Thẩm quyền thi hành quyết định trọng tài thuộc Cục thi hành án cấp tỉnh nơi có trụ sở, nơi cư trú hoặc nơi có tài sản của bên phải thi hành. Nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể được quy định tại tại Điều 14 Luật thi hành án dân sự năm 2008.
Trong quá trình hoạt động, mô hình tổ chức và hoạt động của các cơ quan thi hành án dân sự nói chung còn có nhiều điểm chưa thật sự hợp lý.
Cơ chế quản lý hoạt động thi hành án còn lắm đầu mối nên công tác quản lý bị chia cắt quá nhiều, trong khi đó thẩm quyền quản lý còn nhiều điểm bất hợp lý, chưa cụ thể, chưa rõ ràng hoặc chồng chéo, trùng lặp nhất là trong hoạt động thanh tra, kiểm tra đối với công tác thi hành án dân sự. Vị trí, thẩm quyền của cơ quan thi hành án dân sự chưa tương xứng với nhiệm vụ được giao nhất là trong mối quan hệ với các cơ quan tố tụng như công an, tòa án, kiểm sát.
Sự thiếu tập trung, thống nhất trong công tác quản lý thi hành án đã làm cho công tác thông kê, báo cáo, tổng kết thực tiễn để kịp thời đề ra những chủ trương và chính sách phù hợp với thực tiễn, tăng cường hiệu lực và hiệu quả của công tác chỉ đạo, điều hành thống nhất, nhanh nhạy đối với hoạt động thi
hành án gặp nhiều khó khăn làm hạn chế công tác thi hành án dân sự nói chung và công tác thi hành quyết định trọng tài thương mại nói riêng.
Xuất phát từ tính chất của thi hành án là dạng hoạt động hành chính – tư pháp, có tính đặc thù nên đòi hỏi phải có cơ chế quản lý phù hợp và mô hình tổ chức thi hành án đặc thù nhằm đảm bảo thực hiện nguyên tắc: “Các bản án và quyết định của TAND đã có hiệu lực pháp luật phải được các cơ quan nhà nước, tổ chức kinh tế, tổ chức xã hội, các đơn vị vũ trang nhân dân và mọi công dân tôn trọng, những người và đơn vị hữu quan nghiêm chỉnh thi hành”.