Đánh giá sự đa dạng di truyền của quần thể chó nhà tại rạch giá dựa vào vùng trình tự cr trên bộ gen ty thể

TiR vS'a’G ỆẶỊ XHOA 7ÌỊ?‘G T.Ẫ7 bỌró TK-HỆ CAO VĂ 0Õ3?G &&%& S.INH HỌC • KHĨA LUẬN TỐT NGI SVTH : LỀ QUỔ PHITƠNG NGẲNH • CỔNG NGHỆ SINH HỌC XHỐẲ Ỉ2&15-29Ư QFHD ỉ ThS HUỲNH VĂN Hỉổu H Thành nir viện 21 Ã TP HỒ CHÍ MINH ■ NĂM 2017 ĐÁNH GIÁ SỤ ĐA DẠNG DI TRUYÉN CỦA QUÀN THẺ CHÓ NHÀ TẠI RẠCH GIÁ DựA VÀO VÙNG TRÌNH Tự CR TRÊN Bộ GEN TY THẾ Tác giả LÊ QUẾ PHƯƠNG Khóa luận đệ trình để đáp ứng yêu cầu cap hãng Kỳ sư ngành Công Nghệ Sinh Học Giảng viên hướng dẫn: ThS Huỳnh Văn Hiếu TRƯỜNG ĐH NGUYỀN TẤT THÀNH TRUNG TÂM THÒNG TIN-THU VIỆN LVOOIGK / 3oijj Tp HCM, tháng 08 năm 2017 LỜI CẤM ƠN Đâu tiên xin gửi đến Ba Mẹ lời cám ơn sáu sác Cám ơn gia đình bên tôi, ùng hộ cho niềm tin, chăm lo, động viên, hỗ trợ tói mặt từ vật chất đến tinh thần để tơi hồn thành khóa luận Tơi xin cám ơn thầy Huỳnh Văn Hiếu người hướng dẫn va Tận tinh chi dẫn động viên tơi suốt q trình thực khóa luận, truyền đạ: kiến thức, kinh nghiệm quý báu q trình thực Tơi cảm ơn đến thầy Trần Hồng Dũng anh Nguyễn Thảnh Cóng - Viện Bảo Tồn Nguồn Gen NTT - ĐH Nguyễn Tất Thành giúp đờ tạo điêu kiện cho lời khuyên kinh nghiệm quý báu để hoàn thành luận vân Cuối cùng, cám ơn tất cán bạn Viện Bão Tổn Nguồn Gen NTT - ĐH Nguyễn Tất Thành hướng dẫn giúp đờ thời gian qua Lê Què Phương ii TÓM TẤT Đê tài: “Đánh giá đa dạng di truyền quán thể chó nhà Rạch Giá dựa vào vùng trình tự CR gen ty thề.” thực tứ tháng 2/2017 đến tháng 8/2017 Phịng thí nghiệm Cơng Nghệ Sinh Học - Viện Bào Tồn Nguồn Gen NTT - Trường Đại học Nguyễn Tất Thành với mục tiêu xây dựng dừ liệu chó nhà đê góp phần thêm vào việc nghiên cứu nguồn gốc đa dạng di truyền chó Phú Quốc Đe tài có nội dung: - Thu nhận mẫu lông ghi chép thông tin mẫu lông đỏ - Thực tách chiết DNA tổng số mẫu lơng chỏ - Dùng PCR khuếch đại trình tự vùng CR cặp mồi 154'.2F vã 16625R - Giải trình tự tự động vùng CR hiệu chình trình tự mẫu PCR chó - So sánh trình tự mẫu chó với liệu GenBank - Xây dựng phát sinh chùng loài cho mẫu Ket đạt được: hầu hết mẫu lơng có Sản phẩm q trình tách chiết DNA thu có chất lượng tốt, phục vụ cho trình thuận lợi Phản ứng khuếch đại trình tự nhờ vào cặp moi 15412F 16625R lựa chọn hợp lý khuếch đại thành cơng đoạn trình tự dài khoảng 1.232 bp chửa vùng HV1 Giải trình tự hai chiều thành cơng tồn 23 mẫu chó nhà Việt Nam Rạch Giá nghiên cứu Bằng công cụ BLAST xây dựng phát sinh chủng loài, đề tài xác định haplotype gồm All, A17, A18, A73, Bl, B3, C2, C3 E4 Kết phân tích chó nhà Việt Nam có mức độ đa dạng di truyền cao 60% nhóm A, 10% nhóm B, 20% nhóm c, 10% nhóm E iii MỤC LỤC Trang BÌA LĨT i LỜI CÁM ƠN ii TÓM TẮT iii MỤC LỤC iv DANH MỤC CÁC CHỮ VIÉT TẮT vi DANH MỤC CÁC BẢNG viii DANH MỤC CÁC HÌNH ix MỞ ĐẦU Chuong TÔNG QUAN 1.1 Giới thiệu chung chó nhà Việt Nam 1.1.1 Giới thiệu chó nhà 1.1.2 Giới thiệu chó Phú Quốc 1.1.3 Phân loại chó nhà 1.2 Tổng quan phương pháp 1.2.1 Phương pháp tách chiết DNA tổng số 1.2.2 Phương pháp PCR 1.2.3 Phương pháp giải trình tự gen 11 1.3 Đặc điểm chế di truyền hệ gen ty thể động vật hữu nhũ 15 1.4 ứng dụng hệ gen ty thể nghiên cứu tiến hóa phát sinh chủng lồi 17 1.4.1 Sơ lược SNP 18 1.5 Tổng quan vùng kiểm soát phát sinh chủng lồi chó dựa trình tự vùng kiểm sốt hệ gen ty thể 18 1.6 Các nghiên cứu tiến hóa, đa dạng di truyền cùa chó vùng trình tự HV1 vùng CR mtDNA nước giới 20 1.6.1 Trên giới 20 1.6.2 Tại Việt Nam 22 Chưong VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN cửu 24 2.1 Thời gian địa điểm nghiên cứu 24 2.2 Vật liệu nghiên cứu 24 iv 2.3 Dụng cụ hóa chất 25 2.4 Các phần mềm máy tinh sứ dụng đồ tài 27 2.5 Phương pháp nghiên cứu 27 2.5.1 Phương pháp thu nhận xử lý mẫu 27 2.5.2 Phương pháp tách chiết DNA tổng số từ mẫu lông 28 2.5.2.1 Phương pháp tách chiết DNA tồng số 28 2.5.2.2 Kiểm tra độ tinh DNA quang phổ kế 28 2.5.3 Phương pháp điện di 29 2.5.4 Khuếch đại trình tự vùng HV1 kỹ thuật PCR 30 2.5.5 Phương pháp giải trình tự gen 31 2.5.6 Phương pháp xử lý số liệu 32 2.5.6.1 Phương pháp hiệu chỉnh trình tự .32 2.5.6.2 So sánh kết với GenBank 33 2.5.6.3 Xây dựng phát sinh loài 33 Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 34 3.1 Thu thập xừ lý mẫu 34 3.2 Kết tách chiết DNA tổng số từ lơng chó 34 3.3 Ket khuếch đại phân tích trình tự HV1 37 3.3.1 Thiết lập phản ứng PCR khuếch đại vùng HV1 37 3.4 Kết giải phân tích trình tự vùng HV1 40 3.4.1 Kết giải trình tự 40 3.4.2 Hiệu chinh lắp ráp trình tự 41 3.4.3 So sánh trình tự mẫu nghiên cứu với sờ liệu GenBank 42 3.4.4 Phân tích đa hình đơn nucleotide (SNP) đoạn trình tự 582 bp ưên HV1 chó nhà 43 3.4.5 Phân tích haplotype quần thể chó nhà 47 3.4.6 Đánh giá đa dạng di truyền cùa quần thể chó nhà dựa SNP haplotype phát đoạn trình tự 582 bp vùng HV1 mtDNA 52 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 56 TÀI LIỆU THAM KHẢO 57 PHỤ LỤC 61 V DANH MỤC CÁC CHŨ VIET TẮT pg Microgram pl Microlit gM Micromole A Adenine AICc The Akaike Information Criterion BLAST Basic Local Alignment Search Tool bp Base pair c Cytosine CR Control region DNA Deoxyribonucleic acid dATP Deoxyadenosine triphosphate dCTP Deoxycytidine triphosphate dNTP Deoxyribonucleotide triphosphate EDTA Ethylenediamine tetraacetate EtBr Ethidium bromide F Forward G Guanine HV1 Hypervariable Region HV2 Hypervariable Region kb Kilo base mg Miligram ml Mililit mM Milimole mtDNA Mitochondrial Deoxyribonucleic acid NCBI National Center for Biotechnology Information NICEM National Instrumentation Center for Environmental Management nm Nanomet PCI Phenol: Chloroform: Isoamylacohol R Reverse vi RNA Ribonucleic acid rRNA Ribosomal Ribonucleic acid SDS Sodium dodecyl sulphate SNP Single Nucleotide Polymorphism T Thymine Taq Thermits aquaticus TBE Tris - Borate - EDTA TE Tris - EDTA Tm Melting Temperature Ư Unit uv Utraviolet VNTR Variable Number Tandem Repeat vii DANH MỤC CÁC BÁNG Bảng Trang Bảng 2.1: Thông tin mẫu nghiên cứu 24 Bảng 2.2: Dụng cụ sừ dụng nghiên cứu 25 Bảng 2.3: Thiết bị dùng nghiên cứu 26 Bảng 2.4: Hóa chất dùng nghiên cứu 26 Bảng 2.5: Cặp mồi sử dụng phản ứng khuếch đại vùng CR 30 Bảng 2.6: Các thành phần có phản ứng khuếch đại vùng HV; 31 Bảng 2.7: Chu trình nhiệt khuếch đại phản ứng PCR 31 Bảng 3.1: Ket đo OD DNA tổng số mẫu lơng chó 36 Bảng 3.2: Thành phần phản ứng 16 mẫu 37 Bảng 3.3: Chu trình nhiệt khuếch đại vùng CR cùa 16 mẫu .38 Bảng 3.4: Chu trình nhiệt khuếch đại vùng CR mẫu 39 Bảng 3.5: Chu trình nhiệt khuếch đại vùng CR mẫu 39 Bảng 3.6: Các SNP tìm thấy đoạn 582 bp vùng HV1 23 mẫu chó nhà Việt Nam 45 Bảng 3.7: Các haplotype tần số xuất 15 mẫu chó nhà Việt Nam 47 Bảng 3.8: So sánh mức độ đa dạng haplotype chó nhà Việt Nam nghiên cứu với kết cùa công trình khác 53 viii DANH MỤC CÁC HÌNH • Trang Hình Hình 1.1 Chó nhà Việt Nam Hình 1.2 Nguyên tắc PCR 11 Hình 1.3 Sơ đồ tóm tắt phương pháp hóa học Maxem Gilbert 13 Hình 1.4 Nguyên lý phương pháp enzyme để giải trình tự DNA 14 Hình 1.5 Sơ đồ tóm tắt quy trình giải trình tự máy tự động 15 Hình 