Tài liệu Hướng dẫn sử dụng HyperChem 7.04 doc

Muốn mở file nμo ta chỉ cần nhấp trái L-click chuột vμo file đó rồi nhấn tiếp vμo nút Open trên list Trên mμn hình sẽ hiện ra phân tử chứa trong file... Nhấp trái chuột vμo Rendering tro

Hướng dẫn sử dụng HyperChem

7.04

Bμi 1 Bắt đầu sử dụng phần mềm

Nhấp chuột vμo biểu tượng HyperChem, mμn hình lμm việc hiện lên như sau:

Thanh tiêu đề (title bar)

Biểu diễn tên file đang biểu diễn trên cửa sổ Nếu chưa lưu file thì tên sẽ lμ untitled

Thanh công cụ lựa chọn (menu bar)

Chứa các công cụ tính toán khác: File, Edit (hiệu chỉnh), Build (xây dựng), Databases (dữ liệu), Setup (đặt phương pháp tính), Compute (tính toán), Annotations (ghi chú, diễn giải), cancel (thoát), Script, vμ Help (trợ giúp)

Thanh biểu tượng công cụ (tool bar)

Chứa các công cụ cho phép ta vẽ, chọn, biểu diễn, vμ di chuyển các nguyên

tử, phân tử Phần bên phải thanh công cụ có chứa các công cụ giúp ta ghi chú thêm, lưu nhanh, cắt, dán, in, trợ giúp

Mμn lμm việc (workspace)

Lμ nơi biểu diễn hệ phân tử hiện tại

Dòng hiện trạng tính toán (status line)

Cho ta biết thông tin như lμ số nguyên tử trong một phân tử, hiện trạng tính toán, giá trị tính toán

ký tự tắt được gạch dưới trong mỗi lựa chọn Ví dụ để chọn tiếp select all ta nhấp chữ e trên bμn phím

menu Ctrl + F Di chuyÓn tiÕp (move forward) trong Annotations menu Ctrl + B Di chuyÓn trë l¹i (move backward) trong Annotations

menu Spacebar Di chuyÓn hÖ ph©n tö vμo trung t©m vμ biÓu diÔn theo tû

lÖ mμn lμm viÖc

F2 Tr¶ l¹i kiÓu biÓu diÔn lóc tr−íc (last rendering) trong

Display menu F9 Copy h×nh ¶nh (copy image) trong Edit menu Esc Nh− môc tho¸t (cancel) trªn thanh c«ng cô

C¸c c«ng cô quan träng trªn thanh céng cô

Các thao tác trên HyperChem

Mở một file ví dụ: Ví dụ mở file có đuôi HIN

1 Di chuyển con trỏ chuột đến File trên thanh công cụ

2 Nhấp trái chuột (L-click) vμo File mμn hình sẽ hiện ra nh− sau:

3 Nhấp trái chuột vμo Open Mμn hình sẽ hiện ra nh− sau:

4 Nếu mμn hình list vẫn còn các chất khác, có thể kéo thanh tr−ợt để tìm kiếm

Để kéo thanh tr−ợt ta nhấp trái biểu t−ợng chuột vμo thanh tr−ợt, giữ nguyên nh− thế vμ rê chuột theo chiều muốn kéo

5 Muốn mở file nμo ta chỉ cần nhấp trái (L-click) chuột vμo file đó rồi nhấn tiếp vμo nút Open trên list

Trên mμn hình sẽ hiện ra phân tử chứa trong file

Cách sử dụng Display Settings

Display settings chứa các lựa chọn để biểu diễn hệ phân tử trên trang lμm việc

Để mở Display menu ta thực hiện nh− sau

1 Nhấp trái chuột vμo biểu t−ợng Display trên thanh công cụ Mμn hình khi

đó hiện ra nh− sau:

Nhấp trái chuột vμo Labels trong Display Hộp thoại Labels hiện ra với các lựa chọn khác nhau, ta có thể lựa chọn hình thức nhãn biểu hiện của các nguyên tử trong hệ

Atoms

None Bỏ tất cả các nhãn

Symbol Biểu tượng nguyên tử, ví dụ C, O, N

Name Tên của nguyên tử theo ngân hμng dữ liệu, ví dụ

CA, CB đối với cacbon alpha vμ beta

Number Số thứ tự tạo nguyên tử

Type Kiểu nguyên tử, theo tác động của trường lực, ví

dụ CT đối với cacbon tứ diện trong trường lực AMBER

Charge Điện tích thực của nguyên tử

Spin Poputation

Tổng spin thực (alpha-beta) của một nguyên tử

Mass Khối lượng nguyên tử Basis set Tập hợp hμm cơ bản áp dụng cho nguyên tử Chirality R hoặc S

RMS Gradient Gía trị vô hướng của vectơ biến thiên mô tả trường

None Bỏ tất cả các nhãn Bond Length Độ dμi liên kết giữa các nguyên tử Bond Order Thứ tự liên kết tính toán theo cơ học lượng tử

Hình thức biểu diễn phân tử:

Ta hoμn toμn có thể biểu diễn các phân tử khác nhau trong hệ

Thay đổi hình thức biểu diễn:

1 Nhấp trái chuột vμo Rendering trong Display menu

Hộp thoại lựa chọn hiện ra như sau:

Nhấp trái chuột vμo một trong những hình thức biểu diễn, ví dụ chọn Balls and Cylinders (kiểu hình cầu vμ hình trụ) thì trên mμ hình các nguyên tử của

hệ được biểu diễn dưới dạng hình cầu, liên kết dạng hình trụ như sau:

Chú ý: HyperChem còn có các kiểu biểu diễn khác:

- Sticks: Kiểu que

- Balls : Kiểu hình cầu

- Overlapping Spheres: Kiểu hình cầu chồng lên nhau

- Dots: Kiểu chấm

- Sticks & Dots: Kiểu chấm - gạch

Đặt mầu nền trang lμm việc

Để đặt mμu nền trang lμm việc ta lμm nh− sau:

1 Nhấp trái chuột tích chọn Preferences trong File menu

2 Tích chọn mục Window Color trong hộp thoại Preferences Mμu ngầm

định cho trang lμm việc của HyperChem lμ mμu đen:

3 Tích chọn White rồi nhấp OK để xem biểu diễn mμu nền của mμn lμm việc Mμu nền lúc nμy lμ mμu trắng:

Chú ý: Nếu ta đặt mμu khác thì nền sẽ có mμu khác:

- Black: Mμu đen

- Blue: Mμu xanh nước biển

- Green: Mμu xanh da trời

- Cyan: Mμu lục lam

- Red: Mμu đỏ

- Violet: Mμu tía

- Yellow: Mμu vμng

- White: Mμu trắng

Đặt mμu sắc liên kết trong phân tử

1 Tích chọn Preferences trong File menu

2 Chọn mục Bond Color trong hộp thoại Preferences Tích chọn mμu mμ ta muốn đặt cho liên kết Ví dụ ta chọn mμu đen (Black) Hình ảnh biểu diễn trên mμn lμm việc sẽ nh− sau:

Chú ý: Tuỳ theo ta chọn mμu nμo, liên kết sẽ đ−ợc biểu diễn theo

mμu ấy HyperChem ngầm định mμu cho liên kết theo các nguyên tố,

nhờ đó ta có thể quan sát dễ dμng các liên kết khác nhau, tuy nhiên

điều đó không có lợi trong khi ta phải in đen trắng

Mμu sắc của nguyên tố

HyperChem ngầm định mμu sắc của các nguyên tố đặc tr−ng nh− sau:

Nguyên tố Mμu ngầm định

Cacbon Lục lam

Để đặt mμu mới cho nguyên tố ta lμm nh− sau:

1 Nhấp trái chuột chọn Element color trong Display menu

2 Nhấp trái chuột vμo tên nguyên tố muốn đổi mμu

3 Nhấp trái chuột vμo mμu muốn đổi

4 Nhấp OK để chọn

5 Để trở lại mμu ngầm định nhấp Revert

Đây lμ phần khá thú vị nếu ta muốn lấy hình ảnh của HyperChem chuyển qua trình ứng dụng khác, ví dụ nh− trình Word của Microsoft

1 Nhấp trái chuột chọn Preferences trong File menu Chọn mục Setup Image Hình ảnh hộp thoại lúc nμy nh− sau:

2 Đặt các lựa chọn nh− trên hình vẽ Nhấp OK để chọn

3 Nhấp F9 hoặc nhấp trái chuột chọn Copy Image trong Edit menu

4 Nhấp OK nếu HyperChem đặt ra câu cảnh báo nμo

Cả của sổ mμn lμm việc của HyperChem sẽ đ−ợc Copy Nếu ta dán qua Word thì sẽ thấy nh− sau:

