ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ VÙNG GEN L1, E6 VÀ E7 CỦA HUMAN PAPILLOMAVIRUS TRÊN MỘT SỐ NHÓM ĐỐI TƯỢNG VÀ PHÁT TRIỂN BỘ MẪU CHUẨN CHO 14 TÝP NGUY CƠ CAO Ở VIỆT NAM TT LUẬN ÁN TIẾN SĨ

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG - LƯU THỊ DUNG ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ VÙNG GEN L1, E6 VÀ E7 CỦA HUMAN PAPILLOMAVIRUS TRÊN MỘT SỐ NHÓM ĐỐI TƯỢNG VÀ PHÁT TRIỂN BỘ MẪU CHUẨN CHO 14 TÝP NGUY CƠ CAO Ở VIỆT NAM Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 42 01 07 TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Hà Nội - 2022 CƠNG TRÌNH NGHIÊN CỨU NÀY ĐƯỢC HOÀN THÀNH TẠI VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS Nguyễn Vân Trang GS TS Phan Thị Ngà Phản biện 1: Phản biện 2: Phản biện 3: GS TSKH Nguyễn Đăng Hiền Trung tâm Nghiên cứu sản xuất vắc xin Sinh phẩm y tế PGS TS Nguyễn Quang Huy Trường Đại học Khoa học Tự nhiên – Đại học Quốc gia Hà Nội PGS.TS Lê Văn Bé Viện vắc xin sinh phẩm y tế Luận án bảo vệ Hội đồng đánh giá luận án cấp Viện họp Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương Vào hồi 09 00, ngày 05 tháng năm 2022 Có thể tìm hiểu luận án tại: Thư viện Quốc gia Thư viện Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương DANH MỤC CÁC BÀI BÁO ĐÃ XUẤT BẢN LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN Nguyen VAN Trang , Kiesha Prem , Zheng Quan Toh , Bui Thi Viet Ha , Pham Thi Ngoc Lan , Hau Phuc Tran , Quang Duy Pham , Nghia VAN Khuu , Mark Jit , Dung Thi Luu, LE Thi Khanh Ly , VAN Cao , Tam Duong LE Ha , Kathryn Bright , Suzanne M Garland , Dang Duc Anh , Kim Mulholland (2022) Prevalence and Determinants of Vaginal Infection With Human Papillomavirus Among Female University Students in Vietnam In Vivo, 36(1), pp.241-250 Chu Thi Ngoc Mai, Nguyen Van Chien, Luu Thị Dung, Tran Thi Nguyet Lan, Le Thi Khanh Ly, Dang Đuc Anh, Nguyen Van Trang (2021) Establishment of specifications of the multiplex real-time PCR kit (NIHE-RealtimePCR hrHPV) for the detection of high-risk HPV genotypes Vietnam Journal of Preventive Medicine, 31 (4), pp 28-36 Lưu Thị Dung, Chử Thị Ngọc Mai, Trịnh Thị Hồng Nhung, Lê Thị Khánh Ly, Lê Anh Tuấn, Đoàn Hải Yến, Phan Thị Ngà, Nguyễn Vân Trang Đặc điểm phân tử chủng HPV68 phát phụ nữ Việt Nam Tạp chí y học dự phịng, 2022, 32 (3), tr 9-22 Lưu Thị Dung, Vũ Thị Thu Hường, Đoàn Hữu Thiển, Đinh Thị Phương Thảo, Nguyễn Thị Tường An, Chử Thị Ngọc Mai, Phan Thị Ngà, Nguyễn Vân Trang Thiết lập mẫu chuẩn cho 14 týp HPV nguy cao để xây dựng đánh giá tiêu chí kỹ thuật cho sinh phẩm chẩn đoán HPV phương pháp Realtime-PCR Tạp chí y học dự phịng, 2022, 32 (3), tr 23-33 GIỚI THIỆU LUẬN ÁN Tính cấp thiết luận án Human papillomavirus (HPV) vi rút gây 95% bệnh u nhú người Trong đó, ung