Nghiên cứu ứng dụng tin sinh học trong việc phát triển vắcxin và thuốc

BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP.HCM TRƯỜNG ĐH KHOA HỌC TỰ NHIÊN CHƯƠNG TRÌNH KHCN CẤP NHÀ NƯỚC KC.04/06-10 BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ KHOA HỌC CÔNG NGHỆ ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG TIN SINH HỌC TRONG VIỆC PHÁT TRIỂN VĂCXIN VÀ THUỐC MÃ SỐ KC.04.18/06-10 Chủ nhiệm đề tài: Cơ quan chủ trì đề tài: PGS.TS. BÙI VĂN LỆ GS. TS Trần Linh Thước Ban chủ nhiệm Chương trình Bộ Khoa học và Công nghệ Văn phòng các Chương trình GS.TSKH. Trần Duy Quý TP Hồ Chí Minh - 2010 i MỤC LỤC  i  ix  xiii  xix  1  14  15  15 3.   15  15  16  16 3. 17  19  20  22 4.   24  24  25  27  28 5.   30 5  30 ii   31  33   34   35   35  35   36  e 40   43  MHC 45  49   50  50    50  c nhn din bi t  ng 54 1.2.4. Kt lun 58 iii  D LIU VIRUS  59 2.1. L thit l d liu (CSDL) chung  59 t v 59 2.1.2. Vt li  59 2.1.3. Kt qu n lun 60 2.1.4. Kt lun 62  d lim phc v n o t 64 t v 64 2.2.2. Vt li 64 2.2.3. Kt qu n lun 68 2.2.4. Kt lun 73 U D  76 u d n din bi t   a virus H5N1 76 3.1.1. D n din bi t  bo ANN 76   84 3.1.3  90   HMM- SVM 96 iv 3.1.5.  epitope virus H5N1  HMM- ANN 99   102    102   109   116    119    125    130   132  132  134  134  142  152 v 4.2.  H5N1  153  153  153  154  158  164  H5N1    164  164 4.3. 165  165  165  168  175     176  176  177  177  181  186   VIRUS H5N1  188  188 vi  193 5.3.  193  193  194  194  198   198   202 5.4.3.    204   207   208 TRONG  209 t v 209 6.2. Vt li 210 6.2.1. Vt liu 210 6.2.2.  211  222 6.3.1.   222 vii 6.3.2.   234  240 6.3.4.   244  247  247  247   249  250 1.1 250  251 1.3.  254  254  254  255  256  265  266   303   315   322   viii  335    337  -SVM 343  HMM-ANN 355   360   374   382     386  E. coli   400     421 [...]... trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ về việc phê duyệt tổ chức, cá nhân trúng tuyển chủ trì đề tài, thuộc Chương trình Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học , mã số KC.04.18/06-10 Quyết định của Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ về việc phê duyệt kinh phí các đề tài cấp Nhà nước bắt đầu thực hiện năm, thuộc Chương trình Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học , mã số KC.04.18/0610... sự phát triển của lĩnh vực Tin sinh học trên nền tảng sinh học ở nước ta Sự thành công của đề tài đồng thời sẽ tạo cơ sở khoa học cho việc phát triển vắcxin trên các tác nhân gây bệnh khác - Sản phẩm nổi bật thuộc nội dung ứng dụng tin sinh học phục vụ phát triển thuốc là polypeptid tái tổ hợp ức chế độc tố thần kinh nọc rắn được thiết kế bằng công cụ Tin sinh học, là nguyên liệu để có thể tiếp tục phát. .. liệu để có thể tiếp tục phát triển thành thuốc trung hòa nọc rắn Hiện nay, ứng dụng Tin sinh học trong nghiên cứu cấu trúc, chức năng của các protein, enzyme vẫn là một hướng ứng dụng mới tại Việt Nam Các kết quả nghiên cứu của đề tài sẽ là cơ sở để mở rộng triển khai hướng nghiên cứu mới này không chỉ đối với lĩnh vực sinh học mà cả trong ngành Dược nhằm phát triển các loại thuốc mới chữa trị nhiều bệnh... chú* - Hội thảo: Ứng dụng Tin sinh học trong thiết kế phát triển vắcxin, 15 tr.