Tổng quan cập nhật xét nghiệm SARS-CoV-2. ThS. Đỗ Thị Thu Thủy. Trưởng nhóm tăng cường năng lực xét nghiệm

Tổng quan cập nhật xét nghiệm SARS-CoV-2 ThS Đỗ Thị Thu Thủy Trưởng nhóm tăng cường lực xét nghiệm Trung tâm Phịng ngừa Kiểm sốt Bệnh tật Hoa Kỳ Việt Nam Center for Global Health Division of Global Health Security Cấu trúc gen SARS-CoV-2 • Chuỗi RNA sợi đơn, dương, gồm xấp xỉ 30.000 nucleotide, mã hóa cho 9860 axit amin • Các proteins cấu trúc: o o o o Gai (S) ← liên kết với ACE2 Vỏ (E) Màng (M) Bao nhân (Nucleocapsid - N) • Khung đọc mở ORF1a/1b mã hóa polyprotein: RNA chép o Các men proteases vi rút o Khác o Kim D, et al Cell Xét nghiệm chẩn đốn SARS-CoV-2 Xét nghiệm Làm với kết xét nghiệm Xét nghiệm SARSCoV-2 Tần xuất xét nghiêm ? Xét nghiệm cho Xét nghiệm Các phương pháp xét nghiệm Ni cấy vi rút - Nghiên cứu - ATSH cấp Giải trình tự gen - Nghiên cứu - PXN tham chiếu/ khu vực Xét nghiệm Realtime RT-PCR RT-PCR = Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (Phản ứng Chuỗi Polymerase Sao chép Ngược) Phát vật liệu di truyền SARS-CoV-2 mẫu bệnh phẩm cho thấy người bị nhiễm vi rút Xét nghiệm Realtime RT-PCR Chuỗi trình tự đích RNA chép Xét nghiệm Realtime RT-PCR Hệ thống đóng Hệ thống mở Tách chiết Tách chiết khuếch đại PCR Khuếch đại PCR Chỉ áp dụng cho loại sinh phẩm hệ thống máy Áp dụng cho NHIỀU loại sinh phẩm khác Xét nghiệm Realtime RT-PCR Khẳng định COVID-19 • Xét nghiệm Realtime RT-PCR khuyến cáo sử dụng để khẳng định COVID-19: o Phát có mặt ARN vi rút o Độ nhạy độ đặc hiệu cao • Khi bệnh nhân có biểu lâm sàng nghi ngờ cao kết xét nghiệm âm tính: lấy thêm mẫu để xét nghiệm • Kết xét nghiệm cần phiên giải kết hợp với đặc điểm lâm sàng dịch tễ học • Các kết bất thường cần kiểm tra phịng xét nghiệm tham chiếu • Hiện có nhiều kit xét nghiệm thương mại tự phòng xét nghiệm phát triển • Cần theo dõi mồi chứng dương phản ứng với đột biến vi rút  Giới hạn – Cần phòng xét nghiệm chuyên biệt – Mẫu thường xét nghiệm theo đợt – Có thể 4-6 tiếng để có kết quả; kết bị chậm trình vận chuyển việc xét nghiệm theo lơ Giải trình tự gen Xác định trình tự gen vi rút • Khẳng định xác định đặc điểm vi rút • Giám sát mặt vi rút học, theo dõi/ phát đột biến q trình tiến hóa vi rút • Truy vết ổ dịch, khu vực có dịch để áp dụng biện pháp can thiệp, đánh giá test chẩn đốn WHO khuyến khích chia sẻ thơng tin trình tự gen cộng đồng quốc tế báo cáo Biến thể đáng quan tâm/ biến thể đáng lo ngại (VOI/ VOC) Xét nghiệm Kháng thể Test nhanh (Rapid test) Kết quả: vòng 15 phút ELISA (Miễn dịch huỳnh quang) CMIA /ECLIA (Điện hóa phát quang) Kết quả: - 4h Kết quả: 15-60 phút Không dùng để chẩn đoán Xét nghiệm Kháng nguyên QUAN TRỌNG: Tại khu vực có tỷ lệ lây nhiễm thấp, XN kháng nguyên không đáng tin chúng có độ đặc hiệu cao (>99%) Khơng khuyến cáo: • Khu vực có tỷ lệ lây nhiễm thấp; khơng có có ca bệnh đơn lẻ • XN cho người khơng có triệu chứng (trừ trường hợp người tiếp xúc với ca bệnh khẳng định • Cửa khẩu/Sàng lọc cách ly • Giá trị tiên lượng dương tính giá trị tiên lượng âm tính kết XN kháng nguyên nhanh không đủ | Lưu ý quan trọng lựa chọn test Lựa chọn test • Chất lượng số liệu dùng để thẩm định • Chất lượng test ghi nhận • Tình trạng đánh giá, thẩm định – WHO EUL: 20 Realtime RT-PCR, loại test nhanh kháng nguyên – US-FDA – Bộ Y tế • • • • • • Năng lực sản xuất chứng chất lượng Khả phân phối hỗ trợ kỹ thuật Điều kiện vận chuyển, bảo quản; thời hạn sử dụng thành phần kit Dễ sử dụng Giá thành Đáp ứng nhu cầu mục đích sử