TNU Journal of Science and Technology 227(10) 259 267 http //jst tnu edu vn 259 Email jst@tnu edu vn APPLICATION OF MULTIPLEX PCR TO DETERMINE SEROTYPE AND VIRULENCE GENES OF Streptococcus agalactiae[.]
TNU Journal of Science and Technology 227(10): 259 - 267 APPLICATION OF MULTIPLEX-PCR TO DETERMINE SEROTYPE AND VIRULENCE GENES OF Streptococcus agalactiae CAUSING DISEASE IN NILE TILAPIA Pham Hong Nhat1*, Vu Thi Huyen1, Vu Thi Trang1, Ngo Phu Thoa2,3 Pham Thu Uyen2, Nguyen Thi Nhien2, Pham Anh Tuan4, Phan Thi Van1 1Research 3Mavin Institute for Aquaculture No.1 (RIA1), 2Vietnam National University of Agriculture (VNUA), Group, 4Vietnam Fisheries Society (VINAFIS) ARTICLE INFO ABSTRACT Received: 25/5/2022 Because of its superiority, multiplex-PCR is frequently used in molecular characterization to identify several target genes in the same reaction, conserving time, chemicals, effort, and achieving high efficiency In this study, we used multiplex-PCR to detect the serotype and virulence genes of S agalactiae that cause disease in Nile tilapia The My TaqTM HS Mix kit was utilized to optimize the multiplex-PCR reaction, which used 2-step thermal cycling S agalactiae that causes disease in Nile tilapia in Vietnam has serotypes Ia and III, which comprise 11-13 virulence genes from three main virulence groups (adhesion, invasion, and immune evasion) It proves that all of the strains are virulent This result will be used to determine the virulence of S agalactiae in order to develop molecular markers (microsatellites and SNPs) for selective breeding of disease-resistant Nile tilapia in Vietnam Revised: 20/7/2022 Published: 20/7/2022 KEYWORDS Multiplex-PCR Streptococcus agalactiae Serotype Ia Serotype III Virulence genes ỨNG DỤNG PHẢN ỨNG MULTIPLEX-PCR ĐỂ XÁC ĐỊNH KIỂU HUYẾT THANH VÀ GEN ĐỘC LỰC CỦA VI KHUẨN Streptococcus agalactiae GÂY BỆNH TRÊN CÁ RÔ VẰN Phạm Hồng Nhật1*, Vũ Thị Huyền1, Vũ Thị Trang1, Ngô Phú Thỏa2,3 Phạm Thu Uyên2, Nguyễn Thị Nhiên2, Phạm Anh Tuấn4, Phan Thị Vân1 1Viện 3Tập Nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản I, 2Học Viện Nông nghiệp Việt Nam đồn Mavin, 4Hội Nghề cá Việt Nam THƠNG TIN BÀI BÁO TÓM TẮT Phản ứng multiplex-PCR ứng dụng rộng rãi nghiên cứu phân tử tính ưu việt Phản ứng multiplex-PCR Ngày hoàn thiện: 20/7/2022 xác định đồng thời nhiều gen mục tiêu mồi phản ứng, giúp tiết kiệm thời gian, hóa chất, cơng sức đặc biệt có Ngày đăng: 20/7/2022 hiệu cao Trong nghiên cứu này, ứng dụng phản ứng multiplex-PCR để phát kiểu huyết gen độc lực vi TỪ KHÓA khuẩn Streptococcus agalactiae gây bệnh xuất huyết cá rô phi Multiplex-PCR vằn (Oreochromis niloticus) Phản ứng multiplex-PCR tối ưu dựa kit My Taq™ HS Mix 2× sử dụng chu trình nhiệt bước Streptococcus agalactiae Kết xác định