Khảo sát trực khuẩn gram âm tiết men kháng β lactam và sự đề kháng kháng sinh

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƢỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - LƢƠNG HỒNG LOAN KHẢO SÁT TRỰC KHUẨN GRAM ÂM TIẾT MEN KHÁNG β-LACTAM VÀ SỰ ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH LUẬN VĂN THẠC SĨ Y HỌC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH – NĂM 2019 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƢỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - LƢƠNG HỒNG LOAN KHẢO SÁT TRỰC KHUẨN GRAM ÂM TIẾT MEN KHÁNG β-LACTAM VÀ SỰ ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH NGÀNH: KHOA HỌC Y SINH (VI SINH Y HỌC) MÃ SỐ: 8720101 LUẬN VĂN THẠC SĨ Y HỌC NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC: TS.BS HUỲNH MINH TUẤN THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH – NĂM 2019 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng Các số liệu, kết nêu luận văn trung thực chƣa đƣợc công bố cơng trình nghiên cứu khác Đề tài đƣợc chấp thuận mặt đạo đức nghiên cứu từ Hội đồng Đạo đức nghiên cứu y sinh học Đại Học Y Dƣợc TP.HCM LƢƠNG HỒNG LOAN MỤC LỤC Trang DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT iv DANH MỤC TÊN KHÁNG SINH VIẾT TẮT v DANH MỤC CÁC BẢNG vi DANH MỤC CÁC HÌNH viii DANH MỤC CÁC BIỂU ĐỒ viii ĐẶT VẤN ĐỀ MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU CHƢƠNG 1: 1.1 TỔNG QUAN Tác nhân vi khuẩn thƣờng gặp gây nhiễm khuẩn huyết, nhiễm khuẩn hô hấp dƣới nhiễm khuẩn niệu 1.1.1 Nhiễm khuẩn huyết 1.1.2 Nhiễm khuẩn hô hấp dƣới 1.1.3 Nhiễm khuẩn niệu 1.2 Kháng sinh đề kháng kháng sinh 1.2.1 Khái niệm thuốc kháng sinh 1.2.2 Cơ chế tác động kháng sinh 1.2.3 Cơ chế đề kháng kháng sinh 1.2.4 Tình hình đề kháng kháng sinh trực khuẩn Gram âm 11 1.3 Kháng sinh -lactam men kháng -lactam .13 1.3.1 Kháng sinh -lactam 13 1.3.2 Sơ lƣợc men β-lactamase 16 1.3.3 Men -lactamase phổ rộng (ESBL) 20 1.3.4 Men β-lactamase AmpC 22 1.3.5 Men carbapenemase 25 1.3.6 Tình hình nhiễm trực khuẩn Gram âm tiết men β-lactamase phổ rộng, β-lactamase AmpC, carbapenemase 29 CHƢƠNG 2: 2.1 ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP 32 Thiết kế nghiên cứu đối tƣợng nghiên cứu .32 2.1.1 Dân số mục tiêu 32 2.1.2 Dân số chọn mẫu 32 2.1.3 Kỹ thuật chọn mẫu 32 2.1.4 Tiêu chuẩn chọn vào 32 2.1.5 Tiêu chuẩn loại 32 2.1.6 Thiết kế nghiên cứu 32 2.2 Các kỹ thuật xét nghiệm Vi sinh 33 2.2.1 Lấy bệnh phẩm, cấy phân lập, định danh kháng sinh đồ 33 2.2.2 Phát ESBL 33 2.2.3 Phát AmpC 34 2.2.4 Phát kháng/trung gian với carbapenem 34 2.2.5 Xác định phân lớp carbapenemase 35 2.3 Biến số nghiên cứu .37 2.4 Thu thập liệu 38 2.4.1 Phƣơng pháp thu thập liệu 38 2.4.2 Công cụ thu thập liệu 38 2.5 Phân tích liệu 38 2.6 Sơ đồ tóm tắt cơng việc nghiên cứu .39 CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ 40 3.1 Đặc điểm dịch tễ lâm sàng 40 3.2 Tác nhân phân lập đƣợc đặc tính tiết men kháng thuốc ESBL, AmpC, carbapenemase .41 3.2.1 Máu 41 3.2.2 Đàm 45 3.2.3 Nƣớc tiểu 49 3.2.4 Tổng 53 3.3 Tính đề kháng kháng sinh số chủng vi khuẩn phân lập đƣợc 62 3.3.1 Escherichia coli 62 3.3.2 Klebsiella pneumoniae 66 3.3.3 Pseudomonas aeruginnosa 70 3.3.4 Acinetobacter baumannii 73 3.3.5 Trực khuẩn Gram âm đƣờng ruột theo lớp carbapenemase 75 3.3.6 Acinetobacter baumannii theo lớp carbapenemase 77 CHƢƠNG 4: BÀN LUẬN 79 4.1 Đặc điểm dịch tễ lâm sàng 79 4.2 Tác nhân phân lập đƣợc đặc tính tiết