Để đảm bảo tính chính xác về mặt khoa học, nội dung báo cáo ĐTM cần phải được cơ quan quản lý chuyên môn thẩm định. Trách nhiệm tổ chức việc thẩm định báo cáo ĐTM với dự án được quy định như sau:
- Bộ Tài nguyên và Môi trường tổ chức hội đồng thẩm định hoặc tuyển chọn tổ chức dịch vụ thẩm định báo cáo ĐTM đối với các dự án do Quốc hội, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ quyết định, phê duyệt; dự án liên ngành, liên tỉnh;
- Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ tổ chức hội đồng thẩm định hoặc tuyển chọn tổ chức dịch vụ thẩm định báo cáo ĐTM đối với các dự án thuộc thẩm quyền quyết định, phê duyệt của mình, trừ dự án liên ngành, liên tỉnh;
- Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh tổ chức hội đồng thẩm định hoặc tuyển chọn tổ chức dịch vụ thẩm định báo cáo ĐTM đối với dự án trên địa bàn quản lý thuộc thẩm quyền quyết định, phê duyệt của mình và của Hội đồng nhân dân cùng cấp. [33, khoản 7 Điều 21]
Như vậy, việc thẩm định báo cáo ĐTM được phân làm hai cấp là cấp trung ương và cấp tỉnh, cụ thể:
- Cấp trung ương:
+ Bộ Tài nguyên và Môi trường
+ Bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ - Cấp địa phương: Ủy ban Nhân dân cấp tỉnh
Theo quy định của Luật Bảo vệ môi trường năm 1993 thì hoạt động thẩm định báo cáo ĐTM được thực hiện thông qua cơ quan bảo vệ nhà nước về bảo vệ môi trường hoặc thông qua hội đồng thẩm định trong một số trường hợp cần thiết [9]. Qua đó, việc thẩm định bằng hình thức Hội đồng thẩm định chỉ được áp dụng trong một số trường hợp cần thiết nhưng pháp luật về bảo vệ môi trường lúc đó không quy định cụ thể thế nào là trường hợp cần thiết. Điều này dẫn đến tình trạng không thống nhất trong việc lập Hội đồng thẩm định báo cáo ĐTM của các cơ quan nhà nước có thẩm quyền lúc bấy giờ. Theo quy định của Luật Bảo vệ môi trường năm 2005, tất cả các báo cáo ĐTM đều phải được thẩm định và thẩm định thẩm định thông qua hai hình thức hoặc là Hội đồng thẩm định hoặc tổ chức dịch vụ thẩm định [33, khoản 1 Điều 21]. Như vậy, Luật BVMT năm 2005 có quy định thêm một hình thức thẩm định mới là tổ chức dịch vụ thẩm định. Đây là một tổ chức được tham gia thẩm định theo quyết định của cơ quan phê duyệt dự án và phải chịu trách nhiệm về ý kiến, kết luận thẩm định của mình. Quy định mới này tạo ra một cơ chế thông thoáng hơn trong việc thẩm định báo cáo ĐTM.