Phân tích đa dạng di truyền các chủng SARS-CoV-2

NTTU-NCKH-04 CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc Đơn vị chủ trì: Trường Đại học Nguyễn Tất Thành BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐÈ TÀI NCKH DÀNH CHO CÁN Bộ - GIẢNG VIÊN 2021 Tên đề tài: Phân tích đa dạng di truyền chủng SARS-CoV-2 Số hợp đồng: 2021.01.121/HĐ-KHCN Chù nhiệm đề tài: Hồ Tá Giáp Đơn vị công tác: Viện Kỳ thuật Công nghệ cao NTT Thời gian thực hiện: tháng Tháng 10 năm 2021 Mục • lục • MỞĐẰU CHƯƠNG TÓNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giói thiệu sARS-CoV-2 1.2 Cấu trúc gene SARS-CoV-2 1.3 Nghiên cứu đa dạng di truyền SARS-CoV-2 17 CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN cứu 19 1.4 Thời gian địa điểnt nghiên cứu 19 7.5 Vật liệu phương pháp nghiên cứu 19 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 20 CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 24 DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TAT SARS-CoV-2 Severe Acute Resparatory Syndrome Coronavirus 2019-nCoV 2019 novel coronavirus COVID-19 coronavirus disease 2019 voc Variants of Concern vol Variants of Interest DANH MỤC HÌNH ẢNH Hình Cây phả hệ coronavirus 10 Hình Cấu trúc gene protein mã hóa chủng IVDC-HB01/2019 (HB01) (~29,8kb) 11 Hình Cây phả hệ biến chủng cùa SARS-CoV-2 với SARS-CoV, BAT- 20 CoV MERS DANH MỤC BẢNG BIẾU Bảng Danh sách biến chủng SARS-CoV-2 theo hệ thống phân loại cùa WHO 12 Bảng Các đột biến giống cùa số biến the 16 TÓM TẤT KẾT QUẢ NGHIÊN cứu STT Kết đạt Công việc thực Phân tích đa dạng di truyền gen ciia SARS-CoV-2 Bảng mô tả đột biến trình tự gen SARS-CoV-2 đại diện cho tất châu lục tất biến thể Xây dựng phát sinh loài chủng SARS-CoV-2 Cây phả hệ SARS-CoV-2 Phân tích kết Cuốn báo cáo nghiệm thu 01 báo tạp chí KHCN ĐH Nguyễn Tất Thành STT Sản phẩm đăng ký Sản phâm đạt Bài báo Bài báo đăng tạp chí khoa học đh Nguyễn Tất Thành Thời gian thực hiện: từ ngày 01/03/2021 đến ngày 30/09/2021 Thời gian nộp báo cáo : 01/10/2021 MỞ ĐẦU SARS-CoV-2 lây lan nhanh chóng gây nguy hại tính mạng, sức khỏe kinh tế tồn cầu Đen đầu năm 2021, chiến lượt tiêm vaccine COVID-19 thuốc hồ trợ điều trị đà nhiều quốc gia thực nghiên cứu, song song biến đổi di truyền để kháng lại thuốc vaccine SARS-CoV-2 nhằm tồn lây nhiễm Các biến chủng SARS-CoV-2 nguy hiểm liên tục công bố WHO Alpha, Beta, Gamma, Delta, Eta, Iota, Kappa, Lambda, Mu nhiều biến chủng chưa đặt tên Do đó, nghiên cứu phân tích đa dạng di truyền cần thiết đe có tranh toàn cảnh lây lan biến chủng nhằm phục vụ cho nghiên cứu dịch tề nghiên cứu di truyền SARS-CoV-2 khác Ket nghiên cứu cho thấy biến chủng A có the khởi nguồn biến chủng khác Chúng vè nhánh phát sinh cho bốn nhóm biến the nguy hiem: Bien the Gamma có tương đồng trình tự với biến thể Eta Biến thể Beta có tương đồng cao với biến thể Iota Mu Biến thể Delta có quan hệ họ hàng với biến thể Kappa Biến thể Alpha có quan hệ gần gũi với biến thê Zeta Lambda CHƯƠNG TÓNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giới thiệu sARS-CoV-2 Cuối năm 2019, xuất virus với tên gọi Severe Acute Resparatory Syndrome Coronavirus (viết tắt SARS-CoV-2), hay biết đen với tên khác 2019 novel coronavirus (viết tắt 2019-nCoV)[i] Virus nhanh chóng giải trình tự gene cho thấy tương đồng 79,6% với coronavirus gây hội chứng hô hấp cấp nghiêm trọng (SARS-CoV)[2] SARS-CoV-2 gây bệnh viêm hô hấp cấp kèm theo nhiều triệu chứng lâm sàng khác với mức độ từ không triệu chứng đên hội chứng suy hô hấp cấp, bệnh gọi “bệnh coronavirus 2019” tiếng anh “coronavirus disease 2019” nên viết ngắn gọn COVID-19[3] Vào ngày 11 tháng năm 2020, COVID-19 WHO thơng báo đại dịch tồn cầu y tế cộng đồng khan cấp thứ Tính đến đầu tháng 9/2021, giới có khoảng 219 triệu người nhiễm SARS-CoV-2 khoảng 4,5 triệu người tử vong COVID-19 Riêng Việt Nam, từ ngày 3/1/2020 đến ngày 9/9/2021, có 563.676 trường hợp xác nhận nhiễm COVID-19 với 14.135 trường hợp tử vong[4] Vào cuối năm 2020, nhà khoa học khắp giới có kết vaccine ngừa COVID-19, tính đến tháng 8/2021 có so vaccine dien hình cấp phép Việt Nam Vaccine COVID-19 Vaccine AstraZeneca, Vaccine Gam-COVID-Vac (SPUTNIK V), SARS-CoV-2 Vaccine (Vero Cell), Vaccine Spikevax (Covid-19 Vaccine Modema) Pfizer-BioNTech vaccine Ngoài vaccine, thuốc hồ trợ điều trị bệnh nhân mắc COVID-19 cho thấy hiệu điều trị tích cực thuốc kháng virus remdesivir thuốc kháng viêm tocilizumab[5]-[7] 1.2 Cấu trúc gene SARS-CoV-2 Trình tự gene SARS-CoV-2 công bố lần đầu vào 11/1/2020 Genbank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/) với mã số accesssion MN908947.3[8] Dựa phân tích phả hệ cơng cụ tin sinh học, SARS-CoV2 lúc định danh thành viên cùa dòng B chi Betacoronavurus, Nidovirales họ Coronaviridae\y\ Kết so sánh trình tự gene SARS-CoV2 tương đồng 79% với SARS-CoV 50% với MERS[2], [9], Kết dựng phả hệ cho thấy SARS-CoV-2 gần gùi với SARS-CoV MERS (Hình 1) Một thơng tin quan trọng nghiên cứu mơ hình tương đồng, SARS-CoV-2 cho thấy 96,2% tương đồng với BatCoV RaTG13, chùng coronavirus từ dơi Rhinolophus affìnis[l\ Alphacoronavirus Betacoronavirus Gammacoronavirus Deltacoronavirus HB-01/2019 — MERS-CoV SARS-like bat CoV Other CoVs Human SARS-CoV Hình Cây phả hệ coronavirus[10] Cấu trúc gene di truyền SARS-CoV-2 sợi RNA mạch đơn, có cấu trúc mũ nguyên tố đầu 5’ đuôi poly-A đầu 3’, cho phép hoạt động dạng mRNA để thực chức dịch mã[l 1] Dựa phân tích tồn bộ gene, gene pCoVs mã hóa so protein phi cấu trúc protein có cấu trúc bao gom spike (S), envelope (E), membrane (M) nucleocapsid (N)[ 12] Trình tự gene SARS-CoV-2 thể chiều dài không giống từ 29,8 kb đến 29,9 kb với 12 khung đọc mở (ORFs) mã hóa 27 protein[13] Hai gene orflab orfla định vị đầu 5’ gene mã 10 hóa cho protein tương ứng pplab ppla Hai protein chứa bao gồm 15 nsps nspl đến nspio nspl2 đen nspló Đầu 3’ gene mà hóa cho protein cấu trúc (S, E, M N) protein phụ (3a, 3b, p6, 7a, 7b, 8b, 9b orfl4) Xét cấp độ amino acid, SARS-CoV-2 giống với SARS-CoV có số điểm khác đáng quan tâm Ví dụ protein 8a có SARS-CoV khơng có SARS-CoV2; protein 8b có 84 acid amin SARS-CoV, dài SARS-CoV-2, với 121 acid amin protein 3b có 154 acid amin SARS-CoV, ngắn SARSCoV-2, có 22 acid amin (Hình 2)[ 10] 5’UTR 7a 8b 3a E M pplab 3’UTR ppla 91) orfl4 ị Ịnspl Ị 181 nsp4 nsp3 819 3264 2764 7096 I nsplô 4141 nsp9|nsplơ| 4392 3860 nsp2 I 6799 nsp!5 I 6453 nsp!4 I 5926 nspl.ì I 3570 nsp!2 3943 4393 5325 Hình Cấu trúc gene protein mã hóa chủng IVDC-HB01/2019 (HB01) (~29,8kb)[10] Tốc độ thay đối gene SARS-CoV-2 đánh giá nhanh chưa ghi nhận trước đây[14] Cơ sở liệu trinh tự gene SARS-CoV-2 lên tục cập nhật số lượng, cần hệ thống tên khoa học để phục vụ cho nghiên cứu Ngày 29/1/2021, đề cơng trình nghiên cứu xuất danh pháp giành cho SARS-CoV2 tạp chí Nature Microbiology nhiều hệ thống liệu lớn SARS-CoV2 GISAID, Nextstrain Pango sử dụng, “A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology” Andrew Rambaut cộng sự[ 14], Theo đó, biến chủng cùa SARS-CoV-2 đặt tên theo chừ số B 1.351 hay C.37 dựa vào nguyên tắc đặt tên cơng trình nêu Một hệ thống tên gọi giành cho SARS-CoV-2 thông dụng thứ hai theo bảng chừ Hy Lạp hệ thống phát trien WHO Theo WHO, biến chủng SARSCoV-2 cần lưu ý phân nhóm đặt tên 11 bệnh gọi “bệnh coronavirus 2019” tiếng anh “coronavirus disease 2019” nên viết ngắn gọn COVID-193 Vào ngày 11 tháng năm 2020, COVID-19 WHO thơng báo đại dịch tồn cầu y tế cộng đồng khẩn cấp thứ Tính đến đầu tháng 9/2021, giới có khoảng 219 triệu người nhiễm SARS-CoV-2 khoảng 4,5 triệu người tử vong COVID-19 Riêng Việt Nam, từ ngày 3/1/2020 đến ngày 9/9/2021, có 563.676 trường hợp xác nhận nhiễm COVID-19 với 14.135 trường hợp tử vong4 Vào cuối năm 2020, nhà khoa học khắp giới có kết vaccine ngừa COVID-19, tính đến tháng 8/2021 có số vaccine điển hình cấp phép Việt Nam Vaccine COVID-19 (Vaccine AstraZeneca), Vaccine Gam-COVID-Vac (SPUTNIK V), SARS-CoV-2 Vaccine (Vero Cell), Vaccine Spikevax (Covid-19 Vaccine Modema) Pfizer-BioNTech vaccine Ngoài vaccine, thuoc hồ trợ điều trị bệnh nhân mac COVID-19 cho thấy hiệu điều trị tích cực thuốc kháng virus remdesivir thuốc kháng viêm tocilizumab5-7 1.2 Cấu trúc gene SARS-CoV-2 Trình tự gene SARS-CoV-2 công bố lần đầu vào 11/1/2020 Genbank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/) với mã số accesssion MN908947.38 Dựa phân tích phả hệ cơng cụ tin sinh học, SARS-CoV-2 lúc định danh thành viên dòng B cùa chi Betacoronavurus, Nidovirales họ Coronavỉridaex Ket so sánh trình tự gene SARS-CoV-2 tương đồng 79% với SARS-CoV 50% với MERS2-9 Kết dựng phả hệ cho thấy SARS-CoV-2 gần gùi với SARS-CoV MERS (Hình 1) Một thông tin quan trọng nghiên cứu mô hình tương đồng, SARS-CoV-2 cho thấy 96,2% tương đồng với BatCoV RaTG13, chủng coronavirus từ dơi Rhinolophus affinis1 30 Alphacoronavirus Betacoronavirus Gammacoronavirus Deltacoronavirus HB-01/2019 ■ MERS-CoV SARS-like batCoV Other Co Vs Human SARS-CoV Hình Cây phả hệ coronavirus10 Cấu trúc gene di truyền SARS-CoV-2 sợi RNA mạch đơn, có cấu trúc mũ nguyên tố đầu 5’ đuôi poly-A đầu 3’, cho phép hoạt động dạng mRNA đế thực chức dịch mã" Dựa phân tích tồn bộ gene, gene p-CoVs mà hóa so protein phi cấu trúc protein có cấu trúc bao gồm spike (S), envelope (E), membrane (M) nucleocapsid (N)12 Trình tự gene SARS-CoV-2 thể chiều dài khơng giong từ 29,8 kb đến 29,9 kb với 12 khung đọc mở (ORFs) mã hóa 27 protein13 Hai gene orflab orfla định vị đầu 5’ gene mã hóa cho protein tương ứng pplab ppla Hai protein chứa bao gồm 15 nsps nspl đến nspio nspl2 đến nspló Đầu 3’ cùa gene mã hóa cho protein cấu trúc (S, E, M N) protein phụ (3a, 3b, pó, 7a, 7b, 8b, 9b orfl4) Xét cấp độ amino acid, SARS-CoV-2 giống với SARS-CoV có so điểm khác đáng quan tâm Ví dụ protein 8a có SARS-CoV khơng có SARS-CoV-2; protein 8b có 84 acid amin SARSCoV, dài SARS-CoV-2, với 121 acid amin protein 3b có 154 acid amin SARS-CoV, ngắn SARS-CoV-2, có 22 acid amin (Hình 2)10 31 pp ali ppla 5’UTR - 3a E M 7a 8b N - ■ - ■ “II —3lJTR s 3b Ịnspl I nsp2 181 nsp3 I I 819 pb nsp4 3264 2764 7096 I nsp!6 I nsp!5 6799 I nsp!4 6453 I nsp!3 5926 I I 9b orf!4 7b ns|A 3860 4141 I nsp6 I nsp7 I nsp8 I nsp9|nspio| 4392 3570 nsp!2 3943 4393 4254 ♦ 5325 Hình Cấu trúc gene protein mã hóa cùa chủng IVDC-HB-01/2019 (HB01) (~29,8kb)10 Tốc độ thay đổi gene SARS-CoV-2 đánh giá nhanh chưa ghi nhận trước đây14 Cơ sở dừ liệu trình tự gene SARS-CoV-2 lên tục cập nhật số lượng, cần hệ thống tên khoa học đe phục vụ cho nghiên cứu Ngày 29/1/2021, đề cơng trình nghiên cứu xuất danh pháp giành cho SARS-CoV-2 tạp chí Nature Microbiology nhiều hệ thống dừ liệu lớn SARS-CoV-2 GISAID, Nextstrain Pango sử dụng, “A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology” cùa Andrew Rambaut cộng sự14 Theo đó, biến chủng SARS-CoV-2 đặt tên theo chừ số B 1.351 hay C.37 dựa vào ngun tắc đặt tên cơng trình nêu Một hệ thống tên gọi giành cho SARSCoV-2 thông dụng thứ hai theo bảng chừ Hy Lạp hệ thống phát triển WHO Theo WHO, biến chủng SARS-CoV-2 cần lưu ý sè phân nhóm đặt tên (Bảng 1) Bảng Danh sách biến chủng SARS-CoV-2 theo hệ thống phân loại WHO15 Tên (WHO) Alpha Pango lineages B.l.1.7 Điếm đặc trưng Spike A570D Spike D614G, Spike D I 118H Spike H69del Spike N501Y, Spike P681H Spike S982A Spike T7I61 Spike V70del Spike Y144del N D3L N G204R, N R203k N S235F NS8 Ọ27stop NS8 R52I, NS8 Y73C, NSP3 A890D, NSP3 11412T NSP3 T183I NSP6 F108dei, NSP6 G107del NSP6 SlObdel, NSP12 P323L 32 Nguồn gốc Ngày công bố Acession number (G1SAID) Phân loại United Kingdom Sep-2020 EPI_ISL_2738568 Variants of Concern (VOC) J B 1.351 Beta B 1.351.2 B 1.351.3 Spike A243del, Spike A701V, Spike D80A, Spike D215G, Spike D614G, Spike E484K Spike K417N Spike L18F Spike L242del Spike L244del Spike N501Y, E P71L, M Hl 55Y N Q9H, N T2051 NS3 A72S, NS3 L147F, NS3 Ọ57H, NS3 s 171L NS7a T1151, NSP2 T85I, NSP3 K837N, NSP5 K90R NSP5 K100R, NSP6 F108del, NSP6 G107deI, NSP6 Ml 64V, NSP6S106del, NSP12 P323L Spike A243del, Spike A701V, Spike D80A, Spike D215G, Spike D614G, Spike E484K, Spike I934L, Spike K417N Spike KI 18IN Spike L18F Spike L242del Spike L244del, Spike N501Y, E P71L,N T205I NS3 Q57H NS3 SI71L, NSP2 T851, NSP3 K837N, NSP3 N1778S, NSP5 A193V NSP5 K90R, NSP6 F108del, NSP6 G107del, NSP6 K61R NSP6 L142F, NSP6 SlOódel, NSP12 P323L NSP14 H455Y, NSP14T1131 Spike A243del Spike A7OIV Spike D80A, Spike D215G, Spike D614G, Spike E484K Spike K417N Spike L18F, Spike L242del Spike L244del, Spike N501Y, Spike Pl 143L E P71L, N T2O51 NS3 Q57H, NS3 s 171L, NSP2 T85I, NSP3 K.837N, NSP3 N1778S, NSP3 PI228L, NSP5 K90R NSP6 F108del NSP6 G107del NSP6 S106del NSP12 P323L NSP13 1151V Spike D138Y, Spike D614G, Spike EP1_1SL_2433571 South Africa May-2020 EPl_ISL_2426605 EP1_ISL_2433265 E484K Spike H655Y, Spike K417T Spike L18F Spike N501Y, Spike P26S, p.l Spike RI 90S Spike T20N, Spike T10271, Spike VI176F, N G204R N P80R, N S202C, NS3 S253P, NS8 E92K, NSP3 K977Ọ, NSP3 S37OL, NSP4 S184N NSP6 D267G, NSP6 F108del, NSP6 G107del, NSP6 S106del, NSP12 P323L NSPI3 E341D Spike D138Y, Spike D614G, Spike EP1_ISL_2466968 E484K Spike H655Y Spike K417T Spike L18F Spike N501Y, Spike P26S, Gamma P.1.1 Spike P681H, Spike RI 90S, Spike T20N Spike T1027I, Spike VI176F, N G204R N P80R, N R203K NS3 S253P, NS8 E92K, NSP1 M85del, NSP3 K977Q, NSP3 S370L NSP6 F108del, NSP6 G107del, NSP6S106del,NSP12 P323L, NSPI3 E341D Spike D138Y, Spike D614G, Spike Brazil Nov-2020 EP1_1SL_2466333 E484K, Spike H655Y Spike K417T, Spike L18F Spike N501Y, Spike P26S, P.1.2 Delta B 1.617.2, AY.l, AY.2, AY.3 Spike R190S, Spike T20N, Spike T1027I, Spike VI176F, N G204R N P80R N R203K, NS3 S253P, NS8 E92K NSP3 G1043V, NSP3 K977Q, NSP3 P1200S NSP3 S370L NSP6 F108del NSP6 G107del NSP6 SlOódel, NSP12 P323L NSP13 E341D Spike D614G, Spike D950N Spike G142D, Spike L452R, Spike P681R Spike S494L Spike T478K M I82T N D63G, N D377Y, N R203M N R385K NS3 S26L NS7a G38R, NS7a LI 16F, NS7a T1201, NSP2 E167V, NSP3 C104F, NSP3 P822L NSP4 A446V, NSP6 V149A, NSP12 G67IS NSP12 P323L NSP13 P77L, NSP15H234Y 33 EPI_1SL_2466757 India Oct-2020 EP1_1SL_2988197 Eta B 1.525 Spike A67V, Spike D215Y, Spike D614G, Spike D1084G Spike E484K Spike F888L Spike H69del, Spike K150N, Spike Q52R Spike Q677H Spike QI 180L Spike V70del Spike Y144del M I82T N A12G, N T205I, NSP2 K67N, NSP3 T11891, NSP6 F108del, NSP6 G107del NSP6 S106del, NSP12P323F Spike A701V, Spike D253G, Spike Multiple Country Dec-2020 EPI_ISL_2453388 USA Nov-2020 EPI_ISL_2454354 India Oct-2020 EPI_ISL_2455044 Peru Dec-2019 EPI_ISL_2439187 Colombia Jan-21 EPI_ISL_2454576 USA Mar-2020 EPI_ISL_2443292 USA Mar-2020 EP1_ISL_2443854 D614G, Spike E484K Spike L5F Spike T95I Spike TI027I, N M234I, N P199L Iota B 1.526 NS3 D2A, NS3 Ọ57H, NS8 T111, NSP2 T85I, NSP4 L438P, NSP4 T73I NSP6 F108del, NSP6 G107del, NSP6 s 106del NSP12P323L, NSP13Ọ88H Spike D614G Spike E154K Spike E484Q Spike G142D Spike L452R Spike P681R Spike Ọ1071H, Spike T95I, M Kappa B.1.617.1 Lambda C.36 Mu B 1.621 B 1.427 B 1.429 Zeta P.2 P.3 I82S, N D377Y, N R203M, NS3 R134L, NS3 S26L, NS7a V82A, NSP3 T7491, NSP6 T77A, NSP12 P323L, NSP12 T261 NSP13 G206C, NSP13 M429I, NSP15 K259R, NSP15 S261A Spike D614G, Spike F490S Spike G75V, Spike 11216V, Spike L452Ọ, Spike N148T Spike T761 Spike T859N, N G204R, N G214C N P13L, N R203K, NS8 P36L, NSP2 T851, NSP3 Fl569V, NSP3 P1469S, NSP3 T4281 NSP4 L438P NSP4 T492I, NSP5 G15S, NSP6 FI08L, NSP12 P323L Spike D614G, Spike D950N Spike E484K Spike ins!45N, Spike N501Y, Spike P681H Spike R346K, Spike T95I Spike Y144T Spike Y145S N T205I, NS3 A99V NS3 I20M, NS3 Ọ57H NS3 V256I, NS8 P38S, NS8 S67F, NS8 T1 IK, NSP3 S1285F, NSP3 T237A, NSP3 T720I NSP4 L447F NSP4 T492I NSP6 Q160R NSP12 P323L, NSP12 Y521C, NSP13 E261D NSP13 P419S Spike D614G, Spike L452R Spike SI31, Spike W152C, N D144H, N T205I, NS3 Q57H, NS3 S40L, NS8 S67F, NSP2 L448I, NSP2 S32L, NSP2 T85I, NSP3 V253L NSP4 S395T, NSP5 S121L NSP12 P323L NSP13 D260Y, NSP13 P53L, NSP14 V83I, NSP16A121V Spike D614G, Spike L452R, Spike S13I, Spike W152C, N D377Y, N M2341, N T205I, NS3 Q57H, NS8 V32L NS8 V100L NSP2 T85I, NSP3 A85V, NSP3 E1846D NSP3 V253I, NSP9 I65V, NSP12 P323L NSP12 V174I, NSP13 D260Y Spike D614G Spike E484K Spike L5F, Spike VI176F M K166R, N Al 19S, N G204R N M2341, N R203K, NSP5 L205V, NSP7 L71F, NSP12 P323L NSP16 T151I Spike A243del Spike D614G, Spike E484K Spike E1092K, Spike G142del, Spike Hl 101Y, Spike L14ldel Spike L244del, Spike N501Y Spike P681H Spike V143del Spike VI176F, Spike Y265C, N G204R, N R203K, NS8 K2Q, NSP3 D736G, NSP3 S1807F NSP4 D217N, NSP4 L438P NSP6 DI 12E NSP7 L71F, NSP12 P323L NSP13 A368V, NSP13 L280F 34 Brazil Apr-2020 EP1_ISL_2466228 Philippines Jan-2020 EP1_ISL_2423558 Variants of Interest (VOI) Reclassi fying VOIs/ VOCs R.l R.2 B 1.466.2 B 1.621 B.l.1.318 B.l.1.519 c.36.3 c.36.3.1 B 1.214.2 B 1.1.523 Spike D614G Spike E484K Spike G769V, Spike W152L, M F28L N G204R, N Q418H, N R203K N S187L NSP7 D77N, NSP12 P323L, NSP13 G439R NSP13 M576I, NSP14P412H Spike D614G Spike E484K Spike E1202Ọ Spike Q677H, Spike T732S, N G204R N R203K NSP3 A231V, NSP3 K384N, NSP3 Ọ774R NSP8 D143G, NSP8 R75K NSP12 A31 IS NSP12 P323L Spike D614G Spike N439K Spike P26S, Spike P681R N H300Q N T2O5I, NS3 Ọ57H NSP1 HI 10Y, NSP3 P822L NSP3 S126L NSP3 T35OI NSP6 L75F NSP6 V149F NSP12 P323L NSP13 S259L Spike D614G Spike D95ON Spike E484K Spike ins!45N Spike N50IY, Spike P681H Spike R346K Spike T95I Spike Y144T Spike Y145S, N T2O5I, NS3 A99V NS3 120M NS3 Ọ57H, NS3 V256I, NS8 P38S, NS8 S67F, NS8 T1 IK, NSP3 S1285F, NSP3 T237A, NSP3 T720I, NSP4 L447F NSP4 T492I NSP6 Ọ160R, NSP12 P323L NSP12 Y521C, NSP13 E261D, NSP13 P419S Spike D614G Spike D796H, Spike E484K, Spike P681H Spike T95I, Spike YI44del, M 182T, N A208G, N G204R N R203K, N R209del, NS8 E59stop NS8 E106stop, NS8 F3Y, NSP3 E378V, NSP3 K1693N, NSP4 A446V, NSP4 T173I, NSP5 A255V, NSP5 T21I, NSP6 F108del NSP6 G107del NSP6 L125F, NSP6 SlOódel, NSP12 P323L NSP15 V320M NSP16 A116S Spike D614G Spike P681H, Spike T478K Spike T732A N G204R, N K388R N R203K, NSP2 K500N, NSP3 K837N, NSP3 P141S, NSP4 T492L NSP6 I49V, NSP9T35I NSP12P323L Spike A899S Spike D614G, Spike L452R Spike Ọ677H Spike R346S, Spike S12F Spike W152R, M I82T, N A156S N G204R, N G212V, N K256R N R2O3K NS7b A43S NSP1 E1O2K.NSP3 A41V, NSP3 D821N, NSP3 P1469S, NSP3 T428I, NSP4 D217N, NSP4 D459N, NSP5 G15S, NSP6 LI22S, NSP6 SI 18L NSP8 T148I, NSP12 P323L NSP13 A520V NSP13 D105Y NSP13 P529L Spike A899S Spike D614G, Spike H69del Spike L452R Spike Q677H, Spike R346S Spike S12F, Spike S477N, Spike V7Odel Spike W152R, M I82T M T7I, N G204R N K256R N R203K, NS3 Y113H, NS7b A43S, NSP1 E102K NSP3 A41V, NSP3 D32B, NSP3 D821N NSP3 PI469S NSP3 T428I, NSP4 D217N, NSP4 E>459N, NSP5 G15S, NSP6 L122S NSP6 SI I8L, NSP8 TI48I, NSP12 P323L NSPI3 D105Y NSP13 P529L Spike D614G Spike N450K Spike Q414K Spike T716I, N D3L, N T2O51 NS3 G172C, NS6 V5I NSP3 I58OV, NSP3 T1063I NSP8 A74V, NSP1O T51I NSP12 P323L NSP12 R583G NSP12 T293I Spike D614G Spike D839V Spike EI56del, Spike E484K Spike E780A, Spike F157del Spike F3O6L Spike 35 Multiple Country Jan-2020 EP1_ISL_2462878 Multiple Country Jan-2020 EPI_ISL_2284073 Indonesia Nov-2020 EPI_ISL_2429145 Colombia Jan-2021 EP1_ISL_2454576 Multiple Country Jan-2021 EP1_ISL_2O12124 Multiple Country Nov-2020 EP1_ISL_2363567 Multiple Country Jan-2021 EP1_1SL_2449941 Multiple Country Jan-2021 EPI_ISL_2452052 Multiple Country Nov-2020 EPI_ISL_2373970 Multiple Country May-2020 EPl_ISL_2038892 B.1.619 B 1.620 R158del Spike S494P Spike TI0271 M I82T N A264S N G204R N G212C, N R203K, NS3 S17IL NS3 V201F, NSP2 N269D NSP3 M84V NSP3 RI2971, NSP5 V303I, NSP6 V84F, NSPIO TI 111, NSP12 P323L NSP12 S229N, NSP13 L455M, NSP13 P77L Spike D614G, Spike D936N, Spike E484K Spike I210T Spike N440K Spike S939F, Spike T1027I, M I82T N P13L, N S201I, N T2051, NS7a E22D NS7a G26S, NSP3 Al305V, NSP3 E1789K, NSP3 S1670F NSP6 F108del, NSP6 G107deI, NSP6 Ml831, NSP6 SlOódel, NSP12 P323L, NSP13T481M NSP15S273N Spike A243T Spike D614G, Spike DI 118H Spike E484K, Spike H69del Spike H245Y, Spike P26S, Spike P68IH Spike S247I, Spike S477N Spike T10271, Spike V70del Spike V126A, Spike Y144del, M A2V, M H155Y, N A220V, NS3 G100C, NS3 T1751, NS7b L14del, NSP2 A419V, NSP2 T223I, NSP3 SI70IF NSP3 VI1731 NSP6 F108del, NSP6 G107del NSP6 SlOódel, NSP12 P323L NSP13A292S NSP13 V241L Multiple Country May-2021 EPl_ISL_2453308 Multiple Country Nov-2020 EP1_ISL_2448615 Nhóm Variants of Concern (VOC): biến làm tăng khả lây truyền thay đổi bất lợi dịch tễ học COVID-19; tăng độc lực, thay đổi biểu bệnh lâm sàng; giảm hiệu biện pháp cộng đồng, chẩn đoán, vaccine, phương pháp điều trị có sẵn15 Nhóm Variants of Interest (VOI): biến thể với thay đổi di truyền dự đốn biết có ảnh hưởng đến đặc điểm virus khả lây truyền, mức độ nghiêm trọng bệnh, vượt hàng rào miền dịch, vượt khỏi chẩn đoán điều trị; biến chủng phải xác định nguyên nhân gây lây truyền cộng đồng đáng ke nhiều dịch COVID-19, nhiều quốc gia với tỷ lệ lưu hành tương đối ngày tăng với số trường hợp gia tăng theo thời gian, tác động dịch tễ học rõ ràng khác cho thấy nguy sức khỏe cộng đồng toàn cầu15 Nhóm Reclassifying VOIs/ VOCs: nhóm biến chủng theo dõi đánh giả xác mức độ nguy hiểm15 Bảng Các đột biến giống số biến 2OI (Alpha, VI) (B.l.1.7) 20H (Beta, V2) (B.1.351) 20J (Gamma, V3) (P.l) 21A (Delta) (B.l.617.2) 21B (Kappa) (B.l.617.1) 21D (Eta) (B.1.525) 21F (Iota) (B.1.526) 21G (Lambda) (C.37) 21H (Mu) (B 1.621) 20A/S:126A (B.1.620) S:D614G S:D614G S:D614G S:D614G S:D614G S:D614G S:D614G S:D614G S:D614G S:D614G 36 S:E484K S:E484K S:P681H S:E484Q S:P681R S:E484K S:Y144- S:N501Y S:E484K S:P681R S:YI44- S:N501Y S:E484K S:E484K S:P681H S:P681H S:Y144S S:Y144- S:N501Y S:N50lY S:L452R S:L452R S:L452Q S:H69- S:H69- S:H69- S:V70- SV70- S:V70- S:L18F S:L18F S:T1027I S:T1027I S:D950N S:D950N S:A701V S:K417N S:A70IV S:K417T S:P26S S:P26S S:D253G S:D253N S:A243- S:A243- S.L242- S:L242- S:L241- S:L241- S:T95I S:T95I S:D1118H S:D1118H Khảo sát Sự lặp lại đột biến biển the nguy phân loại WHO, chúng tơi nhận thấy có biến the B 1.620 chưa WHO đặt tên lại chứa nhiều đột biến xuất biến thể nguy hiểm Đột biến Spike D614G phổ biến 10 biến thể, đột biến Spike E848K xuất biến thể, lại đột biến khác xuất từ đến biến (Bảng 2) Vật liệu phương pháp Sử dụng dừ liệu từ GISAID, NCBI, NMDC CNCB/NGDC, thu nhận 1284 trình tự genome chủng MERS, BAT-CoV, SARS-CoV biến thể SARS- CoV-2 ghi nhận tính đến tháng 8/2021 Các trình tự thu nhận tiêu trình tự genome hồn chỉnh có độ bao phủ cao Các trình tự mã hóa gen virus đà trích xuất xếp thẳng hàng chương trình MUSCLE17 phần mem Geneiou Prime Sau đó, sở liệu xử lý chương trình jModelTest18 để tim mơ hình tiến hóa phù hợp Phương pháp Bayesian Inference thực mơ hình thay với mơ hình tỉ lệ phân phối gamma (gamma-distributed-rates) với 10000000 lặp lại phần mềm MrBayes19 Hình phát sinh loài hiệu chỉnh minh họa chương trình Figtree 37 Kết thảo luận Dựa vào kết phân tích phả hệ, phát sinh lồi chia dừ liệu trình tự đầu thành 24 nhóm bao gom: nhóm ngoại chủng MERS, nhóm BAT-CoV, nhóm SARS-CoV, nhóm A6, nhóm {A.3 A.58}, nhóm A.17, nhóm A.2, nhóm {A.l, A.16, A.24}, nhóm A.5, nhóm {B.13, B.18, B.51}, nhóm ỊB.4 B.61}, nhóm {B.20, B.26, B.42, B.50}, nhóm B.49, nhóm B.1.77, nhóm {B 1.97 540}, nhóm B 1.276, nhóm Eta-Gamma, nhóm {B 1.6 139},nhómB 1.177,nhóm {B 1.83 620},nhómBeta-Iota-Mu,nhóm {B 1.379, B 1.390}, nhóm Dela-Kappa nhóm Alpha-Zeta-Lambda (Hình 3) - B 1.1.7 (Alpha) P.2 (Zeta) I C.37 (Lambda) B.1.617.2 (Delta) B.1.617.1 (Kappa) B1-379-390 B 1.351 (Beta) B 1.526 (lota) B.1.621 (Mu) B1-83 620 B1-177 MERS Hình Cây phả hệ biến chủng SARS-CoV-2 với SARS-CoV, BAT-CoV MERS Các số nhánh thể giá trị xác suất hậu nghiệm 38 Trong nghiên cứu này, chúng tơi tập trung phân tích đa dạng cùa SARS-CoV-2 với liệu phân tích hầu hết trình tự cùa biến thể SARS-CoV-2 Đầu tiên, biến thể A.6 hệ đột biến Dòng A.6 biến chủng biết đến biến chủng Thái Lan Tuy nhiên, biến chủng A.6 ghi nhận từ Trung Quốc theo thống kê 194 mầu, bao gồm Thái Lan (183), Trung Quốc (3), Singapore (3), Nhật Bản (3) Cambodia (2) Qua số liệu có the thấy dịng A.6 lây lan từ sớm qua nước khu vực châu Á20 Các hệ tiếp biến thể thuộc dòng A Cho đến nay, biến chùng thuộc dòng A chưa ghi nhận làm tăng nguy hiểm virus lây lan nhanh hơn, gây triệu chứng bệnh nặng hay làm giảm kháng hiệu vaccine biến thể thuộc hai nhóm voc (Variants of Concern) VOI (Variants of Interest) Hậu duệ xa biến chủng A chủng gán nhãn A.5 Bien the A cho là nguyên cùa đại dịch, gây bùng phát toàn cầu Trong giai đoạn khởi đầu đại dịch tháng 12/2019, người ta ghi nhận biến the A xuất nhiều mẫu thu nhận từ Trung Quốc Ngoài ra, nhiều mặt hàng xuất khấu toàn giới, bao gồm Mỳ, úc, Đông Nam Á, Nhật Châu Âu ghi nhận xuất biến thể A20 Biến thể A.5, sau gộp chung biến the A 10 biến the đại diện Tây Ban Nha ghi nhận chuồi bùng phát Scotland Biến thể A.5 ghi nhận Trung Quốc21, Việt Nam, người ta ghi nhận hai biến the giai đoạn khởi phát dịch A.l A.23.120 Đối với dòng B, biến đổi genome SARS-CoV-2 đa dạng, the phát sinh loài phân nhánh nhiều Một đặc điểm chung thấy biến thể nguy hiểm WHO xếp vào hai nhóm voc VOI nằm nhánh cuối, xa gốc phát sinh loài Kết cho thấy q trình bùng phát dịch, SARS- CoV-2 tích lũy đột biến liên tục, vượt qua nhiều hàng rào miễn dịch nhiều cộng đồng kết SARS-CoV-2 tích lũy nhiều đột biến giúp cho việc gây bệnh COVID- 19 trở nên nhanh nguy hiểm Trong nghiên cứu này, biến thể thuộc hai nhóm nhóm voc VOI chúng tơi xây dựng phả hệ biến chủng khác để có tranh tồn cảnh phát triển đa dạng di truyền SARS-CoV-2 Biến the Gamma hay cịn gọi biến chủng Brazil có tương đong cao trình tự với biến the Eta Biến thể Nam Phi Beta có tương đồng cao với biến thể Iota Mu Biến thể 39 nguy gây lo ngại cho co quan y tế toàn giới biến thể Delta có quan hệ họ hàng với biến the Kappa Biến thể Alpha có quan hệ gần gũi với biến the Zeta Lambda Zeta Lambda hai biến thể đại diện cho châu Âu nam Mỹ Như vậy, bốn nhóm bốn nhánh phát sinh biến thể nguy hiểm xác định Nhóm biến the Gamma Eta: Biến the Eta phát lần đầu Anh Nigeria biến the Gamma phát bốn người Nhật trở từ Brazil, sau biến the phát rộng rãi Brazil Hai biến the phân nhánh chung từ nhánh nhiên số xác suất hậu nghiệm 0,89 Trong nghiên cứu này, phát sinh lồi phân tích đa dạng di truyền SARS-CoV-2 nên hai biến chủng SARS-CoV-2 cho độ tin cậy tương đồng có 89% nên có the kết luận hai biến chủng hai hậu duệ không gần gũi Tuy nhiên, hai biến chủng xuất phát từ nhánh nên chúng có tổ tiên Nhóm biến thể Gamma, Iota Mu: biến thể Beta gây đợt bùng phát dịch nghiêm trọng Nam Phi Iota tìm thấy lần đầu New York cịn biến the Mu tìm thấy nước Nam Mỹ Châu Âu Chỉ số xác suất hậu nghiệm thể mức độ gần gũi ba biến thể Cả ba biến thể phát vào cuối năm 2020 đầu năm 2021, có nghĩa vào cuối năm 2020 to tiên chúng lây lan nhanh đến ba châu lục khác hậu duệ tích lũy đột biến sinh ba chùng nguy hiểm cho người Nhóm biến thể Delta Kappa: hai biến thể xuất Án Độ vào cuối năm 2020 thể phát sinh loài gần gũi với nhau, có số xác suất hậu nghiệm Đây nhóm biến the the rõ di truyền liên quan đến địa lý Nhóm biến the Alpha, Zeta Lambda: biến thể Alpha noi tiếng với tên gọi khác biến thể Anh Zeta Lambda phát Nam mỳ, cụ the Brazil Peru Như vậy, có the thấy tự lại Châu Âu Nam Mỳ có the nguyên nhân phát tán nhanh SARS-CoV-2 Kết luận Nghiên cứu sử dụng trình tự cơng bố sở dừ liệu giới GISAID, NCBI, NMDC CNCB/NGDC Chúng tơi vẽ tranh tồn cảnh 40 phát triển, tiến hóa SARS-CoV-2 đại dịch toàn cầu Nghiên cứu phần cập nhật đa dạng di truyền SARS-CoV-2, tiền đề cho nghiên cứu sau liên quan đến SARS-CoV-2 Dựa vào kết phân tích phả hệ, kết luận biến chủng A nguồn gốc phát sinh biến chủng khác Sau biến đoi SARS-CoV2 diễn theo chọn lọc tự nhiên kết xuất cùa biến chủng WHO xếp vào nhóm voc, biến chủng WHO xếp nhóm VOI 12 biến chủng nguy nghiên cứu phân loại Các nhóm biến the voc VOI đà xây dựng phả hệ nhằm xác định nguồn gốc Kết nhánh phát sinh cho bốn nhóm biến thể nguy hiểm xác định cụ thể là: Biến thể Gamma có tương đồng trình tự với biến thể Eta Biến thể Beta có tương đồng cao với biến thể Iota Mu Biến thể Delta có quan hệ họ hàng với biến the Kappa Biến thê Alpha có quan hệ gần gũi với biến the Zeta Lambda Lời cảm ơn Nghiên cứu tài trợ Quỳ Phát triển Khoa học Công nghệ - Đại học Nguyễn Tất Thành, đề tài mã số 2021.01.121/HĐ-NCKH Tài liệu tham khảo (1) Zhu, N.; Zhang, D.; Wang, w.; Li, X.; Yang, B.; Song, J.; Zhao, X.; Huang, B.; Shi, w.; Lu, R.; Niu, p.; Zhan, F.; Ma, X.; Wang, D.; Xu, w.; Wu, G.; Gao, G F.; Tan, w A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019 N Engl J Med 2020, 382 (8), 727-733 https://doi.org/10.I056/NEJMoa2001017 (2) Zhou, p.; Yang, X.-L.; Wang, X.-G.; Hu, B.; Zhang, L.; Zhang, w.; Si, H.R.; Zhu, Y.; Li, B.; Huang, C.-L.; Chen, H.-D.; Chen, J.; Luo, Y.; Guo, H.; Jiang, R.-D.; Liu, M.-Q.; Chen, Y.; Shen, X.-R.; Wang, X.; Zheng, X.-S.; Zhao, K.; Chen, Q.-J.; Deng, F.; Liu, L.-L.; Yan, B.; Zhan, F.-X.; Wang, Y.-Y.; Xiao, G.-F.; Shi, Z.-L A Pneumonia Outbreak Associated with a New Coronavirus of Probable Bat Origin Nature 2020, 579 (7798), 270-273 https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7 (3) Rahimi, A.; Mirzazadeh, A.; Tavakolpour, s Genetics and Genomics of SARS-CoV-2: A Review of the Literature with the special Focus on Genetic Diversity and SARS-CoV-2 Genome Detection Genomics 2021, 113 (1), 1221-1232 https://doi.org/! 0.1016/j.ygeno.2020.09.059 41 (4) Viet Nam: WHO Coronavirus Disease (COVID-19) Dashboard With Vaccination Data I WHO Coronavirus (COVID-19) Dashboard With Vaccination Data https://covidl9.who.int/region/wpro/country/vn (accessed 2021 -09 -10) (5) Xu, X.; Han, M.; Li, T.; Sun, w.; Wang, D.; Fu, B.; Zhou, Y.; Zheng, X.; Yang, Y.; Li, X.; Zhang, X.; Pan, A.; Wei, H Effective Treatment of Severe COVID-19 Patients with Tocilizumab Proc Natl Acad Sci u s A 2020, 117 (20), 10970-10975 https://doi.org/! 0.1073/pnas.2005615117 (6) Grein, J.; Ohmagari, N.; Shin, D.; Diaz, G.; Asperges, E.; Castagna, A.; Feldt, T.; Green, G.; Green, M L.; Lescure, F.-X.; Nicastri, E.; Oda, R.; Yo, K.; QuirosRoldan, E.; Studemeister, A.; Redinski, J.; Ahmed, s.; Bemett, J.; Chelliah, D.; Chen, D.; Chihara, s.; Cohen, s H.; Cunningham, J.; D’Arminio Monforte, A.; Ismail, s.; Kato, H.; Lapadula, G.; L’Her, E.; Maeno, T.; Majumder, s.; Massari, M.; Mora-Rillo, M.; Mutoh, Y.; Nguyen, D.; Verweij, E.; Zoufaly, A.; Osinusi, A o.; DeZure, A.; Zhao, Y.; Zhong, L.; Chokkalingam, A.; Elboudwarej, E.; Telep, L.; Timbs, L.; Henne, L; Sellers, s.; Cao, H.; Tan, s K.; Winterbourne, L.; Desai, p.; Mera, R.; Gaggar, A.; Myers, R p.; Brainard, D M.; Childs, R.; Flanigan, T Compassionate Use of Remdesivir for Patients with Severe Covid-19 N Engl J Med 2020, NEJMoa2007016 https://doi.org/! 0.1056/NEJMoa2007016 (7) Nili, A.; Farbod, A.; Neishabouri, A.; Mozafarihashjin, M.; Tavakolpour, s.; Mahmoudi, H Remdesivir: A Beacon of Hope from Ebola Virus Disease to COVID19 Rev Med Virol 2020, 30 (6), 1-13 https://doi.org/10.1002/rmv.2133 (8) Wu, F.; Zhao, s.; Yu, B.; Chen, Y.-M.; Wang, w.; Song, Z.-G.; Hu, Y.; Tao, z.-w.; Tian, J.-H.; Pei, Y.-Y.; Yuan, M.-L.; Zhang, Y.-L.; Dai, F.-H.; Liu, Y.; Wang, Q.-M.; Zheng, J.-J.; Xu, L.; Holmes, E c.; Zhang, Y.-Z A New Coronavirus Associated with Human Respiratory Disease in China Nature 2020, 579 (7798), 265269 https://doi.org/!0.1038/s41586-020-2008-3 (9) Lu, R.; Zhao, X.; Li, J.; Niu, p.; Yang, B.; Wu, H.; Wang, w.; Song, H.; Huang, B.; Zhu, N.; Bi, Y.; Ma, X.; Zhan, F.; Wang, L.; Hu, T.; Zhou, H.; Hu, z.; Zhou, w.; Zhao, L.; Chen, J.; Meng, Y.; Wang, J.; Lin, Y.; Yuan, J.; Xie, z.; Ma, J.; Liu, w J.; Wang, D.; Xu, w.; Holmes, E c.; Gao, G F.; Wu, G.; Chen, w.; Shi, w.; Tan, w Genomic Characterisation and Epidemiology of 2019 Novel Coronavirus: Implications for Virus Origins and Receptor Binding Lancet Lond Engl 2020, 395 (10224), 565-574 https://doi.Org/l 0.1016/SO140-6736(20)30251 -8 (10) Wu, A.; Peng, Y.; Huang, B.; Ding, X.; Wang, X.; Niu, p.; Meng, J.; Zhu, z.; Zhang, z.; Wang, J.; Sheng, J.; Quan, L.; Xia, z.; Tan, w.; Cheng, G.; Jiang, T Genome Composition and Divergence of the Novel Coronavirus (2019-NCoV) 42 Originating in China Cell Host Microbe 2020, 27 (3), 325-328 https://doi.org/! 0.1016/j.chom.2020.02.001 (11) Fehr, A R.; Perlman, s Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis Coronaviruses 2015, 1282, 1-23 https://doi.org/10.1007/978-l-49392438-7J (12) Ruan, Y.; Wei, c L.; Ling, A E.; Vega, V B.; Thoreau, H.; Se Thoe, s Y.; Chia, J.-M.; Ng, p.; Chiu, K p.; Lim, L.; Zhang, T.; Chan, K p.; Lin Ean, L o.; Ng, M L.; Leo, s Y.; Ng, L F.; Ren, E c.; Stanton, L w.; Long, p M.; Liu, E T Comparative Full-Length Genome Sequence Analysis of 14 SARS Coronavirus Isolates and Common Mutations Associated with Putative Origins of Infection Lancet Loud Engl 2003, 361 (9371), 1779-1785 https://doi.org/!0.1016/SO 140-6736(03) 13414-9 (13) Chan, J F.-W.; Kok, K.-H.; Zhu, z.; Chu, H.; To, K K.-W.; Yuan, s.; Yuen, K.-Y Genomic Characterization of the 2019 Novel Human-Pathogenic Coronavirus Isolated from a Patient with Atypical Pneumonia after Visiting Wuhan Emerg Microbes Infect 2020, 9(1), 221-236 https://doi.org/! 0.1080/22221751.2020.1719902 (14) Rambaut, A.; Holmes, E c.; O’Toole, Á.; Hill, V.; McCrone, J T.; Ruis, c.; du Plessis, L.; Pybus, o G A Dynamic Nomenclature Proposal for SARS-CoV-2 Lineages to Assist Genomic Epidemiology Nat Microbiol 2020, 5(11), 1403-1407 https://doi.org/! 0.103 8/s41564-020-0770-5 (15) Tracking SARS-CoV-2 variants https://www.who.int/activities/trackingSARS-CoV-2-variants (accessed 2021 -09 -10) (16) Be, Y.; Sw, F.; Yh, c.; Tm, M.; Lw, A.; De, A.; Cy, L.; Sn, A.; B, L.; Ys, G.; Ycf, s.; We, w.; s, K.; Lya, c.; s, p.; Sy, T.; L, s.; p, p.; Yyc, c.; T, B.; Rtp, L.; s, M.-S.; Ys, L.; Lf, w.; L, R.; Vj, L.; Gjd, s.; De, L.; Lfp, N Effects of a Major Deletion in the SARS-CoV-2 Genome on the Severity of Infection and the Inflammatory Response: An Observational Cohort Study Lancet Lond Engl 2020, 396 (10251) https://doi.Org/l 0.1016/SO140-6736(20)31757-8 (17) Edgar, R c MUSCLE: A Multiple Sequence Alignment Method with Reduced Time and Space Complexity BMC Bioinformatics 2004, 5(1), 113 https://doi.org/10.! 186/1471-2105-5-113 (18) Darriba, D.; Taboada, G L.; Doallo, R.; Posada, D JModelTest 2: More Models, New Heuristics and Parallel Computing Nat Methods 2012, (8), T12-T12 https://doi.org/! 0.1038/nmeth.2109 43 (19) Huelsenbeck, J p.; Ronquist, F MRBAYES: Bayesian Inference of Phylogenetic Trees Bioinforma Oxf Engl 2001, 17 (8), 754-755 https://doi.Org/10.1093/bioinfonTiatics/17.8.754 (20) z, G.; Jw, z.; Cp, L.; s, J.; Ln, M.; Bx, T.; D, z.; Ml, c.; Yb, s.; Sh, s.; z, z.; Jf, X.; Yb, X.; Ym, B.; Zl, D.; Wm, z An Online Coronavirus Analysis Platform from the National Genomics Data Center Zool Res 2020, 41 (6) https://doi.Org/10.24272/j.issn.2095-8137.2020.065 (21) Lineage Browse - 2019 Novel Coronavirus Resource https://ngdc.cncb.ac.cn/ncov/lineage?lang=en (accessed 2021 -09 -07) 44 ... nhiều biến chủng chưa đặt tên Do đó, nghiên cứu phân tích đa dạng di truyền cần thiết đe có tranh tồn cảnh lây lan biến chủng nhằm phục vụ cho nghiên cứu dịch tề nghiên cứu di truyền SARS-CoV-2. .. cùa dân cư nước Châu Âu[20] Một nghiên cứu quan tâm đa dạng di truyền chủng SARS-CoV-2 bệnh nhân ung thư Nghiên cứu cho thấy đa dạng di truyền SARS-CoV-2 không liên quan đến giai đoạn ung thư,... nhật đa dạng di truyền SARS-CoV-2, tiền đề cho nghiên cứu sau liên quan đến SARS-CoV-2 Dựa vào kết phân tích phả hệ, kết luận biến chủng A nguồn gốc phát sinh biến chủng khác Sau biến đoi SARS-CoV-2