori to human gastric tissue Mol Microbiol, pp: 1537-1548 65 Oderda G (1999) Transmission of Helicobacter pylori infection Can J Gastroenterol, 13(7), pp: 279-285 66 Oleastro M., Ménard A (2013) The Role of Helicobacter pylori Outer Membrane Proteins in Adherence and Pathogenesis Biology, 2, pp: 1110-1134 63 67 Palframan S L., Kwok T., Gabriel K (2012) Vacuolating cytotoxin A (VacA), a key toxin for Helicobacter pylori pathogenesis Front Cell Infect Microbiol, p.92 68 Parsonnet J., and Isaacson P G (2004) Bacterial infection and MALT lymphoma N Engl J Med, 350(3), pp: 213-215 69 Parsonnet J., Isaacson P G., (2004) Bacterial infection and MALT lymphoma N Engl J Med, 350(3), pp: 213-215 70 Peck B., Ortkamp M., Diehl K D., Hundt E., Knapp B (1999) Conservation, localization and expression of HopZ, a protein involved in adhesion of Helicobacter pylori Nucleic Acids Res, pp: 3325-3333 71 Pelser H., Househam K., Joubert G., Quaglia N (1997) Prevalence of Helicobacter Pylori antibodies in children in Bloemfontein, South Africa J Pediar Gastroenterol, 24(2), pp: 135-139 72 Rainer H., and Holger K (2003) Identification and characterization of Helicobacter pylori genes essential for gastric colonization J Exp Med, 197(7), pp: 813-822 73 Rainer H., and Holger K (2003) Identification and characterization of Helicobacter pylori genes essential for gastric colonization J Exp Med, 197(7), pp: 813-822 74 Rossez Y., Gosset P., oneca I G., Magalhães A., Ecobichon C., Reis C A (2014) The lacdiNAc-specific adhesin LabA mediates adhesion of Helicobacter pylori to human gastric mucosa J Infect Dis, pp: 1286-1295 75 Rotimi O (2000) Histological identification of Helicobacter pylori: comparison of staining methods J Clin Pathol, 53(10), pp: 320-323 76 Rudi J., Kolb C., Maiwald M., Kuck D., Sieg A., Galle PR., Stremmel W (2018) Diversity of Helicobacter pylori vacA and cagA genes and relationship to VacA and CagA protein expression, cytotoxin production, and associated diseases J Clin Microbiol Apr, 36(4), pp: 944-8 77 Sabbagh P., Mohammadnia-Afrouzi M., Javanian M (2019) Diagnostic methods for Helicobacter pylori infection: ideals, options, and limitations Eur J Clin Microbiol Infect Dis 38, pp: 55–66 78 Scott D R (1998) The role of internal urease in acid resistance of Helicobacter pylori Gastroenterology, 114(1), pp: 58-70 79 Sycuro L K., Pincus Z., Gutierrez K D., Biboy J., Stern C A., Vollmer W., Salama N R (2010) Peptidoglycan Crosslinking Relaxation Promotes Helicobacter pylori’s Helical Shape and Stomach Colonization Cell, pp: 822-833 64 80 Szabò I., rutsche S., Tombola F., Moschioni M., Satin , Telford J L (1999) Formation of anion-selective channels in the cell plasma membrane by the toxin VacA of Helicobacter pylori is required for its biological activity EMBO, pp: 5517-5527 81 Takahashi-Kanemitsu A., Knight C T., Hatakeyama M (2000) Molecular anatomy and pathogenic actions of Helicobacter pylori CagA that underpin gastric carcinogenesis Cell Mol Immunol, 17, pp: 50-63 82 Teneberg S., Miller H., Evans D., Danielsson J (1997) Carbohydrate binding specificity of the neutrophil-activating protein of Helicobacter pylori J Biol Chem, pp: 19067-19071 83 Terebiznik M R., Vazquez C L., Torbicki K., Banks D., Wang T., Hong W (2006) Helicobacter pylori VacA toxin promotes bacterial intracellular survival in gastric epithelial cells Infect Immun, pp: 6599-6614 84 Tomb J F., Owen White, Anthony R Kerlavage, Rebecca A Clayton, Granger G Sutt on (1997) The complete genome sequence of the gastric pathogen Helicobacter pylori Nature, 388, pp: 539-547 85 Tsutsumi R., Higashi H., Higuchi M., Okada M., & Hatakeyama (2003) Attenuation of Helicobacter pylori CagASHP-2 signaling by interaction between CagA and C-terminal Src kinase J Biol Chem, pp: 3664-3670 86 Tummuru M K., Cover T L., Blaser M J (1994) Cloning and expression of a highmolecular-mass major antigen of helicobacter pylori: evidence of linkage to cytotoxin production Infection and Immunity, 61, pp: 1799-1809 87 Uberti A F., Olivera-Severo D., Wassermann G E., Scopel-Guerra A., Moraes J A., Barcellos-de-Souza P., Barja-Fidalgo C., Carlini C R (2013) Pro-inflammatory properties and neutrophil activation by Helicobacter pylori urease Toxicon ,69, pp: 240-249 88 Varannes B D (1997) Mamouliatte H Helicobacter Pylori Collection Option/ Bio.1, pp: 321-328 89 Yamaguchi T., Osaki N., Kurihara H., Taguchi T., Hanawa T., Yamamoto (1997) Heatshock protein 60 homologue of Helicobacter pylori is associated with adhesion of H pylori to human gastric epithelial cells J Med Microbiol, pp: 825-831 90 Yamazaki S., Yamakawa A., Ito Y., Ohtani M., Higashi H., Hatakeyama M (2003) The CagA protein of Helicobacter pylori is translocated into epithelial cells and binds to SHP-2 in human gastric mucosa J Infect Dis, pp: 334-337 91 Yang X., Li H., Cheng T., Xia W., Lai Y T., Sun H (2004) Nickel translocation between metallochaperones HypA and UreE in Helicobacter pylori Metallomics, pp: 1731-1736 65 92 Yi Ying Cheok, Chalystha Yie Qin Lee, Heng Choon Cheong, Jamuna Vadivelu, Chung Yeng Looi, Suhailah Abdullah and Won Fen Wong (2021) An Overview of Helicobacter pylori Survival Tactics in the Hostile Human Stomach Environment pp: 2502 93 Zhijing Xue, Yuanhai You, Lihua He, Yanan Gong, Lu Sun, Xiurui Han, Ruyue Fan, Kangle Zhai, Yaming Yang, Maojun Zhang, Xiaomei Yan & Jianzhong Zhang (2021) Diversity of 3′ variable region of cagA gene in Helicobacter pylori strains isolated from Chinese population Research, 12 (23) 94 Koch M., Mollenkopf H J., Meyer T F (2016) Macrophages recognize the Helicobacter pylori type IV secretion system in the absence of toll-like receptor signalling Cell Microbiol, 18, pp: 137-147 95 Hooi J K Y., Lai W Y., Ng W K., Suen M M Y., Underwood F E., Tanyingoh D., Malfertheiner P., Graham D Y., Wong V W S., Wu J C Y (2017) Global Prevalence of Helicobacter pylori Infection: Systematic Review and Meta-Analysis Gastroenterology, 153, pp: 420-429 96 Eusebi L H., Zagari R M., Bazzoli F (2014) Epidemiology of Helicobacter pylori infection Helicobacter, 19, pp: 1-5 66