1.6 Cấu trúc ty thể 16 Hình 1.7 Vị trí thành phần vùng CR mtDNA chó 17 Hình 1.8 VỊ trí đoạn “hotspot” vùng HV1 19 Hình 2.1 VỊ trí bắt cặp mồi 15412F 16625R 30 Hình 3.1 Ket điện di DNA tổng số mẫu R2 35 Hình 3.2 Ket điện di DNA tổng số 23 mẫu lơng chó nhà 36 Hình 3.3 Ket điện di sản phẩm PCR vùng HV1 16 mẫu 38 Hình 3.4 Ket điện di sản phẩm PCR vùng HV1 mẫu 40 Hình 3.5 Biểu đồ huỳnh quang đoạn trình tự vùng HV1 mẫu RI giải bàng mồi 15412F mồi 16625R (dạng thô) 40 Hình 3.6 Biểu đồ huỳnh quang đoạn trình tự vùng HV1 mẫu RI giải mồi 15412F mồi 16625R sau chinh sừa 41 Hình 3.7 Đại diện đoạn trình tự đồng mẫu RI 41 Hình 3.8 Đại diện đoạn trình tự đồng vùng HV1 23 mẫu 42 Hình 3.9 Kết BLAST đại diện mẫu R4 NCBI 42 Hình 3.10 Biểu đồ biểu thị số lượng SNP nhóm 46 Hình 3.11 Cây phát sinh chủng lồi 23 mẫu chó nhà so với haplotype thuộc nhóm A, B, c, D, E, F 49 Hình 3.12 Cây phát sinh chủng lồi mẫu chó nhà mang haplotype thuộc nhóm A 50 Hình 3.13 Cây phát sinh chủng lồi mẫu chó nhà mang haplotype thuộc nhóm B, c E 51 Hình 3.14 Đồ thị mô tả tỷ lệ xuất SNP vùng HV1 cơng trình nghiên cứu nịi chó khác the giới 52 Hình 3.15 Đồ thị mơ tả tỷ lệ haplotype nịi chó ưên giới ix í,- R5 Cái Mực đen y Đường Quang Trung, Tp Rạch Giá - Kiên Giang J R6 Đực Mực đen Đường Dương Minh Châu, Tp Rạch Giá — Kiên Giang p R7 Đực (8 tháng) Đen đôm mắt Đường Mạc Cửu, Tp Rạch Giá-Kiên Giang HHBb * k • c- R8 Đực (6 tháng) Đen đốm trắng Đường Nguyền Trung Trực, Tp Rạch Giá - Kiên Giang 62 < ' - ? 10 R9 RIO Cái (1 năm) Cái (1 năm) Trẳng đôm vàng Nâu đốm đen 172 Đường Võ Trường Toản Tp Rạch Giá - Kiên Giang Đường Lâm Quang Ky, Tp Rạch Giá Kiên Giang - í ■ ' jhiL • 11 12 Rll Cái (1 năm) R12 Cái (3 năm) Vàng Đen mắt nâu Đường Lâm Quang Ky, Tp Rạch Giá Kiên Giang Đường Lâm Quang Ky, Tp Rạch GiáKiên Giang 63 Luốc 13 R13 Đực (2 tháng) đen xám Đường Châu Văn Liêm, Tp Rạch Giá Kiên Giang Ề' 14 15 16 RI Đực (1 năm) R15 Chó cị (2 năm) R16 Cái (1 năm) Vàng Trắng vàng Đốm trắng vàng Đường Lâm Quang Ky, Tp Rạch Giá Kiên Giang Đường Lâm Quang Ky, Tp Rạch Giá Kiên Giang Đường Lâm Quang Ky, Tp Rạch Giá Kiên Giang 64 ii f ■ R17 Đường Nguyễn Binh Nâu Ạ 17 Đực (8 tháng) Khiêm, Tp Rạch Giá - Kiên Giang Cái § 1‘ RI r1 BR 18 Vàng vện Tổ 4, Khu phố 5, Thị trấn Dương Đông ■IMI Tp Rạch Giá - Kiên Giang é As'1 19 R19 Đực (5 tháng) Đen Àp Cây Thơng Ngồi, Tp Rạch Giá - Kiên Giang t J Js A £ Xã Cửa Cạn, Áp Lê 20 R20 Đực (6 tháng) Vàng nâu Bát, Tp Rạch Giá Kiên Giang ' ww VBL J A- / Xã Cửa Cạn, Áp Lè 21 R21 Cái (1 năm) Đen Bát, Tp Rạch Giá Kiên Giang 65 i ' AW _ 22 23 R22 R23 Cái (2 năm) Cái Đen đốm Đường Lý Thường Kiệt, Tp Rạch Giá Kiên Giang Vàng Đường Cách Mạng Tháng 8, Tp Rạch Giá - Kiên Giang 66 i, í7 '9 ! * ' a -t J V Phụ lục Trình tự Consensus 23 mẫu chó nhá >R1, Accession number: AF531714.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATT AACTCAATCTCATAGTTCACTGATCTATCAACAGTAATCAAATGCATATCA CCTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACTTCAGGGCCATAACTTTA TTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACA1CTCGATGGACTAAT GACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATC ttttaatttttagggggggaatctgctatcactcacctacgaccgcaacgg CACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGAATATGGCCGTCGCGGCCC TAATGCAGTCAAATAACT >R2, Accession number: HQ452465.