Đặc tính sinh học và các yếu tố ảnh hưởng đến quá trình sản xuất chế phẩm thực khuẩn thể pvn09 ly giải vi khuẩn

ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP.HCM TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA LÊ THỊ MỸ DUYÊN ĐẶC TÍNH SINH HỌC VÀ CÁC YẾU TỐ ẢNH HƯỞNG ĐẾN QUÁ TRÌNH SẢN XUẤT CHẾ PHẨM THỰC KHUẨN THỂ PVN09 LY GIẢI VI KHUẨN Edwardsiella ictaluri Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học Mã số: 84202001 LUẬN VĂN THẠC SĨ TP HỒ CHÍ MINH, tháng 09 năm 2022 CƠNG TRÌNH ĐƯỢC HỒN THÀNH TẠI TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA – ĐHQG-HCM Cán hướng dẫn khoa học: PGS.TS Lê Phi Nga Cán chấm nhận xét 1: TS Nguyễn Thị Lệ Thủy Cán chấm nhận xét 2: PGS.TS Hoàng Anh Hoàng Luận văn thạc sĩ bảo vệ Trường Đại học Bách Khoa, ĐHQG Tp HCM ngày 15 tháng 09 năm 2022 Thành phần Hội đồng đánh giá luận văn thạc sĩ gồm: Chủ tịch: PGS.TS Nguyễn Tiến Thắng Phản biện 1: TS Nguyễn Thị Lệ Thủy Phản biện 2: PGS.TS Hoàng Anh Hoàng Ủy viên: PGS.TS Lê Phi Nga Thư ký: PGS.TS Lê Thị Thủy Tiên Xác nhận Chủ tịch Hội đồng đánh giá LV Trưởng Khoa quản lý chuyện ngành sau luận văn sửa chữa (nếu có) CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG PGS.TS Nguyễn Tiến Thắng TRƯỜNG KHOA KỸ THUẬT HÓA HỌC ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP.HCM CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA Độc lập - Tự - Hạnh phúc NHIỆM VỤ LUẬN VĂN THẠC SĨ Họ tên học viên: Lê Thị Mỹ Duyên MSHV: 2070635 Ngày, tháng, năm sinh: 01/06/1998 Nơi sinh: Bình Thuận Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học Mã số : 84202001 I TÊN ĐỀ TÀI: Đặc tính sinh học yếu tố ảnh hưởng đến trình sản xuất thực khuẩn thể PVN09 ly giải vi khuẩn Edwardsiella ictaluri (Biological features and influencing factors on up-stream process of phage PVN09 against Edwardsiella ictaluri) II NHIỆM VỤ VÀ NỘI DUNG: Nhiệm vụ: đánh giá tính an tồn thực khuẩn thể PVN09 để dùng kháng bệnh gan thận mủ cá tra nuôi khảo sát yếu tố ảnh hưởng trình sản xuất chế phẩm thực khuẩn thể Đề tài gồm nội dung sau : Phân tích trình tự gene đánh giá tính an tồn thực khuẩn thể PVN09; Khảo sát phổ xâm nhiễm thực khuẩn thể PVN09; Khảo sát ảnh hưởng yếu tố đến trình sản xuất chế phẩm thực khuẩn thể PVN09 gồm : loại môi trường, MOI, pH, tốc độ lắc, nhiệt độ, thời gian xâm nhiễm chất bổ trợ III NGÀY GIAO NHIỆM VỤ: 14/02/2022 IV NGÀY HOÀN THÀNH NHIỆM VỤ: 14/08/2022 V CÁN BỘ HƯỚNG DẪN: PGS.TS Lê Phi Nga CÁN BỘ HƯỚNG DẪN PGS.TS Lê Phi Nga Tp HCM, ngày 07 tháng 09 năm 2022 CHỦ NHIỆM BỘ MÔN ĐÀO TẠO PGS.TS Lê Thị Thủy Tiên TRƯỞNG KHOA KỸ THUẬT HÓA HỌC LỜI CẢM ƠN Hành trình chinh phục kiến thức hành trình dài với nhiều