RS cov 2 nguồn gốc, đặc điểm và biện pháp kiểm soát dịch bệnh

Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” SARS-CoV-2: Nguồn gốc, đặc điểm biện pháp kiểm soát dịch bệnh SARS-CoV-2: Origin, properties and control methods Nguyễn Tấn Hào1*, Đàm Thanh Xuân1, Nguyễn Khắc Tiệp1 Trường đại học dược Hà Nội * Tác giả liên hệ: nguyentanhao1995@gmail.com THÔNG TIN DOI: Ngày nhận: Ngày nhận lại: Duyệt đăng: Từ khóa: SARS-CoV-2, COVID-19, nguồn gốc, đặc điểm, biện pháp kiểm sốt TĨM TẮT Vào cuối năm 2019, SARS-CoV-2, virus betacorona bùng phát Vũ Hán (Trung Quốc), nhanh chóng lan rộng tồn giới gây đại dịch với tên gọi COVID-19 SARS-CoV-2 có nhiều điểm tương đồng đặc tính gen liên quan đến SARS-CoV MERS-CoV, mà trước gây nên hiểm họa y tế tồn cầu Nguồn gốc SARS-CoV-2 cịn tranh cãi hạn chế tiếp cận chứng xác thực Nhiều nỗ lực thực việc tìm hiểu chế lây nhiễm nhằm phát triển liệu pháp điều trị vaccin Dựa công bố gần đây, tham luận tập trung cấu trúc SARS-CoV-2, đặc tính , nguy biến thể virus, lây nhiễm biện pháp áp dụng để kiểm soát dịch bệnh ABSTRACT Keywords: SARS-CoV-2, COVID-19, origin, properties, control methods At the end of 2019, a novel betacoronavirus designated as SARS-CoV-2 emerged in Wuhan, China, and has caused a pandemic outbreak, named ‘coronavirus disease 2019’ (COVID-19) SARS-CoV-2, which acquires many similar genomic characteristics associated with SARS-CoV and MERSCoV, has posed an unprecedented threat to the global economy and healthcare systems Huge efforts have been made to understand the mechanism of virus infection to develop antiviral drugs and vaccines On the basis of recently published findings, this review covers the current knowledge of SARS-CoV-2 including the genome structure, the risks associated with the emergence of variants, mode of transmission, and current national public health measures to control the pandemic Bối cảnh đại dịch COVID-19 Vào cuối tháng 12 năm 2019, số sở y tế địa phương báo cáo nhóm bệnh nhân bị viêm phổi khơng rõ ngun nhân có liên quan đến dịch tễ học chợ đầu mối thủy sản thủy cầm Vũ Hán, tỉnh Hồ Bắc, Trung Quốc (Wuhan Municipal Health, 2019) Trong số 27 bệnh nhân nhập viện ghi nhận, hầu hết 258 Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” trường hợp có liên quan đến dịch tễ học với chợ bán buôn hải sản Huanan, khu chợ ẩm ướt nằm trung tâm thành phố Vũ Hán, nơi không bán hải sản mà động vật sống, bao gồm gia cầm động vật hoang dã (Deng & Peng, 2020) Vào ngày 31 tháng 12 năm 2019, Trung tâm Dịch bệnh Trung Quốc Kiểm sốt Phịng ngừa (CDC Trung Quốc) cử đội phản ứng nhanh với quan y tế tỉnh Hồ Bắc thành phố Vũ Hán tiến hành điều tra dịch tễ học nguyên (Zhu et al., 2020) Trong vịng tháng, lây lan ạt đến khắp 34 tỉnh thành Trung Quốc Số trường hợp xác nhận tăng đột biến, với hàng nghìn trường hợp chẩn đốn hàng ngày suốt cuối tháng (China, 2020) Vào ngày 30 tháng 1, WHO tuyên bố đợt bùng phát virus corona tình trạng khẩn cấp sức khỏe cộng đồng quốc tế quan tâm (Eurosurveillance Editorial, 2020), Ủy ban quốc tế phân loại virus (ICTV) đặt tên cho loại virus corona “SARS-CoV-2” WHO đặt tên cho bệnh “COVID-19” vào ngày 11 tháng (Viruses, 2020) Vào ngày tháng năm 2020, kết xác định nguyên nhân cơng bố cơng khai Trình tự gen virus corona công bố vào ngày 10 tháng trình tự gen gần hoàn chỉnh xác định viện nghiên cứu khác nhau, sau công bố thông qua sở liệu GISAID vào ngày 12 tháng (Gralinski & Menachery, 2020) Hình 1: Việc đặt tên virus Corona gây đại dịch người theo ICTV WHO Nguồn: (Viruses, 2020) Thành phố Vũ Hán bị đóng cửa vào ngày 23 tháng hoạt động lại giao thông kết nối thành phố bị chặn Trong vài tuần sau đó, tất hoạt động ngồi trời tụ tập bị hạn chế, sở cơng cộng bị đóng cửa hầu hết thành thị vùng nông thôn Nhờ biện pháp này, số ca mắc hàng ngày Trung Quốc bắt đầu giảm dần Tuy nhiên, bất chấp xu hướng giảm Trung Quốc, lây lan quốc tế COVID-19 tăng tốc từ cuối tháng hai Các cụm ca nhiễm lớn báo cáo từ số quốc gia ngày tăng (Fisher & Heymann, 2020) Vào ngày 11 tháng năm 2020, WHO thức xác định bùng phát COVID-19 toàn cầu đại dịch (WHO, 2020) Theo bảng điều khiển COVID-19 Trung tâm Khoa học Kỹ thuật Hệ thống Đại học Johns Hopkins, tính đến ngày tháng năm 2021 216 quốc gia vùng lãnh thổ từ tất sáu châu lục báo cáo 202 triệu ca 259 Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” nhiễm COVID-19 4,2 triệu bệnh nhân chết (Dong, Du, & Gardner, 2020) Tính đến thời điểm tháng năm 2021, Hoa Kỳ quốc gia có số ca nhiễm cao giới với 42 triệu ca Nguồn gốc đặc điểm virus SARS-CoV-2 2.1 Danh pháp nguồn gốc virus SARS-COV-2 Virus corona (CoV) thuộc Nidovirales, họ Coronaviridae, phân họ Coronavirinae, có cấu tạo hạt virus chứa sợi RNA dương có lớp vỏ bọc (envelope) bên ngồi.Virus Corona nói virus có cấu trúc di truyền RNA lớn chủng loại virus RNA, từ 27 đến 30 kb (Almazán et al., 2014) Bộ gen virus corona gồm chín khung đọc mở (ORF) Mặc dù tất CoV mang gen phụ đặc trưng cho ORF chúng, thứ tự số gen thiết yếu sau: gen chép / enzym phiên mã (gen 1), gen mã hóa gai (Spike) (gen SARS-CoV), gen mã hóa vỏ (envelope) (gen 4), gen màng (gen 5) gen nucleocapsid (gen 9) - bảo tồn đáng kể Lớp vỏ lipid kép chứa ba protein, vỏ (E) màng (M), cộng thệm protein gai (S) phối hợp việc lắp ráp giải phóng virion Vì có mặt hàng loạt glycoprotein S bề mặt virion CoV tạo nên cấu trúc đặc trưng virus hình vương miện Các gai protein S đóng vai trị trung gian q trình gắn xâm nhập tế bào chủ, sử dụng thụ thể tế bào đặc hiệu virus vật chủ (Graham Rachel & Baric Ralph, 2010) Ngoài ra, protein S cần phân cắt protease vật chủ trước thực phản ứng hòa màng, khiến cho protease trở thành yếu tố định thứ hai nhiễm trùng (G Lu, Wang, & Gao, 2015) Phân họ Coronavirinae gồm nhóm alpha-, beta-, gamma- deltacoronavirus Virus Corona thường truyền nhiễm loài chim, chủ yếu gamma- deltacoronavirus) số động vật có vú, chủ yếu alpha- betacoronavirus Trong tám mươi năm trước đại dịch COVID-19 xảy có sáu lồi virus Corona gây bệnh người phát hiện: HcoV-OC43 -229E năm 1960; HcoV-NL63 –HKU1 xác định vào 2004 2005 Bốn virus Corona gọi Corona gây vùng dịch (endemic human CoV) hai chủng lại virus Corona gây đại dịch (epidemic CoV) gồm virus Corona gây hội chứng viêm hô hấp cấp(severe acute respiratory syndrome) SARS-CoV virus Corona gây hội chứng hô hấp Trung Đông MERS (Middle East respiratory syndrome) Hai virus thuộc nhóm Betacoronavirus nguyên nhân bùng nổ dịch bệnh với tỷ lệ tử vong cao (Corman, Muth, Niemeyer, & Drosten, 2018) SARS-CoV gây nên đợt bùng phát vào năm 2003, ảnh hưởng đến 8000 người với tỷ lệ tử vong xấp xỉ 10% (Cheng Vincent, Lau Susanna, Woo Patrick, & Yuen Kwok, 2007) Ổ truyền nhiễm (reservoir) cho từ cầy hương mà bị nhiễm khởi phát từ dơi mũi hai ( rhinolophid bat)(Yang et al., 2015) Còn MERS-CoV phát Ả Rập Saudi với tỷ lệ tỷ vong cao vào năm 2012 (Zaki, van Boheemen, Bestebroer, Osterhaus, & Fouchier, 2012) Lạc đà bướu nguồn chứa bệnh tự nhiên MERS-CoV gây nên 2000 ca bệnh tỷ lệ tử vong lên đến 35% (World Health, 2018) Với kiến thức nguồn gốc MERS- SARS-CoV dơi giả định gần tất virus Corona gây bệnh người có nguồn gốc từ virus động vật có lẽ phần lớn có nguồn gốc từ dơi (Drexler, Corman, & Drosten, 2014) SARS-CoV-2 không ngoại lệ 260 Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” Hình 2: Nguồn gốc virus HCoV động vật, nguồn trung gian truyền bệnh Nguồn: (Corman et al., 2018) SARS-CoV-2 virus Corona thứ bảy biết tới thời điểm gây bệnh người (Andersen, Rambaut, Lipkin, Holmes, & Garry, 2020) SARS-CoV-2 Betacoronavirus mới, có độ tương đồng trình tự gen 79% với SARS-CoV 50% với MERS-CoV (R Lu et al., 2020) RBD SARS-CoV-2 tối ưu hóa để liên kết với ACE2 người với giải pháp hiệu khác với giải pháp dự đoán trước Hơn nữa, thao tác biến đổi di truyền thực hiện, số hệ thống di truyền ngược (reverse-genetic systems) có sẵn cho Betacoronavirus sử dụng liệu di truyền cho thấy chứng chối cãi SARS-CoV-2 khơng có nguồn gốc từ virus sử dụng trước (Almazán et al., 2014) Hai kịch giải thích hợp lý nguồn gốc SARS-CoV2: (1) chọn lọc tự nhiên vật chủ động vật trước chuyển sang động vật; (2) chọn lọc tự nhiên người sau chuyển giao từ động vật sang động vật Phân tích phát sinh loài gen hoàn chỉnh virus (29.903 nucleotide) cho thấy virus có liên quan chặt chẽ (89,1% nucleotide tương tự) với nhóm HCV giống SARS-CoV (chi Betacoronavirus, phân chi Sarbecovirus) trước tìm thấy dơi Trung Quốc (Wu et al., 2020) Tuy RaTG13 lấy mẫu từ dơi Rhinolophus affinis, tổng thể giống đến 96% so với SARS-CoV-2, phần quy định gai lại có dị biệt RBD, điều cho thấy khơng liên kết hiệu với ACE2 người (Wan et al., 2020) Theo nghiên cứu, CoV tê tê (pangolin-CoV) phát trình tự toàn bộ gen giống đến 91,02% với SARSCoV-2, họ hàng gần thứ hai SARS-CoV-2 sau CoV dơi RaTG13 (Zhang, Wu, & Zhang, 2020b) Virus Corona tê tê Java cho thấy mức độ tương đồng cao phần RBD (vùng gắn với receptor- receptor binding domain) với SARS-CoV-2 phần dư trọng yếu RBD (Zhang, Wu, & Zhang, 2020a) Điều rõ cho thấy protein gai SARS-CoV-2 tối ưu hóa để liên kết với ACE2 giống người kết trình chọn lọc tự nhiên (Andersen et al., 2020) (minh họa hình 3) Các chứng hỗ trợ giả thuyết tê tê đóng vai trị vật chủ trung gian q trình chuyển SARS-CoV-2 từ dơi sang người Tuy nhiên Pangolin-CoV RaTG13 mơ típ trình tự nhận dạng furin giả định vị trí phân cắt S1 / S2 mà lại có SARS-CoV-2 (Zhang et al., 2020b) nghĩa chèn peptit (PRRA) phát virus SARS-CoV-2 mà ảnh hưởng đến phạm vi vật chủ 261 Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” khả lây truyền, làm cho giả thuyết trở nên không vững (Xingguang Li et al., 2020) Nhiều loài động vật khác mèo, bò, trâu, dê, cừu chim bồ câu có khả đóng vai trị vật chủ trung gian việc truyền SARS-CoV-2 từ dơi sang người (Qiu et al., 2020) Giả thuyết thứ hai cho tổ tiên SARS-CoV-2 truyền nhiễm trực tiếp người thơng qua q trình lây từ người sang người khơng xác định thu đặc tính định đến thời điểm gây đại dịch tạo lan truyền rộng rãi mà hệ thống giám sát dịch bệnh phát Hình 3: So sánh gen SARS-CoV-2 virus Corona khác Nguồn: (Andersen et al., 2020) 2.2 Phân tích gen virus SARS-CoV-2 SARS-CoV-2 virus Corona khác có gen sợi RNA dương (R Lu et al., 2020) Bằng cách dựa phương pháp phân tích giải trình tự mNSG (metagenomic next-generation sequencing) dựa RNA gen SARS-CoV-2 có độ dài 29.881 bp, mã hóa cho 9860 acid amin (L Chen et al., 2020) Cấu trúc gen gồm phần sau: đầu 5’- trình tự dẫn đầu (leader) – UTR – replicase – S – E – M – N – 3’UTR – poly A Trình tự dẫn đầu bao gồm 67 nucleotide theo sau đoạn 5’UTR mà gồm khoảng 200 đến 600 nucleotide Vùng 3’ chứa vùng UTR gồm 280 đến 500 nucleotid theo sau poly A, polyA nơi có trình tự biến đổi nhiều loài CoV (Lalchhandama, 2020) Những đoạn gen phân mảnh mã hóa cho protein cấu trúc phi cấu trúc Bộ gen SARS-CoV-2 tương tự gen CoV điển hình chứa mười khung đọc mở ORFs (ORF1a / b) chiếm khoảng hai phần ba RNA virus dịch mã thành hai polyprotein lớn Các ORF khác SARS-CoV-2 chiếm phần ba gen cịn lại mã hóa bốn protein cấu trúc chính: gai (S), vỏ (E), nucleocapsid (N) protein màng (M), số protein phụ với chức không xác định không tham gia vào trình nhân lên virus Bốn protein cấu trúc chính: gai (S), màng (M), vỏ (E) protein nucleocapsid (N), tất mã hóa đầu 3' gen Protein S sử dụng trình tự tín hiệu đầu N cung cấp khả kết nối với lưới nội chất, làm trung gian cho gắn kết virus vào thụ thể bề mặt tế bào chủ dẫn đến dung hợp xâm nhập virus sau Protein M protein nhỏ cỡ 25-30 kDa phong phú có chức xác 262 Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” định hình dạng vỏ virus Protein E protein cấu trúc nhỏ cỡ 8-12 kDa, chiếm tỷ lệ thấp virus tham gia vào trình lắp ráp nảy chồi virus Protein N protein liên kết với gen RNA tham gia vào trình lắp ráp nảy chồi virus Các protein phi cấu trúc protease giống 3-chymotrysin, protease giống papain RNA polymerase phụ thuộc RNA (Chan et al., 2020) Sự chép tất virus corona bắt đầu gắn kết nhập bào Sự gắn kết virus vào tế bào chủ bắt đầu tương tác protein S thụ thể cụ thể Khi protein S liên kết với thụ thể, TM protease serine (TMPRSS2), loại protease serine TM loại nằm màng tế bào chủ, thúc đẩy xâm nhập virus vào tế bào cách kích hoạt protein S Khi virus xâm nhập vào tế bào, RNA virus giải phóng, polyprotein dịch mã từ gen RNA, trình chép phiên mã gen RNA virus xảy thông qua phân cắt protein tổ hợp với phức hợp chép - phiên mã (Fehr & Perlman, 2015a) RNA virus chép bước dịch mã gen chép từ RNA gen virion sau dịch mã lắp ráp phức hợp chép virus Sau trình chép tổng hợp RNA nhỏ, q trình đóng gói xảy dẫn đến hình thành hạt virus trưởng thành (Malik, 2020) Các glycoprotein vỏ hình thành chèn vào màng lưới nội chất Golgi nucleocapsid hình thành kết hợp RNA protein nucleocapsid Sau đó, hạt virus nảy mầm nhờ ngăn trung gian lưới nội chất- máy Golgi (ERGIC) Cuối cùng, túi chứa virion sau hợp nhất, hịa màng với màng sinh chất để giải phóng virus (de Wit, van Doremalen, Falzarano, & Munster, 2016) Hình 3: Cấu trúc gen SARS-CoV-2 , SARS-CoV MERS-CoV Nguồn:(X Li, Geng, Peng, Meng, & Lu, 2020) 2.3 Vòng đời SARS-CoV-2 Cũng virus corona khác, SARS-CoV-2 chủ yếu xâm nhập vào tế bào vật chủ thông qua trung gian glycoprotein xuyên màng (S) tạo thành gai cấu tạo homotrimers nhô khỏi bề mặt virus (Tortorici & Veesler, 2019) S bao gồm hai tiểu đơn vị chức chịu trách nhiệm liên kết với thụ thể tế bào chủ (tiểu đơn vị S1) hợp virus màng tế bào (tiểu đơn vị S2) Đối với nhiều virus corona, S bị phân cắt ranh giới tiểu đơn vị S1 S2, chúng không liên kết cộng hóa trị cấu trúc sơ (Walls et al., 2020) Phần xa tiểu đơn vị S1 bao gồm (các) miền liên kết thụ thể RBD góp phần ổn định trạng thái trước hòa màng tiểu đơn vị neo màng S2 mà có chứa máy dung hợp (Gui et al., 2017) Tiểu đơn vị S1, đặc biệt miền liên kết thụ thể RBD quan trọng việc xác định tính với tế bào, phạm vi vật chủ lây truyền qua động vật virus corona (Graham Rachel & Baric Ralph, 2010; G Lu et al., 2015) Tiểu đơn vị S2 chứa phần vòng kỵ nước hai vùng lặp lại heptad (HR1 HR2) thể cấu trúc xoắn cuộn tiểu đơn vị S2 (Du et al., 2009) Sự liên kết RBD với thụ thể tế bào gây thay đổi cấu trúc 263 Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” tiểu đơn vị S1 S2, dẫn đến bộc lộ vòng hợp chèn vào màng tế bào đích Các vùng HR1 HR2 glycoprotein trimer S tạo thành lõi dung hợp sáu bó chuỗi xoắn làm cầu nối màng virus tế bào chủ thành vị trí gần để tạo điều kiện dung màng (Du et al., 2009) Tuy có điểm tương đồng việc sử dụng thụ thể yêu cầu phân cắt, điều đáng ngạc nhiên SARS-CoV SARSCoV-2 cho thấy khác biệt rõ rệt hiệu chép lây lan virus SARS-CoV tập trung chủ yếu đường hô hấp nên khả truyền nhiễm thấp cịn ngược lại SARS-CoV-2 tập trung đường hơ hấp nên khả lây nhiễm tăng cao (V’kovski, Kratzel, Steiner, Stalder, & Thiel, 2021) Protein S có kích thước 180–200 kDa, dài 1273 acid amin bao gồm đầu tận N ngoại bào xuyên màng neo màng virus đoạn đầu C ngắn quay vào bên (Bosch, van der Zee, de Haan, & Rottier, 2003) S thường tồn cấu trúc biến đổi, ln sẵn có; virus tương tác với tế bào chủ, xếp lại cấu trúc rộng rãi protein S xảy ra, cho phép virus dung hợp với màng tế bào chủ Các gai phủ phân tử polysaccharide để ngụy trang, tránh phát hiện, giám sát hệ thống miễn dịch vật chủ trình xâm nhập (Watanabe, Allen, Wrapp, McLellan, & Crispin, 2020) Protein S SARS-CoV-2 xem có tính bảo tồn cao số tất virus Corona người (HCoV) tham gia vào trình nhận dạng thụ thể, gắn kết virus xâm nhập vào tế bào vật chủ Do chức quan trọng với virus, protein S đại diện cho mục tiêu quan trọng nghiên cứu thuốc điều trị chế tạo vaccin COVID-19 (Huang, Yang, Xu, Xu, & Liu, 2020) Bước dịch mã gen chép, virus corona nói chung mã hóa hai hay ba protease có nhiệm vụ phân cắt polyprotein chép Gen chép mã hóa hai ORF lớn: rep1a rep1b mà biểu hai polyprotein đồng đầu tận: pp1a pp1ab Để biểu hai polyprotein, virus sử dụng trình tự trơn (slippery sequence) (5′UUUAAAC-3 ′) nút giả (pseudoknot) RNA gây tượng chuyển khung ribosome từ khung đọc rep1a sang rep1b Trong hầu hết trường hợp, ribosome tháo xoắn cấu trúc pseudoknot tiếp tục dịch mã gặp codon dừng rep1a Đơi khi, nút giả chặn khơng cho ribosome tiếp tục kéo dài khiến tạm dừng trình tự trơn, thay đổi khung đọc cách di chuyển ngược lại nucleotide trước ribosome làm giải phóng cấu trúc nút giả mở rộng trình dịch mã thành rep1b, dẫn đến dịch mã thành công pp1ab (Baranov et al., 2005) Polyprotein pp1a chứa nsps 1–11 pp1ab chứa nsp 1–16 Các protein phi cấu trúc lắp ráp tạo thành phức hợp chép-phiên mã (replicase–transcriptase complex – RTC) để tạo nên mơi trường thích hợp cho việc tổng hợp RNA nên tạo điều kiện cho tái RNA phiên mã tạo mRNA ngắn (subgenomic mRNA) Các nsp chứa vùng chức khác đóng vai trị đa dạng (Bảng 1) Bằng phức hệ chép-phiên mã việc tổng hợp RNA virus tổng hợp thực hiện: RNA đầy đủ RNA gen RNA gen đóng vai trị mRNA gen cấu trúc phi cấu trúc mà nằm xi dịng sau polyprotein chép Tất cá RNA gen sợi dương có đầu 3’ với sợi RNA đầy đủ tạo nên tổ (bộ) RNA, đặc điểm đặc thù virus Nidovirales Cả RNA đầy đủ gen tổng hợp trung gian qua sợi RNA âm Sau tái tạo sợi RNA đầy đủ tổng hợp nên sợi RNA gen, protein S, E M mà dịch mã chèn vào hệ lưới nội chất Những protein 264 Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” vào đường xuất bào (secretory pathway) qua hệ lưới nội chất-khoang trung gia máy Golgi Trong khoang gen virus bọc lại protein N nảy chồi vào hệ màng tạo nên hạt virion hoàn chỉnh (de Haan & Rottier, 2005) Protein M đóng vai trị điều chỉnh tương tác protein việc lắp ráp tạo nên hạt virion Protein S kết hợp vào virion bước Khả protein S việc lưu thông đến ERGIC tương tác với protein M quan trọng kết hợp vào virion (Fehr & Perlman, 2015b).Tuy nhiên hạt virus hình thành protein M biểu với protein E hai protein cần cho hình thành vỏ (envelope) virus Thêm vào protein E có vai trị làm uốn cong màng (Raamsman et al., 2000) ngăn chặn protein M kết tụ (Boscarino Joseph, Logan Hillary, Lacny Jason, & Gallagher Thomas, 2008) Sau lắp ráp hoàn chỉnh, hạt virion chuyển đên bề mặt tế bào chủ nội bào tử (endosome) giải phóng xuất bào 2.4 Các biến chủng SARS-CoV-2 Tới thời điểm vấn đề quan ngại đối phó với virus SARS-CoV-2 gần khó khăn với xuất hàng loạt biến chủng WHO chia thành hai nhóm biến chủng đáng lo ngại (variant of concern) biến chủng đáng quan tâm (variant of interest) Các biến chủng lên đáng lo ngại như: Αlpha (B.1.1.7), Βeta (B.1.351), Gamma (P.1) đặc biệt biến chủng Delta (B.1.617.2) khả lây nhiễm cao chủng gốc khả tránh né miễn dịch vaccin tạo ra, mối lo ngại cho chiến lược kiếm soát dịch bệnh nhiều quốc gia làm cho hy vọng xóa bỏ virus SARS-CoV-2 trở lên xa vời Cơ chế gây nên biến chủng có nhiều nguyên nhân: (1) lây nhiễm cao quần thể người khiến virus tái nhiều lần dẫn đến phát sinh nhiều đột biến; (2) virus RNA có tần suất phát sinh đột biến cao (Denison, Graham, Donaldson, Eckerle, & Baric, 2011) dẫn đến tích lũy sinh nhiều biến chủng; (3) tương tác với số tác nhân tế bào người; (4) áp lực tiến hóa vaccin tạo Virus đột biến sinh hàng loạt biến thể, đặc biệt protein S bao gồm nhiều đột biến vùng liên kết thụ thể (RBD), gần vùng phân cắt furin số đột biến trong, vùng nhạy cảm miền tận N số đột biến protein S (Tao et al., 2021) Một nghiên cứu gần nghiên cứu gen tiểu vương quốc Ả Rập thống tiết lộ nhóm đột biến lớn chuyển cytidine thành uracil chế chỉnh sửa RNA gây phân tử APOBEC (apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide-like) mà phần chế miễn dịch chống lại virus có cấu trúc di truyền RNA sợi đơn thể (R Liu et al., 2021) Việc kiểm soát dịch bệnh COVID-19 nên thực đồng tổng thể nhiều biện pháp y tế phi y tế để giảm lây nhiễm quần thể nhằm mục đích giảm chuyển biến sinh nhiều biến chủng 265 Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” Bảng 1: Chức protein phi cấu trúc (nsp) SARS-CoV-2 Protein Chức nsp1 Liên quan đến giới hạn lây nhiễm vật chủ vàt thúc đẩy phân hủy mRNA tế bào ngăn chặn dịch mã tế bào dẫn đến ức chế đáp ứng miễn dịch bẩm sinh (innate immune) nsp2 Liên quan đến việc làm gián đoạn tín hiệu nội bào suốt thời gian lây nhiễm nsp3 Tạo điều kiện cho trình dịch mã mRNA virus ức chế tổng hợp protein vật chủ nsp4 Vai trò trọng yếu tái lắp ráp phức hợp tái nsp5 Mpro có chức phân cắt polyprotein nsp6 Tạo nên túi tự thực (autophagosome) từ lưới nội