Nghiên cứu đặc điểm sinh học của chủng vi khuẩn tía quang hợp có khả năng kháng vi khuẩn gây bệnh hoại tử gan tụy cấp trên tôm nước lợ (khóa luận tốt nghiệp)

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: “NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC CỦA CHỦNG VI KHUẨN TÍA QUANG HỢP CÓ KHẢ NĂNG KHÁNG VI KHUẨN GÂY BỆNH HOẠI TỬ GAN TỤY CẤP TRÊN TÔM NƯỚC LỢ” HÀ NỘI-2021 HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: “NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC CỦA CHỦNG VI KHUẨN TÍA QUANG HỢP CĨ KHẢ NĂNG KHÁNG VI KHUẨN GÂY BỆNH HOẠI TỬ GAN TỤY CẤP TRÊN TÔM NƯỚC LỢ” Sinh viên thực hiện: Trần Thị Kiều Lớp: K62CNSHB Mã sinh viên: 620504 Giáo viên hướng dẫn: TS Hoàng Thị Yến TS Đinh Trường Sơn HÀ NỘI-2021 LỜI CẢM ƠN Khóa luận tốt nghiệp bước đệm quan trọng việc học tập, trau dồi kiến thức, giúp không ngừng trưởng thành Để hồn thành khóa luận tốt nghiệp, tơi xin cảm ơn hỗ trợ bên phía Thầy, Cơ bạn khoa Công nghệ sinh học – Học viện Nơng nghiệp Việt Nam phía Thầy, Cơ, Anh, Chị từ Viện Công nghệ sinh học – Viện Hàn lâm khoa học Công nghệ Việt Nam Trước tiên, tơi xin gửi lời cảm ơn đến TS Hồng Thị Yến – cán Phịng Thí nghiệm trọng điểm Công nghệ gen, Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm khoa học Công nghệ Việt Nam – người thầy tận tình hướng dẫn, bảo sát sửa lỗi sai mà mắc phải để tơi hồn thiện Đề tài khóa luận tốt nghiệp Viện Công nghệ sinh học – Viện Hàn lâm khoa học Công nghệ Việt Nam Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành đến TS Đinh Trường Sơn cán giảng dạy môn Công nghệ sinh học thực vật, khoa Công nghệ sinh học, Học viện nông nghiệp Việt Nam – người Thầy hướng dẫn động viên suốt thời gian vừa qua Tôi xin chân thành cảm ơn ThS Trần Thị Thu Quỳnh CN Trần Thu Hà – cán Phịng Thí nghiệm trọng điểm Công nghệ gen, Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam tận tình hướng dẫn, truyền đạt kiến thức, kinh nghiệm cho tơi suốt q trình thực luận văn tốt nghiệp Sau xin gửi lời cảm ơn đến gia đình, bạn bè bạn sinh viên lớp K62CNSHB động viên, giúp đỡ q trình làm luận luận văn Tơi xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày tháng năm 2021 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan số liệu kết nghiên cứu khóa luận trung thực chưa sử dụng công bố Tôi xin cam đoan giúp đỡ cho việc thực khoá luận cảm ơn thơng tin trích dẫn rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng năm 2021 Sinh viên Trần Thị Kiều ii MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i LỜI CAM ĐOAN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT .v DANH MỤC BẢNG vi DANH MỤC HÌNH vii TÓM TẮT viii Phần I MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục đích Phần II TỔNG QUAN TÀI LIỆU .2 2.1 Tình hình bệnh hoại tử gan tụy cấp tôm nước lợ, nguyên nhân biện pháp phòng trừ 2.1.1 Tình hình bệnh hoại tử gan tụy cấp tơm nước lợ Thế giới Việt Nam 2.1.2 Nguyên nhân biện pháp phòng trừ dịch bệnh 2.2 Tổng quan vi khuẩn tía quang hợp 2.2.1 Khái niệm vi khuẩn tía quang hợp 2.2.2 Sinh thái học vi khuẩn tía quang hợp 2.2.3 Đặc điểm hình thái, sinh lý, sinh hố vi khuẩn tía quang hợp 2.2.4 Một số ứng dụng VKTQH giới Việt Nam 17 Phần III: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 20 3.1 Địa điểm thời gian nghiên cứu 20 3.2 Đối tượng vật liệu nghiên cứu 20 3.2.1 Đối tượng 20 3.2.2 Hóa chất, mơi trường thiết bị máy móc 20 iii 3.3 Phương pháp nghiên cứu .22 3.3.1 Phương pháp nghiên cứu đặc điểm hình thái khuẩn lạc, tế bào .22 3.3.2 Phương pháp đánh giá sinh trưởng VKTQH 22 3.3.3 Phương