men kháng thuốc ESBL, AmpC, carbapenemase .79 4.2.1 Máu 79 4.2.2 Đàm 81 4.2.3 Nƣớc tiểu 82 4.2.4 Tổng 83 4.3 Tính đề kháng kháng sinh số chủng vi khuẩn phân lập đƣợc 87 4.3.1 Escherichia coli 87 4.3.2 Klebsiella pneumoniae 88 4.3.3 Pseudomonas aeruginosa 89 4.3.4 Acinetobacter baumannii 90 KẾT LUẬN 92 KIẾN NGHỊ 95 DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT BA Blood Agar BP Breakpoint (Điểm gãy) BV Bệnh viện CLSI Clinical and Laboratory Standards Institute EDTA Ethylenediaminetetraacetic acid ESBL Extended spectrum β-lactamase (β-lactamase phổ rộng) EUCAST European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing KS Kháng sinh KSĐ Kháng sinh đồ MC Mac Conkey Agar mCIM Modified Carbapenem Inactivation Method MBL Metallo-β-lactamase MHA Mueller Hinton Agar MIC Minimum Inhibitory Concentration PABA p-aminobenzoic acid PBP Penicillin binding protein PCR Polymerase chain reaction SIM Sulfide Indole Motility TP.HCM Thành phố Hồ Chí Minh TSI Triple Sugar Iron VK Vi khuẩn WHO World Health Organization DANH MỤC TÊN KHÁNG SINH VIẾT TẮT AMK Amikacin ATM Aztreonam CAZ Ceftazidime CFZ Cefazolin CIP Ciprofloxacin CRO Ceftriaxone CS Cefoperaxone-sulbactam CST Colistin CTX Cefotaxime CXM Cefuroxime CZA Ceftazidime-avibactam DOR Doripenem ETP Ertapenem FEP Cefepime FOF Fosfomycin FOX Cefoxitin GEN Gentamicin IPM Imipenem LVX Levofloxacin MEM Meropenem MIN Minocyclin NET Netilmicin NIT Nitrofurantoin NOR Norfloxacin SAM Ampicillin-sulbactam SXT Trimethoprim-sulfamethoxazole TGC Tygecycline TZP Piperacillin-tazobactam DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 1.1 Cơ chế đề kháng KS số VK quan trọng lâm sàng 10 Bảng 1.2 Tỷ lệ kháng kháng sinh trực khuẩn Gram âm gây nhiễm khuẩn bệnh viện 12 Bảng 1.3 Phân loại β-lactam 15 Bảng 1.4 Phân loại -lactamase theo cấu trúc chức 19 Bảng 2.1 Điểm gãy xác định kháng/trung gian với meropenem loại VK 34 Bảng 3.1 Ngƣời bệnh trực khuẩn Gram âm phân lập đƣợc 40 Bảng 3.2 Tỷ lệ loài trực khuẩn Gram âm phân lập đƣợc máu 41 Bảng 3.3 Tỷ lệ tiết ESBL AmpC trực khuẩn Gram âm máu 42 Bảng 3.4 Tỷ lệ tiết carbapenemase trực khuẩn Gram âm máu 43 Bảng 3.5 Tỷ lệ lớp carbapenemase theo loài vi khuẩn máu 44 Bảng 3.6 Tỷ lệ loài trực khuẩn Gram âm phân lập đƣợc đàm 45 Bảng 3.7 Tỷ lệ tiết ESBL AmpC trực khuẩn Gram âm đàm 46 Bảng 3.8 Tỷ lệ tiết carbapenemase trực khuẩn Gram âm đàm 47 Bảng 3.9 Tỷ lệ lớp carbapenemase theo loài vi khuẩn đàm 48 Bảng 3.10 Tỷ lệ loài trực khuẩn Gram âm phân lập đƣợc nƣớc tiểu 49 Bảng 3.11 Tỷ lệ tiết ESBL AmpC trực khuẩn Gram âm nƣớc tiểu 50 Bảng 3.12 Tỷ lệ tiết carbapenemase trực khuẩn Gram âm nƣớc tiểu 51 Bảng 3.13 Tỷ lệ lớp carbapenemase theo loài vi khuẩn nƣớc tiểu 52 Bảng 3.14 Tỷ lệ loài trực khuẩn Gram âm phân lập đƣợc loại bệnh phẩm 54 Bảng 3.15 Tỷ lệ tiết ESBL AmpC trực khuẩn Gram âm loại bệnh phẩm 56 Bảng 3.16 Tỷ lệ loài vi khuẩn tiết carbapenemase nghiên cứu 58 Bảng 3.17 Tỷ lệ tiết carbapenemase trực khuẩn Gram âm loại bệnh phẩm 59 Bảng 3.18 Tỷ lệ lớp carbapenemase theo loài vi khuẩn loại bệnh phẩm 61 Bảng 3.19 Tỷ lệ kháng kháng sinh E coli loại bệnh phẩm 63 Bảng 3.20 Tỷ lệ kháng kháng sinh E coli theo đặc tính tiết ESBL 64 Bảng 3.21 Tỷ lệ kháng kháng sinh E coli theo đặc tính tiết AmpC 65 Bảng 3.22 Tỷ lệ kháng kháng sinh E coli theo đặc tính tiết carbapenemase 66 Bảng 3.23 Tỷ lệ kháng kháng sinh K pneumoniae loại bệnh phẩm 67 Bảng 3.24 Tỷ lệ kháng kháng sinh K pneumoniae