chất tham gia vào q trình tự thực (autophagy) nsp7 RNA polymerase khơng phụ thuộc đoạn mồi (PrimerIndependent RNA polymerase) nsp8 Primase nsp9 Protein gắn với RNA, tạo phức hợp với nsp8 tham gia vào tái RNA độc lực virus nsp10 Đồng yếu tố (Cofactor) cho hoạt động 2’-O-MT nsp16 N7-guanine-methyltransferase/exoribonuclease nsp14 nsp11 Tham gia vào tái nsp12 RdRp nsp13 RNA helicase, 5’triphosphatase nsp14 N7 Mtase 3’-5’ exoribonuclease ExoN; N7 Mtase thêm mũ vào đầu 5’ RNA virus,hoạt động ExoN quan trọng chức đọc sửa gen virus nsp15 Endoribonuclease đặc hiệu uridyl virus, NendoU nsp16 2’-O-MT, bảo vệ RNA virus khỏi nhận biết MDA5 Mpro : protease chính; RdRP: RNA polymerase phụ thuộc RNA; ExoN: exoribonuclease virus; NendoU: uridylate-specific endoribonuclease virus; 2’-O-MT: 2’-O-methyltransferase; MDA5: Protein liên quan đến biệt hóa hắc bào Nguồn: (Fehr & Perlman, 2015b; Raj, 2021) Sự lây nhiễm biến chứng SARS-CoV-2 3.1 Sự lây nhiễm SARS-CoV-2 Bằng chứng cho thấy lây truyền SARS-CoV-2 sang người xảy ba phương pháp: (1) dạng giọt bắn (droplet) phạm vi ngắn, (2) lây truyền qua tiếp xúc với bề mặt nhiễm (3) dạng giọt sương (aerosol) phạm vi xa (Bourouiba, 2020) Dạng giọt bắn tạo người bị bệnh ho, hắt chí nói to lây nhiễm cho người khác tiếp xúc gần tối đa 1,8 m Một số chuyên gia cho khoảng 1,8 m chưa phải khoảng cách đủ an toàn để ngăn chặn lây lan virus (Moriyama, Hugentobler, & Iwasaki, 2020) Các hướng dẫn WHO khuyến khích giãn cách m dựa chứng ban đầu cho thấy COVID19 chủ yếu lây lan giọt lớn (trên µm) mà thường rơi xuống bề mặt trước m (Guo et al., 2020) Tuy nhiên, có số chứng cho thấy SARS-CoV-2 266 Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” phân bố rộng rãi giọt sương xa m giọt bắn SARS-CoV-2 phát khơng khí sau tạo giọt sương nhân tạo khơng khí cách m từ phịng bệnh nhân COVID-19 (van Doremalen et al., 2020) Thơng thường, virus lây lan qua tiếp xúc người bị nhiễm làm ô nhiễm đồ vật, bề mặt bị người nhiễm vơ tình tiếp xúc Theo nghiên cứu khả tồn SARS-CoV-2 công bố Tạp chí Y học New England, SARS-CoV-2 tồn sương ổn định hầu hết vật thể nhựa (72 giờ), thép khơng gỉ (48 giờ), bìa cứng (24 giờ) đồng (4 giờ) thời gian dài (van Doremalen et al., 2020) SARSCoV-2 ngồi cịn truyền nhiễm qua dịch tiết nước mắt, chất tiết kết mạc (Xia, Tong, Liu, Shen, & Guo, 2020) , phân (Y Chen et al., 2020), máu (Wang et al., 2020) nguy nhiễm từ động vật (Newman et al., 2020) Tóm lại yếu tố nguy mơi trường SARS-CoV-2 bao gồm nhiễm bề mặt, lây truyền qua đường phân-miệng lây truyền khơng khí Số cá thể trung bình mà người bị ảnh hưởng lây nhiễm (tức hệ số lây nhiễm bản- R0) khoảng 5,7 với khoảng tin cậy 95% 3,8 đến 8,9 (Sanche et al., 2020) R0 dựa giả định tốc độ tăng trưởng theo cấp số nhân thấy bối cảnh đại dịch, yếu tố bao gồm giai đoạn tiềm ẩn trước giai đoạn lây nhiễm Delamater cộng cho giá trị R0 kết hợp ba yếu tố: số lần tiếp xúc (trung bình) hàng ngày mà người bị lây nhiễm có, xác suất lây truyền bệnh lần tiếp xúc số ngày (trung bình) mà người bị nhiễm bệnh lây lan (Delamater, Street, Leslie, Yang, & Jacobsen, 2019) Hầu hết R0 báo cáo cho COVID-19 ước tính cách sử dụng liệu Trung Quốc Một phân tích tổng quan hệ thống bao gồm 29 nghiên cứu Trung Quốc báo cáo giá trị ước tính R0 = 3,32 (Khoảng tin cậy 95%: 2,81−3,82) (Alimohamadi, Taghdir, & Sepandi, 2020) Theo tổng quan hệ thống phân tích 42 nghiên cứu cho R0 2.87 với khoảng tin cậy 95% 2.39–3.44 (Billah, Miah, & Khan, 2020) 3.2 Biến chứng SARS-CoV-2 Phân tích 1,3 triệu trường hợp SARS-CoV-2 báo cáo Hoa Kỳ tháng năm 2020 cho thấy 14% bệnh nhân phải nhập viện, 2% nhập viện cần chăm sóc đặc biệt tỷ lệ tử vong 5% Bệnh nhân có tình trạng bệnh lý có nguy nhập viện cao gấp lần có nguy tử vong cao 12 lần so với người khơng có bệnh lý (Stokes et al., 2020) Các nghiên cứu ghi nhận nhóm có nguy tử vong cao tỷ lệ hành mắc bệnh tim mạch 32%, bệnh tiểu đường 30% bệnh phổi mãn tính 18% Các tình trạng khác có nguy cao bị nhiễm COVID-19 chuyển biến nặng bao gồm béo phì, bệnh thận, ung thư tình trạng suy giảm miễn dịch (Ashraf, Virani, & Cheema, 2021) Có thay đổi đáng kể liên quan đến biểu lâm sàng COVID-19 Một phân tích meta 61 nghiên cứu từ 11 quốc gia với 59 254 bệnh nhân báo cáo trường hợp nhẹ 81,4%, nặng 13,9% , nguy kịch 4,7% tỷ lệ tử vong nguyên nhân 0,3% (Borges Nascimento et al., 2020) Hệ thống hơ hấp hệ thống bị ảnh hưởng SARS-CoV-2 có nhiều ổ thâm nhiễm hai phổi Bệnh lý phổi cho thấy tổn thương vi thể lan tỏa hai bên phế nang, thâm nhiễm xơ hóa tế bào thâm nhiễm viêm đơn nhân mô kẽ với chi phối tế bào lympho (Tian et al., 2020) Cơ trơn mạch máu có thụ thể ACE2 protease TMPRSS2 để tạo điều kiện cho virus xâm nhập tăng sinh chỗ Hệ thống mạch máu bị viêm dẫn đến thay đổi sau: huyết khối vi lượng lan tỏa, viêm tim rối loạn nhịp tim, suy tim hội 267 Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” chứng mạch vành cấp tính Những biến chứng tim mạch gây tử vong (Bansal, 2020; P P Liu, Blet, Smyth, & Li, 2020) ACE2 tìm thấy biểu tế bào biểu mơ đường tiêu hóa, cho thấy xâm nhập virus qua thụ thể ACE2 chép gây thay đổi viêm triệu chứng bệnh nhân SARS-CoV-2 gây tổn thương gan, biểu nồng độ alanin aminotransferase huyết aspartate aminotransferase tăng cao (Zhao et al., 2020) Trong hầu hết trường hợp, tổn thương gan thống qua nhẹ Tuy nhiên, tình trạng tổn thương rối loạn chức gan nghiêm trọng báo cáo bệnh nhân mắc bệnh nặng (Feng et al., 2020) Bằng chứng lâm sàng cho thấy SARS-CoV-2 có khả gây bệnh thần kinh tiềm ẩn Một số triệu chứng liên quan đến thần kinh báo cáo, bao gồm đau đầu, chóng mặt, co giật, giảm mức độ ý thức, viêm não hoại tử xuất huyết cấp tính, kích động lú lẫn (Azer, 2020; Poyiadji et al., 2020) Tuổi giới tính hai yếu tố chứng minh có ảnh hưởng đến mức độ nghiêm trọng biến chứng COVID-19 Tỷ lệ nhập viện tử vong 0,1% trẻ em tăng lên 10% bệnh nhân lớn tuổi Nam giới có nhiều khả bị biến chứng nặng so với nữ giới hậu nhiễm trùng SARS-CoV-2 (Promislow, 2020) Vì tình trạng ức chế miễn dịch nên bệnh nhân ung thư người ghép tạng có nguy bị biến chứng COVID-19 nghiêm trọng Các biến chứng chủ yếu COVID-19 báo cáo: rối loạn đông máu; phù quản viêm quản; viêm phổi hoại tử thường tử vong bội nhiễm nhiễm Staphylococcus aureus tiết độc tố Panton-Valentine leukocidin (Duployez et al., 2020); suy hô hấp cấp; nhiễm trùng huyết dẫn đến suy đa tạng; tăng nguy tử vong cao hơn, đặc biệt bệnh nhân nam bị bệnh nặng, có tổn thương tim biến chứng tim, tăng đường huyết bệnh nhân dùng corticosteroid liều cao (Xiaochen Li et al., 2020); viêm phổi thở máy; thuyên tắc phổi nặng (Azer, 2020; Ullah, Saeed, Sarwar, Patel, & Fischman, 2020) Một nghiên cứu tổng quan hệ thống 65 báo xác định 10 biến chứng muộn tiềm ẩn COVID-19 bao gồm chấn thương thần kinh, phổi, gan, thận tim, huyết