Bên cạnh những kết quả đã đạt được nêu trên, việc thực thi pháp luật bảo vệ môi trường đô thị tại địa bàn thành phố Hà Nội vẫn còn tồn tại những hạn chế, yếu kém, đó là:
Thứ nhất, công tác quy hoạch bảo vệ môi trường đô thị còn nhiều bất cập, cụ thể là:
- Quy hoạch phát triển đô thị thường có tầm nhìn ngắn hạn trong khi quá trình đô thị hóa diễn ra nhanh, mạnh, làm nhiều nhà máy, xí nghiệp sản xuất công nghiệp, các khu công nghiệp trước đây nằm ngoài thành phố nay đã lọt vào giữa các khu dân cư đông đúc. Việc quy hoạch, bố trí các nhà máy, khu công nghiệp mới chưa được tính toán đầy đủ đến các yếu tố bảo vệ môi trường đối với đô thị. Đó có thể là nguồn gây ô nhiễm đối với môi trường đô thị.
Hiện tượng ngập úng đô thị rất nghiêm trọng xảy ra tại Hà Nội cuối năm 2008 và năm 2010 vừa qua cũng là một minh chứng cho những sai lầm trong quy hoạch phát triển đô thị. Trong trận mưa lớn (tổng lượng nước mưa phổ biến từ 350 - 550mm) hai ngày 31/10 và 01/11/2008 tại Hà Nội có 50 điểm úng ngập nặng với độ sâu trên dưới 1m, chiều dài từ 100 - 300m; nhiều tuyến đường, nhiều khu vực nội và ngoại thành chìm sâu trong nước, nhiều điểm sau 5 ngày mới thoát hết nước ngập. Còn trận mưa xảy ra ngày 13/7/2010 với lượng mưa phổ biến trên 100mm đã làm nhiều tuyến phố, khu dân cư của Hà Nội chìm trong biển nước; nhiều điểm ngập úng từ 0,3 - 0,4m, có đến 23 điểm ngập sâu như phố Phan Bội Châu, Lý Thường Kiệt... [7, 8].
Những năm gần đây, nhiều ao, hồ, các khu đất trũng (đất ngập nước) bị san lấp, cống hóa nhiều dòng sông, mương, kênh, rạch thoát nước để xây dựng đô thị. Mật độ xây dựng công trình quá cao, thu hẹp bề mặt thấm nước
mưa, nên nước mưa chảy tràn bề mặt lớn. Mạng lưới cống thoát nước mưa, nước thải ở các đô thị vẫn là hệ thống chung, vừa nhỏ, vừa lạc hậu, mang tính chắp vá, không đủ khả năng thoát nước mưa; thường xuyên bị bồi lắng đất cát, không được nạo vét thường xuyên, gây tắc nghẽn dòng chảy. Hệ thống xử lý và thoát nước thải sinh hoạt vốn đã yếu kém, khi quy hoạch cải tạo, mở rộng đô thị lại không chú ý thích đáng đến đầu tư xây dựng, cải tạo, nâng cấp hệ thống xử lý và thoát nước thải đô thị, hầu hết các nguồn nước thải sinh hoạt đều không được xử lý, đổ thẳng vào nguồn tiếp nhận. Nhiều khu vực trong đô thị khi quy hoạch xây dựng khu dân cư chưa tính đến phương án thoát nước, chống ngập úng khi lượng mưa tăng cao bất thường. Hiện tượng ngập úng đô thị là một trong những nguyên nhân chính gây ô nhiễm môi trường, ảnh hưởng đến cuộc sống và sức khỏe con người do thiếu nước sạch sinh hoạt.
- Chưa thu hút được sự tham gia rộng rãi của cộng đồng, các chuyên gia cũng như những người tâm huyết, hiểu rõ điều kiện thủy văn, địa lý, địa lợi và dự báo sự phát triển lâu dài của từng dự án quy hoạch. Vì vậy, vẫn còn hiện tượng ở Hà Nội đường giao thông vừa làm xong lại đào lên chôn ống nước, cắm trụ điện gây ô nhiễm môi trường, cản trở giao thông, gây tai nạn và lãng phí tiền của của nhân dân.
Thứ hai, việc thực thi pháp luật về yêu cầu đối với bảo vệ môi trường tại đô thị còn một số hạn chế như:
- Hệ thống công trình hạ tầng, kết cấu hạ tầng bảo vệ môi trường tại địa bàn thành phố Hà Nội vẫn còn nhiều bất cập, chưa đảm bảo tuân thủ đúng yêu cầu của pháp luật về quy hoạch bảo vệ môi trường đô thị. Ví dụ như tại một số khu đô thị mới hiện nay còn tồn tại những bãi rác tự phát gây mất vệ sinh môi trường, mỹ quan đô thị. Ban đầu, do một số tài xế chở phế thải xây dựng từ các công trình xây dựng xung quanh đó đổ bừa bãi, lâu ngày do không
được quan tâm xử lý nên nơi đây trở thành bãi rác công cộng. Các khu đô thị này mới được quy hoạch xây dựng nhưng hệ thống công trình thu gom, tập kết xử lý rác thải sinh hoạt lại chưa có đủ để đáp ứng nhu cầu của người dân, không đảm bảo các yêu cầu vệ sinh môi trường, cảnh quan đô thị.
- Các nơi công cộng như công viên, khu vui chơi giải trí còn chưa đáp ứng đủ nhu cầu của người dân nên vào một số ngày nghỉ, lễ tết nhiều điểm vui chơi giải trí trở nên quá tải như công viên Thủ Lệ, công viên nước Hồ Tây... Hệ quả là công tác thu gom rác thải tại các khu công cộng này không thể xử lý triệt để, nhanh chóng, gây ô nhiễm môi trường.
- Ở một số khu vực dân cư trong nội thành hiện nay vẫn chưa có hệ thống cấp nước phục vụ sinh hoạt, sản xuất mà hàng ngày người dân phải đợi nước sạch từ các xe téc do công ty kinh doanh nước sạch cung cấp.
- Vấn đề công viên, cây xanh tại đô thị bị xem nhẹ, trong khi hệ thống cây xanh đô thị có vai trò hết sức to lớn trong việc điều hòa khí hậu, bảo vệ môi trường và kiến trúc cảnh quan.
Hệ thống cây xanh đô thị của Hà Nội vẫn chưa đáp ứng được yêu cầu về môi trường và tạo cảnh quan đô thị, diện tích đất cây xanh trên đầu người quá nhỏ, cơ cấu cây trồng chưa hợp lý (diện tích đất cây xanh vừa có khả năng lưu giữ nước, vừa tăng cường thấm thoát nước, hấp thụ bụi và CO2, cải thiên vi khí hậu đô thị. Tiêu chuẩn đất cây xanh sử dụng công công là 12 - 15 m2/người, trong khi đó ở Hà Nội, chỉ tiêu đất cây xanh thực tế chỉ đạt 2,0 m2/người [7, 7].
Thứ ba, việc thực hiện bảo vệ môi trường tại nơi công cộng và tại mỗi hộ gia đình, khu dân cư chưa thực sự tốt, bởi ý thức bảo vệ môi trường của cộng đồng dân cư còn hạn chế. Dự án phân loại rác tại nguồn chưa được thực hiện triệt để, tại một số địa bàn dân cư chưa có đủ các thiết bị thu gom để phân loại rác.
Thứ tư, vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường đô thị vẫn tiếp tục xảy ra. Bởi ý thức bảo vệ môi trường của người dân chưa cao, thường đổ rác, phế thải không đúng thời gian và địa điểm qui định. Các cơ sở sản xuất, kinh doanh, khu công nghiệp cũng ít quan tâm đến vấn đề bảo vệ môi trường, thiếu sự đầu tư cho các hệ thống xử lý môi trường do thường đặt lợi ích kinh tế lên trên hết. Do đó, tình trạng vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường vẫn còn khá phổ biến.
Theo Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội, năm 2009, toàn thành phố đã thanh kiểm tra 267 cơ sở thì phát hiện 256 cơ sở vi phạm, phạt tiền hơn 3,2 tỷ đồng. Sáu tháng đầu năm 2010, Sở Tài nguyên và Môi trường đã kiểm tra 85 cơ sở và khu công nghiệp, xử phạt 50 cơ sở vi phạm, số còn lại đang hoàn thiện hồ sơ để xử lý. Các vi phạm thường gặp là thực hiện không đúng, không đầy đủ cam kết của Báo cáo đánh giá tác động môi trường, chưa xây dựng các hệ thống xử lý chất thải như cam kết hoặc có trạm xử lý nhưng không đạt yêu cầu, thậm chí là có trạm xử lý nhưng không vận hành hoặc vận hành không thường xuyên...[40].