Cơ quan thành lập HĐTĐ báo cáo ĐTM hoặc lựa chọn tổ chức dịch vụ thẩm định có trách nhiệm xem xét và phê duyệt báo cáo ĐTM sau khi đã được thẩm định [3, Điều 22]. Như vậy, các cơ quan có quyền phê duyệt gồm:
- Bộ Tài nguyên và Môi trường phê duyệt báo cáo ĐTM đối với các dự án do Quốc hội, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ quyết định, phê duyệt; dự án liên ngành, liên tỉnh;
- Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ phê duyệt báo cáo ĐTM đối với các dự án thuộc thẩm quyền quyết định, phê duyệt của mình, trừ dự án liên ngành, liên tỉnh;
- Ban Quản lý khu kinh tế, khu công nghiệp, khu công nghệ cao, khu chế xuất được cơ quan nhà nước có thẩm quyền ủy quyền thẩm định và phê duyệt báo cáo ĐTM của các dự án đầu tư trong các Khu kinh tế nói trên.
Trong quá trình xem xét hồ sơ đề nghị phê duyệt báo cáo ĐTM, cơ quan phê duyệt có trách nhiệm xem xét khiếu nại, kiến nghị của chủ dự án, cộng đồng dân cư, tổ chức, cá nhân liên quan trước khi phê duyệt.
Trong thời hạn 15 (mười lăm) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được báo cáo ĐTM đã được chỉnh sửa đạt yêu cầu theo kết luận của hội đồng thẩm định, tổ chức dịch vụ thẩm định, thủ trưởng cơ quan quy định tại khoản 1 Điều 21 Luật Bảo vệ môi trường năm 2005 phải xem xét, quyết định phê duyệt báo cáo ĐTM; nếu không phê duyệt thì phải trả lời bằng văn bản nêu rõ lý do cho chủ dự án biết.
Trong trường hợp xét thấy có khả năng xảy ra những tác động xấu về môi trường nhưng chưa được đánh giá một cách đầy đủ trong báo cáo ĐTM vì những nguyên nhân khách quan như: chưa có đủ số liệu về sức chịu tải của môi trường xung quanh, việc đánh giá rủi ro chưa đủ tin cậy và nguyên nhân bất khả kháng khác cho đến thời điểm phê duyệt báo cáo ĐTM, cơ quan có thẩm quyền phê duyệt phải có lưu ý ở phần các yêu cầu kèm theo của quyết định phê duyệt.
Báo cáo ĐTM đã được HĐTĐ thông qua và trình cơ quan có thẩm quyền phê duyệt thì kết quả có thể là: (i) Được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt không kèm theo yêu cầu tại quyết định phê duyệt (không kèm theo điều kiện) hoặc (ii) được phê duyệt nhưng có kèm theo yêu cầu tại quyết định phê duyệt (kèm theo điều kiện), hoặc (iii) không phê duyệt.