Khảo sát đột biến precore và basal core promoter ở bệnh nhân viêm gan siêu vi b mạn

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH NGUYỄN THỊ CẨM HƯỜNG KHẢO SÁT ĐỘT BIẾN PRECORE VÀ BASAL CORE PROMOTER Ở BỆNH NHÂN VIÊM GAN SIÊU VI B MẠN LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC TP HỒ CHÍ MINH – Năm 2019 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH NGUYỄN THỊ CẨM HƯỜNG KHẢO SÁT ĐỘT BIẾN PRECORE VÀ BASAL CORE PROMOTER Ở BỆNH NHÂN VIÊM GAN SIÊU VI B MẠN CHUYÊN NGÀNH: TRUYỀN NHIỄM VÀ CÁC BỆNH NHIỆT ĐỚI Mã số: 62 72 38 02 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC PGS TS PHẠM THỊ LỆ HOA PGS.TS CAO NGỌC NGA TP HỒ CHÍ MINH - Năm 2019 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi, kết nghiên cứu trình bày luận án trung thực, khách quan chưa công bố nơi Tác giả luận án Nguyễn Thị Cẩm Hường i MỤC LỤC Trang Lời cam đoan i Danh mục chữ viết tắt iv Danh mục đối chiếu thuật ngữ Anh - Việt vi Danh mục bảng viii Danh mục hình x Danh mục biểu đồ, sơ đồ xi MỞ ĐẦU Chương TỔNG QUAN 1.1 Đặc điểm dịch tễ học nhiễm HBV 1.2 Bốn giai đoạn diễn tiến tự nhiên nhiễm HBV mạn 1.3 Cấu trúc hình thái gen HBV 13 1.4 Các kỹ thuật chẩn đoán đột biến vùng precore basal core promoter 17 1.5 Đột biến precore đột biến basal core promoter 21 Chương ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 33 2.1 Thiết kế 33 2.2 Dân số đích 33 2.3 Dân số chọn mẫu 33 2.4 Địa điểm thời gian nghiên cứu 33 2.5 Cỡ mẫu 33 2.6 Tiêu chuẩn chọn bệnh loại trừ 35 2.7 Biến số nghiên cứu 36 2.8 Định nghĩa biến số dùng nghiên cứu 37 2.9 Kỹ thuật đo lường biến số 39 2.10 Trình tự thực 43 2.11 Thu thập phân tích số liệu 44 2.12 Vấn đề y đức 44 Chương KẾT QUẢ 48 3.1 Đặc điểm dân số nghiên cứu 49 i 3.2 Đặc điểm đột biến vùng precore, basal core promoter dân số nghiên 54 cứu 3.3 Yếu tố liên quan với đột biến A1762T/G1764A G1896A ………… 59 3.4 Liên quan đột biến đột biến G1896A A1762T/G1764A thể 62 bệnh viêm gan B mạn bùng phát 3.5 Liên quan đột biến vùng precore basal core promoter với biến 65 chứng xơ gan 3.6 Liên quan đột biến vùng precore basal core promoter với biến 67 chứng ung thư biểu mô tế bào gan (HCC) Chương BÀN LUẬN 72 4.1 Về phương pháp nghiên cứu 72 4.2 Về đặc điểm dân số nghiên cứu đặc điểm nhiễm HBV 73 4.3 Về đặc điểm đột biến vùng precore basal core promoter dân số 79 nghiên cứu 4.4 Về yếu tố liên quan với đột biến A1762T/G1764A G1896A 83 4.4 Về liên quan đột biến A1762T/G1764A, G1896A thể bệnh 90 viêm gan B mạn bùng phát 4.5 Về liên quan đột biến vùng Precore Basal core promoter với 93 biến chứng Xơ gan 4.6 Về liên quan đột biến vùng Precore Basal core promoter với 98 biến chứng HCC KẾT LUẬN 105 KIẾN NGHỊ 106 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH ĐÃ CƠNG BỐ CĨ LIÊN QUAN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC Phụ lục 1: Bảng thu thập số liệu Phụ lục 2: Trang thông tin nghiên cứu Phiếu đồng thuận Phụ lục 3: Giấy chấp thuận Hội đồng đạo đức Phụ lục 4: Danh sách bệnh nhân v DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Từ viết tắt Từ viết đầy đủ aa acid amin A Adenin AFP Alfa-fetoprotein ALT Alanine transaminase APRI Aspartate aminotransferase to Platelet Ratio index ARFI Acoustic Radiation Force Impulse Imaging AST Aspartate transaminase Anti HBc anti Hepatitis B core Anti HBe anti Hepatitis B e Anti HBs anti hepatitis B surface ARMS - PCR Amplifications refractory mutation system BCP basal core promoter C Cytosin CHBe(+) Chronic Hepatitis B HBeAg positive CHBe(-) Chronic Hepatitis B HBeAg negative CI Confidence interval CTL Cytotoxic T lymphocyte DNA DeoxyRibo Nucleic acid dNTP deoxy Nucleotide triphosphate DNMD Dung nạp miễn dịch EN Enhancer G Guanin HBcAg Hepatitis B core antigen HBeAg Hepatitis B e antigen HBsAg Hepatitis B virus surface antigen HBV Hepatitis B virus HCC Hepato-cellular carcinoma IC Inactive carrier IDU Intravenous drug user IU International unit MLPA Multiplex ligation-dependent probe amplification mRNA Messenger RiboNucleic acid OR Odd Ratio ORF Open reading frame PC precore PCR Polymerase chain reaction pgRNA pregenomic Ribo