theo đặc tính tiết ESBL 68 Bảng 3.25 Tỷ lệ kháng kháng sinh K pneumoniae theo đặc tính tiết AmpC 69 Bảng 3.26 Tỷ lệ kháng kháng sinh K pneumoniae theo đặc tính tiết carbapenemase 70 Bảng 3.27 Tỷ lệ kháng kháng sinh P aeruginosa loại bệnh phẩm 71 Bảng 3.28 Tỷ lệ kháng kháng sinh P aeruginosa theo đặc tính tiết AmpC 72 Bảng 3.29 Tỷ lệ kháng kháng sinh P aeruginosa theo đặc tính tiết carbapenemase 72 Bảng 3.30 Tỷ lệ kháng kháng sinh A baumannii loại bệnh phẩm 74 Bảng 3.31 Tỷ lệ kháng kháng sinh A baumannii theo đặc tính tiết carbapenemase 75 Bảng 3.32 Tỷ lệ kháng KS trực khuẩn Gram âm đƣờng ruột theo lớp carbapenemase 76 Bảng 3.33 So sánh tỷ lệ kháng ceftazidime-avibactam trực khuẩn Gram âm đƣờng ruột theo lớp carbapenemase 77 Bảng 3.34 Tỷ lệ kháng KS A baumannii theo lớp carbapenemase 78 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh TÀI LIỆU THAM KHẢO TIẾNG VIỆT Trần Lê Duy Anh (2016) "Nhiễm khuẩn đƣờng tiết niệu vi khuẩn tiết ESBL Bệnh viện Nhân Dân Gia Định: kết chẩn đoán điều trị " Y Học TP Hồ Chí Minh, Số (Phụ Bản Tập 20), 85-91 Nguyễn Thanh Bảo (2009) Một số kỹ thuật xét nghiệm vi sinh lâm sàng, Nhà xuất y học, tr 105 Nguyễn Thanh Bảo, Cao Minh Nga, Trần Thị Thanh Nga, Vũ Thị Kim Cƣơng, Nguyễn Sử Minh Tuyết, Vũ Bảo Châu, et al (2012) "Chọn lựa kháng sinh ban đầu điều trị nhiễm khuẩn bệnh viện số bệnh viện TPHCM" Y học TPHCM, Tập 16 (Phụ Số 1), 206-214 Nguyễn Thanh Bảo (2016) "Thuốc kháng sinh" Vi khuẩn y học, tr 47-65 Bộ Y Tế (2015) Hướng dẫn sử dụng kháng sinh, Nhà xuất Y học, Hà Nội, 17-45 Bộ Y Tế (2016) Hướng dẫn chẩn đoán điều trị số bệnh truyền nhiễm, Nhà xuất y học, Hà Nội, 79-86 Trần Xuân Chƣơng, Phan Từ Khánh Phƣơng, Phan Trung Tiến (2017) "Nghiên cứu nguyên tính kháng kháng sinh số vi khuẩn bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết điều trị Bệnh viện Đa Khoa Trung Ƣơng Huế 2011-2015" Truyền nhiễm Việt Nam, Số (17), 18-22 Hoàng Thị Phƣơng Dung (2008) Khảo sát trực khuẩn Gram (-) sinh men BLactamase phổ rộng (ESBL) phân lập bệnh viện Đại Học y Dược Thành Phố Hồ Chí Minh, Luận văn thạc sỹ y học, Đại học Y dƣợc TP HCM, 1-68 Đoàn Thị Hồng Hạnh (2011) Nghiên cứu khả sinh beta lactamase phổ rộng vi khuẩn Gram âm phân lập bệnh viện Việt NamThụy Điển ng Bí, Luận án tiến sĩ y học, Học viện Quân y, tr 80-112 10 Phan Thị Xuân Hoa (2017) Khảo sát diện vi khuẩn đường ruột Bệnh Viện Đại Học Y dược TPHCM năm 2016 tính đề kháng Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh kháng sinh chúng, Khóa luận tốt nghiệp Đại học chuyên ngành Bác sĩ đa khoa, Đại học Y dƣợc TPHCM, 21-41 11 Phan Thị Thu Hồng, Nguyễn Trần Mỹ Phƣơng (2012) "Khảo sát vi khuẩn tiết men betalactamase phổ rộng bệnh viện Bình Dân" Y học Thành phố Hồ Chí Minh, Tập 16 (Phụ số 1), tr 285-301 12 Huỳnh Thị Bích Huyền, Nguyễn Nhật Trƣờng (2015) "Nhận xét tình trạng nhiễm khuẩn huyết đề kháng kháng sinh Bệnh viện Truyền Máu Huyết Học" Y học TPHCM, Phụ tập 19 (Số 4), 284-289 13 Nguyễn Ngọc Lân, Cao Minh Nga, Huỳnh Kim Ngân, Nguyễn Thanh Bảo (2017) "Sự kháng thuốc vi khuẩn gây bệnh thƣờng gặp bệnh phẩm đƣờng hô hấp dƣới Bệnh Viện Đại Học Y Dƣợc TP HCM năm (01/5/2015-30/4/2016)" Y học TPHCM, Phụ tập 21 (Số 1), 132-140 14 Nguyễn Ngọc Lân, Cao Minh Nga, Nguyễn Thị Thiên Kiều (2018) "Sự kháng thuốc vi khuẩn gây bệnh thƣờng gặp bệnh phẩm đƣờng hô hấp dƣới Bệnh Viện Đại Học Y Dƣợc TP HCM năm (01/5/2016-30/4/2017)" Y học Thành phố Hồ Chí Minh, Tập 22 (Số 4), 381-389 15 Trần Diệu Linh (2017) Nghiên cứu mức độ phân tử khả kháng carbapenem số vi khuẩn Gram âm phân lập từ bệnh nhân Bệnh viện Việt Đức Bệnh viện Quân đội 108, Dự thảo tóm tắt luận án tiến sĩ sinh học, Đại học quốc gia Hà Nội Trƣờng Đại học Khoa học tự nhiên 16 Đinh Thị Xuân Mai, Đặng Nguyễn Đoan Trang (2017) "Khảo sát tình hình sử dụng kháng sinh đề kháng kháng sinh Bệnh viện Đa Khoa Khu Vực Củ Chi" Y học Thành phố Hồ Chí Minh, Tập 21 (Số 5), 214-220 17 Hoàng Tiến Mỹ (2014) "Tình hình nhiễm khuẩn đề kháng kháng sinh Acinetobacter phân lập đƣợc bệnh nhân điều trị Bệnh Viện Đại Học Y Dƣợc TP HCM năm 2012 – 2013" Y học TPHCM, Tập 18 (Số 2), 36-42 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 18 Trần Thị Thanh Nga (2013) "Các tác nhân gây nhiễm khuẩn đƣờng tiết niệu thƣờng gặp đề kháng kháng sinh Bệnh Viện Chợ Rẫy" Y học Thành phố Hồ Chí Minh, Tập 17 (Phụ số 1), 578-581 19 Cao Minh Nga, Nguyễn Thị Yến Chi, Vũ Bảo Châu, Nguyễn Thanh Bảo (2013) "Sự đề kháng kháng sinh vi khuẩn Klebsiella spp E coli sinh ESBL phân lập Bệnh Viện 175" Y học Thành phố Hồ Chí Minh, Tập 17 (Phụ số 1), 279-285 20 Trần Thị Thanh Nga, Nguyễn Thanh Bảo, Cao Minh Nga (2015) "Tác nhân vi khuẩn gây nhiễm khuẩn huyết đề kháng kháng sinh Khoa hồi sức cấp cứu Bệnh viện Chợ Rẫy" Y học TPHCM, Tập 19 (Phụ số 1), 114-120 21 Đào Văn Phan (2011) Dược lý học, Nhà xuất Giáo dục, Việt Nam, 168216 22 Nguyễn Thành Tín, Nguyễn Thanh Bảo, Phạm Minh Châu, Nguyễn Tuấn Anh (2018) "Xác định kiểu hình kiểu gen vi khuẩn Escherichia coli Klebsiella pneumoniae tiết ESBL phân lập Bệnh viện tỉnh Bạc Liêu" Y học Thành phố Hồ Chí Minh, Phụ tập 22 (Số 5), 246-251 25 Ngô Xuân Thái, Lê Việt Hùng, Trần Lê Duy Anh, Tô Quyền, Trƣơng Xuân Học (2015) "Nhiễm khuẩn đƣờng tiết niệu vi khuẩn tiết ESBL Khoa Tiết niệu Bệnh viện Nhân dân Gia Định: Kết chẩn đoán điều trị" Y học Thành phố Hồ Chí Minh, Tập 19 (Số 4), 80-87 26 Lê Nữ Xuân Thanh, Lê Thị Ánh Ngọc, Nguyễn Thị Nam Liên, Ngô Viết Quỳnh Trâm1, Antonella Santona4, Pietro Cappuccinelli (2017) "Đặc điểm gen mã hoá carbapenemase chủng Acinetobacter baumannii kháng thuốc carbapenem" Tạp chí Y Dược học - Trường Đại học Y Dược Huế Tập (Số 5), 52-57 27 Hoàng Thị Thanh Thùy, Phạm Văn Ca, Nguyễn Vũ Trung, Nguyễn Thị Thúy Hằng, Lê Thu Hồng (2013) "Căn nguyên vi khuẩn gây nhiễm khuẩn huyết Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung Ƣơng năm 2012" Y học Việt Nam tháng 5, Số 2/2013, 89-92 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 28 Phạm Hiền Anh Thƣ (2012) Sự đề kháng kháng sinh tác nhân gây nhiễm khuẩn huyết phân lập Bệnh Viện Nhân Dân Gia Định từ 11/2011 – 10/2012, Luận văn Thạc sĩ Y học, Đại Học Y Dƣợc TPHCM, 38-58 23 Mai Văn Tuấn, Nguyễn Thanh Bảo (2008) "Khảo sát trực khuẩn gram âm sinh men - lactamase phổ mở rộng phân lập Bệnh viện Trung ƣơng Huế" Tạp chí Y học Thành phố Hồ Chí Minh, Tập 12 (Phụ số 1), 1-8 24 Nguyễn Sỹ Tuấn (2019) Nghiên cứu tính kháng carbapenem mức độ phân tử Acinetobacter baumannii gây nhiễm khuẩn Bệnh viện Đa khoa Thống Nhất Đồng Nai, Luận án Tiến sĩ Kỹ thuật, Đại học Quốc gia TPHCM, Trƣờng Đại học Bách Khoa 29 Đinh Vạn Trung, Nguyễn Thị Kim Phƣợng, Nguyễn Quang Toàn, Lê Thanh Hùng, Nguyễn Quang Hiếu (2017) "Nghiên cứu đề kháng kháng sinh Staphylococcus aureus Escherichia coli Bệnh viện Trung Ƣơng Quân Đội 108 từ tháng đến tháng năm 2016" Tạp chí Y Dược lâm sàng 108, Tập 12 (Số 5/2017), 157-161 30 Chu