Hệ thống thanh toán thẻ ATM và hệ thống chấp nhận thẻ tín dụng (như: Visa, Master, Amex...) của các ngân hàng còn rất cục bộ. Do sự thiếu đồng bộ về công nghệ, hệ thống thanh toán giữa các ngân hàng chưa thể liên kết với nhau, vẫn có sự khác biệt lớn giữa các ngân hàng và giữa các liên minh về lợi ích kinh tế và lợi ích xã hội, nên việc hình thành liên minh thống nhất gặp rất nhiều khó khăn. Thẻ của ngân hàng nào chủ yếu chỉ được sử dụng ở hệ thống của ngân hàng đó mà thôi. Ngay cả các tổ chức liên kết cũng hoạt động không ổn định, các giao dịch thường được xử lý rất chậm, hoặc thường bị lỗi kết nối giữa các ngân hàng trong cùng liên
minh. Hơn nữa, các ngân hàng liên kết với nhau chủ yếu là việc rút tiền của khách hàng ở các máy ATM của ngân hàng khác trong liên minh. Những dịch vụ giá trị gia tăng trên hệ thống của ngân hàng liên minh khách hàng vẫn không thể sử dụng đư c cho dù đây là mục đích chủ yếu của việc liên kết, tăng việc thanh toán không dùng tiền mặt trong nền kinh tế. Ngoài ra, những chủ thẻ trong cùng một liên minh không thể chuyển khoản cho nhau nếu tài khoản của khách hàng thuộc hai ngân hàng khác nhau. Đây cũng là một hạn chế lớn của hệ thống thanh toán trong liên minh, đặc biệt nhu cầu chuyển khoản trong giao dịch ngày nay ngày càng tăng cùng với sự tăng trưởng của kinh tế.
Do đó, nhìn chung tiện ích việc liên kết vẫn chưa rõ nét, khách hàng chưa thực sự cảm thấy tiện lợi và nhanh chóng khi sử dụng dịch vụ thẻ, từ đó hiệu quả của việc phát triển hệ thống thanh toán thẻ chưa đáng kể.