Phương pháp MEKC là một phương pháp phân tích hiện đại cho độ tin cậy và hiệu quả tách cao. Phương pháp có thể tiến hành trên nhiều đối tượng khác nhau bao gồm cả chất mang điện và chất trung tính. Phương pháp có một số đặc điểm cơ bản:
- Lượng mẫu phân tích nhỏ, tốc độ phân tích nhanh, thao tác đơn giản hơn so với kỹ thuật HPLC.
- Dung dịch pha động cũng như mẫu phân tích thường được pha trong nước đã loại trừ ion và sử dụng ít, ít tốn kém, ít độc hại.
- Có hiệu lực tách các chất rất cao
- Điện thế sử dụng rất cao (10 – 100kV), có thể thay đổi được để thời gian di chuyển hợp lý.
- Có khả năng tự động hóa nên dễ dàng tiến hành với một số lượng mẫu lớn. - Cột tách là ống mao quản nhỏ, rẻ, dễ tái sinh hơn so với HPLC.
Tuy nhiên, phương pháp này cũng có một số nhược điểm:
- Do flowcell nằm ngay trên mao quản nên độ nhạy của phương pháp thấp hơn nhiều so với các phương pháp khác. Giới hạn của nó cỡ mg/l đối với detector UV-VIS, DAD. Trong khi đó các phương pháp khác như HPLC có giới hạn nhỏ hơn nhiều.
- Máy làm việc dưới điện thế cao nên phải cẩn thận khi làm việc.
- Lượng mẫu sử dụng nhỏ là một ưu điểm của phương pháp, đồng thời cũng là nhược điểm của nó. Lượng mẫu nhỏ có thể dẫn đến sai số lớn khi phân tích mẫu có hàm lượng cao do hệ số pha loãng cao. Đối với mẫu có hàm lượng nhỏ, khi tăng thời gian phân tích thì gây ra hiện tượng doãng pic, hiệu suất không cao.
- Thời gian lưu của dung dịch phụ thuộc rất nhiều vào thành phần đệm, dung dịch điện ly. Vì vậy đòi hỏi phải cẩn thận và tỉ mỉ.