khối tắc mạch, đột quỵ tim / não, bệnh não suy nhược tâm lý Hơn nữa, số nghiên cứu biến chứng khác giảm protein máu, sốc nhiễm trùng hội chứng rối loạn chức đa quan (SeyedAlinaghi et al., 2021) Biện pháp phịng tránh kiểm sốt Các chiến lược phòng ngừa ủng hộ cấp hành có khác quốc gia WHO nhiều lần thúc giục phủ theo đuổi việc tầm soát truy vết xương sống chiến lược hành động chống COVID-19 quốc gia Người ta biết từ đợt bùng phát MERS SARS trước việc phát sớm bệnh nhiễm trùng quan trọng để ngăn chặn lây truyền (Pang et al., 2003; Wiboonchutikul, Manosuthi, & Sangsajja, 2017) Giải trình tự gen SARS-CoV-2 cho phép phát triển nhanh chóng phương pháp sàng lọc Xét nghiệm lâm sàng COVID-19 bao gồm RT-PCR, sử dụng rộng rãi hơn, xét nghiệm dựa kháng thể Hiện nay, phần lớn trường hợp toàn giới xác nhận thơng qua xét nghiệm axit nucleic phịng thí nghiệm (H Li et al., 2021) Đại dịch COVID-19 gây ảnh hưởng lớn đến sức khỏe thể chất tinh thần người, nguyên nhân gây tử vong cho nhiều người khắp giới Để 268 Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” ngăn chặn lây lan nhiễm virus corona, loại biện pháp y tế công cộng khác (cách ly xã hội, cách ly, cô lập, phong tỏa giới nghiêm) phủ áp dụng Đến ngày 10 tháng 3, 21 quốc gia hạn chế tụ tập 18 quốc gia thực thi biện pháp lưu trú nhà Ba mươi lăm đề nghị yêu cầu đóng cửa trường cơng lập Đến ngày tháng 4, có 131 quốc gia hạn chế tụ tập, 79 quốc gia hạn chế tụ tập 10 người Cùng ngày, 196 quốc gia thực thi biện pháp lưu trú nhà, với 70 quốc gia thực thi biện pháp cách ly nhà ngoại trừ hoạt động mua sắm tạp hóa, tập thể dục “các chuyến hàng ngày” Đến ngày 30 tháng 4, 83 quốc gia hạn chế tất tụ họp, 79 quốc gia cho phép chuyến du ngoạn nhà cho chuyến cần thiết Mười sáu quốc gia giới hạn chuyến du ngoạn nhà, bao gồm chuyến cần thiết, vài ngày lần cho hộ gia đình (trường hợp ngoại lệ tối thiểu) (H Li et al., 2021) Đến ngày 30 tháng 4, 122 quốc gia đóng cửa sở giáo dục, bao gồm trường đại học Hiệu việc đóng cửa trường học việc giảm lây truyền bệnh dựa đợt bùng phát cúm trước dự kiến cao số lượng sinh sản 2, việc đóng cửa thực sớm tỷ lệ công trẻ em cao (Viner et al., 2020) Trong tỷ lệ công trẻ em cúm 15,2% tỷ lệ cơng COVID-19 trẻ em ước tính 7,2% nam 3,8% nữ (Jayasundara, Soobiah, Thommes, Tricco, & Chit, 2014) Nghiên cứu tổng quan hệ thống Viner đồng nghiệp tìm thấy chứng cho thấy việc đóng cửa trường học thời kỳ dịch SARS COVID-19 góp phần đáng kể việc hạn chế lây truyền, tỷ lệ lây truyền trường học thấp (Viner et al., 2020) Một nghiên cứu quan sát số liệu 27 quốc gia 15 ngày sau phong tỏa (lockdown), số ca nhiễm COVID-19 hàng ngày yếu tố tăng trưởng bệnh cho thấy xu hướng giảm, khơng có suy giảm đáng kể tỷ lệ mắc tử vong Tỷ lệ tăng trưởng âm ngày hai hạng mục (có nghĩa gia tăng số ca bệnh giảm nhanh) cho thấy từ quan điểm y tế cơng cộng việc đóng cửa có ảnh hưởng tích cực đến đại dịch Tuy nhiên, tốc độ tăng trưởng ca nhiễm không giảm xuống sau phong tỏa xã hội việc phong tỏa không đủ để ngăn chặn đại dịch mà thể kéo dài dai dẳng toàn giới dịch bệnh tỷ lệ tử vong ngày tăng toàn giới (Meo et al., 2020) Bằng cách sử dụng mơ hình mơ với liệu 152 quốc gia việc phong tỏa xã hội lúc chia cao điểm số lần nhập viện thành hai đỉnh khoảng cách xa kéo dài thời gian tổng thể đại dịch Thời điểm giãn cách cho thấy đạt hiệu ứng “đào hầm” tỷ lệ mắc bệnh để vượt qua đỉnh ngăn chặn đại dịch vượt khả hệ thống y tế (Oraby et al., 2021) Tóm lại việc phong tỏa đóng vai trị quan trọng biện pháp tiêm chủng điều trị dự phịng chưa sẵn có, trường hợp đại dịch COVID-19 Trong khuyến nghị Tổ chức Y tế Thế giới COVID-19, nhân viên y tế nhân viên khác nên giữ khoảng cách m với người có triệu chứng bệnh, chẳng hạn ho hắt CDC Hoa Kỳ khuyến nghị khoảng cách m Tuy nhiên, khoảng cách dựa ước tính phạm vi chưa tính đến diện có đám mây xung lượng cao mang giọt khoảng cách xa Với mơ hình động đám mây phồng nhiễu loạn, khuyến nghị khoảng cách từ 1-2 m đánh giá thấp khoảng cách, thời gian độ bền mà đám mây tải trọng gây bệnh 269 Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” di chuyển, tạo phạm vi tiếp xúc tiềm ẩn mà chưa đánh giá mức, đặc biệt với với nhân viên chăm sóc sức khỏe Hiệu mặt nạ kiểm soát nguồn phụ thuộc vào khả mặt nạ để bẫy thay đổi phát xạ đám mây khí động lượng cao với trọng tải gây bệnh Tốc độ thở cao lên tới 1030 m /s mà tạo đám mây kéo dài khoảng 7-8 m Kiểm sốt khả bảo vệ nguồn gốc mặt nạ thiết bị bảo vệ khác phải có khả chịu nhiều lần loại đám mây khí hỗn loạn nhiều pha có động lượng cao bay hắt ho phơi nhiễm từ chúng Mặt nạ phẫu thuật trang N95 sử dụng không kiểm tra đặc tính tiềm ẩn khí thải hơ hấp (Bourouiba, 2020) Một phân tích tổng hợp 22 nghiên cứu liên quan đến virus corona người cho thấy virus tồn bề mặt nhựa, kim loại thủy tinh tối đa ngày bị vơ hiệu hóa hiệu vịng phút thơng qua khử trùng bề mặt 0,1% natri hypoclorit, 62% để 71% etanol 0,5% hydro peroxid (Kampf, Todt, Pfaender, & Steinmann, 2020) Hầu hết nhà chức trách cho chiến thắng thực COVID-19 đạt cách tiêm phòng hàng loạt để tạo miễn dịch cộng đồng quần thể Mặc dù nhà khoa học nghiên cứu vaccin COVID-19 với tốc độ chưa có hiểu biết dịch tễ khoa học kết hợp lại cho thấy vaccin COVID-19 ngày trở nên sẵn có, việc tiếp tục truyền thơng thực biện pháp an tồn COVID-19 (ví dụ: trang, vệ sinh cá nhân giãn cách xã hội) công cụ để kiểm soát ngăn chặn đại dịch hiệu Bất chấp tin tức tích cực vaccin COVID-19, chuyên gia y tế quan chức phủ phải tiếp tục truyền đạt yêu cầu vững cho công chúng tuân thủ biện pháp an toàn COVID19 đại dịch khơng cịn mối đe dọa rõ ràng sức khỏe cá nhân cộng đồng (Su et al., 2021) Kết luận kiến nghị SARS-CoV-2 xuất lan truyền với tốc độ nhanh chóng phạm vi tồn giới Chính virus khiến giới phải điêu đứng, nhiều sinh mạng tổn hại sâu sắc lên nhiều mặt xã hội Nguồn gốc thực SARS-CoV-2 nhiều giả thuyết vịng tranh cãi hạn chế tiếp cận thông tin chứng xác thực Là virus corona họ virus corona, SARS-CoV-2 có nhiều đặc điểm tương đồng gen đặc tính so với đại diện họ virus corana gây bệnh người SARS-CoV MERS-CoV Bên cạnh tồn điểm khác biệt yếu SARS-CoV-2 tạo nên riêng biệt Kiểm sốt nhanh dịch bệnh đua không cân sức hàng loạt biến chủng xuất khiến mục tiêu xóa sổ hồn tồn SARS-CoV-2 gần khó khả thi Nhiều biện pháp y tế phi y tế thực kiểm soát dịch bệnh Tuy vaccin công cụ mạnh mẽ “viên đạn bạc” chiến lược kiểm soát dịch bệnh COVID-19 (Su et al., 2021) Sự kết hợp hợp lý, đồng biện pháp phi y tế y tế kế hoạch chung mà phần lớn quốc gia nhắm đến thực LỜI CẢM ƠN 270 Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” Xin gửi lời cảm ơn đến đóng góp nhận xét chỉnh sửa văn Văn tác giả khơng có xung đột lợi ích Tài liệu tham khảo Alimohamadi, Y., Taghdir, M., & Sepandi, M (2020) Estimate of the Basic Reproduction Number for COVID-19: A Systematic Review and Meta-analysis Journal of preventive medicine and public health = Yebang Uihakhoe chi, 53(3), 151-157 doi:10.3961/jpmph.20.076 Almazán, F., Sola, I., Zuñiga, S., Marquez-Jurado, S., Morales, L., Becares, M., & Enjuanes, L (2014) Coronavirus reverse genetic systems: Infectious clones and replicons Virus Research, 189, 262270 doi:https://doi.org/10.1016/j.virusres.2014.05.026 Andersen, K G., Rambaut, A., Lipkin, W I., Holmes, E C., & Garry, R F (2020) The proximal origin of SARS-CoV-2 Nature Medicine, 26(4), 450-452 doi:10.1038/s41591-020-0820-9 Ashraf, O., Virani, A., & Cheema, T (2021) COVID-19: An Update on the Epidemiological, Clinical, Preventive, and Therapeutic Management of 2019 Novel Coronavirus Disease Critical Care Nursing Quarterly, 44(1) Retrieved from https://journals.lww.com/ccnq/Fulltext/2021/01000/COVID_19 An_Update_on_the_Epidemiol ogical,.14.aspx Azer, S A (2020) COVID-19: pathophysiology, diagnosis, complications and investigational therapeutics New Microbes and New Infections, 37, 100738 doi:https://doi.org/10.1016/j.nmni.2020.100738 Bansal, M (2020) Cardiovascular disease and COVID-19 Diabetes & Metabolic Syndrome: Clinical Research & Reviews, 14(3), 247-250 doi:https://doi.org/10.1016/j.dsx.2020.03.013 Baranov, P V., Henderson, C M., Anderson, C B., Gesteland, R F., Atkins, J F., & Howard, M T (2005) Programmed ribosomal frameshifting in decoding the SARS-CoV genome Virology, 332(2), 498-510 doi:10.1016/j.virol.2004.11.038 Billah, M A., Miah, M M., & Khan, M N (2020) Reproductive number of coronavirus: A systematic review and meta-analysis based on global level evidence PloS one, 15(11), e0242128-e0242128 doi:10.1371/journal.pone.0242128 Borges Nascimento, I J., Cacic, N., Abdulazeem, H M., von Groote, T C., Jayarajah, U., Weerasekara, I., Marcolino, M S (2020) Novel Coronavirus Infection (COVID-19) in Humans: A Scoping Review and Meta-Analysis Journal of clinical medicine, 9(4), 941 doi:10.3390/jcm9040941 Boscarino Joseph, A., Logan Hillary, L., Lacny Jason, J., & Gallagher Thomas, M (2008) Envelope Protein Palmitoylations Are Crucial for Murine Coronavirus Assembly Journal of Virology, 82(6), 2989-2999 doi:10.1128/JVI.01906-07 Bosch, B J., van der Zee, R., de Haan, C A M., & Rottier, P J M (2003) The coronavirus spike protein is a class I virus fusion protein: structural and functional characterization of the fusion core complex Journal of virology, 77(16), 8801-8811 doi:10.1128/jvi.77.16.8801-8811.2003 Bourouiba, L (2020) Turbulent Gas Clouds and Respiratory Pathogen Emissions: Potential Implications for Reducing Transmission of COVID-19 JAMA, 323(18), 1837-1838 doi:10.1001/jama.2020.4756 Corman, V M., Muth, D., Niemeyer, D., & Drosten, C (2018) Hosts and Sources of Endemic Human Coronaviruses In (Vol 100, pp 163-188): Academic Press Chan, J F.-W., Kok, K.-H., Zhu, Z., Chu, H., To, K K.-W., Yuan, S., & Yuen, K.-Y (2020) Genomic characterization of the 2019 novel human-pathogenic coronavirus isolated from a patient with atypical pneumonia after visiting Wuhan Emerging microbes & infections, 9(1), 221-236 doi:10.1080/22221751.2020.1719902 Chen, L., Liu, W., Zhang, Q., Xu, K., Ye, G., Wu, W., Liu, Y (2020) RNA based mNGS approach identifies a novel human coronavirus from two individual pneumonia cases in 2019 Wuhan outbreak Emerging microbes & infections, 9(1), 313-319 doi:10.1080/22221751.2020.1725399 Chen, Y., Chen, L., Deng, Q., Zhang, G., Wu, K., Ni, L., Cheng, Z (2020) The presence of SARSCoV-2 RNA in the feces of COVID-19 patients Journal of Medical Virology, 92(7), 833-840 doi:https://doi.org/10.1002/jmv.25825 Cheng Vincent, C C., Lau Susanna, K P., Woo Patrick, C Y., & Yuen Kwok, Y (2007) Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus as an Agent of Emerging and Reemerging Infection Clinical Microbiology Reviews, 20(4), 660-694 doi:10.1128/CMR.00023-07 271 Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” China, N H C o t P s R o (2020) Briefing on the latest situation of the novel coronavirus pneumonia epidemic China Retrieved from http://www.nhc.gov.cn/xcs/yqtb/list_gzbd.shtml de Haan, C A M., & Rottier, P J M (2005) Molecular interactions in the assembly of coronaviruses Advances in virus research, 64, 165-230 doi:10.1016/S0065-3527(05)64006-7 de Wit, E., van Doremalen, N., Falzarano, D., & Munster, V J (2016) SARS and MERS: recent insights into emerging coronaviruses Nature Reviews Microbiology, 14(8), 523-534 doi:10.1038/nrmicro.2016.81 Delamater, P L., Street, E J., Leslie, T F., Yang, Y T., & Jacobsen, K H (2019) Complexity of the Basic Reproduction Number (R(0)) Emerging infectious diseases, 25(1), 1-4 doi:10.3201/eid2501.171901 Denison, M R., Graham, R L., Donaldson, E F., Eckerle, L D., & Baric, R S (2011) Coronaviruses RNA biology, 8(2), 270-279 doi:10.4161/rna.8.2.15013 Deng, S.-Q., & Peng, H.-J (2020) Characteristics of and Public Health Responses to the Coronavirus Disease 2019 Outbreak in China Journal of clinical medicine, 9(2), 575 doi:10.3390/jcm9020575 Dong, E., Du, H., & Gardner, L (2020) An interactive web-based dashboard to track COVID-19 in real time The Lancet Infectious Diseases, 20, 533-534 doi:10.1016/S1473-3099(20)30120-1 Drexler, J F., Corman, V M., & Drosten, C (2014) Ecology, evolution and classification of bat coronaviruses in the aftermath of SARS Antiviral Research, 101, 45-56 doi:https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2013.10.013 Du, L., He, Y., Zhou, Y., Liu, S., Zheng, B.-J., & Jiang, S (2009) The spike protein of SARS-CoV — a target for vaccine and therapeutic development Nature Reviews Microbiology, 7(3), 226-236 doi:10.1038/nrmicro2090 Duployez, C., Le Guern, R., Tinez, C., Lejeune, A.-L., Robriquet, L., Six, S., Wallet, F (2020) Panton-valentine leukocidin–secreting staphylococcus aureus pneumonia complicating COVID-19 Emerging infectious diseases, 26(8), 1939 Eurosurveillance Editorial, T (2020) Note from the editors: World Health Organization declares novel coronavirus (2019-nCoV) sixth public health emergency of international concern Euro surveillance : bulletin Europeen sur les maladies transmissibles = European communicable disease bulletin, 25(5), 200131e doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.5.200131e Fehr, A R., & Perlman, S (2015a) Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 1282, 1-23 doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1 Fehr, A R., & Perlman, S (2015b) Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis In H J Maier, E Bickerton, & P Britton (Eds.), Coronaviruses: Methods and Protocols (pp 123) New York, NY: Springer New York Feng, G., Zheng, K I., Yan, Q.-Q., Rios, R S., Targher, G., Byrne, C D., Zheng, M.