mẻ, khó khăn thử thách Thật may hành trình này, em ln có đồng hành người thầy, người bạn để hồn thành luận văn ngày hơm Lời cảm ơn đầu tiên, em xin gửi đến thầy cô Bộ môn Công nghệ Sinh học, trường Đại học Bách Khoa – ĐHQG TP.HCM truyền đạt nhiều kiến thức, định hướng để em có nhiều góc nhìn vấn đề từ chuyên môn sống Em xin gửi lời cảm ơn đến cô Lê Phi Nga – người đồng hành giúp đỡ em suốt hành trình năm cao học Cơ tạo điều kiện để em tham gia nghiên cứu chia sẻ em khó khăn thí nghiệm Cơ giúp em nhận rằng, khoa học vô rộng lớn, khơng khơ khan; nỗ lực tìm tòi khám phá, khoa học thú vị nhiều Em xin chân thành cảm ơn thầy Hoàng Anh Hoàng, người đồng hành em từ năm đầu đại học tận Cảm ơn thầy tin tưởng tạo nhiều điều kiện để em thực đam mê nghiên cứu khoa học Đặc biệt, em xin chân thành cảm ơn chị Trần Thị Thanh Xuân – người theo sát em thí nghiệm Chị ln tràn đầy lượng mang lượng đến với tất người Chị cho em niềm tin rằng, khó khăn qua, cần kiên trì, có thành Em xin gửi lời cảm ơn đến bạn, em phòng ký túc xá tạo nhiều tiếng cười, giúp em giải tỏa stress sau học tập làm việc căng thẳng Lời cảm ơn đặc biệt xin gửi đến ba mẹ Cảm ơn ba mẹ ủng hộ hành trình Ba mẹ động lực để cố gắng, phấn đấu ngày nhiều hành trình khác sau Cảm ơn tất người đồng hành em ngần thời gian Chúc người thật nhiều sức khỏe, bình an Em hy vọng chặng đường tới, em ln có người cạnh bên để đồng hành, sẻ chia vượt qua Lê Thị Mỹ Duyên i TÓM TẮT LUẬN VĂN Luận văn lựa chọn phage PVN09 ly giải vi khuẩn E ictaluri E1 gây bệnh gan thận mủ cá tra P hypophthalmus đối tượng nghiên cứu Phage PVN09 kiểm tra độc lực, an toàn đặc điểm sinh học thơng qua phương pháp giải trình tự gene hệ Qua xử lý lắp ráp trình tự genome xác định phage PVN09 phage độc lực (phage sinh tan), không chứa gene độc, gene kháng kháng sinh gene bất lợi khác Ngồi ra, qua phân tích phả hệ khảo sát phổ xâm nhiễm, phage PVN09 có đặc điểm ly giải tương tự phage Escherichia phage T7, thuộc họ Autographiviridae, chi Teseptimavirus Bên cạnh đó, nghiên cứu khảo sát ảnh hưởng yếu tố đến trình sản xuất chế phẩm phage PVN09 Kết cho thấy rằng, thành phần môi trường, MOI, pH, nhiệt độ, thời điểm xâm nhiễm phage chất bổ trợ có ảnh hưởng đến mật độ phage PVN09 Môi trường TSB, pH 6.0, tốc độ lắc 150 rpm, xâm nhiễm sau tăng sinh vi khuẩn, nhiệt độ từ 24 – 30 oC, bổ sung Ca2+/Mg2+ 0.6 mM 5% (w/v) glycerol với MOI = 0.1 điều kiện giúp mật độ phage PVN09 tăng khoảng log, từ 8.36 ± 0.10 log PFU.mL-1 lên 10.2 ± 0.08 log PFU.mL-1, đặc biệt yếu tố nhiệt độ Nghiên cứu tạo chế phẩm phage PVN09 có mật độ phage cao (xấp xỉ 1010 PFU.mL-1) theo mẻ 40 mL, kết hợp với đặc điểm sinh học, phage PVN09 