Thị Hải Yến, Phạm Thị Huỳnh Giao, Nguyễn Thị Hiếu Hòa, Trần Ngọc Thảo, Hồ Thị Hòa (2014) "Khảo sát tỉ lệ đề kháng kháng sinh vi khuẩn phân lập Bệnh viện Cấp cứu Trƣng Vƣơng" Y học Thành phố Hồ Chí Minh, Tập 18 (Số 5), 75-82 TIẾNG ANH 31 Ambler R P., Coulson A F., Frere J M., Ghuysen J M., Joris B., Forsman M., et al (1991) "A standard numbering scheme for the class A betalactamases" Biochem J, 276 ( Pt 1), 269-70 32 Ambler R P (1980) "The structure of beta-lactamases" Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci, 289 (1036), 321-31 33 Bauernfeind A., Schneider I., Jungwirth R., Sahly H., Ullmann U (1999) "A novel type of AmpC beta-lactamase, ACC-1, produced by a Klebsiella pneumoniae strain causing nosocomial pneumonia" Antimicrob Agents Chemother, 43 (8), 1924-31 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 34 Bradford P A (2001) "Extended-spectrum beta-lactamases in the 21st century: characterization, epidemiology, and detection of this important resistance threat" Clin Microbiol Rev, 14 (4), 933-51, table of contents 35 Bush K., Jacoby G A (2010) "Updated functional classification of betalactamases" Antimicrob Agents Chemother, 54 (3), 969-76 36 Bush K (2015) "A resurgence of beta-lactamase inhibitor combinations effective against multidrug-resistant Gram-negative pathogens" Int J Antimicrob Agents, 46 (5), 483-93 37 Clinical and Laboratory Standards Institute - CLSI (2018) Performance standards for antimicrobial susceptibiblity testing (28th edition CLSI standard M100-S28), Wayne, PA, pp 98-122 38 Gajdacs M., Abrok M., Lazar A., Burian K (2019) "Comparative Epidemiology and Resistance Trends of Common Urinary Pathogens in a Tertiary-Care Hospital: A 10-Year Surveillance Study" Medicina (Kaunas), 55 (7) 39 Ghafourian S., Sadeghifard N., Soheili S., Sekawi Z (2015) "Extended Spectrum Beta-lactamases: Definition, Classification and Epidemiology" Curr Issues Mol Biol, 17, 11-21 40 Ghotaslou R., Sadeghi M R., Akhi M T., Hasani A., Asgharzadeh M (2018) "Prevalence and Antimicrobial Susceptibility Patterns of ESBL, AmpC and Carbapenemase-producing Enterobactericeae Isolated from Hospitalized Patients in Azerbaijan, Iran" Iran J Pharm Res, 17 (Suppl), 79-88 41 Gude M J., Seral C., Saenz Y., Gonzalez-Dominguez M., Torres C., Castillo F J (2012) "Evaluation of four phenotypic methods to detect plasmidmediated AmpC beta-lactamases in clinical isolates" Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 31 (8), 2037-43 42 Hsu L Y., Apisarnthanarak A., Khan E., Suwantarat N., Ghafur A., Tambyah P A (2017) "Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii and Enterobacteriaceae in South and Southeast Asia" Clin Microbiol Rev, 30 (1), 1-22 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 43 Hu F., Guo Y., Yang Y., Zheng Y., Wu S., Jiang X., et al (2019) "Resistance reported from China antimicrobial surveillance network (CHINET) in 2018" Eur J Clin Microbiol Infect Dis 44 Jacoby G A (2009) "AmpC beta-lactamases" Clin Microbiol Rev, 22 (1), 161-82 45 Jawetz E., Brooks G F., Melnick J L., Adelberg E A (2013) "Antimicrobial Chemotherapy" Jawetz, Melnick, & Adelberg's medical microbiology, 1, 371-405 46 Jawetz E., Brooks G F., Melnick J L., Adelberg E A (2013) "Cases and clinical correlations" Jawetz, Melnick, & Adelberg's medical microbiology, 1, 777-807 47 Jean S S., Coombs G., Ling T., Balaji V., Rodrigues C., Mikamo H., et al (2016) "Epidemiology and antimicrobial susceptibility profiles of pathogens causing urinary tract infections in the Asia-Pacific region: Results from the Study for Monitoring Antimicrobial Resistance Trends (SMART), 2010-2013" Int J Antimicrob Agents, 47 (4), 328-34 48 Jean S S., Hsueh P R (2017) "Distribution of ESBLs, AmpC betalactamases and carbapenemases among Enterobacteriaceae isolates causing intra-abdominal and urinary tract infections in the Asia-Pacific region during 2008-14: results from the Study for Monitoring Antimicrobial Resistance Trends (SMART)" J Antimicrob Chemother, 72 (1), 166-171 49 Jean S S., Lee W S., Lam C., Hsu C W., Chen R J., Hsueh P R (2015) "Carbapenemase-producing Gram-negative bacteria: current epidemics, antimicrobial susceptibility and treatment options" Future Microbiol, 10 (3), 407-25 50 Katchanov J., Asar L., Klupp E M., Both A., Rothe C., Konig C., et al (2018) "Carbapenem-resistant Gram-negative pathogens in a German university medical center: Prevalence, clinical implications and the role of novel beta-lactam/beta-lactamase inhibitor combinations" PLoS One, 13 (4), e0195757 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 51 Khan A U., Maryam L., Zarrilli R (2017) "Structure, Genetics and Worldwide Spread of New Delhi Metallo-beta-lactamase (NDM): a threat to public health" BMC Microbiol, 17 (1), 101 52 Lan N P H., Hien N H., Le Thi Phuong T., Thanh D P., Thieu N T V., Ngoc D T T., et al (2017) "Phenotypic and genotypic characteristics of ESBL and AmpC producing organisms associated with bacteraemia in Ho Chi Minh City, Vietnam" Antimicrob Resist Infect Control, 6, 105 53 Larramendy S., Gaultier A., Giffon S., Thibaut S., Caillon J., Moret L., et al (2019) "Prevalence of extended-spectrum beta-lactamase-producing Escherichia coli in community-acquired urinary tract infections in Western France" Med Mal Infect 54 Literacka E., Herda M., Baraniak A., D Zabicka, Hryniewicz W., Skoczynska A., et al (2017) "Evaluation of the Carba NP test for carbapenemase detection in Enterobacteriaceae, Pseudomonas spp and Acinetobacter spp., and its practical use in the routine work of a national reference laboratory for susceptibility testing" Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 36 (11), 2281-2287 55 Lomovskaya O., Sun D., Rubio-Aparicio D., Nelson K., Tsivkovski R., Griffith D C., et al (2017) "Vaborbactam: Spectrum of Beta-Lactamase Inhibition and Impact of Resistance Mechanisms on Activity in Enterobacteriaceae" Antimicrob Agents Chemother, 61 (11) 56 Mahon R Connie, Lehman C Donald, Manuselis George (2011) Textbook of Diagnostic Microbiology IN 4th (Ed.) 57 Morrill H J., Pogue J M., Kaye K S., LaPlante K L (2015) "Treatment Options for Carbapenem-Resistant Enterobacteriaceae Infections" Open Forum Infect Dis, (2), ofv050 58 Nakai H., Hagihara M., Kato H., Hirai J., Nishiyama N., Koizumi Y., et al (2016) "Prevalence and risk factors of infections caused by extendedspectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Enterobacteriaceae" J Infect Chemother, 22 (5), 319-26 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 59 Paterson D L., Bonomo R A (2005) "Extended-spectrum beta-lactamases: a clinical update" Clin Microbiol Rev, 18 (4), 657-86 60 Perez F., El Chakhtoura N G., Papp-Wallace K M., Wilson B M., Bonomo R A (2016) "Treatment options for infections caused