vi khuẩn S agalactiae gây bệnh cá rô Kiểu huyết Ia phi vằn Việt Nam mang kiểu huyết Ia III, chứa 11-13 gen Kiểu huyết III độc lực thuộc nhóm yếu độc lực giúp phát động trình gây Gen độc lực bệnh vi khuẩn (yếu tố bám dính, yếu tố xâm nhập yếu tố kháng miễn dịch) Điều chứng tỏ chủng nghiên cứu mang độc lực Kết ứng dụng để xác định độc lực vi khuẩn S agalactiae phục vụ phát triển thị phân tử (microsatellite SNPs) chọn giống cá rô phi vằn kháng bệnh xuất huyết DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.6044 Ngày nhận bài: 25/5/2022 * Corresponding author Email: hongnhat@ria1.org http://jst.tnu.edu.vn 259 Email: jst@tnu.edu.vn TNU Journal of Science and Technology 227(10): 259 - 267 Mở đầu Cá rô phi đối tượng nuôi nước quan trọng Việt Nam nói riêng giới nói chung Cá rô phi phổ biến 145 quốc gia, cá rơ phi vằn (Oreochromis niloticus) chiếm 75% tổng sản lượng cá rô phi giới [1], [2] Tuy nhiên, năm gần đây, dịch bệnh cá rô phi gây thiệt hại lớn cho người ni Trong đó, bệnh xuất huyết vi khuẩn nhóm liên cầu khuẩn (Streptococcosis) phổ biến gây thiệt hại nghiêm trọng cho nghề nuôi cá rô phi toàn giới [3], [4] Ở Việt Nam, bệnh xuất huyết vi khuẩn Streptococcus agalactiae báo cáo lần năm 2009, gây chết hàng loạt cá rô phi nuôi thương phẩm (86-100%) số vùng nuôi cá rô phi trọng điểm miền Bắc, xuất hàng năm, từ tháng đến tháng 9, nhiệt độ cao chất lượng nước ao nuôi [5] Vi khuẩn S agalactiae có chế độc lực khác để phát động trình nhiễm trùng gây bệnh cá Nhiều nghiên cứu chứng minh việc xác định yếu tố độc lực định loại kiểu huyết thanh, giúp dự đoán mức độ độc lực, khả gây bệnh chủng vi khuẩn định tương lai [6]-[8] Ở vi khuẩn S agalactiae, có 7-14 gen xác định có vai trị định độc lực vi khuẩn, chịu trách nhiệm cho xâm nhập, lan truyền thành cơng trốn tránh phịng thủ miễn dịch vật chủ, bao gồm: Yếu tố bám dính (fbsA, fbsB, pavA, lmb scpB), yếu tố xâm lấn (cylE, cfb, spb1, hylB, rib bca) yếu tố né tránh miễn dịch (bac, scpB, cspA, Pl-2b pbp1A/ponA) [9], [10] Bên cạnh đó, vi khuẩn S agalactiae có kiểu huyết thanh/ kiểu hình (Serotype) khác dựa vào kháng nguyên bề mặt vỏ capsular Vi khuẩn S agalactiae có 10 kiểu huyết khác (Ia, Ib II đến IX), kiểu huyết Ia, Ib, III, IV IX kiểu huyết gây bệnh cá rơ phi [7], [8], [11]-[17] Nhiều nghiên cứu chứng minh mối tương quan nhóm gen độc lực vi khuẩn S agalactiae với kiểu huyết kết lây nhiễm thực nghiệm [7], [8] Trong đó, chủng vi khuẩn S agalactiae có huyết Ia nguyên nhân gây bệnh xuất huyết cho cá rơ phi [7], [8], [15] PCR đa mồi (Multiplex-PCR) kỹ thuật sinh học phân tử phổ biến để khuếch đại nhiều trình tự mục tiêu với tham gia nhiều cặp mồi phản ứng PCR Multiplex-PCR kỹ thuật để phát đoạn gen dystrophin (liên quan đến loạn dưỡng cơ), mô tả lần vào năm 1988 [18] Ưu điểm