tác nhân tiềm để ứng dụng liệu pháp phage phòng điều trị bệnh gan thận mủ cá tra P hypophthalmus ii ABSTRACT This research was carried out to study PVN09 bacteriophage infecting E ictaluri E1, the host bacterium causing Bacillary Necrosis of Pangasianodon (BNP) PVN09 was investigated about virulence, safety, and biological features through Next-generation sequencing technology By treatment and assembly genome sequence, PVN09 bacteriophage is determined that virulent bacteriophage (lytic phage), virulence and antibiotic resistance genes were not found in the genome Moreover, through analysis of phylogeny and the host range assay, PVN09 bacteriophage has characteristics like Escherichia phage (T7 phage), member of Autographiviridae family, and Teseptimavirus genus Moreover, influencing factors on the upstream process of PVN09 bacteriophage preparation were investigated The results indicated that components of medium, MOI, pH, temperature, point of infection, and adjuvants have affected PVN09 phage titer TSB medium, pH 6.0, 24 - 30 oC, phage infection points of 3-h, addition of Ca2+/Mg2+ 0.6 mM, and glycerol 5% (w/v) with MOI = 0.1 are the conditions that may be increase PVN09 phage titer by log, from 8.36 ± 0.10 log PFU.mL-1 to 10.2 ± 0.08 log PFU.mL-1 This research has produced PVN09 bacteriophage preparation with high phage titer (1010 PFU.mL-1) by 40 mL batch, combined with biological features, PVN09 bacteriophage is a potential phage for applying phage therapy to prevent and treat BNP in striped catfish P hypophthalmus iii LỜI CAM ĐOAN Tôi tên Lê Thị Mỹ Duyên, học viên cao học ngành Công nghệ Sinh học, khóa 2020, đợt 2, khoa Kỹ thuật Hóa học, trường Đại học Bách Khoa – ĐHQG TP Hồ Chí Minh, xin cam đoan cơng trình nghiên cứu tơi thực hiện, số liệu kết nghiên cứu hướng dẫn PGS.TS Lê Phi Nga Tơi xin chịu hồn tồn trách nhiệm kết luận văn tốt nghiệp Tp Hồ Chí Minh, ngày 07 tháng 09 năm 2022 Học viên thực Lê Thị Mỹ Duyên iv MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i TÓM TẮT LUẬN VĂN ii ABSTRACT iii LỜI CAM ĐOAN iv MỤC LỤC v DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT viii DANH MỤC HÌNH ix DANH MỤC BẢNG x CHƯƠNG MỞ ĐẦU .1 1.1 Đặt vấn đề .1 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 1.3 Đối tượng phạm vi nghiên cứu 1.4 Tính cấp thiết ý nghĩa khoa học đề tài CHƯƠNG TỔNG QUAN .3 2.1 Tình hình ni trồng dịch bệnh bệnh cá tra Pangasianodon hypophthalmus Việt Nam 2.1.1 Tình hình ni trồng cá tra P hypophthalmus Việt Nam .3 2.1.2 Dịch bệnh nuôi trồng cá tra P hypophthalmus 2.2 Vi khuẩn Edwardsiella ictaluri 2.3 Các phương pháp phòng điều trị bệnh gan thận mủ cá tra P