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTTCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAGTGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATT AACTCAATCTCATAATTCATTGATCTATCAACAGTAATCAAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACCTCAGGGCCATGACTTT ATTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAA TGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATTTGGTAT CTTTTAATTTTTAGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTA ACTTATCTTCTGCTCTCAGGGGATATGCCCGTCGCGGCCCTAATGCAGTCA AATAACT >R3, Accession number: JF342840.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATTT CCAGGTAAACCCTTCTTCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATACT AACTCAATCTCATAATTCACTGATCTGTCAACAGTAACCGAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAATCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACCTCAGGGCCATAACTTT atttactccaatcctactaattctcgcaaatgggacatctcgatggactaa tgactaatcagcccatgatcacacataactgtggtgtcatgcatttggtat CTTTTAATTTTTAGGGGGGAATCTGCTATCACTCATCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTA 67 Phụ lục Trình tự Consensus 23 mẫu chó nhá >R1, Accession number: AF531714.1 acacccctacaĩtcatatattgaatcacccctactgtgctatgtcagtatct CCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATT AACTCAATCTCATAGTTCACTGATCTATCAACAGTAATCAAATGCATATCA CCTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACTTCAGGGCCATAACTTTA TTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAAT GACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATC TTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGG CACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGAATATGCCCGTCGCGGCCC TAATGCAGTCAAATAACT >R2, Accession number: HQ452465.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTTCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAGTGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATT AACTCAATCTCATAATTCATTGATCTATCAACAGTAATCAAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACCTCAGGGCCATGACTTT ATTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAA TGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATTTGGTAT CTTTTAATTTTTAGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTA ACTTATCTTCTGCTCTCAGGGGATATGCCCGTCGCGGCCCTAATGCAGTCA AATAACT >R3, Accession number: JF342840.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATTT CCAGGTAAACCCTTCTTCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATACT AACTCAATCTCATAATTCACTGATCTGTCAACAGTAACCGAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAATCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACCTCAGGGCCATAACTTT ATTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAA TGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATTTGGTAT CTTTTAATTTTTAGGGGGGAATCTGCTATCACTCATCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTA 67 ACTTATCTTCTGCTCTCAGGGG AT AT GCCCGTCGCGGCCCTAATGC AGTCA AATAACT >R4, Accession number: JF342839.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATTT CCAGGTAAACCCTTCTTCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATACT AACTCAATCTCATAATTCACTGATCTGTCAACAGTAACCGAATGCATATCA cttagtccaataagggcttaatcaccatgcctcgagaaaccatcaaccctt gctcgtaatgtccctcttctcgctccgggcccatactaacgtgggggttac tatcatgaaactatacctggcatctggttcttacctcagggccataacttt atttactccaatcctactaattctcgcaaatgggacatctcgatggactaa tgactaatcagcccatgatcacacataactgtggtgtcatgcatttggtat cttttaatttttAGGGGGGAATCTGCTATCACTCATCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTA ACTTATCTTCTGCTCTCAGGGGATATGCCCGTCGCGGCCCTAATGCAGTCA aataact >R5, Accession number: JF342839.1 acacccctacattcatatattgaatcacccctactgtgctatgtcagtattt ccaggtaaacccttcttccctcccctatgtacgtcgtgcattaatggtttgc cccatgcatataagcatgtacataatattatatccttacataggacatact