kỹ thuật tiết kiệm thời gian, hóa chất, chi phí, cơng sức, lượng mẫu đầu vào, hạn chế âm tính/dương tính giả; có hạn chế việc thiết kế mồi cho số gen mục tiêu ghép Multiplex phức tạp (các mồi phải có nhiệt độ nóng chảy tương tự nhau, khơng có bắt cặp - Dimer), ức chế hoạt động lẫn mồi, độ nhạy thường phản ứng PCR đơn mồi [19] Những hạn chế phản ứng multiplex-PCR khắc phục dựa công cụ sinh học phân tử đại, kỹ thuật ứng dụng rộng rãi nghiên cứu phát mầm bệnh, xác định kiểu gen SNP, phát sinh vật biến đổi gen, phân tích đột biến, đa hình, xóa gen, định lượng mẫu [20]-[23] Chính thế, chúng tơi thực nghiên cứu "Ứng dụng phản ứng multiplex-PCR xác định kiểu huyết gen độc lực vi khuẩn Streptococcus agalactiae gây bệnh cá rô phi vằn" để phát vi khuẩn chứa độc lực cao, nguồn vật liệu cho phát triển thị phân tử liên kết khả kháng bệnh vi khuẩn S agalactiae cá rô phi vằn Vật liệu phương pháp nghiên cứu 2.1 Vật liệu nghiên cứu Ba chủng vi khuẩn S agalactiae 013-RIA1; 015-RIA1 023-RIA1 phân lập từ cá rô phi vằn nhiễm bệnh xuất huyết vùng nuôi cá rô phi nước lợ mặn tại tỉnh Hà Tĩnh, Bắc Ninh Yên Bái Các chủng vi khuẩn lưu giữ tại Trung tâm Quan trắc môi trường bệnh thủy sản miền Bắc (CEDMA), Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản I (RIA1) http://jst.tnu.edu.vn 260 Email: jst@tnu.edu.vn TNU Journal of Science and Technology 227(10): 259 - 267 2.2 Phương pháp nghiên cứu Chuẩn bị vi khuẩn S agalactiae Vi khuẩn nuôi tăng sinh môi trường canh từ não tim (Brain heart infusion broth - BHIB, Merck) 24 30C Thành phần môi trường canh BHI gồm: g/L tim bò; 12,5 g/L não bê; 2,5 g/L NaH2PO4; g/L D(+)-glucose; 10 g/L peptone g/L NaCl Sau đó, ly tâm dịch ni cấy 7.000 vịng/phút phút Thu dịch lọc vi khuẩn mật độ 109 cfu/ml máy so màu quang phổ bước sóng 590 nm kết hợp với phương pháp đếm số khuẩn lạc môi trường chọn lọc Chromagar Strep B (Melab, Việt Nam) Tách chiết DNA vi khuẩn S agalactiae DNA vi khuẩn S agalactiae tách chiết theo kit Exgene tissue SV (GeneAll, Hàn Quốc) Quy trình tách chiết theo hướng dẫn nhà sản xuất Sản phẩm DNA vi khuẩn kiểm định chất lượng phản ứng PCR khuếch đại vùng gen 16S rRNA vi khuẩn S agalactiae sử dụng cặp mồi Universal primers 8F (5’-GTTTACCTTGTTACGACTT-3’) 1492R (5’-AGAGTTTGATCCTGGATGCTCAG-3’) theo Laith cộng (2017) [24] Đối chứng dương chủng chuẩn ATCC-13813 (NR040821.1), Nhật Bản Thành phần phản ứng PCR thiết lập dựa kit My Taq Mix 2× (Meridian Bioscience, Đức); với thể tích 25µl gồm 12,5µl MyTaq Mix 2ì; 1àl mi 10àM mi loai; 1àl DNA khuụn v H2O đề ion Chu trình nhiệt cho phản ứng PCR sau: 95°C phút; sau 35 chu kỳ (95°C 60 giây, 55°C 60 giây, 72°C phút); cuối 72°C phút Sản phẩm PCR kiểm tra điện di gel agarose 1,5% với thang DNA chuẩn 50bp (Hyper LadderTM 50 bp - Bioline, Mỹ) Sản phẩm PCR gen 16S rRNA tinh sạch kít QIAquick PCR purification (Qiagen, Đức), theo hướng dẫn nhà sản xuất Sản phẩm tinh sạch giải trình tự hệ thống ABI PRISM 3500 (First Base, Malaysia) Trình tự gen đánh giá tín hiệu nucleotide, chỉnh sửa, loại bỏ tín hiệu nhiễu phần mềm Finch TV 1.4.0 BioEdit 7.0.5 Trình tự gen 16S rRNA hồn chỉnh vi khuẩn công bố GenBank (NCBI) so sánh mức độ tương đồng (Percentage of Identities) với trình tự gen 16S rRNA khác cơng bố sử dụng công cụ BLAST NCBI Tối ưu phản ứng Multiplex-PCR xác định kiểu huyết vi khuẩn S agalactiae Năm kiểu huyết vi khuẩn S agalactiae gây bệnh phổ biến cá rô phi xác định sử dụng phản ứng multiplex-PCR với cặp mồi đặc hiệu khuếch đại gen cps (cpsL, cpsG, cpsJ, cpsI) chu trình nhiệt nghiên cứu Imperi cộng (2010) [25], với số thay đổi thành phần phản ứng Phản ứng Multiplex-PCR xác định kiểu huyết vi khuẩn tối ưu theo kit My Taq™ HS Mix 2× (Meridian Bioscience, Đức) Thành phần phản ứng multiplex-PCR thể tích 50µl gm: 25àl MyTaq HS Mix 2ì; 1àl mi xuụi v mồi ngược loại (nồng độ mồi 10µM), 5µl DNA vi khuẩn (~100 ng) nước đề ion Chu trình nhiệt thực phụ lục kèm theo Sản phẩm multiplex-PCR điện di gel agarose 2% Kết xác định diện nhiều băng sản phẩm PCR Tối ưu phản ứng Multiplex-PCR xác định 14 gen độc lực vi khuẩn S agalactiae Hỗn hợp cặp mồi (Multiplex) 14 gen độc lực thiết kế phần mềm Multiplex Manager software [26] dựa nhiệt độ gắn mồi cặp mồi Việc bắt chéo cặp mồi kiểm tra online Multiple Primer Analyzer (Thermo Scientific, UK) Trình tự mồi gen sbp1 (mã số GenBank AF485279.1) với kích thước 666 bp thiết kế online công cụ Primer3 (https://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/ ) Thông tin chi tiết tổ hợp Multiplex 14 gen độc lực vi khuẩn S agalactiae trình bày bảng Thành phần phản ứng Multiplex-PCR xác định gen độc lực vi khuẩn S agalactiae tương tự phản ứng Multiplex-PCR xác định kiểu huyết Chu trình nhiệt hai bước với nhiệt độ gắn mồi 55oC 60oC thực sau: Giai đoạn tiền biến tính 95°C phút; tiếp 25 chu kỳ lần (biến tính 95°C 60 giây, gắn mồi 55°C 60 giây, http://jst.tnu.edu.vn 261 Email: jst@tnu.edu.vn TNU Journal of Science and Technology 227(10): 259 - 267 tổng hợp kéo dài 72°C phút); 25 chu kỳ lần (biến tính 95°C 60 giây, gắn mồi 60°C 60 giây, tổng hợp kéo dài 72°C phút); hoàn thành 72°C 10 phút giữ 4°C Sản phẩm PCR kiểm tra tương tự nội dung Bảng Thông tin mồi sử dụng xác định 14 gen độc lực vi khuẩn S agalactiae Nhân tố độc lực vi khuẩn Multiplex I: Fibrinogen-binding protein B/ fbsB C-β protein/ bac CAMP factor/ cfb β-hemolysin/ cytolysin/ cylE Fibrinogen-binding protein A/ fbsA Multiplex II: Penicillin-binding protein1A/ pbp1A/ponA Fibronectin-binding protein/ pavA C-α protein/ bca Hyaluronate lyase/ hylB Laminin-binding protein/ lmb Multiplex III: Serine protease/ cspA Hemolysin III/ spb1 Hemolysin III / spb1 modified Surface protein/ rib C5a peptidase/ scpB Nhiệt độ gắn mồi (oC) Kích thước sản phẩm PCR (bp) F: CACTCGATAACACTGTGGAT R: CTGGAACTGTTTCTGTCTTG F: CTCCAAGCTCTCACTCATAG R: GAAACATCTGCCACTGATAC F: GGATTCAACTGAACTCCAAC R: GACAACTCCACAAGTGGTAA F: GTACATTAGGTGCCTTTGG R: TACTCAGCCTTTCTCCATC F: AACCGCAGCGACTTGTTA R: AAACAAGAGCCAAGTAGGTC 55,15 936 55,07 750 55,22 600 Xâm nhập 54,12 564 Xâm nhập 56,19 278 Bám dính F: AGGGGTAGTAGCATTACCAT 53,71 939 Trình tự mồi (5’-3’) Vai trị Bám dính Kháng miễn dịch Kháng miễn dịch R: CAACTATATGACTGGGATCG F: TACTACCAAGAGAAGGCTGA R: GGAGAGACGAGCTTTAGAGT F: TAACAGTTATGATACTTCACAGAC R: ACGACTTTCTTCCGTCCACTTAGG F: TCTATGCTGACGGTTCTTAC R: GAGGTCTAAGTTTCGCTCTT F: TCAGTTAGTTGCTCTGCTTC R: CTTTATGACCCACATACCTG 53,94 729 Bám dính 54,17 535 Xâm nhập 54,53 323 Xâm nhập 54,19 152 Bám dính F: CTGCTAAAGCACACCTAAAC R: ATCAGTAGTGGTTCCTTTCC F: CTGCTCCAAGCATAATGCTT R: ACCCATCAGAACCAAAAGT F: CAAAAAGGCGCAACCTATAA R: AGTTGCTTTTTCCGAACCTT F: GGGGTTACACAAGGTAATCT R: TCCACTTAGGATCGTTTG F: ACAACGGAAGGCGCTACTGTTC R: ACCTGGTGTTTGACCTGAACTA 55,37 971 54,99 648 Xâm nhập 58,23 666 Xâm nhập 51,07 425 Xâm nhập 59,17 255 Bám dính Kháng miễn dịch Kết nghiên cứu thảo luận 3.1 Tách chiết DNA vi khuẩn S agalactiae Kết điện di sản phẩm PCR khuếch đại vùng gen 16S rRNA 03 mẫu vi khuẩn phân tích cho thấy vạch băng sáng rõ, không bị đứt gãy Sản phẩm PCR xuất vạch băng DNA với kích thước khoảng 1.400bp tương ứng với đối chứng dương (chủng chuẩn ATCC-13813), bên cạnh mẫu đối chứng âm không xuất vạch băng DNA (Hình 1) Trình tự gen 16S rRNA hồn chỉnh vi khuẩn S agalactiae xác định gồm 1.421 nucleotide đăng ký GenBank với mã số OK047709.1 http://jst.tnu.edu.vn 262 Email: jst@tnu.edu.vn TNU Journal of Science and Technology 227(10): 259 - 267 Hình Hình ảnh điện di sản phẩm PCR khuếch đại vùng gen 16S rRNA vi khuẩn S agalactiae gel agarose 2% Giếng 1: Chủng 013-RIA1; Giếng 2: Chủng 023-RIA1; Giếng 3: Chủng 015-RIA1; Giếng (-): Mẫu đối chứng âm; Giếng (+): Mẫu đối chứng dương; M: Ladder 50bp Kết BLAST so sánh mức độ tương đồng gen 16S rRNA chủng nghiên cứu với chủng công bố GenBank thấy rằng, trình tự 16S rRNA chủng phân lập tương đồng ≥ 99,86% với chủng vi khuẩn S agalactiae phân lập từ cá nước nước biển, bao gồm: cá chẽm Iran (MW680900.1), cá mập Israel (MK517599.1); cá chạch (MH423900.1) Trung Quốc; chủng chuẩn ATCC.13813 (NR040821.1) ATCC.700208 (MK330564.1), phụ lục kèm theo Điều chứng tỏ DNA vi khuẩn S agalactiae tách chiết thành công, kết đáng tin cậy 3.2 Tối ưu phản ứng Multiplex PCR xác định kiểu huyết vi khuẩn S Agalactiae Serotype Ia: cpsL (688) + cpsG (272) Serotype III: cpsL (688) + cpsG (352) Hình Hình ảnh điện di sản phẩm Multiplex-PCR xác định kiểu huyết vi khuẩn S agalactiae Giếng 1: Chủng 013-RIA1; Giếng 2: Chủng 023-RIA1; Giếng 3: Chủng 015-RIA1; Giếng (-): Mẫu ĐC âm; M: Ladder 50bp Phản ứng multiplex-PCR phát triển để xác định kiểu huyết vi khuẩn S agalactiae dựa diện gen cps (cpsG, cpsJ cpsL) Kết điện di sản phẩm Multiplex-PCR xác định kiểu huyết vi khuẩn S agalactiae xuất vạch băng sáng rõ, không bị đứt gãy (Hình 2) Kết cho thấy chủng 015-RIA1 013-RIA1 có kiểu huyết Ia, với diện gen cpsL (khoảng 700bp) cpsG (khoảng 250bp); chủng 023-RIA1 có kiểu huyết III, với diện gen cpsL (khoảng 700bp) cpsG (khoảng 350bp) Kết phù hợp với liệu từ nước Đông Nam Á xung quanh http://jst.tnu.edu.vn 263 Email: jst@tnu.edu.vn TNU Journal of Science and Technology 227(10): 259 - 267 (Malaysia, Thái Lan, Philippine) Trung Quốc, tất báo cáo vi khuẩn S agalactiae mang kiểu huyết Ia nguyên nhân phổ biến gây bệnh xuất huyết cá rô phi nuôi; Trung Quốc 90%; Đài Loan 100%, Philippine 83%, Thái Lan 44% [7], [8], [13], [16], [17] 3.3 Tối ưu phản ứng Multiplex-PCR xác định 14 gen độc lực vi khuẩn S agalactiae Trong trình tối ưu phản ứng multiplex-PCR xác định gen độc lực vi khuẩn S agalactiae, chúng tơi lựa chọn chu trình nhiệt hai bước Trong đó, nhiệt độ gắn mồi chu trình nhiệt bước bước 55°C 60°C, dựa vào nhiệt độ gắn mồi tổ hợp mồi Multiplex; lựa chọn 25 chu kỳ cho chu trình nhiệt Kết cho thấy, 13/14 gen độc lực vi khuẩn S agalactiae tối ưu thành công, trừ gen sbp1 thuộc multiplex III Sau đó, phản ứng PCR khuếch đại gen sbp1 thực độc lập Kết điện di sản phẩm PCR gen sbp1 cho băng sáng rõ kích thước khoảng 650bp tương ứng với kích thước dự kiến (hình 3) Như đề cập trên, nhược điểm phản ứng Multiplex-PCR thường xảy tượng ức chế hoạt động lẫn cặp mồi, nguyên nhân dẫn đến tượng không xuất gen sbp1 phản ứng Multiplex III nêu Hình Hình ảnh điện di sản phẩm Multiplex-PCR xác định gen độc lực vi khuẩn S.agalactiae Giếng 1,3,5: Chủng 015-RIA1(serotype Ia); Giếng 2,4,6: Chủng 023-RIA1 (serotype III); Giếng 7: Sản phẩm PCR gen sbp1 chủng 023-RIA1; M: Ladder 50bp Sau đó, mồi thiết kế dựa trình tự gen sbp1 GenBank có mã số AF485279.1 với kích thước 666 bp Phản ứng multiplex-PCR phát triển để xác định 14 gen độc lực vi khuẩn S agalactiae, tùy thuộc vào kiểu huyết khác Vi khuẩn mang kiểu huyết Ia chứa 11 gen độc lực, thiếu gen lmb (khoảng 150 bp) nhóm Multiplex II; thiếu gen sbp1 (khoảng 650 bp) gen scpB (khoảng 250 bp) nhóm Multiplex III Vi khuẩn mang kiểu huyết III chứa 13 gen độc lực, thiếu gen bac (750 bp) nhóm Multiplex I (Hình 4) Kết tương ứng với kết nghiên cứu gen độc lực vi khuẩn S agalactiae Thái Lan [7], Philippine [8] Các nghiên cứu xác định vi khuẩn S agalactiae chứa 11-13 gen độc lực, số lượng tùy thuộc vào kiểu huyết vi khuẩn http://jst.tnu.edu.vn 264 Email: jst@tnu.edu.vn TNU Journal of Science and Technology 227(10): 259 - 267 Hình Hình ảnh điện di sản phẩm Multiplex-PCR xác định gen độc lực vi khuẩn S.agalactiae Giếng 1,4,7: Chủng 013-RIA1; Giếng 2,5,8: Chủng 023-RIA1; Giếng 3,6,9: Chủng 015-RIA1; Giếng (-): Mẫu ĐC âm; M: Ladder 50bp Tuy nhiên, kết tối ưu phản ứng Multiplex-PCR nghiên cứu có tính khác biệt so với nghiên cứu trước Kannika cộng (2017) [7] Về số lượng phản ứng PCR/Multiplex-PCR, nghiên cứu trước sử dụng phản ứng (3 phản ứng Multiplex khuếch đại 13 gen độc lực phản ứng PCR đơn mồi với gen sbp1), nghiên cứu sử dụng phản ứng Multiplex khuếch đại 14 gen độc lực Số lần thực phản ứng PCR/Multiplex-PCR, nghiên cứu trước phải thực phản ứng PCR/Multiplex-PCR với lần chạy khác chu trình nhiệt phản ứng PCR/Multiplex-PCR khác nhau; ngược lại nghiên cứu thực phản ứng Multiplex-PCR xác định tất 14 gen độc lực, sử dụng chu trình nhiệt Như vậy, thấy phản ứng Multiplex-PCR nghiên cứu tối ưu hơn, giúp tiết kiệm thời gian, chi phí cơng sức nghiên cứu Sở dĩ có khác biệt chúng tơi đã: (1) Sử dụng phần mềm để xác định Multiplex dựa vào nhiệt độ gắn mồi cặp mồi kiểm tra việc bắt chéo cặp mồi, cặp mồi Multiplex, nhiệt độ gắn mồi dao động không nhiều 2-5oC, dễ dàng cho việc áp dụng chu trình nhiệt bước (2) Sử dụng kit My Taq™ HS Mix 2× (Meridian Bioscience, Đức) tối ưu cho phù hợp với phản ứng Multiplex-PCR sử dụng chu trình nhiệt bước, nên giúp tăng khoảng cách nhiệt độ gắn mồi cặp mồi lên gấp đôi; nghiên cứu trước sử dụng chu trình nhiệt thơng thường, nên tối ưu cặp mồi có nhiệt độ gắn mồi tương đối gần (3) Thiết kế lại mồi khuếch đại gen sbp1, giúp tăng hiệu suất phản ứng Multiplex-PCR, làm giảm ức chế lẫn cặp mồi phản ứng Multiplex-PCR Kết luận Nghiên cứu tối ưu phát triển phản ứng Multiplex-PCR cho xác định kiểu huyết (sử dụng phản ứng Multiplex-PCR) xác định 14 gen độc lực (sử dụng phản ứng MultiplexPCR) vi khuẩn S aglactiae gây bệnh cá rô phi vằn Việt Nam Kết ứng dụng để sàng lọc kiểu huyết xác định gen độc lực 23 chủng vi khuẩn S aglactiae phân lập từ tỉnh Hà Tĩnh, Phú Thọ, Bắc Ninh, Yên Bái; kết hợp với kết xác định liều gây http://jst.tnu.edu.vn 265 Email: jst@tnu.edu.vn ... (sử dụng phản ứng Multiplex- PCR) xác định 14 gen độc lực (sử dụng phản ứng MultiplexPCR) vi khuẩn S aglactiae gây bệnh cá rô phi vằn Vi? ??t Nam Kết ứng dụng để sàng lọc kiểu huyết xác định gen độc. .. [13], [16], [17] 3.3 Tối ưu phản ứng Multiplex- PCR xác định 14 gen độc lực vi khuẩn S agalactiae Trong trình tối ưu phản ứng multiplex- PCR xác định gen độc lực vi khuẩn S agalactiae, lựa chọn chu... gen 16S rRNA khác công bố sử dụng công cụ BLAST NCBI Tối ưu phản ứng Multiplex- PCR xác định kiểu huyết vi khuẩn S agalactiae Năm kiểu huyết vi khuẩn S agalactiae gây bệnh phổ biến cá rô phi xác