hypothalmus 2.4 Liệu pháp phage 2.4.1 Phage 2.4.2 Liệu pháp phage .11 2.5 Cơng nghệ giải trình tự gene hệ 14 2.6 Quy trình sản xuất chế phẩm phage 18 2.6.1 Quy trình sản xuất chế phẩm phage .18 2.6.2 Các yếu tố ảnh hưởng đến suất trình sản xuất chế phẩm phage .19 v 2.7 Tình hình nghiên cứu Việt Nam giới 21 2.7.1 Tình hình nghiên cứu Việt Nam 21 2.7.2 Tình hình nghiên cứu giới 22 CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 24 3.1 Thời gian địa điểm thực 24 3.2 Vật liệu 24 3.2.1 Nguyên liệu sinh học .24 3.2.2 Hóa chất 24 3.2.3 Dụng cụ thiết bị 25 3.3 Quy trình thực 25 3.3.1 Quy trình nghiên cứu tổng quát .25 3.3.2 Chuẩn bị chủng vi khuẩn E ictaluri E1 phage PVN09 26 3.3.3 Phân tích trình tự gene phage PVN09 26 3.3.4 Xác định phổ xâm nhiễm phage PVN09 28 3.3.5 Khảo sát ảnh hưởng yếu tố đến trình sản xuất chế phẩm phage PVN09 ly giải vi khuẩn E ictaluri E1 29 3.4 Phương pháp nghiên cứu 31 3.4.1 Phương pháp định tính phage phương pháp Spot test 31 3.4.2 Phương pháp định lượng phương pháp Plaque assay 31 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 33 4.1 Phân tích đánh giá trình tự genome phage PVN09 33 4.1.1 Kiểm tra liệu thô 33 4.1.2 Lắp ráp hệ gene 34 4.1.3 Chú giải cấu trúc giải chức 35 4.1.4 Phân tích phả hệ .40 4.1.5 Tính an toàn phage PVN09 .41 4.2 Phổ xâm nhiễm phage PVN09 42 4.3 Ảnh hưởng yếu tố đến trình sản xuất chế phẩm phage PVN09 ……… ………………………………………………………………………….43 vi 4.3.1 Lựa chọn môi trường tỉ lệ MOI phù hợp để sản xuất chế phẩm phage PVN09 .43 4.3.2 Ảnh hưởng pH mơi trường đến hiệu suất q trình sản xuất chế phẩm phage PVN09 .45 4.3.3 Ảnh hưởng tốc độ lắc nhiệt độ máy lắc đến hiệu suất trình sản xuấ t chế phẩm phage PVN09 .46 4.3.4 Ảnh hưởng thời điểm xâm nhiễm phage PVN09 với vi khuẩn chủ Edwardsiella ictaluri E1 48 4.3.5 Ảnh hưởng chất bổ trợ đến trình sản xuất chế phẩm phage PVN09 .50 CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 52 5.1 Kết luận .52 5.2 Kiến nghị .52 DANH MỤC CƠNG TRÌNH KHOA HỌC 53 TÀI LIỆU THAM KHẢO 54 PHỤ LỤC 64 vii phage AH67C600_Q5] orf21 21868 21770 300 orf22 22757 22915 52 orf23 22915 23124 69 orf24 23124 23423 99 orf25 23443 25557 704 orf26 25638 25901 87 Exonuclease [Enterobacteria phage vB_EcoP_IME390] Inhibitor of recBCD nuclease [Escherichia phage CICC 80001] Hypothetical protein T7p31 [Escherichia phage T7] Putative HNS biding protein [Enterobacteria phage vB_EcoP_IME390] DNA polymerase [Escherichia phage T7] Inhibitor of toxin/antitoxin system [Escherichia phage N30] 100% 0.0 97.67% PHA00439 Exonuclease 100% 2e-27 94.23% PHA00422 8.18e14 Bacterial recBCD nuclease inhibitor 100% 3e-42 98.55% PHA00422 4.06e43 Hypothetical