aactcaatctcataattcactgatctgtcaacagtaaccgaatgcatatca cttagtccaataagggcttaatcaccatgcctcgagaaaccatcaaccctt gctcgtaatgtccctcttctcgctccgggcccatactaacgtgggggttac tatcatgaaactatacctggcatctggttcttacctcagggccataacttt atttactccaatcctactaattctcgcaaatgggacatctcgatggactaa tgactaatcagcccatgatcacacataactgtggtgtcatgcatttggtat cttttaatttttaggggggaatctgctatcactcatctacgaccgcaacggcactaactcta ACTTATCTTCTGCTCTCAGGGGATATGCCCGTCGCGGCCCTAATGCAGTCA aataact >R6, Accession number: HQ452465.1 acacccctacattcatatattgaatcacccctactgtgctatgtcagtatct ccaggtaaacccttcttccctcccctatgtacgtcgtgcattagtggtttgc cccatgcatataagcatgtacataatattatatccttacataggacatatt aactcaatctcataattcattgatctatcaacagtaatcaaatgcatatca cttagtccaataagggcttaatcaccatgcctcgagaaaccatcaaccctt gctcgtaatgtccctcttctcgctccgggcccatactaacgtgggggttac tatcatgaaactatacctggcatctggttcttacctcagggccatgacttt atttactccaatcctactaattctcgcaaatgggacatctcgatggactaa tgactaatcagcccatgatcacacataactgtggtgtcatgcatttggtat 68 CTTTTAATTTTT- AGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTA ACTTATCTTCTGCTCTCAGGGGATATGCCCGTCGCGGCCCTAATGCAGTCA AATAACT >R7, Accession number: AF531714.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATT AACTCAATCTCATAGTTCACTGATCTATCAACAGTAATCAAATGCATATCA CCTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACTTCAGGGCCATAACTTTA TTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAAT GACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATC TTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGG CACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGAATATGCCCGTCGCGGCCC TAATGCAGTCAAATAACT >R8, Accession number: JF342891.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATT AACTCAATCTCATAATTCACTGATCTATCAACAGTAATCGAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACTTCAGGGCCATAACTTTA TTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAAT GACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATC TTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGG CACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGAATATGCCCGTCGCGGCCC TAACGCAGTCAAATAACT >R9, Accession number: JF342905.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATT AACTCAATCTCATAATTCACTGATCTTTCAACAGTAATCGAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACTTCAGGGCCATAACTTTA TTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAAT GACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATC 69 TTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTA'ICACTCACCTACGACCGCAACGG CACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGAATATGCCCGTCGCGGCCC TAATGCAGTCAAATAACT >R10, Accession number: JF342891.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATT AACTCAATCTCATAATTCACTGATCTATCAACAGTAATCGAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC tatcatgaaactatacctggcatctggttcttacttcagggccataacttta TTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAAT GACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATC TTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGG CACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGAATATGCCCGTCGCGGCCC TAACGCAGTCAAATAACT >R11 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATTT CCAGGTAAACCCTTCTTCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATACT AACTCAATCTCATAATTCACTGATCTGTCAACAGTAACCGAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAATCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACCTCAGGGCCATAACTTT ATTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAA TGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATTTGGTAT CTTTTAATTTTTAGGGGGGAATCTGCTATCACTCATCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTA ACTTATCTTCTGCTCTCAGGGGATATGCCCGTCACGGCCCTAATGCAGTCA AATAACT >R12, Accession number: JF342905.