pháp nghiên cứu hệ sắc tố VKTQH .22 3.3.4 Phương pháp xác định khả sử dụng muối cho sinh trưởng 22 3.3.5 Phương pháp nghiên cứu ảnh hưởng pH ban đầu 22 3.3.6 Phương pháp xác định khả sử dụng sulfide cho sinh trưởng 23 3.3.7 Phương pháp xác định trình tự gen 16S rRNA 23 Phần IV: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 26 4.1 Kết nghiên cứu đặc điểm sinh học 26 4.1.1 Đặc điểm hình thái khuẩn lạc, tế bào 26 4.1.2 Đường cong sinh trưởng 27 4.1.3 Đặc điểm hệ sắc tố quang hợp 28 4.1.4 Ảnh hưởng nồng độ muối đến khả sinh trưởng .28 4.1.5 Ảnh hưởng pH đến khả sinh trưởng .29 4.1.6 Ảnh hưởng nồng độ Sulfide đến khả sinh trưởng 31 4.2 Xác định trình tự gen mã hóa 16S rRNA 33 4.2.1 Khuếch đại gen 16S rRNA chủng VKTQH lựa chọn 33 4.2.2 Kết giải trình tự gen 16S rRNA 35 4.2.3 Xây dựng phát sinh chủng loại số loài VKTQH 35 Phần V: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ .37 5.1 Kết luận 37 5.2 Kiến nghị .37 TÀI LIỆU THAM KHẢO 38 PHỤ LỤC BẢNG 47 PHỤ LỤC HÌNH 49 iv DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT (Chữ viết tắt, kí hiệu chuyên ngành) Từ viết tắt Tên đầy đủ DNA Deoxyribonucleic acid PCR Polymerase Chain Reaction RNA Ribonucleic acid EDTA Ethylendiamin tetracetic acid µl Microlitre FAO Food and Agriculture Organization dNTP Deoxynucleotide BOD Biochemical oxygen demand COD Chemical oxygen demand OD Optical Density SCP Single cell protein VKTQH Vi khuẩn tía quang hợp Taq Thermus aquaticus AHPND Acute hepatopancreatic necrosis disease EMS Early mortality syndrome OTC Oxytetracycline v DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 So sánh cực đại hấp thụ hai dạng Bacteriochlorophyll a b VKTQH (trong tế bào nguyên dịch chiết ete) (Pfennig and Trueper, 1992) 10 Bảng 4.1 Sinh trưởng (theo ΔOD660) chủng QN2.15 ngày nuôi cấy môi trường GA có nồng độ muối khác 29 Bảng 4.2 Sinh trưởng (theo ΔOD660) chủng VKTQH QN2.15 ngày nuôi cấy môi trường GA chuẩn pH khác 30 Bảng 4.3 Sinh trưởng (theo ΔOD660) chủng QN2.15 ngày nuôi cấy môi trường GA có nồng độ sulfide khác 31 Bảng 4.4 Một số đặc điểm hình thái, sinh lý sinh hóa chủng vi khuẩn tuyển chọn so sánh với loài R sulfidophilum 32 Bảng 4.5 Thành phần chu trình nhiệt cho phản ứng PCR đơn mồi 34 vi DANH MỤC HÌNH Hình 2.1 Hình dạng tế bào số đại diện VKTQH không lưu huỳnh Hình 4.1 Hình dạng khuẩn lạc tế bào chủng QN2.15 26 Hình 4.2 Đường cong sinh trưởng chủng VKTQH QN2.15 27 Hình 4.3 Phổ hấp thụ dịch huyền phù tế bào chủng QN2.15 28 Hình 4.4 Sinh trưởng chủng QN2.15 nồng độ muối khác 29 Hình 4.5 Sinh trưởng chủng QN2.15 mơi trường có pH ban đầu khác 30 Hình 4.6 Sinh trưởng chủng QN2.15 nồng độ Na2S khác 32 Hình 4.7 Ảnh điện di ADN tổng số 33 Hình 4.8 Ảnh điện di sản phẩm PCR 34 Hình 4.9 Cây phát sinh chủng loại số loài VKQH tía khơng lưu huỳnh 35 vii TĨM TẮT Trong nghiên cứu này, chủng VKTQH (ký hiệu QN2.15) có tiềm sử dụng làm probiotic nuôi tôm nước lợ lựa chọn để tiến hành xác định đặc điểm sinh học sử dụng kỹ thuật sinh học phân tử (16S rRNA) để phân loại đến loài Chủng QN2.15 phân lập từ ao nuôi tôm nước lợ tỉnh Quảng Ninh Chủng vi khuẩn lưu giữ sưu tập chủng giống VKTQH Phịng thí nghiệm Trọng điểm Cơng nghệ gen thuộc Viện Công nghệ sinh học Qua nghiên cứu, xác định khuẩn lạc chủng QN2.15 có dạng hình trịn, lồi, bề mặt nhẵn, màu nâu đỏ, đường kính d= 1,0 – 1,5mm Dịch huyền phù tế bào có màu đỏ đậm Tế bào có dạng hình bầu dục, đường kính 0,7 – 0,9µm, sinh sản cách nhân đôi, tồn dạng đơn bào tạo chuỗi tế bào, chứa bacteriochlorophyll a (Bchl) Chủng vi khuẩn nghiên cứu có khả sinh trưởng tốt khoảng pH từ 5,5 – 9,0 (tối ưu pH 7,0), sinh trưởng nồng độ muối (NaCl) từ 1,5 – 6,0% (tối ưu 2,5%), chịu Na2S 0,4 – 5,2 mM Sử dụng cặp mồi: Forward 5’-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3’ (có vị trí tương ứng 8-27 16S rRNA từ E coli) Reverse 5’ACGGCTACCTTGTTACGACT-3’ (có vị trí tương ứng 1491–1512 16S rRNA từ E coli) với enzyme Taq polymerase để nhân gen 16S rRNA chủng VKTQH QN2.15 tiến hành giải trình tự gen 16S rRNA Bằng phần mềm BLAST, chuỗi trình tự nucleotit nhận được so sánh với chuỗi liệu khác công bố Ngân hàng gen Quốc tế (NCBI) Kết cho thấy, chủng QN2.15 có độ tương đồng cao trình tự nucleotit gen 16S rRNA so với lồi Rhodovulum sulfidophilum có mã số đăng kí Ngân hàng gen AM696695 Từ nghiên cứu đặc điểm sinh học kết hợp với trình tự nucleotit gen 16S rRNA cho chủng QN2.15 thuộc loài Rhodovulum sulfidophilum viii 4.2.2 Kết giải trình tự gen 16S rRNA Để tiến hành xác định xác trình tự đoạn gen nhân lên, tiến hành giải trình tự 16S rRNA máy giải trình tự tự động Khi so sánh trình tự gen nhận với trình tự gen tương ứng ngân hàng liệu sở GenBank công cụ BLAST (NCBI) cho thấy: gen 16S rRNA chủng QN2.15 có độ tương đồng cao so với gen tương ứng loài Rhodovulum sulfidophilum (mã số AM 696695) đạt 99,48% 4.2.3 Xây dựng phát sinh chủng loại số lồi VKTQH Sau có kết giải trình tự gen, tiến hành so sánh trình tự gen thu với trình tự gen lồi cơng bố Ngân hàng gen quốc tế (NCBI) Để làm sáng tỏ mối quan hệ di truyền chủng QN2.15, tiến hành xây dựng phát sinh chủng loại chủng nghiên cứu với loài gần gũi dựa sở so sánh gen 16S rRNA chủng với số loài biết phần mềm mềm ClustalX Megablast Kết trình bày Hình 4.9 Rhodovulum sulfidophilum (LC596064.1) QN2.15 QN2.15 Rhodovulum adriaticum (NR 043404.1) Rhodovulum strictum (NR 025845.1) Rhodobacter blasticus (NR 043735.1) Rhodobacter veldkampii (NR 043405.1) Rhodobacter sphaeroides (MG576212.1) Rhodocista pekingensis (NR 028855.1) Rhodospirillum centenum (NR 025830.1) Rhodopseudomonas faecalis (NR 024971.1) Rhodoplanes elegans (NR 029125.1) Hình 4.9 Cây phát sinh chủng loại số lồi VKQH tía khơng lưu huỳnh 35 Từ phát sinh chủng loại (Hình 4.9) cho thấy, chủng QN2.15 gần gũi với loài với loài Rhodovulum sulfidophilum (mã số AM 696695) Vì chúng tơi cho chủng QN2.15 thuộc loài Rhodovulum sulfidophilum Như vậy, từ đặc điểm sinh học chủng VKQHT hình dạng tế bào, hình thức sinh sản, cấu trúc màng quang hợp, sắc tố quang hợp theo Hệ thống phân loại Bergey (1989) chủng nghiên cứu thuộc chi Rhodobacter Rhodovulum, lồi Rhodobacter sulfidophilus Khi nghiên cứu khả sử dụng muối (NaCl) cho sinh trưởng, khả sinh trưởng môi trường chứa Na2S kết phân tích trình tự gen mã hóa 16S rRNA, xác đinh chủng QN2.15 thuộc loài Rhodovulum sulfidophilum 36 Phần V: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 5.1 Kết luận  Đặc điểm sinh học - Về hình thái khuẩn lạc, tế bào: Khuẩn lạc chủng QN2.15 có dạng hình trịn, bề mặt nhẵn, mép căng, màu nâu đỏ, đường kính 1,0 – 1,5 mm Dịch huyền phù tế bào có màu nâu đỏ đậm Tế bào có dạng hình bầu dục, đường kính 0,7 – 0,9 µm, sinh sản cách nhân đôi, tồn dạng đơn bào tạo chuỗi tế bào - Chủng chứa Bchl a - Chủng QN2.15 sinh trưởng dải nồng độ muối rộng: từ 1,5 – 6%, tối ưu nồng độ muối 2,5% - Chủng QN2.15 sinh trưởng dải pH rộng: pH từ 5,5 – 9,0, tối ưu pH 7,0 - Chủng QN2.15 chịu Na2S nồng độ từ 0,4 – 5,2 mM  Xác định trình tự gen mã hóa 16S rRNA - Từ phát sinh chủng loại cho thấy chủng QN2.15 có tỉ lệ tương đồng với lồi Rhodovulum sulfidophilum (mã số AM 696695) đạt 99,48% Từ đặc điểm sinh học kết hợp với phân tích trình tự gen 16S rRNA kết luận chủng QN2.15 thuộc loài Rhodovulum sulfidophilum 5.2 Kiến nghị Để ứng dụng chủng VKTQH (QN2.15) làm probiotic nuôi tôm nước lợ cần có số nghiên cứu như: - Xác định môi trường để sản xuất sinh khối - Ảnh hưởng điều kiện ngoại cảnh đến khả tích lũy sinh khối nhiệt độ, cường độ sáng, oxy đến sinh trưởng chúng 37 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt: Đỗ Thị Tố Uyên Trần Văn Nhị (2005) Nghiên cứu xây dựng quy trình sản xuất ubiquinone từ sinh khối vi khuẩn quang hợp tía Tuyển tập Hội nghị Quốc Gia Những vấn đề nghiên cứu khoa học sống, định hướng y dược học Đại học Y Hà Nội tr 846-849 Đỗ Thị Tố Uyên Trần Văn Nhị (2006) Nghiên cứu tổng hợp ngoại tiết 5-aminolevulinic acid chủng vi khuẩn quang hợp tía phân lập Việt Nam Tạp chí Cơng nghệ sinh học tr 73-80 Đỗ Thị Tố Uyên, Đỗ Thị Liên, Lê Thị Nhi Cơng, Hồng Thị Yến Nguyễn Thị Diệu Phương (2015) Ứng dụng vi khuẩn tía quang hợp nuôi trồng thủy sản Việt Nam Tạp trí nghề cá sơng Cửu Long 06 tr 27-36 Hoàng Thị Yến (2010) Nghiên cứu vi khuẩn quang hợp tía khơng lưu huỳnh phân lập Việt Nam dùng làm thức ăn tươi sống cho giống động vật hai mảnh vỏ Luận án Tiến sĩ sinh học Kim Thu (2021) Covid-19 xuất tôm năm 2021: Tranh thủ lợi so với đối thủ Hiệp hội Chế biến Xuất Thủy sản Việt Nam Truy cập ngày 30/01/2021 asep.com.vn/san-pham-xuatkhau/tom/xuat-nhap-khau/covid-19-va-xuat-khau-tom-nam-2021tranh-thu-loi-the-so-voi-doi-thu-20878.html Tạ Hà (2021) Xuất tôm năm 2020 đạt 3,4 tỷ USD, tăng 11% so với năm trước Hiệp hội Chế biến Xuất Thủy sản Việt Nam Truy cập ngày 30/01/2021 http://vasep.com.vn/san-pham-xuat- khau/tom/xuat-nhap-khau/xuat-khau-tom-nam-2020-dat-3-7-ty-usdtang-11-so-voi-nam-truoc-20997.html Trần Dụ Chi, Đỗ Hoài Thu, Dương Đức Tiến Trần Hải Linh (2004) Bước đầu tìm hiểu ảnh hưởng nhiệt độ lên sinh trưởng quang hợp hai chủng vi tảo biển Isochrysis sp; Chroomonas sp Tạp chí khoa học Đại học Quốc gia Hà Nội tr 87-93 Trần Thị Tho, Nguyễn Trọng Nho Đặng Đình Kim (2000) Nghiên 38 cứu kỹ thuật nuôi sinh khối tảo Chlorella pyrenoidosa phục vụ nuôi trồng thủy sản Tuyển tập Báo cáo khoa học Hội thảo khoa học tồn quốc ni trồng thủy sản tr 147-151 Trần Thu Hà (2019) Sàng lọc chủng vi khuẩn tía quang hợp có tiềm sử dụng làm probiotic ni tơm nước lợ Khóa luận công nghệ sinh học Học viện Nông nghiệp Việt Nam tr 27-31 10 Trần Văn Nhị Đỗ Thị Tố Uyên (1999) Nghiên cứu vi khuẩn quang hợp để sử dụng xử lý nước thải giàu hữu II Báo cáo Hội nghị Cơng nghệ sinh học tồn quốc tr 292-300 Tiếng Anh: 11 Alloul A., M Wille, P Lucenti, P Bossier, G V Stappen and S E Vlaeminck (2021) Purple bacteria as added-value protein ingredient in shrimp feed: Penaeus vannamei growth performance, and tolerance against Vibrio and ammonia stress Aquaculture: vol 530 pp 735788 12 Azad S A., V C Chong and S Vikineswary (2002) Phototrophic bacteria as feed supplement for rearing Penaeus monodon larvae World Aqua Soci Vol (33) pp 158-168 13 Baticados M C L and J O Paclibare (1992) The use of chemotherapeutic agents in aquaculture in the Philippines Asian Fisheries Society pp 531–546 14 Blasco R., J Cardenas and F Castillo (1989) Acetate metabolism in purple non sulfur bacteria FEMS Microbio Lett Vol 58 (2-3) pp 129-132 15 Clesceri L S., A E Greenberg and R R Trussel (1989) Sulfur bacteria Standard methods for the examination of water and wastewater APHA-AWWA-WPCF 17th Edition 16 Cooper D E., M B Rands and C P Woo (1975) Sulfide reduction in fellmongery effluent by red sulfur bacteria J Water Pollution Control Fed Vol 47 pp 2088-2100 17 Chakravarthy S K., K Sucharitha, Ch Sasikala and Ch V Ramana (2009) Rhodovulum lacipunicei sp nov., an obligate sulfide39 demanding phototrophic alphaproteobacterium isolated from a purple pond in India Int J Syst Evol Microbiol 59 pp 1615-1619 18 Chandrasekaran R and V A Kumar (2011) Antago- nistic activity of purple non-sulfur bacterial extracts against antibiotic resistant Vibrio sp Malaysian Journal of Microbiology Vol pp 54-56 19 Chu B K., , I A R Ahmad, A Siti Zahrah, J Irene, J Norazila, N Y Nik Haiha, Y Fadzilah, M Mohammed, B Siti Rokhaiya, M Omar and T P Teoh (2016) Current status of acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND) of farmed shrimp in Malaysia Proceedings of the ASEAN Regional Technical Consultation on EMS/AHPND and Other Transboundary Diseases for Improved Aquatic Animal Health in Southeast Asia pp 22–24 20 Chumpol S., D Kantachote, T Nitoda and H Kanzaki (2017) The roles of probiotic purple nonsulfur bacteria to con- trol water quality and prevent acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND) for enhancement growth with higher surival in white shrimp (Litopenaeus vannamei) during cultivation Aquaculture Vol 473 pp 327-336 21 Chuntapa B., S Powtongsook, P Menasveta (2003) Water quality control using Spirulina platensis in shrimp culture tanks Aquaculture Vol 220 (1-4) pp 355-366 22 Dang T L., A T Pham and T V Phan (2018) Acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND) in Vietnam Asian Fish Sci., 31S pp 274-282 23 Debouttevile D J., D J Batstone, M Kawasaki, S Stegman, M Salini, S Tabrett, R Smullen, A C Barnes and T Hulsen (2019) Mixed culture purple phototrophic bacteria is an effective fishmeal replacement in aquaculture Water Research X Vol pp 100031 24 Devereux R and S G Willis (1995) Amplification of ribosomal RNA sequences Molecular Microbial Ecology Manual pp 277287 25 Divyasree B., K V N S Lakshmi, D Bharti, P Dave, Ch Sasikala 40 and Ch V Ramana (2016) Rhodovulum aestuarii sp nov., isolated from a brackish water body, Int J Syst Evol Microbiol Vol 66 pp.165-171 26 FAO (2020) Shrimp acute hepatopancreatic necrosis disease strategy manual Fisheries and Aquaculture Circular pp 22-28 27 Fuller R C (1978) The photosynthetic carbon metabolism in the green and purple bacteria In Clayton R.K., and Sistrom WR (eds) “The phototrophic bacteria” Plenum Press New York pp 691-705 28 Graslund S and B E Bengtsson (2001) Chemicals and biologicalproducts used in Southeast Asian shrimp farming and theirpotential impact on the environment - a review Sci TotalEnviron Vol 280 (1-3) pp 93-131 29 Hai N V (2015) The use of probiotics in aquaculture J Appl Microbiol Vol 119 pp 917-935 30 Han (2017) Four AHPND strains identified on Latin American Animal Health & Welfare 31 Hansen T A and H Veldkamp (1973) Rhodopseudomonas sulfidophila nov spec., a new species of the purple nonsulfur bacteria Arch Mikrobiol Vol 92 pp 45-58 32 Hiraishi A and Y Ueda (1995) Isolation and characterization of Rhodovulum strictum sp.nov and some other purple nonsulfur bacteria from colored blooms in tidal and seawater pools Int J Syst Bacteriol Vol 45 (2) pp 319-326 33 Holmstrom K., S Grauslund, A Wahlstroum, S poungshompoo, B Be and N Kautsky (2003) Antibiotic use in shrimpfarming and implications for environmental impacts andhuman health Int j food sci technol Vol 38 pp 255-266 34 Hossain M S., M J Uddin and A N M Fakhruddin (2013) Impacts of shrimp farming on the coastal environment of Bangladesh and approach for management Environ Sci Biotechnol Vol 12 pp 313332 41 35 Imhoff J F and H G Truper (1989) Purple non-sulfur bacteria, Bergey’s manual of Systematic Bacteriology, Williams and Wilkins, Baltimore Vol pp 1658-1680 36 Imhoff J F., R Petri and J Suling (1989a) Reclassification of species of the spiral-shape phototrophic purple non-sulfur bacteria of the -Proteobacteria: description of the new genera Phaeospirillum gen nov., Rhodovibrio gen nov., Rhodothalassium gen nov and Roseospira gen nov as well as transfer of Rhodospirillum fulvum to Phaeospirillum fulvum comb nov., of Rhodospirillum molischianum to Phaeospirillum molischianum comb nov., of Rhodospirillum salinarum to Rhodovibrio salinarum comb nov., Rhodospirillum sodomense to Rhodovibrio sodomensis comb nov., of Rhodospirillumsalexigens to Rhodothalassium salexigens comb nov and of Rhodospirillum mediosalinum to Roseospira mediosalina comb Nov Int J Syst Bacteriol Vol 48 pp 793-798 37 J Sambrook and D W Russell (2001) Molecular cloning A Laboratory Manual, 3rd ed Cold spring Harbor Laboratory Cold Spring Harbor, New York 38 Karunasagar I., M M Shivu, S K Girisha, G Krohne and I Karunasagar (2007) Biocontrol of pathogens in shrimp hatcheries using bacteriophages Aquaculture Vol 268 pp 288-292 39 Kehrenberg C., S A Salmon, J L Watts and S Schwarz (2001) Tetracycline resistance genes in isolates of Pasteurella multocida, Mannheimia haemolytica, Mannheimia glucosida and Mannheimia varigena from bovine and swine respiratory disease: intergeneric spread of the tet(H) plasmid pMHT1 J Antimicrob Chemother Vol 48 pp 631-640 40 Kobayashi M And M Kobayashi (1995) Waste remediation and treatment using anoxygenic photosynthetic bacteria In:Anoxygenic Photosynthetic Bacteria pp 1269-1282 41 Kornberg H L And J Lascelles (1960) The formation of isocitrate 42 by the Athiorhodaceae J Gen Microbiol Vol 23 pp 511-517 42 Kumar A P., T N R Srinivas, Ch Sasikala and Ch V Ramana (2007) Rhodobacterchanglensis sp nov., a psychrotolerant, phototrophic alphaproteobacterium from the Himalayas of India IntJSystEvolMicrobiol Vol 57 pp 2568-2571 43 Kumar P N., T N R Srinivas, C Sasikala and C V Ramana (2007) Rhodobacterchanglensis sp nov., a psychrotolerant, phototrophic alphaproteobacterium from the Himalayas of India Int J Syst Evol Microbiol Vol 57 pp 2568-2571 44 Lee W J., Y S Park, Y T Park, S J Kim, K Y Kim (1997) Studies on the availability of marine bacteria and the environmental factors for the mass culture of the high quality of Rotifera and Artemia: Change of fatty acid and amino acid composition during cultivation and rotifer, Brachionus plicatilis by marine bacteria Erythrobacter sp S pi-I Korean Fish Soci Vol 30 pp 319-328 45 Li Y.,B Xu and X H Xu (1995) Isolation, identification and growth condition of Rhodopseudomonas J Ocean Uni Qing dao Vol 25 pp 345359 46 Lucking D., L Pike and G Sojka (1976) Glycerol utilization by a mutant of Rhodopseudomonas capsulata J Bacteriol Vol 125 pp 750-752 47 Madigan M T (2003) Anoxygenic phototrophic bacteria from extreme environments Photosynthesis Research Vol 76 pp 157-171 48 Merugu R C, S., Girisham and S M Reddy (2010) Extracel- lular enzyme of two anoxygenic phototrophic bacteria isolated from leather industry effluent TheBioChem- istry: An Indian Journal Vol pp 86-88 49 Okamura K., T Kanbe and A Hiraishi (2009) Rhodoplanes serenus sp nov., a purple non-sulfur bacterium isolated from pond water International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology Vol 59 pp 531-535 50 Okubo Y., H Futamata and A Hiraishi (2006) Characterization of 43 Phototrophic Purple Nonsulfur Bacteria Forming Colored Microbial Mats in a Swine Wastewater Ditch Applied and environmental microbiology pp 6271-6276 51 Overmann J, J T Beatty, H R Krause, K J Hall (1999) The sulfur cycle in the chemocline of a meromictic salt lake Limnology and oceanography Vol 41 pp 147-156 52 Overmann J (2006) The symbiosis between nonrelated bacteria in phototrophic consortia Chapter II In: Overmann J (ed) Molecular Basis of Symbiosis Progress in Molecular Subcellular Biology pp 21-37 53 Panakorn S (2012) More on early mortality syndrome in shrimp Aqua Culture Asia Pacific Vol pp 8-10 54 Pfennig N (1978a) General physiology and ecology of photosynthetic bacteria In: Clayton RK and Sistrom WR (eds) The Photosynthetic Bacteria Plenum Press New York pp 3–18 55 Pfennig N (1978) RhodocycZus purpureus gen nov and sp nov., a Ring-Shaped, Vitamin Biz-Requiring Member of the Family Rhodospirillaceae International joljrnal ofsystemattc bacteriology Vol 28 (2) pp 283-288 56 Pfennig N and H G Truper (1994) Characterization and identification of the Anoxygenic Phototrophic Bacteria In: The Prokaryote: a hanbook of on habitats, isolation and identification of bacteria Springer-Verlag, Berlin pp 299-311 57 Prennig N and H G Trueper (1992) Characterization and identification of the Anoxygenic Phototrophic Bacteria The Prokaryote: a handbook of on habitats, isolation and identification of bacteria pp 299-311 58 Quadri S M H and S Hoare (1967) Pyruvate decarboxylase in photosynthetic bacteria Biochem Biophys Acta Vol 148 pp 304-306 59 Quayle J R and D B Keech (1959) Carboxydismutase activity in formate and oxalate-grown Pseudomonas axalaticus (strain OX) 44 Biochim Biophys Acta Vol 31, pp 587-588 60 Ramana V V., P A Kumar, T N R Srinivas, C Sasikala and C V Ramana (2009) Rhodobacteraestuarii sp nov., a phototrophic alphaproteobacterium isolated from an estuarine environment Int J Syst Evol Microbiol Vol 59 pp 1133-113 61 Richardson J D., G F King, D J Kelly, A G McEwan, S J Ferguson and J B Jackson (1988) The role of auxiliary oxidants in maintaining redox balance during phototrophic growth of Rhodobacter capsulatus on propionate or butyrate Archives of Microbiology Vol 150 pp 131-137 62 Resnick S M and M T Madigan (1989) Isolation and characterization of a mildly thermophilic nonsulfur purple bacterium containing bacteriochlorophyll b FEMS Microbiol Lett Vol 65 pp 165170 63 Sasaki K., M Watanabe, M Ishizuka, Y Suda and A Noparatnaraporn (2005) Applications of Photosynthetic bacteria for medical fields Journal of Bioscience and Bioengineering Vol 100 (5) pp 481-488 64 Sasaki K., N Noparatnaraporn And S Nagai (1991) Use of photosynthetic bacteria for the production of SCP and chemicals from agro-industrial wastes In Bio-conversion of waste materials to industrial products, ed Martin AM pp 225-263 65 Sasaki K., T Takana, Y Nishizawa and M Hayashi (1990) Identification of a herbicide 5-aminolevulinic acid by Rhodobacter sphaeroides using the effluent of swine waste from an anaerobic digestor Appl Microbiol Biotechnol Vol 32 pp 731-737 66 Sasikala C and C V Ramana (1995) Biotechnological potentials of anoxygenic phototrophic bacteria I Production of single-cell protein, vitamins, ubiquinones, hormones, and enzymes and use in waste treatment Adv Appl Microbiol Vol 41 pp 173-226 67 Schultz J E and P F Weaver (1982) Fermentation and Anaerobic 