Nghiên cứu đặc điểm cấu trúc phù hợp với chức năng của các gene đáp ứng với xử lý auxin liên quan đến cơ chế chống chịu nóng và hạn ở cà chua (solanum lycopersicum)

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI : “NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM CẤU TRÚC PHÙ HỢP VỚI CHỨC NĂNG CỦA CÁC GENE ĐÁP ỨNG VỚI XỬ LÝ AUXIN LIÊN QUAN ĐẾN CƠ CHẾ CHỐNG CHỊU NÓNG VÀ HẠN Ở CÀ CHUA (Solanum lycopersicum)” Tên sinh viên : Cao Việt Bách Ngành : Công nghệ sinh học Giảng viên hướng dẫn : ThS Tống Văn Hải TS Chu Đức Hà Hà Nội, năm 2021 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan trực tiếp thực nghiên cứu khóa luận Mọi kết thu nguyên bản, không chỉnh sửa chép từ nghiên cứu khác Các số liệu, kết khóa luận chưa cơng bố Tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm với lời cam đoan trên! Hà nội, ngày 10 tháng năm 2021 Sinh viên thực Cao Việt Bách i LỜI CẢM ƠN Để hồn thành khóa luận tốt nghiệp em xin bày tỏ biết ơn vô sâu sắc tới thầy ThS Tống Văn Hải - Bộ môn Sinh học phân tử CNSH ứng dụng, Khoa Công nghệ sinh học, Học viện Nông Nghiệp Việt Nam thầy TS Chu Đức Hà - Khoa Công nghệ Nông nghiệp, Đại học Công nghệ, Đại học Quốc gia Hà Nội hướng dẫn tận tình, chu đáo bên cạnh kiến thức xã hội bổ ích khác Bên cạnh đó, em xin chân cảm ơn giúp đỡ quý báu, nhiệt tình tập thể cán thuộc môn Sinh học phân tử - Viện Di truyền Nông nghiệp, nơi em tiến hành khóa luận tốt nghiệp Đồng thời, khóa luận hỗ trợ kinh phí từ Đề tài trọng điểm Học viện Nông nghiệp Việt Nam, mã số T2018-12-06 TĐ Cuối cùng, em xin cảm ơn giúp đỡ thầy cô Bộ môn Sinh học phân tử CNSH ứng dụng - Khoa Công nghệ sinh - Học viện Nông Nghiệp Việt Nam Hà nội, ngày 10 tháng năm 2021 Sinh viên thực Cao Việt Bách ii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC VIẾT TẮT v DANH MỤC BẢNG vii DANH MỤC HÌNH viii TÓM TẮT x Phần I: MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục đích yêu cầu đề tài 1.2.1 Mục đích đề tài 1.2.2.Yêu cầu đề tài Phần II: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Giới thiệu chung cà chua 2.1.1.Tên khoa học, phân loại động vật nguồn gốc xuất xứ cà chua 2.1.2.Đặc điểm chung cà chua 2.1.3.Đặc điểm di truyền cà chua 2.1.4.Tình hình sản xuất cà chua giới Việt Nam 2.1.5.Vai trò cà chua 2.2.Một vài nét auxin vai trò auxin thực vật bị ảnh hưởng điều kiện bất lợi 11 2.2.1.Một vài nét auxin 11 2.2.2.Vai trò Auxin thực vật bị ảnh hưởng điều kiện bất lợi 12 2.3.Tình hình nghiên cứu giới Việt Nam 13 2.3.1.Tình hình nghiên cứu giới 13 2.3.2.Tình hình nghiên cứu Việt Nam 15 Phần III: PHẠM VI, NỘI DUNG, VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 17 iii 3.1 Phạm vi nghiên cứu 17 3.2 Nội dung nghiên cứu 17 3.3 Vật liệu phương pháp nghiên cứu 17 3.3.1 Vật liệu nghiên cứu 17 3.3.2 Phương pháp nghiên cứu 18 Phần IV: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 24 4.1 Kết khai thác xử lí liệu biểu gene đáp ứng với xử lý auxin liên quan tới hạn nóng 24 4.2 Kết dự đốn vị trí phân bố nội bào protein đáp ứng xử lý auxin liên quan tới hạn hán nóng 32 4.3 Kết xác định đặc tính lý hóa protein đáp ứng xử lý auxin liên quan tới hạn hán nóng 33 4.4 Kết phân loại chức gene đáp ứng xử lý auxin liên quan tới hạn hán nóng 34 4.5 Kết phân tích vùng promoter gene đáp ứng xử lý auxin liên quan tới hạn hán nóng 37 Phần V: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 42 5.1 Kết luận 42 5.2 Kiến nghị 42  iv DANH MỤC VIẾT TẮT STT Chữ viết tắt Giải thích tiếng anh ABA ABRE ARFs Acid abscisic ABA-responsive elements Auxin response factors bZIP The basic leucine zipper CDS Coding DNA sequence cTP Chloroplast transit peptide DNA DRE Deoxyribonucleic acid Dehydration-responsive element Food and Agriculture Organization Corporate Statistical Database Giải thích tiếng việt Một loại hormone thực vật Yếu tố đáp ứng ABA Các yếu tố đáp ứng auxin Các nhân tố phiên mã dây kéo leucine Trình tự ADN mã hóa Peptid chuyển vị lục lạp Acid deoxyribonucleic Yếu tố đáp ứng nước Ngân hàng liệu trực tuyến Tổ chức Lương thực Nông nghiệp Liên Hiệp Quốc FAOSTAT 10 GARE 11 gDNA 12 GEO NCBI 13 GRAVY 14 Hsp Gibberellin responsive elements Genomic DNA Gene Expression Omnibus National Center for Biotechnology Information Grand average of hydropathicity Heat shock protein 15 IAA Indole-3-acetic acid 16 II Instability index Protein sốc nhiệt Một loại hormone thực vật phổ biến lớp auxin Độ bất ổn định 17 L Length Chiều dài (aa) Methyl jasmonate Một methyl este acid jasmonic (JA) chất điều hòa sinh trưởng thực 18 MeJA v Yếu tố đáp ứng gibberellin Trung tâm Thông tin Công nghệ Sinh học Quốc gia biểu gene Độ ưa nước trung bình vật Mitochondrial targeting peptide Molecular weight Chromosome Theoretical pI Receptor-like protein kinase Ribonucleic acid Ribonucleic acid Sequencing 19 mTP 20 21 22 23 24 mW NST pI RLK RNA 25 RNA-Seq 26 ROS Reactive oxygene species 27 SP Secretory pathway signal peptide vi Peptid chuyển vị ty thể Trọng lượng phân tử (kDa) Nhiễm sắc thể Điểm đẳng điện Các kinase giống thụ thể Acid ribơnucleic Giải trình tự hệ phiên mã Các loại oxy nguyên tử hoạt động Peptid tín hiệu đường bao gói DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 Thành phần dinh dưỡng 100 gram hạt cà chua chín cà chua xanh (Theo phân tích Bộ Nơng nghiệp Hoa Kỳ USDA) Bảng 2.2 Thành phần vitamin 100 gram hạt cà chua chín cà chua xanh (Theo phân tích Bộ Nơng nghiệp Hoa Kỳ -USDA) Bảng 2.3 Thành phần amino acid lipid có 100 gram hạt cà chua chín cà chua xanh (Theo phân tích Bộ Nơng nghiệp Hoa Kỳ - USDA) 10 Bảng 4.1 Kết liên quan tới biểu điều kiện căng thẳng nóng, hạn hán điều kiện xử lí auxin 24 Bảng 4.2 Kết dự đốn vị trí phân bố nội bào protein đáp ứng xử lý auxin liên quan tới hạn hán nóng 32 Bảng 4.3 Kết xác định đặc tính lý hóa protein đáp ứng xử lý auxin liên quan tới hạn hán nóng 34 Bảng 4.4 Kết phân loại chức gene đáp ứng xử lý auxin liên quan tới hạn hán nóng 35  vii DANH MỤC HÌNH Hình 2.1 Cây cà chua (Nguồn: plants.ces.ncsu.edu) Hình 2.2 Tình hình sản xuất cà chua giới (Nguồn FAOSTAT) Hình 2.3 Một số chức auxin phát triển thực vật 12 Hình 3.1 Phương pháp khai thác liệu biểu gene đáp ứng với xử lý auxin liên quan tới hạn nóng 18 Hình 3.2 Phương pháp xử lí liệu biểu liên quan đến nóng cà chua 19 Hình 3.3 Phương pháp xử lí liệu biểu liên quan đến hạn hán cà chua 19 Hình 3.4.Phương pháp xử lí liệu biểu liên quan đến đáp ứng auxin cà chua 20 Hình 3.5 Phương pháp kết hợp xử lý số liệu biểu liên quan đến nóng hạn hán đáp ứng xử lý auxin cà chua 20 Hình 3.6 Phương pháp dự đốn vị trí phân bố nội bào protein đáp ứng xử lý auxin liên quan tới hạn hán nóng 21 Hình 3.7 Phương pháp xác định đặc tính lý hóa protein đáp ứng xử lý auxin liên quan tới hạn hán nóng 22 Hình 3.8 Phương pháp phân loại chức gene đáp ứng xử lý auxin liên quan tới hạn hán nóng 22 Hình 3.9 Phương pháp phân tích vùng promoter gene đáp ứng xử lý auxin liên quan tới hạn hán nóng 23 Hình 4.1 Kết xử lí liệu biểu gene liên quan tới điều kiện nóng 26 Hình 4.2 Kết xử lí liệu biểu gene liên quan tới điều kiện hạn hán 28 Hình 4.3 Kết xử lí liệu biểu gene liên quan tới đáp ứng xử lý auxin 30 viii Hình 4.4 Kết kết hợp xử lý liệu biểu đáp ứng xử lý auxin liên quan tới nóng hạn cà chua 31 Hình 4.5 Các yếu tố ánh sáng vùng promoter gene đáp ứng xử lý auxin liên quan tới hạn hán nóng 38 Hình 4.6 Các yếu tố đáp ứng với chịu hạn hán nóng vùng promoter gene đáp ứng xử lý auxin liên quan tới hạn hán nóng 40 ix Vị trí liên kết MYB liên quan đến khả chống hạn (MBS) tìm thấy hai gene, gene Solyc01g091260 Solyc04g082050 Yếu tố liên quan đến phản ứng phòng vệ thực vật trước căng thẳng (TC-rich repeats) có ba gene, bao gồm: Solyc01g109880, Solyc04g014600, Solyc06g060910, gene yếu tố Gene Solyc01g091260 có chứa nhiều yếu tố đáp ứng hormone gồm 5/6 yếu tố Hộp TATA hộp CAAT tìm thấy nhiều vùng promoter (Zhao et al., 2009; Li et al., 2019; Chang et al., 2019; Arefin et al., 2021), 10 gene chứa hộp TATA hộp CAAT, tỷ lệ trung bình 18,2 yếu tố 10,8 yếu tố Đây hai hộp quan trọng promoter, nguyên nhân hộp TATA chuỗi DNA cho biết nơi đọc giải mã trình tự di truyền, định cho phân tử khác nơi bắt đầu phiên mã, hộp CAAT giúp báo hiệu vị trí liên kết cho nhân tố phiên mã RNA Nhiều nghiên cứu khác xác định vùng promoter có yếu tố đáp ứng hormone và yếu tố liên quan đến khả đáp ứng căng thẳng Chẳng hạn tìm thấy số yếu tố đáp ứng MeJA promoter gene SpPKE1, gene biểu giúp tăng cường khả chống chịu với căng thẳng mặn cà chua (Li et al., 2019) Ngồi yếu tố đáp ứng gibberellin tìm thấy vùng promoter họ gene SUT cà cà chua (Arefin et al., 2021) yếu tố đáp ứng ABA tìm thấy vùng promoter gene AtABI5 Arabidopsis thaliana giúp kích hoạt gene ABI5 để tăng cường khả chống chịu với căng thẳng mặn (Chang et al., 2019) Sự có mặt yếu tố điều hòa cis vùng promoter gene, liên quan đến khả nhận biết thay đổi từ mơi trường thơng qua tín hiệu hormone thực vật, từ kích hoạt số gene liên quan giúp thực vật thích nghi với điều kiện căng thẳng phi sinh học 41 Phần V: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 5.1 Kết luận - Xác định 10 gene biểu đồng thời với điều kiện: điều kiện xử lý auxin, điều kiện hạn hán, điều kiện nóng - Phân tích đặc tính lý hóa cho thấy protein có kích thước đạt đạt từ 152 (Solyc01g091260) đến 972 amino acid (Solyc01g095320) trọng lượng phân tử phân tử biến thiên từ 16,92 đến 108,58 kDa, pI đạt từ 4,82 đến 8,45, giá trị trung bình đạt khoảng 6,418, tám phân tử có tính ưa nước hai phân tử lại kỵ nước Giá trị điểm đẳng điện phân tử dao động từ khoảng acid đến khoảng base Có năm protein có độ bất ổn định lớn 40 Cịn lại năm protein có độ bất ổn định nhỏ 40 - Dự đốn vị trí phân bố nội bào cho thấy, protein phân bố ở vị trí khác nhau, với hệ số trải dài từ 0,013 đến 0,917 Nghiên cứu xác định Solyc01g095320 Solyc01g109880 có xu hướng phân bố ty thể lục lạp Vị trí phân bố nội bào bào quan ty thể, lục lạp, bào quan liên quan đến trình vận chuyển tế bào hay vị trí khác có độ tin cậy xác tương đối - Phân tích chức gene, cho thấy có năm gene, bao gồm Solyc01g095320, Solyc01g109880, Solyc04g011440, Solyc10g008400, Solyc09g007270 có liên quan đến đáp ứng bất lợi thực vật - Phân tích vùng promoter tìm thấy tìm thấy yếu tố gồm: yếu tố đáp ứng ABA, yếu tố đáp ứng auxin, yếu tố đáp ứng gibberellin, yếu tố đáp ứng MeJA, yếu tố đáp ứng nước, yếu tố liên quan đến phản ứng phòng vệ thực vật trước căng thẳng 5.2 Kiến nghị Nghiên cứu tiếp tục nhằm tìm hiểu chế tương tác yếu tố điều hòa cis chế điều hòa gene để làm rõ khả thích nghi mơi trường cà chua trước điều kiện bất lợi mơi trường 42 DANH MỤC CƠNG TRÌNH ĐÃ CƠNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN KHĨA LUẬN Tống Văn Hải, Nguyễn Quốc Trung, Cao Việt Bách, Lê Thị Ngọc Quỳnh, La Việt Hồng, Phạm Phương Thu, Hà Thị Quyến, Lê Thị Hiên, Phạm Minh Triển, Lê Huy Hàm, Chu Đức Hà Phân tích đặc điểm gene cảm ứng tín hiệu auxin đáp ứng mạnh với điều kiện hạn nóng cà chua (Solanum lycopersicum) Kỷ yếu Hội nghị Cơng nghệ Sinh học tồn quốc năm 2021 (Chấp nhận đăng) 43 44 45 46 47 48 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt [1] Tạ Thu Cúc (2003) Kỹ thuật trồng cà chua NXB Nông Nghiệp, Hà Nội [2] Tổng cục thống kê năm 2013 [3] Đoàn, T B T., Nguyễn, X T., Lê, T A., Lê, C T., Nguyễn, T T H., Lê, C L., Nông, V H., & Bùi, M C (2019) Đánh giá khả chịu hạn số tiêu sinh hóa dịng ngơ chuyển gene ZmDREB2A điều kiện hạn nhân tạo giai đoạn Tạp chí khoa học công nghệ Việt Nam,61(5) [4] Phạm Thị Thanh Nhàn, Phạm Minh Hảo, Nguyễn Thị Ngọc Lan, Chu Hoàng Mậu (2018) Nghiên cứu chuyển gene GmDREB2 vào giống đậu tương ĐT12 Tạp chí khoa học cơng nghệ đại học Thái Nguyên, T 180, S 04 (2018) [5] Nguyễn Thị Ngọc Lan, Phutthakone Vaciaxa, Nguyễn Thành Chung, Nguyễn Hữu Quân, Phạm Thị Thanh Nhàn, Vũ Thị Thu Thủy, Chu Hoàng Mậu*, & Phutthakone Vaciaxa (2021) Đặc điểm phát sinh phân họ gene DREB đậu tương [Glycine max (L.) Meril] Bản B Tạp Chí Khoa học Và Công nghệ Việt Nam, 63(2) [6] Nguyễn Văn Đính, La Việt Hồng (2015) Đánh giá khả chịu hạn cà chua thông qua số tiêu sinh lý hàm lượng prolin Tạp chí Khoa học Phát triển 2015, tập 13, số 2: 158-165 [7] Trương Thị Hồng Hải, Nguyễn Đình Thành, Trần Thị Thanh (2017) Đánh giá khả sinh trưởng, phát triển cho suất số giống cà chua nhập nội triển vọng vụ đông – xuân 2015–2016 thừa thiên Huế Tạp chí Khoa học–Đại học Huế ISSN 2588–1191 Tập 126, Số 3C, 2017, Tr 55–67 [8] Ngụy Minh Tuấn, Trần Thanh Thắng, Trần Thanh Hương (2021) Tìm hiểu ảnh hưởng stress hạn lên phát triển chồi cà chua (Solanum lycopersicum L.) Tạp chí Phát triển Khoa học Công nghệ – Khoa học Tự nhiên, 5(2):1208-1215 Tài liệu tiếng Anh [1] Agarwal, P., & Khurana, P (2020) TaZnF, a C3HC4 type RING zinc finger protein from Triticum aestivum is involved in dehydration and salinity stress Journal of plant biochemistry and biotechnology (Agarwal & Khurana, 2020), 29, 395-406 [2] D M Spooner, G J Anderson, R K Jansen (1993) In: Amer J Bot., 80(6): 683 [3] M Ponomarenko, I Stepanenko, N Kolchanov (2013) Heat Shock Proteins, Editor(s): Stanley Maloy, Kelly Hughes, Brenner's Encyclopedia of Genetics (Second Edition), Academic Press, Pages 402-405, 49 [4] Nicola, S., Tibaldi, G and Fontana, E (2009) TOMATO PRODUCTION SYSTEMS AND THEIR APPLICATION TO THE TROPICS Acta Hortic 821, 27-34 [5] Chang, H C., Tsai, M C., Wu, S S., & Chang, I F (2019) Regulation of ABI5 expression by ABF3 during salt stress responses in Arabidopsis thaliana Botanical studies, 60(1), 16 [6] Wang Q, Hu T, Zhan X (2019) Transcription profiles of tomato (Solanum lycopersicum) seedlings response to drought and heat stress [7] Tomato Geneome Consortium (2012) The tomato geneome sequence provides insights into fleshy fruit evolution Nature, 485(7400), 635–641 [8] Chaudhary, P., Sharma, A., Singh, B., & Nagpal, A K (2018).Bioactivities of phytochemicals present in tomato Journal of food science and technology, 55(8), 2833–2849 [9] Martí, R., Roselló, S., & Cebolla-Cornejo, J (2016) Tomato as a Source of Carotenoids and Polyphenols Targeted to Cancer Prevention Cancers, 8(6), 58 [10] Hall, T.A (1999) BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis Program for Windows 95/98/NT Nucleic Acids Symposium Series, 41, 95-98 [11] Liu, J., Pang, X., Cheng, Y (2018) The Hsp70 Gene Family in Solanum tuberosum: Genome-Wide Identification, Phylogeny, and Expression Patterns Sci Rep 8, 16628 [12] Iven, T., Strathmann, A., Böttner, S., Zwafink, T., Heinekamp, T., Guivarc'h, A., Roitsch, T., & Dröge-Laser, W (2010) Homo- and heterodimers of tobacco bZIP proteins counteract as positive or negative regulators of transcription during pollen development The Plant journal: for cell and molecular biology, 63(1), 155–166 [13] Rafi, M M., Yadav, P N., & Reyes, M (2007) Lycopene inhibits LPSinduced proinflammatory mediator inducible nitric oxide synthase in mouse macrophage cells Journal of food science, 72(1), S069–S74 [14] S Gotz, JM Garcia-Gomez, J Terol, TD Williams, SH Nagaraj, MJ Nueda (2008) "High-throughput functional annotation and data mining with the Blast2GO suite," Nucleic Acids Res, vol 36, pp 3420-3435 [15] Arefin, S., Bhuiyan, M F H., Akther, J., Prodhan, S H., & Hoque, H (2021) The dynamics of cis-regulatory elements in promoter regions of tomato sucrose transporter genes International Journal of Vegetable Science, 27(2), 167-186 [16] Sotirios F, S., Simm, S., Paul, P., Bublak, D., Scharf, K D., & Schleiff, E (2015) Chaperone network composition in Solanum lycopersicum explored by transcriptome profiling and microarray meta-analysis Plant, cell & 50 environment, 38(4), 693–709 [17] Friedman M (2013) Anticarcinogeneic, cardioprotective, and other health benefits of tomato compounds lycopene, α-tomatine, and tomatidine in pure form and in fresh and processed tomatoes Journal of agricultural and food chemistry, 61(40), 9534–9550 [18] Andrade, M A., O'Donoghue, S I., & Rost, B (1998) Adaptation of protein surfaces to subcellular location Journal of molecular biology, 276(2), 517–525 [19] Thimm O., Blasing O., Gibon Y., Nagel A., Meyer S., Kruger P., Selbig J., Muller L A., Rhee S Y., Stitt M., (2004) MAPMAN: a user-driven tool to display geneomics data sets onto diagrams of metabolic pathways and other biological processes The PlantJournal, 37(6): 914-939 [20] Aghaie, P., & Tafreshi, S (2020) Central role of 70-kDa heat shock protein in adaptation of plants to drought stress Cell stress & chaperones, 25(6), 1071– 1081 [21] Zhao, L., Lu, L., Zhang, L., Wang, A., Wang, N., Liang, Z., Lu, X., & Tang, K (2009) Molecular evolution of the E8 promoter in tomato and some of its relative wild species Journal of biosciences, 34(1), 71–83 [22] Alsamir, M., Mahmood, T., Trethowan, R., & Ahmad, N (2021) An overview of heat stress in tomato (Solanum lycopersicum L) Saudi journal of biological sciences, 28(3), 1654–1663 [23] Frank, G., Pressman, E., Ophir, R., Althan, L., Shaked, R., Freedman, M., Shen, S., & Firon, N (2009) Transcriptional profiling of maturing tomato (Solanum lycopersicum L.) microspores reveals the involvement of heat shock proteins, ROS scavengers, hormones, and sugars in the heat stress response Journal of experimental botany, 60(13), 3891–3908 [24] Gutiérrez-Beltrán, E., Personat, J M., de la Torre, F., & Del Pozo, O (2017) A Universal Stress Protein Involved in Oxidative Stress Is a Phosphorylation Target for Protein Kinase CIPK6 Plant physiology, 173(1), 836–852 [25] Yang, L., Miao, M., Lyu, H., Cao, X., Li, J., Li, Y., Li, Z., & Chang, W (2019) Geneome-Wide Identification, Evolution, and Expression Analysis of RING Finger Gene Family in Solanum lycopersicum International journal of molecular sciences, 20(19), 4864 [26] Krishna, R., Karkute, S G., Ansari, W A., Jaiswal, D K., Verma, J P., & Singh, M (2019) Transgeneic tomatoes for abiotic stress tolerance: status and way ahead Biotech, 9(4), 143 [27] Choudhury, F.K., Rivero, R.M., Blumwald, E and Mittler, R (2017), Reactive oxygene species, abiotic stress and stress combination Plant J, 90: 51 856-867 [28] Wu, Q., Lin, J., Liu, J Z., Wang, X., Lim, W., Oh, M., Park, J., Rajashekar, C B., Whitham, S A., Cheng, N H., Hirschi, K D., & Park, S (2012) Ectopic expression of Arabidopsis glutaredoxin AtGRXS17 enhances thermotolerance in tomato Plant biotechnology journal, 10(8), 945–955 [29] Issa, A., Esmaeel, Q., Sanchez, L., Courteaux, B., Guise, J F., Gibon, Y., Ballias, P., Clément, C., Jacquard, C., Vaillant-Gaveau, N., & Aït Barka, E (2018) Impacts of Paraburkholderia phytofirmans Strain PsJN on Tomato (Lycopersicon esculentum L.) Under High Temperature Frontiers in plant science, 9, 1397 [30] Zhou, R., Yu, X., Zhao, T (2019) Physiological analysis and transcriptome sequencing reveal the effects of combined cold and drought on tomato leaf BMC Plant Biol 19, 377 [31]Xu, T., Wen, M., Nagawa, S., Fu, Y., Chen, J G., Wu, M J., PerrotRechenmann, C., Friml, J., Jones, A M., & Yang, Z (2010) Cell surface- and rho GTPase-based auxin signaling controls cellular interdigitation in Arabidopsis Cell, 143(1), 99–110 [32] Wang, S., Bai, Y., Shen, C., Wu, Y., Zhang, S., Jiang, D., Guilfoyle, T J., Chen, M., & Qi, Y (2010) Auxin-related gene families in abiotic stress response in Sorghum bicolor Functional & integrative geneomics, 10(4), 533– 546 [33] Luo, J., Zhou, J J., & Zhang, J Z (2018) Aux/IAA Gene Family in Plants: Molecular Structure, Regulation, and Function International journal of molecular sciences, 19(1), 259 [34] Tognetti, V B., Mühlenbock, P., & Van Breusegem, F (2012) Stress homeostasis - the redox and auxin perspective Plant, cell & environment, 35(2), 321–333 [35] Zouine, M., Fu, Y., Chateigner-Boutin, A L., Mila, I., Frasse, P., Wang, H., Audran, C., Roustan, J P., & Bouzayen, M (2014) Characterization of the tomato ARF gene family uncovers a multi-levels post-transcriptional regulation including alternative splicing PloS one, 9(1), e84203 [36] Liu, J., & Shono, M (1999) Characterization of mitochondria-located small heat shock protein from tomato (Lycopersicon esculentum) Plant & cell physiology, 40(12), 1297–1304 [37] Bouzroud, S., Gouiaa, S., Hu, N., Bernadac, A., Mila, I., Bendaou, N., Smouni, A., Bouzayen, M., & Zouine, M (2018) Auxin Response Factors (ARFs) are potential mediators of auxin action in tomato response to biotic and abiotic stress (Solanum lycopersicum) PloS one, 13(2), e0193517 [38] Zhang, S W., Li, C H., Cao, J., Zhang, Y C., Zhang, S Q., Xia, Y F., 52 Sun, D Y., & Sun, Y (2009) Altered architecture and enhanced drought tolerance in rice via the down-regulation of indole-3-acetic acid by TLD1/OsGH3.13 activation Plant physiology, 151(4), 1889–1901 [39] Liao, D., Chen, X., Chen, A., Wang, H., Liu, J., Liu, J., Gu, M., Sun, S., & Xu, G (2015) The characterization of six auxin-induced tomato GH3 genes uncovers a member, SlGH3.4, strongly responsive to arbuscular mycorrhizal symbiosis Plant & cell physiology, 56(4), 674–687 [40] Tung, S A., Smeeton, R., White, C A., Black, C R., Taylor, I B., Hilton, H W., & Thompson, A J (2008) Over-expression of LeNCED1 in tomato (Solanum lycopersicum L.) with the rbcS3C promoter allows recovery of lines that accumulate very high levels of abscisic acid and exhibit severe phenotypes Plant, cell & environment, 31(7), 968–981 [41] Cheng L, Zou Y, Ding S (2009) Polyamine accumulation in transgeneic tomato enhances the tolerance to high temperature stress J Integr Plant Biol 51:489–499 [42] Chen S, Liu A, Zhang S, (2013) Overexpression of mitochondrial uncoupling protein conferred resistance to heat stress and Botrytis cinerea infection in tomato Plant Physiol Biochem 73:245–253 [43] Nir I, Moshelion M, Weiss D (2014) The Arabidopsis gibberellin methyl transferase suppresses gibberellin activity, reduces whole-plant transpiration and promotes drought tolerance in transgeneic tomato Plant Cell Environ 37:113–123 [44] Wang G, Kong F, Zhang S (2015) A tomato chloroplast-targeted DnaJ protein protects Rubisco activity under heat stress J Exp Bot 66:3027–3040 [45] Lim MY, Jeong BR, Jung M, Harn CH (2016) Transgeneic tomato plants expressing strawberry d-galacturonic acid reductase gene display enhanced tolerance to abiotic stresses Plant Biotechnol Rep.;10:105–116 [46] Lescot, M., Déhais, P., Thijs, G., Marchal, K., Moreau, Y., Van de Peer, Y., Rouzé, P., & Rombauts, S (2002) PlantCARE, a database of plant cis-acting regulatory elements and a portal to tools for in silico analysis of promoter sequences Nucleic acids research, 30(1), 325–327 [47] Gasteiger E., Hoogland C., Gattiker A., Duvaud S., Wilkins M.R., Appel R.D., Bairoch A (2005) Protein Identification and Analysis Tools on the ExPASy Server; (In) John M Walker (ed): The Proteomics Protocols Handbook, Humana Press pp 571-607 [48] Li, J., Chen, C., Wei, J., Pan, Y., Su, C., & Zhang, X (2019) SpPKE1, a Multiple Stress-Responsive Gene Confers Salt Tolerance in Tomato and Tobacco International Journal of Molecular Sciences, 20(10), 2478 MDPI AG [49] Petrillo, E., Godoy Herz, M A., Barta, A., Kalyna, M., & Kornblihtt, A R 53 (2014) Let there be light: regulation of gene expression in plants RNA biology, 11(10), 1215–1220 [50] Neta-Sharir, I., Isaacson, T., Lurie, S., & Weiss, D (2005) Dual role for tomato heat shock protein 21: protecting photosystem II from oxidative stress and promoting color changes during fruit maturation The Plant cell, 17(6), 1829–1838 [51] Yoshida, T., Fujita, Y., Maruyama, K., Mogami, J., Todaka, D., Shinozaki, K., et al (2015) Four Arabidopsis AREB/ABF transcription factors function predominantly in gene expression downstream of SnRK2 kinases in abscisic acid signalling in response to osmotic stress Plant Cell Environ 38, 35–49 [52] Szechyńska-Hebda, M., & Karpiński, S (2013) Light intensity-dependent retrograde signalling in higher plants Journal of plant physiology, 170(17), 1501–1516 [53] Takei, H., Shirasawa, K., Kuwabara, K., Toyoda, A., Matsuzawa, Y., Iioka, S., & Ariizumi, T (2021) De novo genome assembly of two tomato ancestors, Solanum pimpinellifolium and Solanum lycopersicum var cerasiforme, by longread sequencing DNA Research, 28(1) [54] Barrett, T., Wilhite, S E., Ledoux, P., Evangelista, C., Kim, I F., Tomashevsky, M., Marshall, K A., Phillippy, K H., Sherman, P M., Holko, M., Yefanov, A., Lee, H., Zhang, N., Robertson, C L., Serova, N., Davis, S., & Soboleva, A (2013) NCBI GEO: archive for functional genomics data sets-update Nucleic acids research, 41(Database issue), D991–D995 [55] Almagro Armenteros, J J., Salvatore, M., Emanuelsson, O., Winther, O., von Heijne, G., Elofsson, A., & Nielsen, H (2019) Detecting sequence signals in targeting peptides using deep learning Life science alliance, 2(5), e201900429 [56] Zhou, R., Kong, L., Wu, Z., Rosenqvist, E., Wang, Y., Zhao, L., Zhao, T., & Ottosen, C O (2019) Physiological response of tomatoes at drought, heat and their combination followed by recovery Physiologia plantarum, 165(2), 144–154 [58] Ludwig-Müller J (2011) Auxin conjugates: their role for plant development and in the evolution of land plants Journal of experimental botany, 62(6), 1757–1773 [59] Brumos, J., Robles, L M., Yun, J., Vu, T C., Jackson, S., Alonso, J M., & Stepanova, A N (2018) Local Auxin Biosynthesis Is a Key Regulator of Plant Development Developmental cell, 47(3), 306–318.e5 [60] Mistry, J., Chuguransky, S., Williams, L., Qureshi, M., Salazar, G A., Sonnhammer, E., Tosatto, S., Paladin, L., Raj, S., Richardson, L J., Finn, R D., & Bateman, A (2021) Pfam: The protein families database in 2021 Nucleic 54 acids research, 49(D1), D412–D419 [61] Goodstein, D M., Shu, S., Howson, R., Neupane, R., Hayes, R D., Fazo, J., Mitros, T., Dirks, W., Hellsten, U., Putnam, N., & Rokhsar, D S (2012) Phytozome: a comparative platform for green plant geneomics Nucleic acids research, 40(Database issue), D1178–D1186 [62] Agarwal, P., & Khurana, P (2018) Characterization of a novel zinc finger transcription factor (TaZnF) from wheat conferring heat stress tolerance in Arabidopsis Cell stress & chaperones, 23(2), 253–267 [63] Yáñez, M., Cáceres, S., Orellana, S., Bastías, A., Verdugo, I., Ruiz-Lara, S., & Casaretto, J A (2009) An abiotic stress-responsive bZIP transcription factor from wild and cultivated tomatoes regulates stress-related genes Plant cell reports, 28(10), 1497–1507 [64] Tkaczuk, K L., A Shumilin, I., Chruszcz, M., Evdokimova, E., Savchenko, A., & Minor, W (2013) Structural and functional insight into the universal stress protein family Evolutionary applications, 6(3), 434–449 [65] Schwartz, R., Ting, C S., & King, J (2001) Whole proteome pI values correlate with subcellular localizations of proteins for organisms within the three domains of life Genome research, 11(5), 703–709 [66] Barbosa Batista, T., Javier Fernandez, G., Alexandre da Silva, T., Maia, J., & Amaral da Silva, E A (2020) Transcriptome analysis in osmo-primed tomato seeds with enhanced longevity by heat shock treatment AoB PLANTS, 12(5), plaa041 [67] Zhang, Z., Cao, B., Li, N., Chen, Z., & Xu, K (2019) Comparative transcriptome analysis of the regulation of ABA signaling genes in different rootstock grafted tomato seedlings under drought stress Environmental and Experimental Botany, 166, 103814 [68] Zhan, Y., Qu, Y., Zhu, L., Shen, C., Feng, X., & Yu, C (2018) Transcriptome analysis of tomato (Solanum lycopersicum L.) shoots reveals a crosstalk between auxin and strigolactone PloS one, 13(7), e0201124 Tài liệu Internet [1] USDA (2018) United States Department of Agriculture, Agricultural Research Service, National Nutrient Database for Standard https://fdc.nal.usda.gov/fdcapp.html#/food-details/170457/nutrients Truy cập ngày 5/5/2021 55