protein 100% 2e-60 93.94% DUF2675 super family 7.53e57 HNS biding protein 100% 0.0 97.30% DNA_pol_A super family 4.70e162 DNA polymerase 96.55% TA_inhibitor super family 7.66e47 Inhibitor of toxin/antitoxin system 100% 1e-53 72 orf27 25921 26133 70 orf28 26230 27933 567 orf29 28005 28460 151 orf30 28460 28915 151 orf31 28916 29620 orf32 29691 29885 234 64 Hypothetical protein T7p26 [Escherichia phage T7] DNA primase [Enterococcus phage EFA2] N-acetylmuramoylL-alanine amidase [Enterobacteria phage vB_EcoP_IME390] Gp3 [Escherichia coli] ssDNA-binding protein [Enterobacteria phage vB_EcoP_IME390] Structure of T7 transcription factor Gp2-E coli RNAp jaw domain complex [Escherichia phage T7] 100% 3e-40 98.57% DUF5471 super family 1.41e29 Hypothetical protein 100% 0.0 97.53% RecAlike_Gp4D_helicase 3.14e86 DNA primase 100% 2e-107 98.68% PHA00447 6.88e105 N-acetylmuramoylL-alanine amidase 100% 9e-105 99.34% PHA00159 1.18e102 Gp3/Endonuclease 90% 1e-132 99.05% PHA00458 4.69e127 ssDNA-binding protein 100% 7e-29 73 96.88% PHA00457 3.75e33 Structure of T7 transcription factor Gp2-E coli/ Bacterial RNA polymerase inhibitor chain A orf33 29999 30148 49 Hypothetical protein bas64_0022 [Escherichia phage JeanTinguely] orf34 30105 30227 40 - orf35 30217 30531 104 orf36 30531 30791 86 orf37 30817 30906 29 orf38 30973 31434 153 orf39 31400 32416 338 DUF3310 domaincontaining protein [Enterobacteria phage vB_EcoP_IME390] Hypothetical protein HOS93_gb05 [Yersinia phage YpP-Y] Hypothetical protein bas65_0017 [Escherichia phage JacobBurckhardt] Predicted homing endonuclease [Escherichia phage JacobBurckhardt] DNA ligase [Escherichia phage vB_EcoP_PHB19] 100% 2e-26 95.92% - - Hypothetical protein - - - - - Hypothetical protein 100% 6e-66 93.27% DUF3310 9.72e21 Hypothetical protein 100% 7e-51 96.51% PHA00455 1.64E38 Hypothetical protein 100% 2e-08 86.76% - - Hypothetical protein 96% 9e-48 51.70% HNH_3 1.53e13 Predicted homing endonuclease 100% 0.0 93.49% PHA00454 DNA Ligase 74 orf40 32514 32660 48 orf41 32662 32790 42 orf42 32975 35626 883 orf43 35699 36778 359 orf44 36798 36935 45 orf45 34929 37090 53 dGTP triphosphohydrolase inhibitor [Escherichia phage vB_EcoP_PHB19] Hypothetical protein HOU37_gp06 [Enterobacteria phage vB_EcoP_IME390] DNA-directed RNA polymerase [Escherichia phage CICC 80001] Protein kinase [Escherichia phage N30] Hypothetical protein EFA2_00044 [Enterococcus phage EFA-2] Hypothetical protein C2_008 [Salmonella phage C2] 1.11e11 dGTP triphosphohydrolase inhibitor 70% 5e-14 97.16% DUF2745 super family 100% 2e-20 95.24% PHA00453 5.81E12 Hypothetical protein 100% 0.0 97.85% PHA00452 DNA-directed RNA