Nucleic acid rcDNA relaxed circular DeoxyRibo Nucleic acid RE Restriction enzyme RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism RT Reverse transcriptase SD Standard deviation SNP Single nucleotide polymorphism T Thymin TB Trung bình TDF Tenofovir disoproxil fumarate ULN Upper limit normal VEM Vaccin escape mutant i DANH MỤC ĐỐI CHIẾU THUẬT NGỮ ANH – VIỆT Từ viết tắt APRI Thuật ngữ tiếng Anh Aspartate aminotransferase to Platelet Ratio index Thuật ngữ tiếng Việt Chỉ số tỷ số AST tiểu cầu Anti HBc anti Hepatitis B core Kháng thể chống kháng nguyên lõi Anti HBe anti Hepatitis B e Kháng thể chống kháng nguyên e Anti HBs anti hepatitis B surface ARMS - Amplifications refractory PCR mutation system CHBe(+) CHBe(-) Chronic Hepatitis B HBeAg positive Chronic Hepatitis B HBeAg negative Kháng thể chống kháng nguyên bề mặt Hệ thống khuếch đại chịu nhiệt Viêm gan B mạn HBeAg dương Viêm gan B mạn HBeAg âm CI Confidence interval Khoảng tin cậy CTL Cytotoxic T lymphocyte Tế bào lympho T gây độc EN Enhancer Tăng cường HBcAg Hepatitis B core antigen Kháng nguyên lõi HBV HBeAg Hepatitis B e antigen Kháng nguyên HBe HBsAg Hepatitis B virus surface antigen Kháng nguyên bề mặt HBV HBV Hepatitis B virus Siêu vi viêm gan B HCC Hepato cellular carcinoma Ung thư biểu mô tế bào gan IC Inactive carrier Mang siêu vi không hoạt tính IDU Intravenous drug user Người tiêm chích ma tuý IU International unit Đơn vị quốc tế Multiplex ligation-dependent Kỹ thuật khuếch đại phụ thuộc probe amplification mẫu dò mRNA Messenger RiboNucleic acid RNA thông tin OR Odd Ratio Tỉ số chênh ORF Open reading frame Khung đọc mã mở PCR Polymerase chain reaction Phản ứng khuếch đại chuỗi gen MLPA ii pgRNA rcDNA pregenomic Ribo Nucleic acid RNA tiền gen relaxed circular DeoxyRibo Nucleic acid DNA vòng thẳng RE Restriction enzyme Enzym cắt giới hạn RFLP Restriction Fragment Length Nghiên cứu đa hình đoạn gen sử Polymorphism dụng Enzym cắt giới hạn RT Reverse transcriptase Men mã ngược SD Standard deviation Độ lệch chuẩn SNP Single nucleotide polymorphism Đột biến nucleotide ULN Upper limit normal Giới hạn so với bình thường VEM Vaccin escape mutant Đột biến trốn thoát vac-xin ii DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 2.1: Tỷ lệ ước tính đột biến G1896A nhóm nghiên cứu cỡ mẫu 34 cần thiết để so sánh với tỷ lệ nhóm dung nạp miễn dịch …………………… Bảng 2.2: Danh mục mồi xác định HBV genotype sử dụng nghiên cứu……… 42 Bảng 3.1 Đặc điểm dân số nghiên cứu ………………………………………… 49 Bảng 3.2: Đặc điểm dấu ấn nhiễm HBV dân số nghiên cứu …………………… 50 Bảng 3.3: Phân bố giới theo nhóm giai đoạn nhiễm HBV ………………………… 51 Bảng 3.4: Phân bố genotype theo nhóm giai đoạn nhiễm HBV …………………… 52 Bảng 3.5: Tỉ lệ đột biến vùng BCP dân số nghiên cứu ………………………… 54 Bảng 3.6: Tỉ lệ đột biến vùng Precore vùng Core ……………………………… 55 Bảng 3.7: Phân bố đột biến A1762T/G1764A theo tuổi, giới, đặc điểm nhiễm HBV 59 Bảng 3.8: Các yếu tố liên quan với đột biến với A1762T/G1764A-Phân tích đa biến 60 Bảng 3.9: Phân bố đột biến G1896A theo tuổi, giới, đặc điểm nhiễm HBV ……… 61 Bảng 3.10: Các yếu tố liên quan với đột biến Precore – Phân tích đa biến ………… 62 Bảng 3.11: Phân bố thể bệnh viêm gan hoạt tính theo tình trạng đột biến G1896A 62 A1762T/G1764A ……………………………………………………………… Bảng 3.12: Phân bố đột biến G1896A thể viêm gan bệnh nhân viêm gan 63 có hoạt tính phân tầng theo đột biến A1762T/G1764A ……………………… Bảng 3.13: Liên quan tổ hợp đột biến G1896A, A1762T/G1764A với thể 63 bệnh viêm gan B mạn bùng phát – Phân tích đơn biến ……………………… Bảng 3.14: Phân bố tuổi giới, dấu ấn nhiễm HBV nhóm có khơng có xơ gan 64 Bảng 3.15: Phân bố đột biến vùng Basal core promoter hai nhóm có khơng có 65 xơ gan ………………………………………………………………………… Bảng 3.16: Phân bố đột biến vùng Precore core hai nhóm có khơng có xơ 66 gan …………………………………………………………………………… Bảng 3.17: Các yếu tố liên quan độc lập với biến chứng xơ gan – Phân tích đa biến 67 Bảng 3.18: Đặc điểm tuổi, giới, tình trạng xơ hố gan, dấu ấn nhiễm HBV hai 68 nhóm có khơng có HCC …………………………………………………… Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn