Xây dựng mô hình phân tử ứng dụng sàng lọc các hoạt chất ức chế phức hợp PB1 PA kháng virus cúm a trên người

SỞ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NÔNG THÔN TRUNG TÂM CÔNG NGHỆ SINH HỌC BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ XÂY DỰNG MƠ HÌNH PHÂN TỬ ỨNG DỤNG SÀNG LỌC CÁC HOẠT CHẤT ỨC CHẾ PHỨC HỢP PB1-PA KHÁNG VIRUS CÚM A TRÊN NGƯỜI (Mã số: DV01/19-20) Cơ quan chủ trì nhiệm vụ: Trung tâm Công nghệ Sinh học Tp.HCM Chủ nhiệm nhiệm vụ: TS Nguyễn Trọng Bình Thành phố Hồ Chí Minh - năm 2021 SỞ NƠNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NÔNG THÔN TRUNG TÂM CÔNG NGHỆ SINH HỌC BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ XÂY DỰNG MƠ HÌNH PHÂN TỬ ỨNG DỤNG SÀNG LỌC CÁC HOẠT CHẤT ỨC CHẾ PHỨC HỢP PB1-PA KHÁNG VIRUS CÚM A TRÊN NGƯỜI (Mã số: DV01/19-20) (Đã chỉnh sửa theo kết luận Hội đồng nghiệm thu ngày 23/06/2021) Chủ nhiệm nhiệm vụ: Nguyễn Trọng Bình Cơ quan chủ trì nhiệm vụ Thành phố Hồ Chí Minh - năm 2021 Thành phố Hồ Chí Minh - năm …… SỞ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NÔNG THƠN CỘNG HỒ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc TRUNG TÂM CÔNG NGHỆ SINH HỌC Thành phố Hồ Chí Minh, ngày tháng năm … BÁO CÁO THỐNG KÊ KẾT QUẢ THỰC HIỆN NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ I THÔNG TIN CHUNG Tên nhiệm vụ: Xây dựng mơ hình phân tử ứng dụng sàng lọc hoạt chất ức chế phức hợp PB1-PA kháng virus cúm A người Thuộc: Chương trình/lĩnh vực (tên chương trình/lĩnh vực): Chủ nhiệm nhiệm vụ: Họ tên: Nguyễn Trọng Bình Ngày, tháng, năm sinh: 05/02/1982 Nam/ Nữ: Nam Học hàm, học vị: TS Y Sinh Chức danh khoa học: Chức vụ: Phó Trưởng Phịng CNSH Động vật Điện thoại: Tổ chức: (84-28) 37 153 792 Nhà riêng: Di động: 0935255352 Fax: (84-28) 38 91 69 97 E-mail: ntbinh.snn@tphcm.gov.vn Tên tổ chức công tác: Trung tâm Công nghệ Sinh học Tp Hồ Chí Minh Địa tổ chức: 2374 Quốc lộ 1A, Khu phố 2, Phường Trung Mỹ Tây, Quận 12, Tp Hồ Chí Minh Địa nhà riêng: 22/20/1 Đường 990, Phường Phú Hữu, Tp Thủ Đức, Tp.HCM Tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Tên tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Trung tâm Cơng nghệ Sinh học Tp Hồ Chí Minh Điện thoại: (84-28) 37 153 792 Fax: (84-28) 38 91 69 97 E-mail: ttcnsh.snn@tphcm.gov.vn Website: http://hcmbiotech.com.vn Địa chỉ: 2374 Quốc lộ 1A, Khu phố 2, Phường Trung Mỹ Tây, Quận 12, Tp Hồ Chí Minh Họ tên thủ trưởng tổ chức: TS Nguyễn Đăng Quân Số tài khoản: 3713.0.1007645 Kho bạc: Nhà nước Thành phố Hồ Chí Minh Tên quan chủ quản đề tài: Sở Nơng Nghiệp PTNT Tp Hồ Chí Minh II TÌNH HÌNH THỰC HIỆN Thời gian thực nhiệm vụ: - Theo Hợp đồng ký kết: từ tháng 04/ năm 2019 đến tháng 12/ năm 2020 - Thực tế thực hiện: từ tháng 04/ năm 2019 đến tháng 06/ năm 2021 Được gia hạn (nếu có): Lần từ tháng 01 năm 2021 đến tháng 06 năm 2021 Lần từ tháng… năm… đến tháng… năm… Kinh phí sử dụng kinh phí: a) Tổng số kinh phí thực hiện: 950 tr.đ, đó: - Kính phí hỗ trợ từ ngân sách khoa học: 950 tr.đ - Kinh phí từ nguồn khác: tr.đ b) Tình hình cấp sử dụng kinh phí từ nguồn ngân sách khoa học: Số TT Theo kế hoạch Thời gian Kinh phí (Tháng, năm) (Tr.đ) 04/201912/2020 01/202012/2020 400 Thực tế đạt Thời gian Kinh phí (Tháng, (Tr.đ) năm) 04/201912/2020 01/202106/2021 550 Ghi (Số đề nghị toán) (Tr.đ) 371.438,47 46.784,653 503.215,347 c) Kết sử dụng kinh phí theo khoản chi: Đối với đề tài: Đơn vị tính: Triệu đồng Số TT Nội dung khoản chi Trả công lao động (khoa học, phổ thông) Nguyên, vật liệu, lượng Thiết bị, máy móc Xây dựng, sửa chữa nhỏ Chi khác Tổng cộng Theo kế hoạch Tổng NSKH 215.772,48 Tổng NSKH 215.772,48 212.658,880 212.658,880 658.360.7 658.360.7 605.740,820 605.740,820 75.866.78 75.866.78 56.254,117 56.254,117 950 950 874.653,817 874.653,817 - Lý thay đổi (nếu có): Nguồn khác Thực tế đạt Nguồn khác Đối với dự án: Đơn vị tính: Triệu đồng Số TT Nội dung khoản chi Theo kế hoạch Tổng NSKH Nguồn khác Thực tế đạt Tổng NSKH Nguồn khác Thiết bị, máy móc mua Nhà xưởng xây dựng mới, cải tạo Kinh phí hỗ trợ cơng nghệ Chi phí lao động Nguyên vật liệu, lượng Thuê thiết bị, nhà xưởng Khác Tổng cộng - Lý thay đổi (nếu có): Các văn hành trình thực nhiệm vụ: (Liệt kê định, văn quan quản lý từ cơng đoạn xét duyệt, phê duyệt kinh phí, hợp đồng, điều chỉnh (thời gian, nội dung, kinh phí thực có); văn tổ chức chủ trì nhiệm vụ (đơn, kiến nghị điều chỉnh có) Số TT Số, thời gian ban hành văn Số 72/QĐ-SNN ngày 26/03/2019 Sở Nông nghiệp PTNT Số 32/HĐGVCNSH ngày 15/04/2019 Trung tâm Công nghệ Sinh học Tp Hồ Chí Minh Số 245/QĐ-SNN ngày 16/06/2020 Sở Nông Tên văn Quyết định việc thành lập Hội đồng Tư vấn khoa học công nghệ năm 2019 Hợp đồng giao việc thực nhiệm vụ KH-CN cấp sở năm 2019 Đề tài “Xây dựng mơ hình phân tử ứng dụng sàng lọc hoạt chất ức chế phức hợp PB1-PA kháng virus cúm A người” Quyết định việc thành lập Hội đồng Tư vấn giám định nhiệm vụ khoa học công Ghi 4 nghiệp PTNT Số 383/QĐ-SNN ngày 12/10/2020 Sở Nông nghiệp PTNT Số 190/QĐ-SNN ngày 21/05/2021 Sở Nông nghiệp PTNT nghệ Quyết định việc gia hạn thời gian thực nhiệm vụ khoa học công nghệ cấp sở Quyết định việc thành lập Hội đồng Tư vấn nghiệm thu nhiệm vụ khoa học công nghệ cấp sở Tổ chức phối hợp thực nhiệm vụ: Tên tổ chức Tên tổ chức Nội dung Số đăng ký tham gia tham gia TT theo thực chủ yếu Thuyết minh Sản phẩm chủ yếu đạt Ghi - Lý thay đổi (nếu có): Cá nhân tham gia thực nhiệm vụ: (Người tham gia thực đề tài thuộc tổ chức chủ trì quan phối hợp, khơng q 10 người kể chủ nhiệm) Số TT Tên cá nhân đăng ký theo Thuyết minh TS Nguyễn Trọng Bình Tên cá nhân tham gia thực TS Nguyễn Trọng Bình Nội dung tham gia Sản phẩm chủ yếu đạt - Hoàn thiện đề cương chi tiết - Tạo dòng Escherichia coli DH5α mang vector biểu gene mã hóa cho Fluc NPB1-Nluc, NPB1-Cluc, CPA-Nluc CPA-Cluc - Biểu hiện, tinh protein dung hợp Fluc NPB1-Nluc - Biểu hiện, tinh protein - Thuyết minh - Escherichia coli DH5α mang vector biểu hiệu chứa gen mã hóa Fluc, NPB1-Nluc NPB1-Cluc, CPA-Nluc CPA-Cluc - Protein dung hợp hợp Fluc NPB1Nluc tinh >90% - Protein dung hợp hợp Ghi dung hợp NPB1-Cluc, CPA-Nluc CPA-Cluc - Thử nghiệm xây dựng lại hoạt tính luciferase dựa vào tương tác PB1-PA RNA polymerase virus cúm - Đánh giá hoạt tính luciferase có chất ức chế tương tác PB1-PA RNA polymerase virus cúm NPB1-Cluc, CPA-Nluc CPA-Cluc tinh >90% - Các phân đoạn bổ sung xây dựng lại hoạt tính luciferase - Ức chế làm thay đổi hoạt tính luciferase - Báo cáo tiến độ - Báo cáo - Báo cáo tiến độ - Báo cáo nghiệm thu TS Phạm Tạo dòng Escherichia coli DH5α mang vector biểu gene mã hóa cho NPB1Nluc - Đánh giá hoạt tính luciferase có chất ức chế tương tác PB1-PA RNA polymerase virus cúm - Escherichia coli DH5α mang vector biểu hiệu chứa gen mã hóa NPB1Nluc - Ức chế làm thay đổi hoạt tính luciferase ThS - Biểu hiện, tinh protein dung hợp CPA-Cluc Protein dung hợp hợp CPA-Cluc tinh >90% Chuyển cơng tác 06/2019 CN Ngơ - Tạo dịng Escherichia coli DH5α mang vector biểu - Escherichia coli DH5α mang vector biểu hiệu Chuyển công tác 09/2019 Lê Bửu Trúc Phạm Nguyễn Thanh Thuỷ Vĩnh Tường TS Phạm Lê Bửu Trúc gene mã hóa cho Fluc - Biểu hiện, tinh protein dung hợp Fluc - Thử nghiệm xây dựng lại hoạt tính luciferase dựa vào tương tác PB1-PA RNA polymerase virus cúm - Đánh giá hoạt tính luciferase có chất ức chế tương tác PB1-PA RNA polymerase virus cúm chứa gen mã hóa Fluc, - Protein dung hợp hợp Fluc tinh >90% - Các phân đoạn bổ sung xây dựng lại hoạt tính luciferase - Ức chế làm thay đổi hoạt tính luciferase - Báo cáo tiến độ - Báo cáo nghiệm thu Lê Thị Hồng Trang Cao Thị Phương Trinh Cao Thị Phương Trinh - Tạo dòng Escherichia coli DH5α mang vector biểu gene mã hóa cho Fluc - Biểu protein dung hợp Fluc NPB1-Nluc - Biểu protein dung hợp NPB1Cluc, CPANluc CPACluc - Escherichia coli DH5α mang vector biểu hiệu chứa gen mã hóa Fluc - Protein dung hợp hợp Fluc, NPB1-Nluc - Protein dung hợp NPB1Cluc, CPANluc CPACluc - Tạo dòng Escherichia coli DH5α mang vector biểu gene mã hóa cho NPB1- - Escherichia coli DH5α mang vector biểu hiệu chứa gen mã hóa NPB1- 7 Vũ Thị Diễm Trang Vũ Thị Diễm Trang Cluc, CPANluc - Tinh protein dung hợp Fluc - Tinh protein dung hợp NPB1Cluc, CPANluc - Thử nghiệm xây dựng lại hoạt tính luciferase dựa vào tương tác PB1-PA RNA polymerase virus cúm - Đánh giá hoạt tính luciferase có chất ức chế tương tác PB1-PA RNA polymerase virus cúm - Tạo dòng Escherichia coli DH5α mang vector biểu gene mã hóa cho NPB1Nluc CPACluc - Tinh protein dung hợp NPB1-Nluc - Tinh protein dung hợp CPA-Cluc - Thử nghiệm xây dựng lại hoạt tính luciferase dựa vào tương tác PB1-PA RNA polymerase virus cúm Cluc, CPANluc - Protein dung hợp hợp Fluc tinh >90% - Protein dung hợp hợp NPB1-Cluc, CPA-Nluc tinh >90% - Escherichia coli DH5α mang vector biểu hiệu chứa gen mã hóa NPB1Nluc CPACluc - Protein dung hợp hợp NPB1-Nluc tinh >90% - Protein dung hợp hợp CPACluc tinh >90% 8 Nguyễn Văn Nam Vũ Phạm Thanh Phú Lê Thị Hồng Trang Nguyễn Thiện Phương Cao Thị Phương Trinh Phạm Minh Phương - Đánh giá hoạt tính luciferase có chất ức chế tương tác PB1-PA RNA polymerase virus cúm - Thử nghiệm xây dựng lại hoạt tính luciferase dựa vào tương tác PB1-PA RNA polymerase virus cúm - Đánh giá hoạt tính luciferase có chất ức chế tương tác PB1-PA RNA polymerase virus cúm - Thử nghiệm xây dựng lại hoạt tính luciferase dựa vào tương tác PB1-PA RNA polymerase virus cúm - Đánh giá hoạt tính luciferase có chất ức chế tương tác PB1-PA RNA polymerase virus cúm - Thử nghiệm xây dựng lại hoạt tính luciferase dựa vào tương tác PB1-PA - Các phân đoạn bổ sung xây dựng lại hoạt tính luciferase - Ức chế làm thay đổi hoạt tính luciferase - Các phân đoạn bổ sung xây dựng lại hoạt tính luciferase - Ức chế làm thay đổi hoạt tính luciferase - Các phân đoạn bổ sung xây dựng lại hoạt tính luciferase - Ức chế làm Chuyển cơng tác Phụ lục 4: NPB1-Cluc - Giải trình tự với mồi T7 promoter NNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTANAAATATTTTGTTTACTTTAAGAAGGAGATATACCATGGGCA GCAGCCATCATCATCATCATCACAGCAGCGGCCTGGTGCCGCGCGGCAGCCATATGGCTAGCATGA CTGGTGGACAGCAAATGGGTCGCGGATCCATGGATGTCAATCCGACTTTACTTTTCTTAAAAGTGC CAGCACAAAATGCTATAAGCACAACTTTCCCTTATACTGGAGACCCTCCTTACAGCCATGGGACAG GAACAGGATACACCATGGATACTGTCAACAGGACACATCAGTACTCAGAAAGGGGAAGATGGACA ACAAACACCGAAACTGGAGCACCGCAACTCAACCCGATTGATGGGCCACTGCCAGAAGACAATGA ACCAAGTGGTGGATCCGAATTCGAGCTCCGTCGACAAGCTTGCGGCCGCCCTATGATTATGTCCGGT TATGTAAACAATCCGGAAGCGACCAACGCCTTGATTGACAAGGATGGATGGCTACATTCTGGAGAC ATAGCTTACTGGGACGAAGACGAACACTTCTTCATAGTTGACCGCTTGAAGTCTTTAATTAAATAC AAAGGATATCAGGTGGCCCCCGCTGAATTGGAATCGATATTGTTACAACACCCCAACATCTTCGAC GCGGGCGTGGCAGGTCTTCCCGACGATGACGCCGGTGAACTTCCCGCCGCCGTTGTTGTTTTGGAG CACGGAAAGACGATGACGGAAAAAGAGATCGTGGANTACGTCGCCAGTCAAGTAACAACCGCGA AAAAGTTGCGCGGAGGAGTTGTGTTTNGNNGNACNANGTACCGNAAAGGTCNTTACCCGGAAAAA CTNNNNNNNCANGN 107 108 109 110 - Giải trình tự với mồi T7 terminator (reverse complement) NNGANNNCNNCCATGGGATNCTGTCAACAGGNCNCNTCAGTNNTCNGAAAGGGGAAAGATGNNC ANCNNACACCGAAACTGGAGCACCGCAACTCAACCCGATTGATGGGCCACTGCCAGAAGACAATG AACCAAGTGGTGGATCCGAATTCGAGCTCCGTCGACAAGCTTGCGGCCGCCCTATGATTATGTCCG GTTATGTAAACAATCCGGAAGCGACCAACGCCTTGATTGACAAGGATGGATGGCTACATTCTGGAG ACATAGCTTACTGGGACGAAGACGAACACTTCTTCATAGTTGACCGCTTGAAGTCTTTAATTAAAT ACAAAGGATATCAGGTGGCCCCCGCTGAATTGGAATCGATATTGTTACAACACCCCAACATCTTCG ACGCGGGCGTGGCAGGTCTTCCCGACGATGACGCCGGTGAACTTCCCGCCGCCGTTGTTGTTTTGG AGCACGGAAAGACGATGACGGAAAAAGAGATCGTGGATTACGTCGCCAGTCAAGTAACAACCGCG AAAAAGTTGCGCGGAGGAGTTGTGTTTGTGGACGAAGTACCGAAAGGTCTTACCGGAAAACTCGA CGCAAGAAAAATCAGAGAGATCCTCATAAAGGCCAAGAAGGGCGGAAAGTAAGCGGCCGCACTC GAGCACCACCACCACCACCACTGAGATCCGGCTGCTAACAAAGCCCGAAANNNGNNNNNNNNNN 111 112 113 Phụ lục 5: CPA-Cluc - Giải trình tự với mồi T7 promoter NNNNNNNNNNNNNNNNTCCCCTCTAGANTANNTTTGTTTACTTTAAGAANNNAGATATACCATGG GCAGCAGCCATCNTCNNCANCATCACAGCAGCGGCCTGGTGCCGCGCGGCAGCCATATGGCTAGC ATGACTGGTGGACAGCAAATGGGTCGCGGATCCAACGGCTACATTGAGGGCAAGCTGTCTCAAAT GTCCAAAGAAGTAAATGCTAGAATTGAACCTTTTTTGAAAACAACACCACGACCACTTAGACTTCC GAATGGGCCTCCCTGTTCTCAGCGGTCCAAATTCCTGCTGATGGATGCCTTAAAATTAAGCATTGA GGACCCAAGTCATGAAGGAGAGGGAATACCGCTATATGATGCAATCAAATGCATGAGAACATTCT TTGGATGGAAGGAACCCAATGTTGTTAAACCACACGAAAAGGGAATAAATCCAAATTATCTTCTGT CATGGAAGCAAGTACTGGCAGAACTGCAGGACATTGAGAATGAGGAGAAAATTCCAAAGACTAAA AATATGAAGAAAACAAGTCAGCTAAAGTGGGCACTTGGTGAGAACATGGCACCAGAAAAGGTAGA CTTTGACGACTGTAAAGATGTAGGTGATTTGAAGCAATATGATAGTGATGAACCAGAATTGAGGTC GCTTGCAAGTTGGATTCAGAATGAGTTTAACAAGGCATGCGAACTGACAGATTCAAGCTGGATAGA GCTCGATGAGATTGGAGAAGATGTGGCTCCAATTGANCACATTGCAAGCATGAGAAGGAATTATTT CACATCANAGGTGTCTCACTGNCAGAGCCCNCAGAATACATAAATGAAGGNGGTGNACATCANNN TGCCCTTGCTTAAATGNNTCTTNGNGCAN NNANNGGNATGAATTTTCCNANTTNNANTTCNNANNN 114 115 116 - Giải trình tự với mồi T7 terminator (reverse complement) 117 NNNCACACATGCATTGAGAGGGATCCGANNNNNAGCTCCGTCGACAAGCTNGCGGCCGCCCTATG ATTATGTCCGGTTATGTAAACAATCCGGAAGCGACCAACGCCTTGATTGACAAGGATGGATGGCTA CATTCTGGAGACATAGCTTACTGGGACGAAGACGAACACTTCTTCATAGTTGACCGCTTGAAGTCT TTAATTAAATACAAAGGATATCAGGTGGCCCCCGCTGAATTGGAATCGATATTGTTACAACACCCC AACATCTTCGACGCGGGCGTGGCAGGTCTTCCCGACGATGACGCCGGTGAACTTCCCGCCGCCGTT GTTGTTTTGGAGCACGGAAAGACGATGACGGAAAAAGAGATCGTGGATTACGTCGCCAGTCAAGT AACAACCGCGAAAAAGTTGCGCGGAGGAGTTGTGTTTGTGGACGAAGTACCGAAAGGTCTTACCG GAAAACTCGACGCAAGAAAAATCAGAGAGATCCTCATAAAGGCCAAGAAGGGCGGAAAGTAANC GGCCGCACTCGAGCACCACCACCACCACCACTGAGATCCGGCTGCTAACAAAGCCCGAAANAANN NNANNNNNNN 118 119 120 Phụ lục 6: Mơ hình hoạt động luciferase có chất ức chế tương tác PB1-PA RNA polymerase vi-rút cúm 121 ... 1153 aa394 C Luc R 1641 aa547 NPB1 F 25 aa1 NPB1 R 267 aa81 CPA F741 aa239 CPA R2172 aa716 Trình tự mồi 5’- GAAGCGGCCGCATGGAAGACGCCAAAAAC -3’ 5’- GAAGCGGCCGCTTAGCGGTCAACTATGAAG-3’ 5’- GAAGCGGCCGCCCTATGATTATGTCCGGTTATG3’... GAAGCGGCCGCCCTATGATTATGTCCGGTTATG3’ 5’- GAAGCGGCCGCTTACTTTCCGCCCTTCTTG-3’ 5’- GAAGGATCCATGGATGTCAATCCGACTTTAC-3’ 5’- GAAGGATCCACCACTTGGTTCATTGTCTTC-3’ 5’- GAAGGATCCAACGGCTACATTGAGGGCAAG-3’ 5’- GAAGGATCCTCTCAATGCATGTGTGAGGAAG-3’... CPA, NPB1 với cặp mồi tương ứng Nluc F aa1 Cluc R 1641aa 547; Nluc F aa1 Nluc R aa347; Cluc F aa394 Cluc R aa547; CPA F aa239 CPA R aa716; NPB1 F 25 aa1 NPB1 R aa81; M thang kích thước DNA (A)