Chú ý: HyperChem cho ta nhiều lựa chọn để copy hình ảnh

Top leve Copy cả các hộp thoại vμ menu kéo

xuống nếu ta nhấp vμo Copy image thay vì nhấp F9

Workspace Chỉ Copy phần mμn lμm việc

HyperChem Copy cả cửa sổ lμm việc HyperChem

Window

(Cửa sổ)

Full screen Copy cả mμn hình, kể cả các cửa sổ

khác

Bitmap Lưu kiểu file có đuôi bmp Dùng

mμu chuẩn Thích hợp lưu cho biểu diễn phân tử kiểu hình cầu, các biểu

đồ của tính toán điểm đơn, tính toán bán kinh nghiệm

RGB Bitmap Giống như bmp, dùng đủ 24 mμu

Khá hạn chế trong các ứng dụng khác không có chế độ 24 mμu

File format

(Kiểu file)

Metafile File đuôi mở rộng lμ wmf Thích

hợp để lưu với các kiểu biểu diễn phân tử như Sticks, Ball and Cylinder, Dots vμ Stick & Dots

File HyperChem lưu ảnh có phần đuôi lμ

.bmp hay wmf vμo trong file

Detination(Nơi

đặt file)

dạng đen trắng

Cursor Tích chọn để điểm trỏ chuột có

trong ảnh

Filename Dùng để đặt tên vμ vị trí file đặt ảnh

Thoát khỏi HyperChem

Có nhiều cách để thoát khỏi chương trình lμm việc

1 Nhấp trái chuột vμo Exit trong Menu file

2 Nhấp Alt + F4

Đọc thêm: Chương 1 trong HyperChem for Windows Reference Manual

Bμi 2 Vẽ vμ hiệu chỉnh

Vẽ nguyên tử vμ liên kết

Để vẽ nguyên tử ta cần có bảng lựa chọn các nguyên tố

Có hai cách để thực hiện điều nμy

1 Nhấp trái chuột vμo Default Element trong Menu Build

1 Nhấp liên tục hai lần chuột trái (Double-click) vμo công cụ Vù

Bảng lựa chọn các nguyên tố hiện ra nh− sau:

Để lựa chọn nguyên tố nμo ta chỉ việc nhấp trái chuột vμo nguyên tố đó

2 Muốn biết thuộc tính của từng nguyên tố ta chỉ việc nhấp vμo biểu t−ợng thuộc tính (Properties) trong thoại, bảng các thuộc tính của nguyên tố sẽ xuất hiện

Sau khi đã lựa chọn nguyên tố muốn vẽ, nhấp trái chuột lên mμn lμm việc ta

sẽ đ−ợc nguyên tố muốn vẽ

Mμn hình hiện ra có dạng nh− sau:

3 Muốn vẽ liên kết ta chỉ việc nhấn nút trái chuột vμ rê từ vị trí nμy đến vị trí khác muốn vẽ Nếu đầu kia lμ một nguyên tố khác thì ta phải lựa chọn nguyên tố lại sau đó cũng nhấn nút trái chuột vμ rê từ vị trí nguyên tố ban

đầu đến vị trí mμ nguyên tố thứ hai muốn biểu diễn

4 Để vẽ phân tử dạng vòng ta nhấn vμ rê chuột nối các nguyên tố với nhau

5 Tạo liên kết đôi, ba bằng cách nhấp trái chuột vμo chính liên kết đó

6 Tạo vòng liên hợp bằng cách nhấp liên tiếp hai lần chuột trái vμo liên kết vòng đã được vẽ

7 Thêm nhanh những nguyên tử Hydro còn thiếu trong phân tử, nếu có bằng cách nhấp liên tiếp hai lần chuột trái vμo biểu tượng công cụ lựa chọn trên thanh công cụ

Chọn nguyên tử (Selecting Atoms)

Trong phần nμy ta học những kỹ thuật cơ bản để lựa chọn một nguyên tử, nhóm nguyên tử hay một tập hợp nμo đó đang biểu diễn trên trang lμm việc

Để đặt các hình thức chọn có một số bước sau:

1 Nhấp trái chuột vμo Select menu Trên mμn hình hiện ra như sau:

2 Nếu các nguyên tử ch−a đ−ợc chọn thì hãy nhấp chuột trái vμo Atoms để chọn

Tiếp theo tắt chọn nhiều (Multiple Selections) bằng cách nhấp chuột trái bỏ dấu tích (√)

Khi ta tích chọn Atoms, đơn vị lựa chọn nhỏ nhất để chọn nguyên tử, với công cụ lựa chọn, khi đó ta có thể lựa chọn các nguyên tử, liên kết vμ góc riêng Giới hạn nμy vẫn hoạt động cho đến khi ta chọn Residures hoặc Molecules

Chú ý: Sử dụng lựa chọn Atoms nếu ta không muốn chọn các hợp phần hay các phân tử

Chọn nguyên tử

1 Nhấp trái chuột vμo công cụ lựa chọn (select) trên thanh công cụ, sau đó

di chuyển con trỏ xuống mμn lμm việc

2 Đặt con trỏ chuột vμo nguyên tử muốn chọn vμ nhấp trái chuột

Nguyên tử được chọn sẽ được khoanh vùng sáng hơn các nguyên tử khác

3 Muốn chọn liên kết nμo ta nhấp trái chuột vμo liên kết đó

4 Muốn chọn tất cả các nguyên tử trong mμn lμm việc, ta thực hiện bằng cách di chuyển chuột đến khoảng trống của trang lμm việc vμ nhấp phải chuột (R-click)

Chú ý: nguyên tử được lựa chọn được mô tả trên dòng hiện trạng:

Atom name Tên nguyên tử, xuất hiện khi chọn nguyên tử trong

protein hoặc amino axit

Force Field Trường lực áp dụng cho kiểu nguyên tử (amber,

mm+, bio+ hoặc opls)

Atom type Kiểu nguyên tử

Charge Điện tích nguyên tử

Atomic Toạ độ của nguyên tử theo hệ toạ độ của phân tử

Chọn nhóm nguyên tử

Để chọn một nhóm nguyên tử ta dùng kiểu chọn hình chữ nhật

1 Nhấp trái chuột vμo công cụ lựa chọn trên thanh công cụ

2 Nhấp đồng thời trái vμ phải chuột, giữa nh− vậy vμ rê tạo hình chữ nhật chứa các nguyên tử muốn chọn

3 Nhả chuột thì tất cả các nguyên tử trong hình chữ nhật đ−ợc chọn

Chọn thêm một nhóm nguyên tử

1 Nhấp trái chuột tích chọn Multiple select trong Select menu

2 Rê chuột chọn nhóm nguyên tử mới theo hình chữ nhật nh− trên

Chọn các hợp phần (Residures)

Khi ta tích chọn Residures, đơn vị lựa chọn nhỏ nhất để chọn các hợp phần Hợp phần phải có nguồn gốc từ Databases menu hoặc từ ngân hμng dữ liệu Protein HyperChem không nhận ra những hợp phần do ta vẽ từ các nguyên

tử

Chú ý: Nếu không có hợp phần nμo trong phân tử thì Residures hoạt

động nh− Atoms

Để chọn hợp phần ta có các cách sau:

1 Nhấp trái chuột vμo hợp phần ta muốn chọn Nếu công cụ lựa chọn chọn lên một phân tử, nó sẽ chọn hợp phần gần nhất với nó

2 Nhấp phải chuột vμo hợp phần để bỏ lựa chọn nó

3 Chọn Muiltiple trong Select menu để chọn nhiều mμ không phải loại bỏ bất kỳ lựa chọn nμo trước đó

4 Nhấp trái chuột vμo vùng trống trên mμn lμm việc để chọn tất cả các nguyên tử trong hệ phân tử Nhấp phải chuột vμo vùng trống mμn lμm việc để loại bỏ tất cả các lựa chọn

Loại bỏ lựa chọn

1 Nhấp phải chuột vμo nguyên tử đã chọn, nếu không muốn chọn nguyên tử

đó nữa

2 Nhấp phải chuột vμo giữa liên kết nếu muốn không chọn liên kết đó

3 Nhấp phải chuột vμo khoảng trống trong trang lμm việc để loại bỏ tất cả các nguyên tử đã chọn

Mμu sắc biểu diễn khi lựa chọn

Tích chọn mục Select Color trong hộp thoại Preferences Tích chọn Thick line (Đường đậm) thì khi lựa chọn các đường biểu diễn sự lựa chọn sẽ đậm hơn:

Chú ý: Khi ta chọn các mμu khác thì khi lựa chọn phần lựa chọn sẽ có

kiểu mμu tương ứng

Chọn phần bù (Complement Selection)

Ta thực hiện chọn phần bù để chọn tất cả những phần chưa được chọn vμ bỏ lựa chọn đối với phần đã chọn Cách thực hiện lμ nhấp vμo Complement

Selection trong Select menu

Hộp thoại lựa chọn (Select Dialog Box)

Ta thường quan tâm đến hộp thoại lựa chọn khi có sự lựa chọn đặc biêt, ví dụ như chỉ chọn nguyên tử nμo đó hoặc chỉ chọn một hợp phần nμo đó

By string Chọn nguyên tử với giá trị xác định theo một

chuỗi giá trị khác nhau Nhấp trái chuột vμo một

như lμ C, N, O, F

Atom Name Tên quy ước cho một nguyên tử trong amino axit

hoặc nucleic axit Chỉ áp dụng cho cho tên định nghĩa trong các mẫu đối với các thμnh phần của phân tử lớn Ví dụ lμ CA, 1HA, 2HA đối với cacbon alpha nối với hydro

Atom Type Kiểu nguyên tử trong cơ học phân tử như lμ CT,

HC

Residue Name Tên của một hợp phần amino axit hoặc nucleic

axit, như lμ GLY, ALA,

Basis Set Tập hợp hμm cơ bản tính theo Ab initio hoặc DFT

quy cho nguyên tử Ví dụ: 6-31G*

Chirality Sự bất đối xứng, R hoặc S, quy cho nguyên tử bất

đối

Named Selection Dãy các phần lựa chọn được đặt tên trước đó Dãy

nμy gồm có các lựa chọn định trước như lμ LINE, POINT vμ PLANE, có cả các tên theo biểu tượng nguyên tố quy ước như lμ C, N, O, F

Remove Loại bỏ phần lựa chọn được đặt tên nμo đó khỏi

list

By Number Chọn một nguyên tử theo một giá trị xác định

từ một dãy các giá trị số khác nhau Nhấp trái chuột vμo một nút để chọn kiểu số muốn chọn sau đó đánh giá trị số vμo các ô thích hợp ở bên phải

Atome Number Chọn nguyên tử theo số thứ tự tạo ra nó trong

phân tử

Residue Number Chọn hợp phần theo số thứ tự nối tiếp trong

phân tử

Molecule Number Theo thứ tự tạo phân tử

Atomic Mass Theo khối lượng nguyên tử Atomic Number Theo số thứ tự nguyên tử trong bảng hệ thống

Spin Population Chọn theo mật độ spin, dựa theo lượng electron

alpha (hướng lên) vμ electrong beta(hướng xuống)

Value Giá trị số dùng để đặt cho kiểu lựa chọn thích

hợp

For Molecule(s) Chọn tất cả các phân tử, nếu không tích thì sẽ

giới hạn theo list

Chọn theo chuỗi (String)

1 Chọn Select trong Select menu

2 Nhấp trái chuột chọn By String trong hộp thoại

3 Nhấp trái chuột vμo một trong các nút thích hợp

4 Nhấp trái chuột vμo một trong các giá trị biểu diễn ở ô bên phải

5 Nhấp OK để chọn

Chọn theo số

1 Chọn Select trong Select menu

2 Chọn By Number trong hộp thoại

3 Tích chọn vμo nút thích hợp để chọn

4 Đánh giá trị phù hợp theo khoảng hoặc xác định

5 Nếu tích chọn For Molecule (s) để xác định một tập hợp hoặc giới hạn các phân tử Nếu không tích chọn tất cả các phân tử lμ ngầm định

6 Nhấp OK để chọn

Tên phần lựa chọn (Name Selection)

Đặt tên phần lựa chọn giúp ta dễ dμng chọn lại chúng vμo lần sau Tên phần lựa chọn có thể lμ: POINT, LINE, PLANE, REACTANT, PRODUCT,

PLOT1, PLOT2, GHOST ATOMS, NMR ATOMS, QUANTUM ATOMS hoặc tên do ta đặt (tối đa 19 ký tự)

trục quán tính thứ nhất

PLANE Mặt phẳng tạo bởi trục thứ nhất vμ trục quán tính thứ

hai của các nguyên tử đã chọn

REACTANT Tên phần các nguyên tử chất phản ứng Dùng để tìm

trạng thái chuyển tiếp trong phản ứng Chỉ hoạt động khi ta chọn một nửa số nguyên tử trên mμn lμm việc

PRODUCT Tên các nguyên tử của sản phẩm Dùng để tìm trạng

thái chuyển tiếp Hoạt động đồng thời với Reactant

PLOT1 Tên chứa một tập hợp của 2, 3 hay 4 nguyên tử cùng

xác định một độ dμi liên kết, một góc liên kết hay một xoắn liên kết để xác định sự biến thiên thế năng trong không gian một chiều hoặc hai chiều

PLOT2 Dùng để xác định sự biết thiên thế năng trong không

gian hai chiều

GHOST

ATOMS

Chứa tập hợp các nguyên tử đ−ợc coi lμ các nguyên tử

mờ (ma) khi tính toán Ab initio hoặc DFT

NMR ATOMS Chứa các nguyên tử đ−ợc quy cho spin nhân vμ sử

dụng trong tính toán HyperNMR

QUANTUM

ATOMS

Chứa tập hợp các nguyên tử đ−ợc xác định lμ các nguyên tử l−ợng tử trong sự pha trộng giữa tính toán cơ học l−ợng tử vμ cơ học phân tử (MM/QM)

Other Tên do ta đặt

Xoá nguyên tử

Xoá một nguyên tử đơn hoặc một liên kết đơn

1 Nhấp trái chuột vμo công cụ vẽ trên thanh công cụ

2 Nhấp phải chuột vμo nguyên tử hoặc vμo giữa liên kết muốn xoá Khi đó nguyên tử hoặc liên kết sẽ biến mất

Xoá nhiều nguyên tử

1 Nhấp trái chuột vμo công cụ chọn trên thanh công cụ

2 Rê chuột chọn những nguyên tử muốn xoá

3 Nhấp trái chuột vμo Clear (xoá sạch) trong Edit menu

Hộp thoại xuất hiện hỏi có thực sự muốn xoá phần lựa chọn không

4 Chọn Yes nếu muốn xoá

5 Chọn No nếu không muốn xoá

Copy nguyên tử vμo bộ nhớ tạm thời (Clipboard)

1 Nhấp trái chuột vμo công cụ chọn trên thanh công cụ

2 Nhấp trái chuột vμo liên kết hoặc nguyên tử muốn chọn

3 Chọn Copy trong Edit menu

4 Chọn Paste trong Edit menu

Một bản copy của các nguyên tử đã chọn sẽ được dán vμo trong mμn lμm việc

Đặt điện tích hình thức cho nguyên tử trong hệ

Ta hoμn toμn có thể đặt điện tích hình thức cho một nguyên tử nμo đó trong phân tử Điện tích hình thức trong HyperChem định sẵn lμ các giá trị nguyên Nêú ta muốn đặt điện tích hình thức cho nguyên tử nμo đó thì cách lμm như sau:

1 Chọn nguyên tử muốn đặt điện tích hình thức

2 Nhấp trái chuột chọn Set Formal Charge trong Build menu

Hộp thoại lựa chọn xuất hiện như sau:

Ta có thể đặt điện tích hình thức thích hợp cho nguyên tử đã chọn

0-Neutral Trung tính

+1-Singly Positive Dương một

-1-Singly Negative Âm một

+2-Doubly Positive Dương hai

-2-Doubly Negative Âm hai

Nếu như nhiều nguyên tử được chọn thì Set Formal Charge không hoạt động, khi đó ta có kiểu đặt điện tích khác

Chú ý: Điện tích hình thức chỉ có ý nghĩa biểu diễn, không có giá trị tính

1 Chọn nguyên tử hay nhóm nguyên tử muốn đặt điện tích

Hộp thoại đặt điện tích xuất hiện:

Đánh giá trị điện tích thích hợp mμ ta muốn Nhấp OK để chọn

Khi đó các nguyên tử đã chọn sẽ có cùng điện tích mμ ta đánh vμo

Đặt khối lượng nguyên tử

Cách lμm tương tự như đặt điện tích nguyên tử ở trên, bằng cách nhấp trái chuột vμo Set mass trong Build menu

Đặt độ dμi liên kết

Đặt độ dμi liên kết cho phép ta đặt độ dμi liên kết đã chọn theo ý muốn

1 Nhấp chọn liên kết muốn đặt lại độ dμi

2 Nhấp chọn Set Bond Length trong Edit menu Đánh giá trị muốn đặt vμo hộp thoại lựa chọn

Nhấp OK để thực hiện thay đổi độ dμi liên kết đã chọn

Chú ý: Liên kết chọn để thay đổi không được lμ liên kết trong vòng

Đặt nhãn riêng

Ta có thể ghi chú nhãn tuỳ ý cho nguyên tử lựa chọn, cách lμm tương tự như

đặt điện tích nguyên tử trên Ta tích chọn Set Custom Label trong Build menu để mở hộp thoại vμ đánh nhãn mμ mình muốn vμo đó

Đặt kiểu nguyên tử (Atom Type)

Kiểu nguyên tử chỉ có ý nghĩa khi ta thực hiện tính toán theo cơ học phân tử, không có giá trị gì khi ta tính toán bán kinh nghiệm Kiểu nguyên tử cũng

được ngầm định theo các thiết lập định sẵn nếu ta không thay đổi gì Ta

không nên đặt lại kiểu nguyên tử nếu không rõ về nó

Cách đặt kiểu nguyên tử như cách đặt điện tích ở trên, ta chọn nguyên tử muốn đặt lại kiểu, tích chọn Compile Type Rules trong Build menu Hộp thoại lựa chọn xuất hiện vμ ta chọn kiểu nguyên tử mμ mình mong muốn

Đọc thêm: Atom types trang 177- chương 11-quyển Computational

Chemistry

Thay đổi các thuộc tính hình học

Cưỡng bức hình học

cho ta đ−ợc ngay hình học mong muốn, vì vậy đây lμ một trong những công

cụ hữu ích

Chú ý: C−ỡng bức hình học chỉ hoạt động khi một nguyên tử đ−ợc chọn

Để c−ỡng bức hình học ta lμm nh− sau:

1 Chọn một nguyên tử trong hệ

2 Tích chọn Constrain Geometry trong Build menu

Hộp thoại lựa chọn xuất hiện:

3 Tích chọn hình thức c−ỡng bức mμ ta muốn, nhấp OK để chọn

4 Loại bỏ lựa chọn nguyên tử

5 Nhấp vμo Model Build để thực hiện c−ỡng bức đã chọn

Tất cả các góc liên kết nối với nguyên tử đ−ợc chọn sẽ chịu c−ỡng bức

Linear C−ỡng bức hai liên kết tạo góc 1800.

Trigonal C−ỡng bức tạo mặt phẳng tam giác, mỗi cặp

liên kết tạo góc 1200

Tetrahedral C−ỡng bức tạo tứ diện, mỗi cặp liên kết tạo

góc 109.470

Square Planar C−ỡng bức tạo mặt phẳng, mỗi cặp liên kết

liền nhau tạo tạo góc 900

Bipyramidal Tạo hai chóp tam giác chồng lên nhau

Octahedral Tạo bát diện

Cưỡng bức độ dμi liên kết

Ta có thể giới hạn độ dμi liên kết theo ý muốn

Cách lμm như sau:

1 Chọn liên kết muốn thay đổi độ dμi

2 Nhấp chọn Constrain Bond Length trong Build menu

Hộp thoại lựa chọn xuất hiện:

3 Tích chọn Other vμ đánh giá trị độ dμi mong muốn vμo Nhấp OK để chọn

4 Bỏ chọn liên kết

5 Nhấp chọn Model Build trong Build menu để thực hiện cưỡng bức liên kết

Chú ý: Việc cưỡng bức liên kết luôn ảnh hưởng đến tính toán, ta chỉ nên đặt

khi thấy cần thiết

Để loại bỏ cưỡng bức ta chọn lại liên kết, tích chọn Computed trong hộp thoại cưỡng bức vμ thực hiện như với cách cưỡng bức trên

Cưỡng bức góc liên kết

Hộp thoại lựa chọn xuất hiện:

3 Tích chọn kiểu góc muốn thay đổi Nhấp OK để chọn

4 Bỏ chọn góc liên kết

5 Nhấp chọn Model Build để thực hiện cưỡng bức

Chú ý: Việc cưỡng bức góc liên kết có ảnh hưởng đến giá trị tính toán

Để loại bỏ cưỡng bức ta lμm tương tự như khi cưỡng bức nhưng tích chọn Computed trong hộp thoại lựa chọn

Các kiểu lựa chọn góc như sau:

Bμi 3 Tạo những phân tử nhỏ trong không gian hai chiều (2D) vμ ba chiều (3D)

• Cách vẽ phân tử trong không gian hai chiều

• Hiệu chỉnh liên kết vμ các nguyên tử

• Biểu diễn phân tử trên không gian ba chiều

• Lưu cấu trúc phân tử

Vẽ phân tử trên không gian hai chiều

1 Nhấp hai lần liên tiếp trái chuột (Double-click) vμo công cụ vẽ

Hộp thoại lựa chọn nguyên tố sẽ hiện ra

2 Tích (4) trong phần Allow Arbitrary Valence, vμ bỏ tích trong phân Explicit Hydrogens

Nếu ta không bỏ tích Explicit Hydrogens, thì hydro luôn tự động thêm vμo

3 Chọn nguyên tố muốn vẽ, ở đây lấy ví dụ chọn Carbon

4 Nhấp trái chuột, giữ vμ rê đến các điểm theo công thức phân tử muốn vẽ

Lưu bức vẽ vμo trong một File

Trước khi thực hiện sửa đổi bức vẽ, ta hãy lưu bức vẽ lại Điều nμy giúp ta không phải vẽ lại bức vẽ ban đầu nếu trong quá trình chỉnh sửa bị hỏng

Cách lưu như sau

1 Nhấp trái chuột vμo Save (lưu) trong File menu

HyperChem sẽ hiện lên hộp thoại có dạng như sau:

2 Đánh tên file mμ bạn muốn đặt vμo mục File name

3 Đặt kiểu đuôi HIN để lưu dạng ảnh trong phần Save as type

4 Nhấp trái chuột vμo nút Save để lưu file

Lúc nμy hộp thoại lưu tự động thoát vμ ta đã có được hình ảnh phân tử hiện tại đã lưu

5 Những thao tác lúc sau trên phân tử đã vẽ, muốn lưu ta chỉ việc nhấp vμo Save Nếu muốn lưu vμo tên file khác thì ta nhấp vμo Save as trong File menu

Thay đổi hình thức liên kết

Việc sửa đổi giúp ta có thể biểu diễn phân tử có chứa các liên kết đôi, ba hay

lμ tạo vòng benzen

1 Nhấp trái chuột vμo công cụ vẽ

2 Để tạo liên kết đôi ta chỉ việc nhấp trái chuột vμo giữa liên kết đơn đã tạo ra

3 Tạo liên kết ba bằng cách nhấp tiếp trái chuột vμo liên kết đôi đã tạo ra

4 Chú ý: Muốn sửa trở lại thμnh liên kết đơn ta chỉ việc lần l−ợt nhấp phải

chuột vμo giữa liên kết đôi, ba đã tạo ra.Tạo vòng benzen bằng cách nhấp liên tiếp hai lần trái chuột vμo mạch vòng

BiÓu diÔn nguyªn tö d−íi c¸c d¹ng nh·n kh¸c nhau

Ta hoμn toμn cã thÓ biÓu diÔn c¸c nguyªn tö trªn trang lμm viÖc d−íi d¹ng biÓu t−îng, tªn, ®iÖn tÝch, khèi l−îng cña nã

C¸ch biÓu diÔn nh·n nguyªn tö

1.NhÊp tr¸i chuét vμo Labels trong Display menu

2 Tích vμo kiểu nhãn mμ ta muốn biểu diễn

3 Nhấp trái chuột vμo OK để chọn

Nếu ta chọn kiểu biểu tượng (symbol) thì trên mμn lμm việc các nguyên

tử sẽ được biểu diễn dưới dạng biểu tượng

Chỉnh sửa các nguyên tử

Nếu trong phân tử đã vẽ, ta muốn thay đổi nguyên tố nμy thμnh nguyên tố khác thì cách lμm như sau

1 Nhấp hai lần trái chuột vμo công cụ vẽ trên thanh công cụ

Bảng các nguyên tố sẽ hiện ra

2 Chọn nguyên tố muốn thay thế Ví dụ chọn oxi

3 Nhấp trái chuột vμo nguyên tử muốn thay thế trong phân tử đã vẽ Ví dụ như cacbon