-H (2020) COVID-19 and Liver Dysfunction: Current Insights and Emergent Therapeutic Strategies Journal of clinical and translational hepatology, 8(1), 18-24 doi:10.14218/JCTH.2020.00018 Fisher, D., & Heymann, D (2020) Q&A: The novel coronavirus outbreak causing COVID-19 BMC medicine, 18(1), 57-57 doi:10.1186/s12916-020-01533-w Graham Rachel, L., & Baric Ralph, S (2010) Recombination, Reservoirs, and the Modular Spike: Mechanisms of Coronavirus Cross-Species Transmission Journal of Virology, 84(7), 3134-3146 doi:10.1128/JVI.01394-09 Gralinski, L E., & Menachery, V D (2020) Return of the Coronavirus: 2019-nCoV Viruses, 12(2), 135 doi:10.3390/v12020135 Gui, M., Song, W., Zhou, H., Xu, J., Chen, S., Xiang, Y., & Wang, X (2017) Cryo-electron microscopy structures of the SARS-CoV spike glycoprotein reveal a prerequisite conformational state for receptor binding Cell Research, 27(1), 119-129 doi:10.1038/cr.2016.152 Guo, Z.-D., Wang, Z.-Y., Zhang, S.-F., Li, X., Li, L., Li, C., Chen, W (2020) Aerosol and Surface Distribution of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus in Hospital Wards, Wuhan, China, 2020 Emerging infectious diseases, 26(7), 1583-1591 doi:10.3201/eid2607.200885 Huang, Y., Yang, C., Xu, X.-f., Xu, W., & Liu, S.-w (2020) Structural and functional properties of SARS-CoV-2 spike protein: potential antivirus drug development for COVID-19 Acta Pharmacologica Sinica, 41(9), 1141-1149 doi:10.1038/s41401-020-0485-4 Jayasundara, K., Soobiah, C., Thommes, E., Tricco, A C., & Chit, A (2014) Natural attack rate of influenza in unvaccinated children and adults: a meta-regression analysis BMC infectious diseases, 14, 670-670 doi:10.1186/s12879-014-0670-5 272 Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” Kampf, G., Todt, D., Pfaender, S., & Steinmann, E (2020) Persistence of coronaviruses on inanimate surfaces and their inactivation with biocidal agents The Journal of hospital infection, 104(3), 246251 doi:10.1016/j.jhin.2020.01.022 Lalchhandama, K (2020) The chronicles of coronaviruses: the electron microscope, the doughnut, and the spike Science Vision, 20(2), 78-92 doi:10.33493/SCIVIS.20.02.03 Li, H., Burm, S W., Hong, S H., Ghayda, R A., Kronbichler, A., Smith, L., Shin, J I (2021) A Comprehensive Review of Coronavirus Disease 2019: Epidemiology, Transmission, Risk Factors, and International Responses Yonsei medical journal, 62(1), 1-11 doi:10.3349/ymj.2021.62.1.1 Li, X., Geng, M., Peng, Y., Meng, L., & Lu, S (2020) Molecular immune pathogenesis and diagnosis of COVID-19 Journal of Pharmaceutical Analysis, 10(2), 102-108 doi:https://doi.org/10.1016/j.jpha.2020.03.001 Li, X., Xu, S., Yu, M., Wang, K., Tao, Y., Zhou, Y., Yang, Z (2020) Risk factors for severity and mortality in adult COVID-19 inpatients in Wuhan Journal of Allergy and Clinical Immunology, 146(1), 110-118 Li, X., Zai, J., Zhao, Q., Nie, Q., Li, Y., Foley, B T., & Chaillon, A (2020) Evolutionary history, potential intermediate animal host, and cross-species analyses of SARS-CoV-2 Journal of medical virology, 92(6), 602-611 doi:10.1002/jmv.25731 Liu, P P., Blet, A., Smyth, D., & Li, H (2020) The science underlying COVID-19: implications for the cardiovascular system Circulation, 142(1), 68-78 Liu, R., Wu, P., Ogrodzki, P., Mahmoud, S., Liang, K., Liu, P., Zaher, W A (2021) Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in the UAE reveals novel virus mutation, patterns of co-infection and tissue specific host immune response Scientific Reports, 11(1), 13971 doi:10.1038/s41598021-92851-3 Lu, G., Wang, Q., & Gao, G F (2015) Bat-to-human: spike features determining ‘host jump’ of coronaviruses SARS-CoV, MERS-CoV, and beyond Trends in Microbiology, 23(8), 468-478 doi:10.1016/j.tim.2015.06.003 Lu, R., Zhao, X., Li, J., Niu, P., Yang, B., Wu, H., Tan, W (2020) Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding Lancet (London, England), 395(10224), 565-574 doi:10.1016/S0140-6736(20)30251-8 Malik, Y A (2020) Properties of coronavirus and SARS-CoV-2 Malaysian Journal of Pathology, 42(1), 3-11 Meo, S A., Abukhalaf, A A., Alomar, A A., AlMutairi, F J., Usmani, A M., & Klonoff, D C (2020) Impact of lockdown on COVID-19 prevalence and mortality during 2020 pandemic: observational analysis of 27 countries European Journal of Medical Research, 25(1), 56 doi:10.1186/s40001020-00456-9 Moriyama, M., Hugentobler, W J., & Iwasaki, A (2020) Seasonality of Respiratory Viral Infections Annual Review of Virology, 7(1), 83-101 doi:10.1146/annurev-virology-012420-022445 Newman, A., Smith, D., Ghai, R R., Wallace, R M., Torchetti, M K., Loiacono, C., Barton Behravesh, C (2020) First Reported Cases of SARS-CoV-2 Infection in Companion Animals New York, March-April 2020 MMWR Morbidity and mortality weekly report, 69(23), 710-713 doi:10.15585/mmwr.mm6923e3 Oraby, T., Tyshenko, M G., Maldonado, J C., Vatcheva, K., Elsaadany, S., Alali, W Q., AlZoughool, M (2021) Modeling the effect of lockdown timing as a COVID-19 control measure in countries with differing social contacts Scientific Reports, 11(1), 3354 doi:10.1038/s41598-02182873-2 Pang, X., Zhu, Z., Xu, F., Guo, J., Gong, X., Liu, D., Feikin, D R (2003) Evaluation of Control Measures Implemented in the Severe Acute Respiratory Syndrome Outbreak in Beijing, 2003 JAMA, 290(24), 3215-3221 doi:10.1001/jama.290.24.3215 Poyiadji, N., Shahin, G., Noujaim, D., Stone, M., Patel, S., & Griffith, B (2020) COVID-19–associated Acute Hemorrhagic Necrotizing Encephalopathy: Imaging Features Radiology, 296(2), E119E120 doi:10.1148/radiol.2020201187 Promislow, D E L (2020) A Geroscience Perspective on COVID-19 Mortality The Journals of Gerontology: Series A, 75(9), e30-e33 doi:10.1093/gerona/glaa094 Qiu, Y., Zhao, Y.-B., Wang, Q., Li, J.-Y., Zhou, Z.-J., Liao, C.-H., & Ge, X.-Y (2020) Predicting the angiotensin converting enzyme (ACE2) utilizing capability as the receptor of SARS-CoV-2 Microbes and Infection, 22(4), 221-225 doi:https://doi.org/10.1016/j.micinf.2020.03.003 273 Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” Raamsman, M J., Locker, J K., de Hooge, A., de Vries, A A., Griffiths, G., Vennema, H., & Rottier, P J (2000) Characterization of the coronavirus mouse hepatitis virus strain A59 small membrane protein E Journal of virology, 74(5), 2333-2342 doi:10.1128/jvi.74.5.2333-2342.2000 Raj, R (2021) Analysis of non-structural proteins, NSPs of SARS-CoV-2 as targets for computational drug designing Biochemistry and Biophysics Reports, 25, 100847 doi:https://doi.org/10.1016/j.bbrep.2020.100847 Sanche, S., Lin, Y T., Xu, C., Romero-Severson, E., Hengartner, N., & Ke, R (2020) High Contagiousness and Rapid Spread of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Emerging infectious diseases, 26(7), 1470-1477 doi:10.3201/eid2607.200282 SeyedAlinaghi, S., Afsahi, A M., MohsseniPour, M., Behnezhad, F., Salehi, M A., Barzegary, A., Dadras, O (2021) Late Complications of COVID-19: a Systematic Review of Current Evidence Archives of academic emergency medicine, 9(1), e14-e14 doi:10.22037/aaem.v9i1.1058 Stokes, E K., Zambrano, L D., Anderson, K N., Marder, E P., Raz, K M., El Burai Felix, S., Fullerton, K E (2020) Coronavirus Disease 2019 Case Surveillance - United States, January 22May 30, 2020 MMWR Morbidity and mortality weekly report, 69(24), 759-765 doi:10.15585/mmwr.mm6924e2 Su, Z., Wen, J., McDonnell, D., Goh, E., Li, X., Šegalo, S., Xiang, Y.