polymerase 100% 0.0 92.20% PHA00451 super family Protein kinase 100% 3e-23 95.56% - - Hypothetical protein 98% 8e-22 88.46% - - Hypothetical protein 75 orf46 37124 37279 51 orf47 37279 37644 121 orf48 37720 37941 73 Hypothetical protein CPT_Pila_005 [Serratia phage Pila] Putative antirestriction protein [Shigella phage vB_Ship_A7) Hypothetical protein CPT_Pila_003 [Serratia phage Pila] 100% 2e-27 94.12% - - Hypothetical protein 80% 8e-62 94.90% ORC 3.20e54 antirestriction protein 83% 2e-20 74.19% - - Hypothetical protein 76 B.4 Kết BLASTN genome phage PVN09 với phage tương đồng Tên phage Vi khuẩn chủ Escherichia phage Escherichia vB_EcoP_PHB20 coli Enterobacteria phage Escherichia vB_EcoP_IME390 coli BL21 Salmonella phage Salmonella 3A_8767 enterica Escherichia phage Escherichia CICC 80001 coli HY05C Enterobacteria phage Escherichia 13a coli Escherichia phage T7 Escherichia phage T7 Escherichia coli Escherichia coli Họ (Family) Chi (Genus) Autographiviridae Teseptimavirus Autographiviridae Teseptimavirus Autographiviridae Teseptimavirus Autographiviridae Teseptimavirus Autographiviridae Teseptimavirus Autographiviridae Teseptimavirus Autographiviridae Teseptimavirus 77 Xuất Chiều Mã truy Tỷ lệ tương xứ dài (bp) cập đồng (%) 38552 MN481366 94.01 38396 NC_048082 94.01 38821 NC_048004 93.46 38810 KM242061 94.12 Mỹ 38841 EU734174 92.12 Mỹ 39938 AY264774 92.09 37388 MZ375288 92.05 Trung Quốc Trung Quốc Ấn Độ Trung Quốc Trung Quốc Phụ lục C Kết phổ xâm nhiễm phage PVN09 Hình C.1 Kết phổ xâm nhiễm phage PVN09 Trong đó: xuất khu vực ly giải biểu diện xâm nhiễm (E ictaluri E1, E tarda E2, E coli K12, E coli DH5α), không xuất khu vực ly giải biểu diễn không xâm nhiễm (A hydrophila A1, A hydrophila A2, E feacalis, S aureus, P aeruginosa, S enterotica) 78 Phụ lục D D.1 Đường cong chu kỳ xâm nhiễm phage PVN09 với vi khuẩn Thực khuẩn thể/tế bào bị xâm nhiễm Escherichia coli K12 10 0 10 20 30 40 50 60 Thời gian (phút) Hình D.1 Đường cong chu kỳ xâm nhiễm phage PVN09 ly giải vi khuẩn Escherichia coli K12 D.2 Đường cong sinh trưởng vi khuẩn Edwardsiella ictaluri E1 môi trường TSB, pH 6.0 Mật độ vi khuẩn (log CFU.mL-1) 10 0 10 Thời gian (giờ) Hình D.2 Đường cong sinh trưởng vi khuẩn Edwardsiella ictaluri môi trường TSB, pH 6.0 ± 0.2 79 Phụ lục E Kết khảo sát ảnh hưởng yếu tố đến trình sản xuất chế phẩm phage PVN09 Bảng E.1 Mật độ phage PVN09 môi trường TSB Mật độ phage PVN09 (log PFU.mL-1) Thời gian (giờ) MOI = 0.01 MOI = 0.1 MOI = 1.0 4.84a ± 0.17 6.07a ± 0.05 7.05a ± 0.05 6.16b ± 0.32 7.19b ± 0.28 8.11b ± 0.02 7.97c ± 0.10 8.44c ± 0.03 8.41bc ± 0.16 8.45cd ± 0.08 8.69c ± 0.07 8.64c ± 0.01 8.67d ± 0.09 8.36c ± 0.07 8.38bc ± 0.07 8.45cd ± 0.09 8.32c ± 0.05 8.31b ± 0.09 p-value 0.000 0.000 0.000 Ghi chú: Giá trị trung bình ± SD; Các giá trị theo sau chữ khác cột có khác biệt đáng kể (p < 0.05 theo phân tích ONE-WAY ANOVA) Bảng E.2 Mật độ phage PVN09 môi trường BHI Mật độ phage PVN09 (log PFU.mL-1) Thời gian (giờ) MOI = 0.01 MOI = 0.1 MOI = 1.0 5.15a ± 0.08 6.21a ± 0.10 7.22a ± 0.11 7.00b ± 0.29 8.01b ± 0.22 8.69bc ± 0.16 8.78c ± 0.04 8.98c ± 0.16 9.07c ± 0.07 9.14c ± 0.03 8.92c ± 0.11 8.87bc ± 0.02 8.90c ± 0.002 8.73c ± 0.04 8.71bc ± 0.01 8.89c ± 0.15 8.71c ± 0.19 8.64b ± 0.08 p-value 0.000 0.000 0.000 Ghi chú: Giá trị trung bình ± SD; Các giá trị theo sau chữ khác cột có khác biệt đáng kể (p < 0.05 theo phân tích ONE-WAY ANOVA) 80 Bảng E.3 Mật độ phage PVN09 môi trường EIM Mật độ phage PVN09 (log PFU.mL-1) Thời gian (giờ) MOI = 0.01 MOI = 0.1 MOI = 1.0 5.34a ± 0.20 6.27a ± 0.13 7.30a ± 0.13 6.26ab ± 0.30 7.03a ± 0.11 7.94a ± 0.10 7.62bc ± 0.51 8.38b ± 0.38 9.19b ± 0.36 8.83cd ± 0.88 9.37c ± 0.27 10.00c ± 0.19 9.76d ± 0.47 10.24cd ± 0.33 10.19c ± 0.08 10.11d ± 0.19 10.41d ± 0.20 9.97c ± 0.16 p-value 0.002 0.000 0.000 Ghi chú: Giá trị trung bình ± SD; Các giá trị theo sau chữ khác cột có khác biệt đáng kể (p < 0.05 theo phân tích ONE-WAY ANOVA) 81 Bảng E.4 Mật độ phage PVN09 môi trường TSB pH khác Thời Mật độ phage PVN09 (log PFU.mL-1) gian (giờ) pH 4.0 pH 5.0 pH 6.0 pH 7.0 pH 8.0 pH 9.0 6.01a ± 0.08 6.18 ± 0.002 6.19a ± 0.05 6.05a ± 0.15 6.07a ± 0.09 6.03a ± 0.07 5.45ab ± 0.16 6.29 ± 0.07 6.88b ± 0.14 7.57b ± 0.23 7.14b ± 0.03 7.16b ± 0.27 4.89bc ± 0.36 6.28 ± 0.04 8.33c ± 0.03 9.20c ± 0.03 8.72c ± 0.15 8.67c ± 0.30 4.44bc ± 0.35 6.29 ± 0.01 9.22d ± 0.04 8.98c ± 0.17 8.59c ± 0.28 8.66c ± 0.04 4.35c ± 0.39 6.12 ± 0.15 9.09d ± 0.03 8.76c ± 0.27 8.18c ± 0.37 8.31c ± 0.27 4.11c ± 0.31 6.00 ± 0.15 9.02d ± 0.01 8.61c ± 0.29 8.07bc ± 0.42 8.01c ± 0.14 p-value 0.026 0.295 0.000 0.000 0.003 0.001 Ghi chú: Giá trị trung bình ± SD; Các giá trị theo sau chữ khác cột có khác biệt đáng kể (p < 0.05 theo phân tích ONE-WAY ANOVA) 82 Bảng E.5 Mật độ phage PVN09 sau xâm nhiễm pH khác Thời gian (giờ) Mật độ phage PVN09 (log PFU.mL-1) pH 4.0 4.11a ± 0.31 pH 5.0 6.00b ± 0.15 pH 6.0 9.02c± 0.01 pH 7.0 8.61cd ± 0.29 pH 8.0 8.07d ± 0.42 pH 9.0 8.01d ± 0.14 p-value 0.000 Ghi chú: Giá trị trung bình ± SD; Các giá trị theo sau chữ khác cột có khác biệt đáng kể (p < 0.05 theo phân tích ONE-WAY ANOVA) Bảng E.6 Mật độ phage PVN09 tốc độ lắc khác Thời gian (giờ) Mật độ phage PVN09 (log PFU.mL-1) rpm 50 rpm 150 rpm 6.12a ± 0.03 6.13a ± 0.07 6.16a ± 0.04 6.36a ± 0.36 6.30a ± 0.07 6.85b ± 0.23 7.13b ± 0.09 7.02b ± 0.06 8.58c ± 0.55 8.78c ± 0.45 8.70c ± 0.34 9.51d ± 0.41 9.58d ± 0.53 9.58d ± 0.25 9.42d ± 0.29 9.59d ± 0.32 9.55d ± 0.10 9.32d ± 0.36 p-value 0.000 0.000 0.000 Ghi chú: Giá trị trung bình ± SD; Các giá trị theo sau chữ khác cột có khác biệt đáng kể (p < 0.05 theo phân tích ONE-WAY ANOVA) 83 Bảng E.7 Mật độ phage PVN09 nhiệt độ khác máy lắc ổn nhiệt Thời gian (giờ) 24 oC 26 oC 28 oC 30 oC 6.55a ± 0.06 6.54a ± 0.06 6.25a ± 0.23 6.14a ± 0.01 6.92a ± 0.15 7.12b ± 0.08 7034b ± 0.16 7.31b ± 0.09 7.89b ± 0.23 8.47c ± 0.14 9.28c ± 0.01 9.24c ± 0.00 9.02c ± 0.28 9.66d ± 0.19 10.07d ± 0.05 10.13d ± 0.08 9.76cd ± 0.10 10.25e ± 0.06 10.15d ± 0.16 10.12d ± 0.11 10.12d ± 0.17 10.40e ± 0.03 10.16d ± 0.06 10.09d ± 0.04 Mật độ phage PVN09 (log PFU.mL-1) p-value 0.000 0.000 0.000 0.000 Ghi chú: Giá trị trung bình ± SD; Các giá trị theo sau chữ khác cột có khác biệt đáng kể (p < 0.05 theo phân tích ONE-WAY ANOVA) Bảng E.8 Mật độ phage PVN09 thời điểm tăng sinh vi khuẩn khác Thời gian (giờ) Mật độ phage (log PFU.mL-1) 8.89a ± 0.00 9.41a ± 0.60 9.61a ± 0.42 9.64a ± 0.54 10.10a ± 0.01 9.71a ± 0.58 8.83a ± 0.23 6.67b ± 0.11 p-value 0.006 Ghi chú: Giá trị trung bình ± SD; Các giá trị theo sau chữ khác cột có khác biệt đáng kể (p < 0.05 theo phân tích ONE-WAY ANOVA) 84 Bảng E.9 Ảnh hưởng Ca2+/Mg2+ đến hiệu suất sản xuất phage PVN09 Tỉ lệ sản xuất phage PVN09 (%) Nồng độ (mM) CaCl2 MgCl2 100a ± 0.00 100a ± 0.00 0.2 157.82a ± 7.25 112.47a ± 10.88 0.4 234.01b ± 23.58 128.79ab ± 7.25 0.6 300.22b ± 26.30 172.33b ± 34.46 0.8 256.69b ± 28.11 140.13ab ± 1.36 1.0 268.48b ± 21.76 88.43a ± 7.71 p-value 0.003 0.065 Ghi chú: Giá trị trung bình ± SD; Các giá trị theo sau chữ khác cột có khác biệt đáng kể (p < 0.05 theo phân tích ONE-WAY ANOVA) Bảng E.10 Ảnh hưởng Glycerol đến hiệu suất sản xuất phage PVN09 Nồng độ glycerol % (w/v) Tỉ lệ sản xuất phage (%) 100a ± 0.00 0.5 127.84b ± 10.06 1.0 213.92c ± 0.59 2.0 219.57c ± 6.23 5.0 355.50d ± 2.27 10.0 320.69e ± 3.75 p-value 0.000 Ghi chú: Giá trị trung bình ± SD; Các giá trị theo sau chữ khác cột có khác biệt đáng kể (p < 0.05 theo phân tích ONE-WAY ANOVA) 85 LÝ LỊCH TRÍCH NGANG Họ tên: Lê Thị Mỹ Duyên Ngày, tháng, năm sinh: 01/06/1998 Nơi sinh: Bình Thuận Địa liên lạc: 497 Hịa Hảo, phường 7, quận 10, Tp Hồ Chí Minh QUÁ TRÌNH ĐÀO TẠO Thời gian Cơ sở đào tạo Ngành đào tạo Hình thức đào tạo Văn 2016 - 2020 Trường Đại học Bách Khoa Tp Hồ Chí Minh Cơng nghệ Sinh học Chính quy Kỹ sư 2020 - 2022 Trường Đại học Bách Khoa Tp Hồ Chí Minh Công nghệ Sinh học Liên thông Đại học – Thạc sĩ Thạc sĩ Q TRÌNH CƠNG TÁC Thời gian Nơi công tác Chức vụ 2021 - 2022 Trường Đại học Bách Khoa Tp Hồ Chí Minh Nhân viên 86