Lý thuyết về đại diện cho rằng, nếu cả hai bên trong mối quan hệ giữa cổ đông và người quản lý công ty đều muốn tối đa hóa lợi ích của mình, thì có cơ sở để tin rằng người quản lý công ty sẽ không luôn luôn hành động vì lợi ích tốt nhất cho người chủ, tức các cổ đông và công ty [36, tr. 59]. Với vị trí của mình, người quản lý công ty được cho là luôn có xu hướng tư lợi và không đủ siêng năng, mẫn cán, và có thể tìm kiếm các lợi ích cá nhân cho mình hay người thứ ba của mình chứ không phải cho công ty.
Các đặc tính tự nhiên của quan hệ đại diện dẫn đến giả thiết rằng, các cổ đông cần thường xuyên giám sát hoạt động của người quản lý công ty nhằm đảm bảo lợi ích của mình. Học thuyết về đại diện nhấn mạnh rằng, các cổ đông cần phải sử dụng các cơ chế thích hợp để có thể hạn chế sự phân hóa lợi ích giữa cổ đông và người quản lý công ty, bằng cách (i) thiết lập những cơ chế đãi ngộ thích hợp cho các nhà quản trị, và (ii) thiết lập cơ chế kiểm soát hiệu quả để hạn chế những hành vi không bình thường, tư lợi của người quản lý công ty.
Người quản lý công ty luôn có xu hướng tìm kiếm lợi ích cá nhân cho họ hơn là luôn hành động vì lợi ích chung của công ty và các cổ đông. Bởi vậy, cùng với một chế độ tiền lương và thù lao thích hợp, cơ chế thông tin và giám sát hiệu quả hoạt động của người quản lý công ty là một yếu tố rất quan trọng để hạn chế bớt khả năng tư lợi của người quản lý công ty và để họ biết giữ thái độ trung thành và hành động vì lợi ích của công ty. Cũng vì thế, luật công ty của các quốc gia đều đề cao cơ chế giám sát trong các công ty có nhiều cổ đông, đặc biệt là các công ty niêm yết.
Một thực trạng khá phổ biến hiện nay là phương pháp quản trị của nhiều công ty còn lỏng lẻo, khi các công ty nhỏ được quản trị theo kiểu gia đình, còn những công ty lớn lại phân quyền điều hành cho cấp dưới mà thiếu sự kiểm tra đầy đủ. Cả hai mô hình này đều dựa trên sự tin tưởng cá nhân và thiếu những quy chế thông tin, kiểm tra chéo giữa các bộ phận để phòng ngừa gian lận.
Thiết lập một hệ thống kiểm soát nội bộ chính là xác lập một cơ chế giám sát mà ở đó công ty không quản lý bằng lòng tin, mà bằng những quy định rõ ràng nhằm:
Giảm bớt nguy cơ rủi ro tiềm ẩn trong hoạt động kinh doanh (sai sót vô tình gây thiệt hại, các rủi ro làm chậm kế hoạch, tăng giá thành, giảm chất lượng sản phẩm...);
Bảo vệ tài sản khỏi bị hư hỏng, mất mát, hao hụt, gian lận, lừa gạt, trộm cắp…
Đảm bảo tính chính xác của các số liệu kế toán và báo cáo tài chính; Đảm bảo mọi thành viên tuân thủ nội quy của công ty cũng như các quy
định của luật pháp;
Đảm bảo sử dụng tối ưu các nguồn lực và đạt được mục tiêu đặt ra;
Bảo vệ quyền lợi của nhà đầu tư, cổ đông và gây dựng lòng tin đối với họ.
Chức năng kiểm soát trong quản trị nội bộ công ty cổ phần được cụ thể thông qua các hoạt động giám sát cụ thể:
Kiểm soát toàn bộ hệ thống tài chính và việc thực hiện các quy chế của công ty: Kiểm tra tính hợp lý, hợp pháp, tính trung thực và mức độ cẩn trọng trong quản lý, điều hành hoạt động kinh doanh, trong tổ chức công tác kế toán, thống kê và lập báo cáo tài chính.Thẩm định báo cáo tình hình kinh doanh, báo cáo tài chính theo các định kỳ của công ty, báo cáo
đánh giá công tác quản lý của Hội đồng quản trị lên Đại hội đồng cổ đông tại cuộc họp thường niên.
Xem xét sổ kế toán và các tài liệu khác của Công ty, các công việc quản lý, điều hành hoạt động của Công ty bất cứ khi nào nếu xét thấy cần thiết hoặc theo quyết định của Đại hội đồng cổ đông theo yêu cầu của cổ đông hoặc nhóm cổ đông.
Kiểm tra bất thường: Khi có yêu cầu của cổ đông hoặc nhóm cổ đông, Ban Kiểm soát thực hiện kiểm tra trong thời hạn bảy ngày làm việc, kể từ ngày nhận được yêu cầu. Trong thời hạn mười lăm ngày,kể từ ngày kết thúc kiểm tra, Ban kiểm soát phải báo cáo giải trình về những vấn đề được yêu cầu kiểm tra đến Hội đồng quản trị và cổ đông và nhóm cổ đông có yêu cầu .
Can thiệp vào hoạt động công ty khi cần: Kiến nghị Hội đồng quản trị hoặc Đại Hội đồng Cổ đông các biện pháp sửa đổi, bổ sung, cải tiến cơ cấu tổ chức quản lý, điều hành hoạt động kinh doanh của công ty.
Khi phát hiện có thành viên Hội đồng quản trị hoặc Đại hội đồng Cổ đông, Tổng Giám đốc vi phạm nghĩa vụ của người quản lý công ty phải thông báo ngay bằng văn bản với Hội đồng quản trị, yêu cầu người có hành vi vi phạm chấm dứt hành vi vi phạm và có giải pháp khắc phục hậu quả.