by carbapenemresistant Enterobacteriaceae: can we apply "precision medicine" to antimicrobial chemotherapy?" Expert Opin Pharmacother, 17 (6), 76181 61 Pierce V M., Simner P J., Lonsway D R., Roe-Carpenter D E., Johnson J K., Brasso W B., et al (2017) "Modified Carbapenem Inactivation Method for Phenotypic Detection of Carbapenemase Production among Enterobacteriaceae" J Clin Microbiol, 55 (8), 2321-2333 62 Philippon A., Arlet G., Jacoby G A (2002) "Plasmid-determined AmpCtype beta-lactamases" Antimicrob Agents Chemother, 46 (1), 1-11 63 Queenan A M., Bush K (2007) "Carbapenemases: the versatile betalactamases" Clin Microbiol Rev, 20 (3), 440-58 64 Rhodes A., Evans L E., Alhazzani W., Levy M M., Antonelli M., Ferrer R., et al (2017) "Surviving Sepsis Campaign: International Guidelines for Management of Sepsis and Septic Shock: 2016" Intensive Care Med, 43 (3), 304-377 65 Rubtsova M Y., Ulyashova M M., Bachmann T T., Schmid R D., Egorov A M (2010) "Multiparametric determination of genes and their point mutations for identification of beta-lactamases" Biochemistry (Mosc), 75 (13), 1628-49 66 Ruppe E., Woerther P L., Barbier F (2015) "Mechanisms of antimicrobial resistance in Gram-negative bacilli" Ann Intensive Care, (1), 61 67 Sun K., Xu X., Yan J., Zhang L (2017) "Evaluation of Six Phenotypic Methods for the Detection of Carbapenemases in Gram-Negative Bacteria With Characterized Resistance Mechanisms" Ann Lab Med, 37 (4), 305312 68 Tamma P D., Simner P J (2018) "Phenotypic Detection of CarbapenemaseProducing Organisms from Clinical Isolates" J Clin Microbiol, 56 (11) Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 69 The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters Version 8.1, 2018 http://www.eucast.org 70 Thomson K S (2010) "Extended-spectrum-beta-lactamase, AmpC, and Carbapenemase issues" J Clin Microbiol, 48 (4), 1019-25 71 Uechi K., Tada T., Shimada K., Kuwahara-Arai K., Arakaki M., Tome T., et al (2017) "A Modified Carbapenem Inactivation Method, CIMTris, for Carbapenemase Production in Acinetobacter and Pseudomonas Species" J Clin Microbiol, 55 (12), 3405-3410 72 Vanstone G L., Woodhead S., Roulston K., Sharma H., Wey E., Smith E R., et al (2018) "Improving the detection of carbapenemase-producing organisms (CPO) in a low-prevalence setting: evaluation of four commercial methods and implementation of an algorithm of testing" J Med Microbiol, 67 (2), 208-214 73 Wassef M., Behiry I., Younan M., El Guindy N., Mostafa S., Abada E (2014) "Genotypic Identification of AmpC beta-Lactamases Production in Gram-Negative Bacilli Isolates" Jundishapur J Microbiol, (1), e8556 74 World Health Organization (2014) Antimicrobial resistance: global report on surveillance, France, pp 9-30 75 World Health Organization (WHO) (2017) Global priority list of antibioticresistant bacteria to guide research, discovery, and development of new antibiotics, 5-7 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PHỤ LỤC 1: PHIẾU THU THẬP DỮ LIỆU KHẢO SÁT TRỰC KHUẨN GRAM ÂM TIẾT MEN KHÁNG β-LACTAM VÀ SỰ ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH STT: Ngày thu thập: Mã xét nghiệm: Khoa: THÔNG TIN VỀ VI SINH - Loại bệnh phẩm:  Máu  Đàm/Bệnh phẩm hô hấp  Nƣớc tiểu - Loài vi khuẩn:  Escherichia coli  Klebsiella pneumoniae  Pseudomonas aeruginosa  Acinetobacter baumannii  Khác: ghi rõ: - Tiết ESBL:  Âm tính  Dƣơng tính - Tiết AmpC:  