dụng Áp dụng • Đúng đối tượng yêu cầu nêu hướng dẫn sử dụng test • Tập huấn • Lấy mẫu • Thực XN • Phiên giải kết XN • Quản lý chất thải • An tồn sinh học • Đánh giá sau sử dụng • Kiểm tra theo dõi • Phản hồi Lưu ý quan trọng lựa chọn test Lưu ý: Nếu test kit không áp dụng cho đối tượng đề cập hướng dẫn sử dụng PXN phải làm thẩm định Phương pháp đầy đủ thay đổi mục đích so với nhà sản xuất đưa Ví dụ: Phiên giải kết XN Khả phát vi rút mẫu bênh phẩm tùy thuộc vào nhiều yếu tố: • Thời điểm lấy mẫu • Dụng cụ kỹ thuật lấy • Vị trí lấy mẫu • Loại XN chẩn đốn thực • Điều kiện bảo quản vận chuyển mẫu • Các yếu tố khách quan thể người lấy mẫu ✓ Các kết XN phịng xét nghiệm cần ln phiên giải với dấu hiệu, triệu chứng lâm sàng tình hình dịch tễ Tất vi rút thay đổi theo thời gian • Việc vi rút phát triển theo thời gian thông qua lần đột biến điều bình thường • Sự xuất biến thể điều không đáng ngạc nhiên ➢ Đột biến thay đổi trình tự gen vi rút ➢ Các biến thể khác theo hay nhiều đột biến ➢ Các đột biến khơng dẫn đến thay đổi dẫn đến thay đổi đặc điểm vi rút ví dụ khả lây truyền, mức độ nghiêm trọng bệnh hay ảnh hưởng đến tính hiệu việc chẩn đoán, điều trị vắc-xin ➢ Khi biến thể làm gia tăng nguy sức khỏe người, chúng biến thể đáng lo ngại (Variant of Concern -VOC) 18 Tất vi rút thay đổi theo thời gian Gai nhú, vi rút sử dụng để công tế bào người Những thay đổi với protein hình gai (S) dẫn đến thay đổi khả lây truyền vi rút hay mức độ nghiệm trọng bệnh • 19 Khi có nhiều lây nhiễm cộng đồng dân cư, khả đột biến vi rút cao Biến thể gì? Đột biến: Lỗi xuất trình chép vi rút tế bào chủ • Xóa • Chèn • Thay đột biến điểm Tái tổ hợp: Các vi rút đồng nhiễm trao đổi thơng tin di truyền • Có khả tạo thay đổi lớn – vi rút • Vẫn chưa nhận thấy SARS-CoV-2! Một biến thể loại vi rút có đột biến • Đột biến đơn • Nhiều đột biến Có phải tất loại đột biến làm thay đổi đặc điểm vi rút không? CÂU TRẢ LỜI LÀ KHƠNG! Sự đột biến vi rút có tác động tới khả lây truyền mức độ nghiệm trọng khơng? • Thay đổi Rt so với tất biến thể khác, xác định có gia tăng lây nhiễm, thay biến thể khu vực Tên khác: B.1.1.7 B.1.351 B.1.1.28.1 Biến thể Anh Biến thể Nam Phi Biến thể Brazil Mối Quan ngại/ tình hình Y tế Cộng đồng Khả lây truyền • • • Mức độ nghiêm trọng Tăng khả lây truyền (36-75%) Tăng tỷ lệ công lần (10 to 12%) Khả lây truyền hầu hết quốc gia so với loại biến thể không đáng lo ngại (non-VOC), thay biến thể lưu hành trước Có thể tăng nguy nhập viện, mức độ nghiêm trọng tỷ lệ tử vong • Tăng khả lây truyền, 1.50 (95% CI: 1.20-2.13) khả lây truyền cao nhiều lần so với biến thể lưu hành trước Có thể tăng nguy tử vong bệnh viện mức 20% • Tăng khả lây truyền Vẫn nghiên cứu/ điều tra, tác động có giới hạn Sự đột biến vi rút có ảnh hưởng tới khả miễn dịch tính hiệu vắc-xin? Tên khác: Khả trung hòa Vắc-xin B.1.1.7 B.1.351 B.1.1.28.1 Biến thể Anh Biến thể Nam Phi Biến thể Brazil Mối quan ngại/ tình hình Y tế Cộng đồng Giảm nhẹ, hiệu giá Giảm; tăng nguy tái trung hòa cao mức dự nhiễm kiến để có khả bảo vệ • Khơng có tác động lớn tới • Giảm đáng kể khả trung hòa sau Oxford-AstraZeneca tiêm vắc-xin • Giảm mức tối thiểu • Vắc-xin Moderna, tới cấp độ nhẹ PfizerBioNTech OxfordModerna Pfizer AstraZeneca, Novavax • Hiệu vắc-xin • Khơng có thay đổi lớn thấp Nam Phi khả phòng ngừa bệnh so với nước khác Oxford-AstraZeneca, Novavax PfizerBioNTech Giảm; có ghi nhận trường hợp tái nhiễm • Giảm từ mức tới mức vừa phải khả trung hòa sau tiêm vắc-xin OxfordAstraZeneca, Moderna