đ - Hội thảo: Ứng dụng Tin sinh học trong thiết kế phát triển thuốc; 15 tr đ - Lý do thay đổi (nếu có): Không thực hiện được do không thu xếp được thời gian thích hợp 8 Tóm tắt các nội dung, công việc chủ yếu: (Nêu tại mục 15 của thuyết minh, không bao gồm: Hội thảo khoa học, điều tra khảo sát trong nước và nước ngoài) Thời... sinh học trong việc thiết kế phát triển vắcxin và thuốc Mã số đề tài: KC.04.18/06-10 Thuộc: Chương trình Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học , mã số KC.04/06-10 2 Chủ nhiệm đề tài: Họ và tên: BÙI VĂN LÊ Ngày, tháng, năm sinh: 1949 Nam/ Nữ: nam Học hàm, học vị: Tiến sỹ Chức danh khoa học: Phó giáo sư; Chức vụ: Trưởng Bộ môn CNSH Thực vật & Chuyển hóa sinh học Điện thoại: Tổ chức: 08-38301331;... Đơn vị NCLS ĐH Oxford Phần B Nghiên cứu, ứng dụng Tin sinh học trong việc thiết kế phát triển thuốc 9 NỘI DUNG 9: Phân tích 03/2008 08/2008 - ĐT Hoàng, TN Hải thông tin cấu trúc của độc tố - Viện CNSH thần kinh nọc rắn và thụ thể 08/2008 05/2009 nAChR 10 NỘI DUNG 10: Nghiên cứu 05/2008 06/2009 - ĐT Hoàng, NH thiết kế polypeptid ức chế nọc Thanh, TN Hải rắn bằng mô phỏng động học 12/2009 10/2009 - Viện... Người, Số - tháng … năm) công việc chủ yếu cơ quan TT (Các mốc đánh giá chủ yếu) thực hiện Theo kế Thực tế hoạch đạt được Phần A Nghiên cứu, ứng dụng Tin sinh học trong việc thiết kế phát triển văcxin 1 NỘI DUNG 1: Nghiên cứu 03/2008 03/2008 - VC Quy, CTN các chương trình dự đoán – – Phượng epitope kháng nguyên virút 05/2008 05/2008 - Trường ĐH KHTN H5N1 2 NỘI DUNG 2: Nghiên cứu 03/2008 03/2008 - VC Quy... 6.3 Tác dụng của hỗn dịch peptide và α-cobratoxin đến tỉ lệ chết và biểu hiện chức năng chuột thí nghiệm 247 xxi ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP HỒ CHÍ MINH TRƯỜNG ĐH KHOA HỌC TỰ NHIÊN CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự do - Hạnh phúc TP Hồ Chí Minh, ngày 20 tháng 09 năm 2010 BÁO CÁO THỐNG KÊ KẾT QUẢ THỰC HIỆN ĐỀ TÀI I THÔNG TIN CHUNG 1 Tên đề tài: Nghiên cứu, ứng dụng Tin sinh học trong việc thiết... hóa nhưng tạo nguyên liệu để có thể tiếp tục phát triển thành văcxin dùng cho người phòng virút cúm H5N1 nói riêng và virút cúm A nói chung, hoặc tiếp tục nghiên cứu phát triển thành thuốc trung hòa nọc rắn Đề tài góp phần tăng cường tiềm lực cán bộ Tin sinh học của Trường ĐH Khoa học Tự nhiên (ĐHQG-HCM) và Viện Công nghệ Sinh (Viện KHCN Việt Nam) nói riêng và tại Việt Nam nói chung 12 3 Tình hình thực... sản phẩm KHCN đã được ứng dụng vào thực tế: không có 2 Đánh giá về hiệu quả do đề tài, dự án mang lại: a) Hiệu quả về khoa học và công nghệ: (Nêu rõ danh mục công nghệ và mức độ nắm vững, làm chủ, so sánh với trình độ công nghệ so với khu vực và thế giới…) Đề tài có các sản phẩm công nghệ nổi bật sau đây: - Các sản phẩm nổi bật thuộc nội dung ứng dụng tin sinh học phục vụ phát triển văcxin: (1) Cở sở . KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP.HCM TRƯỜNG ĐH KHOA HỌC TỰ NHIÊN CHƯƠNG TRÌNH KHCN CẤP NHÀ NƯỚC KC.04/06-10 BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ KHOA HỌC CÔNG NGHỆ ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG. BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ KHOA HỌC CÔNG NGHỆ ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG TIN SINH HỌC TRONG VIỆC PHÁT TRIỂN VĂCXIN VÀ THUỐC MÃ SỐ KC.04.18/06-10 Chủ nhiệm đề tài: Cơ quan chủ trì đề tài:. đề tài: PGS.TS. BÙI VĂN LỆ GS. TS Trần Linh Thước Ban chủ nhiệm Chương trình Bộ Khoa học và Công nghệ Văn phòng các Chương trình GS.TSKH. Trần Duy Quý TP Hồ Chí Minh - 2010