45 Respiration by Rhodospirillum rubrum and Rhodopseudomonas capsulata Journalof bacteriology Vol 149 pp.181-190 68 Shapawi R., T E Ting and S Al-azad (2012) Inclusion of purple non-sulfur bacteria biomass in formulated feed to promote growth, feed conversion ratio and survival of asian seabass Lates calcarifer juveniles Journal of Fisheries and Aquatic Science pp 1-6 69 Shinn A P., J Pratoomyot, D Griffiths, T Q Trong, N T Vu, J Jiravanichpaisal and M Briggs (2018) Asian shrimp production and the economic costs of disease Asian Fish Sci., 31S pp 29-58 70 Thomson J E and H S Lillard (2000) Efficacy of hydrogen peroxide as a bactericide J Food Sci Vol 48 pp 125-126 71 Tran L H., P N Hoang and K Fitzsimmons (2018) Research progress on acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND) in Vietnam Asian Fish Sci., 31S pp 270-273 72 Vinod M.G., M M Shivu, K R Umesha, B C Rajeeva, G Krohne, I Karunasagar and I Karunasagar (2006) Isolation of Vibrio harveyi bacteriophage with a potential for biocontrol of luminous vibriosis in hatchery environments Aquaculture Vol 255 pp 117-124 73 Wraight C A (1982) Current researchs on photosynthesis, In Godvindjee (ed), Photosynthesis Academic Press New York, London pp 17- 61 74 Yano Y., K Hamano, M Satomi, I Tsutsui, M Ban and D Aueumneoy (2014) Prevalence and antimicrobial susceptibility of Vibrio species related to food safety isolated from shrimp cultured at inland ponds in Thailand Food Control Vol 38 pp 30-36 46 PHỤ LỤC BẢNG Phụ lục Đường cong sinh trưởng Ngày OD660 (1) OD660 (2) OD660 (3) OD660 0,421 0,391 0,406 0,406±0,021 0,853 0,839 0,846 0,846±0,010 1,895 1,833 1,864 1.864±0,044 2,981 3,037 3,009 3,009±0,040 3,568 3,566 3,567 3,567±0,002 3,501 3,411 3,456 3,456±0,064 3,231 3,195 3,213 3,213±0,026 Phụ lục Ảnh hưởng nồng độ muối đến khả sinh trưởng %NaCl ΔOD660 (1) ΔOD660 (2) ΔOD660 (3) ΔOD660 0,221 0,027 0,124 0,124±0,097 0,5 0,201 0,166 0,1835 0,184±0,050 1,0 0,731 0,831 0,781 0,781±0,024 1,5 2,205 2,157 2,181 2,181±0,042 2,0 2,354 2,270 2,312 2,312±0,015 2,5 2,416 2,446 2,431 2,431±0,038 3,0 2,389 2,313 2,351 2,351±0,032 3,5 2,121 2,057 2,089 2,089±0,046 4,0 1,717 1,625 1,671 1,671±0,003 5,0 1,234 1,228 1,231 1,231±0,030 6,0 0,921 0,861 0,891 0,891±0,097 47 Phụ lục Ảnh hưởng pH đến khả sinh trưởng pH ΔOD660 (1) ΔOD660 (2) ΔOD660 (3) ΔOD660 4,0 0,071 0,081 0,076 0,076±0,005 4,5 0,200 0,240 0,220 0,220±0,020 5,0 0,598 0,626 0,612 0,612±0,014 5,5 0,842 0,940 0,891 0,891±0,049 6,0 1,900 1,862 1,881 1,881±0,019 6,5 2,241 2,221 2,231 2,231±0,01 7,0 2,299 2,325 2,312 2,312±0,013 7,5 2,301 2,255 2,278 2,278±0,023 8,0 2,199 2,179 2,189 2,189±0,010 8,5 1,655 1,687 1,671 1,671±0,016 9,0 1,000 1,359 1,329 1,329±0,030 9,5 0,771 0,791 0,781 0,781±0,010 10,0 0,300 0,382 0,341 0,341±0,041 Phụ lục Ảnh hưởng nồng độ Sulfide đến khả sinh trưởng Nồng độ Na2S (mM) 0,4 0,8 1,2 1,6 2,0 2,4 2,8 3,2 3,6 4,0 4,4 4,8 5,2 ΔOD660 (1) 2,691 2,378 2,156 2,001 1,661 1,055 0,912 0,753 0,691 0,478 0,38 0,351 0,322 0,231 ΔOD660 (2) 2,651 2,446 2,068 1,941 1,721 1,107 0,870 0,809 0,573 0,440 0,444 0,273 0,282 0,163 ΔOD660 (3) 2,671 2,412 2,112 1,971 1,691 1,081 0,891 0,781 0,632 0,459 0,412 0,312 0,302 0,197 ΔOD660 2,671±0,020 2,412±0,034 2,112±0,044 1,971±0,030 1,691±0,003 1,081±0,026 0,891±0,021 0,781±0,028 0,632±0,059 0,459±0,019 0,412±0,032 0,312±0,039 0,302±0,020 0,197±0,034 48 PHỤ LỤC HÌNH Phụ lục Ảnh hưởng nồng độ muối đến khả sinh trưởng Phụ lục Ảnh hưởng pH đến khả sinh trưởng Phụ lục Ảnh hưởng nồng độ Sulfide đến khả sinh trưởng 49