thư cổ tử cung (UTCTC) bệnh ung thư phổ biến thứ tư phụ nữ tồn cầu, ước tính có khoảng 604.000 ca mắc 342.000 ca tử vong vào năm 2020 Hiện có 200 týp HPV xác định, 40 týp HPV lây lan trực tiếp qua đường tình dục chia thành nhóm, nhóm14 týp HPV nguy cao bao gồm HPV 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 68 nhóm HPV nguy thấp Trong số này, HPV16 HPV18 nguyên nhân gây khoảng 70% UTCTC, týp HPV cịn lại gây số loại ung thư hậu môn (UTHM), hầu họng, dương vật, âm hộ âm đạo mụn cóc sinh dục nam nữ Sau nhiễm HPV từ 15 đến 20 năm, UTCTC phát triển phụ nữ có hệ miễn dịch bình thường nên việc xét nghiệm để phát sớm nhiễm HPV có ý nghĩa sàng lọc điều trị HPV có vật liệu di truyền ADN mạch vịng kép, dài khoảng 7900 cặp bazơ, phân thành vùng mã hóa vùng khơng mã hóa Vùng mã hóa có khoảng đến khung đọc mở, mã hóa cho protein sớm (E) gồm gen E1, E2, E4E7 protein muộn (L) gồm L1 L2 Các protein E6 E7 tác động đến chu kì tế bào chế chết theo chương trình, kết tăng sinh biến đổi gây ung thư Do E6 E7 đích cho thiết kế liệu pháp gen điều trị Trong đó, khung đọc mở L1 mã hóa protein capsid (55 kDa) tạo nên phần lớn vỏ capsid vi rút bề mặt tiếp xúc Vì vậy, phân tích đặc điểm đa hình vùng gen E6 E7 có ý nghĩa nghiên cứu chế bệnh học phân tử liên quan đến ung thư, đồng thời phân tích đa hình vùng gen L1 đặc biệt quan trọng phân loại phát triển vắc xin sử dụng công nghệ hạt giả vi rút Tại Việt Nam có vài nghiên cứu dịch tễ học phân tử nhóm đối tượng phụ nữ chưa có nghiên cứu thực nhóm đối tượng nữ sinh viên, phụ nữ bán dâm (PNBD) nam có quan hệ tình dục đồng giới (MSM) Vì vậy, tiến hành định týp HPV giải trình tự gen E6, E7 L1 14 týp HPV nguy cao phân lập từ mẫu bệnh phẩm nữ sinh viên, PNBD MSM số mẫu HPV lưu Việt Nam Từ đó, xác định tỷ lệ nhiễm liên quan đến số đặc điểm nhân học, phân tích đặc điểm đa hình nucleotit gen L1, E6 E7 để phân loại chủng HPV lưu hành Việt Nam Trong độ đặc hiệu phương pháp xét nghiệm HPV ADN xét nghiệm tế bào học (Pap smear) 94,1% 96,8%, độ nhạy phương pháp xét nghiệm HPV ADN 94,6% cao nhiều so với phương pháp tế bào học (55,4%) Chính vậy, phương pháp phát định týp ADN HPV mẫu bệnh phẩm phương pháp sử dụng nghiên cứu để đo lường gánh nặng bệnh HPV gây đánh giá tác động chương trình tiêm chủng Để có kết thống nhất, có ý nghĩa so sánh tất phịng thí nghiệm HPV phải sử dụng xét nghiệm sinh phẩm có xác, độ nhạy đặc hiệu phù hợp Do vậy, việc phát triển xây dựng mẫu chuẩn cho HPV tương ứng để đánh giá số kỹ thuật cho phương pháp xét nghiệm sinh phẩm chẩn đoán HPV cần thiết Dựa kết phân tích trình tự gen L1, E6 E7 thiết kế 14 plasmid tái tổ hợp cho 14 týp HPV nguy cao đồng thời lựa chọn mẫu lâm sàng người Việt Nam để thiết lập mẫu chuẩn cho việc đánh giá số kỹ thuật sinh phẩm chẩn đoán HPV Realtime-PCR Với mục tiêu đó, chúng tơi tiến hành đề tài nghiên cứu: “Đặc điểm phân tử vùng gen L1, E6 E7 Human Papillomavirus số nhóm đối tượng phát triển mẫu chuẩn cho 14 týp nguy cao Việt Nam” Mục tiêu luận án - Đặc điểm phân tử vùng gen L1, E6 E7 Human Papillomavirus số nhóm đối tượng nam giới có quan hệ tình dục đồng giới, phụ nữ bán dâm nữ sinh viên Việt Nam, 2017-2018 - Phát triển mẫu chuẩn nhằm đánh giá sinh phẩm chẩn đoán Realtime-PCR cho 14 týp Human Papillomavirus nguy cao Những đóng góp luận án - Nghiên cứu đưa tỷ lệ nhiễm HPV MSM, PNBD nữ sinh viên Việt Nam, 2017-2018 phân bố týp HPV Việt Nam - Nghiên cứu đưa đặc điểm phân tử vùng gen L1, E6 E7 134 mẫu dựng phát sinh chủng loại cho 14 týp HPV nguy cao - Nghiên cứu phát triển mẫu chuẩn từ 14 plasmid tái tổ hợp mẫu bệnh phẩm lâm sàng nhằm đánh giá độ nhạy-độ đặc hiệu phân tích, độ nhạy-độ đặc hiệu lâm sàng độ xác sinh phẩm chẩn đốn Realtime-PCR phát 14 týp HPV nguy cao, ứng dụng mẫu chuẩn để đánh giá tiêu kỹ thuật cho sinh phẩm NIHE-Realtime PCR hrHPV Kit Ý nghĩa luận án - Kết đề tài cung cấp thông tin tỷ lệ nhiễm HPV số nhóm đối tượng MSM, PNBD nữ sinh viên Việt Nam Phân tích số đặc điểm nhân học nhóm đối tượng Bên cạnh đó, đề tài cung cấp liệu trình tự gen 14 chủng HPV nguy cao lưu hành Việt Nam phát sinh chủng loại chủng Việt Nam so sanh với chủng chuẩn chủng giới Đề tài xây dựng mẫu chuẩn để đánh giá sinh phẩm Realtime-PCR cho 14 týp nguy cao ứng dụng mẫu để đánh giá sinh phẩm NIHERealtime PCR hrHPV Kit Việc tạo mẫu chuẩn có ý nghĩa quan trọng cho việc xây dựng tiêu kỹ thuật, đánh giá quy trình chất lượng sinh phẩm chẩn đoán 14 týp HPV nguy cao Realtime-PCR Bố cục luận án: Luận án nghiên cứu có tất 150 trang bao gồm: Đặt vấn đề mục tiêu nghiên cứu (3 trang), Chương 1: Tổng quan (32 trang), Chương 2: Đối tượng phương pháp nghiên cứu (21 trang), Chương 3: Kết nghiên cứu (57 trang), Chương 4: Bàn luận (34 trang), Kết luận kiến nghị (3 trang) Luận án có 198 tài liệu tham khảo có 11 tài liệu tiếng Việt 187 tài liệu tiếng anh Ngoài nội dung trình bày luận án có tất 31 bảng, 31 hình phụ lục kèm theo Chương Tổng quan 1.1 Tổng quan HPV HPV (Human papillomavirus) có kích thước khoảng 52-55 nm, khơng có màng ngồi, cấu trúc đối xứng đa diện Protein chủ yếu lớp capsid pentamer cấu trúc L1, có cấu trúc khối từ đơn vị góc cạnh Hệ gen HPV phân tử ADN kép, mạch vòng, siêu xoắn dài khoảng 7200 - 8000 cặp nucleotit (bp), có khoảng đến khung đọc mở liên kết với nhiều phân tử protein kiềm histon Các khung đọc mở mã hóa tồn protein HPV Hệ gen HPV mã hóa cho 8-10 protein Hệ gen HPV phân thành vùng bao gồm vùng mã hóa vùng khơng mã hóa, cịn gọi vùng kiểm sốt dài (LCR) vùng điều hịa thượng nguồn (URR) Vùng mã hóa protein sớm (early – E) bao gồm gen từ E1, E2, E4, E5, E6 E7 protein muộn (late – L) gồm L1 L2 Các protein E6 E7 tác động đến chu kì tế bào chế chết theo chương trình, kết tăng sinh biến đổi (gây ung thư) 1.2 Hệ thống phân loại Danh pháp Papillomavirus cấp lồi lồi xác định nhóm nghiên cứu Papillomavirus Ủy ban quốc tế phân loại vi rút (ICTV) Trong nghiên cứu trước đây, hệ thống phân loại HPV dựa trình tự khung đọc mở gen L1, điều đồng ý năm 1995 Hội thảo Papillomavirus tổ chức Quebec Hơn 200 týp HPV xác định phân týp thành chi: α-papillomavirus, β-papillomavirus, γ-papillomavirus, mupapillomavirus nu-papillomavirus Các loại HPV gây ung thư niêm mạc chi alpha nguyên nhân gây UTCTC, UTHM, ung thư sâm hộ, dương vật, âm đạo miệng Các chủng HPV thuộc chi khác có trình tự L1 giống khơng 60% Các chủng HPV khác chi có trình tự L1 giống từ 60-70% Một chủng HPV xác định thuộc týp cần có khác biệt 10% so với loại HPV khác trước đó.Trình tự tồn hệ gen vi rút HPV sử dụng để phân loại dịng dịng, hai chủng vi rút thuộc týp phân thành dòng khác (A, B, C, D, E, F) có 1-10% nucleotit khác biệt phân thành dòng (A1, A2, B1, B2…) khác chúng có 0,5-1% nucleotit khác biệt (Burk cộng sự) 1.3 Dịch tễ học nhóm đối tượng Nhiễm HPV xảy nam nữ, lứa tuổi lứa tuổi trẻ, khỏe mạnh Dịch tễ học HPV đa dạng tình trạng nhiễm HPV khác nhiều quốc gia Tỷ lệ nhiễm cho thấy tỷ lệ khác đối tượng nhóm đối tượng có nguy cao MSM, PNBD thường cao so với nhóm phụ nữ trẻ Một số nghiên cứu cho thấy tỷ lệ nhiễm MSM khác Quốc gia khác Mỹ 60%, Vương Quốc Anh (1745%), Trung Quốc (36,4%), Hàn Quốc (83,7%), Thái Lan (58,5%80%), Đài Loan (74,2%) Tỷ lệ nhiễm tỷ lệ toàn giới 6,6% HPV PNBD trung bình 42,7%,với phụ nữ trẻ châu âu có tỷ lệ 50%, Trung Á (38%), Châu Úc Châu Á (21%), Tại Việt Nam chưa có nghiên cứu MSM sinh viên, mà có số nghiên cứu nam mại dâm (6-59%) nhóm PNBD Hải Phịng 51,1% miền nam (85%) Vì vậy, liệu nghiên cứu HPV Việt Nam hạn chế cần bổ sung 1.4 Mẫu chuẩn (Panel chuẩn) 1.4.1 Khái niệm thuật ngữ Mẫu chuẩn chất/vật liệu sử dụng thước đo thử nghiệm để đánh giá chất lượng mẫu thử Mẫu chuẩn đặc trưng quy trình có hiệu lực đo lường nhiều tính chất quy định Bộ mẫu chuẩn (Bộ mẫu panel chuẩn) sử dụng sinh học phân tử tập hợp mẫu khẳng định đặc tính mẫu phương pháp chuẩn sinh phẩm lưu hành sử dụng đánh giá chất lượng sinh phẩm chẩn đoán 1.4.2 Phân loại mẫu chuẩn Phân loại theo cấp độ: mẫu chuẩn gốc, mẫu chuẩn thứ cấp Phân loại theo phạm vi: mẫu chuẩn Quốc tế, mẫu chuẩn khu vực/mẫu chuẩn Quốc gia, mẫu chuẩn in-house (chuẩn nội kiểm) Phân loại theo mục đích nghiên cứu: mẫu chuẩn phân tích, mẫu chuẩn lâm sàng 1.4.3 Bộ Panel mẫu chuẩn HPV Viện Quốc gia sinh phẩm chuẩn (National Institute for Biological Standards and Control - NIBSC), Vương Quốc Anh phát triển mẫu chuẩn quốc tế Tổ chức y tế giới WHO ADN vi rút gây u nhú người (HPV) sử dụng xét nghiệm dựa công nghệ axit nucleic (NAT) để phát xác định kiểu gen HPV Tuy nhiên, số lượng mẫu chuẩn khả cung ứng có giới hạn cho phịng thí nghiệm Bên cạnh đó, mẫu chuẩn plasmid tái tổ hợp chứa toàn hệ gen HPV không thay panel mẫu chuẩn lâm sàng nghiên cứu, đánh giá 1.3.4 Thành phần mẫu chuẩn HPV - Bộ mẫu chuẩn xác định độ nhạy phân tích - Bộ mẫu chuẩn xác định độ nhạy lâm sàng - Bộ mẫu chuẩn sử dụng xác định độ đặc hiệu phân tích - Bộ mẫu chuẩn xác định độ đặc hiệu lâm sàng - Bộ mẫu chuẩn xác định độ xác Dự phịng 5% lỗi xảy thu thập mẫu không trả lời câu hỏi vấn Dựa theo công thức tính cỡ mẫu trên, cỡ mẫu cụ thể lựa chọn đối 1500 đối tượng nữ sinh viên, 700 đối tượng PNBD 800 đối tượng MSM 886 mẫu nFSW lưu Viện vệ sinh Dịch tễ Trung ương b Cỡ mẫu nghiên cứu mục tiêu 2: Mẫu bệnh phẩm lâm sàng dương tính với 14 týp HPV nguy cao (100 mẫu), mẫu bệnh phẩm lâm sàng âm tính với 14 týp HPV nguy cao (300 mẫu) 2.2.2 Phương pháp chọn mẫu a Chọn mẫu cho mục tiêu 1: +Nữ sinh viên: Chọn mẫu ngẫu nhiên quần thể đối tượng nghiên cứu tiềm lựa chọn để tuyển đủ số lượng nghiên cứu +PNBD: Chọn mẫu ngẫu nhiên theo tụ điểm sau xây dựng khung mẫu lập đồ để tuyển đủ số lượng nghiên cứu +MSM: Chọn mẫu theo phương pháp chọn mẫu dây chuyền có kiểm sốt, có chủ đích để chọn đủ đối tượng vào nghiên cứu + Mẫu nFSW: Chọn mẫu có chủ đích đủ cỡ mẫu cần thiết để đưa vào nghiên cứu b Chọn mẫu cho mục tiêu 2: Chọn mẫu có chủ đích đủ cỡ mẫu cần thiết để đưa vào nghiên cứu tuyển chọn đủ số lượng mẫu để sử dụng để tạo mẫu chuẩn 2.2.3 Thiết kế nghiên cứu 10 Hình Sơ đồ thiết kế nghiên cứu 2.2.4 Phân tích xử lý số liệu Phân tích số liệu sử dụng phần mềm SPSS 20 Các trình tự nucleotit týp so sánh phần mềm Mafft multiple alignment (MAFFT) phiên để phân tích đa hình khung đọc mở E6, E7 L1 Cây phát sinh chủng loại dựa phương pháp maximum likelihood sử dụng phần mềm Geneious, phiên 11.11.5 2.2.5 Đạo đức nghiên cứu Nghiên cứu phê duyệt đạo đức nghiên cứu y sinh học định số IRB-VN01057_01/2016 phê duyệt ngày 25/1/2019 13/HĐĐ phê duyệt ngày 5/9/2013 Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương Các mẫu có phiếu đồng ý tham gia nghiên cứu cho phép lưu mẫu để sử dụng cho nghiên cứu sau, với đồng ý hội đồng y đức Thông tin cá nhân đối tượng tham gia bảo mật 11 Chương Kết 3.1 Đặc điểm phân tử vùng gen L1, E6 E7 số nhóm đối tượng MSM, PNBD nữ sinh viên Việt Nam, 2017-2018 3.1.1 Tỷ lệ nhiễm HPV số nhóm đối tượng Việt Nam, 2017-2018 Kết cho thấy tỷ lệ nhiễm HPV 2989 đối tượng nghiên cứu gồm có 799 MSM, 699 PNBD 1491 nữ sinh viên đại học Hà Nội 29,8%, 26,3% 4,2% Tỷ lệ đa nhiễm chiếm tỷ lệ cao gấp 2-4 lần đơn nhiễm Bên cạnh đó, tỷ lệ nhiễm HPV nguy cao xác định nhóm đối tượng nghiên cứu gồm MSM, PNBD nữ sinh viên đại học Việt Nam 24,0%, 17,6 % 3,4% Trong đó, tỷ lệ nhiễm HPV16/18 ghi nhận 10,6% nhóm MSM, 4,0% cho nhóm PNBD 0,7% nhóm nữ sinh viên (Bảng 3.1) Bảng Tỷ lệ nhiễm HPV nhóm đối tượng 12 3.1.2 Đặc điểm phân tử vùng gen L1, E6 E7 HPV số nhóm đối tượng MSM, PNBD nữ sinh viên Việt Nam, 2017-2018 134 mẫu phân tích cho thấy đặc điểm dịch tễ học phân tử týp HPV lưu hành Việt Nam Trong đó, týp phân nhánh HPV18 (chủ yếu lưu hành dịng A1, có quan hệ gần gũi với nguồn từ Nhật Bản, Thái Lan), 39 (A2 – Đài Loan), 68 (C2 – Đài Loan, Trung Quốc), 52 (B2 – Nhật Bản, Thái Lan, Trung Quốc) Các týp chủ yếu thuộc loài alpha có nguồn gốc Đơng Á Các týp phân nhánh nhiều bao gồm HPV16, 58, 51, 56, 66, Các týp chủ yếu thuộc loài alpha chủng thuộc alpha khác có kiểu gen giống với chủng nhiều nơi giới, bao gồm quốc gia thuộc châu Á, Mỹ La Tinh Bảng Đa dạng di truyền týp HPV α7 Việt Nam 13 Bảng 3 Đa dạng di truyền týp HPVα9 Việt Nam Bảng Đa dạng di truyền týp HPVα khác Việt Nam 14 3.2 Phát triển mẫu chuẩn nhằm đánh giá sinh phẩm chẩn đoán Realtime-PCR cho 14 týp HPV nguy cao Bảng 3.3 cho thấy kết xây dựng panel mẫu chuẩn tạo từ 14 mẫu plasmid tái tổ hợp tương ứng với 14 týp HPV nguy cao quy trình nhân dịng tạo plasmid chứa đoạn gen đích L1 E6-E7 mẫu bệnh phâm lâm sàng dương tính âm tính sàng lọc PCR sử dụng cặp mồi đặc hiệu PGMY09/PGMY11 định týp sinh phẩm HPV Genotypes 14 RealTM Quant (Sacace, Ý) Genoflow HPV array test kit (Diagcor, Hong Kong) Nồng độ ADN HPV mẫu thành viên xác định Digital PCR (Biorad, Hoa kỳ), panel mẫu chuẩn xây dựng bao gồm 20 mẫu/mỗi panel mẫu chuẩn Các mẫu chuẩn thành viên panel mẫu chuẩn thiết lập đặc tính kỹ thuật, đánh giá độ ổn định lưu trữ điều kiện thích hợp để bảo quản lâu dài (Bảng 3.3) Bảng Danh mục panel mẫu chuẩn phát triển 15 Chương Bàn luận 4.1 Đặc điểm phân tử vùng gen L1, E6 E7 HPV số nhóm đối tượng MSM, PNBD nữ sinh viên Việt Nam, 2017-2018 4.1.1 Tỷ lệ nhiễm HPV số nhóm đối tượng MSM, PNBD nữ sinh viên Tỷ lệ nhiễm HPV MSM, PNBD nữ sinh viên 29,8%, 26,4% 4,2% Việc nhiễm týp nguy cao tương ứng với 24,0%, 17,6% 3,4% Trong đó, HPV16/18 tỷ lệ nhiễm nhóm 10,6%, % 0,7 % Tỷ lệ nhiễm HPV MSM tương đồng với Trung Quốc (36,4%) thấp so với Thái Lan (58,5-80%) Đài Loan (74,2%) PNBD cho thấy tỷ lệ thấp so với nghiên cứu trước Việt Nam Nhóm sinh viên cho thấy tỉ lệ nhiễm thấp hẳn so với nước Châu Âu (50%), Châu Á Châu Úc (21%) ½ so với số liệu trung bình nhiễm giới (6,6%) 4.1.2 Đặc điểm phân tử vùng gen L1, E6 E7 HPV số nhóm đối tượng MSM, PNBD, nữ sinh viên Trong nghiên cứu này, toàn 134 trình tự gen L1 (59 mẫu), E6 E7 (75 mẫu) cho 14 týp HPV nguy cao sử dụng để phân tích mơ tả đặc điểm dịch tễ học phân tử chủng lưu hành nhóm đối tượng MSM, PNBD nữ sinh viên Việt Nam 4.1.2.1 Đặc điểm phân tử dạng di truyền týp HPV thuộc alpha a Đặc điểm phân tử dạng di truyền HPV18 Gen L1 E6-E7 phân tích tương ứng chủng HPV18 Dựa vào đoạn gen này, chủng HPV18 nghiên cứu thuộc dòng A1, gần gũi với chủng tìm thấy Nhật Bản, Thái Lan Costa Rica Kết tương 16 đồng với nghiên cứu biến thể HPV18 khu vực châu Á toàn giới b Đặc điểm phân tử dạng di truyền HPV39 HPV39 chia thành dòng A B Dòng A chia nhỏ thành A1 A2 (khác 0,48 ± 0,06% trình tự nucleotit); dòng khác biệt với dòng B tương đương nhau, với khác biệt trung bình tương ứng 0,98 ± 0,09% 0,97 ± 0,08% Trong nghiên cứu này, tất mẫu Việt Nam thuộc dịng A2, có trình tự gần gũi với chủng Đài Loan c Đặc điểm phân tử dạng di truyền HPV45 HPV45 chia thành dòng lớn A B, dịng A chia thành dịng từ A1 đến A3 dòng B chia thành dòng B1 B2 Phân bố dòng HPV45 bị ảnh hưởng chủ yếu vị trí địa lý Dưới dịng A1 chủ yếu tìm thấy châu Phi với tỷ lệ 60% gặp vùng địa lý khác Dưới dòng A2 phổ biến châu Á–châu Đại Dương Bắc Mỹ, B1 phổ biến châu Âu Trong dòng A3 gặp tìm thấy châu Phi Nam Mỹ dịng B2 lại ghi nhận toàn vùng địa lý với tỷ lệ 40% Số lượng mẫu HPV45 phân lập Việt Nam hạn chế, phân loại vào nhóm dịng B2 d Đặc điểm phân tử dạng di truyền HPV59 HPV59 chia thành dịng lớn A B, dịng A chia thành dòng A1, A2 A3 Những chủng thuộc dòng A đa dạng dòng B với khác biệt trung bình 0,60%-0,89% HPV59 dịng A B có khác biệt trung bình 1,11%-1,2% Nghiên cứu cho kết tương đồng với nghiên cứu phần lớn chủng phân lập từ Việt Nam (7/8 chủng – 87,5 %) 17 thuộc dòng C2, giống với Đài Loan; chủng lại (1/8 chủng – 12,5%) thuộc dòng E, giống với Trung Quốc 4.1.2.2 Đặc điểm phân tử dạng di truyền týp HPV thuộc alpha a Đặc điểm phân tử dạng di truyền HPV16 Phân tích cho thấy diện dòng định mặt tiến hóa cấp độ phân loại sâu so với nhóm biến thể thường công nhận (tức E, Af-1, Af -2 AA; đổi tên A, B, C D) Đáng ý việc phân biệt rõ ràng so sánh trình tự nucleotit L1 dòng dòng Quan sát cung cấp ví dụ cụ thể việc sử dụng gen HPV hoàn chỉnh để xác định đơn vị phân loại biến thể dòng dòng, trình tự L1 ORF đủ đáng tin cậy để phân biệt týp HPV b Đặc điểm phân tử dạng di truyền HPV31 Các chủng HPV31 phân loại thành dòng: A, B C, với prototype quy ước dòng A Mẫu phân lập Việt Nam dựa vùng gen E6-E7 L1 cho kết thuộc dòng A, gần với trình tự phân lập Thái Lan Costa Rica Một số nghiên cứu Trung Quốc, Serbia cho thấy dòng A C hai dòng phổ biến nhất, dòng B gặp Tất trình tự phân lập Việt Nam thuộc dòng A, dòng A1 Đây dòng phổ biến xuất tất vùng địa lý dân tộc giới c Đặc điểm phân tử dạng di truyền HPV35 Các chủng HPV35 bảo thủ, có 0,6% khác biệt trình tự nucleotit chủng, đa dạng trình tự nucleotit chủng 1,8% (140/7908) với 46/2306 (2%) trình tự axit amin Các chủng HPV35 chia thành nhánh chính,