Từ những thập niờn đầu của thế kỷ XX cỏc nhà khoa học phõn chia sự sống thành hai giới là
động vật và thực vật, cỏc vi khuẩn được xếp vào giới thực vật. Mói đến 1969, Whitaker chia toàn bộ
sự sống ra làm 5 giới: Monera (hay prokaryote), Protista (tức Protozoa hay động cật nguyờn sinh),
Plantae (thực vật), Fungi (nấm) và Animalia (động vật).
Tuy nhiờn, vào cuối thập niờn 1970, Carl Woese dựa vào kết quả cỏc nghiờn cứu của mỡnh về
trỡnh tự cỏc gen ARN ribosome (rARN) của nhiều sinh vật khỏc nhau đó đi đến kết luận rất mới, đú là: Một lớp cỏc sinh vật mà lõu nay được xếp vào nhúm vi khuẩn (bacteria) lại cú cỏc gen rARN giống với cỏc eukaryote hơn là cỏc vi khuẩn như E. coli. Carl Woese đặt tờn cho chỳng là
archaebacteria (vi khuẩn cổ), để phõn biệt với cỏc vi khuẩn thật hay eubacteria. Ngày càng cú
nhiều bằng chứng sinh học phõn tử tớch lũy được thỡ vấn đề này càng trở nờn rừ ràng, ở chỗ: Archaebacteria cần phải được tỏch thành một nhúm riờng. Vỡ vậy Woese đó đổi tờn chỳng thành
archaea.
Ngày nay chỳng ta đều biết rằng, tất cả sự sống được gộp vào 3 siờu giới hay vực (domain),
đú là: bacteria, eukaryota và archaea (Hỡnh 2.1). Mặc dự về mặt vật lý, archaea giống như cỏc vi khuẩn, nhưng một số khớa cạnh sinh học phõn tử thỡ chỳng tỏ ra giống với cỏc eukaryota hơn.
Hỡnh 2.1. Sơđồ ba siờu giới hay là cõy phỏt sinh sự sống.
Điều đỏng núi ởđõy là cỏc archaea sinh sống ở những vựng khắc nghiệt nhất trờn trỏi đất. Một số trong chỳng là cỏc thermophile, nghĩa là cỏc sinh vật “ưa nhiệt” (“heat-lovers”); chỳng cú thể
sinh sống được tại cỏc khu vực núng bức với nhiệt độ trờn 1000C gần cỏc cỏc rónh nứt địa nhiệt sõu dưới lũng đại dương hay cỏc suối nước núng ở Cụng viờn Quốc gia Yellowstone (Yellowstone National Park, Mỹ). Một số khỏc là cỏc halophile (cỏc sinh vật “ưa thớch halogen”; halogen-lovers); chỳng cú thể chống chịu được nồng độ muối rất cao mà thường thỡ cỏc sinh vật khỏc khụng thể sống
được. Và một nhúm khỏc nữa là cỏc methanogen, nghĩa là sinh vật sản xuất methan (“methane- producers”) mà mụi trường sống của chỳng là dạ dày của bũ; điều đú giải thớch tại sao cỏc con bũ lại là nguồn sinh khớ methane tốt đến vậy.
Do tớnh chất đặc thự của bộ mụn, trong giỏo trỡnh này chỳng ta đề cập chủ yếu vẫn là hai nhúm đầu, đú là: cỏc sinh vật nhõn sơ và sinh vật nhõn chuẩn, thường gọi là prokaryote và eukaryote, bởi vỡ chỳng được nghiờn cứu kỹ nhất. Dự vậy ở chương cuối cũng cú núi đến loài archaea mà từ đú Kary Mullis đó chiết xuất và sử dụng enzyme Taq-polymerase DNA để tạo dũng
ADN in vitro, gọi là phương phỏp PCR. Và cũng biết rằng Methanococcus jannaschii (thuộc nhúm archaea) là một trong những sinh vật đầu tiờn cú bộ gen được xỏc định trỡnh tựđầy đủ.