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATT AACTCAATCTCATAATTCACTGATCTTTCAACAGTAATCGAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACTTCAGGGCCATAACTTTA TTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAAT GACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATC 70 TTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGG CACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGAATATGCCCGTCGCGGCCC TAATGCAGTCAAATAACT >R13, Accession number: JF342904.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATT aactcaacctcatagttcactgatctatcaacagtaatcgaatgcatatca CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC tatcatgaaactatacctggcatctggttcttacttcagggccataacttta TTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAAT GACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATC ttttaatttttagggggggaatctgctatcactcatctacgaccgcaacgg cactaactctaacttatcttctgctctcagggaatatgcccgtcgcggccc taatgcagtcaaataact >R14, Accession number: JF342905.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATT AACTCAATCTCATAATTCACTGATCTTTCAACAGTAATCGAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACTTCAGGGCCATAACTTTA TTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAAT GACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATC TTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGG CACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGAATATGCCCGTCGCGGCCC TAATGCAGTCAAATAACT >R15, Accession number: AF531724.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTTCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATTCTTACATAGGACATATC AACTCAATCTCATAATTCATTGATCTGTCAGCAGTAATCAAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACCTCAGGGCCATAACTCT ATTTACTCC AATCCT ACTA ATTCT CG c A AATGGGACATCTCG AT GGACTAA TGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATTTGGTAT CTTTTAATTTTT71 GGGGGGGAATCTGCTATCACTCATC'i ACGACCGCAACGGCACTAACTCTA ACTTATCTTCTGCTCTCAGGGGATATGCCCGTCGCGGCCCTAATGCAGTCA AATAACT >R16 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATT AACTCAATCTCATAATTCACTGATCTATCAACAGTAATCGAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT gctcgtaatgtccctcttctcgctccgggcccatactaacgtgggggttac TATCATGAAACTATATCTGGCATCTGGTTCTTACTTCAGGGTCATAACTTTA TTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAAT GACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATC TTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGG CACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGAATATGCCCGTCGCGGCCC TAATGCAGTCAAATAACT >R17 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCATATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATT AACTCAATCTCATAATTCACTGATCTTTCAACAGTAATCGAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACTTCAGGGCCATAACTTTA TTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAAT GACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATC TTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGG CACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGAATATGCCCGTCGCGGCCC TAATGCAGTCAAATAACT >R18, Accession number: JF342898.