Pfizer • Kết sơ ban đầu khuyến cáo khả trung hịa với Sinovac Các biện pháp kiểm sốt có hiệu khơng? Bằng chứng từ nhiều nước có lây truyền biến thể đáng lo ngại (VOC) cho thấy: giữ khoảng cách thể, biện pháp y tế cộng đồng xã hội (PHSA), kiểm soát nhiễm khuẩn (IPC) đạt hiệu việc giảm tỷ lệ mắc bệnh • Khơng có thay đổi cho hướng dẫn PPE, IPC, sử dụng trang • Khơng có thay đổi cho hướng dẫn PHSA • Khơng có thay đổi khuyến cáo cho việc quản lý ca bệnh, can thiệp hỗ trợ chăm sóc Chấm dứt việc lây truyền tất biến thể ngăn xuất biến thể mới: Ứng phó COVID-19 toàn diện tổng thể, tuân thủ PHSA, triển khai tiêm vắc-xin Theo dõi biến thể SARS-CoV-2 • Các biến thể theo dõi sát • Nhóm Cơng tác Sự phát triển Vi rút SARS-CoV-2 WHO làm việc nhà nghiên cứu phủ: đánh giá biến thể dựa tác động chúng o Khả lây truyền vi rút o Mức độ nghiêm trọng bệnh o Tính hiệu việc chẩn đốn, điều trị vắc-xin • WHO triển khai đánh giá nguy biến thể đáng lo ngại VOC để xác định liệu có cần tới việc áp dụng biện pháp y tế cộng đồng không 24 Các quốc gia cần: • Thiết lập/ tiếp tục lực giải trình tự gen • Chia sẻ trình tự sớm tốt • Báo cáo VOI VOC • Củng cố hệ thống giám sát để đánh giá biến thể vi rút Tóm tắt • • Xét nghiệm đóng vai trò cấp thiết xử lý lâm sàng giám sát Đảm bảo thu thập mẫu dịch có chất lượng • Xét nghiệm sinh học phân tử phương pháp khuyến nghị xét nghiệm xác định COVID-19 • Khơng khuyến cáo việc sử dụng xét nghiệm kháng thể xử lý lâm sàng; sử dụng để điều tra dịch tễ nghiên cứu Test kháng nguyên sử dụng số trường hợp khơng có test PCR thời gian chờ kết PCR lâu; Nhưng dùng test có độ nhạy ≥80% độ đặc hiệu ≥97% Tại khu vực có tỷ lệ lây nhiễm thấp, test kháng nguyên không đáng tin cậy Việc diễn giải kết xét nghiệm cần phải kết hợp với bối cảnh lâm sàng tiền sử dịch tễ Các test XN cần lựa chọn thẩm định cẩn thận, kèm việc tập huấn theo dõi kiểm tra chất lượng Các biến thể vi rút theo dõi sát sao, biến thể đáng lo ngại (VOC) phát có khả lây truyền cao hơn; quốc gia cần tiếp tục nỗ lực phát nhanh chóng báo cáo biến thể đáng quan tâm (VOI) biến thể đáng lo ngại (VOC) SARS-CoV-2 • • • • • Các tài liệu tham khảo • • • • • • • • • • • • Quyết định số 4042/QĐ-BYT ngày 21/09/2020 Bộ Y tế việc phê duyệt Kế hoạch xét nghiệm phát nhiễm SARS-CoV-2 giai đoạn dịch COVID-19 Overview of Testing for SARS-CoV-2 (COVID-19): https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/hcp/testing-overview.html Interim Guidance for Antigen Testing for SARS-CoV-2 https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/resources/antigen-tests-guidelines.html About Variants of the Virus that Causes COVID-19 https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant.html Diagnostic testing for SARS-CoV-2: https://www.who.int/publications/i/item/diagnostic-testing-for-sars-cov-2 Laboratory testing strategy recommendations for COVID-19: https://www.who.int/publications-detail/laboratorytesting-strategy-recommendations-for-covid-19-interim-guidance Antigen-detection in the diagnosis of SARS-CoV-2 infection using rapid immunoassays: https://www.who.int/publications/i/item/antigen-detection-in-the-diagnosis-of-sars-cov-2infection-using-rapidimmunoassays FDA COVID-19 Diagnostic lists: https://www.fda.gov/medical-devices/coronavirus-disease-2019-covid-19emergency-use-authorizations-medical-devices/vitro-diagnostics-euasv SARS-CoV-2 genomic sequencing for public health goals: https://www.who.int/publications/i/item/WHO-2019-nCoVgenomic_sequencing-2021.1