Quản lý vận hành và bảo dưỡng sau ĐTXDCT là một trong những yếu tố quan trọng đảm bảo các công trình thuỷ lợi hoạt động hiệu quả và bền vững. Tuy nhiên, quản lý vận hành và bảo dưỡng bền vững CTTL là một quá trình phức tạp, chịu sự tác động của nhiều yếu tố về thể chế, tài chính, kỹ thuật, xã hội, điều này lại càng trở nên khó khăn hơn đối với những CTTL nhỏ, lẻ ở vùng sâu, vùng xa như của tỉnh Cao Bằng.
Trong giai đoạn quản lý vận hành để nâng cao chất lượng và tuổi thọ công trình sau đầu tư, công tác QLCL sau đầu tư cần đẩy mạnh một số nội dung sau:
Tăng cường hoạt động tuyên truyền, phổ biến hiệu quả, lợi ích, giá trị thiết thực, ý nghĩa lâu dài của công trình mang lại cho cộng đồng người hưởng lợi và địa phương.
Phân cấp quản lý CTTL sau đầu tư phải gắn với tổ chức quản lý khai thác sử dụng công trình,đồng thời gắn liền với phân cấp tỷ lệ kinh phí cấp bù miễn thu thuỷ lợi phí tương ứng. Người hưởng lợi có trách nhiệm nộp kinh phí phục vụ quản lý, vận hành, duy tu bảo dưỡng công trình và kênh mương từ sau cống đầu kênh của tổ chức hợp tác dùng nước tới mặt ruộng theo quy định hiện hành của chính sách thuỷ lợi phí.
Thực tế lâu nay tình trạng các CTTL xuống cấp nhanh chóng chỉ sau vài năm đầu tư diễn ra phổ biến trên hầu hết các huyện trong tỉnh, nguyên nhân là do chúng ta chỉ quan tâm đến quá trình "đầu tư xây dựng" mà ít để ý đến giai đoạn "khai thác, vận hành". Do vậy, cần xác định đơn vị tổ chức quản lý CTTL và mô hình hoạt động trước khi thực hiện chuyển giao công trình, tránh tình trạng chuyển giao cho
các đơn vị hành chính (xã, xóm) để rồi lại dẫn đến tình trạng nhiều CTTL vô chủ như hiện nay, không đảm bảo tính hiệu quả và bền vững.
Tổ chức nghiên cứu, đề xuất các mô hình quản lý nước có sự tham gia của người dùng nước, vận dụng các mô hình quản lý của các tỉnh có đặc điểm tương tự, thực hiện phân cấp quản lý sau đầu tư. Đây là một vấn đề còn tồn tại nhức nhối lâu nay mà chưa có hướng giải quyết phù hợp, mô hình tổ chức quản lý, khai thác lại là một trong những yếu tố quyết định đến chất lượng lâu dài và sự thành công của công tác quản lý.
Các công trình có quy mô tưới lớn, nên giao cho công ty TNHH MTV Thủy nông Cao Bằng tổ chức khai thác và quản lý.Tuy nhiên, cần phân định rõ trách nhiệm quản lý khai thác công trình giữa công ty với các cá nhân, tổ chức khác liên quan (về du lịch, nuôi trồng thủy sản), đặc biệt trong vận hành, bảo vệ, duy tu bảo dưỡng nhằm bảo đảm an toàn công trình.
Đối với các CTTL nhỏ, lẻ, phân tán (cấp xã, xóm): Thành lập các hội dùng nước với sự hỗ trợ về kỹ thuật, tài chính ban đầu của các cơ quan chuyên môn, hội dùng nước sẽ giao cho một tổ, đội hoặc một cá nhân trực tiếp quản lý, vận hành.
Tổng kết, đánh giá, rút kinh nghiệm các mô hình mẫu [16], điều chỉnh và nhân rộng mô hình, ápdụng cho những nơi có điều kiện phù hợp.
Các đơn vị được giao quản lý và sử dụng công trình phải thực hiện đầy đủ các nội dung trong việc bảo trì, bảo dưỡng, sửa chữa theo trách nhiệm được giao.