-T (2021) Vaccines are not yet a silver bullet: The imperative of continued communication about the importance of COVID19 safety measures Brain, Behavior, & Immunity - Health, 12, 100204 doi:10.1016/j.bbih.2021.100204 Tao, K., Tzou, P L., Nouhin, J., Gupta, R K., de Oliveira, T., Kosakovsky Pond, S L., Shafer, R W (2021) The biological and clinical significance of emerging SARS-CoV-2 variants Nature Reviews Genetics doi:10.1038/s41576-021-00408-x Tian, S., Hu, W., Niu, L., Liu, H., Xu, H., & Xiao, S.-Y (2020) Pulmonary Pathology of Early-Phase 2019 Novel Coronavirus (COVID-19) Pneumonia in Two Patients With Lung Cancer Journal of Thoracic Oncology, 15(5), 700-704 doi:https://doi.org/10.1016/j.jtho.2020.02.010 Tortorici, M A., & Veesler, D (2019) Chapter Four - Structural insights into coronavirus entry In F A Rey (Ed.), Advances in virus research (Vol 105, pp 93-116): Academic Press Ullah, W., Saeed, R., Sarwar, U., Patel, R., & Fischman, D L (2020) COVID-19 complicated by acute pulmonary embolism and right-sided heart failure Case Reports, 2(9), 1379-1382 V’kovski, P., Kratzel, A., Steiner, S., Stalder, H., & Thiel, V (2021) Coronavirus biology and replication: implications for SARS-CoV-2 Nature Reviews Microbiology, 19(3), 155-170 doi:10.1038/s41579-020-00468-6 van Doremalen, N., Bushmaker, T., Morris, D H., Holbrook, M G., Gamble, A., Williamson, B N., Munster, V J (2020) Aerosol and Surface Stability of SARS-CoV-2 as Compared with SARSCoV-1 New England Journal of Medicine, 382(16), 1564-1567 doi:10.1056/NEJMc2004973 Viner, R M., Russell, S J., Croker, H., Packer, J., Ward, J., Stansfield, C., Booy, R (2020) School closure and management practices during coronavirus outbreaks including COVID-19: a rapid systematic review The Lancet Child & adolescent health, 4(5), 397-404 doi:10.1016/S23524642(20)30095-X Viruses, C S G o t I C o T o (2020) The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2 Nature Microbiology, 5(4), 536 Walls, A C., Park, Y.-J., Tortorici, M A., Wall, A., McGuire, A T., & Veesler, D (2020) Structure, Function, and Antigenicity of the SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein Cell, 181(2), 281-292.e286 doi:10.1016/j.cell.2020.02.058 Wan, Y., Shang, J., Graham, R., Baric Ralph, S., Li, F., & Gallagher, T (2020) Receptor Recognition by the Novel Coronavirus from Wuhan: an Analysis Based on Decade-Long Structural Studies of SARS Coronavirus Journal of Virology, 94(7), e00127-00120 doi:10.1128/JVI.00127-20 Wang, W., Xu, Y., Gao, R., Lu, R., Han, K., Wu, G., & Tan, W (2020) Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens JAMA, 323(18), 1843-1844 doi:10.1001/jama.2020.3786 Watanabe, Y., Allen, J D., Wrapp, D., McLellan, J S., & Crispin, M (2020) Site-specific glycan analysis of the SARS-CoV-2 spike Science (New York, N.Y.), 369(6501), 330-333 doi:10.1126/science.abb9983 WHO (2020) Coronavirus disease 2019 (COVID-19) Situation report – 51 Retrieved from https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200311-sitrep-51covid-19.pdf?sfvrsn=1ba62e57_10 274 Hội thảo Khoa học Trẻ “Vaccine COVID-19: Nghiên cứu Ứng dụng” Wiboonchutikul, S., Manosuthi, W., & Sangsajja, C (2017) Zero Transmission of Middle East Respiratory Syndrome: Lessons Learned From Thailand Clinical infectious diseases : an official publication of the Infectious Diseases Society of America, 64(suppl_2), S167-S170 doi:10.1093/cid/cix074 World Health, O (2018) Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) Disease outbreak news World Health Organization Wu, F., Zhao, S., Yu, B., Chen, Y.-M., Wang, W., Song, Z.-G., Zhang, Y.-Z (2020) A new coronavirus associated with human respiratory disease in China Nature, 579(7798), 265-269 doi:10.1038/s41586-020-2008-3 Wuhan Municipal Health, C (2019) Report of clustering pneumonia of unknown etiology in Wuhan City Wuhan Municipal Health Commission: Wuhan City health committee Xia, J., Tong, J., Liu, M., Shen, Y., & Guo, D (2020) Evaluation of coronavirus in tears and conjunctival secretions of patients with SARS-CoV-2 infection Journal of Medical Virology, 92(6), 589-594 doi:https://doi.org/10.1002/jmv.25725 Yang, X.-L., Hu, B., Wang, B., Wang, M.-N., Zhang, Q., Zhang, W., Shi, Z.-L (2015) Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Journal of virology, 90(6), 3253-3256 doi:10.1128/jvi.02582-15 (Accession No 26719272) Zaki, A M., van Boheemen, S., Bestebroer, T M., Osterhaus, A D M E., & Fouchier, R A M (2012) Isolation of a Novel Coronavirus from a Man with Pneumonia in Saudi Arabia New England Journal of Medicine, 367(19), 1814-1820 doi:10.1056/NEJMoa1211721 Zhang, T., Wu, Q., & Zhang, Z (2020a) Pangolin homology associated with 2019-nCoV bioRxiv, 2020.2002.2019.950253 doi:10.1101/2020.02.19.950253 Zhang, T., Wu, Q., & Zhang, Z (2020b) Probable Pangolin Origin of SARS-CoV-2 Associated with the COVID-19 Outbreak Current Biology, 30(7), 1346-1351.e1342 doi:https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.03.022 Zhao, D., Yao, F., Wang, L., Zheng, L., Gao, Y., Ye, J., Gao, R (2020) A Comparative Study on the Clinical Features of Coronavirus 2019 (COVID-19) Pneumonia With Other Pneumonias Clinical Infectious Diseases, 71(15), 756-761 doi:10.1093/cid/ciaa247 Zhu, N., Zhang, D., Wang, W., Li, X., Yang, B., Song, J., Tan, W (2020) A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019 New England Journal of Medicine, 382(8), 727-733 doi:10.1056/NEJMoa2001017 275 ... tiêu xóa sổ hồn tồn SARS-CoV-2 gần khó khả thi Nhiều biện pháp y tế phi y tế thực kiểm sốt dịch bệnh Tuy vaccin cơng cụ mạnh mẽ “viên đạn bạc” chiến lược kiểm soát dịch bệnh COVID-19 (Su et al.,... triệu bệnh nhân chết (Dong, Du, & Gardner, 2020) Tính đến thời điểm tháng năm 2021, Hoa Kỳ quốc gia có số ca nhiễm cao giới với 42 triệu ca Nguồn gốc đặc điểm virus SARS-CoV-2 2.1 Danh pháp nguồn. .. thời điểm gây đại dịch tạo lan truyền rộng rãi mà hệ thống giám sát dịch bệnh phát Hình 3: So sánh gen SARS-CoV-2 virus Corona khác Nguồn: (Andersen et al., 2020) 2.2 Phân tích gen virus SARS-CoV-2