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTTCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATTCTTACATAGGACATATC AACTCAATCTCATAATTCATTGATCTGTCAGCAGTAATCAAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACCTCAGGGCCATAACTCT ATTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAA TGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATTTGGTAT CTTTTAATTTTT AGGG GG GG AATCTGCTATC ACTCATCTACG ACCGC AACG 72 GCACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGGATATGCCCGTCGCGGCC CTAATGCAGTCAAATAACT >R19, Accession number: JF342904.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATT AACTCAACCTCATAGTTCACTGATCTATCAACAGTAATCGAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACTTCAGGGCCATAACTTTA TTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAAT GACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATC ttttaatttttagggggggaatctgctatcactcatctacgaccgcaacgg CACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGAATATGCCCGTCGCGGCCC TAATGCAGTCAAATAACT >R20, Accession number: JF342891.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATT AACTCAATCTCATAATTCACTGATCTATCAACAGTAATCGAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACTTCAGGGCCATAACTTTA TTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAAT GACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATC TTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGG CACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGAATATGCCCGTCGCGGCCC TAACGCAGTCAAATAACT >R21, Accession number: JF342904.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATT AACTCAACCTCATAGTTCACTGATCTATCAACAGTAATCGAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACTTCAGGGCCATAACTTTA TTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAAT GACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATC TTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCATCTACGACCGCAACGG 73 CACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGAATATGCCCGTCGCGGCCC TAATGCAGTCAAATAACT >R22, Accession number: JF342891.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATCT CCAGGTAAACCCTTCTCCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATATT AACTCAATCTCATAATTCACTGATCTATCAACAGTAATCGAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAACCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACTTCAGGGCCATAACTTTA TTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAAT GACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATCTGGTATC TTTTAATTTTTAGGGGGGGAATCTGCTATCACTCACCTACGACCGCAACGG CACTAACTCTAACTTATCTTCTGCTCTCAGGGAATATGCCCGTCGCGGCCC TAACGCAGTCAAATAACT >R23, Accession number: HQ452465.1 ACACCCCTACATTCATATATTGAATCACCCCTACTGTGCTATGTCAGTATTT CCAGGTAAACCCTTCTTCCCTCCCCTATGTACGTCGTGCATTAATGGTTTGC CCCATGCATATAAGCATGTACATAATATTATATCCTTACATAGGACATACT AACTCAATCTCATAATTCACTGATCTGTCAACAGTAACCGAATGCATATCA CTTAGTCCAATAAGGGCTTAATCACCATGCCTCGAGAAACCATCAATCCTT GCTCGTAATGTCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATACTAACGTGGGGGTTAC TATCATGAAACTATACCTGGCATCTGGTTCTTACCTCAGGGCCATAACTTT ATTTACTCCAATCCTACTAATTCTCGCAAATGGGACATCTCGATGGACTAA TGACTAATCAGCCCATGATCACACATAACTGTGGTGTCATGCATTTGGTAT CTTTTAATTTTTAGGGGGGAATCTGCTATCACTCATCTACGACCGCAACGGCACTAACTCTA ACTTATCTTCTGCTCTCAGGGGATATGCCCGTCGCGGCCCTAATGCAGTCA AATAACT 74 Phụ lục Accession numbers trinh tự tharn khao nshiên cứu STT TRINH Tự THAM KHẢO ACCESSION NUMBER Ư96639 KF002306 AF531654-AF531741 AY656703 - AY656710 EU816457-EU816557 Chó nhà (Canis lupus familiaris) GQ896338 - GQ896345 HQ452433 HQ452439 - HQ452465 HQ452424 - HQ452430 HQ453235 - HQ452438 D38611, D83637 AB007381 NC008093 KF661096 Chó sói đồng cỏ Bắc Mỳ (Canis latrans) DQ480509 DQ480511 EƯ789789 AF531741.1 Chó nhà (Canis lupus familiaris') mang GQ896345.1 haplotype thuộc nhóm E HQ452464.1 HQ452465.1 75