Tiếp tục tăng cƣờng công tác thanh, kiểm tra quản lý sử dụng ngân sách, phát hiện và chấn chỉnh những vi phạm về chế độ chính sách. Nghiên cứu trình cấp có thẩm quyền qui định chuyển việc kiểm soát, kiểm tra trƣớc sang kiểm tra sau và cần có chế tài qui định cụ thể đối với các trƣờng hợp vi phạm về quản lý sử dụng ngân sách, nghĩa vụ nộp thuế. Tăng cƣờng kỷ luật, đề cao trách nhiệm của các đơn vị trƣớc pháp luật. Thực hành tiết kiệm, chống lãng phí, tiêu cực, tham nhũng trong phân cấp NSĐP.
Cần xây dựng cơ chế phối hợp công tác giữa các cơ quan thanh tra, kiểm tra nhƣ Thanh tra tỉnh, Uỷ ban Kiểm tra đảng, Thanh tra tài chính, Thanh tra thuế và các cơ quan có chức năng thanh kiểm tra khác, đảm bảo tránh chồng chéo, trùng lắp. Đối với một đơn vị và cùng một nội dung một năm chỉ nên tiến hành thanh, kiểm tra một lần, trừ trƣờng hợp đặc biệt, có dấu hiệu vi phạm pháp luật.
Nghiên cứu bỏ quy định về xét duyệt, thẩm định quyết toán của cơ quan tài chính đối với các đơn vị dự toán và các cấp ngân sách, vì thực tế Kho bạc Nhà nƣớc là cơ quan kiểm soát chứng từ thu, chi của đơn vị trƣớc khi chi; đồng thời các cơ quan tài chính và chủ quản không thể có thời gian, lực lƣợng để xét duyệt, thẩm định quyết toán của tất cả các đơn vị dự toán và các cấp ngân sách. Mặt khác thời gian quy định để cho việc xét duyệt, thẩm định và tổng hợp quyết toán ngắn cho nên hầu hết các cơ quan đơn vị đều thực hiện tổng hợp quyết toán xong rồi mới tiến hành xét duyệt, kiểm tra. Do đó, đề nghị sửa đổi theo hƣớng đơn vị sử dụng ngân sách có trách nhiệm về tính chính xác của báo cáo quyết toán; thay việc xét duyệt, thẩm định quyết toán
bằng việc kiểm tra việc chấp hành chế độ chính sách tài chính kế toán của cơ quan chủ quản và cơ quan tài chính cấp trên. Việc kiểm tra này có thể trong năm hoặc sau khi kết thúc năm tuỳ thuộc và thời gian, lực lƣợng và tính cần thiết đối với từng đơn vị sử dụng ngân sách; có thể kiểm tra đối với những đơn vị có biểu hiện không chấp hành đúng các quy định...