Âm tính  Dƣơng tính - Tiết carbapenemase:  Âm tính  Dƣơng tính lớp A  Dƣơng tính lớp B  Dƣơng tính lớp D  Dƣơng tính khơng phân lớp - Sự đề kháng kháng sinh (KSĐ): Amikacin Cefoperaxone -sulbactam Cefotaxime Cefoxitin Ceftazidime Ceftriaxone Doripenem Fosfomycin Đkvvk /MIC S/I/R Levofloxacin Meropenem Netilmycin PiperacillinCefepime tazobactam Đkvvk /MIC S/I/R Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Colistin Doxycyclin Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh THƠNG TIN VỀ ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG - Tuổi: Giới: - Số ngày nằm viện: - Chi phí điều trị: - Chi phí sử dụng KS: - Kết điều trị:  Khỏi bệnh  Giảm bệnh  Không đổi  Nặng lên/tử vong - Số kháng sinh sử dụng: Ghi rõ: Số ngày sử dụng KS: - Sự phù hợp KS kinh nghiệm KSĐ:  Có  Khơng Kháng sinh kinh nghiệm trƣớc có KSĐ: Kết KSĐ KS kinh nghiệm sử dụng:  Nhạy  Trung gian  Kháng - Chẩn đoán định ni cấy vi khuẩn: Chẩn đốn xuất viện/tử vong: Điều trị khoa ICU:  Có  Khơng Tn thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PHỤ LỤC 2: KHÁNG SINH SỬ DỤNG VÀ ĐƢỜNG KÍNH VỊNG VÔ KHUẨN KHÁNG SINH SỬ DỤNG: Đối với trực khuẩn Gram âm đƣờng ruột: Dựa theo hƣớng dẫn CLSI, lựa chọn loại KS sau: Cefoxitin Cefotaxime Ceftazidime Ceftriaxone Cefoperaxone-sulbactam Amikacin Netilmicin Levofloxacin Meropenem 10 Doripenem 11 Piperacillin-tazobactam 12 Cefotaxime-acid clavulanic (để xác định ESBL) 13 Ceftazidime-acid clavulanic (để xác định ESBL) Với bệnh phẩm nƣớc tiểu, thêm Fosfomycin Đối với trực khuẩn Gram âm không lên men đƣờng: Dựa theo hƣớng dẫn CLSI, lựa chọn loại KS phù hợp với loại VK, số KS sau: Cefoxitin Cefotaxime Ceftazidime Ceftriaxone Cefoperaxone-sulbactam Amikacin Netilmicin Levofloxacin Meropenem 10 Doripenem 11 Piperacillin-tazobactam 12 Cefepime 13 Trimethoprim-sulfamethoxazole 14 Cefotaxime-acid clavulanic (để xác định ESBL) 15 Ceftazidime-acid clavulanic (để xác định ESBL) ĐƢỜNG KÍNH VỊNG VÔ KHUẨN: Đối với trực khuẩn Gram âm đƣờng ruột: Đƣờng kính vịng vơ khuẩn Kháng sinh S I R Cefoxitin ≥ 24 15-17 ≤ 14 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Cefotaxime Ceftazidime Ceftriaxone Cefoperaxone-sulbactam Netilmicin Amikacin Levofloxacin Meropenem Doripenem Piperacillin-tazobactam Fosfomycin ≥ 26 ≥ 21 ≥ 23 ≥ 21 ≥ 15 ≥ 17 ≥ 17 ≥ 23 ≥ 23 ≥ 21 ≥ 17 23-25 18-20 20-22 16-20 13-14 15-16 14-16 20-22 20-22 18-20 13-16 ≤ 22 ≤ 17 ≤ 19 ≤ 15 ≤ 12 ≤ 14 ≤ 13 ≤ 19 ≤ 19 ≤ 17 ≤ 12 Đối với trực khuẩn Gram âm không lên men đƣờng:  Pseudomonas aeruginosa Đƣờng kính vịng vơ khuẩn Kháng sinh S I R Ceftazidime ≥ 18 15-17 ≤ 14 Netilmicin ≥ 15 13-14 ≤ 12 Amikacin ≥ 17 15-16 ≤ 14 Levofloxacin ≥ 17 14-16 ≤ 13 Meropenem ≥ 19 16-18 ≤ 15 Doripenem ≥ 19 16-18 ≤ 15 Piperacillin-tazobactam ≥ 21 15-20 ≤ 14 Cefepime ≥ 18 15-17 ≤ 14  Acinetobacter spp Kháng sinh Cefotaxime Ceftazidime Ceftriaxone Amikacin Levofloxacin Meropenem Doripenem Piperacillin-tazobactam Doxycyclin Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Đƣờng kính vịng vơ khuẩn S I R ≥ 23 15-22 ≤ 14 ≥ 18 15-17 ≤ 14 ≥ 21 14-20 ≤ 13 ≥ 17 15-16 ≤ 14 ≥ 17 14-16 ≤ 13 ≥ 18 15-17 ≤ 14 ≥ 18 15-17 ≤ 14 ≥ 21 18-20 ≤ 17 ≥ 13 10-12 ≤9 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PHỤ LỤC 3: QUY TRÌNH NI CẤY CÁC LOẠI BỆNH PHẨM Quy trình cấy máu: Quy trình cấy đàm: Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Quy trình cấy nƣớc tiểu: Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn